Les grands dauphins sont des cétacés sociaux qui se servent principalement du canal acoustique pour communiquer sur de longues distances ou dans des habitats dont la visibilité est limitée. Il y a un manque général d’information concernant l’utilisation de cettecommunication acoustique au sein de son groupe social. Cependant, la production vocale des grands dauphins comprend des sifflements, des clics et des sons pulsés en rafale, avec certains sifflements appelés « signatures sifflées » qui pourraient être utilisés pour s’adresser les uns aux autres. Au cours de cette thèse, nous avons développé un système facilement déployable qui identifie l'animal produisant le son et permet des observations comportementales sous-marines simultanées. Nous avons testé cette méthodologie avec des grands dauphins en liberté et en captivité. La présente thèse de doctorat vise à mieux comprendre la communication des grands dauphins au sein de leur groupe social. D'abord, j'ai développé deux études visant à décrire comment l'activité vocale des dauphins captifs varie en relation avec le comportement et l'interaction avec les humains. Deuxièmement, je présente la conception et la mise en oeuvre d'une méthodologie innovante (système BaBeL) qui permet la localisation du dauphin vocalisant dans un environnement tridimensionnel, et qui peut être utilisé en captivité et avec des dauphins en liberté. Enfin, je présente deux applications de cette méthodologie de localisation pour aborder des questions de recherche concernant le comportement exploratoire d'une jeune dauphin et l'utilisation de vocalisations pour des mouvements coordonnés chez les grands dauphins. / Bottlenose dolphins are highly social cetaceans that strongly rely on acoustic communication and signaling. The diversity of sounds emitted by the species has been structurally classified in whistles, clicks and burst-pulsed sounds, with some whistles called « signature whistles » that are used as cohesion calls. During this thesis, we developed an easily deployable system that identifies the animal producing sound and allows simultaneous underwater behavioral observations. We tested this methodology with bottlenose dolphins infreedom and in captivity. The present doctoral thesis aims to better understand the communication of bottlenose dolphins within their social group. First, I developed two studies to describe how the signature and non-signature whistle rate of captive dolphins varies in relation to behavior and interaction with humans. Secondly, I present the design and implementation of an innovative methodology (BaBeL system) that allows the localization of vocalizing dolphins in a three-dimensional environment, and which can be used in captivity and with free-range dolphins. Finally, I present two applications of this location methodology to address research questions regarding the exploratory behavior of a young dolphin and the use of vocalizations for coordinated movements in bottlenose dolphins.

Ce mémoire porte sur l'implantation des stratégies de diffusion au sein de trois grandes entreprises de presse québécoises et leur degré d'utilisation de la stratégie du piège à clic pour attirer l'attention du lecteur. Marquées par une période de changements des modèles médiatiques et avec l'avènement des réseaux sociaux dans le monde journalistique, les entreprises de presse ont dû adapter leurs stratégies pour rejoindre leur lectorat sur de nouvelles plateformes. Dans une logique de coopétition avec les plateformes d'infomédiation (Bouquillion, Miège et Moeglin, 2013), cette étude se focalise sur l'analyse des stratégies de diffusion des contenus sur la plateforme Facebook, et la présence de publications se rapprochant d'une définition du piège à clic proposée par Chen, Conroy et Rubin (2015) dans trois entreprises distinctes, soit Radio-Canada (ICI Québec), Québecor (Le Journal de Québec) et Groupe Capitales Médias (Le Soleil). En utilisant un cadre théorique qui mobilise la théorie des industries culturelles et la notion de filière, notamment celle de l'infomédiation et celle de l'économie de l'attention, nous examinons dans quelle mesure la recherche du sensationnel et de la viralité pour générer des clics est présente chez ces acteurs. La recherche fait appel à une méthode mixte à dominance qualitative et propose cinq facteurs recensés dans les recherches antérieures pour évaluer et quantifier l'utilisation de la méthode du piège à clic dans les entreprises de presse québécoises. Par ailleurs, des entrevues réalisées avec les gestionnaires de contenus des entreprises permettent de comprendre les cadres des stratégies de diffusion et leur vision de l'utilisation d'une telle stratégie. À l'issue de l'analyse de trois journées de publication pour chaque entreprise, nous ne pouvons retrouver l'utilisation du piège à clic dans sa version la plus aboutie. L'analyse montre que certains indicateurs sont plus présents que d'autres lors la diffusion sur les réseaux sociaux et nous pouvons conclure que la fidélisation du public basée sur l'établissement d'une relation de confiance, plutôt que la recherche d'un très vaste auditoire rapidement, reste au cœur des stratégies de diffusion de ces entreprises de presse. / This study aims to analyze Facebook editorial strategies by Quebec media companies and their eventual use of clickbait strategies. Marked by technological and socioeconomic shifts within the media landscape for almost two decades, media companies must adapt their publication strategies to new media platforms, including those of social network sites such as Facebook and infomediaries. This research evaluates the presence of indicators of a clickbait derived from existing literature (Chen, Conroy et Rubin , 2015)) and its use by three different Quebec media companies: Radio-Canada/CBC (ICI Québec), Groupe Capitales Médias (Le Soleil) and Quebecor (le Journal de Québec). Based on a mixed methods qualitative research, which combines content analysis of Facebook publications to quantify the use of clickbait within these three companies, and open interviews with content managers to further understand the broadcast strategies put in place, we find that there is no significant use of clickbait strategies within these media companies. However, the analysis shows that certain indicators are definitely more present, as media companies try to get attention on Facebook while trying to work on a long-term reader retention based on trust, rather than count on short-lived viral attention.

Le développement des technologies de recombinaison en biologie moléculaire fut un point tournant pour les sciences biologiques. Depuis cette découverte, diverses avancées extraordinaires qui ont un impact direct sur les humains ont pu être accomplies dans les domaines de recherches qui découlent de cette technologie. L’étude des enzymes produites en utilisant cette technique est le fondement de leurs applications éventuellement accessibles. À cet effet, la biocatalyse est un sous-domaine de l’enzymologie en développement continuel. Les chimistes et ingénieurs utilisent les composantes de systèmes biologiques ou même des systèmes complets afin de complémenter ou remplacer des méthodologies existantes. Cette thèse étudie la famille d’enzymes transglutaminase (TGase) comme biocatalyseur afin d’explorer et d’étendre l’ubiquité et les innovations rendues possibles grâce aux enzymes. Les TGases sont des enzymes versatiles. Leur homologue bactérien, la transglutaminase bactérienne (MTG), est couramment utilisé à l’échelle industrielle pour la transformation alimentaire. Depuis une dizaines d’années, de nombreux efforts ont été faits afin de trouver de nouvelles applications des TGases. En premier lieu, une revue des accomplissements, progrès et défis reliés au développement des TGases sera décrite. Les TGases sont intrinsèquement des catalyseurs de la formation de lien isopeptidiques entre une glutamine et une lysine. Par ce fait, elles ont été initialement testées dans cette thèse pour la synthèse de peptides. Une forme de l’enzyme TGase de mammifères fut en mesure de générer les composés dipeptidiques Gly-Xaa et D-Ala-Gly avec une faible conversion. La MTG possède plusieurs caractéristiques qui font de cette enzyme un candidat intéressant pour le développement de biotechnologies. Elle est stable, non dépendante d’un cofacteur et connait peu de compétition pour sa réaction catalytique inverse. La majeure partie de cette thèse porte exclusivement sur l’utilisation de la MTG. Nous avons développé et caractérisé une réaction chimio-enzymatique en un seul pot pour la conjugaison de peptides et protéines. La présence de glutathion en quantité suffisante permet de contourner l’incompatibilité de la MTG avec le cuivre et ouvre la porte à l’utilisation de la réaction de cycloaddition entre un alcyne et un azoture catalysée par le cuivre, afin d’effectuer le marquage fluorescent de protéines. L’utilisation d’autres méthodes de chimie « click » sans métaux fut aussi étudiée afin d’incorporer divers substrats protéiques. Le marquage de protéines avec la MTG fut investigué de manière combinatoire. Précisément, la ligation de Staudinger, la cycloaddition azoture-alcyne promue par la tension de cycle, ainsi que la ligation de tetrazine (TL) ont été testées. Différents niveaux de conversion ont été atteints, le plus prometteur étant celui obtenu avec la TL. Une étude par cristallographie a été effectuée afin d’élucider comment les substrats contenant une glutamine interagissent avec la MTG. Une méthode de purification alternative de la MTG a été développée afin d’atteindre ce but. Une discussion sur les stratégies et défis est présentée. Finalement, la conjugaison entre un système contenant la MTG comme biocatalyseur de marquage, le domaine B1 de la protéine G (GB1) comme substrat et d’un fluorophore contenant une amine comme sonde fut étudié. Comme deux des constituants de ce système sont des protéines, l’ingénierie d’enzyme peut être entreprise afin d’améliorer leurs propriétés. Une banque de 24 variantes de GB1 fut construite grâce à une approche semi-rationnelle afin d’investiguer quels facteurs sont déterminants pour la sélectivité de la MTG envers la glutamine. Chaque variante étudiée comportait une seule glutamine à une position variable afin d’évaluer l’impact des éléments de structure secondaire où se retrouve la glutamine. L’efficacité pour le marquage a pu être améliorée d’au moins un ordre de grandeur pour huit des substitutions étudiées. Comme chacune des structures secondaires fut marquée, il fut démontré que la MTG n’en préfère pas une en particulier. De plus, la réactivité de la MTG envers la variante I6Q-GB1 fut augmentée en créant des mutations dans son site actif. Ces résultats permettent de comprendre d’avantage la sélectivité de la MTG envers la glutamine, tout en démontrant le potentiel de cette enzyme à être modifiée afin d’être améliorée. / The development of recombinant molecular biology technologies was a turning point for the biological sciences, which has since evolved into dozens upon dozens of different subfields and contributed to extraordinary advances for humans. At the core of many of these advances are the enzymes produced by these techniques, with efforts to understand their form and function laying the groundwork for their application. One of these continuously advancing subfields rooted in enzymology is biocatalysis, in which chemists and engineers embrace biological components and systems to complement, or even replace, existing methodologies. This thesis seeks to further contribute to the advancement and ubiquity of enzymes to be incorporated into future innovations. To this end, transglutaminase (TGase) is the biocatalyst selected for study. TGases are versatile enzymes, with the bacterial homolog, microbial transglutaminase (MTG) being readily used in industrial processes for years, particularly for food processing. An abundance of efforts seeking to apply TGases to other processes have been made within the last decade. We commence by reviewing the accomplishments, progress, and challenges to developing TGase towards new goals. TGase naturally catalyzes the formation of isopeptide bonds utilizing a glutamine and lysine substrates, and one of its first unconventional applications we investigated was for peptide synthesis. We determined the ability and specificity of one form of TGase for various amino acid-derived substrates, observing the formation of Gly-Xaa and D-Ala-Gly dipeptide products, albeit at a low conversion. MTG exhibits several characteristics that make it an appealing candidate for biotechnological development, such as its independence from a cofactor, little competition for its reverse catalytic reaction, and increased stability relative to mammalian TGases. Therefore, the remainder of this thesis pertains exclusively to MTG. We developed and extensively characterized a one-pot chemoenzymatic peptide and protein conjugation scheme. The presence of sufficient glutathione circumvents the incompatibility of the copper-catalyzed azide-alkyne cycloaddition with MTG owing to the presence of copper. We ultimately utilized this chemoenzymatic conjugation scheme for fluorescent protein labeling. We continue to expand upon combinatorial methods to undertake protein labeling by investigating to what extent metal-free click chemistries can be utilized in combination with MTG. Specifically, the Staudinger ligation, strain-promoted azide-alkyne cycloaddition, and tetrazine ligation (TL) were assayed on protein substrates to reveal varying levels of effective conjugation, with the TL being the most promising of the three. The details surrounding the manner in which MTG interacts with its glutamine-containing substrate remains unclear. To address this knowledge gap, we sought to pursue crystallography studies, which required the development a modified purification strategy. We discuss the strategies we investigated and the challenges surrounding such efforts. Finally, we present a conjugation system consisting of MTG as the labeling biocatalyst, the B1 domain of Protein G (GB1) as a substrate, and a small-molecule amine belonging to a recently developed class of fluorophores as a probe. As two components of this system are proteins, enzyme engineering can be applied to further improve their properties. A semi-rational approach was used to generate a 24-member GB1 library to probe the structural determinants of MTG’s glutamine selectivity. Each variant contained a single glutamine at varying positions covering all secondary structure elements, and assayed for reactivity. Eight substitutions resulting in an increased labeling efficiency of at least an order of magnitude were distributed throughout all secondary structure elements, indicating that MTG does not favor one preferentially. In addition, introducing point mutations within MTG’s active site also resulted in increased reactivity towards variant I6Q-GB1. Our results contribute further to understanding the nature of MTG’s glutamine selectivity, while simultaneously demonstrating the potential enzyme engineering has to improve and adjust this system.

El objetivo de la tesis consiste en el estudio y análisis de la localización de objetos en el entorno real mediante sonidos, así como la posterior integración y ensayo de un dispositivo real basado en tal técnica y destinado a personas con discapacidad visual. Con el propósito de poder comprender y analizar la localización de objetos se ha realizado un profundo estado de arte sobre los Sistemas de Navegación desarrollados durante las últimas décadas y orientados a personas con distintos grados de discapacidad visual. En el citado estado del arte, se han analizado y estructurado los dispositivos de navegación existentes, clasificándolos de acuerdo con los componentes de adquisición de datos del entorno utilizados. A este respecto, hay que señalar que, hasta el momento, se conocen tres clases de dispositivos de navegación: 'detectores de obstáculos', que se basan en dispositivos de ultrasonidos y sensores instalados en los dispositivos electrónicos de navegación con el objetivo de detectar los objetos que aparecen en el área de trabajo del sistema; 'sensores del entorno' - que tienen como objetivo la detección del objeto y del usuario. Esta clase de dispositivos se instalan en las estaciones de autobús, metro, tren, pasos de peatones etc., de forma que cuando el sensor del usuario penetra en el área de alcance de los sensores instalados en la estación, éstos informan al usuario sobre la presencia de la misma. Asimismo, el sensor del usuario detecta también los medios de transporte que tienen instalado el correspondiente dispositivo basado en láser o ultrasonidos, ofreciendo al usuario información relativa a número de autobús, ruta etc La tercera clase de sistemas electrónicos de navegación son los 'dispositivos de navegación'. Estos elementos se basan en dispositivos GPS, indicando al usuario tanto su locación, como la ruta que debe seguir para llegar a su punto de destino. Tras la primera etapa de elaboración del esta / Dunai ., L. (2010). Design, modeling and analysis of object localization through acoustical signals for cognitive electronic travel aid for blind people [Tesis doctoral no publicada]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/8441 / Palancia