Orientador: Ricardo Andrade Reis / Coorientador: José carlos Batista Dubeux Junior / Banca: Abmael da Silva Cardoso / Banca: Márcia Helena Machado da Rocha Fernandes / Banca: Eduardo Henrique Bevitori Kling de Moraes / Banca: Wilton Ladeira da Silva / Resumo: Objetivou-se avaliar o uso do DDG ("dried destiller's grains") em substituição ao farelo de algodão nas fases de recria e terminação de bovinos de corte, quanto ao consumo, digestibilidade, desempenho e emissão de metano entérico. Na fase de recria durante o período das águas os animais foram mantidos em lotação contínua em pastos de Urochloa brizantha cv. Marandu, manejados em 25 cm de altura, submetidos a suplementação de 0,3% do peso corporal com diferentes suplementos: SM-suplemento mineral (ad libitum); FA- suplemento convencional com farelo de algodão como fonte proteica; 50DDG- suplemento com substituição de 50% da fonte proteica do FA por DDG e 100DDG- suplemento com substituição de 100% da fonte proteica do FA por DDG. Foram utilizados 81 tourinhos da raça Nelore, sendo adotado o delineamento experimental inteiramente casualizado, com quatro tratamentos e três repetições (piquetes) por tratamento (n = 12). Na fase de terminação durante o período seco do ano os animais foram avaliados em dois sistemas de terminação (Pasto x Confinamento). No sistema pasto, trinta e três animais foram terminados em regime de pastejo, recebendo suplementação com fornecimento de 1,5% do PC (peso corporal). No sistema confinamento, trinta e seis animais foram terminados em confinamento com baias coletivas. A dieta de terminação no confinamento foi constituída por silagem de milho como volumoso (30% com base na matéria seca) e concentrado (70% com base na MS). Os suplementos na fase de ter... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The study aimed evaluate the replace of cotton seed meal by DDG (dry distiller grains) during rearing and finishing phases of beef cattle production in tropical pasture condition, in relation to intake, digestibility, performance and methane enteric emission. At rearing phase, during the wet season the animals were maintained in a Urochloa brizantha cv. Marandu pasture. Animals were submitted to different supplementations schedules: SM mineral mix (ad libitum); FA conventional cotton meal as protein source; 50DDG- supplement with 50% replacing FA protein source by DDG, and 100DDG- supplement with 100% replacement of FA protein source by DDG. Eighty-one Nellore young bulls were used, the experimental design was a completely randomized design, with four treatments and three replications (paddock) per treatment (n = 12). At finishing phase during the dry period were evaluated two finishing systems, pasture and feedlot. During dry season, the finishing developed in grazing system, used thirty-three animals, which were maintained in Marandu grass pasture receiving supplementation (1.5% BW (body weight). The other system during finishing was feedlot, where were used thirty-six animals kept in collective pens. Finishing diet used in feedlot contained 30% DM (dry matter) of corn silage and 70% DM of concentrate. Supplements evaluated during this phase were the same used at rearing period, excluding SM (mineral mix). At the finishing phase, a completely randomized design in a 2x3 fact... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Lucia Galvão de Albuquerque / Banca: Márcia Cristina de Sena Oliveira / Banca: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / Banca: Lenira El Faro Zadra / Banca: Danísio Prado Munari / Resumo: Com o objetivo de investigar a variação genética para característica resistência a carrapato e encontrar o modelo mais adequado para avaliação genética desta característica, foram utilizados dados de contagem de carrapato (CC) por infestação natural em bovinos cruzados Hereford x Nelore. Primeiramente os dados de CC obtidos de rebanhos localizados nos estados de Rio Grande do Sul (RS), Paraná (PR), Mato Grosso do Sul (MS) e São Paulo (SP) foram transformados para log10(CC+1) e agrupados em duas regiões, definidas por análise de agrupamento. Cada grupo foi considerado como uma característica diferente e com a utilização de um modelo bi-característica foram estimados os componentes de (co)variância e ainda avaliada a ocorrência de interação genótipo x ambiente para a característica. As estimativas de herdabilidade observadas para resistência à infestação por carrapatos foram baixas sugerindo que exista a possibilidade de seleção para animais resistentes a carrapato, porém com um lento progresso genético. Foi observada alta correlação genética para a característica contagem de carrapatos entre os dois grupos e não foi observada interação genótipo x ambiente para esta característica na população de estudo. Posteriormente, foi realizado um estudo comparativo quanto à habilidade preditiva e o ajuste de diferentes modelos para avaliação da característica contagem de carrapatos. Para isso foram utilizados três diferentes modelos de avaliação: linear com a utilização da transformação logarítmica das observações (MLOG); linear sem a transformação das observações (MLIN) e o linear generalizado Poisson com adição de um termo residual (MPOI). Foi utilizada validação cruzada para comparar a habilidade preditiva dos modelos. Uma discreta superioridade quanto à qualidade de ajuste... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Aiming to investigate the genetic variation of tick resistance and to find the Best fitting model for this trait, data of tick counting (TC) by natural infestation in Hereford Nellore cattle were used. Firstly, the data of TC obtained from herds located in the states of Rio Grande do Sul (RS), Parana (PR), Mato Grosso do Sul (MS) e São Paulo (SP) were transformed into log10(CC+1) and grouped into two regions, defined by cluster analysis. Each group was considered as a different trait, and by using a two-trait model, the covariance components were estimated, and also, the occurrence of genotype x environment interaction was evaluated for the trait. Estimates of heritability observed for TC were low, suggesting that there is a possibility of selecting animal that are resistant to tick infestation, however, with a low genetic progress. High genetic correlation for TC between both groups was estimated, and no genotype x environment interaction was observed for this trait in this population. After, a comparative study was performed regarding the predictive ability and the fitting of different models for the evaluation of TC. For that, three different evaluation models were used: linear with the use of logarithmic transformation of the data (MLOG); linear without the use of logarithmic transformation of the data (MLIN), and linear generalized Poisson with the addition of a residual term (MPOI). Cross validation was performed to compare the predictive ability of the models. A discreet superiority regarding the adjustment quality and the predictive ability were showed by the model MPOI. Correlations between observed and predicted TC were almost equal in all models and the highest rank correlation between EBVs was observed between... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Danísio Prado Munari / Coorientador: Raysildo Barbosa Lôbo / Banca: João Ademir de Oliveira / Banca: Sandra Aidar de Queiroz / Banca: Claudia Cristina Paro de Paz / Banca: Ruy Alberto Caetano Correa Filho / Resumo: O monitoramento dos resultados de um programa de seleção de bovinos de corte serve para avaliar o progresso genético alcançado e para que os resultados obtidos sirvam de elementos orientadores de ações futuras. Neste trabalho, os objetivos foram estimar parâmetros genéticos e tendências genéticas para características de importância econômica em bovinos da raça Guzerá, estimar parâmetros populacionais e os coeficientes de endogamia e relaciona-los com valores genéticos e com o índice de seleção recomendado para a raça (MGT). Para isto, dados de 18.491 animais, oriundos de 43 fazendas foram cedidos pelo Programa de Avaliação Genética da Raça Guzerá (PAGRG). As características estudadas foram área de olho de lombo (AOL), espessura de gordura entre a 12ª e a 13ª costela (EG), espessura de gordura na garupa (EGP8), idade ao primeiro parto (IPP), perímetro escrotal aos 365 (PE365) e 450 (PE450) dias de idade, período de gestação (PG), peso adulto da vaca (PAV), peso corporal ao nascimento (PN), aos 120 (P120), aos 210 (P210), aos 365 (P365), aos 450 (P450) dias de idade e produtividade acumulada em fêmeas (PAC). Os parâmetros populacionais estimados foram taxa de endogamia por geração, tamanho efetivo da população, intervalo de gerações e o número efetivo de fundadores e de ancestrais. Os parâmetros genéticos e valores genéticos foram estimados pelo método da máxima verossimilhança restrita, em análises uni e bi-características. Tendências genéticas foram obtidas por regressão linear das médias dos valores genéticos anuais, em função do ano de nascimento. A estatística t foi usada e a hipótese nula considerava o coeficiente da regressão como sendo zero. As características apresentaram suficiente variação genética aditiva, sendo passíveis de seleção e estas se mostraram favoravelmente correlacionadas geneticamente, exceto... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Monitoring the results of a breeding program for beef cattle is used to evaluate the genetic progress achieved and the results serve as guiding elements for future actions. In this work, the objectives were to estimate genetic parameters and genetic trends for traits of economic importance in Guzerat beef cattle, estimate population parameters and coefficients of inbreeding and its relationship with breeding values and the selection index recommended for the breed (MGT).For this, data from 18,491 animals from 43 farms were granted by the Programa de Avaliação Genética da Raça Guzerá (PAGRG). The traits studied were rib eye area (REA), fat thickness between the 12th and 13th rib (FT), rump fat thickness (RF), age at first calving (AFC), scrotal circumference at 365 (SC365) and 450 (SC450) days of age, gestation length (GL), mature weight of the cow (MWC), body weight at birth (BWB), 120 (BW120), 210 (BW210), 365 (BW365) and 450 days of age (BW450) and cumulative productivity in females (AP). The population parameters estimated were rate of inbreeding per generation, effective population size, generation interval and the effective number of founders and ancestors. The genetic parameters, breeding values were estimated by restricted maximum likelihood, by one and two-trait analysis. Genetic trends were calculated from a linear regression of mean predicted breeding values (PBV) based on birth year. At-statistic was used to test the hypothesis that the regression coefficient for each equation is equal to zero. The traits showed sufficient additive genetic variation, being capable to respond to selection and proved to be genetically correlated among them, except AP, FT and RF, which showed low genetic correlations with other traits. The genetic trend indicated that the animal's mean breeding value has changed over time for the traits studied... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Sandra Aidar de Queiroz / Coorientador: Roberto Carvalheiro / Banca: Fernando Sebastián Baldi Rey / Banca: Rúsbel Raúl Aspilcueta Borquis / Banca: Fernanda Brito / Banca: Fabyano Fonseca e Silva / Resumo: Esta tese compreende quatro diferentes estudos conduzidos a fim de avaliar estratégias alternativas para aumentar a eficiência de seleção genômica (GS) em programas de melhoramento animal. Um primeiro estudo foi desenvolvido com a finalidade de avaliar a performance preditiva de diferentes métodos estatísticos com base na informação de painéis de marcadores densamente distribuídos ao longo do genoma. Cinco diferentes características de uma população real de camundongos foram analisadas. Verificou-se que métodos com grandes diferenças conceituais apresentaram performance preditiva similar em algumas situações, também havendo variação na performance relativa dos métodos em função da característica analisada. O uso de diferentes variáveis resposta (pseudo-fenótipos) para estimação de efeitos de marcadores foi avaliado num segundo estudo, por meio da simulação de uma grande população de bovinos de corte, para a qual predições genômicas foram obtidas usando um procedimento de múltiplas etapas. Houve evidência de que provas desregredidas (dEBV) são mais apropriadas do que valores genéticos preditos (EBV) e médias ajustadas de desempenho da progênie (PYD), tanto para o treinamento de modelos quanto para a validação de predições genômicas. No terceiro estudo, procurou-se avaliar consequências em longo-prazo da aplicação de GS numa população de bovinos de corte sob seleção. Verificou-se grande benefício da aplicação de GS em cenários simulando seleção para características de qualidade de carne e reprodução de fêmeas. Houve evidência de que pode-se esperar maior benefício para GS, quando comparada à seleção por BLUP, no caso de características oligogênicas. Também foi possível inferir que em aplicações de GS, o uso de um critério de seleção em que se atribui maior peso a alelos favoráveis de menor frequência poderia proporcionar ... / Abstract: Improvements in production levels and product quality are needed in livestock systems to meet the growing world demand for animal-source foods. Besides this increasing demand, the productive sector must deal with constraints related to competition for land, greenhouse gas emissions and also due to hardening legislation in the fields of environment and animal welfare (FAO, 2011). In this context, animal breeding has played and will continue to play an important role to improve the efficiency of such production systems, especially in terms of competitiveness, safety, sustainability and biodiversity conservation (Harlizius et al., 2004). The main objective of animal breeding programs is to improve the performance of the next generations, through identification and reproduction of the animals with better genetic pool to efficiently produce in a specific environment (herein, superior animals). In the last decades, animal breeders succeeded in achieving this goal, mostly through the application of statistical tools grounded in quantitative genetics theory, what could be called as 'classical animal breeding'. In this case, the traditional prediction of the genetic merit of individuals (estimated breeding values, EBV) is obtained based on information of pedigree and phenotypes (own records and measures on relatives). With the advent of dense molecular marker panels, the implementation and design of breeding programs, especially in dairy cattle, had changed dramatically as a consequence of incorporating this new information to identify superior animals earlier and more precisely. Pioneer simulation studies drew attention of animal breeders to the possibility of making accurate predictions of the genetic merit of individuals by using genotypic information from dense marker panels, a process known as genomic selection (GS) (Nejati-Javaremi et al., 1997; Meuwissen et al., 2001). Other influential work ... / Doutor

Orientador: Danísio Prado Munari / Coorientador: Ricardo Vieira Ventura / Coorientador: Roberto Carvalheiro / Banca: Fernando Sebastián Baldi Rey / Banca: Arione Augusti Boligon / Resumo: Painéis de marcadores genéticos de alta densidade (HD) possuem forte desequilíbrio de ligação, que permite melhores predições de valores genômicos. Entretanto, genotipar animais com estes painéis apresenta custo elevado, tornando-se uma limitação para a genotipagem de todos os candidatos à seleção. Uma alternativa para a redução desses custos é utilizar imputação de genótipos. A imputação é um método em que marcadores de uma população genotipada com painéis de baixa densidade (LD) são inferidos utilizando informações provenientes de uma população referência genotipada com painéis HD. O objetivo deste trabalho foi comparar em diferentes cenários metodologias de imputação de marcadores moleculares de polimorfismos de nucleotídeos únicos (SNP) em bovinos de corte da raça Canchim. Foram utilizadas informações de 285 animais da raça Canchim, 114 do grupo genético "MA" e 1 touro da raça Charolês genotipados com painel Illumina BovineHD BeadChip (786.799 SNP), nascidos entre 1999 e 2005 e provenientes da base de dados genômicos da Embrapa Pecuária Sudeste, São Carlos, SP. A edição dos dados foi realizada no software R e em linguagem C++. Para a frequência mínima de alelos (MAF) foram aplicados 3 diferentes critérios: sem remover MAF (QC1); SNP com MAF menor que 0,0025 (QC2) e menor que 0,10 (QC3) foram excluídos. O painel HD original foi reduzido para painéis de baixa densidade (LD) 3K, 6K, 9K, 50K, 20K, 80K e 90K, selecionando os marcadores em comum entre o painel HD original e os painéis comerciais Illumina Bovine3K (3K), BovineLD (6K), GeneSeek Genomic Profiler (GGP) Beef LD (9K), BovineSNP50 (50K), GGP Indicus LD (20K) ,GGP Beef HD (80K) e GGP Indicus HD (90K). Os animais foram divididos em diferentes cenários, denominados de população referência e imputação, sendo o cenário 1 (C1): População referência formada por animais nascidos ... / Abstract: High-density panels (HD) have strong level linkage disequilibrium among genetic markers (i.e. single nucleotide polymorphism - SNP), which allows better predictions of genomic breeding values. However, HD genotyping still expensive and became a limitation for the quantity of candidate animals used in genomic studies. As an alternative to decrease costs, imputation methods are powerful tools to infer missing marker genotypes from low-density (LD) panels to HD. Imputation uses information from a reference population of animals genotyped with a HD panel to impute variants that are not directly genotyped in LD panels. The objective of this study was to compare different scenarios and methodologies of imputation for the Canchim cattle. Data set was provided by Embrapa Pecuária Sudeste and comprised 285 Canchim animals, 114 MA genetic group animals, and 1 ancestor Charolais bull. Animals born between 1999 and 2005 were genotyped with the Illumina BovineHD panel (786,799 SNP). Data editing was performed in the R software and in C ++ language. Multiple scenarios combining different minor allele frequencies (MAF) thresholds for SNPs were tested: no MAF filter (QC1), and exclusion of SNPs with MAF lower than 0.0025 (QC2) and MAF lower than 0.10 (QC3). LD panels were created by masking SNPs originally present in the HD panel, and then assigning markers into the Illumina Bovine3K (3K), Illumina BovineLD (6K), Beef LD GeneSeek Genomic Profiler (9K), Indicus LD GeneSeek Genomic Profiler (20K), Illumina BovineSNP50 (50K), GeneSeek Genomic Profiler Beef HD (80K) and GeneSeek Genomic Profiler Indicus HD (90K) panels. Reference and target populations were defined as scenario 1 (C1), reference animals were born up until 2004 and target animals were born in 2005; scenario 2A (C2A), reference animals from Canchim breed and target animals from MA genetic group; scenario 2B (C2B), reference animals from MA genetic ... / Mestre

Orientador: Danísio Prado Munari / Coorientador: Claudia Cristina Paro de Paz / Coorientador: Clara Díaz Martín / Banca: Nedenia Bonvino Stafuzza / Banca: Roberto Carvalheiro / Banca: Adriana Mercia Guaratini Ibelli / Banca: Adriana Santana do Carmo / Resumo: CNVs (copy number variation - variação no número de cópias) são segmentos de DNA de tamanho igual ou maior a 1 Kb e estão presentes em número variável de cópias em comparação com um genoma referência e podem estar associadas com a expressão gênica e variâncias fenotípicas. Assim, esse trabalho teve como objetivo identificar regiões com variações no número de cópias nos segmentos de DNA em um total de 366 indivíduos de 5 raças bovinas autóctones de corte espanholas, distribuídos em 25 famílias formadas por pai-mãe-progênie, denominados trios. Os animais pertencentes às raças Asturiana de los Valles (75 indivíduos, 25 trios), Avileña-Negra Ibérica (74 indivíduos, 24 trios completos, um trio com pai repetido), Morucha (Mo, 75 indivíduos, 25 trios), Pirenaica (74 indivíduos, 24 trios completos, um trio com pai repetido) e Retinta (68 indivíduos, 18 trios completos, 7 trios com pais repetidos) foram genotipados com o painel Illumina BovineHD Beadchip de 777K A identificação das CNVs foi realizada por meio do modelo das cadeias ocultas de Markov implementado no software PennCNV. As regiões de CNV (copy number variation region - CNVR) foram determinadas pela sobreposição de agrupamentos das CNVs identificados em diferentes animais. Genes candidatos localizados nas CNVR encontradas foram investigados por meio de análises nas plataformas NCBI e Ensembl. Foram detectadas 8061 CNVs, sendo 2852 cópias e 5592 deleções e 1293 regiões, sendo 876 deleções e 314 cópias, cobrindo 3,6% do genoma autossômico bovino. Foram encontrados dentro dessas regiões 1.263 genes, com alguns deles fazendo parte de processos biológicos como crescimento e sistema imune. Encontrou-se um grande número de CNVs sendo compartilhadas entre as raças Asturiana de los Valles e Morucha, o que sugere proximidade entre essas raças durante seu... / Abstract: Copy number variation (CNV) are DNA segments that are present at variable copy number compared to a reference genome. Classes of CNVs include insertions, deletions, duplications and inversions. CNVs can be associated with gene expression and phenotypic variation, providing genetic variability among individuals and, thus, are an important tool to production and healthy traits selection. The goal of this study was to identify regions with copy number variation in a total of 366 individuals from 5 autochthonous Spanish breeds of beef cattle, distributed into 25 families for breed, composed of sire-dam-offspring, called trios. The animals belonged to Asturiana de los Valles (75 individuals, 25 trios), Avileña-Negra Ibérica (74 individuals, 24 complete trios, one sire-repeated trio), Morucha (Mo, 75 individuals, 25 trios), Pirenaica (74 individuals, 24 24 complete trios, one sire-repeated trio) e Retinta (68 individuals, 18 complete trios, 7 sire-repeated trios) and were genotyped with the Illumina BovineHD Beadchip. The PennCNV software performed the CNVs identification. The CNV regions (CNVR) were determined by the overlapping of the CNVs. Candidates genes placed within the found CNVRs were investigated by analysis into the NCBI and Ensembl data platform. It has been detected a total of 8,061 CNV, which 2852 are gain and 5592 are loss of a DNA segment. A great amount of sharing CNVs between Asturiana de los Valles and Morucha breeds had been observed, which suggests a proximity during their formation process. We found also 1,293 regions of CNVs, spanning 3.6% of the autosomal bovine genome and 1,263 genes were present within these regions, and were involved in biological processes such as growth and immune system / Doutor

Orientador: Danísio Prado Munari / Coorientador: Ricardo Vieira Ventura / Banca: Lenira El Faro Zadra / Banca: Ana Fabrícia Braga Magalhães / Banca: Rodrigo Pelicioni Savegnago / Banca: João Ademir de Oliveira / Resumo: Dentre as informações fornecidas pelas metodologias que utilizam marcadores do tipo polimorfismo de nucleotídeo único (SNPs), as de segmentos de homozigose (ROH) e de desequilíbrio de ligação têm colaborado para estudos de aplicação direta da informação genômica em populações de bovinos de corte, como em estudos de associação com cobertura ampla do genoma, de seleção genômica e de estrutura da população, dentre outros. Atualmente a imputação vem sendo utilizada principalmente para reduzir custos com a genotipagem dos animais e pode ser utilizada combinando informações genômicas de diferentes painéis. Para que dados imputados sejam utilizados de forma eficiente, é necessário que a imputação tenha sido implementada de forma que todos os animais tenham seus genótipos inferidos com elevada acurácia. No entanto, esta é verificada apenas se houver o genótipo real para avaliar a confiabilidade do genótipo imputado. Dessa maneira, os objetivos deste trabalho foram: (1) estudar a imputação de painéis comercial e customizados de baixa densidade para painéis de alta densidade (Illumina e Affymetrix), assim como para um painel combinado (Illumina + Affymetrix) para bovinos da raça Nelore, e estudar o desequilíbrio de ligação e conformação de blocos de haplótipos antes e após a imputação; (2) estudar estratégias para predição da acurácia de imputação, utilizando redes neurais artificiais e regressão linear múltipla; (3) estudar os segmentos de homozigose e, com isso, a endogamia presente ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Among all the information provided by methodologies that use single nucleotide polymorphism (SNPs), the runs of homozygosity (ROH) and linkage disequilibrium have been used for studies that explore genomic information in beef cattle population, as the genome-wide association, genomic selection, the structure of population and others. Nowadays, the imputation is used in these studies to reduce genomic costs and this also can be used combining genomic information from different panels. The animals used to be imputed should present genotypes inferred with high accuracy to allow the use imputed genotypes in other studies. However, the accuracy is verified only if there is a real genotype to evaluate the imputed genotype. Therefore, this study aimed: (1) Evaluate imputation of commercial and customized low density panels to high density panels (Illumina and Affymetrix), as well as to a combined panel (Illumina + Affymetrix) in Nelore beef cattle, and estimating linkage disequilibrium and haplotype blocks conformation to high density panels individually and after imputation; (2) Study a strategy to predict imputation accuracy using artificial neural network and linear regression; (3) Study runs of homozygosity and inbreeding in a populations from Nelore beef cattle, as well as identify genes present in ROH with high frequency in population. For ROH studies were used 34 bulls from different lines and the progeny, totalizing 809 Nelore animals genotyped with information of 509.107 SN... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Roberto Carvalheiro / Coorientador: Haroldo Henrique de Rezende Neves / Coorientador: Herman Arend Mulder / Banca: Ricardo Vieira Ventura / Banca: Lucia Galvão de Albuquerque / Banca: Gerson Antonio de Oliveira Júnior / Banca: Diercles Francisco Cardoso / Resumo: A existência de um controle genético sobre a variância residual torna possível a seleção para uniformidade de produção. Desta forma, os objetivos do presente estudo foram: i) investigar a presença deste componente genético na variância residual do peso ao sobreano (PS) em bovinos da raça Nelore (N = 194.628, touros = 625), usando duas abordagens: dois passos (two-step) e modelo linear generalizado hierárquico duplo (double hierarchical generalized linear model, DHGLM); e ii) identificar, através de estudo de associação genômica ampla (genome-wide association study, GWAS), regiões genômicas associadas com uniformidade do PS usando differentes variáveis respostas: EBV desregredido (dEBVv) obtido a partir de soluções de um DHGLM assumindo correlação genética não-nula entre média e variância residual (rmv ≠ 0); e dEBVv_r0 e variância dos resíduos log-transformada (ln_σ2ê) obtidos a partir de soluções de um DHGLM assumindo rmv = 0. Os resultados confirmam a presença de heterogeneidade genética de variância residual bem como oportunidade de seleção (coeficiente de variação genética da variância residual (GCVE) variando de 0,10 a 0,17). Porém, a seleção pode ser limitada devido à magnitude da variância genética da variância residual e à forte e positiva correlação genética entre a média e a variância (0,20 e 0,76 para a abordagem em dois passos e DHGLM, respectivamente). Além disso, foi possível observar que um grande número de progênies por touro é necessário para obter EBV com mai... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The existence of genetic control on residual variance makes possible the selection for uniformity. Thus, the objectives of the present study were: i) to investigate the presence of this genetic component on the residual variance of yearling weight (YW) in Nellore cattle (N = 194,628, sires = 625) using two approaches: two step approach and double hierarchical generalized linear model (DHGLM); and ii) to identify, through a genome-wide association study (GWAS), genomic regions associated with uniformity of YW using different response variables: deregressed EBV (dEBVv) obtained from solutions of a DHGLM assuming non-null genetic correlation between mean and residual variance (rmv ≠ 0); and dEBVv_r0 and log-transformed variance of estimated residuals (ln_σê 2) obtained from solutions of a DHGLM assuming rmv = 0. The results confirm the presence of genetic heterogeneity of residual variance as well as opportunity of selection (coefficient of genetic variance of residual variance (GCVE) ranging from 0.10 to 0.17). However, selection may be limited by the magnitude of the genetic variance of the residual variance and the strong and positive genetic correlation between mean and variance (0.20 and 0.76 for two-step approach and DHGLM, respectively). In addition, it was observed that large sire families are required to obtain higher EBVv accuracies (heritability of residual variance, hv 2 < 0.007). The mean-variance relationship was reduced by using Box-Cox transformation, which reduc... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Eunice Oba / Banca: Sony Dimas Bicudo / Banca: Paulo Henrique Franceschini / Banca: José Bento Steman Ferraz / Banca: Simone Eliza Facioni Guimarães / Resumo: Objetivo deste trabalho foi verificar se mães classificadas como superprecoces (M1) e precoces (M2) produzem touros mais precoces que as fêmeas classificadas como normais (M3). Foram utilizados 21.186 animais com média de 21,29±1,77 meses, avaliados em exame andrológico entre os anos de 1999 e 2008, onde 2.019; 6.059 e 13.108 eram filhos de fêmeas M1, M2 e M3, respectivamente. As características andrológicas integrantes da avaliação física (motilidade progressiva retilínea - MOT, vigor espermático - VIG), morfologia do sêmen (defeitos espermáticos maiores - DM, menores - DME e totais - DT) e do exame clínico dos testículos (perímetro escrotal - PE, volume testicular - VT e formato testicular - FT) bem como do PE aos 18 meses de idade (PE18) e medidas ponderais de peso ao nascimento (PESNAS), ao desmame (PES205) e ao sobreano (PES550) foram estudados. Ao exame andrológico os animais foram classificados como aptos à reprodução, aptos à reprodução em regime de monta natural, inaptos à reprodução e descartados. Para comparar as médias encontradas para cada categoria de mãe dentro das classes andrológicas individualmente, foi utilizado o teste qui-quadrado com probabilidade de 5% de erro, considerando o efeito do ano, mês de nascimento e fazenda. Estimativas de herdabilidade e correlações genéticas do PE18, PE, VT, MOT, VIG, DM, DME e DT foram avaliadas para cada categoria de mãe. Foram registradas 67,26; 67,22 e 64,16% de tourinhos considerados aptos à reprodução, e 19,71; 19,46 e 21,90% (p<0,05%) inaptos à reprodução, respectivamente para as classes de mães M1, M2 e M3. Não foram observadas diferenças para os animais aptos à reprodução em regime de monta natural entre as três categorias de mães (médias de 8,87; 9,31 e 9,19%, respectivamente). Para os animais descartados observou-se apenas diferença entre a categoria... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The objective of this work was to check if cows classified as super precocious (M1) and precocious (M2) might produce more precocious bulls than the ones from females classified as normal (M3). The animals from this experiment were assessed between the years 1999 and 2008, and they were all the same age average (21.29 months) totalizing 21,186 bulls. All animals went under breeding soundness examination, being 2,019; 6,059 and 13,108; M1's, M2's and M3's offspring, respectively. It was assessed the following characteristics: physical evaluation (progressive motility - PM, sperm vigor - SV), semen morphology (minor defects - MID, major defects - MAD, and total defects - TD), clinical assessment of the testicles (scrotal circumference - SC, testicle volume - TV and testicle shape - TS), scrotal circumference at the age of 18 months (SC18) and bodyweight at birth (BWB), bodyweight at weaning (BWW) and bodyweight at yearling (BWY). After breeding soundness examination animals were classified as able to reproduce, able to reproduce in natural breeding situation, unable to reproduce, and discharged. In order to evaluate the averages found for each category of cow within each andrological class, it was performed the qui-square with a 5% error probability, taking into account the effects year and month of birth, together with the farm origin. Heritability estimation and genetic correlation between SC18, SC, TV, MOT, VIG, MAD, MID and TD were assessed for each cow category. For cows M1, M2 and M3, respectively, were registered 67.26; 67.22 and 64.16% bulls that were able to reproduce, and 19.71; 19.46 and 21.90% (p<0.05%) unable to reproduce. It was not found any difference between M1, M2 and M3 for animals that were able to reproduce in natural mounting scheme (averages of 8.87; 9.31 and 9.19 %, respectively). Discharged animals only showed different values for... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Gustavo Rezende Siqueira / Banca: Matheus Henrique Moretti / Banca: Laura Franco Prados / Banca: Rafael Canonenco de Araújo / Banca: Marcia Helena Machado da Rocha Fernandes / Resumo: Objetivou-se com a presente pesquisa avaliar se o consumo de nitrato encapsulado por bovinos zebuínos nas condições tropicais em pastejo da recria ao abate altera os parâmetros ruminais, consumo, mitiga metano, altera o desempenho, a qualidade da carne e ocasiona resíduo na carne. Foram utilizados 96 animais da raça Nelore com idade entre 7 e 8 meses e 197 ± 15,3 kg de peso corporal (PC) inicial, distribuídos aleatoriamente em blocos completos ao acaso aos tratamentos para a avaliação de desempenho, sendo que desses, 24 animais foram utilizados para a avaliação da emissão de metano. Também foram utilizados 12 animais contemporâneos dos animais de desempenho com fistulados no rúmen e PC inicial de 202 ± 6,22 kg para a quantificação dos parâmetros fermentativos, distribuídos aleatoriamente em blocos completos, totalizando 108 animais. Foram avaliados dois tratamentos, o primeiro denominado controle (suplemento sem nitrato, com equivalente proteico substituído por ureia) e o segundo, suplemento com nitrato (47g NO3-/100 kg PC). O experimento foi dividido em três fases: seca (07/2014 a 11/2014), águas (11/2014 a 05/2015) e terminação (05/2015 a 09/2015). Na fase de seca, a suplementação com nitrato reduziu a concentração de NAR (P≤0,04) em média 39%, 6, 12 e 18 horas após a suplementação. Na fase de águas e terminação, o nitrato ocasionou menor concentração de NAR 6 horas após a suplementação na proporção de 29,62% e 60,73%, respectivamente (P=0,06). O uso de nitrato aumento o co... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The objective of this research was to evaluate if the intake of nitrate encapsulated by zebu cattle in the tropical conditions under pasture grazing changes the ruminal parameters, consumption, mitiga methane, changes in performance, meat quality and cause s residue in meat. A total of 96 Nellore animals aged 7 to 8 months and 197 ± 15.3 kg of body weight (BW) were randomly assigned in randomized complete blocks to treatments for performance evaluation, of which 24 animals were used for the evaluation of met hane emission. We also used 12 contemporary animals from performance animals with rumen fistulae and initial CP of 202 ± 6.22 kg for the quantification of fermentative parameters, randomly distributed in complete blocks, totaling 108 animals. Two treatment s were evaluated, the first one called control (supplement without nitrate, with protein equivalent substituted by urea) and the second supplement with nitrate (47g NO3 - / 100kg PC). The experiment was divided into three phases: dry (07/2014 to 11/2014), w ater (11/2014 to 05/2015) and termination (05/2015 to 09/2015). In the dry phase, nitrate supplementation reduced the RAN concentration ( P≤0.04 ) on average by 39%, 6, 12 and 18 hours after supplementation. In the water and termination phase, nitrate caused a lower concentration of RAN 6 hours after supplementation in the proportion of 29.62% and 60.73%, respectively ( P=0.06 ). The use of nitrate increased the forage intake of the animals only in the water phase ( ... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor