Submitted by Mendes Eduardo (dasilva@ufba.br) on 2013-07-18T01:10:14Z No. of bitstreams: 1 Dissertação GABRIEL BARROS.pdf: 4834700 bytes, checksum: 1072538677a9a4e6be68a08d4cfe7250 (MD5) / Approved for entry into archive by Vilma Conceição (vilmagc@ufba.br) on 2014-01-23T16:34:05Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação GABRIEL BARROS.pdf: 4834700 bytes, checksum: 1072538677a9a4e6be68a08d4cfe7250 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-01-23T16:34:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação GABRIEL BARROS.pdf: 4834700 bytes, checksum: 1072538677a9a4e6be68a08d4cfe7250 (MD5) / Cnpq / A descrição de padrões ecológicos é de fundamental importância, permitindo a geração de hipóteses, delineamento de experimentos e tomada de decisões. Tais estudos fornecem informações necessárias para determinar o status e a dinâmica das populações e das comunidades, sendo fundamentais para diversos tipos de pesquisa. Entretanto, para que a descrição de determinado padrão seja realizada de maneira confiável, é necessário que o pesquisador utilize os métodos mais adequados, evitando vieses e consequentes conclusões espúrias. Além disso, ecólogos são sempre pressionados pelo tempo e financiamento para realização do trabalho, sendo assim desejáveis reduções de custo que mantenham a confiabilidade nos dados coletados, ou seja, uma análise da razão custo-benefício. Nesse sentido, foi avaliado no presente trabalho a relação entre alguns métodos de coleta e a detecção de padrões, bem como a razão custo-benefício, tomando como modelos as assembléias macrozoobentônicas de substratos não consolidados de águas rasas (e.g. estuários, baías). Este estudo foi dividido em três etapas. No primeiro capitulo, foi realizada uma revisão onde foi possível traçar padrões gerais em torno dos métodos frequentemente utilizados por bentólogos. Foi observado que a combinação metodológica mais utilizada em ambientes marinhos rasos atualmente é “amostrador van Veen + lavagem in situ sob malha de 0,5 mm + fixação em formalina + preservação em álcool + identificação ao nível de espécie”. Notamos que discussões sobre cada um destes aspectos são constantes e muitas vezes contraditórias e, a partir disto, traçamos novos direcionamentos para futuras avaliações metodológicas. No segundo capítulo foi avaliado o efeito de diferentes procedimentos de preservação de amostra nos padrões quantitativos (número de táxons, número de indivíduos e estrutura das assembleias) obtidos e foi concluído que anelídeos poliquetas podem sofrer deformações quando não é realizada a fixação em formalina. Discutimos as vantagens e desvantagens do uso de cada procedimento, chegando à conclusão que, se tomado o devido cuidado no manuseio das amostras, o uso da formalina parece apresentar a melhor razão custo-benefício. Entretanto, não condenamos o uso do álcool sem fixação prévia e sugerimos que estudos futuros direcionem esforços para dos efeitos destes procedimentos nos caracteres morfológicos de alguns invertebrados (especialmente poliquetas). O terceiro e último capítulo analisou diferentes aspectos metodológicos (tipo de amostrador, tamanho de malha e nível de indentificação dos táxons) ao longo de um gradiente estuarino. Não observamos diferenças significativas nos padrões quantitativos avaliados (número de táxons, número de indivíduos e estrutura das assembleias), porém constatamos diferenças na interpretação do padrão de distribuição espacial dos organismos entre os dois amostradores analisados e para um tamanho de malha. Percebemos que apesar das diferenças no desempenho dos amostradores serem reportados na literatura, diferenças existentes entre alguns amostradores podem ser, muitas vezes, um reflexo de tamanhos amostrais distintos. Através da análise da razão custo-benefício corroboramos as conclusões de diversos estudos anteriores que indicaram ser preferível o uso da malha de 1,0 mm e identificação dos organismos ao nível de família, reduzindo-se assim esforços laboratoriais, mas mantendo a boa qualidade dos dados obtidos. Assim, considerando os resultados encontrados nos capítulos 2 e 3, a combinação ‘amostrador van Veen + malha de 1,0 mm + fixação em formalina + preservação em álcool + nível de família’ apresentou a melhor razão custo-benefício. Embora os resultados aqui obtidos sejam de substancial contribuição para a melhoria dos estudos com assembléias bentônicas marinhas, ainda existem importantes questões metodológicas a serem respondidas. Nesse sentido, sugerimos que em estudos futuros pesquisadores tomem como base os direcionamentos propostos pelo presente trabalho, bem como os padrões nele observados e as questões discutidas. / Salvador

Submitted by Mendes Eduardo (dasilva@ufba.br) on 2013-07-15T15:04:58Z No. of bitstreams: 1 Dissertação_Anchieta.pdf: 1779095 bytes, checksum: a907b45eaaacd27c7cdde10573c9a61b (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Valéria de Jesus Moura (anavaleria_131@hotmail.com) on 2016-06-21T19:11:01Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação_Anchieta.pdf: 1779095 bytes, checksum: a907b45eaaacd27c7cdde10573c9a61b (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-21T19:11:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação_Anchieta.pdf: 1779095 bytes, checksum: a907b45eaaacd27c7cdde10573c9a61b (MD5) / Cnpq / Entender os efeitos da estrutura do habitat sobre a densidade de peixes é fundamental para avaliar por quais variáveis estes são influenciados. A composição do substrato é uma variável ambiental capaz de influenciar comportamento e distribuição dos peixes. A estrutura distinta e a fauna associada a diferentes tipos de substrato podem oferecer diversos tipos de recursos (e.g. presas e refúgios), assim as características estruturais dos substratos podem influenciar as atividades e densidades dos peixes. O comportamento de forrageio é um aspecto importante no uso do habitat pelos peixes. Recentemente estudos realizados em campo e laboratório investigaram os efeitos do fluxo d’água sobre o comportamento e processos energéticos de peixes recifais. Exposição a ondas foi indicada por estes estudos como um dos fatores que influenciam as atividades dos peixes e as seguintes generalizações foram feitas: peixes com diferentes capacidades natatórias respondem em diferentes graus ao hidrodinamismo e em locais com intenso fluxo d’água, os peixes passam mais tempo abrigados refúgios (ex. tocas). A formação de cardumes é conhecida como um importante mecanismo anti-predador, os benefícios de ‘muitos olhos’ incluem a detecção rápida, além de gerar confusão, aos predadores, reduzindo sua eficiencia. Além disso, o compartilhamento de informações no cardume pode resultar em uma menor procura por comida. Dentre as famílias de peixes recifais, Labridae é uma das mais diversas e comuns em recifes rasos com aproximadamente 600 espécies encontradas em águas tropicais, subtropicais e temperadas dos oceanos Atlântico, Índico e Pacífico. A maioria das espécies não ultrapassa 25 cm de comprimento, embora o tamanho máximo registrado alcance 2 m. Para a maioria das espécies as fases iniciais (FI) e terminais (FT) são facilmente identificados visualmente, além do sexo. As espécies maiores possuem importância econômica, pois são utilizadas na alimentação, enquanto que as menores são comercializadas com fins ornamentais. Os labrídeos possuem grande diversidade no formato do corpo e nas adaptações voltadas para alimentação e, consequentemente, possuem grande versatilidade trófica; sendo importantes na estruturação da comunidade recifal. São comumente invertívoros, enquanto outros quando jovens, são considerados limpadores, removendo ectoparasitos e tecido necrosado de outros peixes. Apesar da família Labridae ter sido foco de estudos nos Oceanos Pacífico e Atlântico Norte, poucos são conhecidos no Atlântico Sul. Estes peixes exibem uma diversidade de padrões comportamentais e de microhabitats preferenciais durante o forrageio, apesar dos avanços no entendimento entre o forrageio de peixes e escolha de micro-habitats da família Labridae, a maioria dos estudos foram conduzidos em ambientes com alta diversidade de corais. Estes ambientes são estruturalmente complexos e oferecem uma ampla gama de condições ambientais, como consequência esses peixes podem se especializar para viver/usar ambientes com características particulares. Nós estudamos a influência da complexidade do habitat, tamanho do grupo e exposição as ondas sobre as densidades e atividade de forrageio, incluindo a influencia do tamanho do cardume e fase de vida sobre forrageio, de três espécies do gênero Halichoeres (Labridae), sendo duas endêmicas, em nove costões rochosos tropicais no Brasil. Essas espécies são influenciadas pela exposição de ondas, em geral, fases iniciais destas espécies foram mais influenciadas com a exposição do que as fases terminais, exceto H. brasiliensis FT que não teve influência da exposição sobre atividade de forrageio. Embora as FI tivessem associações com rugosidade e algas e FT com profundidade, a complexidade do habitat não influenciou o forrageio dessas espécies. Nós também encontramos variações no microhabitat preferencial de forrageio e diferenças no conteúdo estomacal foram observadas entre as espécies e as fases. O tamanho do cardume influenciou a atividade de forrageio, exceto para H. brasiliensis. Nós acreditamos que o uso comportamental de microhabitats pode ser uma grande ferramenta para investigar padrões de distribuição entre recifes de coral e costões rochosos tropicais, gerando subsídios para seu manejo e conservação. / Wave exposure and habitat complexity have been used for explain patterns of variation in the distribution and behavior of many reef fishes. Here we studied the influence of these factors on densities and foraging activity, including the influence of group size on foraging, of three species of the genus Halichoeres (Labridae) in nine tropical rocky shores in Brazil. Our study showed that Halichoeres species are influenced by wave exposure in tropical rocky shores, in general, Initial phases (IP) of the three species analyzed were influenced more with exposure than Terminal phases (TP), except for H. brasiliensis TP, where exposure had no influence on foraging. IP of the species there were associated with rugosity and algae and TP with depth, habitat complexity also influence on foraging of these species. We also found variations of microhabitat patches used for foraging between 12 species and differences in the stomach contents were found between species and phases. Group size had influence on foraging activity, except for H. brasiliensis TP. We believe that behavioral use of microhabitats can be a great tool to investigate distribution patterns of fish between coral reefs and tropical rocky shores. / Salvador

Submitted by Mendes Eduardo (dasilva@ufba.br) on 2013-08-21T16:17:03Z No. of bitstreams: 1 Luiza Teles Barbalho.pdf: 835381 bytes, checksum: 67f1ad2cb73e1c0312ed05d180789d95 (MD5) / Approved for entry into archive by Vilma Conceição(vilmagc@ufba.br) on 2013-08-21T19:32:38Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Luiza Teles Barbalho.pdf: 835381 bytes, checksum: 67f1ad2cb73e1c0312ed05d180789d95 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-08-21T19:32:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Luiza Teles Barbalho.pdf: 835381 bytes, checksum: 67f1ad2cb73e1c0312ed05d180789d95 (MD5) / O Brasil possui um litoral com cerca de 9.000 km de extensão sendo que no estado da Bahia este totaliza 1.188 km, correspondendo a 13,2% do total (BAHIA PESCA, 1994). Os ambientes costeiros, como baías, estuários, lagunas costeiras e praias, têm uma importância significativa no ecossistema marinho. Essas áreas oferecem a todos os organismos que aí se instalam abundância de alimento, proteção contra predadores, além de hábitat propício para a reprodução e desenvolvimento dos juvenis (MORAES, 2003). Os peixes representam aproximadamente 50% dos vertebrados, englobando cerca de 24.600 espécies (sendo 58% espécies marinhas), a maioria das quais vive em águas tropicais e ocupa os mais diversificados ambientes aquáticos. Além de serem uma importante fonte de alimento para a população humana, os peixes atuam de maneira direta ou indireta como transformadores e exportadores de energia nos ecossistemas (NELSON, 1994; LOWEMCCONNELL, 1999). As áreas costeiras, em nível mundial, concentram a maior parte das populações humanas, ocasionando um forte impacto ambiental nesses ecossistemas levando à sua degradação. Nos ambientes onde os estudos foram realizados a situação não é diferente. Desde a sua descoberta, há cerca de 510 anos, a Baía de Todos os Santos (BTS) tem influenciado vários aspectos da história do desenvolvimento do estado da Bahia, seja no que se refere ao comércio, indústria, lazer, pesca, turismo e transporte como também quanto à ocupação do seu entorno, através do surgimento e crescimento de várias cidades, com a conseqüente degradação da qualidade da água e dos vários ecossistemas que a compõem, antes mesmos que tenham sido caracterizados. A pesca com bombas é um dos muitos exemplos da exploração irracional das múltiplas possibilidades de utilização dos seus recursos. São poucas as informações disponíveis sobre a ictiofauna da Baía de Todos os Santos sendo que a maioria dos estudos refere-se à taxonomia e outros com abordagens ecológicas, em especial sobre a cadeia trófica (MAFALDA JR, 1995, LOPES et al., 1998; LOPES et al., 1999; LOPES & SAMPAIO, 1999; SANTOS et al., 1999; OLIVEIRA-SILVA & LOPES, 2002a; BARBALHO, 2004; BARRETO, 2004; OLIVEIRA-SILVA, 2004;). Também são poucos os trabalhos que foram realizados nas praias de Ponta da Ilha (município de Vera Cruz, Ilha de Itaparica, Bahia) e São Tomé de Paripe (município de Salvador, Bahia), podendo ser citados para Ponta da Ilha: MORAES et al (2001); OLIVEIRA-SILVa et al (2002); OLIVEIRA-SILVA & LOPES (2002b); OLIVEIRA-SILVA et al (2003) e para São Tomé de Paripe, LOPES et al (2004) todos sobre ecologia trófica. Diante desta carência de informações, não só com relação à ictiofauna da Baía de Todos os Santos como também do litoral Nordeste brasileiro, tanto no que se refere aos aspectos taxonômicos quanto ecológicos, este trabalho visa preencher uma lacuna sobre a composição ictiofaunística e seus aspectos quali-quantitativos nesta região do litoral baiano. Neste contexto, esse estudo pretende avaliar a biodiversidade de peixes de um trecho do infralitoral das Praias de Ponta da Ilha e São Tomé de Paripe, BTS, no que se refere à dinâmica de ocupação das populações que nelas ocorrem e suas interações com fatores hidrográficos, contribuindo para um melhor conhecimento destes ecossistemas. Essas informações são fundamentais para orientar ações de conservação e manejo, além de permitir a definição de prioridades para pesquisa e preservação das espécies de peixes presentes na região da BTS. / Salvador, Bahia.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Ecologia, Florianópolis, 2011 / Made available in DSpace on 2012-10-26T08:35:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 295156.pdf: 1588016 bytes, checksum: 3a9a99e8f4edef215d53da9e1d9b173f (MD5) / Sistemas costeiros como lagoas, baías e estuários são caracterizados por uma elevada produtividade, atuando como áreas de reprodução, berçário e alimentação. Organismos demersais, associados ao substrato, exercem expressiva importância dentro do ecossistema, transferindo a energia para níveis superiores, além de contribuírem como recursos pesqueiros. Espécies de crustáceos, moluscos, equinodermos e cnidários fazem parte desta fauna. Objetivou-se caracterizar a fauna demersal das Baías Norte e Sul, de Florianópolis (SC), realizando um levantamento de fauna e verificando a distribuição da mesma. Foram realizadas coletas em seis áreas amostrais, em quatro períodos distintos para cada Baía, com quatro réplicas por período. Coletas na Baía Norte foram realizadas durante o ano de 2005 e na Baía Sul entre os anos de 2009 a 2010, através da técnica do arrasto de fundo com portas. Na Baía Norte, equinodermos foram responsáveis por 59% da fauna em termos de abundância, seguidos por crustáceos (37%) e moluscos (4%). Na Baía Sul, crustáceos corresponderam a 65% com moluscos e equinodermos na sequência. Espécies de camarões e siris de interesse comercial utilizam as baías como região de crescimento, ocorrendo em grande abundância (Farfantepenaeus paulensis, Litopenaeus schmitti, Callinectes danae e Callinectes ornatus) ou abundância intermediária (Xiphopenaeus kroyeri e Farfantepenaes brasiliensis). A ocupação ocorre de maneira setorizada para a maioria das espécies, com exceção de F. paulensis na Baía Norte, com uma ocupação mais uniforme. A distribuição da fauna mostra-se correlacionada com o tipo de sedimento. Equinodermos associados a sedimento arenoso e os outros grupos, a sedimentos mais finos. Esta relação com substrato pode estar relacionada com a presença de organismos da meio e macrofauna, potenciais recursos alimentares. Em períodos com temperaturas elevadas, foram registradas maiores abundâncias e biomassas para a maioria das espécies da fauna demersal, coincidindo com o período de maior impacto antrópico. A utilização do arrasto em estudos de variabilidade espaço-temporal da abundância deve considerar as limitações do método da área varrida e a mobilidade das espécies. As limitações relacionadas ao arrasto foram minimizadas pelo desenho amostral, sendo o comportamento das espécies, no entanto, de difícil dimensionamento.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Ecologia, Florianópolis, 2015. / Made available in DSpace on 2015-10-27T03:08:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 335691.pdf: 871073 bytes, checksum: f7a7025a1ac9f2456c7adfce343240f9 (MD5) Previous issue date: 2015 / As relações sociais entre os indivíduos de uma população são parte essencial da vida de animais extremamente sociais como os golfinhos. Recentemente, muita atenção tem sido dada às forças formadoras da estrutura social em animais. No entanto, o quadro geral ainda não é claro, e longe de ser trivial. Os sistemas sociais são complexos, amarrados a uma história evolutiva e moldado por várias forças ecológicas e de variação individual. No presente trabalho, foram investigados os padrões sociais da maior população conhecida do boto-cinza (Sotalia guianensis), que reside na Baía de Sepetiba, Rio de Janeiro, Brasil. Foram analisados dados de foto-identificação coletados ao longo de um período de seis anos (2005-2011). Os padrões sociais foram descritos utilizando uma gama de análises. Em primeiro lugar, foi descrito o padrão social geral explorando a estrutura da rede social. Em segundo lugar, foi testada se as associações entre indivíduos foram diferentes do esperado ao acaso. Terceiro, foi avaliado como estas associações mudaram ao longo do tempo. Quarto, foi avaliado se o comportamento e uso do espaço varia entre os indivíduos, mediante densidades de Kernel. Finalmente, o uso do espaço foi comparado com a estrutura em larga escala da rede, através do cálculo da sobreposição espacial dos módulos sociais usando um índice generalizado para a distribuição de utilização. Foram identificados 647 indivíduos da população durante o período de pesquisa. Analisamos a rede social formada por 67 indivíduos, todos avistados mais que 5 vezes, divididos em quatro módulos sociais distintos (Q = 0.13, 95% CI = 0.06-0.08). Estes módulos foram compostos por indivíduos densamente associados aos outros presentes dentro do mesmo módulo, mas menos ligado ao resto da população (HWI médio observado = 0.211, aleatório = 0.204, p = 0.020; CV observado HWI = 1.159, aleatório = 1.117, p = 0.043). Foram encontradas evidências de associações de longo prazo na população (SLAR= null > 1000 dias), com associações entre pares durando em média, alguns dias (dyadic LAR = 10,63). Foi encontrado o uso do espaço altamente sobreposto para os indivíduos de todos os módulos para kernel 95% (PHR = 0.72-099) e pouco sobreposto para kernel 50% (PHR = 0.19-0.76). Esta sobreposição espacial sugere que há uma preferência por áreas da Baía de Sepetiba, sendo comum para a maior parte da população, mas que cada módulo apresenta um uso de áreas nucleares diferenciado. Foi encontrada para a população de Sotalia guianensis da Baía de Sepetiba uma estrutura social com módulossociais distintos que sofrem pouca influência do espaço e de mudanças demográficas temporais. A população apresentou um claro padrão de fissão-fusão com associações duradouras e outras rápidas, semelhante ao encontrado em outras populações de delfinídeos, residentes, próximos da costa. O presente trabalho colabora com o entendimento das estruturas sociais de golfinhos e principalmente nas relações sociais dos botos-cinza.<br> / Abstract : Social relationships among individuals of a population are an essential part of the lives of extremely social animals such as dolphins. Recently, much attention has been given to the drivers of social structure in animals. However, the overall picture is still not clear, and far from trivial. Social systems are complex, tied to an evolutionary history and shaped by several ecological forces and individual variation. In this study, social patterns have been investigated for the largest known population of Guiana dolphin (Sotalia guianensis), resident of Sepetiba Bay, Rio de Janeiro, Brazil. Photo-identification data was collected over a period of six years (2005-2011). The social patterns were described using a range of analyzes. First, the overall social pattern was described by exploring the structure of the social network. Second, it was tested whether the association between individuals were different than would be expected by chance. Third, it was evaluated how social associations may change over time. Fourth, the ranging behavior and space use were estimated using Kernel densities. Finally, space use was compared with the large-scale structure of the network, by calculating the spatial overlap of social modules using a generalized index for the distribution operation. 647 individuals were identified in the population during the studied period. The social network formed by the best-known 67 individuals (observed more than 5 times) was divided into four distinct social modules (Q = 0.13, 95% CI = 0.06 - 0.08). These modules were composed of densely connected individuals, which were themselves less connected to the rest of the population (mean HWI: observed = 0.211, random = 0.204, p = 0.020; CV HWI: observed = 1.159, random = 1.117, p = 0.043). Long-term associations were found in the population, with associations between pairs lasting on average a few days (dyadic LAR = 10.63d). Highly overlapped space use was found for individuals of all modules for Kernel 95% (PHR = 0.72-099) and little overlapping for Kernel 50% (PHR = 0.19-0.76). This pattern suggests there are some preferred areas in Sepetiba Bay, which are commonly used by most of the population, but also that each module has slightly more discrete core areas. The social structure found for the population of Sotalia guianensis in Sepetiba Bay has distinct social modules, with little influence of space and demographic changes. The population showed a pattern of fission-fusion with both short and lasting associations, similar to that found in other coastal populations of Delphinidae. This studycontributes to the understanding of forces acting on the societies of dolphins and especially in social relations of the Guiana dolphin.

Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia e Biociências, Florianópolis, 2014 / Made available in DSpace on 2015-02-05T20:29:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 328651.pdf: 3974382 bytes, checksum: bfb7bd8797ae99923d3c35c17fcdab1c (MD5) Previous issue date: 2014 / O consumo de ostras pode ser responsável pela veiculação de doenças para humanos, pois estes animais podem acumular substâncias tóxicas e microrganismos patogênicos em seus tecidos. Vírus entéricos humanos podem apresentar padrões distintos de acumulação nas ostras, dificultando que sejam removidos durante a depuração. Estudos da cinética de decaimento de contaminantes microbiológicos e químicos nas ostras, durante a depuração, são escassos. O objetivo desse trabalho foi estudar a dinâmica de aquisição e eliminação de contaminantes químicos e microbiológicos, no meio ambiente e durante os processos de depuração. Esta pesquisa abrangeu duas etapas distintas, envolvendo a alocação de ostras por 14 dias em quatro locais na baía de Florianópolis-SC: dois liberados ao cultivo (RIB-Ribeirão da Ilha e SAL-Santo Antônio de Lisboa) e dois impróprios (TAP-Tapera e BUC-estuário do rio Bücheler). Na primeira etapa (capítulo I) foi medida a contaminação ambiental destes locais e na segunda (capítulo II), realizada a contaminação (diferentes níveis) das ostras, para que fossem submetidas aos testes de depuração, com diferentes tratamentos (7 dias). No capítulo I foram analisadas: ostras, água e sedimento marinhos dos locais, sendo que as amostras procedentes diretamente do laboratório fornecedor das ostras (Laboratório de Cultivo de Moluscos Marinhos/UFSC-LCMM) funcionaram como o tempo zero da contaminação (T0 dia). Foram detectados: (1) Bactérias: E. coli na água do mar (acima de 43 UFC/100 mL em TAP e BUC) e Salmonella sp. nas ostras (em BUC), por cultura bacteriana; (2) Protozoários: Cryptosporidium nas ostras (TAP) e Giardia na água do mar (BUC), pela Imunoseparação Magnética e Imunofluorescência tendo esta última sido sequenciada para a confirmação da espécie (G.duodenalis); (3) Vírus entéricos: Adenovírus Humano/HADV (nos quatro locais), Vírus da Hepatite A nas ostras (BUC), Norovírus Humano (NoV) GI nas ostras (TAP e BUC) e GII na água do mar (BUC), Poliomavírus-JC nas ostras (LCMM), todos por (RT) qPCR. Também se verificou a ausência de HAdV infecciosos nas ostras, por teste de Placa de Lise. (4) Pesticidas Organoclorados; Hidrocarbonetos Alifáticos/HAs e Policíclicos Aromáticos/HPAs; Alquibenzenos Lineares/LABs foram detectados em vários locais, por Cromatografia Gasosa, nas ostras e sedimentos. No capítulo II, somente ostras foram analisadas, antes e durante a depuração. Foram utilizadas lâmpadas UV (18 e 36 W) na descontaminação das águas de depuração e comparadas as cinéticas de decaimento dos contaminantes nos tecidos das ostras. Parte dos animais de cada local, foi artificialmente contaminada com HAdV2 e Norovírus Murino/MNV-1, funcionando como controles positivos de contaminação viral durante as depurações. Não houve eliminação dos HAdV e protozoários das ostras durante a depuração. MNV-1 foi eliminado após quatro dias de depuração. Também foram detectados HAs, HPAs e LABs, antes e após as depurações. Concluídos os testes, depuradoras com UV 36 W foram disponibilizadas em quatro restaurantes em Florianópolis e realizadas análises virais das ostras depuradas por quatro dias (43 amostras). Somente HAdV foi detectado (uma amostra) e não estava infeccioso. Laudos das análises foram entregues aos comerciantes. As contaminações detectadas ameaçam a produção de ostras em Florianópolis, sendo necessário o aumento na fiscalização nas regiões de cultivo. Embora a depuração tenha removido o MNV-1 (vírus com genoma de RNA, como a maioria dos vírus entéricos humanos veiculados pelas ostras), não eliminou outros patógenos e compostos orgânicos investigados. Além dos ensaios descritos na tese, também foram realizadas outras pesquisas (Apêndice A), referentes à bioacumulação diferencial das espécies de NoV GI e Sapovírus em ostras e inativação termal de Rotavírus em mexilhões durante o cozimento. Estas pesquisas adicionais foram realizadas durante estágio doutoral, 11 meses, no Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), na França.<br> / Abstract: The consumption of oysters may be responsible for transmission of diseases to humans because these animals can accumulate toxic substances and pathogenic microorganisms in their tissues. Human enteric viruses may exhibit distinct patterns of accumulation in oysters, making it difficult to be removed during depuration. Studies of the decay kinetics of microbiological and chemical contaminants in oysters, during depuration, are scarce. The aim of this work was to study the dynamics of acquisition and disposal of chemical and microbiological contaminants in the environment and during the process of depuration. This research comprised two stages, involving the allocation of oysters for 14 days in four locations in the Bay of Florianópolis-SC: two released for cultivation (RIB-Ribeirão da Ilha and SAL-Santo Antonio de Lisboa) and two improper (TAP-Tapera and BUC-Bücheler river estuary). In the first step (Chapter I), environmental contamination of these sites was measured and in the second (Chapter II), held contamination (different levels) of oysters, that were submitted to the depuration tests with different treatments (7 days). In the Chapter I, were analyzed: oyster, seawater and marine sediments. All samples obtained from the oyster supplier (Laboratory of Cultivation of Marine Mollusks/UFSC-LCMM) were considered time zero of contamination (T0 day). Were detected: (1) Bacteria: E. coli in seawater (above 43 CFU/100 mL in TAP and BUC) and Salmonella sp. in oysters (in BUC) by bacterial culture; (2) Protozoa: Cryptosporidium in oysters (TAP) and Giardia in seawater (BUC), by Immunomagnetic Separation and Immunofluorescence, and this was also been sequenced to confirm the species (G. duodenalis); (3) Enteric Viruses: Human Adenovirus / HAdV (in four locations), Hepatitis A virus in oysters (BUC), Human Norovirus GI (NoV GI) in oysters (TAP and BUC) and GII in seawater (BUC), Polyomavirus-JC in oysters (LCMM), all by (RT) qPCR. It was also verified the absence of infectious HAdV oysters by the Plaque Assay. (4) Organochlorine Pesticides; Aliphatic/AHs and Polycyclic Aromatic/PAHs Hydrocarbons; Linear alkylbenzenes/LABs were detected in several locations, by Gas Chromatography, in oysters and sediments. In Chapter II, only oysters were examined before and during depuration. UV lamps (18 and 36 W) were used in the decontamination of water and the kinetics of decay of contaminants was compared, in the oyster tissues. Part of the animals from each sitewas artificially contaminated with HAdV2 and Norovirus Murino/MNV-1, acting as positive controls of viral contamination during the depurations. There was no elimination of HAdV and protozoa from oysters during depuration. MNV-1 was eliminated after four days of depuration. AHs, LABs and PAHs were detected before and after the depurations. After the end of the laboratory tests, the depuration tanks with UV 36 W were allocated in four restaurants, in Florianopolis and viral analyzes of oysters depurated during four days (43 samples) were performed. Only HAdV was detected (one sample) and was not infectious. Reports of analyzes were delivered to traders. The contamination pointed hazards for oyster consumption and showed the importance for continuous surveillance in mollusks growing areas. Although depuration removed the MNV-1 (viruses with RNA genomes, such as most human enteric viruses transmitted by oysters) it did not eliminate other pathogens and organic compounds investigated. In addition to the tests described in the thesis, other research (Appendix A) related to differential bioaccumulation of NoV GI and Sapovirus species in oysters and the thermal inactivation of Rotavirus in mussels during cooking were performed. These additional studies were conducted during the doctoral stage during 11 months, at the Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), France.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Ecologia, Florianópolis, 2015 / Made available in DSpace on 2015-05-19T04:08:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 333430.pdf: 2375657 bytes, checksum: ef0d4a55ca2a3dc33d83f4a160799aba (MD5) Previous issue date: 2015 / A toninha (Pontoporia blainvillei) é um pequeno golfinho endêmico do Oceano Atlântico Sul Ocidental. Devido à captura incidental e a outros impactos antrópicos a espécie é considerada a mais ameaçado ao longo de sua distribuição. O boto-cinza (Sotalia guianensis) distribui-se na costa tropical e subtropical das Américas do Sul e Central. Por apresentar hábito costeiro fortemente associado a ambientes estuarinos, é especialmente vulnerável aos impactos antrópicos. A Baía da Babitonga, situada no litoral norte do Estado de Santa Catarina, área de estudo do presente trabalho, é abrigo de unidades populacionais residentes de toninhas e botos-cinza. O estabelecimento de uma unidade de conservação é fundamental para o desenvolvimento integrado e efetivo desse ecossistema. Definir a dinâmica do uso das áreas de alimentação de mamíferos marinhos é fundamental para a proposição de áreas protegidas para a conservação das espécies e seus ecossistemas. Neste sentido, o primeiro capítulo deste estudo tem enfoque nas relações tróficas e na coexistência de predadores ecologicamente semelhantes. Foram realizadas análises dos hábitos alimentares de toninhas e botos-cinza, das variações intraespecíficas da dieta, além da amplitude e sobreposição de nichos tróficos das espécies. Foram identificadas 21 teleósteos na dieta da toninha, que apresentou variações moderadas em relação ao sexo, faixa etária, local e época, mas não foi observada variação significativa em relação as estações do ano. A dieta do boto-cinza apresentou 28 espécies, com variações acentuadas quanto ao sexo, faixa etária, locais e períodos de coleta, mas variação moderada para a sazonalidade. Analisando as amplitudes dos nichos trófico, a toninha apresentou hábito especialista, enquanto o boto-cinza teve tendência generalista. Foi observada uma sobreposição mediana entre as espécies, indicando uma partição de nicho. No segundo capítulo, buscou-se verificar a influência das presas na distribuição de toninhas e boto-cinza. Foi utilizado SIG para analisar a distribuição de toninhas e botos-cinza de acordo com as condições de maré. Também foram realizadas coletas ictiológicas seguindo as mesmas condições de maré. A toninha apresentou uma distribuição que corresponde a expectativa a priori de que os indivíduos estariam mais dispersos no período em que as presas estão menos disponíveis. O boto-cinza, por outro lado, não demonstrou um padrão tão coerente com esta expectativa, mas a análise de correlação demonstrou uma relação direta de sua distribuição com disponibilidade de tainhas (Mugil spp.), presas de grande importância na dieta da espécie. A maré demonstrou ser um importante condicionantedos padrões de distribuição de presas e consequentemente predadores, no ambiente estuarino. Este trabalha contribuiu para o entendimento das relações tróficas e da dinâmica espacial dos golfinhos da Baía da Babitonga, visando a conservação integrada das espécies e seus ecossistemas.<br> / Abstract: The franciscana dolphin (Pontoporia blainvillei) is a small cetacean endemic of southwestern Atlantic Ocean. Due to the incidental capture and other human impacts the species is considered the most endangered throughout its distribution. The Guiana dolphin (Sotalia guianensis) is distributed in the tropical and subtropical coast of South and Central America. By presenting coastal habit strongly associated with estuarine environments, is particularly vulnerable to human impacts. The Babitonga Bay, on the northern coast of the State of Santa Catarina, study area of this work, is home of populations of this species. The establishment of a protected area is essential for the integrated development and effective of this ecosystem. Set the dynamics of the use of marine mammal feeding areas is essential to the proposition of protected areas for the conservation of species and their ecosystems. In this sense, the goal of the first chapter of this study will focus on the trophic relationships and the coexistence of ecologically similar predators. Analysis of the eating habits of franciscana and Guiana dolphins were performed, of intraspecific variation in the diet, in addition to the breadth and overlap of trophic niches of species. 21 teleost were identified in the diet of franciscanas, which showed moderate changes in relation to sex, age, place and time, but there was no significant change from the seasons. The Guiana dolphin's diet showed 28 species, with significant variations according to sex, age, location and collection periods, but moderate variation to seasonality. Analyzing the amplitude of the trophic niches, the franciscana presented specialists habit, while the Guiana dolphin had generalists trend. A median overlap between the species, indicating a niche partitioning. In the second chapter, the goal was to verify the influence of prey in the distribution of estuarine dolphin. GIS was used to examine the distribution of franciscana and Guiana dolphins according to tidal conditions. Ichthyological collections were also held following the same tidal conditions. The franciscana had a distribution that corresponds to a priori expectation that individuals would be more dispersed in the period in which the prey are less available. The Guiana dolphin, on the other hand, showed no consistent pattern as with this expectation, but the correlation analysis showed a direct relation to their distribution with availability of mullet (Mugil spp.), prey of great importance in the diet of the species. The tide may be an important determinant of prey distribution patterns and therefore predators in the estuarine environment. This work contributed to the understanding of the trophicrelationships and spatial dynamics of dolphins from Babitonga Bay in order to integrated conservation of species and their ecosystems.

O constante aumento da população tem gerado intensa ocupação das áreas costeiras em todo mundo. A exploração dos recursos naturais de forma não sustentável proporciona um desequilíbrio que dependendo das proporções pode gerar graves prejuízos ambientais e financeiros. Diante deste cenário exploratório a pesquisa dos ambientes costeiros aparece como uma maneira de entender, planejar e desenvolver estas regiões de forma mais equilibrada. O estudo sobre hidrodinâmica costeira e transporte de sedimentos tem sido aplicado com o objetivo de gerar conhecimento e desse modo auxiliar as tomadas de decisões. A dinâmica dos ambientes costeiros é complexa e o seu entendimento aborda uma serie de variáveis as quais podem afetar as regiões costeiras de formas diferentes. A área estudada nesta tese, a baia de Tijucas, é particularmente caracterizada por apresentar alta concentração de sedimentos finos, seu comportamento proporcionou ao longo do tempo o aprisionamento de grande quantidade de sedimentos formando um ambiente muito diferente das áreas em torno da baia. O papel da baia na retenção e no transporte sedimento finos para plataforma adjacente torna-se o alvo desta pesquisas que por meio de dados de campo e modelos numéricos procuram entender os efeitos das forçantes ambientais sobre a baia. A dinâmica da baia esta diretamente relacionada a intensidade dos ventos, altura das ondas e volume da descarga fluvial, neste contexto é relevante a relação com os eventos climáticos de alta transferência de energia como a passagem de frentes frias pelo estado de Santa Catarina. O presente estudo é compreendido por três artigos; o primeiro artigo busca avaliar por meio de simulação numérica o efeito dos ventos modais e descarga fluvial anual média do rio Tijucas na hidrodinâmica da baia, a troca de água entre baia e plataforma adjacente assim como o tempo de residência da água em cenários com ventos nordeste (condição típica) e ventos sudeste (condição de frente fria), o segundo artigo avalia por meio de simulação numérica e dados de campo o comportamento da pluma de sedimentos do Rio Tijucas em cenários de alta concentração e descarga de sedimentos sob condições de ventos nordeste e sudeste, já o terceiro artigo avalia através da simulação numérica de modelos acoplados o efeito das ondas no cisalhamento do fundo, na erosão, ressuspensão e deposição de sedimentos em cenários de ventos nordeste e sudeste. A baia de Tijucas apresenta um padrão de aguas calmas a maior parte do tempo, a energia envolvida na sua dinâmica esta diretamente relacionada a intensidade das forçantes e condições climáticas. Em eventos de passagem de frente frias por esta região a tendência é que haja maior descarga fluvial, ventos mais fortes e ondas mais altas, nestes períodos estas forçantes são capazes de afetar significativamente a hidrodinâmica da baia adicionando, ressuspendendo e transportando sedimento em maiores intensidades o que consequentemente proporciona maior troca de água entre baia e plataforma, estes períodos são marcados pela maior energia hidrodinâmica e transporte de sedimento baia afora. No entanto o balanço final do comportamento da baia evidencia um cenário geral de baixa troca com a plataforma adjacente. / The constant increase of population has generated intense occupation of coastal areas worldwide. The unsustainably exploitation of natural resources provides an unbalance that depending on the proportions can lead to serious environmental damage and financial. Given this exploratory scenario the research of coastal environments appears as a way to understand, plan and develop these areas more balanced. The study on coastal hydrodynamics and sediment transport have been implemented with the objective of generating knowledge and thereby assist decision. The dynamics of coastal environments is complex and its understanding addresses a series of variables which can affect coastal regions in different ways. The area studied in this thesis, the Tijucas bay, is particularly characterized by high concentration of fine sediments, their behavior provided over time trapping large amounts of sediments forming a very different environment of the areas around the bay. The role of the bay on retention and fine sediment transport to the adjacent platform becomes the target of this research that through field data and numerical models seek to understand the effects of environmental forces on the bay. The dynamics of the bay is directly related to the intensity of the winds, wave heights and volume of river discharge, in this context is relevant with respect to the climatic events of high energy transfer as the passage of cold fronts by the state of Santa Catarina. This study is comprised of three articles, the first article seeks to evaluate through numerical simulation the effect of modal winds and average annual river discharge of the river Tijucas on the bay hydrodynamics, the water exchange between bay and adjacent platform as well as time residence of water in scenarios with northeast winds (typical condition) and southeast winds (cold front condition), the second article evaluates through numerical simulation and field data the behavior of sediment plume River Tijucas in scenarios of high concentration and sediment discharge under conditions of winds northeast and southeast, already the third article evaluates through the numerical simulation of coupled models the effect of shear waves at the bottom of the bay, in erosion, in sediment deposition and resuspension on scenarios with northeast and southeast winds. The bay Tijucas shows a pattern of calm waters most of the time, energy involved in its dynamics is directly related to the intensity of the forces and climate conditions. In the event of cold front passage through this region the trend is that there is greater river discharge, strongest winds and highest waves, these periods these forces are able to significantly affect the hydrodynamics of the bay adding, resuspending and transporting sediment into the higher intensities which consequently provides greater water exchange between bay and adjacent shelf, these periods are marked by higher energy hydrodynamics and sediment transport bay outside. However the final balance of the behavior of the bay shows a general scenario of low exchange with the adjacent platform.

Submitted by Júlio Leão Brandão (jlbrandao@ufba.br) on 2018-08-21T16:10:04Z No. of bitstreams: 1 Dissertação_Wederson.pdf: 7732244 bytes, checksum: bbd713a6942d12fe9527335116f1dbf8 (MD5) / Approved for entry into archive by NUBIA OLIVEIRA (nubia.marilia@ufba.br) on 2018-08-21T21:02:52Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação_Wederson.pdf: 7732244 bytes, checksum: bbd713a6942d12fe9527335116f1dbf8 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-08-21T21:02:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação_Wederson.pdf: 7732244 bytes, checksum: bbd713a6942d12fe9527335116f1dbf8 (MD5) / O material particulado em suspensão no meio marinho ocorre na forma de focos e agregados de focos, sendo que sua velocidade de decantação é diretamente proporcional ao tamanho. Como o tamanho dos agregados é inversamente proporcional à velocidade do fluxo, suas dimensões tendem a ser menores em regiões costeiras confinadas onde a energia do escoamento é maior, como em estuários, onde seu tamanho é limitado a alguns milímetros. Ao longo de atividades de monitoramento oceanográfico na Baía de Todos os Santos (BTS), foram observadas concentrações muito elevadas de agregados lamentosos com proporções decimétricas, excessivamente grandes para este tipo de ambiente. O objetivo deste trabalho é documentar a existência destes agregados na BTS, e determinar suas características físicas, hidrodinâmicas e composicionais. Para tanto, mapeou-se diferentes setores da BTS para obter dados referentes à morfometria, distribuição e composição; mediu-se o fluxo vertical do material em suspensão e a velocidade média de decantação dos lamentos em 14 campanhas ocorridas entre 2015-2017. Os resultados mostraram que a maior concentração deste particulado ocorre na região central da baía, especialmente na água de fundo. Sua morfologia é caracterizada por distribuição de massa irregular ao longo de sua estrutura, que é constituída majoritariamente de material inorgânico (>80 %), e exibe presença de fitoplânctons, especialmente diatomáceas, bem como o meio em que é encontrado. A medição do fluxo vertical de sedimentos e da concentração de agregados em suspensão (CAS) em paralelo, demonstra o papel que este particulado tem no processo de deposição do sedimento dentro da baía, especialmente quando considerado à sua velocidade média de decantação (∼20 mm s-1), que é acima dos valores médios para ocos tipicamente grandes de região estuarina. Dada a elevada velocidade de decantação e comum alta concentração junto ao fundo, a possibilidade de dispersão dos macro-agregados para fora da BTS se torna reduzida. Os altos valores de fluxos verticais de sedimento podem indicar o potencial deste particulado na retenção de sedimentos nos dentro da baía. / Ocean monitoring activities at Baía de Todos os Santos (BTS) allowed for the observation of very high concentrations of large lamentous aggregates (macro-aggregates) for this type of environment, whose strong hydrodynamic regime promotes particle disintegration. Knowing the importance of larger ocs in the transport of sediment to the bottom, this work aims to document the existence of suspended aggregates in the BTS, and to determine their physical, hydrodynamic and compositional characteristics. For this, di erent sectors of the BTS were mapped to investigate the aggregate's concentration, their morphometry (size, area and volume) and composition. The vertical ow of the suspended particulate matter (SPM) and the average settling velocity of macro-aggregates were quanti ed. The results showed that the highest concentration of macro-aggregates occurs in the central region of the bay, especially close to the bottom. Their morphology is characterized by irregular mass concentration along its structure, which is constituted mostly of inorganic material (>80 %) encompassing diatom shells and mineral particles. The aggregate's settling speed (mean settling velocity ∼20 mm s−1) and concentration indicate they have an important role in speeding sediment deposition inside the bay. High values of vertical sediment uxes hinder the dispersion of the SPM out of the BTS.

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Este trabalho teve como objetivo principal implementar um algoritmo empírico para o monitoramento do processo de eutrofização da Baía de Guanabara (BG), Rio de Janeiro (RJ), utilizando dados de clorofila-a coletados in situ e imagens de satélite coletadas pelo sensor MERIS, a bordo do satélite ENVISAT, da Agência Espacial Européia (ESA). Para a elaboração do algoritmo foi utilizada uma série histórica de clorofila-a (Out/2002 a Jan/2012) fornecida pelo Laboratório de Biologia Marinha da UFRJ, que, acoplada aos dados radiométricos coletados pelo sensor MERIS em datas concomitantes com as coletas in situ de clorofila-a, permitiu a determinação das curvas de regressão que deram origem aos algorítmos. Diversas combinações de bandas foram utilizadas, com ênfase nos comprimentos de onda do verde, vermelho e infra-vermelho próximo. O algoritmo escolhido (R = 0,66 e MRE = 77,5%) fez uso dos comprimentos de onda entre o verde e o vermelho (665, 680, 560 e 620 nm) e apresentou resultado satisfatório, apesar das limitações devido à complexidade da área de estudo e problemas no algoritmo de correção atmosférica . Algorítmos típicos de água do Caso I (OC3 e OC4) também foram testados, assim como os algoritmos FLH e MCI, aconselhados para águas com concentrações elevadas de Chl-a, todos com resultados insatisfatório. Como observado por estudos pretéritos, a Baia de Guanabara possui alta variabilidade espacial e temporal de concentrações de clorofila-a, com as maiores concentrações no período úmido (meses: 01, 02, 03, 10, 11 12) e nas porções marginais (~ 100 mg.m-3), particularmente na borda Oeste da baia, e menores concentrações no período seco e no canal principal de circulação (~ 20 mg.m-3). O presente trabalho é pioneiro na construção e aplicação de algoritmos bio-óptico para a região da BG utilizando imagens MERIS. Apesar dos bons resultados, o presente algorítmo não deve ser considerado definitivo, e recomenda-se para trabalhos futuros testar os diferentes modelos de correção atmosférico para as imagens MERIS. / This work aimed to implement an empirical algorithm for monitoring the process of eutrophication at Guanabara Bay (BG), Rio de Janeiro (RJ), using in situ chlorophyll-a data and satellite images by MERIS sensor, onboard ENVISAT satellite, from European Space Agency (ESA). A time series of chlorophyll-a (Dec / Jan 2002/2012) provided by Marine Biological Laboratory from UFRJ, was used to elaborate the algorithm, coupled with the radiometric data collected by MERIS sensor on concurrent dates with the collections, what allowed the determination of the regression curves that gave rise to algorithms. Several band combinations were used, with emphasis on wavelengths of green, red and near infrared. The algorithm chosen (R = 0.66 and SRM = 77.5%) made use of wavelengths between green and red (665, 680, 560 and 620 nm) and showed satisfactory results, despite the limitations, due to the complexity of the study area and problems in atmospheric correction algorithm. Typical algorithms water Case I (OC3 and OC4) were also tested, as well as FLH MCI and algorithms suggested for water with high concentrations of Chl-a, all with unsatisfactory results. As noted by past studies, Guanabara Bay has high spatial and temporal variability of chlorophyll-a concentrations, with the highest concentrations in the rainy seasons (months: 01, 02, 03, 10, 11, 12) and in the marginal portions (~ 100 mg.m-3), particularly in the western edge of the bay, and lower concentrations in the dry season and in the main circulation channel (~ 20 mg.m-3). This study is a pioneer in the construction and application of bio-optical algorithms for the region of BG using MERIS images. Despite the good results, the algorithm should not be considered definitive, and it is recommended for future work to test different models of atmospheric correction for MERIS images.