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Tamanho de parcelas experimentais e seleção simultânea de caracteres em progênies de Eucalyptus camaldulensis Dehnh /

Silva, William de Medeiros January 2016 (has links)
Orientador: Bruno Ettore Pavan / Resumo: Para aumentar a eficiência da seleção de indivíduos superiores, o uso de delineamentos experimentais e de métodos adequados de seleção são fundamentais. Este trabalho teve como objetivo verificar a influência de dois tamanhos de parcelas experimentais e comparar os ganhos obtidos com três índices de seleção e seleção direta e indireta aplicados aos valores genotípicos individuais em testes de progênies de E. camaldulensis, para os caracteres forma de fuste, DAP e altura total das árvores. O EXP 1 e EXP 2 foram implantados em delineamento de blocos casualizados, com 133 progênies e espaçamento de 3,0 m x 1,8 m. O EXP 1 foi composto por parcelas experimentais de 5 plantas e quatro repetições e no EXP 2 utilizou-se uma planta por parcela e 20 repetições. As estimativas de componentes de variância e parâmetros genéticos foram obtidas utilizando o método REML/BLUP. Os indivíduos foram selecionados com base nos valores genéticos aditivos individuais, por meio de seleção direta e indireta dos caracteres e por meio dos índices de seleção da soma de postos, dos ganhos genéticos esperados e do somatório Z. O experimento com uma planta por parcela se mostrou mais eficiente na seleção, proporcionando ganhos superiores para caracteres de crescimento e similares para forma de fuste, sendo recomendado para testes de progênies do gênero Eucalyptus. O EXP 2 proporcionou maiores ganhos genéticos com a seleção devido à maior herdabilidade estimada. Os índices de seleção da soma de postos e do ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: In order to increase the efficiency of selection of superior individuals, the use of experimental design and appropriate selection methods are crucial. This study aimed to investigate the influence of two sizes of plots and compare the gains made with three levels of selection, direct and indirect selection applied to individual genotypic values in E. camaldulensis progeny tests for the variables stem shape, DAP and total height of the trees. The EXP 1 and EXP 2 were established in a randomized complete block design with 133 progenies and spacing of 3.0 m x 1.8 m. The EXP 1 consisted of plots of 5 plants and four replications, and EXP 2 used a plant per plot and 20 replications. Estimates of variance components and genetic parameters were obtained using the REML / BLUP method. Those individuals were selected based on individual genetic additive values, through direct and indirect selection of characters and through the selection indexes of rank, the expected genetic gains and the sum Z. The experiment with one plant per plot was more efficient in the selection, providing superior gains for growth traits and similar to stem shape, being the right one for Eucalyptus progeny tests. In EXP 2 larger genetic gains were obtained with selection due to higher estimated heritability. The selection index of the rank and the sum Z were the most effective with slight superiority index of rank, due to the greater ease of selection by this index. / Mestre
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Efeito do delineamento experimental na estimaÃÃo da variabilidade e seleÃÃo de genÃtipos extraprecoces de feijÃo-caupi / Effect of experimental design in pet variability and genotypes selection extraprecoces bean-cowpea

AntÃnio Moreira Barroso Neto 18 February 2016 (has links)
Conselho Nacional de Desenvolvimento CientÃfico e TecnolÃgico / The precocity has come to be one of the new goals of improving cowpea, because it is an important feature, as is the possibility of carrying out up to three crops a year. The objective was to select individual materials cowpea, from F3 progeny: 6, to obtain extraprecoces lines, and determine the efficiency of selection. The experiments were conducted in the irrigated perimeter Baixo AcaraÃ, in the municipality of Marco, CE; located at a latitude of 3Â04'60 '' S, longitude 40Â04'51''W to 52 meters. Were evaluated 15 progenies in F3: 6 in two selection cycles in consecutive years. For both selection cycles, the traits were: number of days to flowering (NDF), number of days to maturity (NDM), plant height (ALT), pod length (CPV), number of seeds per pod (NGV), number of grains per plant (NGP), weight of 100 grains (M100G) and total weight (MTOT). The data for the characteristics were analyzed according to the procedures established for a mixed model, by using the likelihood ratio test (LRT), with the REML/BLUP ethodology. Was performed,analysis deviance to determine the genetic variability among progenies. There were significant differences among the progenies, showing that there is variability between them. It was found that all the characters presented heritability of high magnitude and high accuracy, for all traits showing the stability of the material and the accuracy of selection. It is noticed that all 62 subjects had higher behavior witnesses BRS Tumucumaque and always green, as the NDF and NDM, these results show that all these materials can compose basis for future breeding programs. Individuals who had distinguished himself as the precocity (NDF and NDM) were 12, 15, 16, 19, 21, 30, 33, 37 and 52, with days to flowering and maturity below witnesses. / A precocidade tem passado a ser um dos novos objetivos do melhoramento do feijÃo-caupi, por ser uma importante caracterÃstica, pois representa a possibilidade da realizaÃÃo de atà trÃs cultivos por ano. Objetivou-se selecionar materiais individuais de feijÃo-caupi, a partir de progÃnies F3:6, para obtenÃÃo de linhagens extraprecoces, e determinar a eficiÃncia da seleÃÃo. Os experimentos foram realizados, no perÃmetro irrigado do Baixo AcaraÃ, localizado no municÃpio de Marco, CE; situado a uma latitude de 3Â04â60ââ S, longitude 40Â04â51ââW a 52 metros de altitude. Foram avaliadas 15 progÃnies em F3:6, em dois ciclos de seleÃÃo, em anos consecutivos. Para ambos os ciclos de seleÃÃo, os caracteres avaliados foram os seguintes: nÃmero de dias para o florescimento (NDF), nÃmero de dias para a maturaÃÃo (NDM), altura de planta (ALT), comprimento de vagem (CPV), nÃmero de grÃos por vagem (NGV), nÃmero de grÃos por planta (NGP), massa de 100 grÃos (M100G) e massa total (MTOT). Os dados obtidos para as caracterÃsticas avaliadas foram analisados de acordo com os procedimentos estabelecidos para um modelo misto, sendo utilizado o teste da razÃo de verossimilhanÃa (LRT), com a metodologia REML/BLUP. Foi realizada anÃlise de deviance para a determinaÃÃo da variabilidade genÃtica entre as progÃnies avaliadas. Houve diferenÃa significativa entre as progÃnies, mostrando que hà variabilidade entre as mesmas. Verificou-se que todos os caracteres apresentaram herdabilidade de alta magnitude e elevada acurÃcia, para todos os caracteres, mostrando a estabilidade dos materiais e a precisÃo da seleÃÃo. Percebe-se que todos os 62 indivÃduos apresentaram comportamento superior as testemunhas BRS Tumucumaque e Sempre verde, quanto ao NDF e NDM, estes resultados mostram que todos estes materiais podem compor base para futuros programas de melhoramento. Os indivÃduos que se destacara quanto a precocidade (NDF e NDM) foram 12, 15, 16, 19, 21, 30, 33, 37 e 52, com dias para o florescimento e maturaÃÃo abaixo das testemunhas.
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ESTIMAÇÃO DE PARÂMETROS GENÉTICOS E ÍNDICE DE SELEÇÃO EM GENÓTIPOS DE Brachiaria brizantha / Genetic parameters and selection index estimation in Brachiaria brizanta genotypes

Basso, Kelen Cristina 23 February 2006 (has links)
Made available in DSpace on 2016-02-26T12:59:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 KelenCristinaBasso.pdf: 235667 bytes, checksum: 19390a163d2b87efdecef0a77487fced (MD5) Previous issue date: 2006-02-23 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Nowadays, the Brachiaria brizantha is the tropical grass with greatest cultivated area in Brazil, being responsible by a major part of the seeds market and by the increase in animal production. Many are the superior genotypes in relation to commercial genotypes available in the germoplasm banks, that were collected in the African Continent and need evaluations. The selection of these genotypes must be based on predicted genotype values of the individuals in function of being perennial plants and of unsexed propagation The standard procedure for the prediction of genetic values is theindividual BLUP (Best Linear Unbiased Predictor), using estimates of variance components achieved by the restricted maximum likelihood (REML) under individual model. With the aim of selecting B. brizantha materials superior to the commercial Cultivars in relation to the agronomic traits, 213 genotypes were evaluated in four experimental fields in the Embrapa Gado de Corte in Campo Grande, MS. The fields were conducted in different times, being that field one was evaluated through three years, and the others through two years. The agronomic traits evaluated were: vigor, growth, total dry matter (MST), green dry matter (MSV) leaves percentage (PF), leaf dry mater (MSF). The utilized experimental design was that of randomized blocks in three replications, being the cultivars Marandu and Xaraés the witnesses. The best repeatability and heritability coefficients were found to leaves percentage (0.51 and 0.51) and growth (0.44 and 0.41), respectively, indicating that these estimates are good selection parameters. The genotypes with greater predicted genetic value by the additive selection index were: B72, B188, and B252, with a performance 24, 20, and 21% superior to the Marandu cv., respectively, to the fields one, two, and four. Yet the results attained in in field three in relation to the index indicated superiority (26%) of the Xaraés cv. In relation to the Marandu cv.. Through the results of the evaluation of the predicted genetic effects it was possible to organize a ranking of the most promising genotypes, being that B72 and B178 were the best for leaf dry matter in the wet and dry seasons , and B252 and B172 for leaves percentage, and B252 and B71 for growth / Atualmente, a Brachiaria brizantha é a gramínea forrageira tropical com maior área cultivada no Brasil e é responsável por grande parte do mercado de sementes e pelo incremento na produtividade animal. São muitos os genótipos superiores que estão contidos nos bancos de germoplasma originários do continente africano foram avaliados em parcelas no campo. A seleção dos genótipos mais promissores deve ser realizada com base nos valores genotípicos preditos dos indivíduos a fim de conferir maior confiabilidade e minimizar o efeito ambiental de múltiplos campos de avaliação num período de 10 anos. O procedimento padrão para predição de valores genéticos foi o BLUP (melhor predição linear não viciada) individual, usando estimativas de componentes de variância obtidas pelo método de máxima verossimilhança restrita (REML) em um modelo individual. Com o objetivo de selecionar os materiais superiores para características agronômicas foram avaliados 218 genótipos de B. brizantha distribuídos em quatro campos experimentais na Embrapa Gado de Corte em Campo Grande, MS e avaliados por um período mínimo de dois anos. O elineamento utilizado foi o de blocos ao acaso com três repetições e as testemunhas foram as cvs. Marandu e Xaraés. Os melhores valores para o coeficiente de Repetibilidade e herdabilidade foram encontrados para porcentagem de folhas e rebrota indicando-os como bons parâmetros para seleção. Os genótipos com maior valor genotípico predito pelo índice de seleção aditivo foram B72, B188, e B252 tendo um desempenho de 24, 20 e 21% superior à testemunha cv Marandu, respectivamente para os campos um, dois e quatro. Para o campo três a cv Xaraés apresentou melhores resultados, sendo superior cv Marandu em 26%. Pelo resultado da avaliação dos efeitos genotípicos preditos foi possível realizar um ranking dos materiais mais promissores e B72 e B178 destacaramse para matéria seca foliar nas águas e secas, B252 e B172 para porcentagem de folhas e B252 e B71 para rebrota
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ESTIMAÇÃO DE PARÂMETROS GENÉTICOS E ÍNDICE DE SELEÇÃO EM GENÓTIPOS DE Brachiaria brizantha / Genetic parameters and selection index estimation in Brachiaria brizanta genotypes

Basso, Kelen Cristina 23 February 2006 (has links)
Made available in DSpace on 2016-02-26T12:59:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 KelenCristinaBasso.pdf: 235667 bytes, checksum: 19390a163d2b87efdecef0a77487fced (MD5) Previous issue date: 2006-02-23 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Nowadays, the Brachiaria brizantha is the tropical grass with greatest cultivated area in Brazil, being responsible by a major part of the seeds market and by the increase in animal production. Many are the superior genotypes in relation to commercial genotypes available in the germoplasm banks, that were collected in the African Continent and need evaluations. The selection of these genotypes must be based on predicted genotype values of the individuals in function of being perennial plants and of unsexed propagation The standard procedure for the prediction of genetic values is theindividual BLUP (Best Linear Unbiased Predictor), using estimates of variance components achieved by the restricted maximum likelihood (REML) under individual model. With the aim of selecting B. brizantha materials superior to the commercial Cultivars in relation to the agronomic traits, 213 genotypes were evaluated in four experimental fields in the Embrapa Gado de Corte in Campo Grande, MS. The fields were conducted in different times, being that field one was evaluated through three years, and the others through two years. The agronomic traits evaluated were: vigor, growth, total dry matter (MST), green dry matter (MSV) leaves percentage (PF), leaf dry mater (MSF). The utilized experimental design was that of randomized blocks in three replications, being the cultivars Marandu and Xaraés the witnesses. The best repeatability and heritability coefficients were found to leaves percentage (0.51 and 0.51) and growth (0.44 and 0.41), respectively, indicating that these estimates are good selection parameters. The genotypes with greater predicted genetic value by the additive selection index were: B72, B188, and B252, with a performance 24, 20, and 21% superior to the Marandu cv., respectively, to the fields one, two, and four. Yet the results attained in in field three in relation to the index indicated superiority (26%) of the Xaraés cv. In relation to the Marandu cv.. Through the results of the evaluation of the predicted genetic effects it was possible to organize a ranking of the most promising genotypes, being that B72 and B178 were the best for leaf dry matter in the wet and dry seasons , and B252 and B172 for leaves percentage, and B252 and B71 for growth / Atualmente, a Brachiaria brizantha é a gramínea forrageira tropical com maior área cultivada no Brasil e é responsável por grande parte do mercado de sementes e pelo incremento na produtividade animal. São muitos os genótipos superiores que estão contidos nos bancos de germoplasma originários do continente africano foram avaliados em parcelas no campo. A seleção dos genótipos mais promissores deve ser realizada com base nos valores genotípicos preditos dos indivíduos a fim de conferir maior confiabilidade e minimizar o efeito ambiental de múltiplos campos de avaliação num período de 10 anos. O procedimento padrão para predição de valores genéticos foi o BLUP (melhor predição linear não viciada) individual, usando estimativas de componentes de variância obtidas pelo método de máxima verossimilhança restrita (REML) em um modelo individual. Com o objetivo de selecionar os materiais superiores para características agronômicas foram avaliados 218 genótipos de B. brizantha distribuídos em quatro campos experimentais na Embrapa Gado de Corte em Campo Grande, MS e avaliados por um período mínimo de dois anos. O elineamento utilizado foi o de blocos ao acaso com três repetições e as testemunhas foram as cvs. Marandu e Xaraés. Os melhores valores para o coeficiente de Repetibilidade e herdabilidade foram encontrados para porcentagem de folhas e rebrota indicando-os como bons parâmetros para seleção. Os genótipos com maior valor genotípico predito pelo índice de seleção aditivo foram B72, B188, e B252 tendo um desempenho de 24, 20 e 21% superior à testemunha cv Marandu, respectivamente para os campos um, dois e quatro. Para o campo três a cv Xaraés apresentou melhores resultados, sendo superior cv Marandu em 26%. Pelo resultado da avaliação dos efeitos genotípicos preditos foi possível realizar um ranking dos materiais mais promissores e B72 e B178 destacaramse para matéria seca foliar nas águas e secas, B252 e B172 para porcentagem de folhas e B252 e B71 para rebrota
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Ajuste do modelo linear de efeito misto na relação hipsométrica em plantios comerciais de Tectona grandis L.f. / Application of the mixed-effect linear model in height-diameter equation on commercial plantations of Tectona grandis L.f.

Lucas do Nascimento Ferreira 06 July 2018 (has links)
A modelagem de predição de altura comumente exige um amplo conjunto de dados para a etapa de construção e ajuste. Ainda que este tipo de conjunto de dados tenha uma estrutura hierárquica natural, organizada pelas diferentes fazendas, talhões, parcelas, e etc., os modelos de regressão clássicos não consideram a possível variação dos parâmetros, entre os diversos grupos hierárquicos. Os modelos de efeitos mistos, em compensação, podem suportar essa variação, assumindo alguns dos parâmetros dos modelos como sendo estocásticos, além de mostrarem potencial com a possibilidade de diminuição de amostras. Esta técnica permite que a variação interindividual seja explicada considerando parâmetros de efeitos fixos (comuns à população) e parâmetros de efeitos aleatórios (específicos para cada indivíduo). Logo, é natural esperar que em povoamentos florestais com alta variação entre indivíduos, o modelo de efeito misto tenha desempenho superior ao modelo de efeito fixo. Por esta razão, os plantios de Tectona grandis L.f. podem ser considerados como uma população interessante para a modelagem de efeitos aleatórios, uma vez que tal espécie apresenta heterogeneidade de crescimento, sensibilidade à fertilidade e acidez do solo, e a maioria dos seus plantios estabelecidos no Brasil são seminais. Desta maneira este trabalho verifica o ajuste de modelos de efeitos mistos aplicados aos dados de altura total em plantios comerciais de Tectona grandis L.f, localizados no estado do Mato Grosso, com o objetivo na redução do número de amostras quando comparado ao modelo de efeitos fixos. Após a seleção do modelo linear de efeito fixo mais apropriado, testou-se quais dos coeficientes tem efeito aleatório nos diferentes agrupamentos dos dados. Em seguida, selecionou-se o grupo onde o desempenho do modelo de efeito misto em termos de ajuste e predição foi o melhor possível. Por fim, foi verificado a capacidade preditiva dos modelos ajustados por meio de processos de simulação e validação cruzada. Os resultados mostraram que o modelo misto calibrado fornece predições mais confiáveis do que a parte fixa. Este benefício ocorre mesmo ao longo das gradativas diminuições do número de árvores disponíveis para ajuste dentro conjunto de dados teste separados para a calibração do modelo misto. É possível concluir que o modelo calibrado ajustado por talhão, ao invés da parcela, propicia pouca perda de precisão. / Height prediction modeling commonly requires a broad set of data for the construction and adjustment step. Although this type of data set has a natural hierarchical structure, organized by the different farms, plots, plots, etc., the classical regression models do not consider the possible variation of the parameters among the hierarchical groups. The mixed effects models, in compensation, can support this variation, assuming some of the parameters of the models as being stochastic, besides showing potential with the possibility of sample reduction. This technique allows the interindividual variation to be explained considering parameters of fixed effects (common to the population) and parameters of random effects (specific for each individual). Therefore, it is natural to expect that in forest stands with high variation among individuals, the mixed effect model performs better than the fixed effect model. For this reason, the plantations of Tectona grandis L.f. can be considered as an interesting population for the modeling of random effects, since this species presents possible heterogeneity of growth since it is sensitive to the fertility and acidity of the soil, and most of its plantations established in Brazil are seminal. This work verifies the adjustment of mixed effects models applied to total height data in commercial plantations of Tectona grandis L.f, located in the state of Mato Grosso, with the objective of reducing the number of samples when compared to the fixed effects model. After selecting the most appropriate linear model of fixed effect, we tested which of the coefficients have random effect in the different groupings of the data. Then, we selected the group where the performance of the mixed effect model in terms of fit and prediction was the best possible. Finally, the predictive capacity of the adjusted models was verified through simulation and cross-validation processes. The results showed that the calibrated mixed model provides more reliable predictions than the fixed part. This benefit occurs even along the gradual decreases in the number of trees available to fit into separate set of test data for the calibration of the mixed model. It is possible to conclude that the calibrated model adjusted by stand, instead of the plot, provides little loss of precision.
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Predição genômica de híbridos de milho para caracteres de arquitetura oligogênica e sob diferentes parâmetros de penalização e correção de fenótipo / Genomic prediction of maize hybrids for traits with oligogenic architecture and under distinct shrinkage factors and phenotypic correction

Giovanni Galli 29 June 2016 (has links)
O alcance de altas produtividades em milho (Zea mays L.) depende do desenvolvimento de híbridos, o principal produto explorado nos programas de melhoramento. O sucesso na obtenção deste tipo de cultivar é conseguido com extensivo cruzamento de linhagens, seguido de avaliações para identificação das combinações de maior potencial. Geralmente, o melhorista tem à sua disponibilidade grande número de linhagens, possibilitando a realização de centenas a milhares de cruzamentos distintos, dos quais apenas uma pequena quantidade pode ser avaliada experimentalmente devido a limitação de tempo e recursos. Com o advento da Seleção Genômica (GS) tornou-se possível predizer o comportamento destes indivíduos não avaliados com base em seu genoma. No decorrer do processo de consolidação da GS várias metodologias foram propostas. A aptidão destas em predizer desempenhos fenotípicos é dependente da sua capacidade de acomodar a arquitetura genética das características e lidar com a multicolinearidade das matrizes genômicas. Neste sentido, métodos baseados em modelos mistos podem apresentar menor eficiência na predição de características oligogênicas devido à não capacidade de representar a distribuição real do efeito dos QTL. Além disso, a regularização das predições na presença de multicolinearidade é realizada por meio de um parâmetro de penalização (λ), o qual pode ser estimado de várias formas e consequentemente modificar a acurácia dos modelos. Além do aprimoramento dos métodos, outro aspecto importante é o procedimento de correção dos dados fenotípicos previamente à GS, o qual não é consenso na comunidade científica. Diante do exposto, este trabalho objetivou: verificar o efeito das formas de obtenção do λ (via REML na GS e pela herdabilidade da característica) e da correção do fenótipo (valor genotípico e média ajustada) na GS e avaliar a eficiência da modelagem diferencial de QTL de maior efeito na capacidade preditiva da metodologia G-BLUP, comparando-a ao LASSO Bayesiano, BayesB e G-BLUP convencional. Para isso foram utilizadas informações de híbridos simples de milho tropical avaliados em cinco locais para produtividade de grãos, altura de planta e espiga no ano de 2015. Os dados genômicos foram obtidos com a plataforma Affymetrix® Axiom® Maize Genotyping Array de 616.201 SNPs. Foram estudados diferentes cenários de GS considerando os fatores supracitados, sendo estes comparados entre si por suas capacidades preditivas e seletivas. Os resultados obtidos indicam que a correção do fenótipo e a forma de estimação de λ afetam a capacidade preditiva. O uso de valores genotípicos como correção dos fenótipos e estimação de λ via REML apresentaram os melhores resultados. Foi também observado que a modelagem de SNPs de maior efeito como fator fixo aumenta discretamente a capacidade preditiva da metodologia G-BLUP para as características oligogênicas avaliadas (altura de planta e espiga), sendo indicado o uso do G-BLUP convencional. Complementarmente, observou-se que a GS apresentou modesta eficiência na seleção de híbridos superiores sob intensidades moderadas. Entretanto, a sua alta capacidade de selecionar sob baixa intensidade pode ser amplamente explorada nos programas de melhoramento de milho visando a seleção precoce direta. / The achievement of high yield in maize (Zea mays L.) relies on the development of hybrids, which is the main product of breeding programs. The success in obtaining this kind of cultivar is achieved through extensive crossing of inbred lines followed by field trials to identify the combinations with greatest potential. Generally, breeders have a large number of inbred lines on their hands, being able to perform hundreds to thousands of different crosses, of which only a small portion can be experimentally evaluated due to time and resource limitations. Genomic Selection (GS) has made it possible to predict phenotypes of unevaluated individuals based on their genome. Throughout the establishment process of GS many approaches have been proposed. The ability of these approaches at predicting phenotypic performance depends on their capacity of accommodating the genetic architecture of the traits and dealing with the multicollinearity of the genomic matrices. Hence, methods based on mixed model equations may present lower prediction efficiency for oligogenic traits due to their inability of depicting the real distribution of the QTL effects. Moreover, the prediction regularization in the presence of multicollinearity is done by a shrinkage factor (λ), which can be estimated in a number of ways and may affect the accuracy of the models. In addition to the improvement of the models, the correction of the phenotype utilized in the predictions is also important, which is not a consensus among researchers. Based on these facts, this study aimed to assess the effect of estimation of λ (by REML in the GS model and by the heritability of the traits) and the correction of the phenotype (genotypic value and adjusted mean) on the GS. It also targeted to evaluate the effect of differential modeling of major makers on the prediction accuracy of G-BLUP, comparing it to Bayesian LASSO, BayesB and ordinary G-BLUP. To those ends, tropical maize single-crosses evaluated at five sites for grain yield, plant and ear height in 2015 were utilized. The genomic data was obtained with the Affymetrix® Axiom® Maize Genotyping Array of 616,201 SNPs. Distinct GS scenarios were studied considering the aforementioned factors which were compared by their prediction and selection accuracy. The results suggest that the correction of the phenotype and the way of estimation of λ do affect prediction accuracies. The use of genotypic values as the correction of phenotypes and the estimation of λ by REML showed best results. It was also observed that modeling major SNPs as fixed effect factors had little improvement on the prediction accuracy of G-BLUP for the oligogenic traits evaluated (plant and ear height). Thereby, ordinary G-BLUP should be the method of choice to predict these traits. Additionally, it was observed that GS presented modest efficiency for selecting superior hybrids under moderate intensities. However, its high effectiveness at selecting under low intensities might be exploited on maize breeding programs for early direct selection.
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Biometrical approaches for analysing gene bank evaluation data on barley (Hordeum spec.)

Hartung, Karin, January 2007 (has links)
Hohenheim, Univ., Diss., 2007. / Enthält fünf Aufsätze.
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Odhad plemenných hodnôt parkúrových koní metódou blup - animal model

Zurovacová, Barbora January 2009 (has links)
No description available.
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Predição de valores genéticos em progênies de meios irmãos de Eucalyptus grandis e de Eucalyptus urophylla utilizando o procedimento REML/BLUP / Prediction of genetic values in half-sib progênies of Eucalyptus grandis and Eucalyptus urophylla by the REML/BLUP procedure

Rocha, Maria das Graças de Barros 16 February 2004 (has links)
Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2017-01-12T12:04:49Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1183163 bytes, checksum: 0b6d8fdf81146ee021d2a73b3c9b3898 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-12T12:04:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1183163 bytes, checksum: 0b6d8fdf81146ee021d2a73b3c9b3898 (MD5) Previous issue date: 2004-02-16 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Ensino Superior / Avaliou-se cinco testes de Progênies de Eucalyptus urophylla com 363 progênies, com uso do procedimento REML/BLUP (máxima verossimilhança restrita / melhor predição linear não viesada) e um teste de Eucalyptus grandis com 265 progênies de treze procedências, visando a seleção com base no DAP (diâmetro à altura do peito), dos indivíduos portadores dos maiores valores genéticos preditos. Os testes de Eucalyptus urophylla foram instalados separados por procedência, em blocos ao acaso com cinco repetições e parcelas lineares de oito plantas, no espaçamento 3 x 2 metros e avaliados aos 48 meses de idade. Nas populações de melhoramento, Pomar de Sementes por Mudas (PSM), de Eucalyptus urophylla o ganho genético variou de 9,5 a 25,3 % e tamanho efetivo populacional de 58 a 224. Para a população de produção, Pomar de Sementes Clonal, o ganho genético estimado variou de 15,2 a 26,8 % com a seleção de 21 indivíduos para a recombinação. O teste de progênies Eucalyptus grandis foi instalado em delineamento de blocos ao acaso com cinco repetições e parcelas lineares de seis plantas, no espaçamento 3 x 2 metros, com as progênies aleatorizadas dentro de cada bloco independentemente das procedências. A seleção com base no DAP (diâmetro à altura do peito) propiciou um ganho genético de 16,1 % e tamanho efetivo populacional de 897 no estabelecimento do Pomar de Sementes por Mudas (PSM) e variou de 12,7 a 22,3 % para o Pomar de Sementes Clonal estabelecido com 29 indivíduos na recombinação. Visando a produção de híbridos interespecíficos foram selecionados 100 genitores de Eucalyptus urophylla e 100 de Eucalyptus grandis para cruzamentos em dialelos circulantes. Os cruzamentos entre os pares de indivíduos portadores das maiores distâncias genéticas conduzirão a um ganho genético estimado variando entre 35,7 a 38,5 %. / Five tests were carried out with 363 Eucalyptus urophylla progenies from Indonesia, and one a test with 265 Eucalyptus grandis progenies from thirteen provenances in Guanhães- MG, in order to estimate the genetic values and parent selection for the production of interspecific hybrids in controlled crosses. A complete randomized block design was used, with five replications and row plots of six Eucalyptus urophylla and eight Eucalyptus grandis plants, in a spacing of 3.0 x 2.0 m. The genetic parameters were estimated with mixed models, using the REML/BLUP procedure (restricted maximum likelihood / best linear unbiased prediction) and minimum squares, for the diameter at breast height (DAP), total height (ALT) and individual volume (VOL) characteristics. The genetic values were predicted only for the iameter at breast height (DAP) characteristics, which was aim of the selection. Heritability estimates in the restricted sense of 0.28 and accuracy in a range of 61% in Eucalyptus urophylla and of 0.23 and accuracy of 53% in Eucalyptus grandis. Were obtained the election of the 100 parents of each species individually indicates genetic gains of 20.6 % in Eucalyptus urophylla and 16.4 % in Eucalyptus grandis. The genetic gain for the diameter at breast height characteristics around 35.0% can be obtained after crosses among the first 10 plants selected from each species that are carriers of the greatest genetic divergences. / Não foi localizado o currículo lattes do autor.
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Estimativas de parâmetros genéticos visando o melhoramento do café robusta (Coffea canephora Pierre ex. A. Froehner) / Estimates of genetic parameters aiming at improvement of robusta coffee (Coffea canephora Pierre ex A. Froehner)

Mistro, Julio César 29 August 2013 (has links)
O presente estudo objetivou estimar parâmetros genéticos visando quantificar a variabilidade genética de uma população de café robusta (Coffea canephora Pierre ex A. Froehner) introduzida da Costa Rica e analisar o seu potencial genético para o desenvolvimento de futuras cultivares clonais para o estado de São Paulo. Outro intuito foi verificar a possibilidade de submeter essa população à seleção recorrente, tornando-a, assim, fonte de alimentação e sustentação de programas de melhoramento genético do café robusta. O experimento foi composto por 25 tratamentos, sendo 21 progênies de C. canephora e quatro cultivares de C. arabica, plantados em Mococa (SP). O delineamento experimental utilizado foi em látice balanceado 5x5 quadruplicado, com seis repetições e uma planta por parcela. Foram realizadas doze colheitas e após a sexta colheita as plantas foram podadas. Em 2004, foi realizada uma seleção fenotípica dessa população a fim de clonar os melhores indivíduos. Essa seleção resultou em novo experimento, instalado em Campinas, seguindo o delineamento de blocos ao acaso, com três repetições, 28 clones e quatro plantas por parcela, sendo realizadas cinco colheitas consecutivas. As análises estatísticas e biométricas foram realizadas considerando os modelos lineares mistos (procedimento REML/BLUP), por meio do software Selegen, cujos componentes de variância são estimados pelo método da máxima verossimilhança restrita (REML) e os valores genotípicos preditos pela melhor predição linear não viesado (BLUP). As análises mostraram que, na população em estudo, observou-se elevada variabilidade genética, passível de ser explorada tanto para a extração de clones quanto para a seleção recorrente. As adversidades climáticas severas fizeram com que a seleção fosse prejudicada. Nessa situação é preferível não considerar o período afetado e analisar os dados após a recuperação das plantas. A seleção baseada em seis colheitas forneceu estimativas de parâmetros e ganhos genéticos similares aos obtidos na seleção baseada em duas colheitas de alta produção. Os ganhos genéticos esperados nas duas formas de propagações foram elevados e a seleção clonal proporcionou maiores ganhos do que a sexual. No experimento clonal foi possível identificar materiais com potencial produtivo e que poderão vir a ser recomendados para o cultivo no estado de São Paulo. Apesar de a interação genótipos x colheitas ter sido do tipo complexa, devido ao veranico ocorrido, esta não afetou significativamente o ordenamento dos melhores clones e nem comprometeu as estimativas dos parâmetros genéticos. Os coeficientes de variação experimental e genético bem como seu valor relativo deverão ser analisados conjuntamente com o número de repetições e a acurácia seletiva. A seleção recorrente deverá ser conduzida concomitantemente com o programa de seleção clonal, a fim de evitar o esgotamento da variabilidade genética e o comprometimento do programa de melhoramento genético visando o desenvolvimento de cultivares clonais. Tendo em vista que a população inicial foi constituída por um pequeno número de progênies, é aconselhável o monitoramento do tamanho efetivo populacional e do grau de endogamia ao longo dos ciclos de seleção recorrente. / The objective of this research was to estimate genetic parameters to quantify the variability of a population of robusta coffee (Coffea canephora Pierre ex A. Froehner) introduced into Brazil from Costa Rica in 1974 aiming at determining its genetic potential for the development of clonal or seedling cultivars for the state of São Paulo, Brazil. The feasibility has also been studied to submit this population to recurrent selection, making it a continuous source of improved base material in support of varietal improvement of robusta. An experiment consisting of 21 open pollinated seedling progenies of robusta and four cultivars of arabica was established in Mococa (SP) in 1975. Yield was observed for twelve harvests and after the sixth harvest the plants were pruned. The experimental lay out was a balanced 5x5 quadruple lattice design, with six replicates and one plant per plot. In 2004 a phenotypic selection of this population for yield was carried out aiming at cloning the best individuals. These 28 clones were planted in an experiment in Campinas in 2005, following a completely randomized block design, with 28 treatments (clones), three replications and four plants per plot. In total, yields were collected over five harvests. Statistical and biometrical analyzes were performed considering the linear mixed models (REML/BLUP), through software Selegen, where the variance components are estimated by restricted maximum likelihood (REML) and genotypic values predicted by best linear unbiased prediction (BLUP). The analyzes showed that the population had high genetic variability, which can be exploited for the extraction of both clones and seedling progenies, used for recurrent selection. Selection was impaired by severe adverse weather conditions. In such situations it is preferable not to consider the affected period and analyze the data after recovery of the plants. Due to the moisture stress that occurred in the clonal trial, genotype x environment interaction was complex. However this did not affect the ranking of superior clones nor compromised the genetic parameter estimates. Selection for yield based on six yield resulted in genetic parameters and genetic gains similar to those obtained by selection based on two high yielding harvesting periods. The expected genetic gains both for clones as for open pollinated progenies were high. However, clonal selection resulted in higher genetic gains for yield than the seedling selection. In the clonal experiment it was possible to identify materials with high yield potential that may become to be recommended for cultivation in São Paulo State. The experimental, genetics and relative coefficients of variation, should be analyzed together with the number of replications and selective accuracy. Recurrent selection should be conducted concurrently with the clonal selection program in order to avoid depletion of genetic variability and to impairthe breeding program aiming at the development of clonal cultivars. Considering that the initial population was composed of a small number of progeny, it will be important monitoring adequately the effective size and the inbreeding coefficient during recurrent selection cycles.

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