La vigne est une plante cultivée dans le monde entier dont l’importance économique est principalement liée à la production de vin. La baie de raisin est également l’un des principaux modèles d’étude pour les fruits non-climatériques notamment pour l’étude des mécanismes contrôlant le mûrissement des baies. Le développement de la baie de raisin est caractérisé par deux phases de croissance séparées par une phase de latence se produisant au moment de la véraison. La baie de raisin est composée de trois tissus principaux: la peau, la pulpe et les graines. La peau et la pulpe présentent une structure et une composition en métabolites distinctes et contribuent de manière différente à la qualité du vin, la pulpe fournissant essentiellement le sucre, les acides aminés et organiques alors que la peau est riche en anthocyanes. A l'heure actuelle, les mécanismes moléculaires impliqués dans le contrôle de la maturation des baies de raisin sont encore mal compris. Si l'ABA, le sucre et différents facteurs de transcription jouent un rôle important dans le contrôle de cette phase de développement, les mécanismes épigénétiques, en particulier la méthylation de l’ADN, apparaissent aussi comme des régulateurs importants du développement et du mûrissement des fruits charnus. Dans ce contexte, Le projet de thèse présenté vise à analyser le rôle de la méthylation de l’ADN (1) dans la maturation des baies de raisin et (2) dans la synthèse des anthocyanes en utilisant comme système modèle des cellules de baie de raisin cultivées in vitro.La culture in vitro de baies de raisin en présence d’inhibiteurs de la méthylation de l'ADN, aboutit à une inhibition de la maturation, suggérant que la méthylation de l’ADN joue un rôle crucial pour cette étape du développement chez la vigne. La pellicule et la chair de baies de raisin récoltées à divers stades de développement ont ensuite été analysées séparément pour déterminer les variations des transcriptomes, de l’abondance de différents métabolites, et de la méthylation de l'ADN. Les principaux résultats indiquent des variations des métabolites et du transcriptome, avec des spécificités liés au tissu analysé. En outre, l'analyse des variations de méthylation de l'ADN à deux stades de développement dans chacun de ces deux tissus révèle l’existence de variations de méthylation spécifiques à chaque tissu, tandis que les variations communes aux deux tissus restent limitées. Ces résultats suggèrent un contrôle de la méthylation de l’ADN spécifique à chaque tissu lors de la maturation de la baie. Cependant les régions différentiellement méthylées identifiées dans chaque tissu, ne sont pas associées à des gènes exprimés différentiellement au cours de la maturation des baies, ce qui pose la question du rôle de la méthylation de l’ADN dans le contrôle de l’expression génique dans les baies.Pour analyser le rôle de la méthylation de l’ADN dans le contrôle de la synthèse des anthocyanes, nous avons utilisé des suspensions de cellules de raisin du génotype Gamay Teinturier (GT), connues pour accumuler des anthocyanes lorsqu’elles sont cultivées à la lumière. L’utilisation de la zébularine, un inhibiteur de la méthylation d’ADN, permet de stimuler l’accumulation d'anthocyanes dans les cellules GT en présence de lumière, et de l’induire à l’obscurité. Les traitements à la zébularine provoquent en outre une limitation de la croissance cellulaire, une modification de l’accumulation des sucres solubles et acides organiques ainsi qu’une reprogrammation importante du transcriptome. Ces résultats suggèrent un effet général de la zébularine sur les cellules GT plutôt qu’un effet spécifique sur l’accumulation d’anthocyanes.Dans l'ensemble, les résultats indiquent que la méthylation de l'ADN est importante pour le contrôle de la maturation des fruits de la vigne, bien que les mécanismes qui sous-tendent les variations de la méthylation et leurs rôles dans les différents tissus de la baie de raisin restent à préciser. / Grapevine is a worldwide cultivated fruit crop with high economic importance mainly because of its usage for vine production. Grape berry is also one of the main models for non-climacteric fruits to study the mechanisms controlling the ripening process. Grape berry development is characterized by two phases of rapid size increase separated by a lag phase at the time of ripening induction. Grape berries are composed of three main tissues, the peel, the pulp and the seeds. Peel and pulp present distinct structure and metabolite composition and contribute in a different way to wine quality, the pulp providing sugar, amino and organic acids whereas the peel is important for anthocyanins and other phenolic compound abundance. At the present time, the molecular mechanisms involved in the control of grape berry ripening are still poorly understood. Recent results indicate that both ABA and sugar may be important signals together with various transcription factors. In addition, epigenetic mechanisms are now emerging as important regulators of fleshy fruit development, DNA methylation being critically important for tomato, sweet range and strawberry ripening.The present project aims at analyzing the potential role of DNA methylation in the control grape berry ripening. It also investigates the potential role of DNA methylation in the synthesis of anthocyanins, a compound of primary importance in peel of red grape berries, using in vitro grown fruit cells. To address these questions, grape berries cultivated in vitro were treated with DNA methylation inhibitors. Treatments resulted in delayed and reduced grape berry ripening, therefore sustaining the idea that DNA methylation plays critical roles at this developmental step. Grape berries harvested at various developmental stages were then dissected and each tissue was separately analyzed for transcriptomic, metabolic and DNA methylation variations. Main results indicate significant and distinct metabolic and transcriptomic variations consistent with each tissue following specific modifications during ripening. In addition, analysis of DNA methylation variations at two developmental stages in each tissue indicates both common and tissue specific changes in DNA methylation patterns during fruit ripening. A very small proportion of DMRs is found similarly in the pup and the peel, but most are tissue specific, also consistent with tissue specific control at this developmental phase. Of note, among the different DMRs identified in each tissue, only a few were associated with differentially expressed genes (DEG) during ripening, whereas most were not, questioning the general role of DNA methylation in the control of gene expression at this developmental transition in grape.As Anthocyanins are the most abundant polyphenolic compounds in the skin of red grape berries, we used grape cell suspensions of the Gamay Teinturier genotype, that are known to accumulate anthocyanins when grown in light conditions, to analyze the potential role of DNA methylation in their synthesis. GT cells cultivated in light conditions were treated with the DNA methyltransferase inhibitor zebularine, they accumulate higher quantities of anthocyanins. Of note, GT cells grown in the absence of light do not accumulate anthocyanins. However, zebularine was sufficient to induce anthocyanin accumulation in the absence of light. Zebularine treatments had significant additional effects on grape cells including, cell growth limitation, and modification of soluble sugar, organic acid or stilbene accumulation, together with important transcriptomic reprogramming, consistent with a general effect on cells rather than a specific effect on anthocyanin accumulation.Taken together, results are consistent with DNA methylation being important in the control of grape fruit ripening, although the precise mechanisms underlying methylation variations and roles in grape berries remain to be deciphered.

Thèse doctorat : Conception en Bâtiment et Techniques Urbaines : Villeurbanne, INSA : 1996. / Titre provenant de l'écran-titre. Bibliogr. p. 204-208.

La microflore des raisins est importante d'un point de vue technologique car elle conditionne en partie la qualité du vin. Or, la diversité des flores fongiques présentes sur baies de raisin ainsi que leur potentiel de contamination du produit final ne sont pas encore pleinement connus. Dans ce cadre, la caractérisation des flores fongiques cultivables présentes sur baies de raisin a été réalisée par PCR ITS-RFLP. 41 espèces de moisissures différentes sur les 43 étudiées appartenant à 11 genres différents ont été caractérisées de façon fiable. Seules les espèces Penicillium thomii et Penicillium glabrum ont présenté le même profil. Ainsi 96.3% des souches étudiées ont été caractérisées avec au maximum 4 enzymes de restriction et 41.5% des souches ont pu l'être avec seulement 2 enzymes de restriction. Ces résultats ont permis d'enrichir les bases de données, moyennement pourvues en séquences ITS caractéristiques de genres ou d'espèces de moisissures présentes sur baies de raisin. De plus, une étude exhaustive des moisissures présentes sur baies de raisin en Bourgogne a permis, par PCR ITS-RFLP, d'identifier 199 souches au niveau de l'espèce et ce quelque soit le genre. Penicillium spinulosum est l'espèce majoritaire isolée pour le millésime 2008 en Bourgogne. Parallèlement, la quantification de Botrytis cinerea, choisi comme micro-organisme modèle, a été réalisée par qPCR. La technique qPCR décrite dans ce travail présente (i) une bonne sensibilté avec une limite de détection de 6.4 pg d'ADN correspondant à 540 spores, (ii) l'originalité de travailler en échantillons naturellement contaminés et la fiabilité d'utiliser un standard interne. L'évaluation de l'efficacité de différentes stratégies de traitements anti-Botrytis a confirmé l'importance de la prophylaxie (effeuillage) dans la lutte contre Botrytis cinerea.

Les liens entre le microbiote intestinal, la diète et les désordres métaboliques sont maintenant établis. Les polyphénols des petits fruits affectent les bactéries pathogènes dans le côlon, et stimulent les bactéries symbiotiques, particulièrement Akkermansia muciniphila chez l'homme et dans des modèles murins. Cette bactérie muciphile contribue à l'homéostasie intestinale et induit une réponse immunitaire et métabolique bénéfique chez l'hôte. Cependant, on comprend mal comment les polyphénols peuvent sélectivement l'affecter et l'analyse traditionnelle métagénomique obtenue d'études in vivo n'offre qu'une image partielle des mécanismes impliqués. Cette thèse vise à évaluer, par des approches in vivo et in vitro, comment les polyphénols modifient le microbiote intestinal, la morphologie de l'épithélium du colon, la niche écologique d'Akkermansia, et par extension affectent le métabolisme de souris soumises à une diète obésogène. Une attention particulière a été portée à l'effet de ces composés sur la croissance d'A. muciniphila et les mécanismes moléculaires qu'ils induisent chez la bactérie. Dans un premier chapitre, l'effet des poudres de fruits canneberge et de bleuets riches en polyphénols et leurs fractions fibreuses a été étudié chez des souris soumises à une diète obésogène (HFHS) pendant 8 semaines afin d'évaluer lesquels des polyphénols ou des fibres sont responsables de l'effet prébiotique observé. Cette étude a démontré que ce sont surtout les polyphénols contenus dans les poudres de canneberges et de bleuets entiers qui sont responsables de l'action prébiotique, notamment en stimulant A. muciniphila. En effet, la poudre de canneberge comme celle de bleuets inhibent particulièrement les pathogènes induits par la diète HFHS. En outre, l'analyse de redondance fonctionnelle a révélé que la consommation de poudre de canneberge riche en polyphénols permettait au microbiote de souris obèses de retrouver les fonctions de celui de souris maigres. Ces souris présentaient un poids et une efficacité énergétique inférieurs à celui des souris non traitées. De plus, d'autres bactéries symbiotiques étaient favorisées par les poudres de fruits entiers : Muribaculaceae, Dubosiella newyorkensis et Eggerthellaceae. Fait intéressant, les fibres de canneberge inhibaient également les pathogènes, favorisaient des bactéries dégradant les polyphénols et réduisaient les triglycérides hépatiques chez les souris obèses. Ces résultats mettent en évidence le potentiel des polyphénols, même lorsqu'ils sont associés aux fibres, à atténuer les désordres métaboliques. Le deuxième chapitre s'intéresse à identifier les catégories de polyphénols impliquées dans l'accroissement du nombre de bactéries symbiotiques et particulièrement d'A. muciniphila. Les souris soumises à une diète obésogène ont été traitées avec un extrait de bleuet ou trois de leurs fractions polyphénoliques : F1, riches en anthocyanes et en acides phénoliques; F2, riche en oligomères de proanthocyanidines (PACs) ainsi qu'en flavonols; et F3 riches en polymères de PACs. Ces sous-fractions ont été administrées aux souris dans les mêmes concentrations que celles retrouvées dans l'extrait entier. Globalement, les fractions polyphénoliques ont restauré l'épaisseur de la couche de mucus, mais particulièrement les fractions riches en PACs ont significativement stimulé A. muciniphila, tout en améliorant la proportion de cellules caliciformes et le métabolisme du glucose chez les souris obèses. Enfin le dernier chapitre s'intéresse aux mécanismes par lesquels les polyphénols favorisent la croissance de A. muciniphila dans l'intestin. Des cultures d'A. muciniphila ont donc été effectuées dans des milieux enrichis en polyphénols afin d'évaluer les gènes impliqués dans le métabolisme cellulaire et dans la résistance aux antimicrobiens; les pompes à efflux non spécifiques, les polysaccharides capsulaires (CPS), les exopolysaccharides (EPS), les transporteurs de type ABC-2 et de resistance-nodulation-cell division (RND) ont joué un rôle crucial dans la résistance et l'adaptation de la bactérie aux polyphénols. La croissance d'A. muciniphila n'a pas été inhibée par l'extrait de canneberge entier ni par ses fractions polyphénoliques, mais elle a été stimulée par l'urolithine-A. Cette expérience in vitro a démontré que les polymères de PACs favorisent davantage les mécanismes d'adaptation antimicrobienne impliqués dans la protection des parois cellulaires et la régulation énergétique chez Akkermansia. Parallèlement à l'urolithine-A, les polymères de PACs ont induit la production du CPS et du EPS chez A. muciniphila. Ces CPS/EPS pourraient contribuer aux rôles immunomodulateur et anti-obésité d'A. muciniphila et par conséquent constituer des postbiotiques prometteurs. Cette thèse démontre la sélectivité des polyphénols, principalement des PACs, dans l'inhibition des pathogènes associés à l'obésité et dévoile les mécanismes moléculaires qui sous-tendent leurs effets prébiotiques sur A. muciniphila. / The link between gut microbiota, diet and metabolic diseases is now established. Polyphenols from berries and other dietary sources have been shown to inhibit opportunistic pathogens and stimulate symbiotic bacteria, particularly Akkermansia muciniphila in humans and animals. A. muciniphila is a mucus-living bacterium shown to contribute to the intestinal homeostasis and to drive beneficial immune and metabolic response in the host. However, it is not yet known how polyphenols can selectively affect A. muciniphila from in vivo studies, since regular metagenomic analysis of the gut microbiota only provide a partial picture of the mechanisms involved. This thesis aims to determine, through in vivo and in vitro approaches, the prebiotic effect of polyphenols and how they affect the physiology and intestinal morphology and the ecological niche of Akkermansia in obesogenic diet-fed mice. Particularly, it focusses on the molecular capacity of A. muciniphila to induce defence mechanisms and adapt to distinct polyphenolic fractions. In the first chapter, in order to assess which constituent of berries was responsible for the prebiotic action, we compared the effect of the dietary supplementation with polyphenol-rich cranberry and blueberry fruit powders to their respective fibrous fractions (cell wall polysaccharides) of high-fat high-sucrose (HFHS) fed mice for 8-weeks. We demonstrated that the polyphenols from cranberry and blueberry fruit powders are mainly responsible for the selective prebiotic effects on A. muciniphila rather than their fibre-rich fractions. Both cranberry and blueberry whole fruit powders inhibited HFHS-induced pathobionts associated with obesity. A functional redundancy analysis revealed that the gut microbiota functions of obese mice were remarkably changed by polyphenol-rich whole cranberry powder, restoring it back to that observed in lean mice; that is, they presented lower body weight and energy efficiency as compared to untreated mice. Furthermore, other symbiotic bacteria were influenced by polyphenol-rich berry powders, notably Muribaculaceae, Dubosiella newyorkensis, and the polyphenol-degrading Eggerthellaceae; these mice presented a lower body weight and energy efficiency as compared to untreated mice. Surprisingly, cranberry fibrous fraction also inhibited pathobionts and promoted polyphenol-degrading families and reduced the hepatic triglycerides level in HFHS-fed mice. Altogether, these findings highlight the role of polyphenols associated with fibres, in attenuating obesity. The second chapter aimed to identity which polyphenolic category was mostly responsible for the prebiotic effect and the abundance of A. muciniphila. HFHS-fed mice were treated with a whole blueberry extract and with the three constitutive polyphenolic fractions: F1, rich in anthocyanins and phenolic acids, F2, rich in oligomeric proanthocyanidins (PACs) and flavonols, and F3 rich polymeric PACs. These sub-fractions were administered to mice at the same concentration as encountered in the whole extract. All in all, the polyphenolic fractions restored the mucus thickness, but the PAC-rich fractions besides stimulating A. muciniphila, increased the proportion of goblet cells and improved the glucose homeostasis in obese mice. Finally, the third chapter looks at the mechanisms by which polyphenols promote the growth of A. muciniphila. Growing assays of A. muciniphila were carried out in polyphenols enriched media in order to assess the expression of genes involved in cell metabolism and antimicrobial resistance. Genes coding for multidrug efflux pumps, capsular polysaccharide (CPS) family, exopolysaccharides (EPS), and ABC-2 type and resistance-nodulation-cell division (RND) transporters were shown to play a crucial role in allowing the bacteria to withstand the different cranberry polyphenolic fractions and adapt to the stress they caused. A. muciniphila growth was not inhibited by the whole cranberry extract neither by its polyphenolic fractions, but enhanced by the phenolic metabolite urolithin-A. Moreover, we showed that the polymeric PACs were triggering most intensively the antimicrobial adaptation mechanisms involved in cell-wall protection and energy management in A. muciniphila. Both of these fractions up-regulated CPS and EPS in A. muciniphila. CPS/EPS secretion in presence of polyphenols might represent promising post-biotic products, possibly involved in the immune modulatory and anti-obesity potential by A. muciniphila. Altogether, this thesis demonstrates for one of the first times that berry polyphenols and their PAC-rich fractions are responsible for the prebiotic-like effect on A. muciniphila, and the inhibition of specific pathobionts associated with obesity and unveils the molecular mechanisms underpinning the resilience of this bacterium to phenolics.

Vu l'incidence des maladies chroniques, une transition vers une alimentation plus diversifiée intégrant les petits fruits, dont la baie d'aronia, pourrait être bénéfique. Une meilleure connaissance de l'effet préventif de la baie d'aronia sur ces maladies et leurs principaux déterminants est donc requise. Les bénéfices découlant de la consommation des baies de cet arbuste reposent sur leur teneur en polyphénols et l'activité métabolique du microbiote intestinal. Cet examen de la portée s'intéresse au genre Aronia et à ses espèces associées. Il vise à identifier, à partir de la littérature scientifique et grise en santé, les effets préventifs de la baie d'aronia sur la santé cardiométabolique et ses principaux déterminants. Cet examen s'appuie sur le manuel du JBI. Les bases de données exploitées sont : MEDLINE, FSTA, Embase, Cochrane, CINAHL, CAB Abstracts, WOS, ABI/INFORM global, Academic Search Premier, et ClinicalTrials.gov pour la littérature grise. Les données retenues sont réunies dans deux principaux tableaux synthèses sous forme de cartographie. Des 2 204 articles répertoriés, 318 ont été retenus pour la deuxième sélection (proportion d'accord - 85,76 % et κ - 0,71) ; et 21, finalement. Chez l'animal, les baies d'aronia ont produit un effet favorable sur 40 % des (bio)marqueurs cardiométaboliques mesurés à une moyenne des DMJ de polyphénols et d'anthocyanes de 205,13 et de 46,62 mg/kg de p.c. moyen, respectivement. Chez l'humain, un effet positif a été noté pour 33 % des (bio)marqueurs investigués à une moyenne des DMJ de polyphénols et d'anthocyanes de 15,38 et de 2,37 mg/kg p.c. moyen, respectivement. Dans une perspective de santé publique, les baies d'aronia contribueraient à l'amélioration de l'état de santé de la population, donc à la prévention de certaines maladies cardiométaboliques et à la diminution des inégalités de santé. Cette étude pourrait orienter les futures recherches sur l'aronia dans certaines populations ou différents contextes socioéconomiques. / Given the incidence of chronic diseases, a transition to a more varied diet incorporating berries, including the aronia berry, could be beneficial. A better knowledge of the preventive effect of the aronia berry on these diseases and their main determinants is therefore required. The benefits resulting from the consumption of the berries of this shrub are based on their polyphenol content and the metabolic activity of the intestinal microbiota. This scoping review focuses on the genus Aronia and its associated species. The aim is to identify, from scientific and gray health literature, the preventive effects of the aronia berry on cardiometabolic health and its main determinants. This scoping review is based on the JBI manual. The databases used are: MEDLINE, FSTA, Embase, Cochrane, CINAHL, CAB Abstracts, WOS, ABI/INFORM global, Academic Search Premier, and ClinicalTrials.gov for gray literature. The data retained are brought together in two main summary tables in the form of a map. From 2,204 articles listed, 318 were retained for the second selection (proportion of agreement - 85.76% and κ - 0.71); and 21, finally. In animals, aronia berries produced a favorable effect on 40% of cardiometabolic (bio)markers measured at an average of mean daily doses (ADD) of polyphenols and anthocyanins of 205.13 and 46.62 mg/kg mean body weight (mbw), respectively. In humans, a positive effect was noted for 33% of the (bio)markers investigated at an average ADD of polyphenols and anthocyanins of 15.38 and 2.37 mg/kg mbw, specifically. From a public health perspective, aronia berries would contribute to improve the state of health of the population, therefore to the prevention of certain cardiometabolic diseases and to the reduction of health inequalities. This study could guide future research on chokeberry in certain populations or different socioeconomic contexts.

La microflore des raisins est importante d’un point de vue technologique car elle conditionne en partie la qualité du vin. Or, la diversité des flores fongiques présentes sur baies de raisin ainsi que leur potentiel de contamination du produit final ne sont pas encore pleinement connus. Dans ce cadre, la caractérisation des flores fongiques cultivables présentes sur baies de raisin a été réalisée par PCR ITS-RFLP. 41 espèces de moisissures différentes sur les 43 étudiées appartenant à 11 genres différents ont été caractérisées de façon fiable. Seules les espèces Penicillium thomii et Penicillium glabrum ont présenté le même profil. Ainsi 96.3% des souches étudiées ont été caractérisées avec au maximum 4 enzymes de restriction et 41.5% des souches ont pu l’être avec seulement 2 enzymes de restriction. Ces résultats ont permis d’enrichir les bases de données, moyennement pourvues en séquences ITS caractéristiques de genres ou d’espèces de moisissures présentes sur baies de raisin. De plus, une étude exhaustive des moisissures présentes sur baies de raisin en Bourgogne a permis, par PCR ITS-RFLP, d’identifier 199 souches au niveau de l’espèce et ce quelque soit le genre. Penicillium spinulosum est l’espèce majoritaire isolée pour le millésime 2008 en Bourgogne. Parallèlement, la quantification de Botrytis cinerea, choisi comme micro-organisme modèle, a été réalisée par qPCR. La technique qPCR décrite dans ce travail présente (i) une bonne sensibilté avec une limite de détection de 6.4 pg d’ADN correspondant à 540 spores, (ii) l’originalité de travailler en échantillons naturellement contaminés et la fiabilité d’utiliser un standard interne. L’évaluation de l’efficacité de différentes stratégies de traitements anti-Botrytis a confirmé l’importance de la prophylaxie (effeuillage) dans la lutte contre Botrytis cinerea. / Microbial population of grapes is important from a technological point of view because it determines the quality of wine. But few studies have focused on fungal populations of grapes. A better knowledge of the fungal diversity on grapes, particularly as concerns species responsible for wine defects, may help efforts to control their development.We report the development of a PCR ITS-RFLP method as a fast and easy technique for identifying species of fungal genera present on grapes. By this methode, 41 different fungal species among 43 studied species belonging to 11 genera were characterized at the species level. Only P. thomii remained indistinguishable from P. glabrum. Using this PCR-ITS-RFLP, 96.3% strains tested could be differentiated to the species level with only four enzymes and 41.5% only with two enzymes. Moreover this work has contributed to the enriching of the database of fungal ITS sequences.Thus 199 isolated strain were on grapes in Burgundy vineyard were chacacterized at species level indepdantly of the genus by this method. P. spinolusum was the most frequently isolated species of Penicillium in Burgundy for 2008 vintage. Paralelly, the quantification of Botrytis cinerea, used as model, was developped by qPCR. The assay contained an internal amplification control to compensate for variations in DNA extraction and the various compounds from grapes, had high efficiency and the limit of detection was estimated to be 6.3 pg DNA (corresponding to 540 spores). This method was applied to assess the effects of various treatment strategies against Botrytis in the vineyard and demonstrates the importance of the prophylactic method.

Reproduction de : Thèse de doctorat : Biosciences végétales : Toulouse, INPT : 2008. / Titre provenant de l'écran-titre. Bibliogr. 163 réf.

Cette thèse porte sur l’étude des ouvertures architecturées et de leurs fonctions, leurs rapports avec l’éclairage et les types d’édifices étudiés, qu’ils soient publics ou religieux, dans le monde grec égéen. En effet, il n’y a eu que très peu d’études générales sur les fenêtres et autres modes d’éclairage, dont l’importance se voit à travers la multitude de formes employées, et les prouesses architecturales qui ont permis de réaliser certaines d’entre elles. Cette thèse s’attache à démontrer qu’au-delà de l’éclairage, de nombreuses fonctions et dimensions supplémentaires peuvent être accordées aux ouvertures architecturées, et tente de déterminer quelle place a la lumière naturelle – par rapport à l’éclairage artificiel lorsque cela est possible – et surtout si l’éclairage prédomine sur l’architecture, ou inversement. Pour cela, la forme et la fonction des édifices sont mises en corrélation avec cette dualité fenêtre/éclairage. Cette analyse globale s’effectue également au niveau géographique et chronologique, afin de discerner ou non des particularités régionales et des modes ou influences, la période s’étalant de l’époque archaïque à la naissance de l’Empire romain, et le cadre géographique se bornant à la Grèce égéenne. Les disciplines concernées sont variées : l’architecture bien sûr, mais également l’épigraphie, les comptes et inventaires permettant de faire un bon recensement des ouvertures, les fenêtres étant considérées comme du mobilier, au même titre que les portes. Ainsi les montants de ces fenêtres, ainsi que les charpentes dans le cas d’ouvertures zénithales, sont nommés. Les textes relatant une construction ou des réfections sont également très importants. Quant aux auteurs antiques, ils nous donnent parfois quelques indications, notamment lorsqu’ils relatent un culte ou une visite de monuments, en particulier Pausanias, même si les détails manquent souvent. Les représentations artistiques, notamment peintures sur céramique ou peintures murales, ainsi que les monnaies, sont également de bons indicateurs et permettent une vision globale de la notion d’éclairage et de son importance dans des édifices aussi divers que des temples ou des portiques. / This PhD is about the study of the architectural openings and their functions, their relations with the lightening and the types of the studied monuments, publics, half-private or religious, in the Aegean Greek world. Indeed, there are few general studies based on the windows and other lightening way, which the importance is visible with the great quantity of different employed forms, and the architectural feats that allowed realizing some of there. This thesis wants to show that beyond the lightening, a lot of others functions and dimensions can be accorded to the architectural openings, and try to determine what is the place of the natural light - in comparison of the artificial lightening when it is possible - and above all if the lightening predominates on the architecture, or inversely. For that, form and function of the buildings are in correlation with this duality window/lightening. Moreover, this global analysis occurs at a chronological and geographical level, in order to find or not regional particularities and trends or influences. The study period runs until archaic period to the born of the Roman Empire, the geographical setting concerns the Aegean Greece. The concerned disciplines are varied: the architecture of course, but also epigraphy, counts and inventories helping to do a good census report of the openings like doors. Thus, uprights of these windows, as well as frameworks for zenithal openings, are named. Texts relating constructions or repairing are very important too. As for the ancient authors, they sometimes give some indications, notably when they write about a cult or a building visit, in particular Pausanias, even details often lack. Furthermore, the artistic representations, as paint on pottery or on walls, and coins, are good indicators. We can have with them a global vision of the lightening notion and its importance in very different types of buildings like temples or porticoes.

Compte tenu de la fréquence élevée et de l'impact majeur des inondations, les décideurs, les acteurs des municipalités et le ministère de la sécurité publique ont un besoin urgent de disposer d'outils permettant de prédire ou d'évaluer l'importance des inondations et leur impact sur la population. D'après les statistiques, le premier étage des bâtiments, ainsi que les ouvertures inférieures, sont plus susceptibles de subir des dommages lors d'une inondation. Ainsi, dans le cadre de l'évaluation de l'impact des inondations, il serait nécessaire d'identifier l'emplacement de l'ouverture la plus basse des bâtiments et surtout sa hauteur par rapport au sol. Le système de balayage laser mobile (MLS) monté sur un véhicule s'est avéré être l'une des sources les plus fiables pour caractériser les bâtiments. Il peut produire des millions de points géoréférencés en 3D avec un niveau de détail suffisant, grâce à son point de vue depuis la rue et sa proximité. De plus, l'augmentation du nombre de jeux de données, issues des MLS acquis dans les villes et les environnements ruraux, permet de développer des approches pour caractériser les maisons résidentielles à l'échelle provinciale. Plusieurs défis sont associés à l'extraction d'informations descriptives des façades de bâtiments à l'aide de données MLS. Ainsi, les occlusions devant une façade rendent impossible l'obtention de points 3D sur ces parties de la façade. Aussi, comme les fenêtres sont principalement constituées de verre, qui ne réfléchit pas les signaux laser, les points disponibles pour celles-ci sont généralement limités. De plus, les approches de détection exploitent la répétitivité et les positions symétriques des ouvertures sur la façade. Mais ces caractéristiques sont absentes pour des maisons rurales et résidentielles. Finalement, la variabilité de la densité de points dans les données MLS rend difficile le processus de détection lorsqu'on travaille à l'échelle d'une ville. Par conséquent, l'objectif principal de cette recherche est de concevoir et de développer une approche globale d'extraction efficace des ouvertures présentes sur une façade. La solution proposée se compose de trois phases: l'extraction des façades, la détection des ouvertures et l'identification des occlusions. La première phase utilise une approche de segmentation adaptative par croissance de régions pour extraire la boîte englobante 3D de la façade. La deuxième phase combine la détection de trous avec une technique de maillage pour extraire les boîtes englobantes 2D des ouvertures. La dernière phase, qui vise à discriminer les occlusions des ouvertures, est en cours d'achèvement. Des évaluations qualitatives et quantitatives ont été réalisées à l'aide d'un jeu de données réelles, fourni par Jakarto Cartographie 3D Inc., de la province de Québec, au Canada. Les statistiques ont révélé que l'approche proposée pouvait obtenir de bons taux de performance malgré la complexité du jeu de données, représentatif des données acquises en situation réelle. Les défis concernant l'auto-occlusion de certaines façades et la présence de grandes occlusions environnantes seront à étudier plus en profondeur afin d'obtenir des informations plus précises sur les ouvertures des façades. / Given the high frequency and major impact of floods, decision-makers, stakeholders in municipalities and public security ministry are in the urgent need to have tools allowing to predict or assess the significance of flood events and their impact on the population. Based on statistics, the first floor of the buildings, as well as the lower openings, are more likely subject to potential damage during a flood event. Thus, in the context of flood impact assessment, it would be required identifying the location of the buildings' lowest opening and especially its height above the ground. The capacity to characterize building with a relevant level of detail depends on the data sources used for the modeling. Different sources of data have been employed to characterize buildings' façade and openings. Mobile Laser Scanning (MLS) system mounted on a vehicle has proved to be one of the most reliable sources in this domain. It can produce millions of 3D georeferenced points with sufficient level of detail of the building facades and its openings, due to its street-view and close-range distance. Moreover, the increase of MLS providers and acquisitions in towns and rural environments, makes it possible to develop approaches to characterize residential houses at a provincial scale. Although being effective, several challenges are associated with extracting descriptive information of building facades using MLS data. The presence of occlusion in front of a facade makes it impossible to obtain the 3D points of the covered parts of the facade. Given the fact that windows mostly consist of glass and laser signals could not be reflected from the glass, limited points are usually available for windows. While the repetitive pattern and symmetrical positions of the openings on the facade makes it easier for the detection system to extract them, this characteristic is missing on the facade on rural and residential houses. The inconsistency of the point density in MLS data make the detection process even harder when working at city scale. Accordingly, the main objective of this research is to design and develop a comprehensive approach that effectively extracts facade openings. In order to meet the research project objective, the proposed solution consists of three phases including facade extraction, opening detection, and occlusion recognition. The first phase employs an adaptive region growing segmentation approach to extract the 3D bounding box of the facade. The second phase combines a hole-based assumption with an XZ gridding technique to extract 2D bounding boxes of the openings. The last phase which recognizes holes related to the occlusion from the openings is currently being completed. Qualitative and quantitative evaluations were performed using a real-word dataset provided by Jakarto Cartographie 3D inc. of the Quebec Province, Canada. Statistics revealed that the proposed approach could obtain good performance rates despite the complexity of the dataset, representative of the data acquired in real situations. Challenges regarding facade's self-occlusion and the presence of large surrounding occlusions should be further investigated for obtaining more accurate opening information on the facade.

Thèse ou mémoire avec insertion d’articles. / La consommation d'aliments contaminés par le norovirus humain, tels que les baies et les légumes feuillus, est une cause majeure de gastro-entérite épidémique dans le monde. Par conséquent, les stratégies de contrôle visant à limiter l'adhésion du norovirus à la surface des produits végétaux ont fait l'objet de plusieurs études. Pendant la dernière décennie, les interactions entre les virus entériques et les bactéries commensales de l'intestin des mammifères ont été étudiées. Cependant, peu de travaux ont été réalisés sur les communautés bactériennes associées à la surface des baies et des légumes feuillus et leur rôle dans la transmission du norovirus humain. D'ailleurs, certaines bactéries de la flore commensale des végétaux sont connues pour leur capacité à former des biofilms dans lesquels des substances analogues aux récepteurs des norovirus sont sécrétées. La présence de biofilms bactériens pourrait ainsi contribuer à l'adhésion du norovirus à la surface des végétaux et favoriser sa persistance. Puisque les produits végétaux sont délicats et susceptibles d'être endommagés, les traitements conventionnels ne sont pas toujours appropriés pour inactiver les virus sans compromettre la qualité des aliments. Dans ce mémoire, neuf bactéries associées à la surface des baies et des légumes feuillus sous forme de biofilms ont été étudiées selon leur effet protecteur sur la persistance de deux virus modèles du norovirus humain, le norovirus murin (MNV-1) et le virus Tulane, après un traitement d'inactivation par la lumière pulsée à une fluence de 11,52 J/cm². Aucune différence significative n'a été détectée dans les réductions du titre viral de MNV-1 en présence de biofilms par rapport au MNV-1 seul après le traitement par la lumière pulsée. Le virus Tulane a montré une résistance plus élevée au traitement par la lumière pulsée lorsqu'il était en présence des biofilms formés par Enterobacter cloacae, Escherichia coli, Kocuria kristinae, Pantoae agglomerans et Pseudomonas fluorescens. / Consumption of contaminated food with human norovirus, such as fresh berries and leafy vegetables, is a major cause of epidemic gastroenteritis worldwide. Consequently, several studies have focused on strategies to prevent norovirus attachment to fresh produce. Over the last decade, interactions between enteric viruses and commensal bacteria of the mammalian gut have been investigated, but limited work has been done on the bacterial communities associated with the surface of fresh produce and their role in norovirus transmission. Some bacterial species can form a matrix of extracellular polymeric substances, called biofilm, in which molecules like norovirus receptors can be secreted. Thus, bacterial biofilms associated with the surface of berries and leafy vegetables could interplay with norovirus through direct interactions and modulate its attachment and persistence. Since fresh produce are susceptible to damage, conventional treatments are not always appropriate to inactivate viruses without compromising food quality. Therefore, there is an urgent need to understand how norovirus interacts with epiphytic bacteria, and more specifically with bacterial biofilms. Nine bacterial species were studied in terms of their protective effect on the persistence and infectivity of two norovirus surrogates, murine norovirus 1 (MNV-1) and Tulane virus, when subjected to a pulsed light inactivation treatment at a fluence of 11.52 J/cm². No significant difference was detected in reductions of MNV-1 when attached to bacterial biofilms compared with the control whereas Tulane virus showed a significantly higher resistance to pulsed light treatment when attached to biofilms formed by Enterobacter cloacae, Escherichia coli, Kocuria kristinae, Pantoae agglomerans, and Pseudomonas fluorescens.