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Um estudo sobre métodos estatísticos na avaliação da interação genótipo x ambientes em genótipos de arroz (Oryza sativa L.)

Ramos Molina, Lina Maria [UNESP] 20 August 2007 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:09Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-08-20Bitstream added on 2014-06-13T19:12:59Z : No. of bitstreams: 1 ramosmolina_lmr_me_jabo.pdf: 323166 bytes, checksum: e3a256fd4fa2325448c3e964e5aa494e (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Análise da interação genótipo x ambiente no melhoramento de plantas tem evoluído bastante na última década pela introdução de novos métodos de análise, melhorando a eficiência na seleção de genótipos testados em diferentes condições ambientais. Neste trabalho foram estudados alguns métodos estatísticos de análise da interação genótipo x ambiente, utilizando dados de oito genótipos de arroz avaliados em diferentes ambientes da Colômbia. Foram feitas a identificação dos genótipos de arroz com adaptabilidade e estabilidade ampla ou especifica nas regiões estudadas. Os métodos utilizados e estudados foram SREG (CORNELIUS, et al, 1996), ANNICCHIARICO (1992), EBERHART & RUSSELL (1966), Shukla e análise pelo método Bayesiano que foi feita segundo a metodologia desenvolvida por COTESTORRES (2004). / Analysis of genotype x environment interaction in the improvement of plants has improved sufficiently in the last decade for the introductions of the new methods of analysis, having improved the efficiency in the selection of genotypes tested in different environment conditions. In this research some statistical analysis of genotype x environment interactions methods had been studied, evaluated eight genotypes of rices in different environments from Colombiam. Were made the identifications of genotypes with adaptability and stability in the studied regions. The methods used were SREG (CORNELIUS, et al, 1996), ANNICCHIARICO (1992), EBERHART & Russell (1966), Shukla and Bayesiano Method according to COTES-TORRES (2004).
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Adaptabilidade e estabilidade fenotípica de clones de cana-de-açúcar em dois ciclos produtivos / Adaptability and phenotypic stability of sugarcane clones in two productive cycles

Regis, Jiuli Ani Vilas Boas [UNESP] 01 December 2016 (has links)
Submitted by JIULI ANI VILAS BOAS REGIS null (jiuli_regis@hotmail.com) on 2017-01-26T16:08:00Z No. of bitstreams: 1 Dissertação JIULI vf.pdf: 1599775 bytes, checksum: 553cf39b1c8d9bff7fda3659f929c2b3 (MD5) / Approved for entry into archive by LUIZA DE MENEZES ROMANETTO (luizamenezes@reitoria.unesp.br) on 2017-01-30T18:14:14Z (GMT) No. of bitstreams: 1 regis_javb_me_ilha.pdf: 1599775 bytes, checksum: 553cf39b1c8d9bff7fda3659f929c2b3 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-30T18:14:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 regis_javb_me_ilha.pdf: 1599775 bytes, checksum: 553cf39b1c8d9bff7fda3659f929c2b3 (MD5) Previous issue date: 2016-12-01 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Na fase final de um programa de melhoramento, especificamente na recomendação de cultivares, o conhecimento da interação genótipos x ambientes (GxA) é essencial, porque analisa a existência de desempenho diferencial de genótipos em diferentes ambientes. Os efeitos da interação genótipos x ambientes sobre a adaptabilidade e estabilidade são de grande importância, visto que cada genótipo possui uma capacidade inerente de responder às mudanças ambientais. Dentre as estratégias usadas para identificar cultivares com baixos níveis de interação genótipos x ambientes, está a seleção de genótipos com alta adaptabilidade e estabilidade. O objetivo deste trabalho foi identificar clones de cana-de-açúcar produtivos, com boa estabilidade e adaptabilidade, considerando dois ciclos produtivos. Vinte e cinco clones precoces mais cinco testemunhas foram avaliados em 24 ambientes, em delineamento de blocos ao acaso, com três repetições. Para verificação da adaptabilidade e estabilidade foi utilizado o método de regressão bissegmentada e os métodos multivariados AMMI e GGE biplot. Os clones avaliados não apresentam os parâmetros ideais, como preconizado pelo método da regressão bissegmentada. De acordo com as três abordagens utilizadas, que são complementares nas informações desejadas, os clones mais promissores em termos de estabilidade e adaptabilidade geral são G13, G12 e G5. / In the final phase of breeding program, specifically in the recommendation of cultivars, knowledge of genotype x environment interaction (GxA) is essential because it analyzes the existence of differential performance of genotypes in different environments. The effects of genotype x environment interaction on adaptability and stability are of great importance, since each genotype has an inherent ability to respond to environmental changes. Among the strategies used to identify cultivars with low levels of interaction genotypes x environments, is the selection of genotypes with high adaptability and stability. The objective of this study was to identify sugarcane productive clones, with good stability and adaptability considering two productive cycles. Twenty-five early clones another five controls were evaluated in 24 environments, in a randomized block design with three replications. To verify the adaptability and stability was used bissegmented regression method and multivariate methods, AMMI and GGE biplot. The evaluated clones do not have the ideal parameters, as recommended by the method of bissegmented regression. In compliance with the three approaches used, which are complementary to the desired information, the most promising clones in terms of stability and general adaptability are G13, G12 and G5.
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Um estudo sobre métodos estatísticos na avaliação da interação genótipo x ambientes em genótipos de arroz (Oryza sativa L.) /

Ramos Molina, Lina Maria. January 2007 (has links)
Resumo: Análise da interação genótipo x ambiente no melhoramento de plantas tem evoluído bastante na última década pela introdução de novos métodos de análise, melhorando a eficiência na seleção de genótipos testados em diferentes condições ambientais. Neste trabalho foram estudados alguns métodos estatísticos de análise da interação genótipo x ambiente, utilizando dados de oito genótipos de arroz avaliados em diferentes ambientes da Colômbia. Foram feitas a identificação dos genótipos de arroz com adaptabilidade e estabilidade ampla ou especifica nas regiões estudadas. Os métodos utilizados e estudados foram SREG (CORNELIUS, et al, 1996), ANNICCHIARICO (1992), EBERHART & RUSSELL (1966), Shukla e análise pelo método Bayesiano que foi feita segundo a metodologia desenvolvida por COTESTORRES (2004). / Abstract: Analysis of genotype x environment interaction in the improvement of plants has improved sufficiently in the last decade for the introductions of the new methods of analysis, having improved the efficiency in the selection of genotypes tested in different environment conditions. In this research some statistical analysis of genotype x environment interactions methods had been studied, evaluated eight genotypes of rices in different environments from Colombiam. Were made the identifications of genotypes with adaptability and stability in the studied regions. The methods used were SREG (CORNELIUS, et al, 1996), ANNICCHIARICO (1992), EBERHART & Russell (1966), Shukla and Bayesiano Method according to COTES-TORRES (2004). / Orientador: Adhemar Sanches / Coorientador: Alberto Cargnelutti Filho / Coorientador: Jose Miguel Cotes Torres / Banca: Rinaldo César de Paula / Banca: Sandra Helena Unêda Trevisoli / Mestre
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Clustering and visualization for enhancing interpretation of categorical data / カテゴリカルデータの解釈容易性を向上させるためのクラスタリングと視覚化法について / カテゴリカル データ ノ カイシャク ヨウイセイ オ コウジョウ サセル タメ ノ クラスタリング ト シカクカホウ ニツイテ

髙岸 茉莉子, 高岸 茉莉子, Mariko Takagishi 20 September 2019 (has links)
本論文では大規模カテゴリカルデータのデータ解釈の場面で生じる問題を考えた.データが大規模な場合,クラスター分析や視覚化などで,データの潜在的な構造を調べる方法が有用とされるが,対象ごとにカテゴリの解釈が異なったり,同じ属性でも回答傾向が異なったりすると解釈が複雑になる.本論文ではそのように既存手法をシンプルに適用するのでは解釈が難しいようなデータに対して,よりわかりやすい解釈をするための手法を開発した. / Large-scale categorical data are often obtained in various fields. As an interpretation of large-scale data tends to be complicated, methods to capture the latent structure in data, such as a cluster analysis and a visualization method are often used to make data more interpretable. However, there are some situations where these methods failed to capture the latent structure that is interpretable (e.g., interpretation of categories by each respondent is different). Therefore in this paper, two problems that often occur in large-scale categorical data analysis is considered, and new methods to address these issues are proposed. / 博士(文化情報学) / Doctor of Culture and Information Science / 同志社大学 / Doshisha University
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Data integration and visualization for systems biology data

Cheng, Hui 29 December 2010 (has links)
Systems biology aims to understand cellular behavior in terms of the spatiotemporal interactions among cellular components, such as genes, proteins and metabolites. Comprehensive visualization tools for exploring multivariate data are needed to gain insight into the physiological processes reflected in these molecular profiles. Data fusion methods are required to integratively study high-throughput transcriptomics, metabolomics and proteomics data combined before systems biology can live up to its potential. In this work I explored mathematical and statistical methods and visualization tools to resolve the prominent issues in the nature of systems biology data fusion and to gain insight into these comprehensive data. In order to choose and apply multivariate methods, it is important to know the distribution of the experimental data. Chi square Q-Q plot and violin plot were applied to all M. truncatula data and V. vinifera data, and found most distributions are right-skewed (Chapter 2). The biplot display provides an effective tool for reducing the dimensionality of the systems biological data and displaying the molecules and time points jointly on the same plot. Biplot of M. truncatula data revealed the overall system behavior, including unidentified compounds of interest and the dynamics of the highly responsive molecules (Chapter 3). The phase spectrum computed from the Fast Fourier transform of the time course data has been found to play more important roles than amplitude in the signal reconstruction. Phase spectrum analyses on in silico data created with two artificial biochemical networks, the Claytor model and the AB2 model proved that phase spectrum is indeed an effective tool in system biological data fusion despite the data heterogeneity (Chapter 4). The difference between data integration and data fusion are further discussed. Biplot analysis of scaled data were applied to integrate transcriptome, metabolome and proteome data from the V. vinifera project. Phase spectrum combined with k-means clustering was used in integrative analyses of transcriptome and metabolome of the M. truncatula yeast elicitation data and of transcriptome, metabolome and proteome of V. vinifera salinity stress data. The phase spectrum analysis was compared with the biplot display as effective tools in data fusion (Chapter 5). The results suggest that phase spectrum may perform better than the biplot. This work was funded by the National Science Foundation Plant Genome Program, grant DBI-0109732, and by the Virginia Bioinformatics Institute. / Ph. D.
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Adaptabilidade e estabilidade de linhagens experimentais de soja convencional e transgênica com ênfase em produtividade e tolerância à ferrugem / Adaptability and stability of conventional and transgenic soybean experimental lines with emphasis on productivity and tolerance to rust

Nazato, Felipe Maniero 12 February 2019 (has links)
Estudou-se a interação GE e suas implicações no desempenho agronômico, adaptabilidade e estabilidade de linhagens experimentais de soja transgênicas (tolerantes a herbicidas, RR) e convencionais visando contribuir com a ampliação da base genética da cultura, aumento da produtividade e tolerância/resistência à ferrugem asiática da soja (Phakopsora pachyrhizi). Para isso, 100 linhagens experimentais (50 convencionais e 50 RR) desenvolvidas a partir de dois dialelos parciais 5x2 foram avaliadas. As tecnologias RR e convencional tiveram diferentes manejos com herbicidas. Para cada tecnologia, foram considerados 12 ambientes experimentais formados pela combinação de três anos agrícolas, três localidades e dois manejos com fungicidas (OP = fungicidas para controle de ferrugem, D = fungicida para controle de outras doenças, exceto ferrugem). Os experimentos foram planejados em blocos casualizados com duas repetições e testemunhas em comum. Os dados coletados de produtividade de grãos (PG), peso de cem sementes (PCS), número de dias para a maturidade (NDM) e área abaixo da curva de progresso da ferrugem (AUC) foram analisados com auxílio de modelos mistos, sendo os genótipos considerados como aleatórios. Os componentes da variância foram estimados por REML e os valores genotípicos foram preditos por BLUP. Diversos parâmetros genéticos foram estimados. Um índice ICT (Incremental Crop Tolerance) foi calculado a partir dos efeitos genéticos e foi utilizado para avaliar a tolerância, enquanto que os valores de AUC foram utilizados para verificar a resistência dos genótipos à ferrugem. Também foram realizadas análises de adaptabilidade e estabilidade fenotípica e genotípica com auxílio das metodologias GGE-biplot (Genotype Main Effects and Genotype Environment Interaction) e MHPRVG (Média harmônica da performance relativa dos valores genotípicos). Concluiu-se que: a) Os caracteres PG e PCS foram os mais afetados pela interação GE; b) A existência de interação do tipo complexa reduziu as estimativas de herdabilidade no sentido restrito para PG, PCS, NDM e AUC nas análises conjuntas; c) A seleção de linhagens promissoras para PG, PCS, NDM e AUC utilizando valores genotípicos se assemelhou à seleção utilizando médias ajustadas; d) Os caracteres PG, PCS e NDM foram negativamente afetados pela presença da ferrugem; e) Houve evidências da existência de poligenes agindo no controle da resistência dos genótipos RR e convencionais à ferrugem; f) A tolerância dos genótipos à ferrugem apresentou-se como uma combinação da capacidade intrínseca de suportar certos níveis da doença e também da capacidade de evitar um ataque mais severo da doença apresentada por genótipos de menor ciclo médio; g) A tolerância à ferrugem mostrou-se diretamente relacionada com PG, PCS, adaptabilidade ampla e estabilidade; h) Na metodologia GGE-biplot, utilizar valores genotípicos ao invés de médias fenotípicas ajustadas permitiu explorar melhor a variação disponível para PG, PCS, NDM e AUC; i) O efeito de anos agrícolas agiu fortemente na formação de mega-ambientes para PG e PCS; j) As metodologias GGE-biplot e MHPRVG foram bastante semelhantes na recomendação de genótipos promissores em termos de adaptabilidade ampla, estabilidade e produtividade, mas também foram complementares, ao ponto que GGE-biplot explorou melhor os ambientes experimentais e permitiu indicar genótipos adaptados a ambientes específicos, enquanto que MHPRVG resultou em um ordenamento mais simples e direto, facilitando a seleção de genótipos simultaneamente para adaptabilidade ampla, estabilidade e PG; k) Apesar da tecnologia RR ter tendências de ser mais produtiva, mais resistente à ferrugem e mais tolerante em termos de NDM na média geral, ambas as tecnologias foram consideradas potencialmente análogas para a seleção de genótipos promissores para produtividade, tamanho de sementes, ciclo, estabilidade, adaptabilidade (ampla e específica), tolerância e resistência à ferrugem; l) A linhagem RR 42 (BRS 245 RR x USP 70.007) e as linhagens convencionais 69 (Conquista x USP 70.007) e 76 (BRS 133 x USP 70.108) foram consideradas as melhores linhagens simultaneamente para produtividade, para tolerância e resistência à ferrugem e para estabilidade e ampla adaptação aos ambientes diversos em termos de PG. / This research evaluated the GE interaction and its implications on the agronomic performance, adaptability and stability of transgenic (herbicide tolerant, RR) and conventional soybean experimental lines in order to contribute to increase the soybean genetic base, productivity and tolerance/resistance to rust (Phakopsora pachyrhizi). One hundred experimental lines (50 conventional and 50 RR) developed from two 5x2 partial diallel were evaluated. The conventional and RR technologies had different herbicide managements. For each technology, 12 environments were considered by the combination of three years, three locations and two fungicide managements (O&P = fungicides for rust control, D = fungicide against other diseases, except rust). The experiments were designed in randomized blocks with two replications and two checks. The data of seed yield (PG, kg.ha -1), seed size (PCS, g), number of days to maturity (NDM) and area under the rust progress curve (AUC) were analyzed by mixed models. Genotypes were considered as random effects. The variance components were estimated by REML and the genotypic values were predicted by BLUP. Several genetic parameters were estimated. An Incremental Crop Tolerance index (ICT) was calculated from the genetic effects and was used to assess the genotypes tolerance to rust, while AUC values were used to verify the resistance of genotypes to rust. Phenotypic and genotypic stability and adaptability were performed using the GGE-biplot (Genotype Main Effects and Genotype Environment Interaction) and MHPRVG (Harmonic Mean of Relative Performance of Genotypic Values) methodologies. It was concluded that: a) PG and PCS were the most affected traits by the GE interaction; b) The complex type interaction reduced narrow-sense heritability estimates for PG, PCS, NDM and AUC in the combined analyzes; c) The line selection for PG, PCS, NDM and AUC using genotypic values was the same that using adjusted means; d) PG, PCS and NDM were negatively affected by the presence of rust; e) There was evidence of polygenes acting on the resistance control of rust in the genotypes (RR and conventional); f) The tolerance of genotypes to rust was a combination of the intrinsic capacity of the genotype to support certain levels of the disease and also the ability to avoid a severe attack of the disease presented by early genotypes; g) Rust tolerance was directly related to PG, PCS, wide adaptability and stability; h) Using genotypic values instead of adjusted phenotypic means in GGE-biplot methodology allowed a better exploration of the available variation for PG, PCS, NDM and AUC; i) The year effect was very strong in the formation of mega-environments for PG and PCS; j) The ranking for wide adaptability, stability and productivity by GGE-biplot and MHPRVG methodologies were very similar but the GGE methodology exploited better the environments and indicated genotypes adapted to specific environments while the MHPRVG methodology allowed a simple and direct ordering for broad adaptability, stability and productivity; k) Although RR technology tends in general mean to be more productive, more resistant and more tolerant to rust in terms of NDM, both technologies (RR and conventional) were considered potentially analogous for genotype selection for seed yield, seed size, maturity cycle, stability, adaptability (wide and specific), tolerance and resistance to rust; l) The line 42 RR (BRS 245 RR x USP 70.007) and the conventional lines 69 (Conquista x USP 70.007) and 76 (BRS 133 x USP 70.108) were considered the best genotypes simultaneously for seed yield, tolerance and resistance to rust and for stability and wide adaptation to different environments in terms of PG.
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Os métodos biplot e escalonamento multidimensional nos delineamentos experimentais / The Biplot Methods and Multidimensional Scaling in experimental designs

Souza, Édila Cristina de 08 April 2010 (has links)
O objetivo deste trabalho foi avaliar os métodos estatísticos de análise da interação de genótipos com ambientes (G × A), enfatizando a adaptabilidade e a estabilidade fenotípica. As variáveis estudadas foram produção e teor de sólidos solúveis totais (SST) do melão do tipo Gália, testando 9 genótipos em 12 ambientes. O experimento foi conduzido no delineamento aleatorizado em blocos com 3 repetições, realizado no Pólo Agroindustrial Mossoró-Assu no Rio Grande do Norte. O desempenho dos cultivares foi analisado por meio da utilização de análises de variância, metodologias de adaptabilidade e estabilidade. Realizou-se as análises para a produção e o teor de sólidos solúveis, utilizando as metodologias AMMI (Additive Main Effects and Multiplicative Interaction) e SREG (Sites Regression), representando graficamente de forma simultânea os genótipos e ambientes através dos gráficos Biplot AMMI, GGEbiplot e Trilinear plot. A análise AMMI possui a vantagem de estudar detalhadamente a estrutura do efeito de interação, além de representar simultaneamente os escores dos efeitos da interação para cada fator. Na análise SREG, incorpora o efeito de genótipo e na maioria dos casos está altamente correlacionado com os escores do primeiro componente principal, possui a vantagem de permitir a avaliação gráfica direta do efeito de genótipo. Propõe-se, também a metodologia MDS (Multidimensional Scalling) para verificar as similaridades e dissimilaridades entre os ambientes, através de uma matriz de distancias, representando geometricamente os dados no espaço bidimensional (Biplot) para cada variável estudada, em que pode-se observar as disparidades entre os ambientes, mostrando que esses apresentam características diferentes / The objective of this study was to evaluate statistical methods of analysis of the interaction of genotypes with environments (G × A), emphasizing the adaptability and stability phenotype. The variables studied were production and soluble solids contents (SST) Melon Galia type, testing 9 genotypes in 12 environments. The experiment was conducted in a randomized block with 3 replications, it was done at Pole Agroindustrial Mossor´o-Assu in Rio Grande do Norte. The performance of cultivars was analyzed by using analysis of variance, methods of adaptability and stability. It carried out the analysis for the production and soluble solids, using the methodologies AMMI (Additive Main Effects and Multiplicative Interaction) and SREG (Sites Regression), graphing simultaneously the genotypes and environments through the AMMI Biplot graphs, GGE Biplot and trilinear plot. The AMMI analysis has the advantage of studying in detail the structure of the interaction effect, and represents both the scores of the interaction effects for each factor. The analysis SREG, incorporates the effect of genotype and in most cases is highly correlated with the scores of the first principal component, it has the advantage of allowing direct graphical assessment of the effect of genotype. It was also proposed the methodology MDS (Multidimensional Scalling) to check the similarities and dissimilarities between the environments, through a distance matrix, representing geometrically the data in two-dimensional space (Biplot) each variable studied, in wich one can be observed disparities environmental show different characteristics.
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Synthetic Hexaploid Wheat as a Source of Improvement for Winter Wheat (Triticum aestivum L.) in Texas

Cooper, Jessica Kay 2010 December 1900 (has links)
Synthetic hexaploid wheats, created from a durum (Triticum durum) cross to Aegilops tauschii Coss. (McFadden and Sears, 1946), proved to be an efficient and beneficial source of new genes for common bread wheat (Triticum aestivum L). The purpose of this research was to evaluate the potential and performance of synthetic wheat in Texas. Ten elite primary synthetics from the International Maize and Wheat Improvement Center (CIMMYT), screened for desirable traits, were backcrossed to two Texas cultivars, TAM 111 and TAM 112. Populations were bulked and modified bulked to advance generations. Agronomic traits related to yield were determined on the F4 and F5 Improvement was observed in South Texas and the Blacklands, which have more disease pressure and fewer intermittent dry spells than another two locations at Chillicothe and Bushland in Texas Rolling and High Plains, respectively. Selected bulks were not superior to non-selected bulks. Head number per unit area had the highest correlation with yield and seed weight was the most heritable trait. Synthetic lines combined better with TAM 111 than TAM 112 in high yielding environments. populations across five Texas locations. Similar to crosses with spring wheat, synthetics contributed to yield through an increase in seed weight. Synthetic populations that produced higher grain yield than both TAM 111 and TAM 112 were able to maintain their large seed size and weight while improving their seed per head and head number traits. Poorer performance in environments with harsh winters could be due to a lack of winter-hardiness in the primary synthetics. This clearly demonstrates that improving yield, through utilization of common wheat by synthetic crosses, could result from selecting for larger seed per head and heads per unit area in lines driven from these populations. Introgression of new genes through synthetic backcrosses could contribute to the improvement of wheat in particular regions of Texas. Primary synthetics and recurrent parents combining for superior hybrids were identified.
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Capacidade combinatária de linhagens e seleção de híbridos eficiente no uso de Azospirillum brasilense e nitrogênio em milho / Combining ability of inbreeds and selection of efficient hybrids in the use of Azospirillum brasilense and nitrogen in maize

Buzinaro, Rodolfo [UNESP] 10 November 2017 (has links)
Submitted by Rodolfo Buzinaro null (rodolfobuzinaro@hotmail.com) on 2017-12-19T18:23:38Z No. of bitstreams: 1 Tese_Rodolfo_Buzinaro.pdf: 2463211 bytes, checksum: 329da6c1e9d431004c67fc291ea085f7 (MD5) / Approved for entry into archive by Alexandra Maria Donadon Lusser Segali null (alexmar@fcav.unesp.br) on 2017-12-20T09:37:13Z (GMT) No. of bitstreams: 1 buzinaro_r_dr_jabo.pdf: 2463211 bytes, checksum: 329da6c1e9d431004c67fc291ea085f7 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-12-20T09:37:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 buzinaro_r_dr_jabo.pdf: 2463211 bytes, checksum: 329da6c1e9d431004c67fc291ea085f7 (MD5) Previous issue date: 2017-11-10 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O nitrogênio é um dos elementos mais exigidos pela cultura do milho, pois está diretamente ligado à capacidade de produção agrícola desta espécie. Grande parte dos solos brasileiros agricultáveis possuem deficiência de nitrogênio ou este nutriente não está disponível em quantidades suficientes para suprir a necessidade da cultura, sendo necessário realizar aplicações suplementares de nitrogênio para se alcançar elevadas produtividades. As cultivares atuais de milho são altamente dependentes de adubação nitrogenada, pois foram desenvolvidas para ambientes otimizados, não sendo adaptadas para as condições de cultivo sob baixo nitrogênio. O uso de bactérias diazotróficas, as quais possuem a capacidade de fixar nitrogênio e disponibilizá-lo para as plantas, bem como a associação das plantas com essas bactérias, pode se tornar uma alternativa sustentável e economicamente viável para a produção de milho em sistemas agrícolas sob baixa utilização de nitrogênio. Com base no exposto, os objetivos deste trabalho foram identificar e caracterizar genótipos de milho eficientes no uso do nitrogênio e Azospirillum brasilense em ambientes contrastantes quanto a disponibilidade de nitrogênio no solo e selecionar parentais superiores de milho para eficiência no uso de Azospirillum brasilense. Foram utilizados como material genético 48 genótipos de milho obtidos em esquema de dialelo parcial, utilizando-se oito linhagens parentais pertencentes ao grupo heterótico I, e seis linhagens parentais pertencentes ao grupo heterótico II, todas provenientes do Departamento de Genética da ESALQ/USP. Os experimentos foram conduzidos em três safras (primeira safra 2013/2014 e 2014/2015 e segunda safra 2014) no delineamento de blocos casualizados com duas repetições e três testemunhas. Em cada safra foram realizados três experimentos, os quais eram diferenciados pela aplicação com A. brasilense, aplicação de nitrogênio em cobertura e sem nenhuma aplicação, respectivamente. Os caracteres avaliados foram altura de planta, altura de espiga, florescimentos masculino e feminino, tombamento, produtividade de grãos, peso médio de grãos, número de grãos por fileira, número de fileiras de grãos e, diâmetro e comprimento de espiga. Os índices de eficiência no uso de A. brasilense foram obtidos utilizando os dados referentes aos experimentos com A. brasilense e sem aplicação, para todos os caracteres avaliados. Pela análise dialélica os efeitos aditivos foram mais importantes do que os efeitos não-aditivos para a eficiência no uso de A. brasilense para a maioria dos caracteres, com exceção do peso médio de grãos sob inoculação. Os genótipos do grupo heterótico II apresentaram maior concentração e acúmulo de genes favoráveis para a EUAz eficiência. Os genitores 6 e 8 do grupo heterótico I e os genitores 2’ e 5’ do grupo heterótico II, são os que apresentaram melhores estimativas de capacidade geral de combinação, enquanto o cruzamento 8x6’ apresenta maior estabilidade e complementariedade gênica para eficiência no uso de A. brasilense para a produtividade de grãos. A partir das análises dialélicas por modelos mistos para a produtividade de grãos, as combinações 8 x 6’, 2 x 4’ e 1 x 2’ e os parentais envolvidos nesses cruzamentos foram selecionados para desenvolvimento de híbridos. Os genitores 1, 2, 8 do grupo heterótico I e 1’, 2’, 4’, 5’ e 6’ do grupo heterótico II foram selecionados para formar população base para o programa de melhoramento genético para eficiência no uso de Azospirillum brasilense. Pela análise GGE biplot, para a característica produtividade de grãos, constatou-se que os genótipos 11, 5, 12 e 19 são os mais promissores para a eficiência no uso de A. brasilense. O genótipo dialélico 11 é o mais próximo do “genótipo ideal” dentre o conjunto dos genótipos avaliados. Os ambientes sob aplicação de A. brasilense possuem maior capacidade de discriminar os genótipos. / The nitrogen is one of the elements most required by maize crop because it is directly related to the agricultural production capacity of this species. Most brazilian soils have nitrogen deficiency or it is not available in sufficient quantities to meet the need of the crop, and it is necessary to make supplemental nitrogen applications to reach high yields. The current maize cultivars are highly dependent on nitrogen fertilization since they were developed for optimized environments and were not adapted to the conditions under low nitrogen cultivation. The use of diazotrophic bacteria, which have the ability to fix nitrogen and make it available to plants, as well as the association of plants with these bacteria, can become an ecologically sustainable and economically viable alternative for the production of corn in agricultural systems under low or non-use of nitrogen. Thus, the objectives of this study were to identify and characterize efficient maize genotypes in the use of nitrogen and Azospirillum brasilense in contrasting environments regarding nitrogen availability in the soil and to select higher parental maize for efficiency in the use of Azospirillum brasilense. Were used as genetic material 48 diallelic genotypes were obtained in a partial diallel scheme, using eight lines belonging to the heterotic group I, and six lines belonging to the heterotic group II, all from the Department of Genetics of ESALQ / USP. The experiments were conducted in three crops in a randomized block design with two replicates and three controls. In each season, three experiments were carried out, in which they were differentiated by the application of A. brasilense, application of nitrogen in coverage and without any application, respectively. The evaluated traits were plant height, ear height, male and female blossoms, tipping, grain yield, mean grain weight, number of grains per row, number of rows of grain and diameter and length of the spike. The indices of efficiency in the use of A. brasilense were obtained using the data referring to the experiments with A. brasilense and without application, for all evaluated characters. By conventional diallel analysis the additive effects were more important than the non-additive effects for the efficiency in the use of A. brasilense for most of the characters, except for the average grain weight. The genotypes of the heterotic group II present greater concentration and consistency of genes favorable for this efficiency. The heterotic group I and the heterotic group I and the heterotic group I and the heterotic group II, are the ones that present the best estimates of overall combining ability, while the 8x6 'crossroads present greater stability and gene complementarity for efficiency in the use of A. brasilense. From diallel analyzes by mixed models the combination 8 x 6’, 2 x 4’, 1 x 2’ and parents involved in these crosses were selected for development of hybrids. The genitors 1, 2, 8 from the heterotic group I and 1’, 2’, 4’, 5’ and 6’ from the heterotic groups II were selected to explore basic population in A. brasilense-use efficiency breeding program. From the GGE biplot analysis, for the characteristic grain yield, it was contacted that the diallel genotypes 11, 5, 12 and 19 are the most promising for the efficiency in the use of A. brasilense. The diallelic genotype 11 is the closest to the "ideal genotype" among the set of diallel genotypes evaluated. The environments under application of A. brasilense have a greater ability to discriminate the genotypes.
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Os métodos biplot e escalonamento multidimensional nos delineamentos experimentais / The Biplot Methods and Multidimensional Scaling in experimental designs

Édila Cristina de Souza 08 April 2010 (has links)
O objetivo deste trabalho foi avaliar os métodos estatísticos de análise da interação de genótipos com ambientes (G × A), enfatizando a adaptabilidade e a estabilidade fenotípica. As variáveis estudadas foram produção e teor de sólidos solúveis totais (SST) do melão do tipo Gália, testando 9 genótipos em 12 ambientes. O experimento foi conduzido no delineamento aleatorizado em blocos com 3 repetições, realizado no Pólo Agroindustrial Mossoró-Assu no Rio Grande do Norte. O desempenho dos cultivares foi analisado por meio da utilização de análises de variância, metodologias de adaptabilidade e estabilidade. Realizou-se as análises para a produção e o teor de sólidos solúveis, utilizando as metodologias AMMI (Additive Main Effects and Multiplicative Interaction) e SREG (Sites Regression), representando graficamente de forma simultânea os genótipos e ambientes através dos gráficos Biplot AMMI, GGEbiplot e Trilinear plot. A análise AMMI possui a vantagem de estudar detalhadamente a estrutura do efeito de interação, além de representar simultaneamente os escores dos efeitos da interação para cada fator. Na análise SREG, incorpora o efeito de genótipo e na maioria dos casos está altamente correlacionado com os escores do primeiro componente principal, possui a vantagem de permitir a avaliação gráfica direta do efeito de genótipo. Propõe-se, também a metodologia MDS (Multidimensional Scalling) para verificar as similaridades e dissimilaridades entre os ambientes, através de uma matriz de distancias, representando geometricamente os dados no espaço bidimensional (Biplot) para cada variável estudada, em que pode-se observar as disparidades entre os ambientes, mostrando que esses apresentam características diferentes / The objective of this study was to evaluate statistical methods of analysis of the interaction of genotypes with environments (G × A), emphasizing the adaptability and stability phenotype. The variables studied were production and soluble solids contents (SST) Melon Galia type, testing 9 genotypes in 12 environments. The experiment was conducted in a randomized block with 3 replications, it was done at Pole Agroindustrial Mossor´o-Assu in Rio Grande do Norte. The performance of cultivars was analyzed by using analysis of variance, methods of adaptability and stability. It carried out the analysis for the production and soluble solids, using the methodologies AMMI (Additive Main Effects and Multiplicative Interaction) and SREG (Sites Regression), graphing simultaneously the genotypes and environments through the AMMI Biplot graphs, GGE Biplot and trilinear plot. The AMMI analysis has the advantage of studying in detail the structure of the interaction effect, and represents both the scores of the interaction effects for each factor. The analysis SREG, incorporates the effect of genotype and in most cases is highly correlated with the scores of the first principal component, it has the advantage of allowing direct graphical assessment of the effect of genotype. It was also proposed the methodology MDS (Multidimensional Scalling) to check the similarities and dissimilarities between the environments, through a distance matrix, representing geometrically the data in two-dimensional space (Biplot) each variable studied, in wich one can be observed disparities environmental show different characteristics.

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