Thesis (M.Sc.)(Zoology)--University of Pretoria, 2007. / Includes summary. Includes bibliographical references. Available on the Internet via the World Wide Web.

No / Triple negative breast cancers (TNBC) are clinically heterogeneous, an aggressive subtype with poor diagnosis and strong resistance to therapy. There is a need to identify novel robust biomarkers with high specificity for early detection and therapeutic intervention. Microarray gene expression-based studies have offered significant advances in molecular classification and identification of diagnostic/prognostic signatures, however sample scarcity and cohort heterogeneity remains area of concern. In this study, we performed integrated analysis on independent microarray big data studies and identified a robust 880-gene signature for TNBC diagnosis. We further identified 16-gene (OGN, ESR1, GPC3, LHFP, AGR3, LPAR1, LRRC17, TCEAL1, CIRBP, NTN4, TUBA1C, TMSB10, RPL27, RPS3A, RPS18, and NOSTRIN) that are associated to TNBC tissues. The 880-gene signature achieved excellent classification accuracy ratio on each independent expression data sets with overall average of 99.06%, is an indication of its diagnostic power. Gene ontology enrichment analysis of 880-gene signature shows that cell-cycle pathways/processes are important clinical targets for triple negative breast cancer. Further verification of 880-gene signature could provide additive knowledge for better understanding and future direction of triple negative breast cancer research.

1. Avaliar diferenças nas comunidades de insetos aquáticos de quatro bacias hidrográficas do estado de São Paulo com diferentes graus de ocupação, relacionando-as em função dos usos da terra e declividade do terreno na sub-bacia a montante dos locais de coleta e em uma zona tampão de 50m, assim como em função de variáveis químicas e físicas da água. 2. Avaliar alterações nas comunidades de insetos aquáticos provenientes de locais com presença ou ausência de mata ripária nas margens. Os dados referem-se às coletas de insetos aquáticos com cestos com substrato artificial; estes ficaram 44 dias em exposição, entre agosto e outubro de 2002. As bacias estudadas foram Alto Paranapanema, Peixe, Aguapeí e São José dos Dourados. Para o primeiro estudo, seis amostras de cada rio foram tomadas, cujas faunas foram identificadas e contadas; Chironomidae foram identificados em nível genérico, os demais insetos, em família. Para interpretação dos resultados, utilizou-se números absoluto e percentual de indivíduos e táxons; índices de diversidade, riqueza, uniformidade e quantidade de táxons de Ephemeroptera, Plecoptera e Trichoptera. Para o geoprocessamento, a partir de mapas digitais, delimitou-se a sub-bacia a montante dos locais de coleta e a zona tampão de 50m ao redor dos rios, para cálculo da percentagem dos usos da terra e da declividade. Para as análises estatísticas, utilizou-se o índice de correlação de Pearson, análise de variância e análise de correspondência. Para o segundo estudo, amostras provenientes dos rios Aguapeí e São José dos Dourados foram tomadas. A fauna foi identificada nos mesmos níveis taxonômicos que o outro estudo. Como resultado do primeiro estudo, trinta e uma famílias foram identificadas, com dominância de Elmidae, Leptohyphidae, Leptophlebiidae, Chironomidae, Simuliidae e Hydropsychidae. Dente as variáveis da água testadas, dez foram capazes de caracterizar os rios. Os usos da terra também foram característicos de alguns rios. Estudo 2. Neste estudo foi encontrado menor número de indivíduos e de táxons nas amostras de mata, entretanto, as análises estatísticas demonstraram que a maior riqueza está relacionada aos locais de mata. Os resultados destes dois estudos permitiram inferir que a preservação da mata ripária imediatamente adjacente ao local é que influencia na comunidade de insetos aquáticos. Os elevados números de indivíduos e de táxons encontrados nos rios das bacias de maior grau degradação pode estar relacionado ao fato controverso de haver um corredor de mata ripário mais bem preservado ao longo destes rios que naqueles de menor ocupação antrópica. Até o presente estudo, pouco era conhecido sobre a entomofauna aquática dos rios aqui estudados; novos táxons foram encontrados, aumentando o conhecimento sobre a diversidade no estado. Outros estudos são necessários para verificar sobre a influência local da mata ripária sobre a comunidade de insetos aquáticos. / 1. To evaluate differences in the aquatic insects communities of four watersheds from the State of São Paulo showing different degrees of human occupation, relating them to the landuses and terrain slope of the watershed and the 50m’s buffer zone upstream of the sample sites as well as in relation to the chemical and physical water variables. 2. To evaluate alterations in the aquatic insects communities living in places showing presence/absence of riparian forest. The data were based on samples of aquatic insects collected with artificial substrates baskets; the exposure time was 44 days between August and October/2002. The watersheds studied were Alto Paranapanema, Peixe, Aguapeí and São José dos Dourados. For the first study, six samples were taken from each river and the fauna was identified and counted, Chironomidae were identified until genus level while the other insects, until family. To analyze the results, total and percentage numbers of individuals and taxons were used, as well as some community indexes, diversity, richness, evenness and total number of Ephemeroptera, Plecoptera and Trichoptera. For the remote sensing methods, information about the watersheds and the 50m’s buffer zone upstream the sample sites were generated from digital maps. The landuses and terrain slope of those areas were calculated. Pearson’s correlation index, analysis of variance and analysis of correspondence were used for the statistical analyses. For the second study, samples from Aguapeí and São José dos Dourados rivers were taken. The faunas were identified in the same levels following the other study. As result of the first study, thirty-one families were identified. Elmidae, Leptohyphidae, Leptophlebiidae, Chironomidae, Simuliidae and Hydropsychidae showed numeric dominance. Ten out 19 chemical and physical variables tested were able to characterize the rivers. The land uses were characteristic of some rivers as well. Study 2. In that study, the samples from forest showed fewer numbers of individuals and taxons, although the statistical analysis showed that, in fact, the greatest richness was associated to places where the forest was present. Both studies permitted us to make the inference that the forest immediately adjacent to the sample site is the most important factor for that fauna. The highest numbers of individuals and taxons from rivers with greatest impacted watersheds may be related to the presence of a better preserved riparian forest surrounding the rivers. Until the present study, little was known about the entomological aquatic fauna of those rivers; new taxons were found increasing the knowledge about the diversity of the State. Other studies are necessary to confirm about the local influence of riparian forest on the insect’s aquatic community.

A partir de 148 amostras com parasitóides da família Braconidae, provenientes de levantamentos realizados com as moscas-das-frutas no Estado de São Paulo, foi feito estudo taxonômico, de distribuição e de associação com as moscas hospedeiras e fruteiras. Em 33 municípios, foram coletados 3.009 exemplares. A subfamília Opiinae foi a mais abundante com 96,2% dos exemplares. Apenas 3,8% dos parasitóides pertenciam à subfamília Alysiinae. Foram coletadas seis espécies de braconídeos: Doryctobracon areolatus (Szépligeti), Doryctobracon brasiliensis (Szépligeti), Utetes anastrephae (Viereck), Opius bellus (Wesmael) e Opius sp. (Wesmael), além do alisiíneo Asobara anastrephae (Muesebeck). A maior parte dos braconídeos (77,5%) pertencia a D. areolatus. Esta espécie foi associada ao maior número de espécies frutíferas (26), em 7 famílias, e ocorreu na maioria dos municípios amostrados (30). Foi associada a Anastrepha fraterculus (Wied.), A. obliqua (Macquart) e A. amita Zucchi, sendo obtida pela primeira vez de larvas de moscas em frutos de wampi, Clausena lansium (Lour) Skeels, e de canela-batalha, Cryptocarya aschersoniana Mez. Doryctobracon brasiliensis foi associada apenas A. fraterculus, sendo registrado pela primeira vez em ameixa-japonesa, Prunus salicina Lindl. Não foi possível associar as demais espécies de parasitóides às moscas-das-frutas. Opius sp. foi associada às larvas em canela-batalha (primeiro registro de planta associada). A percentagem de parasitismo de tefritídeos nos 33 municípios foi de 7,75%, variando de 0,02% a 40%. Foi elaborada uma chave de identificação para as espécies. / This work presents the results of a survey of braconid fruit fly parasitoids from 33 localities in the State of São Paulo. In addition to the taxonomic studies, data of geographical distribution and association of braconid species to insect hosts and associated plants were also performed. A total of 3,009 specimens were colleted. The subfamily Opiinae was the most abundant with 96.2% of specimens colleted, and only 3.8% of the parasitoids belonged to the subfamily Alysiinae. Six species of braconids were collected: Doryctobracon areolatus (Szépligeti), Doryctobracon brasiliensis (Szépligeti), Utetes anastrephae (Viereck), Opius bellus (Wesmael) and Opius sp. (Wesmael), beyond the alisiíneo Asobara anastrephae (Muesebeck). Most of the braconids (77.5%) belonged to D. areolatus. This species was associated with the highest number of fruit tree species (26), in 7 families, and occurred in the majority of the cities sampled (30). It was associated to Anastrepha fraterculus (Wied.), A. obliqua (Macquart) and A. amita Zucchi, and it is recorded for the first time from fruit fly larvae in wampi, Clausena lansium (Lour) Skeels, and in "canela-batalha" fruits, Cryptocarya aschersoniana Mez. Doryctobracon brasiliensis was associated only to A. fraterculus, and it is recorded for the first time in fruit fly larvae in plum, Prunus salicina Lindl. It was not possible to associate the other parasitoid species to the fruit fly species. Opius sp. was associated with the fruit fly larvae in "canela-batalha" (first record of associate plant). The percentage of tephritid parasitism in the 33 cities was of 7.75%, varying from 0.02% to 40%. A key to identification for the braconid species was elaborated.

A partir de 148 amostras com parasitóides da família Braconidae, provenientes de levantamentos realizados com as moscas-das-frutas no Estado de São Paulo, foi feito estudo taxonômico, de distribuição e de associação com as moscas hospedeiras e fruteiras. Em 33 municípios, foram coletados 3.009 exemplares. A subfamília Opiinae foi a mais abundante com 96,2% dos exemplares. Apenas 3,8% dos parasitóides pertenciam à subfamília Alysiinae. Foram coletadas seis espécies de braconídeos: Doryctobracon areolatus (Szépligeti), Doryctobracon brasiliensis (Szépligeti), Utetes anastrephae (Viereck), Opius bellus (Wesmael) e Opius sp. (Wesmael), além do alisiíneo Asobara anastrephae (Muesebeck). A maior parte dos braconídeos (77,5%) pertencia a D. areolatus. Esta espécie foi associada ao maior número de espécies frutíferas (26), em 7 famílias, e ocorreu na maioria dos municípios amostrados (30). Foi associada a Anastrepha fraterculus (Wied.), A. obliqua (Macquart) e A. amita Zucchi, sendo obtida pela primeira vez de larvas de moscas em frutos de wampi, Clausena lansium (Lour) Skeels, e de canela-batalha, Cryptocarya aschersoniana Mez. Doryctobracon brasiliensis foi associada apenas A. fraterculus, sendo registrado pela primeira vez em ameixa-japonesa, Prunus salicina Lindl. Não foi possível associar as demais espécies de parasitóides às moscas-das-frutas. Opius sp. foi associada às larvas em canela-batalha (primeiro registro de planta associada). A percentagem de parasitismo de tefritídeos nos 33 municípios foi de 7,75%, variando de 0,02% a 40%. Foi elaborada uma chave de identificação para as espécies. / This work presents the results of a survey of braconid fruit fly parasitoids from 33 localities in the State of São Paulo. In addition to the taxonomic studies, data of geographical distribution and association of braconid species to insect hosts and associated plants were also performed. A total of 3,009 specimens were colleted. The subfamily Opiinae was the most abundant with 96.2% of specimens colleted, and only 3.8% of the parasitoids belonged to the subfamily Alysiinae. Six species of braconids were collected: Doryctobracon areolatus (Szépligeti), Doryctobracon brasiliensis (Szépligeti), Utetes anastrephae (Viereck), Opius bellus (Wesmael) and Opius sp. (Wesmael), beyond the alisiíneo Asobara anastrephae (Muesebeck). Most of the braconids (77.5%) belonged to D. areolatus. This species was associated with the highest number of fruit tree species (26), in 7 families, and occurred in the majority of the cities sampled (30). It was associated to Anastrepha fraterculus (Wied.), A. obliqua (Macquart) and A. amita Zucchi, and it is recorded for the first time from fruit fly larvae in wampi, Clausena lansium (Lour) Skeels, and in "canela-batalha" fruits, Cryptocarya aschersoniana Mez. Doryctobracon brasiliensis was associated only to A. fraterculus, and it is recorded for the first time in fruit fly larvae in plum, Prunus salicina Lindl. It was not possible to associate the other parasitoid species to the fruit fly species. Opius sp. was associated with the fruit fly larvae in "canela-batalha" (first record of associate plant). The percentage of tephritid parasitism in the 33 cities was of 7.75%, varying from 0.02% to 40%. A key to identification for the braconid species was elaborated.

1. Avaliar diferenças nas comunidades de insetos aquáticos de quatro bacias hidrográficas do estado de São Paulo com diferentes graus de ocupação, relacionando-as em função dos usos da terra e declividade do terreno na sub-bacia a montante dos locais de coleta e em uma zona tampão de 50m, assim como em função de variáveis químicas e físicas da água. 2. Avaliar alterações nas comunidades de insetos aquáticos provenientes de locais com presença ou ausência de mata ripária nas margens. Os dados referem-se às coletas de insetos aquáticos com cestos com substrato artificial; estes ficaram 44 dias em exposição, entre agosto e outubro de 2002. As bacias estudadas foram Alto Paranapanema, Peixe, Aguapeí e São José dos Dourados. Para o primeiro estudo, seis amostras de cada rio foram tomadas, cujas faunas foram identificadas e contadas; Chironomidae foram identificados em nível genérico, os demais insetos, em família. Para interpretação dos resultados, utilizou-se números absoluto e percentual de indivíduos e táxons; índices de diversidade, riqueza, uniformidade e quantidade de táxons de Ephemeroptera, Plecoptera e Trichoptera. Para o geoprocessamento, a partir de mapas digitais, delimitou-se a sub-bacia a montante dos locais de coleta e a zona tampão de 50m ao redor dos rios, para cálculo da percentagem dos usos da terra e da declividade. Para as análises estatísticas, utilizou-se o índice de correlação de Pearson, análise de variância e análise de correspondência. Para o segundo estudo, amostras provenientes dos rios Aguapeí e São José dos Dourados foram tomadas. A fauna foi identificada nos mesmos níveis taxonômicos que o outro estudo. Como resultado do primeiro estudo, trinta e uma famílias foram identificadas, com dominância de Elmidae, Leptohyphidae, Leptophlebiidae, Chironomidae, Simuliidae e Hydropsychidae. Dente as variáveis da água testadas, dez foram capazes de caracterizar os rios. Os usos da terra também foram característicos de alguns rios. Estudo 2. Neste estudo foi encontrado menor número de indivíduos e de táxons nas amostras de mata, entretanto, as análises estatísticas demonstraram que a maior riqueza está relacionada aos locais de mata. Os resultados destes dois estudos permitiram inferir que a preservação da mata ripária imediatamente adjacente ao local é que influencia na comunidade de insetos aquáticos. Os elevados números de indivíduos e de táxons encontrados nos rios das bacias de maior grau degradação pode estar relacionado ao fato controverso de haver um corredor de mata ripário mais bem preservado ao longo destes rios que naqueles de menor ocupação antrópica. Até o presente estudo, pouco era conhecido sobre a entomofauna aquática dos rios aqui estudados; novos táxons foram encontrados, aumentando o conhecimento sobre a diversidade no estado. Outros estudos são necessários para verificar sobre a influência local da mata ripária sobre a comunidade de insetos aquáticos. / 1. To evaluate differences in the aquatic insects communities of four watersheds from the State of São Paulo showing different degrees of human occupation, relating them to the landuses and terrain slope of the watershed and the 50m’s buffer zone upstream of the sample sites as well as in relation to the chemical and physical water variables. 2. To evaluate alterations in the aquatic insects communities living in places showing presence/absence of riparian forest. The data were based on samples of aquatic insects collected with artificial substrates baskets; the exposure time was 44 days between August and October/2002. The watersheds studied were Alto Paranapanema, Peixe, Aguapeí and São José dos Dourados. For the first study, six samples were taken from each river and the fauna was identified and counted, Chironomidae were identified until genus level while the other insects, until family. To analyze the results, total and percentage numbers of individuals and taxons were used, as well as some community indexes, diversity, richness, evenness and total number of Ephemeroptera, Plecoptera and Trichoptera. For the remote sensing methods, information about the watersheds and the 50m’s buffer zone upstream the sample sites were generated from digital maps. The landuses and terrain slope of those areas were calculated. Pearson’s correlation index, analysis of variance and analysis of correspondence were used for the statistical analyses. For the second study, samples from Aguapeí and São José dos Dourados rivers were taken. The faunas were identified in the same levels following the other study. As result of the first study, thirty-one families were identified. Elmidae, Leptohyphidae, Leptophlebiidae, Chironomidae, Simuliidae and Hydropsychidae showed numeric dominance. Ten out 19 chemical and physical variables tested were able to characterize the rivers. The land uses were characteristic of some rivers as well. Study 2. In that study, the samples from forest showed fewer numbers of individuals and taxons, although the statistical analysis showed that, in fact, the greatest richness was associated to places where the forest was present. Both studies permitted us to make the inference that the forest immediately adjacent to the sample site is the most important factor for that fauna. The highest numbers of individuals and taxons from rivers with greatest impacted watersheds may be related to the presence of a better preserved riparian forest surrounding the rivers. Until the present study, little was known about the entomological aquatic fauna of those rivers; new taxons were found increasing the knowledge about the diversity of the State. Other studies are necessary to confirm about the local influence of riparian forest on the insect’s aquatic community.