Orientador: Marcelo Vasconcelos Meireles / Banca: Katia Denise Saraiva Bresciani / Banca: Raphael Lucio Andreatti Filho / Resumo: Devido à escassez de informações referentes à ocorrência de Cryptosporidium em aves selvagens no Brasil, este projeto foi realizado visando à detecção de Cryptosporidium em amostras de fezes de várias espécies de aves selvagens da fauna brasileira, por meio da reação em cadeia de polimerase - "nested" (n-PCR). Um total de 488 amostras de 146 espécies de aves selvagens foi coletado em zoológicos, criatórios, Hospitais Veterinários e residências, para extração do DNA genômico de oocistos e realização de n-PCR, visando à amplificação de fragmentos dos genes da subunidade 18S do RNA ribossômico e da actina. Foi observada amplificação para Cryptosporidium em 20 (4,7%) das amostras examinadas. Por meio de sequenciamento dos fragmentos de DNA amplificados foram identificadas duas espécies de Cryptosporidium: C. galli em curiós (Oryzoborus angolensis) e C. baileyi em urubu-de-cabeça-preta (Coragyps atratus). / Abstract: Due to the paucity of data related to the occurrence of Cryptosporidium in wild birds from Brazilian fauna, this research was accomplished in order to screen fecal samples from various species of wild birds in Brazil for the presence of Cryptosporidium by the use of nested polymerase chain reaction (n-PCR). A total of 488 fecal samples from 146 species of wild birds were collected in Zoos, Veterinary Hospitals, breeder's facilities and residences. After extraction of genomic DNA from oocysts n-PCR was accomplished for amplification of fragments from 18S subunit of the ribosomal RNA gene and from actin gene. Positive amplification for Cryptosporidium was obtained in 20 (4.09%) samples. Sequencing of amplified fragments allowed the identification of C. galli in lesser-seed finches (Oryzoborus angolensis) and C. baileyi in black vulture (Coragyps atratus). / Mestre

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:18Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-06-04Bitstream added on 2014-06-13T18:07:10Z : No. of bitstreams: 1 simoes_dc_me_araca.pdf: 146638 bytes, checksum: 82ece9f69d229b01f099fe04675f2505 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Devido à escassez de informações referentes à ocorrência de Cryptosporidium em aves selvagens no Brasil, este projeto foi realizado visando à detecção de Cryptosporidium em amostras de fezes de várias espécies de aves selvagens da fauna brasileira, por meio da reação em cadeia de polimerase – “nested” (n-PCR). Um total de 488 amostras de 146 espécies de aves selvagens foi coletado em zoológicos, criatórios, Hospitais Veterinários e residências, para extração do DNA genômico de oocistos e realização de n-PCR, visando à amplificação de fragmentos dos genes da subunidade 18S do RNA ribossômico e da actina. Foi observada amplificação para Cryptosporidium em 20 (4,7%) das amostras examinadas. Por meio de sequenciamento dos fragmentos de DNA amplificados foram identificadas duas espécies de Cryptosporidium: C. galli em curiós (Oryzoborus angolensis) e C. baileyi em urubu-de-cabeça-preta (Coragyps atratus). / Due to the paucity of data related to the occurrence of Cryptosporidium in wild birds from Brazilian fauna, this research was accomplished in order to screen fecal samples from various species of wild birds in Brazil for the presence of Cryptosporidium by the use of nested polymerase chain reaction (n-PCR). A total of 488 fecal samples from 146 species of wild birds were collected in Zoos, Veterinary Hospitals, breeder’s facilities and residences. After extraction of genomic DNA from oocysts n-PCR was accomplished for amplification of fragments from 18S subunit of the ribosomal RNA gene and from actin gene. Positive amplification for Cryptosporidium was obtained in 20 (4.09%) samples. Sequencing of amplified fragments allowed the identification of C. galli in lesser-seed finches (Oryzoborus angolensis) and C. baileyi in black vulture (Coragyps atratus).

Drosophilidae is a very diverse family of acalapytrate flies comprising more than 4,000 described species, worldwide in distribution, occupying a large range of ecological niches and with high morphological variability. Despite the huge number of papers published on different aspects of the genus Drosophila Fallen, 1823 and especially D. melanogaster Meigen, 1830, the group as a whole can still be considered poorly known, since some taxa within it have historically gained more attention than others. As one of the examples of a very speciose but unsatisfactorily studied group, is the drosophiline genus Cladochaeta Coquillet, 1900, with more than 100 described Neotropical and some few southern Nearctic species, but still with a large number of species to be described. In this study the Brazilian fauna of the genus is revised, with the description of 16 new species based on malesCladochaeta sp. 1, nov. sp., C. sp. 2, nov. sp., C. sp. 3, nov. sp., C. sp. 4, nov. sp., C. sp. 5, nov. sp., C. sp. 6, nov. sp., C. sp. 7, nov. sp., C. sp. 8, nov. sp., C. sp. 9, nov. sp., C. sp. 10, nov. sp., C. sp. 11, nov. sp., C. sp. 12, nov. sp., C. sp. 13, nov. sp., C. sp. 14, nov. sp. and C. sp. 15, nov. sp. The descriptions include photographs for each species and detailed illustrations of the male terminalia in different views. A synopsis about the taxonomy and natural history of the genus, a key for the Brazilian species, and a distributional map of the genus in Brazil are provided. Some comments about relationships between some of the species of the genus are made, as well as a discussion about male terminalia sclerite homology, and the issue of association between males and females. / Drosophilidae é uma família extremamente diversa de moscas acaliptradas, compreendendo mais de 4.000 espécies descritas e distribuição mundial, ocupando uma grande variedade de nichos ecológicos e apresentando alta variabilidade morfológica. Apesar do grande número de publicações sobre diversos aspectos do gênero Drosophila Fallen, 1823 e, em especial, sobre D. melanogaster Meigen, 1830, o grupo como um todo ainda é relativamente pouco conhecido. Um exemplo de um grupo muito especioso e insatisfatoriamente estudado é o gênero Cladochaeta Coquillett, 1900 de Drosophilinae, com mais de 100 espécies descritas da região Neotropical e do sul da região Neártica. A fauna brasileira foi revista, resultando na descrição de 16 novas espécies baseadas em machos Cladochaeta sp. 1, nov. sp., C. sp. 2, nov. sp., C. sp. 3, nov. sp., C. sp. 4, nov. sp., C. sp. 5, nov. sp., C. sp. 6, nov. sp., C. sp. 7, nov. sp., C. sp. 8, nov. sp., C. sp. 9, nov. sp., C. sp. 10, nov. sp., C. sp. 11, nov. sp., C. sp. 12, nov. sp., C. sp. 13, nov. sp., C. sp. 14, nov. sp. e C. sp. 15, nov. sp. As descrições incluem fotografias para cada espécie e ilustrações detalhadas das terminálias masculinas em diferentes vistas. São apresentados uma sinopse sobre a taxonomia e história natural, uma chave para as espécies brasileiras e um mapa de distribuição do gênero no Brasil. Alguns comentários são feitos sobre hipóteses de relacionamento entre algumas das espécies, bem como uma discussão a respeito de questões de homologia de escleritos da terminália masculina e a questão da associação entre machos e fêmeas nas espécies do gênero.

Drosophilidae is a very diverse family of acalapytrate flies comprising more than 4,000 described species, worldwide in distribution, occupying a large range of ecological niches and with high morphological variability. Despite the huge number of papers published on different aspects of the genus Drosophila Fallen, 1823 and especially D. melanogaster Meigen, 1830, the group as a whole can still be considered poorly known, since some taxa within it have historically gained more attention than others. As one of the examples of a very speciose but unsatisfactorily studied group, is the drosophiline genus Cladochaeta Coquillet, 1900, with more than 100 described Neotropical and some few southern Nearctic species, but still with a large number of species to be described. In this study the Brazilian fauna of the genus is revised, with the description of 16 new species based on malesCladochaeta sp. 1, nov. sp., C. sp. 2, nov. sp., C. sp. 3, nov. sp., C. sp. 4, nov. sp., C. sp. 5, nov. sp., C. sp. 6, nov. sp., C. sp. 7, nov. sp., C. sp. 8, nov. sp., C. sp. 9, nov. sp., C. sp. 10, nov. sp., C. sp. 11, nov. sp., C. sp. 12, nov. sp., C. sp. 13, nov. sp., C. sp. 14, nov. sp. and C. sp. 15, nov. sp. The descriptions include photographs for each species and detailed illustrations of the male terminalia in different views. A synopsis about the taxonomy and natural history of the genus, a key for the Brazilian species, and a distributional map of the genus in Brazil are provided. Some comments about relationships between some of the species of the genus are made, as well as a discussion about male terminalia sclerite homology, and the issue of association between males and females. / Drosophilidae é uma família extremamente diversa de moscas acaliptradas, compreendendo mais de 4.000 espécies descritas e distribuição mundial, ocupando uma grande variedade de nichos ecológicos e apresentando alta variabilidade morfológica. Apesar do grande número de publicações sobre diversos aspectos do gênero Drosophila Fallen, 1823 e, em especial, sobre D. melanogaster Meigen, 1830, o grupo como um todo ainda é relativamente pouco conhecido. Um exemplo de um grupo muito especioso e insatisfatoriamente estudado é o gênero Cladochaeta Coquillett, 1900 de Drosophilinae, com mais de 100 espécies descritas da região Neotropical e do sul da região Neártica. A fauna brasileira foi revista, resultando na descrição de 16 novas espécies baseadas em machos Cladochaeta sp. 1, nov. sp., C. sp. 2, nov. sp., C. sp. 3, nov. sp., C. sp. 4, nov. sp., C. sp. 5, nov. sp., C. sp. 6, nov. sp., C. sp. 7, nov. sp., C. sp. 8, nov. sp., C. sp. 9, nov. sp., C. sp. 10, nov. sp., C. sp. 11, nov. sp., C. sp. 12, nov. sp., C. sp. 13, nov. sp., C. sp. 14, nov. sp. e C. sp. 15, nov. sp. As descrições incluem fotografias para cada espécie e ilustrações detalhadas das terminálias masculinas em diferentes vistas. São apresentados uma sinopse sobre a taxonomia e história natural, uma chave para as espécies brasileiras e um mapa de distribuição do gênero no Brasil. Alguns comentários são feitos sobre hipóteses de relacionamento entre algumas das espécies, bem como uma discussão a respeito de questões de homologia de escleritos da terminália masculina e a questão da associação entre machos e fêmeas nas espécies do gênero.

Made available in DSpace on 2015-09-25T12:18:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tiago Augusto Lima Cardoso.pdf: 985032 bytes, checksum: f09cf89072d07aab7edcf296e7fc6a84 (MD5) Previous issue date: 2011-10-26 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Several studies report the use of estuarine environments by migrant shorebirds in South America. However, distribution patterns of these species among estuarine habitats have been little studied. Our study aimed to investigate the distribution of migratory shorebirds (Charadriidae and Scolopacidae) and the composition and structure of assemblages of several habitats in the estuaries of rivers Mamanguape, Paraíba do Norte and Goiana in the coast of Paraíba, Brazil. Nine sites were selected for counting birds, four in open beach habitats (in ocean front) and five in inner estuarine habitats (tidal flats, a fluvial island and artificial ponds in a shrimp farm). Visual surveys were carried out at each site with the aid of binoculars and a spotting scope. Statistical analyses were applied to answer the following questions: (i) did occur differences in species densities among habitats? (ii) which factor had greatest influence on variations in densities? (iii) how counting sites can be grouped based on structure and species composition of their assemblages of birds? 72 counts were carried out from September 2010 through April 2011, during which 13 species of migratory shorebirds were recorded: Pluvialis squatarola, Charadrius semipalmatus, Limnodromus griseus, Numenius phaeopus, Actitis macularius, Tringa melanoleuca, Tringa semipalmata, Tringa flavipes, Arenaria interpres, Calidris alba, Calidris pusilla, Calidris minutilla and Calidris fuscicollis. Density of species varied significantly among estuaries and categories of habitats, but not among months. The category of habitat was the factor that had greatest influence upon variations of densities. The assemblages of birds in open beaches were clearly different from the assemblages of inner habitats, with regard to their species composition and dominance pattern. The species with greatest importance on differentiation between assemblages of beaches and inner habitats were C. alba, N. phaeopus, C. pusilla and C. semipalmatus. Although we suppose that some factors not measured in this study may have exerted influence upon pattern observed, our results suggest that preferences between open beaches and inner habitats may be influencing distribution of species in estuarine landscape. / Vários estudos relatam o uso de ambientes estuarinos por aves limícolas migrantes na América do Sul. No entanto, os padrões de distribuição destas espécies entre os hábitats estuarinos têm sido pouco estudados. O presente estudo teve como objetivo investigar a distribuição de aves limícolas migratórias (Charadriidae e Scolopacidae) e as diferenças na composição e estrutura das assembléias de diversos hábitats nos estuários dos rios Mamanguape, Paraíba do Norte e Goiana, no litoral do estado da Paraíba, Brasil. Para tanto, foram selecionados nove locais para contagem das aves, sendo quatro em hábitats de praia aberta (de frente para o oceano) e cinco em hábitats interiores aos estuários (lamaçais intertidais, uma ilha fluvial e lagoas artificiais de carcinocultura). Em cada local foram realizados censos visuais com o auxílio de um binóculo e uma luneta. Análises estatísticas foram aplicadas para responder as seguintes questões: (i) ocorrem diferenças nas densidades das espécies entre os hábitats? (ii) qual fator exerce maior influência sobre as variações nas densidades? (iii) de que forma os locais de contagem podem ser agrupados com base na estrutura e composição de espécies de suas assembléias de aves? Ao todo, foram realizadas 72 contagens entre os meses de setembro de 2010 e abril de 2011, durante as quais foram registradas 13 espécies de aves limícolas migratórias: Pluvialis squatarola, Charadrius semipalmatus, Limnodromus griseus, Numenius phaeopus, Actitis macularius, Tringa melanoleuca, Tringa semipalmata, Tringa flavipes, Arenaria interpres, Calidris alba, Calidris pusilla, Calidris minutilla e Calidris fuscicollis. A densidade das espécies variou significativamente entre os estuários e as categorias de hábitats, mas não entre os meses de contagem. O fator que exerceu maior influência sobre as variações na densidade foi a categoria de hábitat. As assembléias de aves que frequentaram as praias abertas foram nitidamente diferentes das assembléias dos hábitats interiores, no que diz respeito à sua composição de espécies e o padrão de dominância. As espécies com maior importância na diferenciação entre as assembléias de praia e interior foram C. alba, N. phaeopus, C. pusilla e C. semipalmatus. Apesar de reconhecermos que fatores não mensurados neste estudo podem ter exercido influência sobre o padrão observado, nossos resultados sugerem que a preferência entre hábitats de praia aberta e hábitats interiores aos estuários pode estar influenciando a distribuição das espécies na paisagem.

Made available in DSpace on 2015-09-25T12:18:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ericka Oliveira Cavalcanti Coni 1.pdf: 2089102 bytes, checksum: 5c1509211be13fb75d7c43e4fae12914 (MD5) Previous issue date: 2012-02-28 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Coral reefs are one of the most valuable ecosystems on Earth. However, they have suffered declines over the past four decades. The main factors responsible for the mass mortality of corals are bleaching and disease. In Brazil diseases in corals proliferated up since 2005, threatening to wipe out some of the major endemic species and reef builders. On a global scale, the proliferation of diseases and bleaching is related to the increase in the temperature of the sea surface, while the main factors at the local scale are adding nutrients and proliferation of macroalgae in coastal waters. Despite the recognition of the influence of these factors on the vitality of corals, there is little information about the relative contribution of these different threats. The effects of global impacts can be better understood from comparative studies of coastal areas and control areas isolated and distant from the coast (eg oceanic islands), since the latter suffer less or are free of local impacts. This work has as main objectives: 1) To study the spatial and temporal dynamics in abundance and vitality of coral lone Scolymia wellsi the largest South Atlantic reef complex (Abrolhos Bank, BA), as well as to evaluate the influence of environmental variables and disorders anthropic this region and 2) compare the abundance and vitality of Scolymia spp. between a coastal system (Abrolhos Bank) and an oceanic system (Archipelago of São Pedro and São Paulo archipelago). Due to its geographic isolation, the archipelago is less susceptible to human impacts. Therefore, the results obtained here allow an assessment of the relative influence of local and global impacts on the abundance and vitality (ie proportion of tissue alive and healthy versus diseased tissue and dead) of Scolymia spp. in Brazil. / Os recifes de corais são um dos ecossistemas mais valiosos da Terra. No entanto, eles vêm sofrendo declínios acentuados nas últimas quatro décadas. Os principais fatores responsáveis pela mortalidade em massa de corais são o branqueamento e as doenças. No Brasil as doenças em corais proliferaram-se a partir de 2005, ameaçando de extinção algumas das principais espécies endêmicas e construtoras de recifes. Em escala global, a proliferação de doenças e branqueamento está relacionada com o aumento na temperatura da água superficial do mar, enquanto que os principais fatores em escala local são a adição de nutrientes e proliferação de macroalgas em águas costeiras. Apesar do reconhecimento da influência destes fatores na vitalidade dos corais, existem poucas informações sobre a contribuição relativa destas diferentes ameaças. Os efeitos de impactos globais podem ser mais bem compreendidos a partir de estudos comparativos entre áreas costeiras e áreas-controle isoladas e afastadas da costa (e.g. ilhas oceânicas), uma vez que estas últimas sofrem menos ou são isentas de impactos locais. Esta dissertação tem como objetivos principais: 1) Estudar a dinâmica espacial e temporal na abundância e vitalidade do coral solitário Scolymia wellsi no maior complexo recifal do Atlântico Sul (Banco dos Abrolhos, BA), assim como avaliar a influência de variáveis ambientais e de distúrbios antrópicos nesta região e 2) Comparar a abundância e vitalidade de Scolymia spp. entre um sistema costeiro (Banco dos Abrolhos) e um sistema oceânico (Arquipélago de São Pedro e São Paulo, ASPSP). Devido a seu isolamento geográfico, o ASPSP é menos susceptível a impactos antrópicos. Portanto, os resultados obtidos aqui permitem uma avaliação da influência relativa dos impactos locais e globais na abundância e vitalidade (i.e. proporção de tecido vivo e saudável versus tecido doente e morto) de Scolymia spp. no Brasil.