Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2018-10-31T18:16:10Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 317209 bytes, checksum: f65a937c86fae98c78b29974509988cb (MD5) / Made available in DSpace on 2018-10-31T18:16:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 317209 bytes, checksum: f65a937c86fae98c78b29974509988cb (MD5) Previous issue date: 2016-05-13 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Objetivou-se com este trabalho estimar parâmetros genéticos para características de produção de leite (produção de leite em até 305 dias – PL305), peso (peso aos 120 – P120, aos 365 – P365 e aos 550 dias – P550) e reprodutiva (idade ao primeiro parto - IPP) em bovinos da raça Guzerá utilizando modelos multicaracterísticos e comparar metodologias que se baseiam na utilização de dados censurados de idade ao primeiro parto. Os dados foram cedidos pela Associação Brasileira dos Criadores de Zebu (ABCZ) e Embrapa Gado de Leite em parceria com o Centro Brasileiro de Melhoramento do Guzerá (CBMG 2 ). O arquivo de pedigree (120.599 animais) incluiu animais com registros fenotípicos e todos os ancestrais conhecidos. Registros censurados foram definidos como dados de IPP que extrapolaram os limites de 740 e 1860 dias. Os registros de IPP (69.157 informações) foram analisados por meio de sete diferentes metodologias: método linear convencional (LM); de simulação (SM); de penalidade (PM); modelos bicaracterística limiar-linear em que se considerou (TLcens) ou não (TLmiss) informações prévias sobre os registros censurados; e a metodologia de análise de sobrevivência por meio do modelo de riscos proporcionais de Weibull segmentado em que se considerou (PWPHcens) ou não (PWPH) os registros censurados. Para as análises de sobrevivência, os valores para o critério de informação da deviance (DIC) sugerem o uso de 0 e 2 nós na função base para os métodos PWPH e PWPHcens, respectivamente. Os componentes de variância genética aditiva estimados para os métodos LM, PM e TLmiss foram similares. As estimativas de herdabilidade para IPP variaram de 0,19 (TLcens) à 0,28 (SM) e 0,40 (PWPH) e 0,46 (PWPHcens). De forma geral, as correlações entre os valores genéticos obtidos por meio das diferentes metodologias e a porcentagem de touros selecionados em comum variaram de -0,28 (SM x PWPH) à 0,99 (TLmiss x LM), indicando reordenamento moderado entre os animais. As comparações baseadas na metodologia de validação cruzada, indicam a metodologia TLmiss como a melhor opção para predição dos valores genéticos dos animais para a característica IPP na população Guzerá. Para estimação dos parâmetros genéticos utilizando modelos multicaracterísticos, foram considerados os efeitos sistemáticos de sexo e idade ao parto. Os efeitos aleatórios genético aditivo e de grupo de contemporâneo (rebanho, ano e estação de parto) foram considerados. Adicionalmente, os efeitos aleatórios genético aditivo materno e de ambiente permanente materno foram considerados para a característica peso à desmama. As estimativas de herdabilidade foram 0,29 (PL305), 0,42 (P120), 0,49 (P365), 0,56 (P550) e 0,25 (IPP). As correlações genéticas entre as características de peso foram maiores que 0,83 e entre PL305 e as demais foram de 0,25 (PL305 x P205), 0,32 (PL305 x P365) e 0,36 (PL305 x P550). A característica IPP foi negativamente correlacionada com as características de leite e de peso. Os resultados sugerem que a seleção para a produção de leite não compromete a seleção para características de peso e reprodutivas, bem como é passível a inclusão de dados censurados de IPP na avaliação genética por meio do uso de um modelo de limiar-linear em bovinos da raça Guzerá. / We aimed to estimate genetic parameters for 305-d milk yield (MY305), growth (weaning – WW, yearling – YW and long yearling weights - LYW) and reproductive (age at first calving - AFC) traits in Guzerá cattle by using Bayesian multi-trait models and compare methodologies for handling censored data of age at first calving by Bayesian models. Data were provided by Brazilian Association of Zebu Cattle (ABCZ) and Embrapa Dairy Cattle Research Unit in partnership with the Brazilian Center of Guzerá Genetic Improvement (CBMG 2 ). The pedigree file (120,599 animals) included animals with phenotypic records and their known ancestors. Censored records were defined as AFC records out of range of 740 and 1860 days. Data including 69,157 AFC records were analyzed using seven different methods: conventional linear method (LM), simulation method (SM), penalty method (PM), a bitrait threshold-linear model considering (TLcens) or not (TLmiss) any prior information about censored records; and piecewise Weibull proportional hazards methodology considering (PWPHcens) or not (PWPH) censored records. For survival analyses, deviance information criterion (DIC) values suggested 0 and 2 piecewise change points in the baseline function of PWPH and PWPHcens methods, respectively. The additive genetic variance components estimated from LM, PM and TLmiss were similar. Heritability estimates for AFC ranged from 0.19 (TLcens) to 0.28 (SM) in non-survival approaches, and 0.40 and 0.46 to PWPH and PWPHcens methods, respectively. In general, genetic breeding values correlations from different methods and the percentage of selected bulss in common indicated moderate reranking, ranging from -0.28 (SM x PWPH) to 0.99 (TLmiss and LM). Comparisons based on cross-validation analyses, indicated TLmiss as a suitable alternative for predicting breeding values for AFC in this Guzerá population. In second chapter, systematic effects included sex and age at calving. The additive genetic and contemporary group (herd, year and season of birth) were included as random effects. Additionally, maternal genetic and permanent effects were included as random effects for weaning weight trait. Heritability estimates were 0.29 (MY305), 0.42 (WW), 0.49 (YW), 0.56 (LYW) and 0.25 (AFC). Genetic correlations between weight measures were higher than 0.83 and 0.25 (MY305 x WW), 0.32 (MY305 x YW) and 0.36 (MY305 x LYW) for other traits. AFC trait was negatively genetically correlated with milk and weight measures. These results suggest that selection for milk yield do not jeopardize selection for beef and reproductive efficiency and AFC censored data could be included in genetic evaluation considering a threshold-linear model in Guzerá cattle. / Tese enviada por e-mail em 31/10/2018 pela secretaria do curso. Versão impressa não foi enviada.(Não foi encontrada no departamento)

Orientador: Danísio Prado Munari / Coorientador: Raysildo Barbosa Lôbo / Banca: João Ademir de Oliveira / Banca: Sandra Aidar de Queiroz / Banca: Claudia Cristina Paro de Paz / Banca: Ruy Alberto Caetano Correa Filho / Resumo: O monitoramento dos resultados de um programa de seleção de bovinos de corte serve para avaliar o progresso genético alcançado e para que os resultados obtidos sirvam de elementos orientadores de ações futuras. Neste trabalho, os objetivos foram estimar parâmetros genéticos e tendências genéticas para características de importância econômica em bovinos da raça Guzerá, estimar parâmetros populacionais e os coeficientes de endogamia e relaciona-los com valores genéticos e com o índice de seleção recomendado para a raça (MGT). Para isto, dados de 18.491 animais, oriundos de 43 fazendas foram cedidos pelo Programa de Avaliação Genética da Raça Guzerá (PAGRG). As características estudadas foram área de olho de lombo (AOL), espessura de gordura entre a 12ª e a 13ª costela (EG), espessura de gordura na garupa (EGP8), idade ao primeiro parto (IPP), perímetro escrotal aos 365 (PE365) e 450 (PE450) dias de idade, período de gestação (PG), peso adulto da vaca (PAV), peso corporal ao nascimento (PN), aos 120 (P120), aos 210 (P210), aos 365 (P365), aos 450 (P450) dias de idade e produtividade acumulada em fêmeas (PAC). Os parâmetros populacionais estimados foram taxa de endogamia por geração, tamanho efetivo da população, intervalo de gerações e o número efetivo de fundadores e de ancestrais. Os parâmetros genéticos e valores genéticos foram estimados pelo método da máxima verossimilhança restrita, em análises uni e bi-características. Tendências genéticas foram obtidas por regressão linear das médias dos valores genéticos anuais, em função do ano de nascimento. A estatística t foi usada e a hipótese nula considerava o coeficiente da regressão como sendo zero. As características apresentaram suficiente variação genética aditiva, sendo passíveis de seleção e estas se mostraram favoravelmente correlacionadas geneticamente, exceto... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Monitoring the results of a breeding program for beef cattle is used to evaluate the genetic progress achieved and the results serve as guiding elements for future actions. In this work, the objectives were to estimate genetic parameters and genetic trends for traits of economic importance in Guzerat beef cattle, estimate population parameters and coefficients of inbreeding and its relationship with breeding values and the selection index recommended for the breed (MGT).For this, data from 18,491 animals from 43 farms were granted by the Programa de Avaliação Genética da Raça Guzerá (PAGRG). The traits studied were rib eye area (REA), fat thickness between the 12th and 13th rib (FT), rump fat thickness (RF), age at first calving (AFC), scrotal circumference at 365 (SC365) and 450 (SC450) days of age, gestation length (GL), mature weight of the cow (MWC), body weight at birth (BWB), 120 (BW120), 210 (BW210), 365 (BW365) and 450 days of age (BW450) and cumulative productivity in females (AP). The population parameters estimated were rate of inbreeding per generation, effective population size, generation interval and the effective number of founders and ancestors. The genetic parameters, breeding values were estimated by restricted maximum likelihood, by one and two-trait analysis. Genetic trends were calculated from a linear regression of mean predicted breeding values (PBV) based on birth year. At-statistic was used to test the hypothesis that the regression coefficient for each equation is equal to zero. The traits showed sufficient additive genetic variation, being capable to respond to selection and proved to be genetically correlated among them, except AP, FT and RF, which showed low genetic correlations with other traits. The genetic trend indicated that the animal's mean breeding value has changed over time for the traits studied... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Humberto Tonhati / Coorientador: Maria Gabriela Campolina Diniz Peixoto / Coorientador: Marcos Vinícius Gualberto Barbosa da Silva / Banca: Guilherme Venturini / Banca: Henrique Nunes / Banca: Rusbel Raul Aspilcueta Borquis / Banca: Francisco Ribeiro Araújo Neto / Resumo: Painéis comerciais contendo milhares de SNPs a custo acessível revolucionaram os estudos genéticos na pecuária, principalmente por meio das análises de associação ampla e seleção genômica. A seleção genômica tem um aspecto prático, por ser diretamente aplicado aos programas de melhoramento, possibilitando aumento de acurácia das avaliações para as características quantitativas, como a produção de leite e seus constituintes. Como base nisso objetivou-se com esta tese verificar a distribuição das frequências dos polimorfismos e calcular o desequilíbrio de ligação (DL) dos segmentos cromossômicos no genoma de bovinos da raça Guzerá; estudar a associação dos marcadores com a produção de leite e seus constituintes; e comparar diferentes modelos para avaliação genômica com diferentes distribuições a priori para o efeito dos marcadores. Dessa forma, foi avaliado o DL entre marcadores de um painel de 50 k da Illumina® e estimado o tamanho efetivo populacional. Para isto foram utilizados 50 touros e 853 vacas Guzerá que também participaram dos estudos de associação e seleção genômica. A média de r2 foi de 0,16 para a distância 100 kb no genôma destes animais. A densidade do painel de 50 k foi considerada suficiente para proporcionar DL entre os segmentos cromossômicos para a predição de valores genéticos genômicos. Já as estimativas do tamanho efetivo populacional foram reduzidas com o decorrer das gerações, indicando aumento da intensidade de seleção para a raça ao longo das gerações. O baixo tamanho efetivo observado para as gerações recentes (137) indicaram a importância de se considerar a endogamia nas decisões de acasalamentos para manter a diversidade genética da raça. As avaliações genômicas foram realizadas pelos métodos GBLUP, BayesC, BayesCπ, Lasso e por meio de dois modelos multicaracterística para a produção de leite (PL), gordura (PG) e proteína (PP). As acurácias... / Abstract: Commercial panels containing thousands of SNPs revolutionized genetic studies in livestock, especially with the genome-wide association study and genomic selection. The genomic selection is also directly applied to breeding programs enabling increasing on accuracy of the genetic evaluation for quantitative traits such as milk yield and its constituents. Thus, the aim of this thesis was to study the distribution of frequencies of polymorphisms and the linkage disequilibrium (LD) in the Guzerá cattle; was also to study the association of the markers with the dairy traits and to compare different models for genomic evaluation with different prior distributions for the effect of markers. The LD and the effective size were estimated using a 50 k Illumina® panel for 50 sires and 853 cows. For 100 kb the average of r2 was 0.16. The density of this 50 k panel was considered sufficient to provide LD between chromosomal segments for estimation of genomic breeding values. The effective size was reduced over the course of generations, indicating increase intensity of selection. The low estimate for effective size for recent generations indicated the importance of considering inbreeding for mating to maintain the genetic diversity of this breed. Genomic evaluations were performed by GBLUP, BayesC, BayesCπ, Lasso and two multi-trait models for milk yield (MY), fat (MF) and protein (MP). The accuracies for predictions ranged from 0.65 to 0.80. Bayesian prediction, GBLUP and multi-traits models were equivalent for predict the genomic breeding values. However, the best option was GBLUP considering overall fit, lower computational requirement and facility of convergence. The results indicated that genomic predictions were adequate to assist animal selection. In other study, the percentages of explained variance for each SNP were calculated. Windows, composed of seven adjacent SNPs deviated substantially from the other genomic regions were ... / Doutor

Orientador: Danísio Prado Munari / Banca: João Ademir de Oliveira / Banca: Joslaine Noely dos Santos Gonçalves Cyrillo / Resumo: Características reprodutivas e de crescimento testicular como idade ao primeiro parto (IPP), primeiro intervalo de partos (IP1), período de gestação (PG), perímetro escrotal aos 365 dias (PE365) e aos 450 dias (PE450) podem ser consideradas na avaliação da eficiência reprodutiva de bovinos de corte. Neste trabalho, o objetivo foi estimar parâmetros genéticos em bovinos da raça Guzerá para as características citadas com o intuito de fornecer subsídios para o programa de avaliação genética dos animais desta raça. A estimação dos parâmetros genéticos foi realizada pelo método da máxima verossimilhança restrita (REML), em modelo animal bi-característica. O modelo animal utilizado incluiu os efeitos fixos de grupos de contemporâneos para IPP, IP1, PG, PE365 e PE450, além da co-variável idade da vaca ao parto (efeitos linear e quadrático) para as características PE365 e PE450. A covariável idade ao primeiro parto (efeito linear) foi incluída no modelo animal para IP1 nas análises bi-característica, exceto entre IPP e IP1. Os efeitos aleatórios genético aditivo e residual foram considerados para todas as características. Para PG, foi considerado efeito genético aleatório materno. As estimativas de herdabilidade variaram de 0,08±0,05 (IP1) a 0,48±0,11 (PG). As correlações genéticas observadas entre PE365 e IPP (-0,41±0,12) e entre PE450 e IPP (-0,23±0,14) indicaram que a seleção para perímetro escrotal, principalmente ao ano, poderá favorecer a seleção indireta de fêmeas sexualmente mais precoces. As tendências genéticas foram... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Testicular growth and reproductive traits such as age at first calving (AFC), first calving interval (CI), gestation period (GP), scrotal circumference at 365 days (SC365) and at 450 days of age (SC450) can be considered in the evaluation of reproductive efficiency in beef cattle. In this work, the goal for the aforementioned traits was to estimate genetic parameters in Guzera cattle in order to provide support for the program of genetic evaluation of animals of this breed. The genetic parameters were estimated by restricted maximum likelihood method (REML) in two-trait animal model. The animal model included fixed effects of contemporary groups for AFC, CI, GP, SC365 and SC450, and the covariate age of cow at calving (linear and quadratic effects) to SC365 and SC450. The covariate age at first calving (linear effect) was included in animal model for CI in two-trait analysis, except between AFC and CI. Random additive genetic and residual effects were considered for all traits. Random maternal genetic effect was considered for GP. The heritability estimates ranged from 0.08 ± 0.05 (AFC) to 0.48 ± 0.11 (GP). Genetic correlation observed between SC365 and AFC (-0.41 ± 0.12) and SC450 and AFC (-0.23 ± 0.14) indicated that selection for scrotal circumference, mainly at 365 days of age, may favor the indirect selection of females sexually earliest. Genetic trends were significant (p <0.0001) for all traits, except for the GP maternal... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Alex Sandro Campos Maia / Banca: Marcos Chiquitelli Neto / Banca: Márcia Helena Machado da Rocha Fernandes / Resumo: O objetivo deste estudo foi validar o condicionamento dos animais e o desenvolvimento de pesquisas que visem entender as respostas do equilíbrio térmico de bovinos Guzerá (Bos indicus), em consequência das variações meteorológicas ao longo do dia, em ambiente tropical e a emissão de metano. Foram avaliados dez bovinos da raça Guzerá, cinco machos e cinco fêmeas, com média de vinte meses, alojados em baias individuais, protegidos da radiação solar. A frequência respiratória, volume respiratório corrente, a produção de calor metabólico e a perda de calor latente via sistema respiratório, foram determinados usando um sistema de calorimetria indireta, com o auxílio de uma máscara facial. Simultaneamente, foram analisadas a temperatura retal (TR), temperatura da epiderme (TEP), temperatura do pelame (TS), temperatura do ar expirado (TEXP), além das variáveis meteorológicas, temperatura do ar (TA), umidade relativa (UR), radiação solar (RS), e temperatura radiante média (TRM). Também foram determinados os fluxos de calor por radiação e convecção. As temperaturas do ar expirado, do pelame e da epiderme, se mostraram dependentes da temperatura do ar, aumentando de 28 a 35°C, 31 a 38°C e 33 a 38°C, respectivamente, quando a temperatura do ar aumentou de 25 para 34°C, enquanto que a temperatura retal foi dependente da hora do dia. A produção de calor metabólico apresentou média de 115 e 155 W m-2, para machos e fêmeas, respectivamente, e não se alterou com o aumento da temperatura do ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The aim of this study was to validate the conditioning of animals and the development of research aimed at understanding the responses of the thermal equilibrium of Guzerá cattle (Bos indicus), as a result of weather variations throughout the day in a tropical environment and the methane emission. Evaluated ten Guzerat cattle, five males and five females, with an average of twenty months, housed in individual pens, protected from direct solar radiation. The respiratory rate, tidal respiratory volume, metabolic heat production and loss of latent heat via the respiratory system, were determined using an indirect calorimetry system with the aid of a facial mask. At the same time, we analyzed the rectal temperature (TR), skin surface temperature (TEP), hair coat temperature (TS), expired air temperature (TEXP), besides meteorological variables, air temperature (TA), relative humidity (UR), solar radiation (RS), and mean radiant temperature (TRM). It was also determined heat flow by radiation and convection. The expired air temperature, hair coat temperature and skin surface temperature, proved to be dependent on air temperature, adding 28 to 35 ° C, 31 to 38 ° C and 33 to 38 ° C, respectively, when the air temperature increased from 25 to 34 ° C. While the rectal temperature is dependent on the time of day. The metabolic heat production averaged 115 and 155 W m-2 for males and females, respectively, and did not change with increasing air temperature (25-34 ° C), the same was tru... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Resumo: Parâmetros genéticos para a produção de leite no dia do controle (PLDC) de primeiras lactações de vacas da raça Guzerá foram estimados utilizando modelo multicaracterísticas de dimensão finita (TMDO) e modelos de regressão aleatória (MRA). A produção acumulada em 305 dias (P305), duração da lactação (DL) e persistência da lactação (PS) também foram analisadas. Para o TMDO, foram analisadas as PLDC juntamente com a P305 e a DL, considerando como aleatórios, o efeito genético aditivo e o residual e, como fixo, o grupo de contemporâneos e a covariável idade da vaca ao parto. Para os MRA, foram considerados como aleatório, o efeito genético aditivo, de ambiente permanente e residual e como efeito fixo, o grupo de contemporâneos, os efeitos linear e quadrático da covariável idade ao parto e a curva média da população. Para os MRA foram consideradas as funções de ajuste de Wilmink (WL), Ali & Schaeffer (AS), uma combinação entre a função de Wilmink com polinômios ortogonais de Legendre (LM), polinômios ortogonais de Legendre (LEG) e funções B-spline (BS). Os efeitos aleatórios genético aditivo e de ambiente permanente foram modelados por meio destas funções, bem como a curva média da população, com a exceção dos modelos ajustados por funções BS que tiveram a curva média ajustada por polinômio de Legendre ou pela função de Ali & Schaeffer. O resíduo foi ajustado considerando variância homogênea ou em classes heterogêneas de variância residual. O modelo empregando funções BS cúbica com número de coeficientes de regressão aleatória igual cinco tanto para efeito genético aditivo como de ambiente permanente com a curva média modelada pela função de Ali & Schaeffer e resíduo ajustado por seis classes variância residual foi o mais adequado. Entretanto, os melhores MRA para cada função de ajuste, não apresentaram diferenças para ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Genetic parameters for milk production in the test day model (PLDC) for Guzerat dams' first lactations were estimated by multitrait finite model (TMDO) and random regression models (MRA). The cumulative production at 305 days (P305), lactation length (DL) and lactation persistency (PS) were also analyzed. For TMDO, the PLDC were analyzed together with P305 and DL, considering the additive genetic effect and residual effect as random effects , the contemporary group as a fixed effect, and the age of dam at calving as a covariate. For MRA, additive genetic effect, permanent environmental effect and residual effect were considered as random effects and the contemporary group, the linear and quadratic covariate of age at calving and the average curve of the population as fixed effects. Also for the MRA, the Wilmink (WL) and the Ali & Schaeffer (AS) adjustment functions, a combination of the Wilmink function with Legendre orthogonal polynomials (LM), Legendre orthogonal polynomials (LEG) and B-spline functions (BS) were considered. The random additive genetic and permanent environmental effects were modeled by means of these functions, as well as the population average curve , with the exception of the adjusted models by the BS functions that had the average curve adjusted by the Legendre polynomial or by the Ali & Schaeffer function. The residual error was adjusted considering homogeneous variance or heterogeneous classes of residual variance. The model using cubic BS functions with random regression coefficient numbers equal to five for additive genetic effect as well as for permanent environmental with average curve modeled by the Ali & Schaeffer function and residual error adjusted for six classes of residual variance was the more appropriate. However, the best MRA for each adjustment function presented no differences in the estimates of genetic parameters and for order correlation ... (Complete abstract click electronic access below) / Orientador: Humberto Tonhati / Coorientador: Maria Gabriela Campolina Diniz Peixoto / Banca: Lenir El Faro Zadra / Banca: Fernando Sebastián Baldi Rey / Mestre