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Submitted by Automa??o e Estat?stica (sst@bczm.ufrn.br) on 2017-12-12T19:35:46Z No. of bitstreams: 1 RodrigoXavierSoares_TESE.pdf: 3740466 bytes, checksum: ff614cd85293ff3942f03a08100795a3 (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2017-12-14T18:36:47Z (GMT) No. of bitstreams: 1 RodrigoXavierSoares_TESE.pdf: 3740466 bytes, checksum: ff614cd85293ff3942f03a08100795a3 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-12-14T18:36:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 RodrigoXavierSoares_TESE.pdf: 3740466 bytes, checksum: ff614cd85293ff3942f03a08100795a3 (MD5) Previous issue date: 2017-05-12 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico (CNPq) / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior (CAPES) / Grandes peixes pel?gicos representam um dos principais e mais lucrativos alvos da pesca industrial no Brasil. O Rio Grande do Norte pela posi??o geogr?fica privilegiada constitui hoje uma das regi?es em que a pesca oce?nica comercial ? mais produtiva com tendencia a amplia??o a partir de novas pol?ticas de incentivo governamental. Diferente de outras regi?es produtoras mundiais que v?m pesquisando as principais esp?cies exploradas, no Brasil estudos que objetivem a delimita??o de popula??es e dados gen?ticos para a conserva??o das esp?cies marinhas s?o escassos. Dentro dos grupos pel?gicos predomina menor diversidade em rela??o ? abund?ncia, isto ? caracter?stico em algumas das mais importantes fam?lias de peixes desta regi?o oce?nica, como Sphyraenidae (barracudas), Carangidae (xareus e pampos), Coryphaenidae (dourados) e Istiophoridae (marlins). A obten??o de dados citogen?ticos destas esp?cies se revestem de dificuldades log?sticas, tanto pelo tamanho dos exemplares, quanto pela forma de captura e habitat que ocupam. As primeiras informa??es citogen?ticas para algumas esp?cies destas fam?lias t?m apenas recentemente sido obtidas. Aqui ? realizado um amplo levantamento citogen?ticas de 9 esp?cies de peixes pel?gicos Atl?nticos, das fam?lias Sphyraenidae, Carangidae, Corypahenidae, Istiophoridae e Megalopidae e 1 Carangidae do Indo-Pac?fico. Os resultados revelaram diverg?ncias num?ricas e na macroestrutura cariot?pica, em contraste ao padr?o considerado basal para Teleostei, al?m da ocorr?ncia de um sistema de cromossomos sexuais m?ltiplos do tipo X1X1X2X2/X1X2Y em Coryphaenidae. A partir de t?cnicas como Ag-RONs, MM/DAPI foi poss?vel identificar a utilidade de s?tios ribossomais simples e sua localiza??o como eficientes marcadores citotaxon?micos para todas as esp?cies. T?cnicas citogen?ticas mais resolutivas de mapeamento de sequ?ncias multig?nicas (FISH - Fluorescence in situ Hybridization) possibilitaram pela primeira vez para algumas dessas fam?lias inferir sobre os processos carioevolutivos vigentes e aspectos evolutivos das esp?cies estudadas. A partir dos resultados obtidos ampliou-se o conhecimento sobre estes importantes recursos marinhos, subsidiando pol?ticas futuras de manejo dos estoques, bem como esteio futuro para o desenvolvimento tecnol?gico da aquacultura marinha. / The big pelagic fish represents one of the most lucrative subjects of the industrial fisheries in Brazil. The Rio Grande do Norte by the privileged geographic position constitutes nowadays one of the regions in which the commercial oceanic fishing is more productive and tends to expand with new policies of governmental incentive.Different from other World?s producer regions that are researching the main exploited species, in Brazil the studies that objectify the population delimitation and to list data for the conservation of the species are scarce. Among the pelagic groups is common to observe a predominance of a minor diversity in relation to the abundance, this is a characteristic in two of the most important families of this oceanic region, Sphyraenidae (barracudas), Carangidae (jacks and pompanos) and Coryphaenidae (dolphinfish) and Istiophoridae (marlins). Data about these species are surrounded of logistics difficulties for its size, capture way and habitat which occupies. The first cytogenetical informations for some species of this family were obtained only recently. Here is presented a cytogenetical study with 9 pelagic fish species from the Atlantic, of the families Sphyraenidae, Carangidae, Corypahenidae, Istiophoridae and Megalopidae and 1 Indo-Pacific Carangidae. The results revealed numerical divergences and in the karyotipical macrostructure contrasting with the pattern considered basal for the Teleosts, besides the existence of masculine heterogamety, through a system of multiple sexual chromosomes of the kind X1X1X2X2/X1X2Y. Using techniques such as AgNORs, MM/DAPI it was possible to identify single ribosomal sites and showed cytotaxonomic markers for all. It was also applied more resolutive cytogenetic techniques based on multigenic sequences mapping through FISH (Fluorescence in situ Hybridization) enabled for the first time for some of these families to infer about the active karyoevolutive processes and evolutive aspects of the investigated species. Through the developed techniques it will be also possible to expand the knowledge about this important marine resource,subsidizing future policies of the management of stocks, as well as future support for the technological development of marine aquaculture.

Trabalho de investigação desenvolvido na Delft University of Technology / Tese de Mestrado Integrado. Engenharia do Ambiente. Faculdade de Engenharia. Universidade do Porto. 2012

A aquicultura teve um aumento significativo em todo o mundo nos últimos anos. Muitas classes de antimicrobianos são usadas na aquicultura para o tratamento de infecções causadas por bactérias patogênicas. Entretanto, a contaminação do ambiente, do alimento e a ocorrência de resistência microbiana decorrentes da intensa utilização dos antimicrobianos são motivos de preocupação. Com o objetivo de se saber a ocorrência de antimicrobianos e possíveis formação de resistência microbiana em pisciculturas paulistas, um método rápido, sensível e simples de extração em fase sólida acoplada à cromatografia líquida e espectrometria de massas sequencial (SPE-LC-MS/MS), foi desenvolvido e validado para a determinação simultânea de 12 antimicrobianos (oxitetraciclina, tetraciclina, clortetraciclina, ciprofloxacina, enrofloxacina, sarafloxacina, norfloxacina, florfenicol, cloranfenicol, sulfatizol, sulfadimetoxina e sulfametazina) em água superficial e sedimento. Outro método, utilizando LC-MS/MS, foi elaborado para a determinação dos antimicrobianos em peixes. Paralelamente, também, foi avaliada a seleção de resistência microbiana dessas classes de antimicrobianos em peixe. Os antimicrobianos foram extraídos do sedimento com acetonitrila e tampão citrato, a fase orgânica foi eliminada e a purificação do extrato realizada com cartuchos SPE Strata SAX 500 mg Phenomenex. Os extratos de sedimento e as amostras de água (sem pré-tratamento) foram injetadas em um sistema analítico, pela primeira vez utilizado no Brasil, que consistia em uma pré-concentração com um amostrador automático equipado com um loop de 900 ?L, uma válvula usada para alternar entre os modos de carregamento ou eluição, duas bombas e um sistema de MS/MS. Os extratos de peixe foram purificados por filtração utilizando cartuchos Captiva ND. Sulfadimetoxina-d6 foi utilizado como padrão interno para aferir a precisão dos resultados. Os métodos desenvolvidos foram validados baseados na decisão da União Europeia 2002/657/CE. As amostras foram coletadas de 4 pisciculturas localizadas na represa da usina hidrelétrica de Ilha Solteira, Brasil. Foram feitas 4 amostragens no período de abril de 2013 a janeiro de 2014, totalizando 144 amostras de água, 144 de sedimento e 126 amostras de peixe. Resíduos de oxitetraciclina, tetraciclina e clortetraciclina foram encontrados em sedimentos e oxitetraciclina, tetraciclina e florfenicol foram identificados nas amostras de água e peixe; à medida que aumentava a distância dos tanques e o tamanho do peixe as quantidades encontradas nas amostras diminuíam. Isolou-se bactérias resistentes a quinolonas, tetraciclinas, sulfonamidas em 36 cepas e o índice de resistência múltipla a antibióticos (MAR), variou entre 0 e 0,86, ou seja, cepas sensíveis a 100% dos antimicrobianos testados e outras resistentes a 86%. De acordo com os resultados encontrados considera-se que ações mais restritivas são necessárias quanto ao uso intensivo de antibióticos na produção de peixes / The aquiculture has had a sharp increase worldwide in the last years. Many classes of antibiotics have been used in aquaculture to treat infections caused by a number of pathogenic bacteria. However, environmental and food contamination and bacterial resistance are the main concerns arisen by these intense uses. In order to know the occurrence of antibiotics and possible antimicrobial resistance in fish farms in São Paulo, a fast, sensitive, and simple on-line solid phase extraction to liquid chromatography-tandem mass spectrometry (SPE-LC-MS/MS) was developed and validated for simultaneous assessment of 12 drugs (chloramphenicol, florfenicol, oxytetracycline, tetracycline, chlortetracycline, sulfadimethoxine, sulfathiazole, sulfamethazine, enrofloxacin, ciprofloxacin, norfloxacin, and sarafloxacin) in surface water and sediment. Another method using LC-MS/MS was elaborated to determine antibiotics in fish. In parallel, the selection of antimicrobial resistance of these classes of antibiotics in fish was evaluated. The antibiotics were extracted from sediment with acetonitrile and citric buffer, the organic phase was eliminated and the clean-up was made by Strata SAX 500 mg of Phenomenex. The water phase of sediment and water samples (without pre-treatment) was injected in the analytical system, which consisted of a pre-concentration with an automated liquid sampler fitted with a 900 ?L injection loop; a valve is used to switch between the load or elution modes, a pair of pumps and a MS/MS system, it is the first time that this system is used in Brazil. The fish extracts were cleaned by filtration by Captiva cartridges. Sulfadimethoxine-d6 was used as an internal standard to obtain more reliable results. The developed method was validated based in the European Union Decision 2002/657/EC. The samples were collected from 4 fish farms located in Ilha Solteira hydroelectric dam, Brazil. Four sampling were made in the period April/2013 until January/2014, totalizing 144 samples of water and sediment and 126 fish samples. Residues of oxytetracycline, tetracycline and chlortetracycline, were found in sediment and oxytetracycline, tetracycline, and florfenicol have been identified in water and fish samples, with increasing distance from the tanks and the size of the fishs the quantities of residue found in the samples decreased. Bacteria were resistant to quinolones, tetracyclines, sulfonamides in 36 strains and the multiple antibiotic resistance index (MAR) values ranged between 0 and 0.86, that is, strains with a sensitivity of 100% to the tested antimicrobials and others resistant of 86% to the tested antimicrobials. According to the results it is believed that more stringent measures are needed concerning the intensive use of antibiotics in fish production

A aquicultura teve um aumento significativo em todo o mundo nos últimos anos. Muitas classes de antimicrobianos são usadas na aquicultura para o tratamento de infecções causadas por bactérias patogênicas. Entretanto, a contaminação do ambiente, do alimento e a ocorrência de resistência microbiana decorrentes da intensa utilização dos antimicrobianos são motivos de preocupação. Com o objetivo de se saber a ocorrência de antimicrobianos e possíveis formação de resistência microbiana em pisciculturas paulistas, um método rápido, sensível e simples de extração em fase sólida acoplada à cromatografia líquida e espectrometria de massas sequencial (SPE-LC-MS/MS), foi desenvolvido e validado para a determinação simultânea de 12 antimicrobianos (oxitetraciclina, tetraciclina, clortetraciclina, ciprofloxacina, enrofloxacina, sarafloxacina, norfloxacina, florfenicol, cloranfenicol, sulfatizol, sulfadimetoxina e sulfametazina) em água superficial e sedimento. Outro método, utilizando LC-MS/MS, foi elaborado para a determinação dos antimicrobianos em peixes. Paralelamente, também, foi avaliada a seleção de resistência microbiana dessas classes de antimicrobianos em peixe. Os antimicrobianos foram extraídos do sedimento com acetonitrila e tampão citrato, a fase orgânica foi eliminada e a purificação do extrato realizada com cartuchos SPE Strata SAX 500 mg Phenomenex. Os extratos de sedimento e as amostras de água (sem pré-tratamento) foram injetadas em um sistema analítico, pela primeira vez utilizado no Brasil, que consistia em uma pré-concentração com um amostrador automático equipado com um loop de 900 ?L, uma válvula usada para alternar entre os modos de carregamento ou eluição, duas bombas e um sistema de MS/MS. Os extratos de peixe foram purificados por filtração utilizando cartuchos Captiva ND. Sulfadimetoxina-d6 foi utilizado como padrão interno para aferir a precisão dos resultados. Os métodos desenvolvidos foram validados baseados na decisão da União Europeia 2002/657/CE. As amostras foram coletadas de 4 pisciculturas localizadas na represa da usina hidrelétrica de Ilha Solteira, Brasil. Foram feitas 4 amostragens no período de abril de 2013 a janeiro de 2014, totalizando 144 amostras de água, 144 de sedimento e 126 amostras de peixe. Resíduos de oxitetraciclina, tetraciclina e clortetraciclina foram encontrados em sedimentos e oxitetraciclina, tetraciclina e florfenicol foram identificados nas amostras de água e peixe; à medida que aumentava a distância dos tanques e o tamanho do peixe as quantidades encontradas nas amostras diminuíam. Isolou-se bactérias resistentes a quinolonas, tetraciclinas, sulfonamidas em 36 cepas e o índice de resistência múltipla a antibióticos (MAR), variou entre 0 e 0,86, ou seja, cepas sensíveis a 100% dos antimicrobianos testados e outras resistentes a 86%. De acordo com os resultados encontrados considera-se que ações mais restritivas são necessárias quanto ao uso intensivo de antibióticos na produção de peixes / The aquiculture has had a sharp increase worldwide in the last years. Many classes of antibiotics have been used in aquaculture to treat infections caused by a number of pathogenic bacteria. However, environmental and food contamination and bacterial resistance are the main concerns arisen by these intense uses. In order to know the occurrence of antibiotics and possible antimicrobial resistance in fish farms in São Paulo, a fast, sensitive, and simple on-line solid phase extraction to liquid chromatography-tandem mass spectrometry (SPE-LC-MS/MS) was developed and validated for simultaneous assessment of 12 drugs (chloramphenicol, florfenicol, oxytetracycline, tetracycline, chlortetracycline, sulfadimethoxine, sulfathiazole, sulfamethazine, enrofloxacin, ciprofloxacin, norfloxacin, and sarafloxacin) in surface water and sediment. Another method using LC-MS/MS was elaborated to determine antibiotics in fish. In parallel, the selection of antimicrobial resistance of these classes of antibiotics in fish was evaluated. The antibiotics were extracted from sediment with acetonitrile and citric buffer, the organic phase was eliminated and the clean-up was made by Strata SAX 500 mg of Phenomenex. The water phase of sediment and water samples (without pre-treatment) was injected in the analytical system, which consisted of a pre-concentration with an automated liquid sampler fitted with a 900 ?L injection loop; a valve is used to switch between the load or elution modes, a pair of pumps and a MS/MS system, it is the first time that this system is used in Brazil. The fish extracts were cleaned by filtration by Captiva cartridges. Sulfadimethoxine-d6 was used as an internal standard to obtain more reliable results. The developed method was validated based in the European Union Decision 2002/657/EC. The samples were collected from 4 fish farms located in Ilha Solteira hydroelectric dam, Brazil. Four sampling were made in the period April/2013 until January/2014, totalizing 144 samples of water and sediment and 126 fish samples. Residues of oxytetracycline, tetracycline and chlortetracycline, were found in sediment and oxytetracycline, tetracycline, and florfenicol have been identified in water and fish samples, with increasing distance from the tanks and the size of the fishs the quantities of residue found in the samples decreased. Bacteria were resistant to quinolones, tetracyclines, sulfonamides in 36 strains and the multiple antibiotic resistance index (MAR) values ranged between 0 and 0.86, that is, strains with a sensitivity of 100% to the tested antimicrobials and others resistant of 86% to the tested antimicrobials. According to the results it is believed that more stringent measures are needed concerning the intensive use of antibiotics in fish production