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Analýza miRNA u nádorů asociovaných s lidskými papilomaviry / Analysis of miRNAs in HPV-associated carcinomasPagáčová, Lucie January 2020 (has links)
Papillomaviruses are small DNA viruses that are associated with the induction of epithelial tumors. HPV is an important infectious agent causing almost 100 % of cervical tumors but it can also cause tumors in other anogenital and head and neck locations in both men and women. Active HPV infection induces changes in miRNA expression that contribute to the tumor formation and progression. It is already known that papillomaviruses do not encode their own viral miRNAs but they affect the expression of cellular miRNAs. In my thesis I have in selected epithelial tumors (vulva, cervix, anus and tonsils) determined their etiology and analyzed the presence of miRNAs in tissues by next generation sequencing. From these data I determined the expression profiles of deregulated miRNAs in tumors relation to healthy tissues of corresponding location. Even though, sufficient number of samples was analyzed, it was not possible to detect HPV-core miRNA common to all analyzed HPV-induced tumors due to the absence of statistically relevant differentially expressed miRNAs in HPV positive vulvar tumors. Among the tumors of the other sites I found an overlap in three miRNAs. One of these miRNAs (miR-139-5p) and another one (miR-9-5p) which I have selected based on the study of other published data, were used for...
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Contribuição para o estudo da memória de reconhecimento social em ratos / Contributions to the study of social recognition memory in ratsMoura, Paula Jaqueline de 21 July 2008 (has links)
O paradigma intruso-residente vem sendo intensamente empregado em estudos para avaliar a memória de reconhecimento social em roedores. Tipicamente, ratos adultos, denominados residentes, são expostos a dois encontros sucessivos, de 5 minutos cada, com um mesmo rato juvenil ou com ratos juvenis diferentes, denominados intrusos; o intervalo de tempo entre encontros é 30 minutos. A quantidade de comportamentos sociais do residente (no segundo encontro) em relação a um intruso familiar é substancialmente menor do que o observado no primeiro encontro, o que não ocorre quando o segundo encontro envolve um juvenil novo; esse resultado caracteriza a memoria de reconhecimento social. Se o intervalo de tempo entre os encontros é aumentado para 60 minutos, a redução da investigação social do intruso familiar por parte do residente desaparece, levando à conclusão de que a memória de reconhecimento social seria um mecanismo para retenção temporária de informações. O objetivo central do presente trabalho foi contribuir para o entendimento da memória de reconhecimento social em ratos. Foram realizados três experimentos. No primeiro experimento avaliou-se se a expressão de comportamentos sociais e também da memória de reconhecimento social estão sujeitos à modulação temporal. No segundo experimento avaliou-se em que extensão o aumento do tempo de exposição ao intruso durante o primeiro encontro resulta num aumento da duração da memoria de reconhecimento social. No terceiro experimento avaliou-se se um procedimento de rotina na maioria dos laboratorios, o transporte dos animais da sala de experimentos para o biotério, interfere na memória de reconhecimento social, quando realizado 0,5 ou 6 horas após o primeiro encontro. Os resultados mostraram que (1) a expressão de comportamentos sociais e a memória de reconhecimento social estão sujeitos à modulação temporal, sendo mais intensos quando os testes são realizados na fase inativa (Capítulo 2), de modo que este fator deve ser levado em consideração quando do planejamento de experimentos envolvendo sociabilidade, (2) o aumento da duração do primeiro encontro para 2 horas ou mais revelou uma memória de reconhecimento social que dura pelo menos 24 horas (Capítulo 3), permitindo questionar que se trate de um dispositivo de curta duração, e (3) o transporte dos animais para o biotério 0,5 horas, mas não 6 horas, depois do primeiro encontro, prejudica a memória de reconhecimento social (Capítulo 4), indicando que se deve estar atento às rotinas laboratoriais pois as mesmas podem interferir no desempenho dos animais em testes de memória. Em associação com essas relevantes observações experimentais, foram propostas estratégias de análise dos dados gerados com esse tipo de experimentação e também discussões conceituais sobre a caracterização da memória de reconhecimento social, que contribuem marcadamente para essa área de estudos. / The intruder-resident paradigm has been extensively employed in studies of social recognition memory in rodents. Typically, adult rats, named residents, are exposed to two 5-min successive encounters with the same juvenile intruder or with two different juveniles; the time interval between the encounters is 30 min. The amount of social behaviors exhibited by the resident rats towards the same intruder juvenile in the second encounter is substantially smaller when compared to both that seen in the first encounter and that seen towards a different juvenile; these results characterize social recognition memory. When the time interval between encounters is increased to 60 min, that reduction of the investigation towards the familiar juvenile intruder vanishes, which is seen as evidence that social recognition memory corresponds to a short-term memory mechanism. The aim of this study was to contribute for our understanding of social recognition memory in rats. Three experiments were run. The first experiment evaluated to which extent both social behaviors and social recognition memory are influenced by temporal phase effects. The second experiment evaluated to which extent the increase in the duration of the first encounter renders social recognition memory longer. The third experiment evaluated to which extent the transportation of the resident rats from the experimental room to the animal facilities either 0.5 or 6 hours after the first encounter, interferes with social recognition memory. The results showed that (1) the expression of social behaviors and of the social recognition memory are modulated temporal phase effects, being stronger when animals are tested in their inactive phase (Chapter 2); thus, this aspect has to be considered in studies on sociability, (2) the increase of the first encounter duration for 2 hours or longer renders social recognition memory to last at least 24 hours (Chapter 3); this allows to question that social recognition memory corresponds to a short-term memory mechanism, and (3) transportation of the resident rats to the animal facilities 0.5, but not 6 hours, after the end of the first encounter disrupts social recognition memory (Chapter 4), indicating that one has to be cautious about usual laboratory routines, because they may interfere with performance of the memory tasks when executed a short time after training the animals.Associated with these relevant experimental observations, these studies allowed proposing novel strategies for data analysis and discussing conceptual issues about the characterization of social recognition memory that give a substantial contribution for this area.
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Contribuição para o estudo da memória de reconhecimento social em ratos / Contributions to the study of social recognition memory in ratsPaula Jaqueline de Moura 21 July 2008 (has links)
O paradigma intruso-residente vem sendo intensamente empregado em estudos para avaliar a memória de reconhecimento social em roedores. Tipicamente, ratos adultos, denominados residentes, são expostos a dois encontros sucessivos, de 5 minutos cada, com um mesmo rato juvenil ou com ratos juvenis diferentes, denominados intrusos; o intervalo de tempo entre encontros é 30 minutos. A quantidade de comportamentos sociais do residente (no segundo encontro) em relação a um intruso familiar é substancialmente menor do que o observado no primeiro encontro, o que não ocorre quando o segundo encontro envolve um juvenil novo; esse resultado caracteriza a memoria de reconhecimento social. Se o intervalo de tempo entre os encontros é aumentado para 60 minutos, a redução da investigação social do intruso familiar por parte do residente desaparece, levando à conclusão de que a memória de reconhecimento social seria um mecanismo para retenção temporária de informações. O objetivo central do presente trabalho foi contribuir para o entendimento da memória de reconhecimento social em ratos. Foram realizados três experimentos. No primeiro experimento avaliou-se se a expressão de comportamentos sociais e também da memória de reconhecimento social estão sujeitos à modulação temporal. No segundo experimento avaliou-se em que extensão o aumento do tempo de exposição ao intruso durante o primeiro encontro resulta num aumento da duração da memoria de reconhecimento social. No terceiro experimento avaliou-se se um procedimento de rotina na maioria dos laboratorios, o transporte dos animais da sala de experimentos para o biotério, interfere na memória de reconhecimento social, quando realizado 0,5 ou 6 horas após o primeiro encontro. Os resultados mostraram que (1) a expressão de comportamentos sociais e a memória de reconhecimento social estão sujeitos à modulação temporal, sendo mais intensos quando os testes são realizados na fase inativa (Capítulo 2), de modo que este fator deve ser levado em consideração quando do planejamento de experimentos envolvendo sociabilidade, (2) o aumento da duração do primeiro encontro para 2 horas ou mais revelou uma memória de reconhecimento social que dura pelo menos 24 horas (Capítulo 3), permitindo questionar que se trate de um dispositivo de curta duração, e (3) o transporte dos animais para o biotério 0,5 horas, mas não 6 horas, depois do primeiro encontro, prejudica a memória de reconhecimento social (Capítulo 4), indicando que se deve estar atento às rotinas laboratoriais pois as mesmas podem interferir no desempenho dos animais em testes de memória. Em associação com essas relevantes observações experimentais, foram propostas estratégias de análise dos dados gerados com esse tipo de experimentação e também discussões conceituais sobre a caracterização da memória de reconhecimento social, que contribuem marcadamente para essa área de estudos. / The intruder-resident paradigm has been extensively employed in studies of social recognition memory in rodents. Typically, adult rats, named residents, are exposed to two 5-min successive encounters with the same juvenile intruder or with two different juveniles; the time interval between the encounters is 30 min. The amount of social behaviors exhibited by the resident rats towards the same intruder juvenile in the second encounter is substantially smaller when compared to both that seen in the first encounter and that seen towards a different juvenile; these results characterize social recognition memory. When the time interval between encounters is increased to 60 min, that reduction of the investigation towards the familiar juvenile intruder vanishes, which is seen as evidence that social recognition memory corresponds to a short-term memory mechanism. The aim of this study was to contribute for our understanding of social recognition memory in rats. Three experiments were run. The first experiment evaluated to which extent both social behaviors and social recognition memory are influenced by temporal phase effects. The second experiment evaluated to which extent the increase in the duration of the first encounter renders social recognition memory longer. The third experiment evaluated to which extent the transportation of the resident rats from the experimental room to the animal facilities either 0.5 or 6 hours after the first encounter, interferes with social recognition memory. The results showed that (1) the expression of social behaviors and of the social recognition memory are modulated temporal phase effects, being stronger when animals are tested in their inactive phase (Chapter 2); thus, this aspect has to be considered in studies on sociability, (2) the increase of the first encounter duration for 2 hours or longer renders social recognition memory to last at least 24 hours (Chapter 3); this allows to question that social recognition memory corresponds to a short-term memory mechanism, and (3) transportation of the resident rats to the animal facilities 0.5, but not 6 hours, after the end of the first encounter disrupts social recognition memory (Chapter 4), indicating that one has to be cautious about usual laboratory routines, because they may interfere with performance of the memory tasks when executed a short time after training the animals.Associated with these relevant experimental observations, these studies allowed proposing novel strategies for data analysis and discussing conceptual issues about the characterization of social recognition memory that give a substantial contribution for this area.
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