Orientador: Marcos César de Oliveira Santos / Banca: Daniel Danilewicz Schiavon / Banca: Carmen Silvia Fontanetti Christofoletti / Resumo: A biologia reprodutiva de toninhas, Pontoporia blainvillei, capturadas acidentalmente em redes de pesca entre abril de 2005 e agosto de 2007 do sul do estado de São Paulo (24º24'S, 46°57'W) ao norte do Paraná (25º22'S, 48º09'W) foi estudada. Os testículos de 57 machos e os ovários de 35 fêmeas foram analisados macro e microscopicamente para determinação da maturidade sexual. As presenças de leite nas glândulas mamárias e de feto no útero foram avaliadas para determinação de lactação e de prenhez das fêmeas, respectivamente. A proporção apresentada entre machos e fêmeas capturados acidentalmente foi de 1,6:1. As idades de 86 indivíduos foram estimadas a partir da contagem do número de grupos de linhas de crescimento presentes nas camadas de dentina e de cemento dos dentes. As idades variaram de zero a 18 anos para machos e de zero a 12 anos para fêmeas. A mediana das idades foi de um ano e 75 indivíduos (87,2%) tinham até três anos de idade. A análise histológica revelou que 21 dos 57 machos analisados (36,8%) estavam sexualmente maduros. Os testículos apresentaram simetria lateral e baixo peso testicular relativo em relação ao peso corporal, sendo em média de 0,031% em machos maduros sexualmente. O peso testicular combinado (soma dos pesos de ambos os testículos), a largura testicular média, o comprimento testicular médio e o índice de maturidade testicular (razão entre o peso e o comprimento dos testículos) se demonstraram como potenciais ferramentas macroscópicas para auxiliar na identificação de indivíduos maduros, mas a análise histológica ainda é necessária para confirmação dos estágios de maturidade em machos / Abstract: The reproductive biology of franciscana dolphins, Pontoporia blainvillei, incidentally caught by gillnets between 2005 and 2007 from southern São Paulo (24°24'S, 46°57'W) to northern Paraná (25º22'S, 48°09'W) States was studied. The testes of 57 males and the ovaries of 35 females were macroscopically and microscopically analyzed to determine the sexual maturity. The presence of milk in the mammary glands and of fetus in the uterus was evaluated to determine lactating and pregnant females, respectively. The ratio between males and females incidentally caught was 1.6:1. The age (n=86) was estimated through growth layer groups in dentine and cementum using longitudinal sections of teeth. The ages ranged from zero to 18 years for males and from zero to 12 years for females. The median of age was one year and 75 individuals (87.2%) were three years old or less when captured. Histological analysis revealed that 21 of the 57 males analyzed (36.8%) were sexually mature. The testes showed lateral symmetry and low testicular weight relative to body weight, with an average of 0.031% in sexually mature males. The combined testicular weight (sum of weights of both testes), the average testicular width, the average testicular length and testicular maturity index (ratio of testicular weight per testicular length) were considered as potential macroscopic tools to classify mature individuals, but histological confirmation is still required to confirm the sexual maturity condition / Mestre

Orientador: Margarete Teresa Gottardo de Almeida / Banca: Gilda Maria Barbaro Del Negro / Banca: Fernando Góngora Rubio / Resumo: As Infecções relacionadas à Assistência à Saúde (IRAS) estão entre as principais causas de morbidade e de mortalidade em ambiente hospitalar. Neste panorama, destacam-se as fungemias, que são estabelecidas quando há um comprometimento da resposta da resposta imune do hospedeiro. Os avanços médicos nas últimas duas décadas melhoraram a sobrevida dos pacientes críticos, o que levou a um aumento de infecções em UTI. O método diagnóstico atualmente utilizado para este tipo de infecção (hemocultura) é lento e apresenta baixa sensibilidade. Demais alternativas de diagnóstico rápido são essenciais por permitir a adoção da terapia antimicrobiana correta e diminuir o tempo de internação, evitando gastos e sobrecarga ao sistema de saúde. Deste modo, métodos moleculares são promissores por serem mais rápidos, precisos e sensíveis. Sendo assim, o objetivo geral deste estudo foi avaliar comparativamente técnicas laboratoriais diagnósticas para fungemia - método molecular (nested PCR) versus cultura - e associar aos aspectos clínicos dos pacientes, tempo de realização e custos. A população foi composta por 89 pacientes, sendo 67 provenientes de UTI Geral e 22 de UTI Neonatal, todos com suspeita de infecção sistêmica. Foram colhidas 118 amostras de sangue no total. Parte deste sangue era enviada ao Hospital, seguindo a rotina de hemocultura. Outra parte era destinada a realização da metodologia molecular. Após padronização, foi obtido como limiar de detecção da técnica, 10 células fúngicas por 4 ml de amostra. Em 46 (51,7%) foi detectada fungemia pelo nested PCR. Correlacionando com os fatores de risco, as doenças de caráter pulmonar, cardíaco e renal foram as doenças de base prevalentes; enquanto que o uso de cateter venoso central, ventilação mecânica e terapia antimicrobiana prévia foram... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Health-care associated infections (HAI) are among the leading causes of morbidity and mortality in a hospital environment. Medical advances over the past two decades have improved the survival of critically ill patients, which led to an increase of infections in ICU. In this scenario, stand out the fungemias, which are established when there is an impairment of host immune response. The diagnostic method currently used for this type of infection (blood cultures) is slow and has low sensitivity. A rapid diagnosis is essential to allow the adoption of the correct antimicrobial therapy and reduce hospitalization time, avoiding expenses and a burden the health-care system. Therefore, molecular methods for diagnosis are promising because they are faster, more accurate and more sensitive than conventional methods. Thus, the main objective of this study was to comparatively evaluate laboratory diagnostic techniques for fungemia - molecular method (nested PCR) versus culture - in association with clinical features of patients, performance time and its costs. The population consisted of 89 patients, 67 from General ICU and 22 from Neonatal ICU, all with suspicion of systemic infection. Were collected a total of 118 blood samples. A portion of this blood was sent to hospital, following the normal routine. Another part was destined to realization of the molecular method. After standardization, the detection threshold found was 10 fungal cells per 4 ml of sample. Considering the patients, in 46 (51.7%) fungemia was detected by nested PCR. Correlating with risk factors, pulmonary, cardiac and renal diseases were the most relevant underlying diseases; whereas, the use of central venous catheters, mechanical ventilation and prior antimicrobial therapy were the most important clinical features. In comparison, both methods... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Resumo: O fator de início de tradução 5A (eIF5A) é altamente conservado de arqueas a mamíferos e é essencial para a viabilidade celular. Este fator tem sido associado com o início da tradução, proliferação celular, transporte nucleocitoplasmático e decaimento de mRNA. Estudos recentes associam eIF5A com a elongação, ao invés do inicio da tradução. eIF5A é a única proteína conhecida que contém o aminoácido essencial hipusina, gerado pelas enzimas desoxihipusina sintase e desoxihipusina hidroxilase. O objetivo deste estudo foi a caracterização estrutural e funcional de eIF5A de S. cerevisiae. Primeiramente, a estrutura terciária de eIF5A foi determinada por cristalografia e foi demonstrada a sua dimerização em solução, independentemente do resíduo hipusina. Foram obtidos e caracterizados 40 mutantes novos de eIF5A, dos quais 19 não complementaram o nocaute do gene selvagem, 13 apresentaram fenótipo de termossensibilidade e 8 não apresentaram nenhuma alteração nos fenótipos investigados. A maioria dos mutantes novos tem seus fenótipos resultantes da degradação da proteína eIF5A. Curiosamente, este é o primeiro estudo que sugere que a α-hélice presente no C-terminal de eIF5A é essencial para a manutenção da sua estrutura. Descrevemos também, que a extensão N-terminal de eIF5A, presente apenas em eucariotos, não é essencial para estrutura e função dessa proteína. Além disso, os mutantes contendo substituições na alça onde está localizado o aminoácido hipusina são inviáveis ou termossensíveis. Embora estes mutantes produzam eIF5A, inclusive na temperatura não permissiva, a proteína produzida não é hipusinada. Finalmente, dois mutantes termossensíveis (tif51AK56A e tif51AQ22H/L93F) produzem a proteína eIF5A estável na temperatura não permissiva, no entanto, apresentam... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The translation initiation factor 5A (eIF5A) is highly conserved from archae to mammals and is essential for cell viability. This factor has been associated with translation initiation, cell proliferation, nucleocytoplasmatic transport and mRNA decay. Recent studies show eIF5A involved in elongation, rather than translation initiation. eIF5A is the only protein known to contain the essential amino acid residue hypusine, generated by the enzymes deoxyhypusine synthase and deoxyhypusine hydroxylase. The main goal of this study was the structural and functional characterization of S. cerevisiae eIF5A. First of all, the tertiary structure of eIF5A was determined by crystallography and this protein was defined as a dimer in solution, independently of the hipusine residue. We obtained and characterized 40 new mutants, which 19 cannot complement tif51A knockout cells, 13 are temperature-sensitive and 8 show no detectable phenotype. The phenotypes of most mutantes are caused by protein folding defects. Interestingly, this is the first study suggesting that the C-terminal -helix present in yeast eIF5A may be an essential structural element. Moreover, we describe that the eIF5A N-terminal extension present only in eukaryotic homologues is not essential in yeast. Furthermore, the mutants containing substitutions surrounding the hypusine modification site showed unviable or temperature-sensitive phenotypes. Although these mutant proteins were stable, they were defective in hypusine modification. Finally, two of the temperature-sensitive mutant strains (tif51AK56A and tif51AQ22H/L93F) produced stable eIF5A protein but showed defects in growth and protein synthesis and these mutants revealed polysome profile defect similar to that described for mutations in factors involved in translation... (Complete abstract click electronic access below) / Orientador: Sandro Roberto Valentini / Coorientador: Cleslei Fernando Zanelli / Banca: Henrique Ferreira / Banca: Paulo Sergio Rodrigues Coelho / Banca: Nilson Ivo Tonin Zanchin / Banca: Beatriz Amaral de Castilho / Doutor

Orientador: Rogério Caetano da Costa / Banca: Roberto Munehisa Shimizu / Banca: Antônio Leão Castilho / Resumo: o presente estudo teve como objetivo averiguar a abundância do camarão sete-barbas, Xiphopenaeus kroyeri, e a influência de fatores ambientais como temperatura e salinidade da água de fundo e textura e porcentagem de matéria orgânica do sedimento, na distribuição espaçotemporal da espécie ao longo do complexo Baía/Estuário de Santos e São Vicente. As amostragens foram realizadas mensalmente de junho de 2008 a maio de 2009 em quatro pontos no Estuário de São Vicente e quatro na Baía de Santos em profundidades que variaram de 3 a 15 metros, aproximadamente. As amostras de água de fundo foram obtidas para se determinar a temperatura e a salinidade e as amostras de sedimento foram utilizadas para análise da fração granulométrica e da porcentagem de matéria orgânica de cada ponto. Os valores da salinidade média no estuário variaram de 24,5 Uulho) a 32,5 psu (outubro) e na baía, de 32,5 Uulho) a 39,5 psu (setembro). Foi observada uma menor amplitude de variação nos valores de temperatura no estuário, entre 21,7°C Uulho) e 29,5°C (março), quando comparada com a baía, entre 18,2 (dezembro) e 28,O°C (fevereiro). Em todos os pontos da baía, a fração granulométrica que prevaleceu foi de areia muito fina e no estuário, houve uma variação de silte e argila a areia fina. Com exceção de um dos pontos do estuário, a porcentagem de matéria orgânica foi sempre menor que 3. Dos 60.274 indivíduos coletados, nenhum foi capturado no estuário e este fato pode estar relacionado à baixa salinidade observada no local. Desse modo, a espécie deve ser incluída no ciclo de vida tipo 111, ou seja, o ciclo de vida completa-se em regiões costeiras marinhas. Já a temperatura... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The aim of the present study was to analyze the abundance of the seabob shrimp, Xiphopenaeus kroyeri, and the influence of environmental factors as temperature and salinity (bottom water), organic matter content and grain size of sediments, in the spatial-temporal distribution of the species along the complex Bay/Estuary of Santos and São Vicente. Samples were taken monthly between June 2008 and May 2009 in four sites in São Vicente Estuary and four sites in Santos Bay in depths from 3 to 15m. The bottom water samples were obtained to determine the temperature and salinity and the sediment samples to analyze the grain size and organic matter content of each site. The mean values of salinity varied in the estuary from 25.5 (July) to 32.5 psu (October) and, in the bay, from 32.5 (July) to 39.5 psu (September). It was observed lower amplitude of variation in temperature values in the estuary, between 21.7 (July) and 29.5°C (March) when compared with the bay, between 18.2 (December) and 28.0°C (February). In ali sites in the bay, it was observed predominance of very fine sand and, in the estuary, there was a variation from silt and clay and fine sand. Excepting one site in the estuary, the percentage of organic matter content was always lower than 3. In a total of 60,274 individuais obtained, none of them was caught in the estuary and this fact can be related with low values of salinity observed in the local. Thus the species has to be included in the life cycle type 3, which is completed from the inshore to offshore areas. High values of temperature were determinants when associated with adult males and matured females. The species remained in the region ali year round and low temperatures have forced a population migration to lower depths... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientadora: Sonia Marli Zingaretti Di Mauro / Banca: Maria Inês Tiraboschi Ferro / Banca: Renê de Oliveira Beleboni / Resumo: A cultura da cana-de-açúcar é de grande importância econômica nas regiões tropicais e subtropicais, especialmente para alguns países da América, como o Brasil, que é atualmente o maior produtor mundial. Estresses abióticos, como a seca, podem reduzir os rendimentos das lavouras. Sendo assim, a identificação e a compreensão dos mecanismos de tolerância à seca são fundamentais no desenvolvimento de novas cultivares comerciais mais tolerantes ao déficit hídrico. O objetivo deste trabalho foi identificar, através da técnica de macroarranjos de cDNA, o perfil de expressão de genes pertencentes a diferentes vias metabólicas em folhas de duas cultivares de cana-de-açúcar (Saccharum spp), uma tolerante ao estresse por déficit hídrico (SP83-2847) e outra sensível (SP90-1638) submetidas a dois períodos de restrição no fornecimento de água, ocasionando um estresse por déficit hídrico leve (T1) e severo (T2). Por meio das análises dos resultados foi possível identificar, na cultivar tolerante, a indução de ESTs (etiquetas de seqüências expressas) com similaridade a genes de enzimas de síntese de osmoprotetores, tais como prolina, hidroxiprolina e GABA (ácido g-aminobutírico); de hormônios vegetais como o ácido abscísico (ABA) e o ácido jasmônico (JA) e repressão de ESTs similares aos genes das enzimas de biossíntese de amido, de glicina betaína e de algumas enzimas do sistema de defesa antioxidante. Ao passo que, na cultivar sensível foram induzidas ESTs similares aos genes de enzimas de síntese dos osmoprotetores trealose e glicina betaína; do sistema de defesa antioxidante e reprimidas ESTs com similaridade a genes das enzimas de síntese de prolina, hidroxiprolina e GABA e envolvidas na biossíntese de ABA e de jasmonatos. Em ambas as cultivares, ESTs similares a genes de diferentes enzimas fotossintéticas foram reprimidas. / Abstract: Sugarcane crop is of large economic importance in the tropical and subtropical regions, especially in some countries of Central and South America as Brazil, which is actually the major worldwide producer. Abiotic stress, such as drought, can reduce yield of the farmings. Thus, identification and understanding of the drought tolerance mechanisms is crucial to the development of new commercials cultivars more tolerant to water deficit. The aim of this study was to identify, using cDNA macroarrays technique, expression profile of genes involved in distinct metabolic pathways in leaves of two sugarcane (Saccharum spp) cultivars, one water stress tolerant (SP83-2847) and another water stress sensitive (SP90-1638) which were submitted to periods of withhold watering occasioning a mild (T1) and severe (T2) water deficit stress. Through the analysis of the results, it was identified in the tolerant cultivar up-regulated ESTs similar to genes of enzymes involved in the synthesis of osmoprotectants, such as proline, hydroxyproline, GABA (g-amino butyric acid), of synthesis of plant hormones as abscisic acid (ABA) and jasmonic acid (JA); and down-regulated ESTs similar to genes of enzymes of the biosynthesis of starch, glycine betaine and of some enzymes involved antioxidant defense system. In the other hand, ESTs similar to genes of enzymes involved in the biosynthesis of the osmoprotectants as trehalose and glycine betaine and enzymes from the antioxidant defense system were induced as well as were down-regulated ESTs similar to genes of enzymes of synthesis of proline, hydroxyproline and GABA and involved in biosynthesis of ABA and jasmonates, for the sensitive cultivar. In both cultivars, ESTs with similarity to genes of different photosynthetic enzymes were repressed. / Mestre

Resumo: Um dos momentos históricos interessantes no estabelecimento da Biologia Molecular diz respeito às pesquisas realizadas por Avery, MacLeod e McCarty, que indicaram que a natureza química do princípio transformante bacteriano era o DNA. A nosso ver, esse episódio pode ser explorado do ponto de vista histórico, e assim fornecer elementos relevantes para o Ensino de Ciências. Em relação à perspectiva histórica, embora os estudos de Avery e colaboradores sejam atualmente considerados referência no estabelecimento de relações entre DNA e hereditariedade, há na literatura apontamentos sobre a provável não aceitação imediata desses pela comunidade científica da época (1944). Assim, o objetivo da presente pesquisa foi investigar, por meio da análise de fontes primárias, como artigos, documentos e correspondências que envolvem Avery e colaboradores, os motivos para a resistência inicial aos resultados de seus trabalhos. Dentre as razões levantadas, podemos mencionar dúvidas de cunho técnico, que indicavam a presença de proteínas nos preparados utilizados por Avery e colaboradores, a suposta timidez de Avery e a idéia de sua proposta ter sido cientificamente prematura. Outra razão, que aparentemente, abrange um maior número de aspectos envolvidos no processo de construção do conhecimento em questão, refere-se à hipótese de que a idéia do DNA como responsável pela hereditariedade encontrou dificuldades em ser aceita, pois, foi produzida e apresentada inicialmente fora da área de domínio da temática de interesse, no caso, a Genética. Acerca da utilização do episódio histórico em questão no Ensino, essa se justifica, pois possibilita a observação de diversos elementos que caracterizam e estão envolvidos na produção científica, como por exemplo: implicações metodológicas, subjetividade dos indivíduos, coletividade... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: One of the interesting historical moment on the establishment of Molecular Biology is related to Avery, MacLeod and McCarty's research, which indicated that the chemical nature of the transforming principle in bacteria was DNA. In our view, this episode can be explored from a historical perspective, and thus provide relevant information to the Teaching of Science. Regarding the historical perspective, although Avery and his colleague's studies are now considered landmark in the establishment of relations between DNA and heredity, in literature there are notes on the probable immediate rejection of this by the scientific community of that time (1944). The objective of this research was to investigate, through analysis of primary sources such as articles, documents and correspondence involving Avery and his colleagues, the reasons for the initial resistance to the results of their work. Among the reasons raised, we can mention technical-doubt, which indicated the presence of protein in the preparations used by Avery and his colleagues, the alleged Avery's timidity and the idea of his proposal was scientifically premature. Another reason, which apparently includes a greater number of issues involved in building the knowledge in discussion, refers to the hypothesis that the idea of DNA as responsible for heredity found difficulties to be accepted, because it was produced and presented initially outside of Genetics field. As far as use of the referred historical episode in Education or in Teaching of Biology, this is justified because it enables the observation of several elements that characterize and are involved in scientific research, such as: methodological implications, the subjectivity of individuals, collective production of knowledge, social influences (hostility), the impact of the journal in which they release a specific publication, ... (Complete abstract, click electronic access below) / Orientador: João José Caluzi / Coorientador: Elaine Sandra Nicolini Nabuco de Araujo / Banca: Maria Elice Brzezinski Prestes / Banca: Ana Maria de Andrade Caldeira / Mestre

Orientador: Marcelo Carbone Carneiro / Banca: Fernanda Aparecida Meglhioratti / Banca: Jehud Bortolozzi / Banca: Marcos Rodrigues da Silva / Banca: Osmar Cavassan / Resumo: A tese foi desenvolvida buscando identificar os elementos necessários para uma compreensão da visão biológica sobre a natureza, numa perspectiva histórica e filosófica. Foi realizado um estudo teórico fundamentado no pensamento materialista dialético, visando identificar as principais questões que sustentam a biologia, considerando a sua história de construção e o olhar da filosofia da ciência sobre ela. Fez-se um levantamento documental principalmente nas fontes secundárias sobre a história e filosofia da biologia, também em algumas fontes primárias. Tendo realizada esta etapa, fez-se uma análise do conteúdo disciplinar dos Parâmetros Curriculares Nacionais do Ensino Médio (PCNEM), PCNEM+ e as Orientações Curriculares. O estudo foi direcionado por três questões: Quais são os elementos que caracterizam a biologia como tal ao longo da sua construção? Como estes elementos se caracterizam e se articulam? Os documentos curriculares oficiais consideram estes elementos na sua formulação? Como resultado, é trazida a história das ideias sobre os seres vivos na Antiguidade à Idade Média, sendo possível identificar algumas das questões que a biologia veio a se debruçar nos séculos seguintes. Em seguida, enfatiza-se a mudança ocorrida na visão de mundo na Idade Moderna que se opôs a Escolástica e suas implicações na organizaçãoda ciência que culminou na Revolução Científica. O século XIX marca o surgimento da biologia enquanto ciência. No início do século alguns ramos já se configuravam, porém ainda vinculados com a filosofia da natureza. Constitui-se a partir daí um olhar específico sobre a natureza considerando-se três teorias principais: teoria celular, teoria do equilíbrio interno e a teoria da seleção natural e origens das espécies. Duas perspectivas centrais se estruturaram, uma Mecanicista e outra Histórica, as quais sustentaram ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The thesis was developed in order to identify the elements necessary for an understanding of biological vision about the nature, historical and philosophical perspective. We conducted a theoretical study based on dialectical materialist thought, to identify the key issues underpinning biology, considering its history of construction and look at the philosophy of science about it. There was a documentary survey mainly on secondary sources on the history and philosophy of biology, also in some primary sources. Having performed this step, there was a review of disciplinary content of National Curriculum of Secondary Education (PCNEM) PCNEM + and Curriculum guidelines. The study walked directed by three questions: What are the elements that characterize the biology as such throughout its construction? How these elements are characterized and articulate? Documents of curriculum consider these elements in its formulation? As a result, it brought the history of ideas on living in antiquity to the Middle Ages, it is possibile to identify some of the questions that biology came to look over the following centuries. Then, we seek to emphasize the change in worldview in the modern era who opposed scholasticism and its implications to the science that culminated in the Scientific Revolution. The nineteenth century marks the emergence of biology as a science. At the beginning of the century there were already some branches, but still tied to the philosophy of nature. It consists from there a specific look on nature by considering three main theories: cell theory, theory of internal equilibrium and the theory of natural selection and origin of species. Two central perspectives are structured, a Mechanistic and another Historic, which ... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Resumo: Os vírus pertencentes ao gênero Begomovirus da família Geminiviridae são transmitidos pela mosca-branca Bemisia tabaci Gennadius, atualmente constituem um dos problemas fitossanitários mais sérios em diversas culturas. A mosca-branca encontra-se disseminada em todas as principais regiões produtoras de hortaliças do Brasil. No estado de São Paulo, em 2005, plantas de pimentão mostrando sintomas de deformação dos frutos, folhas e mosaico foliar, apresentaram-se infectadas por begomovírus. Até então, no Brasil, a infecção de pimentão por vírus deste gênero havia sido verificada apenas nos estados de Pernambuco e Bahia, no ano de 1997. Amostras de plantas de pimentão foram coletadas nos campos de produção localizados nos municípios de Paranapanema, Piraju, Alvinlândia, Ubirajara, Elias Fausto, Mogi Guaçu, Paulínia e Botucatu, no período de novembro de 2004 a maio de 2006, com finalidade de detecção e verificar a variabilidade genética dos begomovírus infectando esta cultura. A detecção de begomovírus foi realizada por meio de PCR com oligonucleotídeos universais e seqüenciamento de parte da região codificadora para a proteína capsidial. Do total de 228 plantas coletadas, foram encontradas 30 amostras positivas de begomovírus, sendo que seqüências de 23 isolados apresentaram uma identidade de nucleotídeos de 98 a 100% com o Tomato severe rugose virus (ToSRV) e dois isolados, um proveniente da região de Alvinlândia e outro de Mogi Guaçu, apresentaram maior identidade (98 e 95% respectivamente) com a provável espécie Tomato yellow vein streak virus (ToYVSV). O DNA-A do isolado ToSRV[PJU] coletado de pimentão Lilac da região de Pirajú apresentou identidade de nucleotídeos de 99% com outro isolado de ToSRV (DQ207749) proveniente de pimenta e 97% com um isolado de ToSRV (AY029750) proveniente de tomate... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The viruses belonging to the genus Begomovirus, of the family Geminiviridae, are transmitted by the whitefly Bemisia tabaci Gennadius, and considered one of the most important fitossanitary problems for several crops. The whitefly is disseminated throughout the country. In São Paulo State, 2005, pepper plants showing fruits deformations, and mosaic on the leaves were infected by begomovirus. Until then in Brazil, the infection of begomovirus in pepper was only reported in 1997, in Pernambuco and Bahia States. Pepper plants were collected in Paranapanema, Piraju, Alvinlândia, Ubirajara, Elias Fausto, Mogi Guaçu, Paulínia and Botucatu, in the period of November of 2004 to May of 2006, with the aim to study the genetic variability of the begomovirus infecting this culture. The begomovirus were detected by PCR using universal oligonucleotídeos and the coat protein region was sequenced. On the total of 228 samples, they were found 30 positive samples of begomovírus, and sequences of 23 isolated presented nucleotides identies of 98 to 100% with Tomato severe rugose virus (ToSRV), while two isolates, one of Alvinlândia and another of Mogi Guaçu, showed identity highest nucleotide (98 and 95% respectively) with the tentative species Tomato yellow vein streak virus (ToYVSV). The nucleotide sequence of the DNA-A of ToSRV[PJU] from pepper cv. Lilac of Pirajú has 99% nucleotide identies with other isolate of ToSRV (DQ207749) collected from pepper and 97% with an isolate of ToSRV (AY029750) from tomato. The sequence of the DNA-B revealed identity of 98% with the DNA-B of ToRMV (AF291706) from Triângulo Mineiro, Minas Gerais and 95% with ToSRV (AY029751). Sap-transmission was verified for Nicandra physaloides and pepper ‘Magda' using infected N. benthamiana as source. By whitefly the virus was transmitted to Lycopersicum esculentum... (Complete abstract click electronic access below) / Orientador: Marcelo Agenor Pavan / Coorientador: Renate Krause Sakate / Banca: Antonio Carlos Maringoni / Banca: Murilo Francisco Zerbini Junior / Banca: Romulo Fujito Kobori / Banca: Valdir Atsushi Yuki / Doutor

Orientador: Gustavo Orlando Bonilla Rodriguez / Banca: Maria de Lourdes Teixeira de Morais Polizeli / Banca: Valéria Marta Gomes de Lima / Banca: Roberto da Silva / Banca: Márcio José Tiera / Resumo: Uma nova lipase extraída de sementes oleaginosas de Pachira aquatica foi purificada por SDS-PAGE obtendo-se uma enzima com massa molecular de aproximadamente 55 kDa. Esta exibiu atividade máxima a 40°C e pH 8,0 e foi estável na faixa de 4 a 50°C e a pH 9.0 mostrando estabilidade em pH alcalino. A atividade enzimática aumentou na presença de Ca++ e Mg++, mas foi inibida por Hg++, Mn++, Zn++, Al+++ e por vários agentes oxidantes e redutores, principalmente DTT e β-mercaptoetanol. Na presença de solventes orgânicos a atividade foi estimulada por metanol. Os valores de KM e Vmax, foram 1,65 mM e 37,3 μmol.mL-1.min-1, respectivamente usando p-nitrofenil acetato como substrato. A enzima mostrou preferência por ácidos graxos de cadeias longas, mas demonstrou atividade contra uma grande faixa de substratos. O extrato enzimático bruto foi testado para a hidrólise de óleo de soja e resíduos de frigorífico avícola. A condição ideal é 40°C e pH no valor de 7,0-9,0 para óleo de soja e o resíduo, respectivamente. A enzima foi estável na presença de várias formulações de detergentes comerciais, mas instável na presença de H2O2. A lipase não foi eficiente em reduzir o tamanho médio de partículas de gordura; altas doses foram requeridas para obter-se uma redução de 13 % após 72 horas de tratamento. A atividade enzimática foi aumentada na presença do surfactante catiônico brometo de cetiltrimetilamonio (CTAB) e sais biliares, onde surfactantes aniônicos e não-iônicos mostraram efeito inibitório. A incubação da enzima com soluções aquosas de PEG 12.000, 8.000 e 200, ativou a lipase e a máxima ativação (61%) ocorreu com PEG 12.000. Este efeito pode ser devido à exposição de alguns resíduos hidrofóbicos localizados na vizinhança do sitio ativo ou por agregação enzimática. No processo de imobilização da lipase em esferas de alginato de cálcio... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: A new lipase from seeds of Pachira aquatica was purified to homogeneity by SDSPAGE obtaining an enzyme with a molecular weight of approximately 55 kDa. The lipase exhibited maximum activity at 40°C and pH 8.0, and was stable at the range from 4 to 50°C and pH 9.0 showed good stability in the alkaline pH. The enzyme activity increased in the presence of Ca++ and Mg++, but was inhibited by Hg++, Mn++, Zn++, Al+++ and various oxidizing and reducing agents, mainly DTT and β-mercaptoethanol. In the presence of organic solvents its activity was stimulated by methanol. The values of KM and Vmax, were 1.65 mM and 37.3 μmol.mL-1.min-1, respectively using pnitrophenylacetate as substrate. The enzyme showed preference for esters of long chain fatty acids, but demonstrated significant activity against a wide range of substrates. The enzymatic extract was tested for the hydrolysis of soybean oil and wastewater from a poultry processing plant. It was determined that it should be carried out at a temperature of 40°C and an optimum pH 7.0-9.0 for soybean oil and poultry processing plant, respectively. The enzyme was stable in the presence of some commercial detergent formulations but unstable in the presence of H2O2. The lipase was not efficient in reducing average fat particle weight; high doses were required to obtain a reduction of 13% after 72 hours of treatment. The activity was enhanced by the cationic surfactant, CTAB and bile salts, whereas anionic and nonionic surfactants showed an inhibitory effect. Aqueous solutions of PEG, 12,000, 8,000 e 200, activated the lipase and maximum activation (61%) occurred in PEG 12,000. This effect on lipase that can be due to exposition of some hydrophobic residues located in the vicinity of the active site... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Resumo: Mutantes foram obtidos através de tratamento mutagênico dos esporos de S. clavuligerus ATCC 27064 com metil-metanosulfonato. Um total de 822 colônias, obtidas por repiques sucessivos, foram selecionadas em testes qualitativos e/ou quantitativos. O melhor mutante S. clavuligerus 45.41, mostrou-se de duas a quatro vezes mais produtivo que a linhagem selvagem, e manteve-se estável após 35 repiques sucessivos ao longo deste estudo. O comportamento das linhagens foi investigado pela adição de diferentes diaminas ao meio de cultivo, uma a uma, na ausência de lisina. Também se investigou duas fontes distintas de C, além de compostos como o ácido 2,6- diaminopimélico. Um planejamento de dois fatores (cadaverina e lisina), três níveis, baseado no ponto central, faces centradas, indicou que a adição de lisina aumenta a produção de CefC para ambas as linhagens. O efeito positivo da cadaverina foi observado principalmente na linhagem mutante 45.41. Resultados obtidos em processo de batelada, em biorreator de bancada confirmaram as diferenças observadas entre as linhagens nos cultivos em frascos agitados. Procedimento de mutagênese clássica foi utilizado em conjunto com critérios bem definidos para se estabelecer um meio de cultura apropriado, com o objetivo de alcançar um aumento significativo da produção de CefC. Este é o primeiro estudo utilizando um mutante de S. clavuligerus obtido por mutagênese clássica, cuja produção de CefC é de três vezes maior que a da linhagem selvagem, em meios contendo diaminas / Abstract: Mutants were obtained by treating S. clavuligerus ATCC 27064 spores with methyl-methanesulfonate. A total of 822 colonies, obtained by successive sampling, were selected by qualitative and/or quantitative tests. The best mutant, S. clavuligerus 45.41, was two to four times more productive than the wild-type strain, and remained stable even after 35 successive samplings throughout the study. Strains behavior was investigated by adding different diamines in media, one by one, in the absence of lysine. Also investigated two different sources of C, and compounds such as 2,6-diaminopimelic acid. The two-factor (cadaverine and lysine), three-level, central composite-based, face-centered experimental design indicates that adding lysine increases CephC production for both strains alike. The positive effect of cadaverine was observed mainly in the Mutant 45.41 strain. Results obtained in batch-processes in a bench-scale bioreactor confirmed differences among strains observed in shaken flasks cultures. Classical mutagenesis procedures in conjunction with the adoption of well-defined criteria to establish an appropriate culture medium promoted a significant improvement in CephC production. It is the first study indicating an increase in CephC production in media containing diamines employing a mutant of S. clavuligerus obtained by classical mutagenesis / Orientador: Maria Lucia Gonsales da Costa Araujo / Banca: Pedro de Oliva Neto / Banca: Cecilia Laluce / Banca: José Gregório Cabrera Gomez / Banca: Cristina Paiva de Sousa / Doutor