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L'émergence de la littératie : soutien à la famille

Morin, Mireille 17 April 2018 (has links)
Inscrite dans le champ de l'émergence de la littératie, cette étude vise à démontrer comment le soutien à la famille quant à l'exploitation quotidienne de la littérature d'enfance peut être en relation avec le niveau de développement de la structure de récit des enfants de trois ans. Dans cette optique, deux objectifs spécifiques sont poursuivis. - Le premier : promouvoir un modèle d'intervention de lecture interactive dans lequel la discussion et les échanges entre l'enfant et son parent sont présents. - Le deuxième : mesurer l'évolution du niveau de structuration du récit dans un contexte de lecture interactive, de jeunes enfants âgés de trois ans, en se référant à un groupe témoin d'enfants du même âge qui ne sont pas exposés systématiquement à ce modèle d'intervention. Pour ce faire, cette recherche présente une étude qualitative et descriptive qui met en relief les niveaux initiaux et finaux de dix enfants, et ce, dans le but d'évaluer l'efficacité de l'intervention parentale en fonction de l'évolution des enfants. Au début de l'étude, les enfants étaient âgés de 3; 1:27 ans et à la fin de l'étude, de 3; 6:9 ans. Les résultats obtenus suggèrent une relation positive entre les habiletés des enfants à construire un rappel de récit et l'exposition de ces derniers à un modèle de lecture interactive dans lequel la discussion et les échanges sont valorisés et soutenus par les parents. Ainsi, le modèle de lecture interactive proposé semble permettre le développement des habiletés à inférer inhérentes aux macroprocessus qui servent la construction de sens en lecture. Ce constat incite à porter une attention particulière au soutien à apporter aux familles dans le cadre de divers programmes de prévention et de sensibilisation en regard de la lecture pour les enfants d'âge préscolaire.
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Similarité statistique pour le CBR textuel

Miry, Erwan 13 April 2018 (has links)
Les courriers électroniques sont devenus au cours des dernières années un moyen de communication privilégié. Leur nombre atteint des niveaux si élevés que leur manipulation par les entreprises devient difficile manuellement et requiert des méthodes automatiques. Les systèmes de suivi automatique permettent un traitement des messages et une augmentation de la facilité pour les utilisateurs qui désirent créer un courriel en réponse à une requête, à partir de messages archivés dans la bibliothèque de l’entreprise. Un des problèmes majeurs dans ce type d’application est la sélection de courriers électroniques archivés pertinents à la requête nouvellement soumise : il est nécessaire que le texte retourné par le système qui servira de base à la rédaction d’une réponse, soit en corrélation avec le sujet de la question posée. La recherche de la similarité entre les textes est donc une des principales tâches de ce système. L’objectif de nos travaux se situe toutefois à un niveau supérieur à la simple recherche de similarité entre courriers électroniques; nous avons comme objectif d’évaluer la similarité entre des textes comportant peu de mots. Pour cela, notre étude comporte deux parties distinctes: la recherche de similarités entre des mots afin d’élargir le vocabulaire d’un texte, e le calcul de la similarité entre les documents. Notre question de recherche consiste à identifier les techniques les plus pertinentes pour évaluer la similarité textuelle, et déterminer s’il est possible d’améliorer ces techniques par des combinaisons de méthodes de calcul de la similarité sémantique et de détection des cooccurrences de mots. Lors de nos expérimentations, nous avons cherché à améliorer la similarité sémantique entre les mots. Nous avons aussi proposé plusieurs méthodes pour élargir le vocabulaire des documents basées sur les résultats de la première partie de nos travaux. Nous avons enfin mesuré la similarité sémantique entre les documents modifiés, afin de les utiliser comme base à la rédaction d’une réponse à la nouvelle requête. Notre bilan nous indique que, grâce à nos calculs, il est possible d’améliorer les résultats de calcul de la similarité entre les mots (cosinus) en filtrant les cooccurrences. Cependant, une méthode de filtrage ne garantit pas nécessairement des améliorations, et peut même dégrader la capacité de détection de similarité textuelle. Une comparaison avec la technique du tf*idf nous a permis de constater que les résultats améliorés du cosinus, que nous avons obtenus, égalent pratiquement cette technique, sans pour autant la dépasser. / E-mails have recently become a popular mean of communication for exchanges between companies and their customers. However the increasing volume of messages makes manual processing difficult to achieve and automatic methods are foreseen as a more efficient solution. Automatic management systems help users in the processing of the messages and in the creation of a response from the messages kept in the company databases. One important question in this type of application is how to select existing e-mails to respond to a new request. The creation of new response messages requires texts pertaining to the new request topics. Finding similarity between documents is also an important task. Our goal for this research effort was to study how to detect similarity between small documents. To accomplish it, we followed a two-pronged approach: - finding similarity between words in order to augment a document’s vocabulary; - estimating similarity between documents, using all the similar words resulting from the previous step. We dedicated our work to determine the most interesting techniques to detect textual similarity between documents, and to improve those techniques using cooccurrences detection and lexical semantic similarity. During our experimentations, we tried different combinations, using cooccurrences detection and lexical similarity. We proposed techniques to augment the vocabulary of each message, based on different kind of reasoning to improve the estimation of similarity between documents. Our results indicate that the proposed augmentation techniques improve significantly the estimation of document similarity. The best results were obtained when using a combination of cooccurrences filter and cosine metric. However our experiments clearly indicate these results do not overcome the performance of similarity techniques based on tf*idf weights.
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Validité analytique et clinique en diagnostic moléculaire : étude de cas en génotypage et détection prénatale non-invasive des aneuploïdies

Blais, Jonatan 27 January 2024 (has links)
La validité analytique et clinique des analyses de diagnostic moléculaire est régulièrement remise en doute. Parmi les modalités d’analyse d’acides nucléiques les plus répandues en laboratoire clinique, le génotypage par PCR allèle-spécifique et le séquençage massivement parallèle pour la détection prénatale non-invasive d’aneuploïdies (DPNI) représentent deux des applications les plus importantes en termes de volume. La perte allélique (« allele drop-out »), d’une part, ainsi que l’identification des variables déterminant la performance diagnostique, la disponibilité de matériel de référence et l’estimation de la fraction d’ADN fœtal, d’autre part, sont autant d’enjeux de validité analytique et clinique dont l’impact et la prise en compte dans la translation clinique demeurent à évaluer pour chacune de ces applications respectivement. Des cas représentatifs de ces deux applications furent donc sélectionnés afin d’étudier certains aspects pertinents à chacun de ces enjeux. En accord avec les doutes soulevés par plusieurs auteurs, des lacunes de validité analytique et clinique furent notées pour tous les aspects examinés. En particulier, la plupart des erreurs diagnostiques causées par les événements de perte allélique étaient dues à des phénomènes stochastiques ne pouvant être prévenus par un design d’amorces méticuleux, et les niveaux de précision de la PCR limitent la validité analytique et clinique de la DPNI par séquençage, bien que ce paramètre ne soit pas toujours quantifié et rapporté de façon rigoureuse dans la littérature. Malgré des impacts cliniques potentiels relativement faibles lorsqu’évalués au niveau populationnel, des impacts significatifs peuvent néanmoins affecter les patients au niveau individuel. Des solutions sont disponibles afin de corriger certaines des lacunes identifiées, alors que d’autres posent des défis plus importants. Les causes possibles de ces lacunes de validité affectant le domaine du diagnostic moléculaire sont en partie communes aux causes impliquées dans le problème de reproductibilité des résultats scientifiques en général et en partie le résultat de la complexité technique, relative nouveauté et de la nature historiquement qualitative des méthodes de génétique moléculaire. Une intégration des standards cliniques en amont du processus de découverte pourrait contribuer à améliorer la validité analytique et clinique des tests de diagnostic moléculaire et iii possiblement augmenter le rendement translationnel de la recherche vers la clinique. / The analytical and clinical validity of molecular diagnostic assays are regularly questioned. Among the most commonly used nuclei acid analysis modalities in clinical laboratories, genotyping by allele-specific PCR and non-invasive prenatal aneuploidy testing (NIPT) by massively parallel sequencing, represent two of the most important applications in terms of volume. Allele drop-out on the one hand, as well as identification of variables determining diagnostic performances, reference material availability and fetal fraction estimation on the other, are all examples of analytical and clinical validity issues for which both the impact, and how well they are taken into account, remain to be evaluated for each of these applications respectively. Representative cases of both applications were therefore selected in order to study certain aspects relevant to each of these issues. In accordance with the doubts raised by several authors, lack of analytical and clinical validity was noted for all aspects examined. In particular, most diagnostic errors caused by allele dropout events were due to stochastic phenomena that cannot be prevented by careful primer design, and PCR precision levels were a limiting factor for analytical and clinical validity of NIPT assays, even though this parameter is seldomly adequately quantified and reported in the literature. Although potential clinical impacts were likely modest at the population level, at the individual level, some of the impacts may nevertheless be significant. Solutions to correct some of these problems are available, while others raise more difficult challenges. The possible causes of this lack of validity affecting molecular diagnostics are partly shared with the general problem of lack of repeatability of scientific results and are partly the result of the technical complexity, relative novelty, and the historically qualitative nature of molecular genetic methods. Integrating clinical standards upstream of the discovery process could contribute to improve analytical and clinical validity of molecular diagnostic tests and possibly to increase “bench-to-bedside” translational yield.
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«Estamos aquí para aceptar lo que ellos digan» : les déterminants sociaux de la santé des travailleurs étrangers temporaires en agriculture au Québec / Déterminants sociaux de la santé des travailleurs étrangers temporaires en agriculture au Québec

Tessier, Véronique 20 November 2024 (has links)
En 2023, 23 295 travailleurs étrangers temporaires (TET) ont voyagé au Québec pour permettre aux entreprises agricoles de combler leur besoin de main-d'œuvre (Statistique Canada, 2024). De nombreux facteurs structuraux, tels que le permis de travail nominatif et leur déportabilité, limitent la possibilité de ces travailleurs de prioriser leur santé. L'objectif de cette recherche de type mixte est de documenter certains déterminants sociaux de la santé des TET agricoles au Québec ainsi que leurs liens avec leur santé perçue. Trois catégories de déterminants sont étudiées : les conditions d'emploi, les conditions de travail et la connaissance du système de santé québécois. Pour ce faire, un questionnaire a été administré à 200 répondants en 2022, en collaboration avec le Réseau d'aide aux travailleuses et travailleurs migrants agricoles du Québec (RATTMAQ). L'échantillon obtenu est composé de TET aux contextes de travail variés : ils travaillaient dans 13 des 17 régions du Québec et pour des entreprises de 13 différents types de production agricole. Les résultats brossent le portrait d'une population dont les expositions aux risques pour la santé sont loin d'être homogènes. Des caractéristiques des travailleurs, tels que le pays d'origine, et des caractéristiques des entreprises les embauchant, telles que le type de production agricole, influencent significativement l'exposition des travailleurs aux facteurs de risque. Les résultats illustrent également à quel point les contextes socio-économiques des pays d'origine des TET influencent leur perception de leur expérience au Québec. De plus, il existe des associations fortes entre les conditions de travail des participants et leur état de santé perçu, ainsi qu'un déficit de prévention des risques auprès chez les TET. Ce mémoire constitue une contribution empirique à l'étude des déterminants sociaux de la santé d'un groupe de travailleurs à statut précaire et une contribution méthodologique à la recherche auprès des populations difficiles à joindre. / In 2022, 23 295 temporary foreign workers (TFW) came to Quebec to work for agricultural businesses to address their significant labour shortage (Statistique Canada, 2024). Many structural factors, such as the work permit linked to a specific employer and their deportability, limit the ability of these workers to take care of their health during their work stay. The objective of this mixed method research is to document some social determinants of health of TFWs in agriculture in Quebec, as well as the links between these determinants and their self-perceived health status. The determinants studied fall into three categories: employment conditions, work conditions and knowledge of Quebec's health system. For this purpose, an original research questionnaire was administered to 200 agricultural TFW in 2022 with the support of Réseau d'aide aux travailleuses et travailleurs migrants agricoles du Québec (RATTMAQ). The sample is composed of workers living diverse work contexts: they work in 13 of the 17 regions of Quebec and for 13 different types of agricultural production. The results paint a picture of a population whose risk factors are far from homogeneous. In fact, certain of workers' characteristics, such as their country of origin, and those of the companies hiring them, such as the type of agricultural production, significantly influence the workers' exposure to some risk factors. The results also illustrate the extent to which the socio-economical contexts of TFWs' countries of origin influence their perception of their experience in Quebec. In addition, there are strong associations between participants' working conditions and their self-perceived health status, as well as a risk-prevention deficit among TFWs. This thesis brings an empirical contribution to the study of the social determinants of health of workers with precarious status and a methodological contribution to research with hard-to-reach populations.
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La ventilation naturelle : développement d'un outil d'évalulation du potentiel de la climatisation passive et d'aide à la conception architecturale

Boivin, Hugues 13 April 2018 (has links)
La ventilation naturelle est une stratégie passive, sans moyen mécanique, de maintenir un environnement intérieur confortable. La présente recherche a pour but de développer une méthode permettant aux concepteurs de vérifier en phase de préconcept, de façon sommaire, l’influence des principaux choix architecturaux sur la capacité à refroidir un bâtiment par la ventilation naturelle. Un outil informatique développé dans le cadre de cette recherche, HUVENT, permet de supporter les concepteurs de bâtiments ventilés naturellement par rapport à l’orientation du bâtiment, la disposition et le dimensionnement des ouvrants. Une étude de validation de l’outil a été effectuée et fait partie du présent mémoire de recherche. Dans le contexte où le compte à rebours sur le réchauffement du climat est bien enclenché et que les opportunités de refroidissement passif seront de plus en plus limitées, cette recherche présente le climat québécois et évalue la période annuelle favorable à la ventilation naturelle. / Natural ventilation is a passive strategy, i.e. without mechanical means, that can maintain a comfortable interior environment. The aim of the current research is to develop a method allowing designers to understand, at the preconceptual stage and in a cursory fashion, the influence of key architectural features on the capacity to cool down a building by natural ventilation. A computer based tool developed in the framework of this research, HUVENT, helps designers of naturally ventilated buildings to evaluate the effect of building orientation, opening localization and sizing. A validation study of the tool has been completed and is part of this master’s thesis. With the countdown on global warming well underway and keeping in mind that opportunities for natural ventilation will be increasingly restricted, this research presents the favourable period for passive cooling in Quebec climate.
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Couverture journalistique des affaires de droit relatif aux peuples autochtones au Québec : le cas d'Idle no more

Parent, Alexandra 20 April 2018 (has links)
Le traitement journalistique des enjeux autochtones au Québec est critiqué avec virulence depuis la crise d’Oka, en 1990. Les propos stéréotypés, le manque de mise en contexte et la polarisation entretiennent l'incompréhension populaire et exacerbent les tensions entre les Autochtones et le reste de la population. La couverture du droit, en particulier, est délicate puisqu'elle a un fort potentiel d'influencer la réponse des gouvernements. Le mouvement Idle no more, un mouvement social fondé en partie sur des questions de droit relatif aux peuples autochtones, a mis l'accent sur l'importance d'une réconciliation entre Autochtones et non-Autochtones. Le droit canadien relatif aux peuples autochtones s’inspire lui aussi de ces notions. Cela s'est-il traduit dans les médias? Y a-t-on fait davantage place à la réconciliation qu'au conflit? Basée sur la théorie des cadres et du modèle du journalisme de paix, cette analyse tend à démontrer que la réponse est oui.
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Évaluation de l'impact d'une formation de développement professionnel continu chez des médecins

Bakwa, Felly 13 December 2023 (has links)
Le développement professionnel continu (DPC) permet de traduire les nouvelles connaissances en comportements. Notre étude a évalué l'impact d'une formation de DPC sur l'intention des médecins d'adopter un comportement et a identifié les facteurs qui influencent l'intention des médecins après une formation. Il s'agit d'une étude pré-post guidée par le modèle intégrateur de changement de comportement de Godin. Les données proviennent des bases de données de la Fédération des médecins spécialistes du Québec (FMSQ). Les questionnaires étaient auto-administrés. Des médecins, qui ont suivi en présentiel des formations de DPC de la FMSQ en 2019, ont rempli en ligne le questionnaire DPC-RÉACTION avant et après les formations, puis le questionnaire de changement de comportement auto-rapporté 6 mois plus tard. Des analyses descriptives ont été effectuées, puis des analyses de comparaison des moyennes pour comparer l'intention et des analyses de régression linéaire pour identifier les facteurs qui influencent l'intention. Les données qualitatives collectées 6 mois après les formations ont été analysées à l'aide du cadre des domaines théoriques (TDF). Des 9 formations incluses dans l'étude, 205 inscriptions, soit 192 médecins ont rempli le questionnaire DPC-RÉACTION (taux de participation =62,3 %). 30,7 % des médecins avaient entre 50 et 59 ans. Nous avons observé des différences entre les moyennes d'intention évaluées avant et après chaque formation qui varient de -0,31(p=0,17) à 2,25(p=0,50). La norme morale, les croyances sur les capacités, et les croyances sur les conséquences influencent partiellement l'intention des médecins d'adopter un comportement. Après les formations, l'intention était plus élevée chez les médecins qui ont adopté un comportement (p=0,02). La majorité des facilitateurs était liée au domaine du TDF des croyances sur les capacités. Nos résultats informeront les prestataires de DPC pour l'élaboration des formations de DPC plus efficaces afin d'entrainer l'adoption d'un comportement ciblé. / Continuing professional development (CPD) translates new knowledge into behavior. Our study evaluated the impact of a CPD course on physicians' intention to adopt behavior and identified factors that influence physicians' intention after course. This is a pre-post study guided by Godin's integrated model of behavior change. Data used were from the Fédération des médecins spécialistes du Québec (FMSQ) databases. The questionnaires were self-administered. Physicians, who attended face-to-face FMSQ CPD courses in 2019, completed online the CPD-REACTION questionnaire before and after courses and then the self-reported behavior change questionnaire 6 months later. Descriptive analyses were performed, followed by comparison of means analyses to compare intention and linear regression analyses to identify factors influencing intention. Qualitative data collected 6 months after the trainings were analyzed using the Theoretical Domain Framework (TDF). Of the 9 courses included in the study, 205 participants, either 192 physicians, completed the CPD-REACTION questionnaire (participation rate=62.3%). 30.7% of the physicians were between 50 and 59 years old. We observed differences between the means of intention evaluated before and after the courses ranging from -0.31(p=.17) to 2.25(p=.50). Moral norm, beliefs about capabilities, and beliefs about consequences partially influence physicians' intention to adopt a behavior. After courses, intention was higher among physicians who adopted a behavior (p=.02). The majority of facilitators were related to the TDF domain of beliefs about capabilities. Our results will inform CPD providers to develop more effective CPD courses to drive adoption of targeted behavior.
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L'éclatement du récit cinématographique dans l'espace scénique : la fabrication d'un parcours sensible à partir du court-métrage Desvelo

De Sousa Rebouças, Clarissa 13 December 2023 (has links)
Titre de l'écran-titre (visionné le 15 mai 2023) / Le point de départ de ce mémoire-création est Desvelo, un court-métrage que j'ai réalisé, pour en éclater la construction vers une proposition scénique interartistique et fragmentée qui explore d'autres modalités narratives et spatiales que celles du cinéma. En admettant la simultanéité et l'enchevêtrement, cette expérimentation explore la possibilité d'une nouvelle perception du genre filmique et par là même, d'une nouvelle action spectatorielle. La démarche s'inscrit dans les champs du cinéma élargi ainsi que du théâtre postdramatique. S'appuyant sur une réflexion théorique à partir des concepts d'entre-deux et d'écriture quantique, cette création élargit les possibilités d'interprétation et de sens, procurant une expérience unique à chaque spectateur et spectatrice. Cette recherche-création vise à apporter une attention particulière sur ce type de fabrication filmique éclatée, en proposant un éclairage sur les principes et les stratégies qui apparaissent opératoires et qui ont des incidences sur la réception.
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Aperçus taxonomiques et génomiques des communautés microbiennes face à un environnement fluctuant dans la Polynie des Eaux du Nord (Canada-Groenland)

Freyria, Nastasia J. 02 February 2024 (has links)
En raison de la fonte pluriannuelle des glaces dans l'Océan Arctique et de la fonte de la calotte glaciaire du Groenland, les communautés microbiennes sont exposées à de plus grandes fluctuations de salinité au cours de la saison de croissance et dans de vastes zones géographiques. Les Eaux du Nord très productives ont subi des changements marqués dans les tendances saisonnières de la chlorophylle de surface observées grâce à la télédétection et les données in situ, mais l'interprétation de ces données en termes d'espèces reste difficile puisque la phénologie de la communauté et la variabilité spatio-temporelle sont encore inconnues. Il est essentiel de bien comprendre la dynamique des assemblages de phytoplancton et d'autres espèces microbiennes pour comprendre les réponses des écosystèmes face au changement global. De plus, les grandes fluctuations de salinité ou stress salin et le choc osmotique sont parmi les principaux facteurs environnementaux limitant la croissance et la productivité des plantes et des microorganismes. Pour combler ce manque de connaissance, nous avons premièrement appliqué le séquençage d'amplicon à haut débit pour étudier les communautés microbiennes d'eucaryotes arctiques d'été et d'automne des deux côtés du nord de la baie de Baffin sur plus de 12 ans (2005 à 2018). Ces communautés sont soumises à des régimes de stratification et de courants opposés. Deuxièmement, nous avons étudié la réponse transcriptionnelle d'une microalgue associée à la glace exposée à des salinités progressivement décroissantes afin de mieux comprendre la capacité génétique de cette algue à tolérer les fluctuations de salinité, ainsi que d'identifier les gènes de stress clés. Enfin, nous avons combiné une approche métagénomique comparative avec le séquençage des amplicons d'ARNr 18S pour étudier les capacités fonctionnelles, la diversité et la dynamique des microorganismes dans la colonne d'eau supérieure du nord de la baie de Baffin pendant deux étés consécutifs (2017-2018). Nous avons constaté que la saisonnalité était un facteur majeur déterminant les assemblages de communauté des eaux de surface estivales avec le complexe d'espèces Chaetoceros socialis-gelidus et Micromonas polaris dominant le phytoplancton, et les Alpha et Gammaproteobactéries dominant la communauté bactérienne. En automne, les dinoflagellés d'eau libre non-cultivés et non-décrits étaient favorisés. Nos résultats suggèrent que la production automnale de l'Arctique, due à des conditions d'eau libre plus longue, pourrait ne pas refléter une floraison printanière dominée par les diatomées, comme le prévoient certains scénarios des saisons sans glace plus longues. Par ailleurs, une réponse progressive et une adaptation spécifique aux conditions arctiques froides et salines ont été observées avec l'expression différentielle de plusieurs protéines antigel, comme la protéine de liaison à la glace et une acyl-estérase toutes deux impliquées dans l'adaptation au froid. Nos résultats suggèrent que la protéine de liaison à la glace peut également jouer un rôle crucial dans l'adaptation à un changement rapide de salinité et à la survie cellulaire. Par ailleurs, grâce à l'annotation fonctionnelle, nous avons examiné les gènes impliqués dans la protection des photosystèmes, la régulation osmotique et les protéines antigel, cruciales pour l'acclimatation à un environnement froid. L'utilisation de la génomique comparative permettrait de révéler les évolutions des familles de gènes conférant l'adaptation des microorganismes aux transitions entre eau salée et eau douce. Ce travail de thèse aura des implications non seulement pour l'Arctique où les communautés de surface sont soumises à de grandes fluctuations de salinité, de température et de lumière, mais il contribuera également aux connaissances fondamentales dans les domaines de la production de biocarburants et de la prévision des efflorescences algales potentiellement nuisibles. / As the Arctic Ocean freshens due to multiyear ice and Greenland Ice Sheet melt, the microbial communities are being exposed to greater salinity fluctuations over the growth season and across wide geographic areas. Although remote sensing and limited in situ data have shown that the highly productive North Water has undergone marked changes in the seasonal patterns of surface chlorophyll. Interpreting this data in terms assemblages of species is difficult since the community phenology and spatiotemporal variability is unknown. Understanding the dynamics of phytoplankton and other microbial species assemblages is critical to understand ecosystem responses to global change. Moreover, greater salinity fluctuations or salt stress and osmotic shock are among the main environmental factors limiting the growth and productivity of plants and microorganisms. To address this knowledge gap, firstly, high throughput amplicon sequencing was applied to investigate summer-fall Arctic microbial communities from two sides of Northern Baffin Bay over 12 years (2005 to 2018), that are subjected to very different stratification and major current regimes. Secondly, we investigated the transcriptional response of an ice-associated microalga exposed to progressively decreasing salinities to gain a deeper understanding of the genetic capacity of this alga to tolerate salinity fluctuations, as well as to identify key stress genes. And lastly, we combined comparative metagenomic approach with 18S rRNA amplicon sequencing to investigate the functional capacities, diversity and dynamics of the microorganisms in upper water column of the Northern Baffin Bay during two consecutive summers (2017-2018). We found that seasonality was a major factor determining communities with summer species complex Chaetoceros socialis-gelidus and Micromonaspolaris dominating phytoplankton and Alpha and Gammaproteobacteria dominating bacterial community. In autumn uncultured undescribed open water dinoflagellates were favored. Our results suggest that Arctic autumn production due to longer open water conditions may not mirror a diatom dominated spring bloom as projected in some scenarios of longer ice-free seasons. Furthermore, a gradual response and specific adaptation to cold saline Arctic conditions were seen with differential expression of several antifreeze proteins, an ice-binding protein and acyl-esterase involved in cold adaptation. Our results suggest that ice-binding protein may also have a crucial role for the adaptation of a rapid change of salinity, by providing survival advantage to the cells. Moreover, through functional annotation, we examined potential genes involved in photosystem protection, osmotic regulation and antifreeze proteins, to be crucial for acclimatization to cold environment. The use of comparative genomics would reveal evolutions of gene families conferring adaptation of microorganisms to transitions between salt and fresh water. The combination of these several methodologies provides invaluable insights into the composition, the metabolic repertoire and putative functional profile of a microbial assemblage. This thesis work will have implications not only for the Arctic where surface communities are subject to large fluctuations in salinity and light but will also contribute to fundamental knowledge in the fields of biofuel production and harmful algal bloom prediction.
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Optimisation de l'édition du génome médiée par les systèmes CRISPR-Cas9

Agudelo, Daniel 02 October 2023 (has links)
Le large éventail d'applications du système CRISPR-Cas a conduit à des innovations biotechnologiques qui sont sur le point de transformer l'industrie pharmaceutique actuelle. Néanmoins, l'atteinte d'un haut niveau d'efficacité à un gène cible reste encore aujourd'hui un défi pour l'édition du génome. Ceci est dû principalement à la capacité encore limitée de modifier tous les sites du génome humain, tout comme le faible taux de recombinaison homologue obtenu chez les cellules de mammifères. Ainsi, l'optimisation des processus de modification génique s'avère indispensable pour favoriser les diverses utilisations de l'édition du génome. Dans cette thèse, il a été question de (i) développer une méthode d'enrichissement de cellules génétiquement modifiées et (ii) augmenter la polyvalence de l'édition du génome en augmentant la plage de ciblage du système CRISPR-Cas9 dans le génome humain. L'objectif de la première partie de cette thèse visait à étudier la fonctionnalité du gène ATP1A1, codant pour la pompe sodium/potassium (Na⁺/K⁺ ATPase), comme marqueur endogène de l'édition du génome. Dans ce sens, nous avons modifié la sensibilité de cette pompe pour l'ouabaïne en insérant des mutations dominantes dans le locus ATP1A1, ce qui a permis de générer des cellules résistantes à l'ouabaïne. La capacité de multiplexage du système CRISPR-Cas permet de co-cibler simultanément ATP1A1 et le locus d'intérêt, où il est possible d'enrichir des évènements de réparation par NHEJ ou par RH dans les deux locus à la suite de l'ajout d'ouabaïne. Ainsi, nous avons démontré que cette approche peut être appliquée non seulement aux lignées cellulaires, mais aussi aux cellules primaires ce qui permet d'envisager une possible utilisation pour le développement thérapeutique ex vivo. Dans le deuxième objectif de cette thèse, il était question d'optimiser le système CRISPR1-Cas9 de Streptococcus thermophilus dans le but d'élargir le répertoire de nucléases pour l'édition du génome. Dans ce sens, nous avons optimisé l'expression de l'ARN guide et nous avons caractérisé diverses variantes de St1Cas9 permettant de cibler des régions riches en A/T. Autant sous forme de nucléase que d'éditeur de base, l'application de nos variantes de St1Cas9 in vitro a permis d'obtenir des hauts taux d'édition du génome humain. Ainsi, la taille de St1Cas9 est idéale pour sa vectorisation avec son ARN guide dans un seul vecteur adéno-associés (AAV). Dans ce sens, nous avons démontré que l'administration du vecteur AAV-St1Cas9 permet de sauver la létalité et les anomalies métaboliques dans un modèle murin de tyrosinémie héréditaire de type I. En tout, ces travaux illustrent des outils permettant d'augmenter le rendement d'édition et l'ouverture de nouvelles régions géniques pouvant être ciblées à l'intérieur du génome humain à l'aide du système CRISPR-Cas9. Ainsi, nous avons démontré la fonctionnalité des outils développés au cours de ce projet de thèse pour diverses applications ex vivo et in vivo, permettant ainsi d'élargir le potentiel thérapeutique de l'édition du génome.

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