A major feature of Gram-negative bacteria is that the outer-membrane (OM) does not have an energy source to regulate active transport of nutrients; instead it relies on energy from the cytoplasmic membrane (CM) to accomplish this. The energy-transducing complex of TonB–ExbB–ExbD in the CM helps overcome this obstacle in TonB-dependent transport systems. In order to further understanding of this multi-component complex, ExbD was purified for use in phage display (PD) experiments to predict interacting partners and to identify sites of interaction with other members of the complex. Surface plasmon resonance (SPR) was carried out to biochemically validate PD predictions. Affinity-selected peptides from two commercial PD libraries predicted interactions between ExbD–ExbD and ExbD–TonB. No interaction between ExbD–ExbB was predicted. Notably, an interaction was predicted between ExbD and the periplasmic binding protein BtuF of the vitamin B12 transport system. SPR experiments validated the prediction of interactions between ExbD and TonB. Interaction between ExbD–ExbB was not apparent. Additionally, TonB–ExbB and ExbB–ExbB interactions were observed. Multi-component SPR analyses suggested that ExbB and ExbD bind to unique sites on TonB suggesting the role of primary scaffold for TonB in the complex. / L'un des traits distinctifs de la membrane externe des bactéries gram-négatives est son dénuement de toute source d'énergie permettant le transport actif des nutriments. Ces bactéries font plutôt appel à l'énergie disponible à la membrane cytoplasmique. Localisé à la membrane cytoplasmique, le complexe de transduction de l'énergie formé des protéines ExbB, ExbD et TonB permet de surmonter cet obstacle dans les systèmes de transport TonB-dépendants. Dans le but d'avancer notre compréhension de ce complexe multi-protéique, nous avons purifié ExbD et l'avons soumis à des expériences de présentation de phage (PP) avec pour objectif de prédire certains de ses partenaires d'interaction et aussi afin d'identifier ses sites de contact avec les autres membres du complexe. Nous avons fait appel à la résonance plasmon de surface (RPS) pour valider nos résultats de PP.Nous fîmes usage de deux librairies de phages disponibles commercialement, grâce auxquelles nous pûmes prédire qu'ExbD interagit avec TonB ainsi qu'avec lui-même. Il nous a cependant été impossible de prédire une interaction entre ExbD et ExbB. Fait digne de mention, nos résultats prédisent une interaction entre ExbD et la protéine périplasmique BtuF impliquée dans le transport de la vitamine B12. Par ailleurs, la RPS permit de confirmer l'interaction entre ExbD et TonB prédite par PP. Par contre, aucune interaction ne put être observée à l'interface ExbB-ExbD. En outre, il nous a été possible d'observer des interactions entre ExbB et ExbB ainsi qu'entre ExbB et TonB. Finalement, une analyse RPS multi-composants a permis de suggérer que les interactions observées entre TonB et ses partenaires ExbB et ExbD ont lieu par l'intermédiaire de points de contact différents, appuyant par la même l'hypothèse d'un rôle central de protéine-échafaudage pour TonB dans le complexe.

Spent Sulphite Liquor (SSL) derived mainly from hardwoods, was used as enrichment to isolate microorganisms able to utilize the liquor for SCP production. Among the seven types of yeasts and ten types of fungi isolated, two strains of Candida krusei, two strains of Candida rugosa and an unidentified fungus (F-20) were characterized further. Optimal conditions of biomass production were obtained (pH 6.0, 28(DEGREES)C, SSL diluted with water 1:1, addition of 0.2% NaH(,2)PO(,4)). As a result of optimization, efficiencies of conversion ranged from 25% for C. krusei, to 44% for C. rugosa. The yeast species grown in mixed cultures increased the biomass production to 52.8%. Intraspecific hybridization by protoplast fusion of auxotrophic mutants of C. rugosa produced fused variants able to increase biomass production to efficiencies of conversion up to 55.9%. / The cells of the fused variants were larger than those of the parental types, resulting in faster sedimentation during centrifugation. / The regeneration of protoplasts from C. rugosa was affected by the length of incubation in the protoplasting solution. Optimal regeneration was found after 30 min of incubation. Mannitol was shown to be a better osmotic stabilizer than sorbitol for the regeneration of protoplasts from C. rugosa in MMA supplemented with amino acids. / The protein content of C. krusei, C. rugosa and its fused variants and the fungus F-20 was 44-55%; carbohydrate content, 15.7-21.5%; nucleic acid, 3.6-5.8%; and lipid, 0.8-3.8%. A good amino acid profile was obtained with one of the fused variants, except for the low content of methionine. / The protein quality (calculated PER) of C. rugosa ranged from 1.32 for the wild type to 1.50 for fused variants. The initial BOD was reduced by 80% after the yeast growth in SSL.

Neisseria meningitidis is able to utilize a variety of biologically relevant compounds as its sole source of sulphur. Sulphate transport in the meningococcus is temperature-, pH-, concentration-, and energy-dependent. Group VI anions and sulphur-containing amino acids affect sulphate uptake. Selenate is a competitive inhibitor of sulphate transport and enters the meningococcus via the sulphate transporter. L-cysteine, a noncompetitive inhibitor of sulphate transport, exerts allosteric control on the system. L-cysteine has its own energy-dependent uptake system. Thiocyanate, a unique sulphur source for a heterotrophic bacterium, appears to be transported in the meningococcus by a system other than that for sulphate or L-cysteine uptake. Sulphur starvation enhances transport capacity and causes variations in some of the enzymes in the meningococcus. The sulphur source used for growth causes changes in the protein profiles of the envelope and cytosol fractions. The soluble sulphur pool in N. meningitidis regulates transport and metabolism of sulphur-containing compounds. The presence of thiosulphate reductase may be to allow thiosulphate to serve as an alternate electron acceptor during in vivo anaerobic growth.

Mu is a temperate, transposable coliphage with an unusual mode of replication and maturation. Mu is encapsidated linked to host sequences flanking the dispersed, integrated phage genomes. For encapsidation to occur, phage genomes must be recognized and removed from the chromosome. A putative enzyme recognizes the specific pac sequence within Mu left end. / The objective of my research is to characterize the influence of selected E. coli sequences on Mu transduction. In transduction the virion prohead is filled up with an important percentage, if not in totality, of host DNA. Cryptic pac sequences are defined as E.coli K12 genomic sequences showing the highest homology with the endogenous Mu pac sequence. Those host sequences could influence Mu packaging process towards transductants rather than "standard" infectious phage particles. / Using ClustralW software, two cryptic pac sequences were identified. Transduction assays with cloned cryptic pac sequences give insight into E.coli intrinsic potential to promote transduction.

Candida glabrata is an emerging opportunistic fungal pathogen which is the overall second leading contributor after Candida albicans in all candidiasis infections, especially in patients with compromised immune systems, such as patients who suffer from AIDS or have received organ transplants. This study focuses on the transcription factor activity of zinc cluster proteins, which are found only in fungi, and their relationship to antifungal resistance. In contrast to Saccharomyces cerevisiae and to some extent C. albicans, the role and mechanisms of zinc cluster proteins in drug resistance in C. glabrata has not been as thoroughly investigated in depth in the literature. The goal of this study was to generate a panel of deletion strains for putative zinc cluster genes by using a gene deletion strategy, for example in the deletion of MRR1. By using phenotypic assays on the generated knockout strains, insight regarding possible mechanistic relationships between zinc cluster proteins to drug resistance could be obtained. / Candida glabrata est un mycète pathogène opportuniste et est la deuxième cause (après Candida albicans) des infections de type candidiasis, particulièrement chez les patients ayant des déficiences du système immunitaire, dont ceux souffrant du SIDA, du cancer ou ayant reçu des greffes d'organes. Cette étude se porte sur l'activité des facteurs de transcription de la famille des protéines à groupe de zinc (trouvées seulement chez les mycètes) et leur relation à la résistance antimycotique. Par contraste avec Saccharomyces cerevisiae, le rôle et les mécanismes des protéines à groupe de zinc dans la résistance aux médicaments chez C. glabrata n'ont pas été examinés en détail. Le but de cette étude était de générer des souches comportant une délétion dans chaque gène de la famille des protéines à groupe de zinc. En utilisant des essais phénotypiques sur les souches de délétions obtenues, il sera possible d'en apprendre plus sur les relations entre les protéines à groupe de zinc et la résistance aux médicaments chez C. glabrata.

Staphylococcus aureus has become a major concern in public health and dairy industry due to the rapid evolution of host/organ specialized lineages adapted to humans and major food animals. However, the mechanism(s) of host- and organ-specialization as well as the distribution of dominant clonal lines of S. aureus is presently ill-defined. We hypothesized that coding repeat markers in the intragenic region of clumping factor A (clfA) gene would be capable of detecting and grouping adaptive clones and revealing predominant types and that whole genome expression of these clones in mammary mimicked reduced oxygen condition would potentially reveal subsets of gene(s) responsible for pathways and mechanisms of host-specialization and selection in the mammary gland. Thus, the suitability of clfA was explored. Results indicated that 80% of clfA analyzed had repeat-copies between 44 and 57. Furthermore, human isolates were polymorphic, while mastitis isolates were clonal. The repeats were stable during passages in milk, nutrient broth, and invasion of mammary cells showing suitability for typing. In addition, dominance of a clonal motif in mastitis implied organ-specific selection in the mammary gland. This was further examined in isolates from different organs in human patients and from bovine mastitis. The results showed significant correlation between the organs sampled and the length of clfA. Twenty out of the 23 sputum isolates had lower copy-numbers of 43-48, while 21 out of the 24 skin isolates had 55-63 copies. Moreover, sequence alignments and phylogenetic analysis placed isolates from different hosts and organs into respective clusters. / Subsequently, clfA was used as a typing marker for mastitis in a comparative experiment with pulsed-field gel-electrophoresis (PFGE) and spa typing, and identified genotype distributions and the dominant types across Canada. Interestingly, both clfA and PFGE had identical index of discrimination of 0.9. Two dominant PFGE lineage Groups A with 48.3% and D with 43.7 % represented Eastern and Western Canada strain types, respectively. These were further subdivided by clfA into four dominant subtypes X, Q, C, and Z which formed 82% and 43% of PFGE groups A and D, respectively. Thus, concordant with PFGE, clfA typing proved useful in rapidly profiling subpopulations with comparable discriminatory power. / Consequently, two isolates representing major human- and bovine-specific clones were used for whole genome expression after their invasion into mammary epithelial cells under normal and reduced oxygen conditions, using high-throughput genome qRT-PCR. In the mastitis isolate under normal oxygen, expression of MerR, sigB, VraS, YycG/YycF, araC, and tetR indicated adaptation, environmental sensing, binding, and protection. Coupling of fermentative metabolism to virulence was evident by upgulation of the catabolite control protein A (ccpA), pentose monophosphate pathway, and down regulation of TCA cycle. Invasive phenotypes, potentially through sarU activation of agr and in vivo viability factors as staphopains and GntR operon, also occurred. However, under reduced oxygen it showed upregulation of fibrinogen-binding, isd operon, (isdA, isdC, isdH), and sdrH, indicating aggressive binding phenotype. Irrespective of oxygen, strain Wright was less aggressive than the mastitis isolate and showed intense intracellular signalling potentially through MerR and sigB, limited toxins, and many hypothetical genes. Interestingly, under reduced oxygen, universal down regulation in metabolic and regulatory pathways occurred showing persistence of Wright strain. Taken together, the quick response of the mastitis isolate strongly suggested adapted phenotype to mammary cells and that reduced oxygen induced persistence properties. Future annotation of hypothetical proteins would potentially reveal a more precise network of regulatory subsets that are expressed in the mammary gland. / Staphylococcus aureus est un problème majeur tant pour la santé publique que pour l'industrie laitière à cause de la rapide évolution de lignées spécialisées hôte/organe touchant l'Homme et les animaux à destiné alimentaire. Cependant, les mécanismes de spécialisation hôte/organe ainsi que la distribution de ses lignées clonales dominantes restent mal décrites. Nous avons postulé l'hypothèse que des marqueurs codants répétés dans la région intra-génique du facteur d'agglutination clfA permettraient de détecter et d'attribuer un groupe à des clones adaptatifs et d'en révéler ainsi les types prédominants et que l'étude de l'expression génomique totale de ces clones dans des conditions reproduisant celles de glandes mammaires privées d'oxygène pourrait potentiellement révéler des sous-groupes de gènes impliqués dans les mécanismes de spécialisation hôte et de sélection dans les glandes mammaires. Nous avons donc étudié le gène clfA et nos résultats indiquent que 80% des gènes clfA analysés avaient entre 44 et 57 copies-répétées. De plus, les isolats humains étaient polymorphiques alors que ceux provenant de mastite étaient clonaux. Les répétitions étaient stables durant les passages dans le lait, le bouillon nutritionnel et lors de l'invasion des cellules mammaires. Le gène clfA s'est aussi révélé utile pour attribuer un groupe aux lignées hôte spécifiques et établir que la dominance d'un motif clonal dans une mastite implique une sélection organe-spécifique dans la glande mammaire. Ceci fut examiné plus avant dans les isolats de différents organes de patients humains et de mastites bovines. Nos résultats montrent une corrélation significative entre les organes étudiés et la longueur du gène clfA. Vingt sur les 23 isolats d'expectoration avaient un faible taux de copies (43-48) alors que 21 des 24 isolats de peau avaient entre 55 et 63 copies. Il est aussi important de noter que les alignements d / Nous avons ensuite standardisé clfA comme marqueur pour la mastite au cours d'une expérience comparative utilisant des méthodes références, l'électrophorèse en gel pulsé et le spa, et ainsi identifié sa distribution génotypique ainsi que ses types dominants au Canada. Nos résultats montrent que clfA présente le même indice de discrimination de 0.9 que la PFGE. Deux groupes de lignage PFGE dominants (A avec 48.3% et D avec 43.7 %) représentent les types des souches présentes dans le Canada occidental et oriental respectivement. Ceux-ci furent de plus subdivisés à l'aide de clfA en quatre sous-types. En conséquence, le typage par clfA, en plus d'être concordant avec ceux par PFGE et spa, s'est avéré utile pour établir le profil de sous-populations avec le même pouvoir discriminatoire. / Par la suite, deux isolats bien caractérisés représentant des clones majeurs spécifiques pour l'Homme et les bovins ont été utilisés afin de révéler l'expression génomique totale durant l'invasion des cellules épithéliales mammaires sous des conditions normales ou réduites en oxygène. Dans l'isolat de mastite sous condition normale en oxygène, l'expression des régulateurs MerR, sigB, VraS, YycG/YycF, araC, et tetR indiqua des fonctions d'adaptation, de fixation et de protection. Le couplage du métabolisme fermentaire avec la virulence fut mise en évidence par la présence de la protéine catabolite A (ccpA), de la voie des pentoses monophosphate, et la régulation négative du cycle de Krebs. Considéré dans leur ensemble, les réponses rapides des isolats de mastite suggèrent fortement un phénotype adapté aux cellules mammaires. La description future du grand nombre de protéines hypothétiques pourrait potentiellement révéler un réseau précis de facteurs régulateurs qui sont spécifiquement exprimés dans la glande mammaire.

Macrophages are the first line of defense against microbial pathogens; they recognize microbial structures and products via surface receptors (Fc, C3b, SR, TLR) and intracellular antigen sensors (NLR family). Engagement of surface receptors results in phagocytosis of the microbe into a specialized vacuole, the phagosome. Through a series of fusogenic events, the phagosome matures into a fully microbicidal phagolysosome that is highly acidic and contains a number of degradative enzymes and toxic molecules that cause destruction of the microbe. Salmonella typhimurium (S. typhimurium) and Legionella pneumophila (L. pneumophila) are two pathogenic Gram-negative bacteria that are able to block phagosome maturation. Our hypothesis is that the macrophages' response to these pathogens contains a core response, which is induced by both pathogens, as well as a pathogen-specific response. We used a genome-wide transcription profiling approach to compare macrophage responses to phagocytosis of S. typhimurium or L. pneumophila at early time points, 2h (T2) and 4h (T4) post-infection (p.i.). The infections were performed on the macrophage-like cell line J774, and RNA isolated from infected and non-infected cells was hybridized to Mouse WG6 Illumina microarrays. Pairwise analysis led to the identification of 159 genes differently regulated compared to Non Infected (NI) samples in response to L. pneumophila infection at T2, 148 genes at T4 and 192 genes differently regulated in response to S. typhimurium at T2, and 402 genes at T4. Comparative analysis identified three groups of genes: 164 (T2) and 347 (T4) "Salmonella typhimurium-specific" genes, 131 (T2) and 99 (T4) "Legionella pneumophila-specific" genes. This analysis also revealed that 28 (T2) and 49 (T4) genes were differentially expressed in response to both pathogens. A list of 27 genes was validated using quantitative RT-PCR. Networking programs, including STRING or Pathvisio were used to generate 3 interaction networks illustrative of these three groups of genes. Our results clearly show that TNF-α is associated with the macrophage response to both infections, with this gene playing a central role in this pathway. The Legionella specific pathway is centered on Egr1, Fos and Jun whereas the Salmonella specific pathway has 3 nodes centered on Il10, Il6 and Ccnd1. / Les macrophages représentent la première ligne de défense contre les pathogènes intracellulaires. Ils sont capables d'identifier des structures et protéines spécifiques aux bactéries grâce à des récepteurs membranaires, (Fc, C3b, SR and TLR) et à des molécules cytosoliques capables de reconnaitre des antigènes sur la surface des bactéries. Le contact entre les récepteurs à la surface des deux protagonistes entraine la phagocytose du microbe dans un compartiment spécialisé appelé le phagosome. À la suite d'une série d'évènements de maturation, le phagosome se développe en un phago-lysosome capable de détruire les microbes phagocités grâce à leur environement très acide et la présence d'enzymes dégradatives et de molécules toxiques pour les pathogènes. Salmonella typhimurium (S. typhimurium) et Legionella pneumophila (L. pneumophila) sont deux bactéries Gram-négatives capables d'éviter la réponse immunitaire innée. Notre hypothèse défend l'idée que la réponse du macrophage à ces deux pathogènes comprend une réponse commune, élicitée par les deux bactéries et une réponse spécifique à chacun de ces pathogènes. Nous avons utilisé une étude transcriptionnelle, à l'échelle du génome, pour comparer les premières réponses à 2h (T2) et 4h (T4) suivant l'infection du macrophage par S. typhimurium à celle par L. pneumophila. Les infections ont été faites sur des cellules immortalisées, J774 et l'ARN a été isolé puis hybridé sur des micropuces (Illumina MouseWG6). Une comparaison par paire nous a permis d'identifier 159 gènes régulés de manière différente entre les groupes non infectés et ceux infectés par L. pneumophila à T2, 148 gènes à T4; similairement 192 gènes à T2 et 402 à T4 étaient différemment régulé par l'infection de S. typhimurium. Une analyse comparative des résultats de micropuces entre les infections avec ces deux pathogènes nous a permis de générer trois groupes de gènes : 164 (T2) et 347 (T4) gènes sont impliqués dans la réponse du macrophage à l'infection de S. typhimurium tandis que 131 (T2) et 99 (T4) gènes sont associés à la réponse à l'infection de L. pneumophila. Cette analyse a aussi révélé 28 (T2) and 49 (T4) gènes appartenant à une réponse commune du macrophage à ces deux infections. Une liste de 27 gènes à été validé par amplification en chaîne par polymérase (PCR) et l'utilisation de programmes tels que STRING et Pathvisio nous a permis de créer 3 schémas d'interactions entre les gènes de nos trois groupes. Nos résultats montrent que TNF-α est clairement associé à la réponse du macrophage aux deux bactéries et semble être au centre de la réponse aux infections. La réponse spécifique à Legionnella est centrée autour de 3 gènes, Egr1, Fos et Jun tandis que la réponse spécifique à Salmonella est, elle, centrée sur IL10, Il6 et Ccnd1.

Colibacillosis (diarrhea in piglets caused by Escherichia coli) is the leading killer to piglets. Pathogenic E.coli responsible for this onset is referred as diarrheagenic E.coli. In six defined groups of diarrheagenic E.coli, enterotoxigenic E. coli (ETEC) is an important cause of post weaning diarrhea (PWD) in pigs. ETEC was first recognized by their ability to secrete two defined groups of enterotoxins: heat-stable toxin (STs) and heat-labile enterotoxin (LTs). F4 and F18 fimbriae, the most prevalent adhesins are commonly expressed on porcine ETEC to facilitate bacterial colonization. In addition to enterotoxins and fimbrial adhesins, functions of many other colonization factors are constantly identified. In 2009, EtpA, an exoprotein, was identified in human ETEC and confirmed to interact with a conserved region of flagella. This interaction appears critical for ETEC adherence to human intestinal epithelia. Our current study demonstrated that EtpA gene was also present in some wildtype porcine ETECs. However, a subsequent correlation analysis showed ETEC adherence ability cannot be solely attributed to a single pathogenic feature, such as the expression of enterotoxins, fimbrial adhesins or EtpA protein. It appears that pathogenesis of ETEC is more complicated than previously thought. To study the pathogenesis of ETEC adherence, this project firstly focused on the recognition between cellular glycoconjugates and bacterial adhesins that accounts for the initiation of bacterial adherence. The removal of cellular sialic acid from porcine intestinal epithelia confers a favoured environment for ETEC to enhance binding. Monosaccharides were subsequently utilized as competitive inhibitors in order to determine the recognition sites on ETEC adhesin. Our result suggests that subterminal N-acetylgalactosamine (GalNAc) seems responsible for the recognition of F4ac fimbriae. Also, in all ETECs responsive to monosaccharide treatments, 100% of Neu5Ac saturated ETECs, as well as 80% of Mannose saturated ETECs showed enhanced binding ability to desialylated IPEC-J2 cell monolayers. An earlier proposed model of conformation change in bacterial adhesin was adopted to explain this phenomenon. It is suggested that there is an allosteric effect on ETEC adhesin after first binding where an essential recognition of free Neu5Ac initiates bacterial adherence, and certain sugar, such as fucose or mannose can possibly synergistically function with Neu5Ac on adhesin and contribute to better binding. / La colibacillose (diarrhée causée par Escherichia coli chez le porcelet) constitue la principale cause de décès chez le porcelet. La souche pathogène d'E.coli responsable de ce phénomène est connue sous le nom d'E.coli diarrheagénique. Parmi les six différents groupes identifiés d'E.coli diarrheagéniques, la variété E. coli entérotoxigénique (ETEC) est la cause majeure des diarrhées survenant après le sevrage chez le porc. ETEC a intialement été identifiée pour sa capacité à sécréter 2 groupes distincts d'entérotoxines : l'entérotoxine ST (heat-stable) et l'entérotoxine LT (heat-labile). Il a été démontré que les formes F4 et F18 des fimbriae, adhésines les plus communes, sont communément exprimées dans les ETEC de porcs facilitant ainsi la colonisation bactérienne. En plus des entérotoxines et des adhésines, de nombreux autres facteurs de colonisation sont constamment identifiés. En 2009, EtpA, une exoprotéine, a été identifiée dans des ETECs chez l'humain et son interaction avec la région conservée des flagelles a été confirmée. Cette interaction est primordiale pour l'adhérence des ETECs sur l'épithélium intestinal humain. Notre étude a montré que le gène EtpA est aussi présent dans les ETECs « wildtype » chez le porc. Une analyse de corrélation a révélé que la capacité d'adhérence des ETECs ne peut pas être uniquement attribuée à un seul trait pathogénique tel que l'expression d'entérotoxines, d'adhésines ou d'EptA. Il semble que la pathogénécité des ETECs est très complexe. Dans le but d'étudier les mécanismes d'adhérence des ETECs, ce projet s'est d'abord concentré sur la reconnaissance entre les glycoprotéines des cellules et les adhésines des bactéries, étape cruciale pour l'adhérence bactérienne. Dépriver les cellules de l'épithélium intestinal porcin d'acide sialique a ainsi permis d'augmenter la liaison des ETECs. Différents monosaccharides ont ensuite été utilisés en tant qu'inhibiteurs compétitifs dans le but de déterminer les sites que reconnaissent les adhésines des ETECs. Nos résultats suggèrent que le résidu subterminal N-acétylgalactosamine (GalNAc) semble être reponsable de la reconnaissance de la forme F4ac des fimbriae. De plus, chez toutes les ETECs répondant aux traitements avec les monosaccharides, 100% des ETECs saturées en Neu5Ac ainsi que 80% des ETECs saturés en Mannose ont montré une augmentation de la capacité de liaison sur les monocouches cellulaires IPEC-J2 dépourvues d'acide sialique. Un modèle de changement de conformation des adhésines bactériennes a déjà été proposé et a été accepté pour expliquer ce phénomène. Il a été suggéré qu'un effet allostérique se produirait : après la liaison sur les adhésines des ETECs, où la reconnaissance des sites Neu5Ac libres est essentielle pour initier l'adhérence bactérienne, certains sucres, comme le fucose ou le mannose pourraient agir avec Neu5Ac sur les adhésines et contribuer ainsi à une meilleure liaison.

Genetic characterization of the mdh-sucCDAB operon, encoding enzymes of the TCA cycle, was performed. Isolation of a sucA knock-out mutant was attempted through homologous recombination with plasmids carrying a mutated fragment of the sucA gene. Several strains were screened for the expected phenotype of a 2-OGD mutant. Carbon-source utilization phenotype of the tested strains did not reveal highly dissimilar growth patterns in comparison to wild-type levels. PCR amplification of these strains did not yield the expected band size of a mutant copy of the gene. Furthermore, Southern blot analysis of the putative mutants was inconclusive in confirming their identity. Therefore, a sucA mutant was not successfully isolated. Expression of TCA cycle genes was examined under different growth conditions through qRT-PCR analysis. The sucA gene did not reveal any increase in transcript levels relative to sucD, under all tested conditions. This indicated the possible absence of a promoter independently controlling its expression. Other TCA cycle genes were differentially expressed in mdh and sucB mutants in comparison to wild type. Expression patterns did not appear to vary greatly across the tested carbon sources. Comparison of expression of TCA cycle genes in mutants, relative to wild type, revealed significant induction of sucB with arabinose in its respective knock-out mutant. Examination of transcript levels in bacteroids would elucidate the gene expression patterns observed in symbiotic conditions. In addition, further investigation of the nature of a sucA mutation will be required, to determine the possibility of a lethal phenotype. / La caractérisation génétique de l'opéron mdh-sucCDAB qui encode des enzymes du cycle des acides tricarboxylique, a été effectuée. Isolement d'un mutant de sucA a été tentée par recombinaison homologue avec des plasmides portant une insertion dans le gène. Plusieurs souches ont été criblées pour le phénotype attendu d'un mutant de la déshydrogénase de 2-oxoglutarate. Le phénotype d'utilisation de carbone des souches testées n'ont pas révélé de modèles de croissance très dissemblables par rapport au phénotype sauvage. L'amplification par PCR de ces souches n'a pas donné la taille de la bande attendue d'une copie mutant du gène. L'analyse par Southern blot des mutants putatifs n'a pas été concluante pour confirmer leur identité. Par conséquent, l'isolement d'un mutant de sucA a échoué. L'expression des gènes du cycle des acides tricarboxylique a été examinée avec des conditions différentes grâce à qRT-PCR. L'inspection d'expression génétique de sucA n'a pas révélé une augmentation par rapport à la transcription de sucD. Cela indique une possibilité de l'absence d'un promoteur indépendant contrôlant son expression. D'autres gènes du cycle des acides tricarboxyliques sont exprimés différentiellement par les mutants de mdh et de sucB, en comparaison au type sauvage. Les profils d'expression ne semblent pas varier considérablement selon les sources de carbone testées. Comparaison de l'expression de ses gènes a révélé induction significative de sucB avec l'arabinose dans se mutant respectif. L'observation de transcription dans les bactéroïdes serait élucider l'expression dans des conditions symbiotique. Une enquête plus approfondie d'une mutation de sucA sera nécessaire, afin de déterminer la possibilité d'un phénotype résultant mortelle.

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