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Diversidade, estrutura genética e parentesco em populações de [Hevea brasiliensis (Willd. Ex Adr. de Juss.) Muell.- Arg.] conservadas ex situ /

Silva, Murilo da Serra January 2019 (has links)
Orientador: Miguel Luiz Menezes Freitas / Resumo: Este estudo teve como finalidade conhecer a diversidade genética de duas populações de Hevea brasiliensis, conservadas ex situ em Selvíria-MS e Marabá-PA, bem como estimar os parâmetros genéticos e medidas de dissimilaridade de suas progênies. Foram utilizados15 locos microssatélites para investigar a diversidade e estrutura genética e o parentesco de 18 matrizes da POP SEL e 46 da POP MAB. No ano de 2016, foi instalado em Selvíria-MS um teste de progênies a partir de sementes das referidas matrizes. As progênies foram avaliadas por meio de cinco variáveis silviculturais e oito morfológicas. A população de Selvíria apresentou número total de alelos (100) menor do que a população Marabá (179), com a média por locos de 6,7 e 11,9, respectivamente. A heterozigosidade esperada (He ), heterozigosidade observada ( Ho) e o índice de fixação (F) foram semelhantes entre populações, mas a riqueza alélica (R ) foi maior em Selvíria. A diferenciação genética entre as populações ( = 0,28) revelou que 72% da diversidade genética está distribuída dentro das populações. O coeficiente médio de coancestria dentro de ambas as populações foi positivo, mas os valores foram próximos de zero (< 0,08) e considerando indivíduos de ambas as populações, a coancestria media foi zero (-0,001). A estimativa de parâmetros genéticos utilizando o modelo linear misto univariado aditivo REML/BLUP, demonstrou que a herdabilidade individual não foi significativa para a maioria das variáveis observadas nas progên... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: This study aimed to know the diversity, genetic structure and kinship of genotypes of two populations of Hevea brasiliensis, conserved ex situ in Selvíria-MS and Marabá-PA, as well as to evaluate the genetic parameters and measures of dissimilarity of their progenies. 15 microsatellite loci were used to investigate the diversity and genetic structure and kinship of 18 matrices from Selvíria-MS and 46 from Marabá-PA. In the year 2016, a progeny test was installed in Selvíria-MS from seeds of said matrices. The progenies were evaluated by means of five silvicultural variables and eight morphological variables. The population of Selvíria presented a total number of alleles (100) smaller than the Marabá population (179) with the average per locos of 6,7 and 11,9 respectively. The expected heterozygosity (eH), observed heterozygosity (oH) and fixation index (F) were similar among populations, but allelic richness (R) was higher in Selvíria. Genetic differentiation among populations (Gst = 0.28) revealed that 72% of genetic diversity is distributed within populations. The mean coefficient of coancestria within both populations was positive, but values were close to zero (<0.08) and considering individuals from both populations, mean covensis was zero (-0.001). The univariate mixed linear additive model methodology REML / BLUP showed that the individual heritability parameter was not significant for most of the variables observed in the progenies. However, they presented mean herita... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor
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Seleção genética de progênies de irmãos completos obtidos entre espécies de Eucalyptus sp, visando a produção de carvão vegetal / Genetic selection of progenies of full siblings obtained between different species of Eucalyptus sp, aiming the production of charcoal

Henriques, Eduardo Pinheiro [UNESP] 14 December 2016 (has links)
Submitted by EDUARDO PINHEIRO HENRIQUES null (eduardopinheirohenriques@gmail.com) on 2017-02-06T22:32:27Z No. of bitstreams: 1 Tese Final1 com aprov e ficha.pdf: 2417094 bytes, checksum: bda3581bb8106d9b208aba3daac23763 (MD5) / Approved for entry into archive by LUIZA DE MENEZES ROMANETTO (luizamenezes@reitoria.unesp.br) on 2017-02-09T19:37:40Z (GMT) No. of bitstreams: 1 henriques_ep_dr_bot.pdf: 2417094 bytes, checksum: bda3581bb8106d9b208aba3daac23763 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-09T19:37:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 henriques_ep_dr_bot.pdf: 2417094 bytes, checksum: bda3581bb8106d9b208aba3daac23763 (MD5) Previous issue date: 2016-12-14 / Testes de Progênies de polinização aberta ou controlada são técnicas que permitem ao melhorista orientar o seu programa de melhoramento com base no potencial genético do material de que dispõe. Na atualidade são empregados programas computacionais avançados com base em modelos matemáticos de genética quantitativa. A partir dos dados dos parâmetros genéticos quantitativos, parâmetros moleculares calculados com dados de DNA, avaliações aos 2, 5 e 7 anos de idade dos caracteres altura das plantas (ALT) (m), diâmetro à altura do peito (DAP) (cm), volume individual das árvores (VOL) (m), genotipagem de 33 genitores femininos e 41 masculinos, quando foram analisados 14 locos microssatélites SSR, pode-se traçar a linha de trabalho de melhoramento com segurança nos resultados almejados. O objetivo deste estudo foi (i) formar um pomar de recombinação, (ii) formar um pomar de hibridação com as melhores progênies das famílias, (iii) identificar as famílias excepcionais para propagação seminal e clonal, (iv) selecionar as 10 melhores progênies para clonagem e (v) formar um Pomar de Semente Testada com as populações genitoras feminina e masculina. O delineamento experimental do teste foi de blocos casualisados com 286 tratamentos (cruzamentos), em 8 repetições de parcelas lineares de 6 plantas. O teste da razão de verossimilhança (LTR) revelou diferenças de alta significância, ao nível de 1% de probabilidade (p<0,001), entre todos os caracteres avaliados e em todas as idades de avaliação. A herdabilidade individual entre os sexos no sentido restrito (h2 a) foi de aproximadamente o dobro da herdabilidade dos efeitos de dominância entre machos e fêmeas (h2 dom). A herdabilidade individual entre os sexos nos sentido amplo, ou seja, dos efeitos genotípicos totais (h2 g) foi de 0,4 aos dois anos, 0,34 aos cinco anos e de 0,21, para o caráter altura aos sete anos de idade. Estes valores indicam sucesso na seleção dentro da população. As acurácias geral de machos (Acgm), geral de fêmeas (Acgf) e geral dos cruzamentos (Acgcruz) são altas, tendo em vista que se 2 situam acima de 0,75 para todos os caracteres em todas as idades estudadas. Isto indica que a seleção a ser realizada terá garantia de acerto acima de 70%. Os parâmetros moleculares evidenciaram não haver endogamia, coancestria e nem parentesco entre os indivíduos das populações dos genitores. A identidade genética é da ordem de 0,800 e a distância de 0,222. As populações de genitores compartilham apenas duas estruturas genéticas do genoma. Foram selecionadas (i) 32 famílias excepcionais e nelas (ii) 256 indivíduos para formação do pomar de recombinação, com produtividade média de 74,24 m³ ha-1 ano-1, (iii) 65 progênies para estabelecimento do pomar de hibridação com a mesma produtividade média. No “ranking” de indivíduos foram selecionados os melhores, para clonagem, com produtividade média de 86,08 m³ ha-1 ano-1. / Progeny tests of open or controlled pollination are techniques that allow the breeder to guide its improvement program based on the genetic material of the available material. At the present time advanced computer programs based on mathematical models of quantitative genetics are used. From data of the quantitative genetic parameters, molecular parameters calculated with DNA data, evaluations at 2, 5 and 7 years of age of characters, height of plants (HGT) (m), diameter at breast height (DBH) (cm), individual volume of trees (VOL) (m) and genotyping of 33 female and 41 male parents, when fourteen SSR microsatellite loci were analyzed, it is possible to draw the working line for safely improving the desired results. The objective of this study is (i) forming a recombination orchard, (ii) forming a hybridization orchard with the best progenies of the families, (iii) identifying exceptional families to seed and clonal propagation, (iv) selecting the 10 best progenies for cloning and (v) creating an Orchard of Tested Seeds with female progenitor population. The experimental design of the test was the one of randomized blocks with 286 treatments (crossings) in eight repetitions of linear parcels of 6 plants. The likelihood ratio test (LRT) revealed differences of high significance, at the level of 1% of probability (p<0.001), between all evaluated characters and in all evaluating ages. Individual heritability between sexes in the restricted sense (h2 a) was approximately the double or the heritability of dominance effects between males and females (h2 dom). Individual heritability between sexes in the broad sense, in other words, of total phenotypic effects (h2 g) was 0.4 at two years, 0.34 at five years and 0.21 at seven years of age. Those values indicate success of population selection. General accuracy of males (Gacm), general accuracy of females (Gafm) and general accuracy of plant breeding (Gacgcross) are high, considering that they are over 0.75 for all characters in all studied ages. This indicates that the selection to be performed will have a guaranteed accuracy over 70%. Molecular parameters evidenced that there are no endogamy and no relatedness between individuals from the genitors’ 4 populations. Genetic identity is in the order of 0.800 and distance 0.222. Genitors’ populations shared only two genetic structures of the genome. Thirty-two exceptional families (i) were selected and from them (ii) 256 individuals for formation of recombination orchard, with mean production of 74.24 m³ ha-1 year-1, (iii) 65 progenies for establishment of hybridization orchard with the same average production. In the ranking of individuals, the best ones were selected, for cloning, with mean productivity of 86.08 m³ ha-1 year-1.
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Variação genética, herdabilidades e ganhos na seleção para caracteres de crescimento e forma, em teste de progênies de polinização aberta de Eucalyptus cloeziana, aos 24 anos de idade em Luiz Antônio-SP

Berti, Christian Luis Ferreira [UNESP] 26 March 2010 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:29:42Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-03-26Bitstream added on 2014-06-13T21:00:02Z : No. of bitstreams: 1 berti_clf_me_ilha.pdf: 1147349 bytes, checksum: 79588686dea2715fc03a56db3c25b881 (MD5) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / O objetivo deste estudo foi estimar parâmetros genéticos para caracteres de crescimento e forma em um teste de progênies de Eucalyptus cloeziana, com 24 anos de idade, estabelecido em Luiz Antônio, SP. O teste foi instalado com sementes de polinização aberta provenientes de 35 árvores matrizes oriundas de Helenvale e Cardwell St. Forest, Austrália. O delineamento experimental utilizado foi o de blocos ao acaso, com parcela composta por apenas uma planta, com 100 repetições. O ensaio foi mensurado aos 24 anos de idade para diâmetro a altura do peito (DAP), altura total, volume e forma. Foram detectadas diferenças significativas entre progênies para todos os caracteres avaliados. Foram detectados altos coeficientes de variação genética e herdabilidade para todos os caracteres estudados, o que demonstra um forte controle genético na herança destes e a possibilidade de se obter altos ganhos com a seleção massal e individual entre e dentro de progênies. Os ganhos esperados para plantios com 24 anos de idade, realizados em locais com as mesmas características ambientais de Luiz Antônio e com sementes coletadas após a seleção no teste de progênies, foram estimados em 42,91% para DAP e 16,82% para altura / The aim of this study was to estimate genetic parameter for growth and stem shape traits in a progeny test of Eucalyptus cloeziana, at 24 years old, established in Luiz Antônio, SP. The trial was established with open-pollinated seeds from 35 mother trees from provenances Helenvale and Cardwell St. Forest, Australia. The trial was established in a random block design, with single tree plots and 100 replications. The trial was measured at 24 years old of age for diameter at breast height (DBH), total height, volume and stem shape. All studied traits presented significant differences among progenies. All studied traits presented also high coefficient of variation and heritability, showing a strong genetic control in this traits and the possibility to obtain genetic gains by massal and among and within progenies selection. The expected genetic gains for stands with 24 years old, growing in sites with the same environmental characteristics of Luiz Antônio and with seeds collected after selection in the progeny test were estimated in 42.91% for DAP and 16.82% for height
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Diversidade genética, sistema de reprodução e parentesco em progênies de Eucalyptus urophylla S.T. Blake /

Pupin, Silvelise. January 2018 (has links)
Orientador: Mario Luiz Teixeira de Moraes / Resumo: O êxito dos programas de melhoramento florestal requer que a predição do progresso genético seja proporcional ao progresso genético real. Para isso, é possível unir a genética quantitativa com ferramentas moleculares, que permitem estimar parâmetros com maior acuidade para seleção. O objetivo foi verificar a diversidade genética, o sistema de reprodução e as relações de parentesco em populações de polinização aberta de Eucalyptus urophylla, para selecionar cruzamentos e genitores. Para tanto, foram utilizados dois Pomares de Sementes por Mudas (PSM) e uma amostra de indivíduos adultos em um teste de progênies (PCPN). Para compor um teste de progênies de segunda geração (TP2G) foram coletadas sementes em 23 árvores matrizes em um dos PSM. As populações estão localizadas na Fazenda de Ensino, Pesquisa e Extensão, em Selvíria-MS. Os indivíduos do TP2G (722) e os adultos (467) foram genotipados com 12 marcadores microssatélites (SSR) e os locos avaliados para verificar se são marcadores genéticos. Os caracteres silviculturais foram mensurados nos PSM e no TP2G. Os marcadores SSR formaram um conjunto consistente de marcadores genéticos. A diversidade genética das populações foi elevada e a redução foi pequena entre as gerações. O índice de fixação foi significativo para todas as populações e maior nos descendentes, a indicar a presença de endogamia. A taxa de cruzamento indicou que a reprodução ocorreu predominantemente por cruzamentos (0,964). Houve cruzamentos entre parentes, co... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The success of forest breeding programs requires that the prediction of genetic progress be proportionate to actual genetic progress. For this, it is possible to join the quantitative genetics with molecular tools, which allow to estimate parameters with greater acuity for selection. The main was to verify the genetic diversity, mating system and kinship relationships in open pollinated populations of Eucalyptus urophylla, to select crosses and parents. In order to do, two seedlings seed orchards (SSO) and an adult sample of individuals were used in a progeny test (PCPN). To compose a second generation progenies test (2GPT) seeds were collected in 23 mother trees in one of the SSO. The populations are located in the Fazenda de Ensino, Pesquisa e Extensão, in Selvíria-MS. The individuals from 2GTP (722) and adults (467) were genotyped with 12 microsatellite markers (SSR) and the loci evaluated for genetic markers. Silvicultural traits were measured in the SSO and 2GPT. SSR markers formed a consistent set of genetic markers. The genetic diversity of the populations was high and the reduction was small between generations. The fixation index was significant for all populations and higher in the offspring, indicating the presence of inbreeding. The multilocus estimate of outcrossing rate indicated that reproduction occurred predominantly by crosses (0.964). There were crosses between relatives, crosses correlated and self-fertilization. As a result, inbreeding in the progenies wa... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor
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Diversidade genética, sistema de reprodução e parentesco em progênies de Eucalyptus urophylla S.T. Blake / Genetic diversity, mating system and parentage in progenies of Eucalyptus urophylla S.T. Blake

Pupin, Silvelise 02 February 2018 (has links)
Submitted by Silvelise Pupin null (silvelise.pupin@gmail.com) on 2018-02-26T14:04:43Z No. of bitstreams: 1 Tese_SilvelisePupin_VersãoFinal.pdf: 4478878 bytes, checksum: e608d55d4107cfa94a50f52defea2fad (MD5) / Approved for entry into archive by Cristina Alexandra de Godoy null (cristina@adm.feis.unesp.br) on 2018-02-26T14:25:50Z (GMT) No. of bitstreams: 1 pupin_s_dr_ilha.pdf: 4478878 bytes, checksum: e608d55d4107cfa94a50f52defea2fad (MD5) / Made available in DSpace on 2018-02-26T14:25:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 pupin_s_dr_ilha.pdf: 4478878 bytes, checksum: e608d55d4107cfa94a50f52defea2fad (MD5) Previous issue date: 2018-02-02 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O êxito dos programas de melhoramento florestal requer que a predição do progresso genético seja proporcional ao progresso genético real. Para isso, é possível unir a genética quantitativa com ferramentas moleculares, que permitem estimar parâmetros com maior acuidade para seleção. O objetivo foi verificar a diversidade genética, o sistema de reprodução e as relações de parentesco em populações de polinização aberta de Eucalyptus urophylla, para selecionar cruzamentos e genitores. Para tanto, foram utilizados dois Pomares de Sementes por Mudas (PSM) e uma amostra de indivíduos adultos em um teste de progênies (PCPN). Para compor um teste de progênies de segunda geração (TP2G) foram coletadas sementes em 23 árvores matrizes em um dos PSM. As populações estão localizadas na Fazenda de Ensino, Pesquisa e Extensão, em Selvíria-MS. Os indivíduos do TP2G (722) e os adultos (467) foram genotipados com 12 marcadores microssatélites (SSR) e os locos avaliados para verificar se são marcadores genéticos. Os caracteres silviculturais foram mensurados nos PSM e no TP2G. Os marcadores SSR formaram um conjunto consistente de marcadores genéticos. A diversidade genética das populações foi elevada e a redução foi pequena entre as gerações. O índice de fixação foi significativo para todas as populações e maior nos descendentes, a indicar a presença de endogamia. A taxa de cruzamento indicou que a reprodução ocorreu predominantemente por cruzamentos (0,964). Houve cruzamentos entre parentes, correlacionados e autofecundação. Em função disso, a endogamia nas progênies foi superior a população parental e a principal razão foi o cruzamento entre parentes, o que resultou em maior endogamia. Além disso, as relações de parentesco foram superiores no TP2G. Houve fluxo de pólen entre as populações e o número de doadores de pólen foi elevado pela análise de paternidade, que permitiu determinar o provável candidato a pai de 713 indivíduos do TP2G. Com isso foi possível estudar o teste de progênies de polinização aberta como um teste de irmãos completos, permitindo estimar as capacidades gerais e específicas de combinação. Para o diâmetro a altura do peito o ganho genético baseado no valor genotípico do cruzamento foi elevado (> 20%), assim como a seleção clonal, que indicou ganhos consideráveis (> 65%). Assim, é possível dar continuidade ao Programa de Melhoramento, indicando cruzamentos e genótipos promissores de E. urophylla. / The success of forest breeding programs requires that the prediction of genetic progress be proportionate to actual genetic progress. For this, it is possible to join the quantitative genetics with molecular tools, which allow to estimate parameters with greater acuity for selection. The main was to verify the genetic diversity, mating system and kinship relationships in open pollinated populations of Eucalyptus urophylla, to select crosses and parents. In order to do, two seedlings seed orchards (SSO) and an adult sample of individuals were used in a progeny test (PCPN). To compose a second generation progenies test (2GPT) seeds were collected in 23 mother trees in one of the SSO. The populations are located in the Fazenda de Ensino, Pesquisa e Extensão, in Selvíria-MS. The individuals from 2GTP (722) and adults (467) were genotyped with 12 microsatellite markers (SSR) and the loci evaluated for genetic markers. Silvicultural traits were measured in the SSO and 2GPT. SSR markers formed a consistent set of genetic markers. The genetic diversity of the populations was high and the reduction was small between generations. The fixation index was significant for all populations and higher in the offspring, indicating the presence of inbreeding. The multilocus estimate of outcrossing rate indicated that reproduction occurred predominantly by crosses (0.964). There were crosses between relatives, crosses correlated and self-fertilization. As a result, inbreeding in the progenies was higher than in the parental population and the main reason was cross between relatives. In addition, kinship relations were higher in 2GPT. There was pollen flow among the populations and the number of pollen donors was higher by paternity analysis, which allowed to determine the probable candidate father of 713 individuals of the 2GPT. Thus, it was possible to study the open pollinated progeny test as a full sib test, allowing the estimation of general and specific combining abilities. For the diameter at breast height, the genetic gain based on the genotypic value of the cross was high (> 20%), as well as the clonal selection, which indicated considerable gains (> 65%). Thus, it is possible to continue the Breeding Program, indicating promising crosses and genotypes of E. urophylla. / FAPESP: 2014/03407-7
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Estrutura genética e fluxo gênico em populações naturais de tucumã-do-Amazonas por meio de microssatélites visando o manejo e conservação da espécie / Genetic structure and gene flow in natural populations of tucum palm by microsatellite aiming at the management and conservation of the species

Ramos, Santiago Linorio Ferreyra 16 July 2014 (has links)
O tucumã-do-Amazonas (Astrocaryum aculeatum), da família Arecaceae, é uma espécie com ocorrência na Amazônia Ocidental e Central brasileira. Seu fruto é muito apreciado na região amazônica que consome a polpa na forma fresca. Sua produção é feita pelos agricultores extrativistas. Não existem informações dos parâmetros de diversidade e estrutura genética das populações naturais desta espécie, fundamental para o estabelecimento de estratégias adequadas no uso deste recurso genético, e para aumentar a eficiência da domesticação e seleção para um programa de melhoramento genético. Não é conhecido também como este extrativismo pode estar influenciando a diversidade entre estas populações ao nível dos genitores e progênies, o fluxo gênico e a estrutura genética espacial. Assim, o objetivo desta pesquisa foi caracterizar a estrutura e a diversidade genética de populações de A. aculeatum no Estado do Amazonas, utilizando marcadores microssatélites. Como objetivos específicos o estudo visou desenvolver iniciadores de microssatélites para A. aculeatum; avaliar a diversidade e a estrutura genética; determinar o fluxo gênico, bem como o grau de parentesco, a estrutura genética espacial (EGE) e o coeficiente de coancestria numa população. Os iniciadores de microssatélites foram isolados a partir de uma biblioteca genômica enriquecida e caracterizados usando 40 amostras provenientes de duas populações selvagens. Foram identificados 14 iniciadores de microssatélites, mostrando um alto polimorfismo nas populações avaliadas. Para estimar a diversidade e estrutura genética foram utilizadas amostras de material vegetal de 218 plantas distribuídas em 15 populações, localizadas em 14 municípios do estado de Amazonas. Foram identificados 101 alelos nos iniciadores, com média de 10,1 alelos. As médias das heterozigosidades observadas (HO) foram superiores às esperadas (HE) ao nível de população (HO=0,639, HE=0,557) e locos (HO=0,639; HE=0,594). Os baixos valores de FST (0,07) mostraram uma moderada estrutura populacional e a análise Bayesiana indicou um agrupamento mais adequado de k=4, o que foi confirmado pelas análises de PCoA. Para realizar o fluxo gênico, EGE e coeficiente de coancestria foram utilizadas 244 amostras de material vegetal, distribuídas entre 112 possíveis genitores, 12 matrizes e 120 progênies numa população. Foi detectada EGE significativa para os adultos até a distância de 50 m, indicando dispersão de sementes a curtas distâncias. A análise de paternidade detectou 9,2% de imigração de pólen. Não foram detectadas autofecundações e a distância média de polinização dentro da população foi de 81 m. Os índices de diversidade genética confirmaram a estratégia reprodutiva por alogamia da espécie, com níveis elevados de heterozigotos nas populações, e a estrutura genética sugere que a espécie teria iniciado o processo de formação das subpopulações há pouco tempo, tendo sido influenciada antes e após o início do desmatamento. O fluxo gênico detectado indica que a entrada de alelos na população através da imigração de pólen está contribuindo para manutenção da diversidade genética da população. Com relação à conservação da espécie, esta deve ser realizada ao nível das bacias hidrográficas, direcionando políticas de manejo para as bacias hidrográficas da Amazônia. Entretanto, dentro da população é importante a renovação com novas progênies selecionadas a partir de um espaçamento mínimo de 50 m entre plantas matrizes para diminuir as probabilidades de coletar sementes de plantas parentes. / The tucum palm (Astrocaryum aculeatum), family Arecaceae, is a species occurring in Western and Central Brazilian Amazon. Its fruit is widely appreciated in the Amazon region that consumes the pulp in fresh form. Its production is made by extractive farmers. There is no information on the genetic diversity and structure of natural populations of this species, fundamental to establishing adequate strategies in the use of this genetic resource, increase the efficiency of domestication and selection for a breeding program. It is also unknown the way this extrativism may be influencing to diversity of these populations at the level of the parents and offspring, as well as gene flow and spatial genetic structure. Therefore, the objective of this research was to characterize the structure and genetic diversity of populations of A. aculeatum in Amazonas State, using microsatellite markers. As specific objectives, the study aimed to develop microsatellite primers for A. aculeatum; evaluate the genetic diversity and structure; determine the gene flow, the degree of relationship or kinship, the spatial genetic structure (SGS) and the coefficient of coancestry in one population. The loci were isolated from a microsatellite-enriched genomic library and were characterized using 40 samples coming from two wild populations. Fourteen microsatellite primers were identified, showing a high polymorphism in the populations evaluated. To estimate the genetic diversity and structure we used samples of plant material from 218 plants distributed in 15 populations located in 14 municipalities of the state of Amazonas. A total of 101 alleles were identified in the primers, with an average of 10.1 alleles. The averages of the observed heterozygosities (HO) were higher than the expected heterozygosities (HE) at the population (HO=0.639; HE=0.557) and loci (HO=0.639; HE=0.594) levels. The low values of FST (0.07) showed a moderate population structure and the Bayesian analysis indicated as the most suitable a cluster of k=4, confirmed by the groups formed in the PCoA. To conduct gene flow, SGS and the coefficient of coancestry, 244 samples of plant material were used, distributed among 112 possible progenitors, 12 matrices and 120 progenies in a population. A significant SGS was detected for adult trees up to the distance of 50 m, indicating seed dispersal over short distances. Paternity analysis indicated 9.2% of pollen immigration. Selfing was not detected and the average distance of pollination within the population was 81 m. The genetic diversity indices confirmed the outcrossing reproductive strategy of the species with high levels of heterozygotes in the populations, and the genetic structure suggests that the species would have started the process of formation of subpopulations a short time ago, being influenced before and after the start of deforestation. The gene flow detected indicates that the entry of alleles in the population through pollen immigration is contributing to the maintenance of genetic diversity of the population. With respect to the conservation of the species, it should be performed at the level of the river basins, directing management policies for the river basins of the Amazon. However, within the population it is important to renew with new progenies selected from a minimum spacing of 50 m between plant matrices to decrease the probability of collecting seeds from plant relatives.
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Estrutura genética e fluxo gênico em populações naturais de tucumã-do-Amazonas por meio de microssatélites visando o manejo e conservação da espécie / Genetic structure and gene flow in natural populations of tucum palm by microsatellite aiming at the management and conservation of the species

Santiago Linorio Ferreyra Ramos 16 July 2014 (has links)
O tucumã-do-Amazonas (Astrocaryum aculeatum), da família Arecaceae, é uma espécie com ocorrência na Amazônia Ocidental e Central brasileira. Seu fruto é muito apreciado na região amazônica que consome a polpa na forma fresca. Sua produção é feita pelos agricultores extrativistas. Não existem informações dos parâmetros de diversidade e estrutura genética das populações naturais desta espécie, fundamental para o estabelecimento de estratégias adequadas no uso deste recurso genético, e para aumentar a eficiência da domesticação e seleção para um programa de melhoramento genético. Não é conhecido também como este extrativismo pode estar influenciando a diversidade entre estas populações ao nível dos genitores e progênies, o fluxo gênico e a estrutura genética espacial. Assim, o objetivo desta pesquisa foi caracterizar a estrutura e a diversidade genética de populações de A. aculeatum no Estado do Amazonas, utilizando marcadores microssatélites. Como objetivos específicos o estudo visou desenvolver iniciadores de microssatélites para A. aculeatum; avaliar a diversidade e a estrutura genética; determinar o fluxo gênico, bem como o grau de parentesco, a estrutura genética espacial (EGE) e o coeficiente de coancestria numa população. Os iniciadores de microssatélites foram isolados a partir de uma biblioteca genômica enriquecida e caracterizados usando 40 amostras provenientes de duas populações selvagens. Foram identificados 14 iniciadores de microssatélites, mostrando um alto polimorfismo nas populações avaliadas. Para estimar a diversidade e estrutura genética foram utilizadas amostras de material vegetal de 218 plantas distribuídas em 15 populações, localizadas em 14 municípios do estado de Amazonas. Foram identificados 101 alelos nos iniciadores, com média de 10,1 alelos. As médias das heterozigosidades observadas (HO) foram superiores às esperadas (HE) ao nível de população (HO=0,639, HE=0,557) e locos (HO=0,639; HE=0,594). Os baixos valores de FST (0,07) mostraram uma moderada estrutura populacional e a análise Bayesiana indicou um agrupamento mais adequado de k=4, o que foi confirmado pelas análises de PCoA. Para realizar o fluxo gênico, EGE e coeficiente de coancestria foram utilizadas 244 amostras de material vegetal, distribuídas entre 112 possíveis genitores, 12 matrizes e 120 progênies numa população. Foi detectada EGE significativa para os adultos até a distância de 50 m, indicando dispersão de sementes a curtas distâncias. A análise de paternidade detectou 9,2% de imigração de pólen. Não foram detectadas autofecundações e a distância média de polinização dentro da população foi de 81 m. Os índices de diversidade genética confirmaram a estratégia reprodutiva por alogamia da espécie, com níveis elevados de heterozigotos nas populações, e a estrutura genética sugere que a espécie teria iniciado o processo de formação das subpopulações há pouco tempo, tendo sido influenciada antes e após o início do desmatamento. O fluxo gênico detectado indica que a entrada de alelos na população através da imigração de pólen está contribuindo para manutenção da diversidade genética da população. Com relação à conservação da espécie, esta deve ser realizada ao nível das bacias hidrográficas, direcionando políticas de manejo para as bacias hidrográficas da Amazônia. Entretanto, dentro da população é importante a renovação com novas progênies selecionadas a partir de um espaçamento mínimo de 50 m entre plantas matrizes para diminuir as probabilidades de coletar sementes de plantas parentes. / The tucum palm (Astrocaryum aculeatum), family Arecaceae, is a species occurring in Western and Central Brazilian Amazon. Its fruit is widely appreciated in the Amazon region that consumes the pulp in fresh form. Its production is made by extractive farmers. There is no information on the genetic diversity and structure of natural populations of this species, fundamental to establishing adequate strategies in the use of this genetic resource, increase the efficiency of domestication and selection for a breeding program. It is also unknown the way this extrativism may be influencing to diversity of these populations at the level of the parents and offspring, as well as gene flow and spatial genetic structure. Therefore, the objective of this research was to characterize the structure and genetic diversity of populations of A. aculeatum in Amazonas State, using microsatellite markers. As specific objectives, the study aimed to develop microsatellite primers for A. aculeatum; evaluate the genetic diversity and structure; determine the gene flow, the degree of relationship or kinship, the spatial genetic structure (SGS) and the coefficient of coancestry in one population. The loci were isolated from a microsatellite-enriched genomic library and were characterized using 40 samples coming from two wild populations. Fourteen microsatellite primers were identified, showing a high polymorphism in the populations evaluated. To estimate the genetic diversity and structure we used samples of plant material from 218 plants distributed in 15 populations located in 14 municipalities of the state of Amazonas. A total of 101 alleles were identified in the primers, with an average of 10.1 alleles. The averages of the observed heterozygosities (HO) were higher than the expected heterozygosities (HE) at the population (HO=0.639; HE=0.557) and loci (HO=0.639; HE=0.594) levels. The low values of FST (0.07) showed a moderate population structure and the Bayesian analysis indicated as the most suitable a cluster of k=4, confirmed by the groups formed in the PCoA. To conduct gene flow, SGS and the coefficient of coancestry, 244 samples of plant material were used, distributed among 112 possible progenitors, 12 matrices and 120 progenies in a population. A significant SGS was detected for adult trees up to the distance of 50 m, indicating seed dispersal over short distances. Paternity analysis indicated 9.2% of pollen immigration. Selfing was not detected and the average distance of pollination within the population was 81 m. The genetic diversity indices confirmed the outcrossing reproductive strategy of the species with high levels of heterozygotes in the populations, and the genetic structure suggests that the species would have started the process of formation of subpopulations a short time ago, being influenced before and after the start of deforestation. The gene flow detected indicates that the entry of alleles in the population through pollen immigration is contributing to the maintenance of genetic diversity of the population. With respect to the conservation of the species, it should be performed at the level of the river basins, directing management policies for the river basins of the Amazon. However, within the population it is important to renew with new progenies selected from a minimum spacing of 50 m between plant matrices to decrease the probability of collecting seeds from plant relatives.

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