Thesis (PhD) - Environment and Biotechnology Centre, Faculty of Life and Social Sciences, Swinburne University of Technology, 2009. / Submitted in total fulfilment of the requirements for the degree of Doctor of Philosophy, Environment and Biotechnology Centre, Faculty of Life and Social Sciences, Swinburne University of Technology, 2009. Typescript. Bibliography: p. 223-240.

Thesis (MS)--Montana State University--Bozeman, 2009. / Typescript. Chairperson, Graduate Committee: Robin Gerlach. Includes bibliographical references (leaves 220-225).

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:28:56Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-03-13Bitstream added on 2014-06-13T18:58:08Z : No. of bitstreams: 1 leite_arp_me_arafo.pdf: 1273945 bytes, checksum: cb5883147f849ba467e943f22b736489 (MD5) / O objetivo do presente estudo foi avaliar a influência da utilização de um adesivo para prótese (Ultra Corega creme) na formação de biofilme sobre a superfície interna de próteses totais e na microbiota bucal, no grau de satisfação, além da estimativa de custo médio diário do produto. Trinta pacientes receberam próteses totais novas, e foram divididos em dois protocolos: protocolo 1- utilização do adesivo durante os primeiros 15 dias de teste, seguida por não utilização de nenhum tipo de adesivo durante os próximos 15 dias; protocolo 2- não utilização de adesivo durante os primeiros 15 dias de teste, seguida por utilização do adesivo durante os próximos 15 dias. Após cada período de 15 dias, o biofilme formado na superfície interna das próteses totais foi corado e quantificado por meio de um método fotográfico com o auxílio de um software (Image Tool 3.00). Amostras de material da mucosa palatina e da superfície interna das próteses superiores foram plaqueadas em meios seletivos para Candida spp. e Streptococcus mutans e em um meio não seletivo. Ainda, foi aplicado um questionário para avaliação da satisfação com as próteses e o custo médio diário do produto foi estimado por meio de fórmulas matemáticas. Todas as análises foram realizadas com α = 0,05 e foram empregados testes apropriados à distribuição dos dados. Foi observada formação de biofilme semelhante com ou sem o uso do adesivo sobre as próteses superiores (Wilcoxon, p=0,255) e inferiores (Wilcoxon, p=0,433). Contagens de colônias semelhantes foram observadas com ou sem a utilização do adesivo na mucosa e na superfície interna da prótese total superior (p>0,05). O uso de adesivo proporcionou maior satisfação aos participantes (Wilcoxon, p=0,04). Em média, cada paciente utilizou 3,9 ± 0,3 gramas de adesivo por dia... / The aim of this study was to evaluate the influence of adhesive usage (Ultra Corega cream) on biofilm formation on the internal surface of dentures and oral microbiota, degree of satisfaction, and the estimated average daily cost of product. Thirty patients received new dentures, and have been divided into two protocols: Protocol 1-use of the adhesive during the first 15 days of the test, followed by not using adhesive over the next 15 days; Protocol 2- no use of adhesive for the first 15 days of the test, followed by use of adhesive over the next 15 days. After each period of 15 days, the internal surfaces of the dentures were stained and photographed and the areas (total internal surface and surface stained with biofilm) quantified (Image Tool 3.00). Samples of material from the palatal mucosa and the internal surface of the maxillary denture were plated on selective media for Candida spp. and Streptococcus mutans and a non-selective medium. A questionnaire was applied to evaluate satisfaction with the dentures and the average daily cost of the product was estimated by mathematical formulas. All analyzes were performed with α=.05 and appropriate tests were applied to the data distribution. Similar biofilm formation was found with or without adhesive usage for maxillary (Wilcoxon, p=.255) and mandibular dentures (Wilcoxon, p=.433). Similar colony counts were observed with or without adhesive for mucosa and the internal surface of dentures, irrespective of the culture medium (p>.05). The use of adhesive provided higher satisfaction (Wilcoxon, p=.04). On average, each patient used 3.9 ± 0.3 grams of adhesive per day, equivalent to R $ 4.02 for average daily cost. It is concluded that the use of the adhesive did not affect the quantification of the biofilm and the oral microbiota, besides providing greater overall satisfaction

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:23:00Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-02-29Bitstream added on 2014-06-13T20:29:37Z : No. of bitstreams: 1 bonsaglia_ecr_me_botib.pdf: 226759 bytes, checksum: ef86655bccf56a9c4ddbb9892ff626f5 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Listeria monocytogenes é uma bactéria frequentemente encontrada em vários alimentos crus, como carne, queijo e legumes. Está amplamente distribuída no ambiente causando a contaminação de alimentos durante seu processamento. Atualmente, a contaminação por L. monocytogenes nas indústrias alimentícias é considerada um dos maiores problemas de segurança alimentar, pois uma vez presente na linha de processamento à bactéria dificilmente é eliminada pela grande capacidade em formar biofilme. A formação de biofilmes em equipamentos pode levar a sérios problemas de higiene e perdas econômicas devido à deterioração dos alimentos e deficiência dos equipamentos. Além disso, a contaminação por patógeno representa um grande risco para saúde. A incidência de listeriose é baixa, mas a taxa de letalidade é alta. Muitos dos focos principais de listeriose têm sido associados ao consumo de alimentos contaminados, especialmente os produtos lácteos. Assim, esse trabalho teve como objetivo analisar a capacidade de formação de biofilme, por 32 cepas de L. monocytogenes isoladas de diferentes alimentos, em diferentes materiais (aço inoxidável, vidro e poliestireno) e temperaturas (4º, 20º, 35ºC) observando a presença do gene luxS e também testar a eficácia de dois sanitizantes alcalino clorado, utilizados para sanitização de planta de processamento de alimentos. Os resultados demonstraram que entre as 32 cepas testadas 25 (78,1%) foram positivas para o gene luxS e a bactéria foi capaz de produzir biofilme em todos os materiais e temperaturas testadas, apresentando maior frequência de cepas produtoras nos materiais hidrofílicos (96,7% vidro e 95,6% inox) do que no hidrofóbico (28%). Os testes com sanitizantes mostraram que as concentrações recomendadas podem ser eficazes desde que utilizados em tempo mínimo... / Listeria monocytogenes is frequently found in many raw foods such as meat, cheese and vegetables, is widely distributed in the environment causing contamination of food during processing. Currently, contamination by L. monocytogenes in food is considered a major food security problems, because once present in the processing line, this bacteria is hardly eliminated by the great ability to form biofilm. The formation of biofilms on equipment can lead to serious health and economic losses due to spoilage and disability equipment. Furthermore, contamination pathogen is a great risk to health. The listeriosis incidence is low, but the fatality rate is high. Many of the main focuses of listeriosis have been linked to consumption of contaminated food, especially dairy products. Thus, this study aimed to analyze 32 strains of L. monocytogenes isolated from different foods to form biofilms on different materials (stainless steel, glass and polystyrene) and temperatures (4 º, 20 º, 35 º C) for the presence of the gene luxS and also test the effectiveness of two sanitizers alkaline chlorine used to sanitize the plant food processing. The results showed that the strains tested 25 (78.1%) were positive for the gene and the bacterium was able to produce biofilm in all materials and temperatures tested, with higher frequency of hydrophilic materials in producing strains (96.7% glass and 95.6% stainless) than in the hydrophobic (12.4%). The tests show that the sanitizing recommended concentrations may be effective if used in minimum time of 30 minutes for the product A and 15 for the product B has led to the elimination of 16 (50%) of the strains tested. We conclude that the gene luxS may be involved in the regulation of biofilm formation, but shouldn’t be the only one, once luxS-negative strains were also producers. We conclude... (Complete abstract click electronic access below)

Orientador: Vera Lúcia Mores Rall / Banca: José Paes de Almeida Nogueira / Banca: Ary Fernandes Junior / Resumo: Listeria monocytogenes é uma bactéria frequentemente encontrada em vários alimentos crus, como carne, queijo e legumes. Está amplamente distribuída no ambiente causando a contaminação de alimentos durante seu processamento. Atualmente, a contaminação por L. monocytogenes nas indústrias alimentícias é considerada um dos maiores problemas de segurança alimentar, pois uma vez presente na linha de processamento à bactéria dificilmente é eliminada pela grande capacidade em formar biofilme. A formação de biofilmes em equipamentos pode levar a sérios problemas de higiene e perdas econômicas devido à deterioração dos alimentos e deficiência dos equipamentos. Além disso, a contaminação por patógeno representa um grande risco para saúde. A incidência de listeriose é baixa, mas a taxa de letalidade é alta. Muitos dos focos principais de listeriose têm sido associados ao consumo de alimentos contaminados, especialmente os produtos lácteos. Assim, esse trabalho teve como objetivo analisar a capacidade de formação de biofilme, por 32 cepas de L. monocytogenes isoladas de diferentes alimentos, em diferentes materiais (aço inoxidável, vidro e poliestireno) e temperaturas (4º, 20º, 35ºC) observando a presença do gene luxS e também testar a eficácia de dois sanitizantes alcalino clorado, utilizados para sanitização de planta de processamento de alimentos. Os resultados demonstraram que entre as 32 cepas testadas 25 (78,1%) foram positivas para o gene luxS e a bactéria foi capaz de produzir biofilme em todos os materiais e temperaturas testadas, apresentando maior frequência de cepas produtoras nos materiais hidrofílicos (96,7% vidro e 95,6% inox) do que no hidrofóbico (28%). Os testes com sanitizantes mostraram que as concentrações recomendadas podem ser eficazes desde que utilizados em tempo mínimo... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Listeria monocytogenes is frequently found in many raw foods such as meat, cheese and vegetables, is widely distributed in the environment causing contamination of food during processing. Currently, contamination by L. monocytogenes in food is considered a major food security problems, because once present in the processing line, this bacteria is hardly eliminated by the great ability to form biofilm. The formation of biofilms on equipment can lead to serious health and economic losses due to spoilage and disability equipment. Furthermore, contamination pathogen is a great risk to health. The listeriosis incidence is low, but the fatality rate is high. Many of the main focuses of listeriosis have been linked to consumption of contaminated food, especially dairy products. Thus, this study aimed to analyze 32 strains of L. monocytogenes isolated from different foods to form biofilms on different materials (stainless steel, glass and polystyrene) and temperatures (4 º, 20 º, 35 º C) for the presence of the gene luxS and also test the effectiveness of two sanitizers alkaline chlorine used to sanitize the plant food processing. The results showed that the strains tested 25 (78.1%) were positive for the gene and the bacterium was able to produce biofilm in all materials and temperatures tested, with higher frequency of hydrophilic materials in producing strains (96.7% glass and 95.6% stainless) than in the hydrophobic (12.4%). The tests show that the sanitizing recommended concentrations may be effective if used in minimum time of 30 minutes for the product A and 15 for the product B has led to the elimination of 16 (50%) of the strains tested. We conclude that the gene luxS may be involved in the regulation of biofilm formation, but shouldn't be the only one, once luxS-negative strains were also producers. We conclude... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Ana Carolina Pero / Banca: Marco Antonio Compagnoni / Banca: Raphael Freitas de Souza / Resumo: O objetivo do presente estudo foi avaliar a influência da utilização de um adesivo para prótese (Ultra Corega creme) na formação de biofilme sobre a superfície interna de próteses totais e na microbiota bucal, no grau de satisfação, além da estimativa de custo médio diário do produto. Trinta pacientes receberam próteses totais novas, e foram divididos em dois protocolos: protocolo 1- utilização do adesivo durante os primeiros 15 dias de teste, seguida por não utilização de nenhum tipo de adesivo durante os próximos 15 dias; protocolo 2- não utilização de adesivo durante os primeiros 15 dias de teste, seguida por utilização do adesivo durante os próximos 15 dias. Após cada período de 15 dias, o biofilme formado na superfície interna das próteses totais foi corado e quantificado por meio de um método fotográfico com o auxílio de um software (Image Tool 3.00). Amostras de material da mucosa palatina e da superfície interna das próteses superiores foram plaqueadas em meios seletivos para Candida spp. e Streptococcus mutans e em um meio não seletivo. Ainda, foi aplicado um questionário para avaliação da satisfação com as próteses e o custo médio diário do produto foi estimado por meio de fórmulas matemáticas. Todas as análises foram realizadas com α = 0,05 e foram empregados testes apropriados à distribuição dos dados. Foi observada formação de biofilme semelhante com ou sem o uso do adesivo sobre as próteses superiores (Wilcoxon, p=0,255) e inferiores (Wilcoxon, p=0,433). Contagens de colônias semelhantes foram observadas com ou sem a utilização do adesivo na mucosa e na superfície interna da prótese total superior (p>0,05). O uso de adesivo proporcionou maior satisfação aos participantes (Wilcoxon, p=0,04). Em média, cada paciente utilizou 3,9 ± 0,3 gramas de adesivo por dia... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The aim of this study was to evaluate the influence of adhesive usage (Ultra Corega cream) on biofilm formation on the internal surface of dentures and oral microbiota, degree of satisfaction, and the estimated average daily cost of product. Thirty patients received new dentures, and have been divided into two protocols: Protocol 1-use of the adhesive during the first 15 days of the test, followed by not using adhesive over the next 15 days; Protocol 2- no use of adhesive for the first 15 days of the test, followed by use of adhesive over the next 15 days. After each period of 15 days, the internal surfaces of the dentures were stained and photographed and the areas (total internal surface and surface stained with biofilm) quantified (Image Tool 3.00). Samples of material from the palatal mucosa and the internal surface of the maxillary denture were plated on selective media for Candida spp. and Streptococcus mutans and a non-selective medium. A questionnaire was applied to evaluate satisfaction with the dentures and the average daily cost of the product was estimated by mathematical formulas. All analyzes were performed with α=.05 and appropriate tests were applied to the data distribution. Similar biofilm formation was found with or without adhesive usage for maxillary (Wilcoxon, p=.255) and mandibular dentures (Wilcoxon, p=.433). Similar colony counts were observed with or without adhesive for mucosa and the internal surface of dentures, irrespective of the culture medium (p>.05). The use of adhesive provided higher satisfaction (Wilcoxon, p=.04). On average, each patient used 3.9 ± 0.3 grams of adhesive per day, equivalent to R $ 4.02 for average daily cost. It is concluded that the use of the adhesive did not affect the quantification of the biofilm and the oral microbiota, besides providing greater overall satisfaction / Doutor

Please read the abstract in the section 00front of this document / Dissertation (MSc(Microbiology))--University of Pretoria, 2005. / Microbiology and Plant Pathology / unrestricted

Floating sulphur biofilms have been observed to occur on sulphate-containing natural systems and waste stabilization ponds. It has been postulated that these biofilms form on the surface of the water because sulphate reducing bacteria present in the bottom layers of the water body reduce sulphate to sulphide which then diffuses upwards and is oxidized under the correct redox conditions to sulphur by sulphide oxidizing bacteria. Very little information exists on these complex floating systems and in order to study them further, model systems were designed. The Baffle Reactor was successfully used to cultivate floating sulphur biofilms. Conditions within the reactor could be closely scrutinized in the laboratory and it was found that sulphate levels decreased, sulphide levels increased and that sulphur was produced over a period of 2 weeks. The success of this system led to it being scaled-up and currently a method to harvest sulphur from the biofilm is under development. It is thought that biofilms are highly complex, heterogeneous structures with different bacteria distributed in different layers. Preliminary work suggested that bacteria were differentially distributed along nutrient and oxygen gradients within the biofilm. Biofilms are very thin structures and therefore difficult to study and Gradient systems were developed in an attempt to spatially separate the biofilm species into functional layers. Gradient Tubes were designed; these provided a gradient of high-sulphide, low oxygen conditions to high-oxygen, low-sulphide conditions. Bacteria were observed to grow in different layers of these systems. The Gradient Tubes could be sectioned and the chemical characteristics of each section as well as the species present could be determined. Silicon Tubular Bioreactors were also developed and these were very efficient at producing large amounts of sulphur under strictly controlled redox conditions. Microscopy and molecular methods including the amplification of a section of Ribosomal Ribonucleic acid by Polymerase Chain Reaction were used in an attempt to characterize the populations present in these biofilm systems. Denaturing Gradient Gel Electrophoresis was used to create band profiles of the populations; individual bands were excised from the gels and sequenced. Identified species included Ectothiorhodospira sp., Dethiosulfovibrio russensis, Pseudomonas geniculata, Thiobacillus baregensis and Halothiobacillus kellyi.

Orientadores: Reginaldo Bruno Gonçalves, Renata de Oliveira Mattos-Graner / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Odontologia de Piracicaba / Made available in DSpace on 2018-08-07T15:16:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Klein_MarliseInez_D.pdf: 1313647 bytes, checksum: 7404c2e04298de29087b5abb74a318d4 (MD5) Previous issue date: 2006 / Resumo: Streptococcus mutans são os principais patógenos da cárie dentária, um importante problema de saúde pública no país. Para um melhor entendimento da biologia desta espécie bacteriana, o objetivo desta tese de doutorado foi avaliar características genéticas e fisiológicas relacionadas à virulência de isolados clínicos de S. mutans. Neste microrganismo, o sistema de indução da competência, "quorum-sensíng", é dependente da densidade celular e está envolvido na capacidade de crescimento em biofilme. Foram pesquisados, os genes de sistema "quorum-sensíng" e os genes envolvidos no processo de transformação da espécie S. mutans. Foi demonstrada a presença de todos os genes avaliados em S. mutans, bem como a presença de polimorfismo em alguns genes pesquisados, dados ainda inéditos na literatura. Posteriormente, genótipos clínicos de S. mutans foram submetidos a uma análise genética e fisiológica em que foram avaliadas a tolerância e adaptação ao pH ácido, a capacidade de formação de biofilme e curvas de crescimento sob diferentes condições (pHs e diferentes fontes de carbono). Os dados de expressão gênica confirmaram os resultados obtidos nas análises fisiológicas. As cepas clínicas apresentaram um comportamento heterogêneo frente aos mesmos desafios ambientais, o que pode favorecer a sobrevivência das mesmas na cavidade bucal, um ambiente com diversas condições de estresse. Os dados obtidos, comparados aos existentes na literatura, sugerem que além da atividade A TPase, os sistemas de transporte de açúcares fosfotransferase fosfoenolpiruvato:açúcar dependente (pep-PTS) também estariam envolvidos na tolerância de S. mutans ao estresse ácido. Em conjunto, as observações decorrentes das análises efetuadas, nesta tese, podem contribuir para a compreensão dos processos biológicos de S. mutans. / Abstract: Streptococcus mutans is considered the primary etiological agent of human dental caries, an important public health problem in Brazil. The purpose of this thesis was to evaluate genetic and physiologic properties related with virulence in clinical isolates of Streptococcus mutans. The quorum-sensing system, that induces and regulates genetic competence, depends on cellular density and also may play a role in biofilm growth and structure in S. mutans species. A screening of genes of the quorum-sensing system and genes involved with genetic transformation was performed. The analysis revealed that ali genes are widespread within the S. mutans species, and some genes presented polymorphisms. These data are new in the scientific literature. Furthermore, clinical genotypes of S. mutans were subjected to genetic and physiological analysis, including tolerance and acid adaptation to low pH, ability to form stable biofilm and growth kinetic under different conditions (pH and carbon source). The profile of gene expression confirms the data found in the physiologic assays. The studied strains shown heterogenic behavior at the same environmental challenge, that could favor these strains survive in the oral cavity, an environmental with several stress conditions. The data obtained here, and supported by scientific literature, suggest that besides ATPase activity' the sugar:phosphotransferase systems (PTS) could help to mount an adaptive acid tolerance response in S. mutans. Taken together all data obtained in this thesis may help to understand S. mutans biological processes. / Doutorado / Microbiologia e Imunologia / Doutor em Biologia Buco-Dental

Nanomaterials have a great potential for environmental applications due to their high surface areas and high reactivity. This dissertation investigated the use of electrochemically active biofilms (EABs) as a synthesis approach for the fabrication and environmental applications of different nanomaterials. Bacteria in EABs generate electrons upon consuming electron donor and have the ability to transport these electrons to solid or insoluble substrates through extracellular electron transport (EET) mechanism. The extracellularly transported electrons, once utilized, can lead to nanoparticle synthesis. In this dissertation, noble metal (i.e., Au, Pd, and Pt) ultra-small nanoparticles (USNPs) were first synthesized with the assistance by the EABs. The assynthesized USNPs had a size range between 2 and 7 nm and exhibited excellent catalytic performance in dye decomposition. Also in this research, a two-dimensional (2D) cobalt nanosheet was successfully synthesized in the presence of EABs. A simple biogenic route led to the transformation of cobalt acetate to produce a green, toxic free homogeneous 2D cobalt nanosheet structure. Further, TiO2 nanotubes were successfully combined with the noble metal USNPs to enhance their photocatalytic activity. In this work, for the first time, the noble metal USNPs were directly reduced and decorated on the internal surfaces of the TiO2 nanotubes structure assisted by the EABs. The USNPs modified TiO2 nanotubes generated significantly improved photoelectrocatatlyic performances. This dissertation shines lights on the use of EABs in ultra-small nanoparticle synthesis.