Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Les pays africains au sud du Sahara ont vu leur nombre de patients sous traitement antirétroviral (ARV) croître de façon rapide depuis 2005. Si l’impact individuel et collectif de cette montée en puissance des traitements est positif dans l’ensemble, les défis demeurent nombreux en termes de dépistage, d’observance, d’adhésion aux soins, de résistance aux ARV, de dépendance vis-à-vis des bailleurs de fonds, et de disponibilité des personnels. Dans ce contexte, la question du moment idéal pour proposer le début du traitement ARV doit être abordée de façon médicale individuelle (quel est le rapport bénéfices/risques individuel à débuter à des seuils différents ?), mais également de façon collective en terme de bénéfices et risques pour la communauté, d’organisation des soins, d’analyse médico-économique, de prioritisation et d’équité. Cette thèse, qui est une thèse de recherche clinique, aborde le premier volet de la question, celui des bénéfices et des risques pour l’individu à débuter un traitement plus tôt. Sur ce sujet, le raisonnement a beaucoup évolué au cours des 15 dernières années. Après l’arrivée des multithérapies ARV à la fin des années 1990, la crainte de la toxicité des médicaments a d’abord incité à une approche prudente, et à recommander le seuil de début à 200 CD4/mm3 chez les personnes asymptomatiques. Cette crainte de la toxicité a conduit au début des années 2000 à essayer de pratiquer des « interruptions programmées » d’ARV, pour tenter d’obtenir le maintien au dessus d’un seuil de 200 CD4/mm3, tout en limitant l’exposition aux médicaments. Nous avons participé à un de ces essais d’interruptions programmées en Côte d’Ivoire, au cours duquel nous avons contribué à affiner les connaissances sur la toxicité des ARV (Moh, Antivir Ther 2005). Les essais d’interruptions programmées ont conduit à constater que : (i) les personnes qui interrompaient entre 350 et 250 CD4/mm3 avaient plus de risque de morbidité sévère que celles qui n’interrompaient pas, (ii) les personnes qui débutaient leur premier traitement avant 350 CD4/mm3 avaient moins de risque de morbidité que celles qui débutaient plus tard (Moh, AIDS 2007), et (iii) dans l’essai d’interruption Trivacan réalisé en Côte d’Ivoire, cette morbidité sévère intermédiaire était plus fréquente que dans l’essai SMART réalisé sur d’autres continents, et avait un spectre différent, dominé par la tuberculose et les maladies bactériennes sévères. Les conclusions de ces essais ont donc été que le traitement ARV devait être débuté beaucoup plus tôt que ce qui était auparavant recommandé, et que ceci était probablement encore plus vrai en Afrique sub-Saharienne que dans le reste du monde. En 2008, nous avons lancé en Côte d’Ivoire l’essai Temprano ANRS 12136, dont l’objectif est d’évaluer les bénéfices et risques d’un traitement ARV précoce avec ou sans 6 mois de prophylaxie par isoniazide (INH) chez des adultes infectés par le VIH-1 ayant entre 250 et 800 CD4/mm3. De Mars 2008 à Juillet 2012, 2076 adultes ont été inclus dans l’essai Temprano, dont le suivi se terminera en décembre 2014. L’état du suivi est bon, et les incidences de morbidité et mortalité actuellement constatées sont conformes aux hypothèses du protocole. La pratique de la prophylaxie par INH s’avère bien tolérée, et la procédure choisie par notre équipe (radiographie de thorax systématique et période tampon d’observation de un mois avant le début de l’INH) apporte une grande sécurité de prescription (Moh, Plos One, manuscrit en révision). Notre équipe a traversé une crise politico-militaire au 1er semestre 2011, qui n’a pas eu de retentissement sur la qualité de l’essai en cours. Cette crise a par contre eu des effets délétères pour les patients sous traitement ARV, puisque les échecs virologiques retardés sont significativement associés au fait d’avoir été sous traitement pendant cette période (Moh, manuscrit soumis). . / The African countries situated in the South of the Sahara have seen their number of patients under antiretroviral therapy (ART) grow rapidly since 2005. If the individual and collective impact of this rise of the treatments is positive overall, challenges remain in terms of screening, compliance, accession to care, resistance to ARTs, dependence on donors, and availability of the staff. In this context, the question of the ideal time to propose initiation of ART must be addressed in the individually medical way (what is the individual benefit-harm ratio to start at different thresholds?) but also collectively in terms of benefits and risks for the community, organization of care, medico-economic analysis, prioritization and equity. This thesis, which is a clinical research thesis, addresses the first part of the question, the benefits and risks for the individual to start treatment earlier. On this subject, the rationale has changed considerably over the past 15 years. After the arrival of ART multitherapy at the end of the 1990s, the fear of drug toxicity first prompted a cautious approach, and to recommend the threshold from beginning to 200 CD4/mm3 in the asymptomatic people. This fear of toxicity led in the early 2000s to try to practice "scheduled interruptions" of ARTs, to try to get the maintenance above a threshold of 200 CD4/mm3, in limiting exposure to the drug. We have participated in one of these trials of interruptions programmed in Côte d'Ivoire, in which we have helped to refine the knowledge on the toxicity of ARTs (Moh, Antivir Ther 2005). Testing scheduled interruptions led to see that: (i) persons who interrupted between 350 and 250 CD4/mm3 had greater risk of severe diseases than those who didn’t interrupt, (ii) persons who started their first treatment prior to 350 CD4/mm3 had less risk of morbidity than those who started later (Moh, 2007 AIDS), and (iii) in trial interruption Trivacan launched in Côte d'Ivoire, this intermediate severe morbidity was more frequent than in the SMART trial carried out on other continents, and had a different spectrum dominated by tuberculosis and severe bacterial diseases. The findings of these trials were that the ART should be started much earlier than was previously recommended, and that this was probably even truer in sub-Saharan Africa than in the rest of the world. In 2008, we launched in Ivory Coast the clinical trial, Temprano ANRS 12136, whose objective is to assess the benefits and risks of early ART with or without 6 months of prophylactic isoniazid (INH) in HIV-1 infected adults with CD4 250 and 800/mm3. From March 2008 to July 2012, 2076 adults were included in the trial Temprano, which follow-up will be completed by December 2014. The state of the follow-up is good, and the impact of morbidity and mortality currently observed are consistent with the assumptions of the Protocol. The practice of INH prophylaxis is well tolerated, and the procedure chosen by our team (systematic chest x-ray and period buffer observation of one month before the beginning of the INH) brings a prescription safety (Moh, Plos One manuscript in review). Our team went through a crisis politico-military 1St half 2011, which had no impact on the quality of the ongoing trial. This crisis has however had deleterious effects for patients under ART, since delayed virological failure are significantly related to the fact of having been under treatment during this period (Moh, submitted manuscript).

A l’ère de l’objectif cible « 90-90-90 » de l’ONUSIDA de réduction de la pandémie liée à HIV, il est important d’évaluer régulièrement la cascade de prise en charge des personnes vivant avec le virus HIV afin d’en vérifier l’avancement et d’identifier d’éventuels obstacles à sa réalisation. Pour cela nous avons étudié tout d’abord efficacité du traitement antirétroviral (TAR) dans le sang de personnes nouvellement dépistées séropositives à Bamako (Mali). Dans un deuxième travail nous avons évalué la faisabilité des tests de charge virale et de résistance génotypique aux antirétroviraux à partir de sang total séché sur un support de type buvard (DBS). La troisième partie de nos travaux était consacrée à des aspects plus physiopathologiques avec l’évaluation du traitement sur les réservoirs salivaires et génitaux (patients de Bamako) et sur le microbiote vaginal, ainsi que l’étude du profil de résistance des souches archivées dans l’ADN cellulaire de biopsies rectales. Nous avons tout d’abord observé un taux important de perdus de vue à un an dans la cohorte de Bamako (environ 45%). Nous avons également constaté un taux élevé de résistance primaire aux ARV à Bamako et au Tchad (>15%). De manière rassurante, le succès virologique au bout de 1 an chez les personnes traitées était d’environ 90% ce qui correspond à l’objectif de l’ONUSIDA (3ème 90) et un faible niveau de mutations acquises a été observé chez ces personnes adhérentes au traitement. Nous avons démontré l’efficacité du TAR sur le compartiment salivaire et constaté une compartimentation du virus au niveau cervico-vaginal chez certaines femmes traitées (27%) présentant une excrétion virale au niveau vaginal avec une charge virale plasmatique indétectable et/ou des séquences génétiques différentes sur le gène pol entre le virus isolé dans la muqueuse et celui provenant du sang. De plus, une dysbiose était observée avant la mise sous traitement, avec normalisation de la flore sous TAR efficace. En ce qui concerne le travail sur les biopsies rectales, des profils similaires ont été observés entre la souche plasmatique majoritaire au moment de la mise sous TAR et celle archivée dans le rectum 1 à 5 ans après traitement. En conclusion, nos travaux apportent des informations nouvelles sur le déroulement des différentes étapes de la prise en charge de l’infection par HIV dans les pays en développement : tout d’abord une faible adhésion au traitement ce qui peut constituer un obstacle majeur à la réalisation du plan 90/90/90 ; une forte prévalence de la résistance primaire qui plaident en faveur de l’accessibilité aux différentes classes d’antirétroviraux et de leur utilisation rationnelle, de l’utilisation généralisée en routine des tests de charge virale et du développement d’un réseau de surveillance de la résistance aux ARV dans les pays à ressources limitées ; des données d’efficacité de traitement sur les réservoirs muqueux mettant en évidence l’existence d’une dysbiose et d’une compartimentation du virus au niveau génital ce qui pose le problème du risque résiduel de transmission chez certaines personnes, même sous ARV. / Regularly assess to UNAIDS cascade 90-90-90 is important to check the progress and identify any obstacles to its implementation. For this we first studied efficacy of antiretroviral treatment (ART) in the blood of newly diagnosed HIV-positive in Bamako (Mali).In a second work we evaluated the feasibility of viral load and genotypic resistance tests from dried blood spot (DBS). The third part of our work is dedicated to pathophysiological aspects with evaluation of treatment on salivary and genital reservoirs (Bamako patients) and on the vaginal microbiota, as well as the study of the resistance profile of the strains archived in cellular DNA of rectal biopsies. We observed a high rate of lost to follow-up at one year in the Bamako cohort (45%). We also found a high rate of ART primary resistance in Bamako and Chad (> 15%). Reassuringly, the virological success after 1 year of treated follow was about 90% in these adherents. We also demonstrated the efficacy of ART in the salivary compartment and found a compartmentalization of the virus at the cervico-vaginal level in some women under ART. In addition, a dysbiosis was observed before ART, and a normal flora under effective ART. Similar profiles were observed on the main strain isolated in blood at the time of diagnosis and on the archived strain in the rectum after 1 to 5 years of ART.In conclusion, our work provides new information on the progress of the treatment stages of HIV infection in developing countries: low adherence to treatment which can constitute a major obstacle to achieve the plan 90/90/90; a high prevalence of primary resistance advocating accessibility and rational use of different classes of antiretrovirals drugs, widespread routine use of viral load tests and the development of ARVs resistance surveillance network in resource-limited countries; treatment efficacy data on mucosal reservoirs revealing the existence of genital dysbiosis and viral compartmentalization, which raises the problem of the residual risk of transmission in some people, even under ARVs.

Peu d'études ont étudié l'impact du traitement antirétroviral sur l'activation et l'inflammation chez les patients infectés par le VIH. Ces études ont inclus des personnes ayant un contrôle virologique variable, ce qui explique leurs résultats discordants. Les objectifs de ce travail étaient d'évaluer l'évolution des marqueurs d'activation et d'inflammation chez les patients initiant un traitement antirétroviral avec un succès virologique rapide et persistante au cours de 2 ans, et d'identifier les facteurs associés à la persistance des niveaux élevés des marqueurs post-traitement. De plus, comparer l'impact des différents traitements antirétroviraux sur l'évolution des marqueurs.Mon travail a permis de montrer qu'avant l'initiation de traitement, les niveaux d'IL-6, IP-10, MIG et sCD14 étaient plus élevés chez les patients que chez les témoins VIH-séronégatifs. Après deux ans, les niveaux d'IL-6, IP-10 et MIG ont diminué significativement alors qu'aucun changement de CRP-us et de sCD14 n'a été observé. Les niveaux élevés d'IP-10 et MIG ont été associées à l'âge. La seule différence observée entre les traitements était une moindre diminution d'IP-10 et MIG avec l'ATV/r qu'avec l'EFV.Ces résultats suggèrent que le contrôle virologique rapide et persistant sous traitement antirétrovirale est nécessaire mais pas suffisant pour atténuer l'activation immunitaire et l'inflammation. L'initiation de traitement antirétroviral avec un meilleur impact sur l'activation immunitaire pourrait être considérée en particulier chez les patients âgés. La mesure des marqueurs d'activation immunitaire pourrait être un critère utile lors de l'évaluation de nouvelles molécules antirétrovirales.

La majorité des infections par le VIH de l’enfant sont acquises par transmission de la mère à l’enfant en période périnatale. Le fait que le système immunitaire des nourrissons soit « immature » par certains aspects et le fait que le virus transmis ait déjà échappé au contrôle de l’environnement immunitaire maternel, génétiquement proche de celui de l’enfant, sont probablement responsables du risque important que l’évolution naturelle soit extrêmement rapide lorsque l’infection est acquise en tout début de vie. En l’absence d’un traitement antirétroviral, la réplication virale va en effet se maintenir à un niveau très élevé pendant les premières années de vie chez tous les enfants et jusque 25% d’entre eux vont évoluer jusqu’au stade SIDA ou le décès durant leur 1ère année de vie. L'utilisation des traitements antirétroviraux puissants actuellement disponibles permet de réduire drastiquement la réplication virale et a profondément modifié le pronostic de l’infection par le VIH. D’une infection inéluctablement fatale, elle est devenue une affection chronique peu ou pas évolutive pour autant que le traitement antirétroviral soit pris de façon ininterrompue. Dans ce travail, nous présentons les résultats d’une étude prospective qui incluait les patients chez qui un traitement antirétroviral efficace était débuté pour la première fois. Nous avons pu démontrer que le nombre de lymphocytes CD4+ naïfs était d’autant plus rapidement reconstitué après l’initiation d’un traitement antiviral que celui-ci avait été débuté jeune. Non seulement les patients restauraient leurs nombres de cellules CD4+, et leurs cellules CD4+ naïves en particulier, mais des tests plus fonctionnels des lymphocytes (réponses lymphoprolifératives aux mitogènes) montraient également une nette amélioration sous traitement antirétroviral. Malgré cela, certaines anomalies, et en particulier l’activation des lymphocytes CD8+ persistaient après un an de traitement.Dans une étude cross-sectionnelle ayant inclus 46 patients, nous avons ensuite démontré qu’un traitement antirétroviral de longue durée débuté lorsque l’immunodépression est déjà sévère permet de récupérer des réponses lymphoprolifératives semblable à celles des progresseurs lents, y compris contre un antigène spécifique du VIH ce qui n’est généralement pas le cas chez les adultes. Toutefois, des altérations dans la sécrétion des cytokines en réponse à un mitogène (la phytohémagglutinine) persistent, et la sécrétion de cytokines après stimulation par un antigène spécifique du VIH est biaisée vers une réponse de type Th2, montrant encore une fois que si les capacités d’immunorestauration des enfants sont très importantes, des anomalies immunitaires persistent même après un traitement de longue durée lorsque le traitement est débuté à un stade avancé dans l’évolution de la maladie.Dans le contexte de l’absence d'espoir d'atteindre l'éradication du virus par la seule utilisation des drogues antirétrovirales, la caractérisation du phénotype des patients « non progresseurs » prend tout son sens. Nous avons donc axé notre travail suivant sur la caractérisation des patients chez qui la maladie progresse lentement et qui gardent une réplication virale basse sans prendre de traitement antirétroviral. Ces patients ont une faible activation et une faible différentiation de leurs lymphocytes CD4+ et un profil particulier de réponses CD4 vis-à-vis de la protéine Gag du VIH.Enfin, la dernière partie du travail décrit les bénéfices de ces traitements lorsqu’ils sont administrés très précocement (dans les 2 mois après la naissance) et le devenir à long terme de ces enfants en se basant sur la cohorte suivie au sein du CHU Saint-Pierre. L’histoire naturelle de l’infection par le VIH de l’enfant contaminé par sa mère est en effet caractérisée par une évolution bi-modale. Trois quarts des enfants infectés vont avoir une évolution comparable aux patients infectés à l’âge adultes, mais le dernier quart aura une évolution beaucoup plus rapide menant au développement d’une affection classant l’enfant au stade SIDA ou au décès dans la première année de vie. De plus, à cet âge, il y a un large recouvrement entre les valeurs des taux de lymphocytes CD4+ des enfants qui vont évoluer rapidement ou plus lentement. Nous avons participé activement à la démonstration qu’un traitement antirétroviral très précoce est très bien supporté par les nourrissons, est capable d’empêcher la réplication virale de façon durable et réduit la quantité de DNA proviral intracellulaire prévenant de ce fait les manifestations cliniques ou biologiques de l’infection. Alors que les adultes infectés par le VIH expriment quasi toujours des anticorps contre le VIH, même lorsqu’ils sont traités très précocement par une trithérapie, les enfants traités précocement deviennent souvent séronégatifs. Ils perdent les anticorps spécifiques contre le VIH transmis durant la grossesse mais n’en sécrètent pas par la suite, alors qu’ils peuvent les synthétiser dès que le traitement antirétroviral est interrompu. Ces patients traités très précocement ont un profil particulier caractérisé par un système immunitaire non altéré par l’infection par le VIH mais aussi par l’absence de défenses spécifiques contre ce virus et un réservoir viral très faible. / Doctorat en Sciences médicales (Médecine) / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Les enfants infectés par le VIH en Afrique subsaharienne sont exposés à un risque de malnutrition élevé au cours de leur vie. Or, les données sur la nutrition chez ces enfants sont encore limitées en Afrique de l’Ouest. L’objectif global de cette thèse est d’étudier la relation entre nutrition et infection par le VIH, chez les enfants infectés vivant en Afrique de l’Ouest. Plus spécifiquement, il s’agit d’estimer la prévalence de la malnutrition, de décrire l’évolution de la croissance après l’initiation du traitement antirétroviral, et d’évaluer des interventions nutritionnelles à intégrer au sein de la prise en charge pédiatrique du VIH. Les principaux résultats montrent une prévalence élevée de la malnutrition chez ces enfants, proche de 50 % avant la mise sous traitement antirétroviral. L’initiation du traitement a des effets positifs sur la croissance, d’autant plus important que l’initiation se fait de façon précoce. Un déficit pondéral est plus facilement corrigeable qu’un déficit statural, mais une part non négligeable d’enfants continue d’être malnutrie même après deux ans de traitement. En complément du traitement antirétroviral, des interventions de soutien nutritionnel sont donc nécessaires pour lutter contre la malnutrition chez ces enfants. Celles évaluées sont efficaces pour ceux malnutris aigues, mais pas pour ceux avec une malnutrition chronique. De plus, la croissance peut être un marqueur utile de la progression du VIH pédiatrique.L’intégration de la prise en charge nutritionnelle au sein de la prise en charge globale du VIH pédiatrique est possible en Afrique de l’Ouest, mais d’autres études et des actions de plaidoyer sont à développer pour l’adapter au mieux. / HIV-infected children in sub-Saharan Africa are exposed to high risk of malnutrition duringtheir life. However, data on the nutrition of HIV-infected children are still limited in West Africa.Thus, the main objective of this thesis is to better investigate the link between nutrition and HIVinfection among HIV-infected children in West Africa. More specifically, it is aimed to estimate theprevalence of malnutrition, to describe growth evolution after antiretroviral treatment initiation, andto assess proposed nutritional interventions to integrate to pediatric HIV care. The main results showa high prevalence of malnutrition among these children, around 50% before antiretroviral treatmentinitiation. This initiation had positive effects on growth evolution; all the more important whenantiretroviral treatment is early initiated. Weight deficiency is easier to recover than heightdeficiency, but a substantial part of children stay malnourished even after two years of treatment. Inaddition to antiretroviral treatment, nutritional support interventions are needed to fight againstmalnutrition among these children. Those assessed were efficient for acute malnourished children,but not for those with chronic malnutrition. Furthermore, growth could be a useful marker of HIVprogression. Integration of nutritional care into global pediatric HIV care is possible in West Africa,but further studies and advocacy work have to be developed to better adapt it.

L'infection par le VIH représente toujours un problème de santé publique majeur, en particulier en Afrique sub-saharienne. Le passage à l'échelle des traitements antirétroviraux est un enjeu majeur, et implique une véritable cascade de soins, c'est à dire un continuum entre l'infection, son dépistage, sa prise en charge, son suivi clinique et biologique au long cours et l'obtention d'une charge virale indétectable – marqueur du contrôle de l'infection –. Seule la décentralisation des programmes de prise en charge permet d'élargir l'accès à ce continuum de soins. Dans cette thèse, nous explorerons certains des écueils rencontrés dans le cadre de la décentralisation de l'accès aux antirétroviraux, en nous appuyant sur des études menées de 2006 à 2013 dans la région du Centre du Cameroun. Dans un premier article, l'impact de la délégation des tâches des médecins vers les infirmiers est évalué au travers de la cohorte de patients suivis dans les 9 hôpitaux de District ruraux de l'essai clinique Stratall. Notre analyse montre que cette solution pour pallier le déficit de médecins préserve les résultats cliniques et biologiques des patients sur les deux premières années de traitement. Dans un deuxième article, la pertinence de différents critères définissant l'échec thérapeutique est évaluée pour prédire l'apparition de résistance du VIH aux antirétroviraux. Nonobstant les difficultés de déploiement des outils du suivi biologique, nos résultats soulignent l'importance de l'évaluation de la charge virale pour prédire l'apparition de cette résistance, et en particulier d'une deuxième mesure rapide après la première notion de détectabilité pour effectuer un changement pour une seconde ligne de traitement dans les meilleurs délais. Le troisième volet de la thèse s'intéresse aux difficultés liées aux individus, en particulier liées au sexe. Nos résultats montrent que les hommes sont plus vulnérables à l'échec thérapeutique que les femmes malgré une observance similaire. Enfin le quatrième volet fait le bilan d'une prise en charge de routine, à l'hôpital de District de Mfou au Cameroun. Nos résultats s'ajoutent à ceux déjà publiés pour permettre de formuler des recommandations de santé publique sur la délégation des tâches et la définition de l'échec. Ils soulèvent également des perspectives de recherche en mettant à mal le paradigme de l'observance pour expliquer une différence d'efficacité thérapeutique entre hommes et femmes en zone décentralisée. / HIV infection remains a major public health concern, especially in sub-Saharan Africa. Scaling up antiretroviral treatment is a major challenge, and requires a genuine cascade of care, i.e. a continuum between infection, diagnosis, care, clinical and laboratory follow-up and achievement of an undetectable viral load – the proxy for infection control -. Decentralization of programs is a prerequisite to widen access to this continuum of care. In this thesis, we will explore some of the pitfalls encountered in the context of decentralization of antiretroviral treatment, through the analysis of data retrieved from 2006 to 2013 in studies performed in the Center Region of Cameroon. In a first article, the impact of task shifting from doctors to nurses is assessed using data from the cohort of patients followed in the nine rural district hospitals of the Stratall trial. Our analysis shows that this solution to address the shortage of physicians preserves the clinical and biological outcomes of patients in the first two years of antiretroviral treatment. In a second article, the accuracy of several criteria for identifying treatment failure is assessed for predicting the onset of HIV drug resistance. Notwithstanding the difficulties of deploying biological monitoring tools, our results highlight the importance of evaluating viral load to predict the emergence of resistance, and particularly rapid re-testing after the first notion of detectability to switch patients to second line in a timely manner. The third part of the thesis handles individual issues, and more specifically the gender issue. Our results show that men and women followed in decentralized areas reach similar levels of adherence, but that men's vulnerability under treatment - especially through higher failure rate- is independent of adherence. Finally, the fourth part focuses on routine care provided in the District Hospital of Mfou, Cameroon. Our results add to the growing body of evidence to enable the formulation of public health recommendations on task shifting and definition of treatment failure. They also raise research perspectives as they impair the paradigm of adherence to explain a difference in treatment efficiency between men and women.

Peu d'études ont étudié l'impact du traitement antirétroviral sur l'activation et l'inflammation chez les patients infectés par le VIH. Ces études ont inclus des personnes ayant un contrôle virologique variable, ce qui explique leurs résultats discordants. Les objectifs de ce travail étaient d'évaluer l'évolution des marqueurs d'activation et d'inflammation chez les patients initiant un traitement antirétroviral avec un succès virologique rapide et persistante au cours de 2 ans, et d'identifier les facteurs associés à la persistance des niveaux élevés des marqueurs post-traitement. De plus, comparer l'impact des différents traitements antirétroviraux sur l'évolution des marqueurs.Mon travail a permis de montrer qu'avant l'initiation de traitement, les niveaux d'IL-6, IP-10, MIG et sCD14 étaient plus élevés chez les patients que chez les témoins VIH-séronégatifs. Après deux ans, les niveaux d'IL-6, IP-10 et MIG ont diminué significativement alors qu'aucun changement de CRP-us et de sCD14 n'a été observé. Les niveaux élevés d'IP-10 et MIG ont été associées à l'âge. La seule différence observée entre les traitements était une moindre diminution d'IP-10 et MIG avec l'ATV/r qu'avec l'EFV.Ces résultats suggèrent que le contrôle virologique rapide et persistant sous traitement antirétrovirale est nécessaire mais pas suffisant pour atténuer l'activation immunitaire et l'inflammation. L'initiation de traitement antirétroviral avec un meilleur impact sur l'activation immunitaire pourrait être considérée en particulier chez les patients âgés. La mesure des marqueurs d'activation immunitaire pourrait être un critère utile lors de l'évaluation de nouvelles molécules antirétrovirales. / The impact of antiretroviral therapy on immune activation and inflammation markers has been examined in few studies with variable results. These studies included individuals with variable levels of virologic control, explaining partially their variable results. The aims of my work were to evaluate the evolution of immune activation and inflammation markers among patients initiating first-line cART with rapid and persistent virological success through two years and to identify factors associated with elevated levels of these markers post-cART. In addition, the impact of different antiretroviral drugs on these markers was compared in a group of patients who kept their initial therapy over two years.My work showed that at cART initiation, IL-6, IP-10, MIG and sCD14 levels were higher in HIV-infected patients than in HIV-seronegative controls. After two years of effective cART, IL-6, IP-10 and MIG levels declined significantly while no change of sCD14 and hs-CRP levels was observed. Elevated levels of IP-10 and MIG persisted in some patients who tended to be older. The only observed difference between different antiretroviral drugs was a smaller decrease of IP-10 and MIG in patients receiving ATV/r compared to patients receiving EFV.These findings suggest that early and persistent virological control under cART is useful but might not be sufficient to attenuate immune activation and inflammation. Earlier initiation of cART regimens with more potent effect on immune activation and inflammation merits evaluation, in particular, in old patients. The measurement of immune activation markers could be useful criteria when evaluating antiretroviral drugs.

Fléau mondial depuis des millénaires, la tuberculose (TB) a régressé dans la deuxième moitié du 20ème siècle avant de connaitre une résurgence à partir des années 1980 à la faveur de la pandémie du VIH. Les deux maladies se potentialisent mutuellement et forment un « couple infernal ». En Afrique, la TB est la première cause de mortalité des adultes infectés par le VIH, quel que soit leur niveau d’immunité. Une des mesures pour lutter contre la TB associée au VIH est la chimioprophylaxie, consistant à traiter une infection tuberculeuse latente pour prévenir l’évolution vers une TB maladie. La mieux évaluée, consiste à prescrire 6 à 12 mois de monothérapie d’isoniazide (Isoniazid Preventive Therapy, IPT). Depuis 1993, l’OMS recommande la prescription de 6 mois d’IPT chez toutes les personnes infectées par le VIH sans signe de TB active. Malgré des preuves scientifiques solides à l’appui de cette recommandation, l’utilisation de l’IPT est toujours restée faible. Avant notre travail, trois raisons expliquaient cette faiblesse : (i) la crainte qu’une chimioprophylaxie mal appliquée ne favorise l’émergence de résistances ; (ii) le fait que les essais avaient démontré l’efficacité de l’IPT pour réduire l’incidence de TB, pas pour réduire la mortalité ; (iii) le fait que les essais d’IPT avaient eu lieu en majorité avant l’ère des antirétroviraux (ARV), chez des personnes très immunodéprimées. Les ARV permettant également de réduire le risque de TB en faisant régresser l’immunodépression, certains considéraient que l’IPT était devenue inutile. Dans cette thèse nous faisons d’abord un rappel des connaissances essentielles sur l’infection par le VIH, la TB, l’association TB/VIH, et le concept de chimioprophylaxie antituberculeuse. Puis nous exposons les résultats de l’analyse du suivi prolongé de l’essai randomisé Temprano ANRS 12136, qui s’est déroulé entre 2008 et 2015. Cet essai a suivi 2056 adultes infectés par le VIH dans 9 centres de soins à Abidjan. Les participants qui avaient des CD4 élevés (moyenne 477/mm3) étaient randomisés en 4 bras pour étudier deux interventions : 6 mois d’IPT (reçu vs. non reçu) et ARV (début immédiat vs. début différé). Les participants ont été suivis pendant 4,9 ans en moyenne. 89% d’entre eux ont débuté des ARV. Pendant le suivi, il y a eu 86 décès, 34 dans le groupe avec IPT (probabilité à 6 ans : 4,1% ; IC95% 2,9–5,7) et 52 dans le groupe sans IPT (probabilité à 6 ans: 6,9% ; 5,1–9,2). Le Hazard ratio de décès dans le groupe avec IPT par rapport à l’autre groupe était 0,63 (95% CI 0,41-0,97). Il n’y avait pas d’interaction entre IPT et ARV précoce, ni entre IPT et le temps. Ces résultats ont été publiés dans The Lancet Global Health. Enfin nous discutons ces résultats avec ceux des essais d’IPT précédents, dans une revue critique de la littérature analysant les données d’efficacité et de tolérance, les déterminants de l’efficacité, et les risques de résistance. Nous montrons que l’essai Temprano complète et élargit le spectre des connaissances, et que les preuves scientifiques accumulées depuis 1993 jusqu’à l’essai Temprano inclus suggèrent que les ARV modifient certains paramètres de l’IPT qu’on pensait solidement établis. Avant l’ère des ARV on considérait que l’efficacité de l’IPT était forte chez les personnes avec IDR positive mais très faible voire inexistante chez les personnes avec IDR négative, qu’il y avait une perte d’efficacité de l’IPT au cours du temps et que l’IPT n’avait pas d’effet sur la mortalité. Avec les ARV, on voit que l’IPT est efficace quel que soit le résultat des tests tuberculiniques, que cette efficacité est prolongée, et qu’elle se traduit non seulement par une réduction de la TB mais aussi de la mortalité. L’IPT reste donc une intervention d’une grande actualité à l’ère des ARV. Ces résultats devraient convaincre les pays jusque-là réticents à appliquer les recommandations de l’OMS. / Tuberculosis (TB) has been a worldwide scourge for millennia. It has regressed in the second half of the 20th century before resurging in the 1980s because of the HIV pandemic. Both diseases potentiate each other and form a "cursed duet". In Africa, TB is the leading cause of mortality among HIV-infected adults, regardless of their level of immunity. One of the measures to fight HIV-associated TB is chemoprophylaxis, which consists in treating latent TB infection to prevent the progression to TB disease. The most evaluated chemoprophylaxis, referred to as "Isoniazid Preventive Therapy" (IPT), consists in prescribing 6 to 12 months of isoniazid monotherapy. Since 1993, WHO recommends the prescription of 6 months of IPT in all HIV-infected persons who do not have evidence of active TB. Despite strong scientific evidence to support this recommendation, the use of IPT has remained low. Before our work, there were three reasons for this:(i) people feared that chemoprophylaxis might favor the emergence of resistance to TB drug; (ii) the IPT trials demonstrated the effectiveness of IPT in reducing TB incidence, not in reducing mortality; (iii) most IPT trials took place before the antiretroviral treatment (ART) era, in highly immunocompromised individuals. As ART also reduces the risk of TB by decreasing immunosuppression, some people considered that IPT had become useless. In this work, we first go over the basic knowledge about HIV infection, TB, the combination of the two diseases, and the concept of antituberculous chemoprophylaxis. Then we present the results of the long-term follow-up of the Temprano ANRS 12136 randomized trial, which took place between 2008 and 2015. This trial followed 2056 HIV infected adults in 9 care centers in Abidjan. Participants with high CD4 counts (mean: 477 cells/mm3) were randomized into 4 arms to study two interventions: 6 months of IPT (received vs. not received) and early ART (immediate initiation vs. delayed initiation). Participants were followed for an average of 4.9 years. Eighty nine percent of participants received ART. During follow-up, there were 86 deaths, 34 in patients randomized to IPT (6-year probability: 4.1%, 95% CI 2.9-5.7) and 52 in those randomized to no-IPT (6-year probability: 6.9%, 5.1-9.2). The Hazard ratio of deaths among those randomized to IPT compared to others was 0.63 (95% CI 0.41-0.97). There was no interaction between IPT and early ART, nor between IPT and time. These results were published in The Lancet Global Health. Finally, we discuss these results with those of previous IPT trials, after reviewing all available randomized-controlled evidence on efficacy, safety, efficacy determinants and risks of resistance. We show that the Temprano trial complements and widens the spectrum of evidence accumulated since 1993 and that ART modifies some key parameters of IPT previously thought to be strongly established. Prior to the ART era, evidence suggested that the efficacy of IPT was high in people with positive Tuberculin Skin Test (TST) but very low in those with negative TST; that there was a loss of IPT efficacy over time; and that IPT had no effect on mortality. With ART, IPT appears to be effective regardless of TST results, have prolonged efficacy, and reduce not only TB but also mortality. IPT remains a very topical intervention in the ART era. These results should convince IPT-reluctant countries to implement WHO recommendations.