Petroleum hydrocarbon contamination has reached Arctic soils, Puccinellia angustata thrives in such habitats. Hydrocarbon removal during phytoremediation treatments strongly depends on the catabolic activities of root associated microorganisms. This research compared the rhizospheric microorganisms from P. angustata established at Arctic soils under different degrees of contamination with petroleum hydrocarbons to determine if this plant species has phytoremediation potential. The abundance, diversity, and activity of soil bacterial communities were investigated by means of plate and microscopic counts, strains isolation, 16S rRNA gene DGGE fingerprinting, functional gene PCR detection, microcosm hydrocarbon mineralization assays, and TPH quantification. This study was divided in three experimental stages. In the first stage a comparison of samples vegetated by five different plant species as well as four bulk samples, showed that P. angustata had greater enrichment of hydrocarbon-degrading bacteria than samples vegetated by other plant species. In the second stage, a comparison between the rhizosphere of P. angustata and bulk samples collected at pristine (Pr), hydrocarbon-contaminated but non-bioremediated (NBr) and hydrocarbon-contaminated and bioremediated (Br) Arctic soils, revealed that the presence of P. angustata enhanced the abundance and the activity of hydrocarbon-degrading microorganisms in two soils (Pr and NBr) but not at Br since this soil was subjected to fertilizations as bioremediation process. In the third stage, via growth chamber experiments, in which high Arctic summer conditions were simulated, P. angustata (with and without nitrogen fertilization) was assessed for phytoremediation of a soil artificially contaminated with diesel (10,000 mg Kg-1). Puccinellia showed tolerance to fresh diesel contamination and enhanced hydrocarbon-degrading bacteria that significantly increased the TPH removal. Also, the rhizosphere of P. angusatata had high bacterial diversity, encompassing members from Actinobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes, Gemmatimonadetes and Proteobacteria phyla. These findings indicate that P. angustata stimulates soil microflora responsible for biodegradation of hydrocarbons therefore it has potential for phytoremediating contaminated Arctic soils.Abbreviation: PCR (polymerase chain reaction), DGGE (Denaturing Gradient Gel Electrophoresis), TPH (Total Petroleum Hydrocarbons). / La contamination par hydrocarbures pétroliers a touché les sols arctiques ; Puccinellia angustata se développe dans ces habitats. L'élimination de l'hydrocarbure pendant les traitements de phytoremédiation dépend fortement des activités cataboliques des microorganismes associés à la racine. Cette recherche a comparé les microorganismes rhizosphériques de P. angustata établis dans les sols arctiques à différents niveaux de contamination par hydrocarbures pétroliers pour déterminer si cette espèce de plante a du potentiel pour la phytoremédiation. L'abondance, la diversité, et l'activité des communautés bactériennes du sol ont été examinées au moyen de comptages sur plaque et microscopiques, isolement de souches, empreinte digitale par DGGE du gène 16S rRNA, détection fonctionnelle du gène par PCR, essais de minéralisation des hydrocarbures en microcosme et quantification de TPH. Cette étude a été divisée en trois étapes expérimentales. Dans la première étape, une comparaison d'échantillons globales et d'échantillons plantés de cinq espèces végétales différentes a montré que P. angustata avait une plus grande accumulation de bactéries de dégradation de l'hydrocarbure que les échantillons plantés avec d'autres espèces végétales. Dans la deuxième étape, une comparaison entre la rhizosphère de P. angustata et des échantillons globales pris des sols arctiques pures (Pr), des sols arctiques contaminés par hydrocarbures et non-bio-réhabilités (NBr) et des sols arctiques contaminés par hydrocarbures et bio-réhabilités (Br), a révélé que la présence de P. angustata a augmenté l'abondance et l'activité des microorganismes de dégradation d'hydrocarbures dans deux sols (Pr et NBr), mais pas dans le Br, parce que ce sol avait reçu des fertilisations comme processus de bioremédiation. Dans la troisième étape, au moyen d‘essais en chambres de croissance où les conditions d'été du Haut-Arctique étaient simulées, P. angustata (avec et sans fertilisation par hydrogène) a été évaluée pour la phytoremédiation d'un sol contaminé artificiellement avec du diesel (10,000 mg Kg-1). Puccinellia a montré tolérance à la contamination par diesel et a augmenté les bactéries de dégradation d'hydrocarbures, en améliorant ainsi beaucoup l'élimination des TPH. Aussi, la rhizosphère de P. angustata avait une haute diversité bactérienne, contenant des membres de phylums Actinobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes, Gemmatimonadetes et Proteobacteria. Ces conclusions indiquent que P. angustata stimule la microflore du sol qui est responsable de la biodégradation des hydrocarbures et, pourtant, pourrait aider la phytoremédiation des sols arctiques contaminés.Abréviations : PCR (Réactions en chaîne par polymérase), DGGE (Électrophorèse sur gel à gradient dénaturant),TPH (hydrocarbures pétroliers totaux)

In order to proliferate, bacteria must coordinate chromosome replication and chromosome segregation with cell wall remodeling and other growth-related events. Selective inhibition of these incompletely understood control processes can enable antibiotic and therapeutic strategies. In my thesis, I examine molecularly similar mechanisms for regulating chromosome replication in alpha-proteobacterium Caulobacter crescentus and in the Actinobacterial human pathogen Mycobacterium tuberculosis. It was presumed that the response regulator CtrA, a global phospho-relay transcription factor, coordinates asymmetric timing of chromosome replication in C. crescentus. CtrA is absent from replicating stalked cells and abundant in non-replicating 'swarmer' cells, and the presence of five high affinity CtrA binding sites in Cori, the origin of chromosome replication, presumably allows repression of replication in swarmer cells. I tested this long-standing hypothesis in vivo using a DNA replacement strategy that uncouples CtrA's function as a global transcription regulator from its specific function(s) at Cori. My results substantially change the established model. Rather than being the principal timer of chromosome replication, CtrA binding sites in Cori rescue cells challenged by simultaneous growth and antibiotic stresses. I propose that CtrA provides an 'emergency brake' that prevents lethal replication during adverse conditions. Presumably, the evolutionary benefits of such regulation are manifested by improved odds of viability when cells resume growth following stressful conditions. CtrA regulates replication, presumably by targeting DnaA, the major bacterial replication protein. In C. crescentus, regulation of both CtrA and DnaA is dominated by proteolysis. DnaA is inherently unstable and further regulated by a proteolysis that specifically removes DnaA protein from nitrogen or carbon-starved cells. I further defined the cues that prompt DnaA proteolysis by using specific auxotrophic strains, implicating tRNA and the ribosomes in this mechanism. Furthermore, as the chaperone that presents DnaA to the ClpP protease is currently unknown, I also designed and characterized translational fusions with DnaA for genetic screens and for biochemical affinity purification methods. This second strategy also implicated contacts between DnaA and a ribosomal protein.Additional insights into response regulator control of chromosome replication were provided by studies of MtrA (a proposed analog of CtrA) from Mycobacterium tuberculosis. By studying MtrA binding to DNA sequences in vitro, I determined that the spacing between conserved MtrA-binding sequences in oriC is sub-optimal yet highly conserved among Mycobacteria oriC's. I also examined MtrA binding at the promoter for immune-dominant antigen 85B, where I argue MtrA binds cooperatively as a tetramer. As the genes regulated by MtrA remain poorly defined, I also proposed the MtrA regulon. Using computational representations of the MtrA binding site and for eleven of the thirteen M. tuberculosis sigma factors, I identified 54 genes likely to be regulated by MrA. These genes are functionally related, arguing that MtrA coordinates replication control with cell wall remodeling and with metabolic adjustments that exploit host nutrients available during the M. tuberculosis phases of infection and dormancy. / Pour proliférer, les bactéries doivent coordonner la réplication des chromosomes et la ségrégation des chromosomes avec le remodelage de la paroi cellulaire et d'autres événements liés à la croissance. L'inhibition sélective de ces processus de contrôle mal comprise peut permettre à des stratégies antibiotiques et thérapeutiques. Dans ma thèse, je examiner les mécanismes moléculaires similaires de régulation de la réplication des chromosomes dans Caulobacter crescentus alpha-protéobactérie et la tuberculose Mycobacterium Actinobacterial agents pathogènes humains.Il a été présumé que le régulateur de réponse Ctra, un facteur de transcription mondiale phospho-relais, coordonne le calendrier asymétrique de la réplication des chromosomes dans C. crescentus. Ctra est absent de la réplication des cellules de harcèlement et abondante dans les cellules non-réplication »Grouillant, et la présence de cinq sites de haute affinité de liaison au Ctra Cori, l'origine de la réplication des chromosomes, permet sans doute la répression de la réplication dans les cellules Grouillant. J'ai testé cette hypothèse de longue date in vivo en utilisant une stratégie de remplacement d'ADN qui découple la fonction Ctra comme un régulateur de transcription globale de sa fonction spécifique (s) à Cori. Mes résultats sensiblement modifier le modèle établi. Plutôt que d'être la minuterie principale de la réplication des chromosomes, Ctra sites de liaison dans les cellules de sauvetage Cori contestée par la croissance simultanée et souligne antibiotiques. Je propose que Ctra offre «frein de secours" qui empêche la réplication létale dans des conditions difficiles. Vraisemblablement, les avantages de l'évolution de cette réglementation se manifestent par l'amélioration de la viabilité de cotes lorsque les cellules renouer avec la croissance après des conditions stressantes.Ctra régule la réplication, probablement en ciblant DnaA, la protéine majeure de réplication bactérienne. Dans C. crescentus, la réglementation des deux Ctra et DnaA est dominé par protéolyse. DnaA est intrinsèquement instable et plus réglementé par une protéolyse qui élimine spécifiquement la protéine DnaA de l'azote ou de carbone cellules-faim. De plus, je définis les indices qui invite la protéolyse DnaA à l'aide de certaines souches auxotrophes, impliquant ARNt et les ribosomes dans ce mécanisme. En outre, comme le chaperon qui présente DnaA à la protéase ClpP est actuellement inconnue, J'ai également conçu et caractérisé fusions traductionnelles avec DnaA pour les écrans génétiques et biochimiques pour les méthodes de purification d'affinité. Cette seconde stratégie a également impliqué des contacts entre DnaA et une protéine ribosomique.autres renseignements sur commande du régulateur de réponse de la réplication des chromosomes ont été fournies par des études de MTRA (un analogue de la proposition de Ctra) de Mycobacterium tuberculosis. En étudiant MTRA lient à des séquences d'ADN in vitro, j'ai déterminé que l'espacement entre les séquences conservées MTRA-obligatoire dans Oric est sous-optimale encore fortement conservées chez les mycobactéries Oric. J'ai aussi examiné MTRA contraignant au niveau du promoteur pour 85B antigène immuno-dominant, où je soutiens MTRA lie collaboration sous forme de tétramère. Comme les gènes régulés par MTRA restent encore mal définies, j'ai également proposé le régulon MTRA. En utilisant des représentations de calcul de la MTRA site de liaison et de onze des treize facteurs sigma M. tuberculosis, j'ai identifié 54 gènes susceptibles d'être réglementés par l'ARM. Ces gènes sont en relation fonctionnelle, en faisant valoir que MTRA coordonnées contrôle de la réplication avec le remodelage de la paroi cellulaire et avec des adaptations métaboliques qui exploitent des éléments nutritifs de l'hôte disponibles pendant les phases de M. tuberculosis de l'infection et de la dormance.

Glycoprotein non-metastatic melanoma protein B (GPNMB)/Osteoactivin (OA) is a transmembrane protein that is commonly expressed in basal/triple-negative breast cancer. Our group discovered that GPNMB/OA is sufficient to enhance the migration and invasion of weakly metastatic murine breast cancer cells in vitro, and promotes the formation of bone and lung metastases in vivo. In this study, we sought to fully characterize the pro-invasive role of GPNMB/OA in human breast cancer cells by defining those motifs/domains within GPNMB/OA that are required to promote breast cancer cell invasion. In addition, we have sought the identity of putative GPNMB/OA interacting proteins that may be involved in promoting GPNMB/OA-mediated effects on breast cancer cell invasion and metastasis. To accomplish this, a panel of GPNMB/OA mutants were generated and expressed in the GPNMB/OA null BT-549 and MDA-MB-453 human breast cancer cells and subjected to in vitro invasion assays characterization. A candidate approach based on previous literature reports was used to facilitate the identification of GPNMB/OA protein binding partners in addition to attempting mass spectrometry analysis. Finally, a transgenic mouse model was created that expresses human GPNMB/OA under the control of the Mouse Mammary Tumor Virus (MMTV) promoter to further explore the role of GPNMB/OA on mammary gland development and tumorigenesis in vivo. Our results indicate that human GPNMB/OA is sufficient to induce enhanced invasion of BT549 breast cancer cells in vitro, which requires both the cytoplasmic tail and RGD recognition motif. Characterization of the MMTV-GPNMB/OA transgenic mice revealed that GPNMB/OA does not negatively affect normal mammary duct development in virgin females and no mammary tumors have developed to date. We conclude that GPNMB/OA is indeed capable of inducing invasion of breast cancer cells in vitro, which may require the participation of integrins and/or the residues/motifs within the cytoplasmic tail responsible for recruiting signalling molecules to this region of GPNMB/OA. / Glycoprotein non-metastatic melanoma protein B (GPNMB), aussi connu sous le nom de Ostéoactivine (OA), est une protéine transmembranaire fréquemment exprimée dans les tumeurs mammaires appartement au sous-type triple négatif. Notre groupe a mis en évidence que l'expression de GPNMB/OA est suffisante pour accroître, in vitro, les capacités migratoires et invasives associées aux cellules murines de cancer du sein faiblement métastatiques. In vivo, l'expression de GPNMB/OA est caractérisée par une augmentation de la formation des métastases osseuses et pulmonaires. Dans cette étude, nous avons cherché à caractériser le rôle pro-invasif associé à l'expression de GPNMB/OA dans les cellules humaines de cancer du sein en identifiant les domaines ou motifs de GPNMB/OA impliqués dans le phénotype invasif des cellules de cancer du sein. D'une part, nous avons entrepris l'identification de protéines interagissant avec GPNMB/OA et qui pourraient participer aux phénotypes associés à l'expression de GPNMB/OA. Pour ce faire, nous avons généré une série de mutants pour la protéine GPNMB et nous les avons exprimées dans les lignées cellulaires BT-549 et MDA-MB-453, qui n'exprime normalement pas GPNMB/OA, que nous avons par la suite soumis à des essais d'invasion in vitro. D'autre part, une étude de la littérature scientifique, associée à une analyse par spectrométrie de masse, ont été utilisées pour identifier les protéines partenaires potentielles de GPNMB/OA. Finalement, nous avons généré une lignée de souris transgénique qui exprime la forme humaine de GPNMB/OA sous le contrôle du promoteur Mouse Mammary Tumor Virus (MMTV). Ce modèle murin a été utilisé pour étudier le rôle de GPNMB/OA sur le développement de la glande mammaire et sur la tumorigenèse in vivo. Ainsi, ces travaux ont démontré que la forme humaine de GPNMB/OA est suffisante pour induire une augmentation des propriétés invasives des cellules BT549 et que ce phénotype requiert à la fois la région cytoplasmique et le motif RGD de la protéine GPNMB/OA. La caractérisation, des souris transgéniques MMTV-GPNMB/OA a révélé, pour sa part, que GPNMB/OA n'interfère pas avec le développement normal des glandes mammaires chez les femelles vierges et aucune tumeur n'a été détectée à ce jour. L'ensemble de nos données démontre que GPNMB/OA est capable d'induire les propriétés invasives associées aux cellules de cancer du sein, et que ce phénotype requiert l'interaction du motif RGD de la protéine GPNMB avec les intégrines et/ou des résidus ou motifs présents dans la partie cytoplasmique de GPNMB/OA et qui pourraient induire le recrutement de molécule de signalisation dans cette région de GPNMB/OA.

Chronic pulmonary infection with Pseudomonas aeruginosa (P. aeruginosa) in patients with cystic fibrosis (CF) and chronic obstructive pulmonary disease (COPD) is associated with persistent inflammation, exuberant oxidative stress, increased mortality and morbidity. Studies showed that whey protein (a byproduct of the cheese-making process) or its components can enhance innate immune functions of neutrophils ex vivo and decrease bacterial metabolic activity in vitro. Whey-derived peptides enhanced innate defense functions of neutrophils ex vivo and protected mice against infection. Treatment of whey protein with hyperbaric pressure increases its digestibility, alters the spectrum of peptides available for systemic absorption, and enhances its antioxidant potential. Hence the overall objective of this thesis was to test the hypothesis that supplementation with pressurized whey protein can enhance the host's ability to clear microbial infection more efficiently compared to native whey. To this end we used a murine model of sustained pulmonary infection with P. aeruginosa. Our time course study demonstrated that both lung infection and inflammation (indexed by inflammatory cell count in lung lavage fluid, body weight loss and myeloperoxidase activity in lung tissue) peak or start to diminish at Day 3, then wane by Day 7 while airway lumen protein oxidation persists. Two groups of female C57BL/6 mice were then randomized to receive either native or pressurized whey-based diets for four weeks, after which they were infected with 8 x 105 CFUs/mouse of P. aeruginosa. Bacterial burden at Day 3 was 13-fold less in the pressurized whey group (p< 0.5) without associated changes in the inflammatory response. Further approaches were then undertaken to explore the mechanisms of these findings. We found that supplementation with pressurized whey increased airway lumen neutrophil bactericidal activity and superoxide anion production, reflecting a higher innate defense capacity. Airway protein oxidation was also reduced in the pressurized whey group. Airway pro-inflammatory cytokines also suggested reduced local responses in the pressurized whey group, with a 10-fold less granulocyte-macrophage colony stimulating factor and trends towards lower interleukin-1β and macrophage inflammatory protein-2. In conclusion, supplementation with pressurized whey protein can enhance innate immune defenses against microbes to a greater extent than native whey and represents a promising nutritional approach towards enhanced immune protection from infection. / Les infections chroniques pulmonaires causées par Pseudomonas aeruginosa (P. aeruginosa) chez les patients atteints de fibrose kystique (FK) ou de maladies pulmonaires obstructives chroniques (MPOC) sont associées à une inflammation persistante, un stress oxydatif exubérant, ainsi qu'une mortalité et une morbidité accrues. Des études ont montré que les protéines du lactosérum (un sous-produit du processus de fabrication du fromage) ou ses composantes peuvent améliorer les fonctions immunitaires innées des neutrophiles ex vivo et peuvent diminuer l'activité métabolique des bactéries in vitro. Les peptides dérivés du lactosérum améliorent les mécanismes de défenses innées des neutrophiles ex vivo et protègent les souris contre l'infection. Le traitement des protéines du lactosérum avec une pression hyperbare augmente leur digestibilité, modifie le spectre de peptides disponibles pour l'absorption systémique et améliore son potentiel antioxydant. Donc l'objectif global de cette thèse était de tester l'hypothèse selon laquelle la supplémentation du lactosérum en protéines par pressurisation peut améliorer la capacité de l'hôte à éliminer l'infection microbienne par rapport au lactosérum natif. À cette fin, nous avons utilisé un modèle murin d'infection pulmonaire soutenue, causée par P. aeruginosa. Notre étude de décours temporel a démontré que l'infection pulmonaire et l'inflammation (indexés par le nombre de cellules inflammatoires dans le liquide de lavage pulmonaire, la perte de poids corporel et l'activité myéloperoxydase dans le tissu pulmonaire) culmine et commence à diminuer au jour 3, puis décroit jusqu'au jour 7 tandis que l'oxydation des protéines de la lumière des voies respiratoires persiste. Deux groupes de souris C57BL / 6 femelles ont ensuite été randomisés pour recevoir soit une diète à base de lactosérum natif ou à base de lactosérum supplémenté par pressurisation pendant quatre semaines, après quoi ils ont été infectés avec 8 x 105 UFC (unité formant une colonie) / souris de P. aeruginosa. La charge bactérienne au Jour 3 était 13 fois moins importante dans le groupe ayant reçu le lactosérum pressurisé et ce sans changement associé au niveau la réponse inflammatoire. D'autres approches ont alors été considérées afin d'étudier les mécanismes pouvant expliquer ces résultats. Nous avons constaté que le groupe ayant reçu une diète à base de lactosérum pressurisé, présentait une augmentation de l'activité bactéricide des neutrophiles présents dans la lumière des voies respiratoires, accompagné d'une production accrue d'anion superoxyde, traduisant une capacité de défense innée amplifiée. L'état d'oxydation des protéines des voies respiratoires a également été réduit dans le groupe ayant reçu le lactosérum pressurisé. Les cytokines pro-inflammatoires présentent dans les voies respiratoires suggèrent une réponse inflammatoire locale réduite dans le groupe ayant reçu le lactosérum pressurisé. En effet le facteur stimulant les colonies de granulocytes-macrophages est réduit par un facteur 10 et une tendance à la baisse est aussi observée pour l'interleukine-1β et la protéine inflammatoire des macrophages-2. En conclusion, la supplémentation avec de protéines de lactosérum pressurisé peut augmenter les défenses immunitaires innées contre les microbes dans une plus grande mesure que le lactosérum natif et représente une approche nutritionnelle prometteuse afin d'accroitre la protection immunitaire contre l'infection.

Zinc cluster proteins form a family of fungal-specific transcriptional regulators characterized by having a well-conserved zinc-cluster motif involved in DNA recognition and binding. These factors are involved in transcriptional control of genes in a wide variety of cellular processes such as gluconeogenesis, amino acid biosynthesis, multi-drug resistance, and gluconeogenesis. Saccharomyces cerevisiae adapts to depletion of glucose through various mechanisms including massive reprogramming of gene expression. Ethanol regulator of translation (Ert1) is a newly characterized zinc cluster protein found in S. cerevisiae that shows strong similarity to AcuK, a zinc cluster protein involved in regulating the transcription of gluconeogenic genes in the filamentous fungi Aspergillus nidulans. In an effort to understand the functionality of Ert1 and its potential involvement in transcriptional regulation of gluconeogenic genes under non-fermentable carbon condition, ChIP-chip analysis was performed for cells grown in ethanol. Results suggest that Ert1 binds to the promoter of the gluconeogenic gene PCK1 and promote its expression in ethanol medium. Primer extension analysis suggests that Ert1 is involved in promoting the active expression of PCK1 under glucose depressed conditions. Besides binding to gluconeogenic genes under ethanol condition, Ert1 also binds to genes involved in mitochondrial function, translation and transcription by RNA polymerase III. From the ChIP-chip results obtained, Ert1 appears to link glucose exhaustion to modulation of translation and mitochondrial function.S. cerevisiae has the ability to use a variety of nitrogen-containing compounds as nitrogen source. Non-preferred nitrogen sources such as GABA can induce the de-repression of genes involved in the utilization of these compounds. The zinc cluster protein Uga3 was implicated in regulating expression of genes involved in γ-aminobutyrate (GABA) catabolism. Studies from our lab have mapped a regulatory and activation region of this factor and demonstrated that activation of Uga3 is independent of GABA catabolism. In this study, to investigate the potential interaction of Uga3 with cofactors Dal81 and Gal11 in vivo, chromatin immunoprecipitation was performed (ChIP). Analysis revealed that Uga3 is constitutively bound to target promoter and allows recruitment of cofactor Dal81 and Gal11 in the presence of GABA. Results suggested that Dal81 may enhance the transcriptional activity of Uga3, recruit Gal11 to promoter and these factors may act in concert by targeting common components of the transcriptional machinery. Investigation of these fungal-specific zinc cluster proteins will pave the way to understanding the role of homologous transcriptional regulators present in the human pathogen Candida albicans and their roles in mediating drug resistance. / Les protéines à grappe de zinc forment une famille de protéines régulatrices fongiques qui sont caractérisées par un domaine à doigt de zinc binucléaire impliqué dans la reconnaissance et la fixation à l'ADN. Ces régulateurs transcriptionnels sont responsables de la régulation de l'expression de gènes impliqués dans une grande variété de processus cellulaires, comme le métabolisme primaire et secondaire, la biosynthèse d'acides aminés, la gluconéogenèse, et la multi-résistance aux médicaments. Une protéine de cette famille chez Saccharomyces cerevisiae, Ert1, dont l'homologue chez Aspergillus nidulans participe à la régulation de la gluconéogenèse, a été analysé par la technique ChIP-chip. Les résultats démontrent que Ert1 se fixe au promoteur du gène gluconéogenique PCK1 et augmente son expression en présence d'éthanol. Donc, un autre régulateur de la gluconéogénèse a été identifié chez Saccharomyces cerevisiae. Une autre protéine à grappe de zinc, Uga3, est impliquée dans la régulation de l'expression des gènes qui participent dans le catabolisme de l'acide γ-aminobutyrique (GABA). Nous avons identifié une région régulatrice et une région activatrice pour ce facteur et nous avons démontré que l'activation de Uga3 est indépendante du métabolisme du GABA. Une analyse par immunoprécipitation de la chromatine (ChIP) a démontré que Uga3 est fixé de façon constitutive au promoteur d'un gène cible et permet le recrutement du co-facteur Dal81 et de Gal11, un composant du complexe médiateur.

The net result of the Escherichia coli signal transduction pathway is the modulation of the direction of flagellar rotation, which in turn controls the swimming behaviour of the cell. / We investigated the effect of different factors on the rates of CheY phosphorylation and dephosphorylation, utilizing purified proteins and working at appropriate time scales. Furthermore, we defined the kinetics for phospho-transfer from CheA to CheY and for CheY dephosphorylation under a standard set of conditions. Having established these assays we were now in a position to determine how other components of the chemotaxis system, such as receptors, CheW, and CheZ influence the rate of CheY phosphorylation and dephosphorylation. In addition, we investigated the rates of CheB phosphorylation and dephosphorylation. CheB, the chemotaxis methylesterase, is phosphorylated by CheA in much the same fashion as CheY and therefore has the potential to compete with CheY for phospho-CheA. By investigating the kinetics of CheY and CheB phosphorylation and dephosphorylation, we hope to acquire a better quantitative understanding of the chemotaxis signal transduction system. (Abstract shortened by UMI.)

Bacteriophage D3112 is a Mu-like transposable bacteriophage of Pseudomonas aeruginosa. D3112 has a double-stranded DNA genome of approximately 38kbp with a genetic organization similar to that of coliphages Mu and D108. Genetic mapping and DNA sequence analysis has identified the left-end of the phage genome as encoding the transposase enzyme ( A) and the lysogenic (c) repressor. As genetic control of the lytic-lysogenic switch in D3112 has not been elucidated, characterization of the expression and activity in this region was undertaken. The c open reading frame (ORF), located at the left-most end of the phage genome, has four possible GTG initiation codons. Site-directed mutagenesis, along with an in vivo immunity assay, were used to determine that the second GTG is used as the translation-initiation codon. Northern blotting analysis, transcriptional lacZ fusions and primer extension analyses were used to define the promoter, Pc, to bp972-940 from the left-end of the phage genome. Overexpression, purification and activity analysis of the D3112 c repressor demonstrated that it binds to a 261bp Pvull fragment localized directly upstream of the c repressor ORF. We have located a previously unidentified Ner homologue in D3112. Using cloned fragments containing the D3112 promoter Pc fused to a lacZ reporter gene, beta-galactosidase expression was blocked when the fragment was lengthened from bp1099 to bp1439. A previously unidentified ORF was located from bp1033-1384 that demonstrated significant homology to the Ner proteins of coliphages Mu and D108. The ner promoter, Pner, has been located to bp957-992 using beta-galactosidase assays and primer extension analyses, and Northern blotting demonstrated that D3112 ner is part of a 2.2kb mRNA transcript. As the ner gene begins at bp1033 and the transposase gene begins at bp2539, this transcript is not large enough to encode for the A or B genes, as is seen in the early transcripts of coliphages Mu and D108. The ner prom

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Antibiotics are widely used in the livestock industry for preventing disease and improving feed efficiency. Many antibiotics are not completely absorbed by animals and they are excreted in urine and feces. When manure containing such antibiotics is used as a fertilizer, it can affect the degradation of pesticides since antibiotics inhibit the action of bacteria in soils or kill the bacteria. A ninety-day field lysimeter study was conducted to assess the effects of antibiotics on the degradation of three herbicides, atrazine, metribuzin and metolachlor, in a sandy soil. Poultry manures, respectively containing monensin, narasin and salinomycin, were used to investigate the effects of antibiotics on the degradation of herbicides, and were compared with a control treatment of manure without antibiotics. Herbicides were applied once to the soil surface of lysimeters at the locally recommended rates, followed by the application of poultry manures. The lysimeters were protected from natural rainfall, and the simulated rainfall was applied seven times. Both soil and leachate samples were collected and analyzed at predetermined time intervals. In the experiment, all the three herbicides were found to leach down through the soil profiles, and their concentrations decreased with soil depth and time. The statistical analysis of the results shows that all the three antibiotic treatments yielded a significantly slower dissipation of herbicide levels compared with the non-antibiotic treatment. The mass balance study reveals that the half lives of the three herbicides were significantly longer in the presence of antibiotics as compared to the control treatment without antibiotics. These results indicate that antibiotics in poultry manures can significantly slow down the degradation of the three herbicides in soil and therefore, increase the threat of herbicide pollution in the environment. / Les antibiotiques sont couramment utilisés dans l'industrie du bétail pour prévenir les maladies et améliorer l'efficacité flux. Beaucoup d'antibiotiques ne sont pas complètement absorbés par les animaux et ils sont excrétés dans les urines et fèces. Lorsque le fumier contenant des antibiotiques est utilisé comme un engrais, il peut affecter la dégradation des pesticides puisque les antibiotiques contenus inhiber l'action de bactéries dans le sol ou tuer ces bactéries. Une étude de lysimètre de champ de quatre-vingt-dix-jour a été effectuée pour évaluer les effets des antibiotiques sur la dégradation de trois herbicides, atrazine, métribuzine et métolachlore, dans un sol sableux. Trois traitements des fumiers de volaille contenant monensine, narasine et salinomycine ont été utilisés pour étudier les effets des antibiotiques sur la dégradation des herbicides, et ont été comparés avec un traitement de contrôle de fumier sans antibiotiques. Herbicides étaient appliqués une fois à la surface de sol de lysimètres aux taux recommandés localement, suivie par l'application de fumiers de volaille. Les lysimètres ont été protégés des précipitations naturelles, et les précipitations simulées ont été appliqués sept fois. Des échantillons de sol et des échantillons d'eau ont été recueillis et analysées à intervalles de temps prédéterminés. Dans l'expérience, tous les trois herbicides ont été trouvés à s'infiltrer à travers les profils de sol et leurs concentrations ont diminués avec la profondeur du sol et de temps. L'analyse statistique des résultants ont montré que tous les trois traitements antibiotiques ont donnés une dispersion des niveaux d'herbicide sensiblement plus lent par rapport au traitement nonantibiotic. L'étude du bilan massique a révélé que les demi-vies des herbicides ont été significativement plus long avec l'utilisation d'antibiotiques comme par rapport au ce traitement de contrôle s