Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-09-25T12:11:34Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Lucas Lacerda Caldas Zanini Jardim - 2014.pdf: 1922668 bytes, checksum: 8ba35cacc2f1d99252124085bf81a549 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-09-26T11:42:18Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Lucas Lacerda Caldas Zanini Jardim - 2014.pdf: 1922668 bytes, checksum: 8ba35cacc2f1d99252124085bf81a549 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-09-26T11:42:18Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Lucas Lacerda Caldas Zanini Jardim - 2014.pdf: 1922668 bytes, checksum: 8ba35cacc2f1d99252124085bf81a549 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2014-03-28 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / We have been describing species for a long time and we have been asking about how many of them are left on the Earth. Species are evolutionary lineages and the answer to that question maybe is not in richness estimates, but in how much of the evolutionary tree was already described. Here, we studied how richness and phylogenetic diversity have been accumulated in Tetrapods and how those metrics differ from each other. We also tested if there were biases for particular clades in species describing process, it would mean non-random description along the phylogeny. We found Amphibia and Squamata have ascendant curves for both metrics, Mammals are beginning its stabilization and Birds are stabilizing for about 60 years. Nonetheless, phylogenetic diversity trends to stabilize firstly than richness, due to the convex relationship between them. We also founde that description has been at random about clades. Thus, more efforts are necessary to improve our phylogenetic resolution of Amphibia, Squamata and Mammals. Once we have an ample sample size in Birds and a random sample along phylogeny, we need to resolve Darwinian and Wallacean shortfalls, taking into consideration the phylogenetic relationship among species, the evolutionary model of their traits and where those species occur. Understanding species as lineages permits us to stabilize early the number of species and to infer which species could have been extinct before description, such as what would be their impacts in conservation, community ecology and ecosystem function. / Nós temos descrito espécies há muito tempo e nos perguntamos sobre quantas delas existem na Terra. Espécies são linhagens evolutivas e a resposta à essa pergunta talvez não esteja na estimativa de riqueza, mas em quanto da árvore evolutiva já foi descrita. Aqui nós estudamos como tem sido o acúmulo de riqueza e diversidade filogenética desde 1758 nos Tetrápodas e como essas duas métricas se diferem. Também testamos se havia vieses para descrições de espécies em determinados clados, indicando descrição não aleatória na filogenia. Nós encontramos que Anfíbios e Squamata possuem curvas ascendentes, Mamíferos estão começando a estabilizar e Aves estão estabilizando nos últimos 60 anos. No entanto, apesar de riqueza e diversidade filogenética serem correlacionadas, a segunda tende a estabilizar primeiro que riqueza, devido a relação convexa entre elas, parecida com as relações espécie-área. Nós também encontramos que o processo de amostragem (descrição) ao longo da filogenia tem sido aleatório. Assim, mais esforços são necessários para melhorarmos nossa resolução filogenética de Anfíbio, Squamata e Mamíferos. Já Aves, uma vez que temos grande tamanho amostral necessitamos focar agora nas suas lacunas Darwinianas e Wallaceanas, resolvendo as incerteza sobre a relação de parentesco entre as espécies, quais são os modelos evolutivos que explicam a evolução de suas características e onde essas espécies ocorrem. Entender espécies como linhagens permite-nos estabilizar o número de espécies mais cedo e inclusive inferir quais espécies poderiam ter sido extintas antes de descritas e quais seriam seus impactos em conservação, ecologia de comunidades e funcionamento de ecossistemas.

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Submitted by Onia Arantes Albuquerque (onia.ufg@gmail.com) on 2018-10-15T15:02:15Z No. of bitstreams: 2 Tese - Lucas Lacerda Caldas Zanini Jardim - 2018.pdf: 5066072 bytes, checksum: 4280b5b19a9111a59fea8065049fd5b3 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-10-15T15:25:17Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese - Lucas Lacerda Caldas Zanini Jardim - 2018.pdf: 5066072 bytes, checksum: 4280b5b19a9111a59fea8065049fd5b3 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-10-15T15:25:17Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese - Lucas Lacerda Caldas Zanini Jardim - 2018.pdf: 5066072 bytes, checksum: 4280b5b19a9111a59fea8065049fd5b3 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2018-04-27 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Macroecology studies ecological pattern at large geographical and temporal scales. At these scales, information about hundreds or even thousands of studied species. This lack of information may potentially bias studies’ conclusions related with macroecological processes and patterns. In this thesis, we evaluated phylogenetic imputation methods, their uses and effects in macroecological studies. The first chapter evaluated different methods used to deal with missing data, taking into account different scenarios of species trait evolution, as well as percentage and pattern of missing data. We found that dealing with missing data relies on the specific goals and data of the study. Therefore, we suggested caution while using imputed database. In the second chapter, we tested the island rule effect in body mass and brain volume of primates. To do so, we fitted evolutionary models to those traits and then imputed the body mass and brain volume for Homo floresiensis. We concluded that primates do not follow the island rule and even though our models overestimated, on average, brain and body size of Homo floresiensis, its evolution did not deviate from primates’ evolutionary expectation. Lastly, in the third chapter, we tested existence of Bergmann’s rule in mammals using multiple imputation methods, in addition to considering the consequences of ignoring missing data while testing the rule. We found that ignoring missing data can invert (eg. changing from positive to negative effect) the effect of temperature on body mass, but this bias did not turn the effect statistically significant. Therefore, we concluded that mammals do not follow Bergmann’s rule, when evaluated at the class taxonomic level. Finally, this thesis discussed pros, cons and future research avenues in order to make phylogenetic imputation a more robust tool to deal with missing data in macroecology. / A macroecologia estuda padrões ecológicos em grandes escalas geográficas e temporais, em busca de quais processos moldam esses padrões. Nessas escalas de estudo, há raramente informações completas sobre as centenas ou até milhares de espécies estudadas. Essa ausência de informações tem o potencial de enviesar as conclusões dos estudos sobre padrões e processos macroecológicos. Nessa tese, nós avaliamos métodos de imputação filogenética, a sua aplicação e consequências em estudos macroecológicos. Para avaliar potenciais vieses do uso de banco de dados imputados, no primeiro capítulo, nós aplicamos diferentes métodos utilizados para tratar dados faltantes, sob diferentes cenários de evolução dos atributos das espécies, porcentagem e padrão dos dados faltantes. Nós encontramos que a forma de tratar o dado faltante pode ser dependente dos objetivos e dos dados de cada estudo e, portanto, nós sugerimos cautela ao utilizarmos bancos de dados imputados. No segundo capítulo, nós testamos o efeito da regra de ilha na evolução da massa corpórea e do volume cerebral de primatas. A partir dos melhores modelos evolutivos ajustados a esses atributos, nós imputamos a massa corpórea e volume cerebral de Homo floresiensis. Nós concluímos que primatas não seguem regra de ilha e que apesar de nossos modelos superestimarem, em média, o tamanho do corpo e cérebro de Homo floresiensis, a sua evolução não se desvia do esperado pela evolução de primatas. Por fim, no terceiro capítulo testamos a regra de Bergmann em mamíferos, utilizando métodos de imputação múltipla e avaliamos as consequências de desconsiderar os dados faltantes na detecção da regra. Nós encontramos que testar a regra sem considerar os dados faltantes pode inverter o efeito da temperatura na massa do corpo, mas esse viés não tornou o efeito estatisticamente significante. Portanto, concluímos que mamíferos não seguem a regra de Bergmann, quando toda a classe é avaliada. Por fim, essa tese discutiu vantagens, desvantagens e futuras linhas de pesquisa para tornar a imputação filogenética uma ferramenta mais robusta para tratarmos dados faltantes em macroecologia.