Made available in DSpace on 2016-08-29T15:36:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_7170_Ludymila Brandão Motta.pdf: 7486868 bytes, checksum: a0e1e33cf1278b9f7fc7367d7bccdaa3 (MD5) Previous issue date: 2016-02-23 / A genotipagem por sequenciamento (GBS) é capaz de identificar e genotipar milhares de polimorfismos do tipo SNPs de forma simultânea. Objetiva-se contribuir para o melhoramento genético do cafeeiro Conilon através da caracterização da ocorrência de SNPs no genoma de Coffea canephora e de associações destes com características de interesse agronômico. Os145 indivíduos de duas famílias de irmãos completos (clones 109x120/120x109 e 76x48) do programa de melhoramento do Instituto Capixaba de Pesquisa, Assistência Técnica e Extensão Rural (Incaper)foram fenotipados e os DNAs foram multiplexados em sequenciador Ilumina na Universidade de Cornell. Detectaram-se 91.105 SNPs antes de aplicar os parâmetros de filtragem, sendo que após os filtros houve redução de 64%. Ampla distribuição dos SNPs foi encontrada, sendo que foram detectados em média 1330 SNPs gênicos e 2955 intergênicos, por pseudocromossomo. Verificou-se que o padrão de distribuição dos SNPs nas regiões do genoma difere. A menor ocorrência de SNPs detectada em regiões gênicas é esperada como consequência da pressão de seleção, que limita as alterações de aminoácidos nas sequências proteicas. Os estudos de associação permitiram encontrar 18 SNPs associados a características fenotípicas de Coffea canephora (S2_9329731, S2_4579518, S2_41329025, S2_17821870, S2_20934616, S3_23227842, S4_22978689, S5_10964474, S6_9949547, S7_13991105, S7_13991086, S7_13991077, S9_4618814, S9_18527411, S10_24840747, S11_30063996, S11_23828233). Localizam-se em regiões intergênicas 33% dos SNPs, sendo que os demais se distribuem em região de íntrons, éxons e 3UTR. Os SNPs em região codificadora são responsáveis por alterações não sinônimas em 82% das ocorrências. Os resultados encontrados são importantes para a cafeicultura e podem contribuir para a seleção assistida por marcadores. Palavras-chave: cafeeiro, sequenciamento, SNP, genotipagem, estudos de associação.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-05-04T18:43:55Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 148055 bytes, checksum: 0dc9b3a9dea34b2ab4e2fb68ab93c2da (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-04T18:43:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 148055 bytes, checksum: 0dc9b3a9dea34b2ab4e2fb68ab93c2da (MD5) Previous issue date: 2005-02-25 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Meloidogyne exigua, um dos principais patógenos do cafeeiro, é espécie na qual já foram observadas variabilidade bioquímica, morfológica e fisiológica. Para propor uma série de plantas diferenciadoras de raças dessa espécie dentro do gênero Coffea, estudou-se o efeito de populações distintas de M. exigua em 25 genótipos de cafeeiro. Para estabelecer as melhores condições para a produção de inóculo e realização do teste, mudas de cafeeiro foram estudadas quanto à temperatura, ao estádio de desenvolvimento e à época de avaliação. A temperaturas de 26oC foi a melhor para a formação de galhas, produção de ovos e da matéria seca da parte aérea das mudas de cafeeiro. O estádio das mudas de cafeeiro com seis pares de folhas definitivas e a avaliação aos 120 dias após a inoculação foram os que mais favoreceram a reprodução de M. exigua. A análise conjunta dos dados permitiu concluir que os ensaios para seleção de genótipos de cafeeiros resistentes ao nematóide e multiplicação de inóculo devem ser avaliados a partir de 90 dias após a inoculação. A série diferenciadora das populações de M. exigua, utilizando-se os genótipos UFV 1959, H493-1, ‘Catuaí Vermelho IAC 44’ e ‘Apoatã IAC 2258’ é proposta nesse estudo. Contudo, para a validação desses genótipos como possíveis diferenciadores de raças, um número maior de populações deve ser testado. Caso os genótipos ainda estejam segregando, como foi constatado para alguns deles, a reprodução deverá ser obtida por enraizamento de estacas. / One among significant pathogens of the coffee plant, Meloidogyne exigua is a nematode species for which biochemical, morphological and physiologic variability has been reported. In an attempt to set up a useful series of differentials within the genus Coffea, several M. exigua populations were studied on 25 distinct coffee genotypes. Inoculated young coffee plants were examined growth stage, and under varying greenhouse temperature and evaluation intervals to find out which was the best for the inoculum production and to the assays purposes. The temperature of 26oC it went the best to the galls formation, egg production and to the matter dry of the aerial part of the young coffee plants. Its reproduction rate was the greatest at 6-leaf-pair growth stage, the oldest tested coffee plants in the assay. A united analysis allows to end that the rehearsals for selection of coffee genotypes resistant to the nematode and in the inoculum production they should be appraised starting from 90 days after the inoculation. Results from this study suggest that the differential series UFV 1959, H493-1, ‘Catuaí Vermelho IAC 44’ and ‘Apoatã IAC 2258’ is adequate to distinguish within the M. exigua populations. However, to fully validate such set of differentials a larger than the available number of M. exigua populations is needed. It is also recommended that in cases when coffee genotypes are still segregating, as verified in our assays, rooted stems should be adopted instead of coffee seedlings. / Dissertação importada do Alexandria

Made available in DSpace on 2018-08-01T22:33:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_8994_Anelisa de Figueiredo Peloso.pdf: 2501768 bytes, checksum: 0bec93c575a6bff327a3a07bc0614078 (MD5) Previous issue date: 2016-07-12 / Na cultura do cafeeiro, a deficiência hídrica é a principal causa de estresse ambiental, limitante da produção. Afim de minimizar os efeitos causados pela deficiência hídrica, objetivou-se neste trabalho investigar alguns aspectos fisiológicos causados pela piraclostrobina na fotossíntese (através das análises das trocas gasosas, da fluorescência da clorofila a, e da concentração de pigmentos fotossintéticos) e no crescimento em plantas de café submetidas a diferentes disponibilidades hídricas. O experimento foi conduzido em esquema fatorial 3x3 sendo o fator concentração de piraclostrobina em três níveis (0; 0,7; 1,4 g/L), e o fator disponibilidade hídrica em três níveis [100, 60 e 30% da água disponível (AD) no substrato] com cinco repetições. Nas avaliações de trocas gasosas e fluorescência da clorofila a, foi utilizado o delineamento experimental de parcelas subdivididas em esquema fatorial 3x3, sendo o fator concentração de piraclostrobina e tempo de coleta de dados em três níveis (0; 0,7 e 1,4 g/L; e um; sete e 14 dias após aplicação de piraclostrobina, respectivamente) submetidos a três disponibilidade hídricas (100, 60 e 30% AD). A aplicação de piraclostrobina ocorreu aos 152 de experimentação. Após a aplicação, foram avaliadas trocas gasosas e a fluorescência da clorofila a, e ao final do experimento avaliou-se: massa seca radicular (MSR), massa seca da parte aérea (MSPA), massa seca total (MST) e altura. A partir dos dados das características de crescimento avaliados foi mensurada: a eficiência do uso da água de produção (EUAp) e a razão do peso foliar (RPF). As plantas tratadas com piraclostrobina na concentração de 1,4 g/L e com 100% AD no substrato, apresentaram incremento positivo no teor de clorofila total (Chl a+b ) refletindo no aumento da taxa fotossintética resultando em maior produção de fitomassa. Nas plantas sob déficit hídrico imposto pelo tratamento com 60% AD e tratadas com piraclostrobina, foi observado aumentos no rendimento quântico do FSII (Y(II)) e na Chl a+b, indicando uma maior absorção e uso da luz. Por sua vez, os valores do rendimento quântico do quenching não-fotoquímico (NPQ) e o rendimento quântico da dissipação não regulada Y(NO) diminuíram, indicando, que o aumento na concentração de piraclostrobina favoreceu a dissipação de energia para a fotoquímica em contrapartida da dissipação de energia não-fotoquímica, promovendo assim efeitos positivos na fotossíntese. Entretanto, o incremento na fotossíntese não favoreceu o acúmulo de massa seca para essas plantas. Para as plantas cultivadas com 30% AD foi observado diminuição na respiração noturna (R) e incremento no Y(II) nas plantas tratadas com piraclostrobina, porém não foi observado aumento no acúmulo de massa seca para essas plantas. Portanto, as plantas tratadas com piraclostrobina e sem déficit hídrico apresentaram incremento positivo na taxa fotossintética e no teor de clorofila total além de diminuição na respiração noturna refletindo em maior produção de fitomassa. Nas plantas sob déficit hídrico, houve incremento na taxa fotossintética, porém não favoreceu o acúmulo de massa seca. Palavras-chave: cafeeiro arábica, estrobirulinas, seca, fungicida, efeito fisiológico

Variações morfológicas e biológicas são observadas entre os isolados de Pratylenchus coffeae, o nematóide das lesões radiculares do cafeeiro, indicando a existência de raças dentro da espécie. Este estudo foi realizado com o objetivo de caracterizar dois isolados de P. coffeae coletados do Brasil. Um dos isolados foi coletado de raízes de cafeeiro em Marília, SP, e o outro de raízes de Aglaonema sp. no Rio de Janeiro, RJ. Ambos isolados foram multiplicados em calos de alfafa no laboratório. Sete experimentos foram conduzidos com o objetivo de caracterizar os isolados através de seus hospedeiros. Os resultados mostraram que esses isolados são muito diferentes do isolado típico de Pratylenchus coffeae, uma vez que a taxa reprodutiva foi baixa banana e citros. Além disso, a população do isolado do Rio de Janeiro diminuiu no cafeeiro, o qual é um hospedeiro típico de Pratylenchus coffeae, porém aumentou em gergelim, um hospedeiro desfavorável desse nematóide. Baseado nos resultados da caracterização biológica, a qual mostrou que o cafeeiro é um hospedeiro desfavorável para ambos isolados, um experimento foi conduzido como objetivo de definir a importância desses nematóides como patógeno do cafeeiro. Plantas de cafeeiro cv. Mundo Novo receberam 8.000 nematóides de cada isolado, o crescimento das plantas, peso fresco das raízes, e peso fresco da parte aérea, foi avaliado 160 e 261 após a inoculação. A reprodução dos nematóides também foi avaliada. Ambos isolados reduziram o crescimento das plantas de cafeeiro, porém houve uma redução na população do nematóide. O efeito do isolado de Marília foi mais danoso do que o do isolado do Rio de Janeiro, resultando em necroses nas raízes e morte de algumas plantas. As características morfológicas também podem ser utilizadas para diferenciar os isolados. Concluiu-se, que ambos isolados são extremamente patogênicos ao cafeeiro e eles podem ser diferenciados de outros isolados de P. coffeae através de seus hospedeiros e por características morfológicas / not available

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-03-17T18:52:35Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1060929 bytes, checksum: 30f6482455b84dda2fe1bf10374f310e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-17T18:52:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1060929 bytes, checksum: 30f6482455b84dda2fe1bf10374f310e (MD5) Previous issue date: 2005-06-29 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais / Com o aumento das fronteiras cafeeiras e a necessidade de uma agricultura mais eficiente, surge a necessidade de informações técnicas que melhorem a rentabilidade, a qualidade final do produto e a conservação do ambiente. A irrigação é uma técnica que vem em auxílio dos fatores mencionados acima. No entanto, o aumento da demanda por recursos hídricos tem despertado nos usuários a necessidade do uso racional da água, o que se tem buscado com o uso de métodos de irrigação mais eficientes, como a irrigação localizada. Aliado à maior eficiência na aplicação de água, a eficiência na utilização de fertilizantes tem sido buscada com o uso da fertirrigação, que se ajusta perfeitamente aos métodos de irrigação localizada, especialmente no sistema de gotejamento. A fertirrigação no sistema de gotejamento pode trazer alterações químicas no solo ainda pouco elucidadas pela pesquisa. O objetivo com este trabalho foi proporcionar informações quanto às alterações advindas do uso de diferentes fontes e doses de Nitrogênio aplicadas por fertirrigação e adubação convencional nas características do solo e do cafeeiro irrigado por gotejamento. Os trabalhos foram conduzidos na Fazenda Laje, localizada em Teixeiras- MG, entre agosto de 2003 e julho de 2004. A variedade estudada foi Catuaí Vermelho, plantada no espaçamento de 2,5 x 0,8 m (5.000 plantas ha -1 ), irrigadas por gotejamento. As características do solo avaliadas foram: CE, pH, Al 3+ , N-NO 3- , N-NH 4+ e V. As características analisadas da planta foram: altura da planta, diâmetro do caule, percentagem de frutos retidos na planta, número de entrenós emitidos, produtividade e análise de nutrientes na folha. Foram conduzidos dois ensaios. No ensaio 1, na análise dos dados das características do solo, adotou-se o esquema de parcelas subdivididas em que as fontes de N (uréia, sulfato de amônio e nitrato de cálcio) e as doses de N (200, 400 e 600 kg ha -1 ano -1 ) constituíram os tratamentos da parcela, e as camadas (0-0,10; 0,10-0,20; 0,20-0,30 e 0,30-0,50 m) e as posições amostradas (dentro e fora do bulbo úmido), com restrições à casualização, constituíram os tratamentos das subparcelas. Na análise das características do cafeeiro adotou-se o fatorial 3x3, sendo três fontes e três doses de N, citadas anteriormente. No ensaio 2, na análise dos dados das características do solo, adotou-se o esquema de parcelas subdivididas em que as fontes de N (uréia, sulfato de amônio e nitrato de cálcio) e os modos de aplicação de N (fertirrigação e adubação convencional) constituíram os tratamentos da parcela, e as camadas (0-0,10; 0,10-0,20; 0,20-0,30 e 0,30-0,50 m) e as posições amostradas (dentro e fora do bulbo úmido), com restrições à casualização, constituíram os tratamentos das subparcelas. Na análise das características do cafeeiro adotou-se o fatorial 3x2, sendo três fontes de N e dois modos de aplicação de N, citadas anteriormente. As doses de nitrogênio alteraram os valores de saturação de bases, condutividade elétrica, pH e as formas de nitrogênio na região do bulbo úmido. A fonte sulfato de amônio foi responsável pelo maior teor de N-mineral no solo, reduzindo o risco de perdas por lixiviação. A nitrificação foi maior com a aplicação do sulfato de amônio na fertirrigação. Na fertirrigação com a uréia, o teor de N-NH 4+ aumentou com a profundidade do solo. A uréia não proporcionou acidificação do solo. As características da planta do cafeeiro não foram alteradas com as fontes, doses e o modo de aplicação do nitrogênio. As fontes de nitrogênio alteraram as características nutricionais do cafeeiro. A produtividade do cafeeiro foi maior com a fertirrigação. / With the increased coffee boundaries and the need for a more efficient agriculture, there appears the requirement for technical information that would improve the profitability, the final quality of the product, and the environmental preservation. The irrigation is an useful technique for the improvement of these factors. However, the increased demand for water resources has stimulating the users’ need for the rational water use, which has been searched by the application of more efficient irrigation methods such as the located irrigation. Together with the highest efficiency in water application, the efficiency in the use of fertilizers has been searched by using the fertirrigation, that is perfectly adjusted to the located irrigation methods, especially in the drip irrigation system. When fertirrigation is used in association with the drip system, some poorly elucidated chemical alterations might occur in the soil. This study was conducted to provide information about the changes proceeding from the use of different nitrogen sources and doses applied by fertirrigation and conventional fertilization upon the characteristics of the soil and the drip-irrigated coffee shrub. The work was carried out with the Catuaí Vermelho cv., during the period from August 2003 to July 2004, in Laje farm located in Teixeiras county-MG. This variety was planted at spacings of 2.5 x 0,8 m (5,000 plants ha - ) and the drip irrigation was used. The following characteristics of the soil were evaluated: CE, pH, Al 3+ , N-NO 3 - , N-NH 4+ , and V. The following characteristics of the plant were analyzed: the plant height, stem diameter, percentage of coffee beans kept in the shrub, number of the emitted internodes, and productivity and analysis of the leaf nutrients. Two assays were accomplished. In assay 1, when analyzing the data of the soil characteristics, the split-plot design was used where the N sources (urea, ammonium sulfate and calcium nitrate) and N doses (200, 400 and 600 kg ha -1 year -1 ) constituted the treatments of the plot, whereas the layers (0-0.10; 0.10-0.20; 0.20-0.30; and 0.30-0.50 m) and the sampled positions (inside and outside the wet bulb), with restrictions to randomization, constituted the treatments of the subplots. In analyzing the characteristics of the coffee shrub, the factorial 3x3 was adopted, with three sources and three doses of N, previously mentioned. In assay 2, when analyzing the data of the soil characteristics, the split-plot design was used, where the N sources (urea, ammonium sulfate and calcium nitrate) and the N application methods (fertirrigation and conventional fertilization) constituted the treatments of the plot, whereas the layers (0-0.10; 0.10-0.20; 0.20-0.30 and 0.30-0.50 m) and the sampled positions (inside and outside of the wet bulb), with restrictions to randomization, constituted the treatments of the subplots. In analyzing the characteristics of the coffee shrub, the factorial 3 x 2 was adopted, as being three N sources and two N- application methods, previously mentioned. The N doses changed the values of the base saturation, electric conductivity, pH, and the nitrogen forms in the wet bulb region. The source of the ammonium sulfate was responsible for the highest content of N-mineral in the soil, thus reducing the risk of leaching losses. The nitrification was higher when the ammonium sulfate was applied by fertirrigation. When urea was applied by fertirrigation, the content of N-NH 4+ was increased with soil depth. The urea provided no acidification to the soil. The characteristics of the coffee shrub were not changed with the sources, doses and the application method of nitrogen. The N sources changed the nutritional characteristics of the coffee shrub. The productivity of the coffee shrub was higher with fertirrigation. / Tese importada do Alexandria

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-06-27T17:39:49Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 128361 bytes, checksum: 061a492cf633776585df4c63ce9d38ad (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-27T17:39:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 128361 bytes, checksum: 061a492cf633776585df4c63ce9d38ad (MD5) Previous issue date: 2001-03-28 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Apresenta-se uma revisão dos fatores que afetam a dinâmica populacional da broca-do-café, Hypothenemus hampei (Ferrari, 1867)(Coleoptera:Scolytidae), e resultados de trabalhos conduzidos com essa praga para melhor conhecimento do seu comportamento reprodutivo e do uso de armadilhas atrativas para captura de seus adultos. São apresentadas sugestões para a utilização do conhecimento acumulado sobre H. hampei e sua relação com o cafeeiro para seu controle, introduzindo-se o conceito de “janelas” como aqueles períodos mais adequados para empregar métodos que visem redução da população da broca, como inseticidas, patógenos, parasitóides e armadilhas atrativas, além de apresentar sugestões de novos estudos a serem desenvolvidos. A broca-do-café se dispersa para frutos próximos daquele em que se desenvolveu na época de maturação dos mesmos, e que seus adultos se acumulam no interior de frutos que permanecem na planta ou caem ao solo depois da colheita. Esses fatores contribuem para a baixa eficiência na captura de seus adultos em armadilhas. Registrou-se uma infestação de 70% dos frutos brocados remanescentes na planta pelo parasitóide Prorops nasuta (Hymenoptera: Bethylidae), indicando que este inimigo natural representa fator importante de redução da população da broca que poderia atacar a safra seguinte. Além disso não há diferença na densidade das diferentes fases do ciclo de vida da broca-do-café nem diapausa reprodutiva em, pelo menos, parte dos adultos de H. hampei que se abrigam nos frutos remanescentes na planta ou caídos ao solo após a colheita. / A review of factors affecting population dynamics of the coffee berry borer is presented. The objectives were to study the reproductive behavior and the use of attractive traps to capture adults of this pest. Suggestions of how to use cumulative knowledge about the pest and its relationship with coffee plants, to enhance pest control, are presented. The concept of “windows”, more adequate periods to employ control methods, such as insecticides, pathogens, parasitoids and attractive traps, is introduced. Suggestions of further studies to be carried out are also presented. It was verified that the borer disperses to fruits closer to that one in which it developed, in the period of fruit maturation. Adults stay in fruits that remain on the plant or fell on the soil after the crop. These factors contribute for the small capture efficiency of the traps. Up to 70% of the bored fruits that remain in the plant have the parasitoid Prorops nasuta (Hymenoptera: Bethylidae), indicating that this natural enemy may be an important factor in pest population reduction in subsequent years. There is no difference in numbers, nor reproductive diapause in at least part of the adults that shelter in remaining or fallen fruits after the crops.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-09-01T11:01:04Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1539110 bytes, checksum: 761b38941e676292b160b2328156a0ae (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-01T11:01:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1539110 bytes, checksum: 761b38941e676292b160b2328156a0ae (MD5) Previous issue date: 2017-02-16 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O cafeeiro é uma das culturas mais importantes no mundo, porém, é atacada por diversas doenças, sendo a ferrugem, causada pelo fungo Hemileia vastatrix, considerada a principal doença em todas as regiões produtivas. O estudo do transcriptoma do cafeeiro durante a interação com H. vastatrix pode auxiliar no controle dessa doença pelo entendimento de quais mecanismos de defesa a planta esta ativando. Em um patossistema, entender a expressão gênica é essencial para a identificação dos genes relacionados com os mecanismos de defesa e resistência da planta, que são ativados pelos genes de patogenicidade do agente causal. Esses genes identificados podem ser utilizados para obtenção de cultivares resistentes. Para estudar o transcriptoma de um organismo, o método que tem sido utilizado é o sequenciamento de mRNA, denominado RNA-Seq. Esta abordagem permite monitorar a expressão de genes da planta e do patógeno em diferentes etapas ao longo do processo infeccioso. Desta forma, o objetivo deste trabalho foi estudar o transcriptoma do cafeeiro durante a interação com H. vastatrix, fungo causador da ferrugem, a fim de identificar os genes que são ativados ou reprimidos em resposta à infecção. Folhas dos cafeeiros C. arabica cv. Caturra CIFC 19/1 (suscetível) e Híbrido de Timor CIFC 832/1 (resistente) foram inoculadas com urediósporos da raça XXXIII de H. vastatrix e coletadas em diferentes tempos após a inoculação (12, 24, 96 horas e 17 dias). Como controle, foram utilizadas folhas dos dois genótipos de café inoculados com água. Após a extração do RNA das amostras, foram obtidas as bibliotecas de cDNA, que foram sequenciadas usando a plataforma Illumina Miseq. As análises dos dados foram realizadas utilizando ferramentas de bioinformática e consistiram em: i) avaliação da qualidade das sequências com o programa FastQC; ii) limpeza dos dados e sobreposição de reads de acordo com os critérios de qualidade, usando Pear e Clean Solexa; iii) mapeamento dos transcritos com o genoma de referência de Coffea canephora e montagem de novo como estratégia complementar; iv) analise de expressão diferencial de genes; v) anotação; e vi) validação de genes candidatos por PCR em tempo real. Um total de 43.159 contigs foram obtidos após o mapeamento contra C. canephora e a montagem de novo. Os resultados sugerem que durante a infecção inicial (12 e 24 hai), o Híbrido de Timor (HdT) foi mais responsivo ao ataque de H. vastatrix em relação ao Caturra por apresentar maior número de genes up-regulated. Foram selecionados treze genes (up- regulated) exclusivos do HdT, para avaliar o padrão de expressão com o uso de qPCR. As estratégias utilizadas para a montagem do transcriptoma foram eficientes e permitiram a obtenção de um banco de dados com qualidade, o qual poderá ser utilizado para mineração de genes expressos no patossistema C. arabica-H. vastatrix durante a infecção. / Coffee is one of the most important crops in the world; however, several diseases, among which coffee rust, caused by the fungus Hemileia vastatrix, is considered the main disease in all producing regions. The study of coffee transcriptome during the interaction with H. vastatrix can help in the control of this disease as it reveals the mechanism of activation of genes involved in defense. In a pathosystem, understanding gene expression is essential for the identification of genes related to plant defense and resistance mechanisms, which are activated by the presence of the pathogen as well as the pathogenicity genes of the microorganism. To study the transcriptome of an organism, the method that has been used is the sequencing of next generation sequencing of mRNA, called RNA-Seq. This approach allows monitoring the gene expression of an organism at different stages throughout the infection process. Thus, the objective of this work was to study the coffee transcriptome during interaction with Hemileia vastatrix, rust-causing fungus, in order to identify genes that are activated or repressed in response to infection. Leaves of two Arabica coffee cultivars, Caturra CIFC 19/1 (susceptible) and Híbrido de Timor CIFC 832/1 (resistant), were inoculated with H. vastatrix race XXXIII and collected at different times after inoculation (12, 24, 96 hours and 17 days). As a control, leaves of the two coffee cultivars were inoculated with water. After extraction of the RNA from the samples, cDNA libraries were constructed and sequenced using the Illumina Miseq platform. Data analyzes were performed using bioinformatics tools and consisted of: i) evaluation of sequence quality with FastQC program; ii) data cleaning and overlapping of reads according to the quality criteria, using Pear and Clean Solexa; iii) mapping of transcripts with the reference genome of Coffea canephora and de novo assembly as a complementary strategy; iv) analysis of differential gene expression; v) annotation; and vi) validation of candidate genes by real-time PCR. A total of 43,159 contigs were obtained after mapping against C. canephora and de novo assembly. The results suggest that during the initial infection (12 and 24 hai), Híbrido de Timor (HdT) was more responsive to H. vastatrix attack than Caturra because it had a higher number of up-regulated genes. Thirteen (up-regulated) genes unique to HdT were selected to evaluate the expression pattern by qPCR. The strategies used to assemble the transcriptome were efficient and allowed to obtain a high quality database, which will be used for mining of genes expressed in the C. arabica-H. vastatrix interaction.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2018-01-15T11:00:14Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1848434 bytes, checksum: d916baef986affaaf7b6ae74e98d10be (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-15T11:00:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1848434 bytes, checksum: d916baef986affaaf7b6ae74e98d10be (MD5) Previous issue date: 2017-02-21 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A eficiência da seleção genômica (GS) utilizando relativa baixa cobertura de marcadores moleculares e tamanho populacional reduzido foi avaliada para o melhoramento genético de Coffea arabica, considerando características oligogênicas. Foram analisadas populações simuladas, até a sexta geração de seleção e autofecundação, com características envolvendo quatro genes com 40% ou 80% de herdabilidade, em cenários com sete densidades de marcadores e cinco tamanhos populacionais. Os valores genéticos genômicos dos indivíduos foram preditos com os métodos BLASSO e RR-BLUP e foram analisadas duas intensidades de seleção e o uso de marcadores dominantes versus codominantes. Em cada cenário foram estimados: coeficiente de endogamia, média e variância genotípica, capacidade preditiva e capacidade seletiva. Foram considerados viáveis os cenários em que os alelos favoráveis foram fixados até a sexta geração e foi procurado o uso mínimo de marcadores e menor tamanho populacional. Quatro resultados iniciais aumentaram a eficiência e eficácia seletiva: o uso de marcadores codominantes, o uso do método RR-BLUP, o aumento da intensidade de seleção e a seleção dos marcadores que maximizaram a acurácia preditiva. Sob estas condições a seleção foi eficaz, sendo que nas características de alta e media herdabilidade foram fixados alelos na sexta geração, usando densidades de marcadores com distância entre marcas de até 6 cM e populações de pelo menos 200 indivíduos. Com 400 indivíduos foi possível a fixação na geração F 5, com as mesmas distâncias entre marcadores. Marcadores dominantes e densidades em que regiões codificadoras não sejam marcadas são os principais inconvenientes para a utilização da GS nos cenários avaliados. / The efficiency of genomic selection (GS) using relative low density molecular markers and reduced population size was evaluated for breeding of Coffea arabica, considering oligogenic traits. Simulated population were analyzed until the sixth generation of selection and selfing, with traits involving four genes with 40% or 80% heritability, in scenarios with seven marker densities and five population sizes. The genomic breeding values of the individuals were predicted using the RR-BLUP and BLASSO methods. Two selection intensities were analyzed, as well as dominant versus codominant markers. The following variables were estimated in each scenario: inbreeding coefficient, genotypic mean and genotypic variance, predictive capacity, and selective capacity. The scenario was considered viable when it used the minimum number of markers and smaller population size, and when the favorable alleles were fixed until the sixth generation. The strategies that increased efficiency and selective efficacy were: use of codominant markers, use of the RR-BLUP method, increase in the intensity of selection, and selection of markers that maximized the predictive accuracy. In intermediate and high heritability traits, the favorable alleles were fixed in F 6 generation, using densities with distances between markers of up to 6 cM, and training populations of at least 200 individuals. Four hundred individuals would allow the fixation in the F 5 generation, with the same distances between markers. Therefore, GS methods can be used to select oligogenic traits in the scenarios evaluated; however, dominant markers and densities where coding regions are not marked are the main drawbacks for the use of these methods.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2016-06-30T14:01:39Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 211620 bytes, checksum: c00fa7898cc762bea55098c800c8fdfb (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-30T14:01:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 211620 bytes, checksum: c00fa7898cc762bea55098c800c8fdfb (MD5) Previous issue date: 2002-07-24 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Desenvolveu-se um modelo mecanístico dinâmico de previsão de produtividade da cultura do cafeeiro baseando-se na integração de modelos matemáticos dos principais processos físicos e fisiológicos envolvidos no crescimento, desenvolvimento e produtividade do cafeeiro. O modelo considerou como dados de entrada as variáveis climáticas temperatura média, precipitação pluvial e radiação solar, e como variáveis de estado, ou dados de saída, as seguintes características da cultura: Índice de área foliar (IAF), taxas fotossintéticas bruta e líquida respectivamente (Fbrut e Fliq), bem como matéria seca final (MSfinal) , produtividade econômica ( Yf), e produtividade estimada ( Yest). O modelo foi testado comparando-se os dados de produtividade de campo aos resultados de produtividade simulada. A média dos desvios percentuais entre os valores de produtividade simulada e produtividade observada foi de –5,85 e o desvio padrão foi de 1,80. O teste objetivo do modelo com dados de produtividade colhidas em campo mostrou que o modelo foi capaz de prever com eficiência a produtividade da cultura, o que indica potencial do mesmo em ser útil na previsão da produtividade da cultura. / A mechanistic dynamic model of productivity estimation for the coffee was developed having as base the integration of mathematical models of the main physical and physiologic processes involved in the growth, development and productivity of the coffee. The model considered as input data the variables climatic medium temperature, pluvial precipitation and solar radiation, and as state variables, or output data, the following characteristics of the culture: Leaf Area Index (IAF), it rates rough and liquid photosynthetic (Fbrut and Fliq), as well as matter evaporates final (MSfinal), economic productivity (Yf) and estimated productivity ( Yest). The model was tested comparing the data of field productivity to the results of simulate productivity. The mean of the percentile deviations between the values of simulate and observed productivity was of -5,85 and the standard deviation was of 1,80. The comparison of the model results against field productivity data showed that the model is capable to forecast with efficiency the productivity of the culture, what indicates potential of the same to be used in the forecast of the productivity of the culture.

Made available in DSpace on 2016-08-29T15:36:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_3375_Maria Christina Delogo Dardengo.pdf: 2115910 bytes, checksum: 894c1cb8d99db866a30d922094a182a5 (MD5) Previous issue date: 2006-02-24 / O objetivo deste trabalho foi avaliar a influência da umidade do solo na capacidade de campo determinada nas tensões de 0,006 MPa (CC1), 0,010 MPa (CC2) e 0,033 MPa (CC3) e de diferentes níveis de déficits hídricos (DH 0%, DH 33% e DH 67%), no crescimento inicial do cafeeiro conilon e no potencial hídrico foliar medido na antemanhã, em um Latossolo Vermelho-Amarelo (LV) e Argissolo Vermelho-Amarelo (PVA). O experimento foi conduzido em casa de vegetação, cultivando-se as plantas em vasos de 12 litros durante 255 dias. O delineamento experimental adotado foi inteiramente casualizado, distribuído em esquema de parcelas subdivididas, com três repetições para cada solo. As avaliações de crescimento foram realizadas a cada 60 dias e os dados analisados pela técnica de superfície de resposta. O teor de umidade do solo na capacidade de campo varia com a tensão adotada em sua determinação. O crescimento do cafeeiro conilon em DH 0% foi superior aos obtidos nos déficits hídricos de 33% e 67% do LV e do PVA. O maior crescimento da cultura foi observado na CC2 do LV e na CC1 do PVA. O menor crescimento foi obtido nos déficits hídricos da capacidade de campo determinada na tensão de 0,003 MPa (CC3) do LV e do PVA, o que inviabiliza a sua adoção na estimativa da lâmina de irrigação, utilizando-se a câmara de pressão de Richards. O potencial hídrico foliar antemanhã (Ψam) mostrou-se bom indicador do grau de hidratação das plantas. A maior hidratação foliar foi observada em DH 0%, sendo para o LV na CC2 (Ψam= -0,17 MPa), estando a água retida pelo solo a um potencial matricial (Ψm) de -0,010 MPa, e para o PVA na CC1 (Ψam = -0,33 MPa), cujo Ψm foi de -0,006 MPa. A menor hidratação ocorreu em DH 67% na CC3 tanto para o LV (Ψam = -0,68 MPa) como para o PVA (Ψam = -1,30 MPa), estando a água retida a um Ψm de -0,20 MPa, para ambos os solos. Em DH 33% e DH 67% nos níveis de capacidade de campo do LV e do PVA, foram verificadas reduções nos valores da área foliar, altura e diâmetro do caule das plantas. O acúmulo de matéria seca total e potencial hídrico foliar antemanhã observados no LV foram superiores aos do PVA, em todos os níveis de capacidade de campo e déficits hídricos, resultando em maior crescimento inicial do cafeeiro conilon, neste solo.