Notre thèse de pharmacie clinique est une contribution à l’optimisation de l’efficience du traitement antirétroviral (TAR) par des méthodes de modélisation en Côte d’Ivoire. La première étude a été consacrée à une modélisation de la réponse antirétrovirale par taxonomie des trajectoires de taux de CD4 en utilisant un modèle de méta-apprentissage des trajectoires d’indicateurs biomédicaux. Ce modèle appliqué à la taxonomie des trajectoires des taux de CD4 a montré son intérêt dans la mise en évidence de classes distinctes de patients avec des caractéristiques particulières justifiant et/ou déterminant le profil particulier de méta-trajectoires de leur marqueur immunologique au cours du traitement. La deuxième tâche a consisté en une évaluation de l’impact de principaux déterminants des méta-trajectoires de taux de CD4 sur divers types de réponse immunologique à partir d’un modèle explicatif avec une équation de régression logistique. Les réponses immunologiques considérées ont été exprimées en termes d’absence de gain de CD4, de gain sub-optimal et de gain optimal de CD4 à différentes périodes de suivi du TAR. Enfin l’évaluation de l’efficience des stratégies antirétrovirales de première ligne en Côte d’Ivoire, a été abordée dans la dernière partie avec un modèle pharmaco-économique. Nous avons effectué une étude préliminaire ouvrant des perspectives pour encourager la mise en oeuvre d’évaluations pharmaco-économiques complètes par modélisation en Côte d’Ivoire. Elle a permis de mettre en exergue les parties méthodologiques pouvant être sujettes à caution dans une étude de modélisation pharmaco-économique des TAR de première ligne dans un contexte de ressources limitées / Our thesis of Clinical pharmacy is a contribution to optimize the efficiency of antiretroviral therapy (ART) by modeling methods in Côte d'Ivoire. The first study was devoted to modeling the antiretroviral response from taxonomy of CD4 counts trajectories, using a meta-learning model of biomedical markers trajectories. This model applied to the taxonomy of the CD4 counts trajectories showed its interest in the identification of distinct classes of patients with particular characteristics justifying and/or determining the specific profile of meta-trajectories of the immunological marker during treatment. The second task was an assessment of the impact of key determinants of CD4 counts meta-trajectories on various types of immune response from an explanatory model with a logistic regression equation. Antiretroviral immune responses considered were expressed in terms of absence of CD4 gain, sub-optimal gain and optimal gain of CD4 at different periods of follow-up of ART. Finally the evaluation of the efficiency of first-line antiretroviral strategies in Côte d'Ivoire, was discussed in the last part with a projective pharmaco-economic model. We conducted a preliminary exploratory study opening up prospects to encourage the implementation of comprehensive pharmaco-economic assessments by modeling in Côte d'Ivoire. This study helped to highlight the unreliable methodological sections in a pharmaco-economic modeling of first-line ART in resource-limited settings

En Afrique subsaharienne, la croissance démographique et la variabilité climatique génèrent d’importants mouvements de population en direction des espaces protégés. L’installation en périphérie ou à l’intérieur de ces espaces, exposent les populations humaines et les animaux domestiques (qu’elles élèvent) à la piqûre d’insectes-vecteurs capables de transmettre des pathogènes (fièvre jaune, leishmanioses, trypanosomoses etc.). C’est le cas des glossines (ou mouches tsé-tsé), vecteurs de la Trypanosomiase Humaine Africaine (THA ou maladie du sommeil) et de la Trypanosomose Animale Africaine (TAA). En Côte d’Ivoire, la population est passée de 2,6 millions d’habitants (8 hab/km2) en 1950 à 23,1 millions d’habitants (71,6 hab/km2) en 2015. Le processus de déforestation en faveur de l’agriculture (plantations de café, de cacao, d’hévéas, d’anacardier etc.) a provoqué une saturation foncière qui a orienté les populations agricoles en direction des espaces protégés. Cette anthropisation croissante en marge et à l’intérieur des espaces protégés, exposent les populations humaines et animales domestiques à la piqûre des glossines et au risque trypanosomien. L’objectif de cette étude est de rendre compte des processus d’exploitation de territoires situés en marges et à l’intérieur de deux espaces protégés et d’évaluer le risque trypanosomien associé. Dans un premier temps, il s’agit de caractériser les dynamiques de peuplements (création, extension et multiplication des peuplements, augmentation des densités de populations humaines) et les évolutions de l’emprise rurale (superficies cultivées et types de cultures) en périphérie du Parc National de Taï (forêt) et du Parc National de la Comoé (savane). Les activités menées par les populations riveraines en périphérie et au sein de ces espaces protégés sont également étudiées (cueillette, chasse, pêche, pâturage, orpaillage, etc.). Parallèlement, afin d’évaluer le risque, des enquêtes entomologiques (diversité des espèces, densité et infection des glossines), médicales et vétérinaires (séroprévalence, prévalence de la THA et de la TAA) ont été menées. Cette approche « One Health », permet de mesurer l’exposition au risque trypanosomien, en tenant compte de la manière dont les populations humaines exploitent les territoires situés en marge et à l’intérieur d’espaces protégés. Au vu des projections démographiques et des questions foncières à venir qui leurs sont associées, cette thématique apparaît essentielle en vue de l’élimination des trypanosomoses humaines et animales. / In Sub-Saharan Africa, population growth and climatic variability generate significant population movements in direction of protected areas. The installation on the periphery or inside the protected areas, exposes the human populations and the animals that they raise to the bite of insect-vectors able to transmitting pathogens (yellow fever, leishmaniasis, trypanosomosis etc.). This is the case of tsetse flies, vectors of Human African Trypanosomiasis (HAT or sleeping sickness) and African Animal Trypanosomosis (AAT). In Côte d’Ivoire, population increased from 2.6 million (8 people/km2) in 1950 to 23,1 million in 2015 (71,6 people/km2). The process of deforestation for agriculture development (coffee, cocoa, rubber tree and cashew plantations for example) have led to a land saturation, which are oriented agricultural populations towards protected areas. This increasing of anthropic impacts in and around protected areas exposes human and animal populations to tsetse fly bite and trypanosome risk. The objective of this study is to report the process of exploitation of territories situated in margins and inside two protected areas and to evaluate trypanosome risk. More precisely, the first step is to characterize settlement dynamics (creation, extension and multiplication of stands, increase in human population densities) and changes in the rural area (areas cultivated and types of crops) outskirts of the Taï National Park (forest) and the Comoé National Park (savannah). Activities carried out by the surrounding riparian populations and within these protected areas is also studied (gathering, hunting, fishing, grazing, gold panning, etc.). In the same time, in order to assess the risk, entomological surveys (species diversity, density and infection of tsetse flies), medical and veterinary surveys (seroprevalence, prevalence of HAT and AAT) were conducted. This "One Health" approach provides a better understanding of how populations exploit marginal and protected areas and measure trypanosome risk exposure. In view of the demographic projections and future land issues associated, this theme appears essential for the elimination of human and animal trypanosomiasis. This study helps to reach the goal of elimination of THA in Côte d'Ivoire by 2020.

L’amélioration de la survie des enfants demeure au cœur des préoccupations sanitaires en Afrique subsaharienne où la transition sanitaire est en panne depuis 1990. Ce contexte de crise sanitaire est concomitant à une récession économique et à une forte croissance urbaine. L’expansion rapide de la population citadine constitue aujourd’hui un défi majeur de santé publique. A l’instar de ses pairs africains, la Côte d’Ivoire, qui a expérimenté une forte croissance urbaine depuis 1960, a connu au cours des deux dernières décennies une absence de progrès notable en matière de réduction de la mortalité des enfants. L’analyse des tendances selon le milieu de résidence révèle un recul de la mortalité relativement plus important en milieu rural que dans les villes ivoiriennes. Cette situation amène à s’interroger sur les facteurs explicatifs de l’évolution de la mortalité des enfants vivant en milieu urbain ivoirien. L'objectif principal de la thèse est d’appréhender les facteurs explicatifs du ralentissement de la baisse de la mortalité des enfants vivant en milieu urbain ivoirien. L’analyse, basée sur les données démographiques et sanitaires réalisées entre 1994 et 2005, apprécie les effets de l’environnement contextuel démo-économique et sanitaire sur la dynamique de la mortalité et examine l’hypothèse d’une dégradation de la survie dans les milieux urbains pauvres. Deux constats ressortent des analyses. D’une part, il existe un réel ralentissement des progrès en matière d’amélioration de la survie des enfants dans les villes ivoiriennes, notamment à Abidjan. D’autre part, si les inégalités socio-économiques conduisent à des inégalités sanitaires, la dégradation de la survie concerne davantage les enfants des classes moyennes et aisées que ceux des ménages les plus démunis. En outre, la dimension sociale joue un rôle davantage important dans le comportement maternel en matière de recours aux soins: l’utilisation des services de santé étant relativement plus fréquente chez les mères issues de ménages de grande taille ou chez les migrantes. L’analyse révèle également une accentuation de l’influence des facteurs environnementaux sur la survie des enfants entre 1994 et 2005 et une précarité des conditions d’habitat. / Improving child survival remains at the core of health concerns in sub-Saharan Africa where the health transition is down since 1990. This health crisis is concomitant to an economic recession and a rapid urban growth. The rapid expansion of the urban population is now a major public health challenge. Like its African peers, Côte d'Ivoire, which has experienced a rapid urban growth since 1960 has failed to significantly reduce child mortality over the two past decades. The analysis of trends by area of residence reveals a decline in mortality, which is relatively larger in rural areas than in Ivorian cities. This raises questions about the factors explaining the evolution in the mortality of Ivorian city children. The main objective of this thesis is to understand the factors slowing the decline in the mortality of children who live in urban Ivory Coast. The analysis, based on demographic and health data collected between 1994 and 2005, assesses the effects of demographic, economic, contextual environment and health on the dynamics of mortality and examines the hypothesis of deterioration in the survival in poor urban area. Two conclusions emerge from the analysis. On the one hand, there is a real decrease in the progress regarding the improvement of child survival in Ivorian cities, mainly in Abidjan. On the other hand, if the socio-economic disparities lead to health inequalities, the degradation of child survival concerns more middle and upper classes than those of the poorest households. In addition, the social dimension plays a more important role in the maternal behavior regarding health care: the use of antenatal health services is relatively more frequent among mothers from large-size households or among migrants. The analysis also reveals an emphasis of the influence of environmental factors on child survival between 1994 and 2005 and precarious living conditions.

La Zone sismique de Charlevoix-Kamouraska (ZSCK) est la plus active de l'est du Canada. En dépit de cette forte activité, la récente colonisation du Québec limite les archives sismiques historiques aux 400 dernières années. Au Québec, plusieurs séismes provenant de la ZSCK et la Zone sismique de l'Outaouais (ZSO) ont atteint une magnitude égale ou supérieure à 6 sur l'échelle de Richter et ont causé des glissements de terrain depuis la déglaciation (Lamontagne, 1987). Reconstituer l'activité des zones sismiques au sud du Québec est donc primordial pour la gestion des risques naturels de la région, vu l'établissement d'une grande densité de population sur les argiles sensibles des mers postglaciaires. L'utilisation d'échosondeurs multifaisceaux permet la cartographie complète à haute résolution de la morphologie et l'identification de la dynamique sédimentaire dans les bassins lacustres. De façon complémentaire, les profils de sous-surface établissent un cadre stratigraphique alors que les carottes sédimentaires fournissent d'importantes informations sur les taux et processus de déposition. L'utilisation d'une telle approche dans le Lac Maskinongé, le Lac Mékinac, le Lac-aux-Sables et le Lac Saint-Joseph, tous situés sous l'influence de la ZSCK et/ou la ZSO, permet de reconstituer l'histoire sismique postglaciaire à partir des enregistrements sédimentaires de mouvements de masse subaquatiques présents dans leur bassin. Les données acquises entre 2012 et 2014 indiquent que ces bassins lacustres ont tous été fortement perturbés par des mouvements de masse subaquatiques durant l'Holocène, soit de la déglaciation à aujourd'hui et, ce, sur ≥ 36% de leur superficie. En utilisant les taux de sédimentation dérivés de l'activité radio-isotopique du 210Pb, lesquels varient entre 0,07 cm/an et 0,18 cm/an selon le lac, trois épisodes de tremblements de terre majeurs ont pu être datés : 1) lors de la déglaciation (vers 12,4 à 10,1 Ka BP dans la région d'étude) (par ex. : Shaw et al., 2006; Occhietti et al., 2011); 2) vers 810 ± 370 AD; et 3) 1663 AD (M ≥ 7) (Lamontagne, 1987; Locat, 2011). Les résultats suggèrent aussi qu'un tremblement de terre de forte intensité s'est produit vers 810 ± 370 AD, indiquant que le centre-sud du Québec peut être aussi soumis à d'importants séismes.

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

Cette thèse a pour but d'améliorer la compréhension des interconnexions entre les processus hydro-sédimentaires et l'évolution morphologique du littoral guyanais, formés à partir des énormes apports sédimentaires amazoniens. Elle s'appuie sur trois échelles spatiales : la côte des Guyanes, le banc de vase et la vasière. L'amortissement des houles à la côte ainsi que les processus de migration des bancs ont été étudiée à l'échelle de la côte des Guyanes. Ce travail apporte une vision structurelle des zones subtidales des bancs et met aussi en évidence les différents processus et forçages (houle, courant) responsables du transport sédimentaire, en fonction de la bathymétrie (> 5 m et < 5 m). L'évolution morphologique du banc de Kourou et des surfaces de mangrove côtières associées, ont aussi été étudiées. Un lien a ainsi été exposé entre, l'implantation des palétuviers, les régimes de courant et la topographie de la vasière. Cette relation a permis d'aborder l'aspect prédictif de l'expansion des surfaces de mangrove côtière. À l'échelle de la vasière, les zones intertidales sont divisibles en deux secteurs géographiques avec des dynamiques sédimentaires bien distinctes : le front de mer et les zones internes. La morphologie des vasières est abordée, tout comme les processus sédimentaires ayant lieu au niveau de la zone interne. Une méthode de reconstitution des apports sédimentaires de la zone interne est aussi proposée. Cette étude souligne l'importance des interactions entre les sédiments cohésifs et la houle, qui modèlent la morphologie du littoral. Les influences des forçages hydrométéorologiques sur la morphodynamique des bancs de vase et l'évolution du trit de côte sont soumises à discussion. / The aim of this work is to improve the knowledge of the interconnections between hydro-sedimentary processes and Guianese's coastal morphology evolution, formed by the sedimentary Amazon discharge. This subject follows three spatial scales : the Guianese's Coast, the mud bank and the mudflat. Coastal waves damping by mud and migration process have been studied at the Guianese's Coastal scale. This study also gives a structural vision of subtidal part of banks and highlights the various processes and hydrodynamics conditions needed for sedimentary transport, for two bathymetric areas (> 5 m and < 5 m depth). The morphological evolution of Kourou's mud bank and the associated surfaces of coastal mangrove are also analysed. A link between mangrove colonisation, currents and the mudflat topography is highlighted. This relation allows a discussion about predictive aspect of the mud banks colonisation by mangrove. At the mudflat scale, intertidal part is divided in two areas with different sedimentary dynamic processes : sea front and internals zones. The morphologycal structure and the sedimentary processes of internals zones are analysed. An historical reconstitution method of sedimentary supplies is also proposed. This study underlines morphological coastal changes sensitivity to hydro meteorological forcing and interactions between cohesive sediment and swells which seems to lead the morphological coastal evolution.

La présente étude cherche à lever certaines des lacunes de l'analyse microéconomique des relations d'emploi du large « secteur informel » des économies en développement, considéré à tort comme un marché de type walrasien. S'appuyant sur une enquête menée auprès de travailleurs de la petite industrie abidjanaise, en Cote d'Ivoire, la thèse établit une taxonomie des relations d'emploi originale qui est ensuite analysée à l'aide des outils standard de la microéconomie. Cette démarche de vérification des modèles montre que les agents ne se comportent conformément aux prédictions de l'approche néo-classique que lorsque des circonstances sociales spécifiques sont réunies. Cette thèse met ainsi l'accent sur la nécessité d'articuler les approches économiques standard à l'analyse des contextes sociaux dans lesquels se dessinent les décisions des agents.

La découverte d'un grand nombre de vestiges archéologiques immergés, à proximité de la ville actuelle d'Alexandrie, a rendu nécessaire un travail pluridisciplinaire sur les variations relatives du niveau de la mer et la mobilité des paysages côtiers au cours des temps antiques. Une double approche à été suivie : des prospections sous-marines en scaphandre autonome et trois campagnes de carottages. Ce travail a permis de reconstituer l'évolution géomorphologique du littoral d'Alexandrie depuis 6000 ans. La morphogenèse d'un tombolo reliant l'île de Pharos au continent a été étudiée ainsi que le comblement progressif des baies orientales et occidentales. A partir de la fin du IVe s. ap. J.-C., la fondation d'Alexandrie provoque une artificialisation du littoral. L'Heptastade est construit sur le sommet du tombolo. L'aménagement de cette chaussée est à l'origine de deux vastes complexes portuaires. La rade principale, la mieux protégée, occupe la baie située à l'est de l'Heptastade. Plusieurs carottages ont été implantés dans des bassins portuaires antiques. Ces derniers constituent d'excellents pièges à particules qui ont permis de reconstituer l'évolution paléoenvironnementale du littoral et de mettre en évidence la mobilité du trait de côte. Les sédiments qui façonnent le tombolo et colmatent les ports ont une origine nilotique. L'étude des sources sédimentaires a été traitée en utilisant la minéralogie des argiles et les signaux isotopiques en Néodyme et Strontium. Enfin, plusieurs indices témoignent d'une présence des sociétés humaines sur ce littoral antérieure à la fondation de la ville par les grecs. Deux traceurs de l'anthropisation ont été utilisés. Les spectres polliniques montrent une arrivée des céréales avant le IVe av. J.-C. Le signal géochimique en plomb indique des activités métallurgiques dès 2600 av. J.-C.

L'intérêt du cadre de cette étude, la Côte Basque, réside en trois points essentiels : - le contexte géologique général est connu, de même que la géométrie précise des structures, plis et fractures. - Les affleurements, sans cesse rafraîchis par l'action de la mer , permettent une bonne observation des structures, tant dans la verticale par les falaises, que dans l'horizontale sur le platier découvert à marée basse. - Le matériau est un flysch régulièrement stratifié et assez homogène sur tout le secteur. Un tel cadre est donc tout à fait favorable pour tenter de retrouver les mécanismes de plissement d'une série stratifiée, ce qui peut conduire à des règles utilisables dans un cadre beaucoup plus général . Ainsi, les affleurements de la Côte Basque seront-ils utilisés comme un modèle de dimensions assez réduites pour décrire l'évolution cinématique d'une déformation. On cherchera d'abord de façon théorique à définir les divers aspects possibles de ces mécanismes, pour voir ensuite lesquels peuvent se retrouver à l'affleurement dans la zone étudiée, 'est-à-dire la Côte Basque entre Bidart au Nord, et Hendaye au Sud. Des comparaisons seront faites entre différentes zones, selon des méthodes que nous avons jugé nécessaire de rappeler. Ces comparaisons permettront de définir les divers aspects de naissance, développement, évolution des plis . Enfin, il sera intéressant de replacer cette zone plissée basque dans un cadre plus général, et de voir ce que le mécanisme de déformation déduit de cette étude implique pour la tectonique régionale.

La dynamique de la circulation marine en région côtière peut être appréhendée par des moyens d'observation et de modélisation. Si le domaine côtier bénéficie de réseaux de mesure adaptés en résolution et en couverture, la mise en oeuvre d'un outil de modélisation s'avère délicate, particulièrement dans la spécification de conditions initiales et de conditions aux frontières ouvertes appropriées. Cette question de l'estimation des conditions aux limites peut être considérée comme relevant d'une problématique plus générale de détermination des paramètres de fonctionnement d'un modèle à partir de l'information apportée par les observations. Ainsi posé, le problème est abordé par l'outil mathématique du contrôle optimal qui conduit à une opération d'assimilation de données par méthode d'adjoint. L'adaptation et l'application de cette formulation inverse à un problème de modélisation océanographique contrôlé par ses conditions frontières font l'objet de ce travail de thèse. Une approche 4D-variationnelle d'assimilation pour le contrôle des conditions frontières est ainsi développée et implémentée sur la base du modèle aux équations primitives OPA (version 'toit rigide') et de son adjoint existant. L'algorithme d'inversion est validé sur trois expériences d'identification: (i) les perturbations du forçage barotrope sur la frontière ouverte d'un modèle non stratifié sont détectées par l'assimilation de courants de surface pris à l'intérieur du domaine; (ii) le développement d'un courant de densité dans un canal semi infini et homogène est retrouvé à partir de profils hydrologiques distribués en aval; (iii) l'observation du " spin up " d'une circulation de plateau induit par un courant côtier permet d'identifier les conditions amonts prévues par le mécanisme de séparation d'un front de Kelvin barocline en incidence sur un talus. Cette méthode d'assimilation est alors proposée pour des applications s'inscrivant dans la problématique scientifique des échanges côte - large sur la zone du Golfe du Lion. Riche en observations et largement ouverte sur le bassin méditerranéen occidental, cette région est soumise à l'influence du courant Liguro-Provençal qui s'écoule en bord de plateau. L'algorithme d'inversion permet de contrôler cette influence régionale sur la circulation de plateau; il est donc évalué à travers des expériences réalistes menées dans le mode diagnostique. En particulier, la faculté de réseaux d'observation à détecter des épisodes d'intrusion du courant côtier sur le golfe est traitée suivant leur couverture spatiale et temporelle.