Orientador : Luis Geraldo Pedroso Meloni / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Eletrica e de Computação / Made available in DSpace on 2018-07-27T18:00:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Fantini_IreneHeleonoraSedaPinto_M.pdf: 422802 bytes, checksum: 2af12bc93454d9bc1a63115a843727ee (MD5) Previous issue date: 2000 / Mestrado

Orientador : Luis Geraldo Pedroso Meloni / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Eletrica e de Computação / Made available in DSpace on 2018-08-03T21:34:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Leite_SilvioBatista_M.pdf: 2002615 bytes, checksum: 13a0c80ca9caf835ecc0a43a1992ff4d (MD5) Previous issue date: 2003 / Mestrado

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Tecnologia, Departamento de Engenharia Elétrica, 2006. / Submitted by Thaíza da Silva Santos (thaiza28@hotmail.com) on 2009-10-24T12:39:31Z No. of bitstreams: 1 2006_Pedro de Azevedo Berger.pdf: 4569752 bytes, checksum: c795dddd5675d39690812fde4ea661b4 (MD5) / Approved for entry into archive by Tania Milca Carvalho Malheiros(tania@bce.unb.br) on 2009-10-27T12:44:37Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2006_Pedro de Azevedo Berger.pdf: 4569752 bytes, checksum: c795dddd5675d39690812fde4ea661b4 (MD5) / Made available in DSpace on 2009-10-27T12:44:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2006_Pedro de Azevedo Berger.pdf: 4569752 bytes, checksum: c795dddd5675d39690812fde4ea661b4 (MD5) Previous issue date: 2006-04-06 / Este trabalho pretende colaborar com o desenvolvimento de tecnologias de codificação de sinais biológicos (sinais eletrofisiológicos e sinais de voz) através da criação, avaliação e, principalmente, a otimização de codificadores utilizando redes neurais artificiais. Durante a pesquisa realizada, desenvolveu-se um codificador para compressão de sinais eletrofisiológicos baseado em transformada wavelet discreta e com alocação dinâmica de bits. Na codificação de sinais eletrofisiológicos é necessário garantir a fidelidade da forma de onda do sinal reconstruído, dando certa liberdade para a quantidade de bits necessária para representar a informação. Para outros tipos de sinais, ao contrário, o objetivo é garantir uma taxa de bits por símbolo (quantidade de bits necessária para representar a informação), proporcionando o grau de liberdade para a distorção entre a forma de onda original e a resultante do processo de decodificação. Nesta pesquisa procura-se mostrar que o uso da inteligência artificial pode trazer vantagem em ambos os casos. Para isso, apresenta-se também o desenvolvimento, o estudo e a simulação de um esquema de codificação perceptiva para sinais de voz de banda larga. O esquema é uma versão modificada do codificador de áudio AC-3, para atender, especificamente, às características de sinais de voz de banda larga. _______________________________________________________________________________ ABSTRACT / This paper intends to collaborate with the development of biological signals compression technologies (electrophysiological signals and voice signals) through the creation, evaluation, and mainly, the optimization of codifiers, by using artificial neural nets. During the research, we developed an algorithm for compression of electrophysiological signals based on discrete wavelet transform and with dynamic bit allocation. In the compression of electrophysiological signals it is necessary to guarantee the faithfulness of the wave form of the reconstructed signal, by giving certain liberty to the necessary quantity of bits to represent the required information. For other types of signals, on the contrary, the objective is to guarantee a certain bit rate by symbol (the necessary quantity of bits to represent the information), by providing the right degree of freedom for the distortion between the form of the original wave and that resultant from the decoding process. This research is an attempt to demonstrate that the use of artificial intelligence can bring important advantages in both cases. Therefore, we also present the development, the study and the simulation of a perceptive codification scheme for wideband speech signals. This scheme is a modified version of the audio coder AC-3, to be specifically suitable to the characteristics of wideband voice signals.

Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2018-04-09T13:37:17Z No. of bitstreams: 1 Breno Bezerra Aragão.pdf: 751877 bytes, checksum: 76c0bcc24a7ec637707e38f1baa2d4df (MD5) / Made available in DSpace on 2018-04-09T13:37:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Breno Bezerra Aragão.pdf: 751877 bytes, checksum: 76c0bcc24a7ec637707e38f1baa2d4df (MD5) Previous issue date: 2018-02-21 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The objective of this study was to evaluate the level of contamination and to investigate coding genes for resistance to betalactam and staphylococcal enterotoxins in Staphylococcus aureus isolated from artisanal curd cheese produced with goat's milk in the state of Pernambuco. The method of microbiological analysis used was in accordance with Normative Instruction 62/2003 of MAPA. The growth of characteristic (typical and atypical) colonies of S. aureus in Baird Parker agar was observed in 100.0% of the samples and the bacterial count of this genus ranged from 7.0×103 to 8.6×106 CFU/g. All samples had values of CFU/g above the maximum required by Resolution-RDC nº12/2001 – ANVISA. There was no detection of any of the staphylococcal enterotoxin encoding genes investigated. Regarding resistance genes, the blaZ gene was detected in 42.6% of S. aureus isolates and the mecA gene was not detected. At the Minimum Inhibitory Concentration, 7.4% of the isolates were resistant to oxacillin. The contamination of this type of cheese can be associated to factors of animal handling, failures in the production chain, lack of basic care in the good manufacturing practices in the process of elaboration of the cheeses. The high degree of contamination of the rennet cheese indicates the need to improve the assistance to producers, to increase the inspection of commercial establishments and to carry out further microbiological studies on the quality of goat cheese in Pernambuco. / Objetivou-se avaliar o nível de contaminação e pesquisar genes codificadores para resistência a betalactâmicos e de enterotoxinas estafilocócicas em Staphylococcus aureus isolados de queijo coalho artesanal produzido com leite de cabra no estado de Pernambuco. O método de análise microbiológica utilizado foi de acordo com a Instrução Normativa nº 62/2003 do MAPA. Observou-se o crescimento de colônias características (típicas e atípicas) de S. aureus em ágar Baird Parker em 100,0% das amostras e a contagem de bactérias deste gênero variou de 7,0×103 a 8,6×106 UFC/g. Todas as amostras tiveram valores de UFC/g acima do máximo exigido pela Resolução-RDC nº12/2001 da ANVISA. Não houve detecção de nenhum dos genes codificadores de enterotoxina estafilicócica pesquisado. Quanto aos genes de resistência, o gene blaZ foi detectado em 42,6% dos isolados de S. aureus e o gene mecA não foi detecção. Na Concentração Inibitória Mínima, 7,4% dos isolados foram resistentes para oxacilina. A contaminação deste tipo de queijo pode estar associada a fatores de manejo dos animais, falhas na cadeia produtiva, falta de cuidados básicos nas boas práticas de fabricação no processo de elaboração dos queijos. O alto grau de contaminação do queijo coalho indica a necessidade de melhorar a assistência aos produtores, aumentar a fiscalização dos estabelecimentos comerciais e a realização de mais estudos microbiológicos sobre qualidade dos queijos coalho caprino comercializados em Pernambuco.

Orientador: Jose Geraldo Chiquito / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Eletrica e de Computação / Made available in DSpace on 2018-07-21T19:05:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Silva_EdgardLucianoOliveirada_M.pdf: 6753872 bytes, checksum: 7efe80d7892facf6075c52b08b8fca5f (MD5) Previous issue date: 1996 / Resumo: O presente trabalho trata da implementação do software do sintetizador de formantes cascata/paralelo de Klatt em ponto-fixo no TMS320C25. Neste trabalho, os efeitos da aritmética de ponto-fixo, a qual requer uma série de cuidados que por vezes desprezamos na implementação em ponto-flutuante, assim como o sintetizador de formantes de Klatt e o CI-TMS320C25, são estudados em detalhes. Uma base teórica sobre o processo de produção da fala e suas características são apresentados nos capítulos iniciais. Modificações no diagrama de blocos do sintetizador são feitas com o objetivo de se alcançar um melhor desempenho computacional. As características de voz do autor são apresentadas e um exemplo de síntese é realizado. A análise dos resultados obtidos é feita a partir de espectrogramas de banda larga e através da análise LPC / Abstract: Not informed. / Mestrado / Mestre em Engenharia Elétrica

Orientador: João Marcos Travassos Romano / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Eletrica e de Computação / Made available in DSpace on 2018-08-01T07:35:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ribeiro_MoisesVidal_M.pdf: 827670 bytes, checksum: e6e3f640ee600842e478ceef97fff62c (MD5) Previous issue date: 2001 / Mestrado

This report presents an exhibition all steps taken to implement a Laboratory of Plant Repairs Phone Cards. First are listed the issues that are missing from a laboratory to repair cards ATT call center technology. And no time to meet orders and preventive maintenance improvements and corrective. The lab is available to repair, diagnose and maintain the various cards that use technology call centers ATT - 5ESS. Besides being the burden that has more power, approximately 65% of full capacity at the national level. It also is taken into account the degree of quality of repairs and improvements to be made. Taking control and labeling of the cards and man hours worked, why are never short of supplies. Also be taken into account repair costs and inconvenience we have with the provider. And they must take into account the backs of phone cards have to be central in stock to operate smoothly and efficiently. At the end of this report presents recommendations and conclusions of the achievements in implementing this laboratory for repairs. Report called: “Operation, Repair and Maintenance of Central Telephone Cards” / Este informe expositivo presenta todos los pasos seguidos para poner en funcionamiento un Laboratorio de Reparaciones de Tarjetas de Centrales Telefónicas. Primero se enumeran las problemáticas que se tienen por falta de un laboratorio para reparar tarjetas de centrales telefónicas de tecnología ATT. Y no poder atender a tiempo los pedidos y mejoras de mantenimiento preventivo y correctivo. Dicho laboratorio se encargara de Reparar, Diagnosticar y dar Mantenimiento a las diferentes tarjetas que usan las Centrales Telefónicas de tecnología ATT - 5ESS. Además de ser la que tiene más carga de centrales, aproximadamente el 65% de toda su capacidad a nivel nacional. .Así mismo se tomara en cuenta el grado de calidad de las reparaciones y las mejoras a hacerse .Llevando un control y etiquetado de las tarjetas y horas hombre trabajadas, para qué nunca estén desabastecidas. Además se tomará en cuenta los costos de reparación y los inconvenientes que se tienen con el proveedor. Y se debe tener en cuenta los respaldos de tarjetas telefónicas de centrales que deban de tener en almacén para operar en forma ordenada y eficiente. Al final de este informe se presentan recomendaciones y conclusiones de lo realizado en la implementación de este laboratorio de Reparaciones. Informe que denominamos: “Operación, Reparación y Mantenimiento de Tarjetas de Centrales Telefónicas”

Análises de dados gerados em larga escala revelaram que os transcriptomas são mais extensos e complexos do que inferido previamente. Hoje é evidente que a maioria dos genomas de eucariotos são quase inteiramente transcritos e sob regulação atrelada a estágios de desenvolvimento. O controle da expressão gênica envolve RNAs não codificadores (ncRNAs) regulatórios, inclusive em processos pós-transcricionais. A regulação de expressão gênica em nível pós-transcricional é crucial em diferentes organismos, mas é particularmente central nos tripanossomatídeos. Os parasitos do gênero Leishmania (Ordem Kinetoplastidae, família Trypanosomatidae) provocam doenças infecto-parasitárias conhecidas como leishmanioses e em seu ciclo de vida apresenta-se sob três formas principais de desenvolvimento: promastigotas procíclicos, promastigotas metacíclicos e os amastigotas. Este trabalho teve como objetivo identificar e caracterizar computacionalmente ncRNAs putativos de Leishmania em diferentes estágios de desenvolvimento. A associação de abordagens em larga escala e ferramentas de bioinformática possibilitaram a identificação de 11.376 ncRNAs putativos em L. braziliensis e, em um estudo preliminar, de 37 ncRNAs putativos em L. donovani. Adicionalmente, o transcriptoma de L. braziliensis foi analisado comparativamente entre os três estágios de desenvolvimento do parasito. Em L. donovani, dos 37 ncRNAs putativos identificados, 34 estavam em UTRs (Untranslated Regions) e 3 em regiões intergênicas. Preditores de características específicas de ncRNAs foram utilizados e 32 ncRNAs putativos tiveram pelo menos uma predição positiva. Todos os candidatos estão conservados inteira ou parcialmente em pelo menos 3 espécies de Leishmania. Cinco ncRNAs de L. donovani foram confirmados por experimentos de Northern blotting. A análise do transcriptoma de L. braziliensis revelou uma diferença de expressão gênica entre os estágios de desenvolvimento que variou entre 52% e 71%, dependendo dos estágios comparados. Também foram definidos os limites das 5UTRs e 3UTRs de 81% e 38% das CDSs anotadas, respectivamente. Propusemos uma metodologia para identificação de ncRNAs putativos utilizando dados de sequenciamento de RNA-total. Essa metodologia identificou 11.376 ncRNAs putativos em L. braziliensis, sendo que todos os candidatos foram analisados por programas preditores de características específicas de ncRNAs e apresentaram pelo menos uma predição positiva, além de não possuírem semelhança com domínios proteicos conhecidos. A análise de conservação demonstrou que de 27% a 41% dos ncRNAs putativos identificados são conservados em outras espécies de Leishmania. Foram encontrados de 27% a 38% de ncRNAs putativos com regulação atrelada ao estágio de desenvolvimento, dependendo dos estágios comparados. Assim, além da identificação e descrição de ncRNAs em Leishmania foram encontrados candidatos com regulação atrelada ao desenvolvimento e padrões foram descortinados com o processo de análise proposto e executado. Portanto, esse trabalho contribui significativamente para ampliar a compreensão dos processos de regulação de expressão gênica em Leishmania e oferecerá à comunidade um conjunto grande e importante de informações sobre a organização genética do parasito, diferenças genéticas e regulatórias ao longo do desenvolvimento, além de informações do transcriptoma de forma global. / High-throughput data analyses indicated that transcriptomes are more extensive and complex than previously supposed. Currently, it is evident that most eukaryotic genomes are almost entirely transcribed and under regulation tied to developmental stages. Control of gene expression involves regulatory non-coding RNAs (ncRNAs), including post-transcriptional processes. Post-transcriptional regulation is particularly relevant for the regulation of gene expression in trypanosomatids, as compared to other organisms. Parasites of the genus Leishmania (Order Kinetoplastidae, family Trypanosomatidae) causes infectious-parasitic diseases known as leishmaniasis, and their life cycle comprises three development stages: procyclic promastigotes, metacyclic promastigotes and amastigotes. This study aimed to computationally identify and characterize Leishmania putative ncRNAs at different stages of development. Large-scale approaches combined with bioinformatics tools allowed the identification of 11,376 putative ncRNAs in L. braziliensis and, in a preliminary study, of 37 putative ncRNAs in L. donovani. In addition, the L. braziliensis the complete transcriptome was analyzed comparatively between the parasite development stages. In L. donovani, of the 37 putative ncRNAs identified, 34 were in UTRs (Untranslated Regions) and 3 in intergenic regions. Predictors of ncRNAs specific characteristics were used and 32 putative ncRNAs had at least one positive prediction. All candidates are conserved, partially or entirely, in at least three Leishmania species. Five L. donovani ncRNAs were confirmed by Northern blotting experiments. Analysis of the L. braziliensis transcriptome revealed differences in gene expression levels between developmental stages, ranging from 52% to 71%, depending on the compared stages. The boundaries of the 5\'UTRs and 3\'UTRs were also defined for 81% and 38% of the annotated CDSs, respectively. We developed a methodology for the identification of putative ncRNAs using total RNA sequencing data. This methodology allowed the identification of 11,376 putative ncRNAs in L. braziliensis, and all candidates were analyzed by predictive programs of ncRNAs specific characteristics and presented at least one positive prediction, in addition to bearing no similarity to known protein domains. The analysis showed that from 27% to 41% of the putative ncRNAs identified are conserved in other Leishmania species. We found 27% to 38% of putative ncRNAs with regulation associated to the developmental stage, depending on the compared stages. Consequently, besides identification and characterization of ncRNAs in Leishmania, candidates with developmental-related regulation were found and patterns were uncovered with the proposed and implemented analysis. Thus, this work contributes significantly to improve understanding of gene expression regulation processes in Leishmania and will offer to the community important information about the parasite genetics and regulatory differences along the development, besides of L. braziliensis transcriptome information.

O splicing alternativo do pré-mRNA de BCL-X produz duas isoformas de mRNAs com funções antagônicas, a pró-apoptótica BCL-XS e a anti-apoptótica BCL-XL, cujo balanço regula a homeostasia celular. Entretanto, o mecanismo que regula esse processamento ainda é desconhecido. Nesse trabalho, nós identificamos e caracterizamos um longo RNA não codificador de proteínas (lncRNA) nomeado INXS, que é transcrito a partir da fita oposta do locus genômico de BCL-X, sendo menos abundante em linhagens celulares tumorais e tecidos tumorais de pacientes quando comparados com os respectivos pares não tumorais. INXS é um RNA unspliced de 1903 nts, é transcrito pela RNA Polimerase II, possui cap 5\', está enriquecido na fração nuclear das células e se liga à proteína Sam68 do complexo modulador de splicing. O tratamento de células tumorais 786-O com cada um de três agentes indutores de apoptose aumentou a expressão endógena do INXS, levando ao aumento expressivo da proporção entre os mRNAs de BCL-XS / BCL-XL, e ativação das caspases 3, 7 e 9. Estes efeitos foram anulados na presença do knockdown do INXS. Da mesma forma, a superexpressão ectópica do INXS causou uma mudança no splicing favorecendo a isoforma BCL-XS e ativação das caspases, aumentando os níveis da proteína BCL-XS e conduzindo as células à apoptose. Utilizando um modelo in vivo, cinco injeções intra-tumorais do INXS durante 15 dias causaram uma regressão acentuada no volume dos xenotumores. Portanto, INXS é um lncRNA que induz a apoptose, sugerindo que essa molécula seja um possível alvo a ser explorado na terapia contra o câncer. / BCL-X mRNA alternative splicing generates pro-apoptotic BCL-XS or anti-apoptotic BCL-XL, whose balance regulates cell homeostasis. However, the mechanism that regulates the splice shifting is incompletely understood. Here, we identified and characterized a long noncoding RNA (lncRNA) named INXS, transcribed from the opposite genomic strand of BCL-X, that was less abundant in tumor cell lines and patient tumor tissues compared with non-tumors. INXS is an unspliced 1903 nt-long RNA, is transcribed by RNA Polymerase II, 5\'-capped, nuclear enriched and binds Sam68 splicing-modulator. The treatment of tumor cell line 786-O with each of three apoptosis-inducing agents increased endogenous INXS lncRNA, increased BCL-XS / BCL-XL mRNA ratio, and activated caspases 3, 7 and 9. These effects were abrogated in the presence of INXS knockdown. Similarly, ectopic INXS overexpression caused a shift in splicing towards BCL-XS and activation of caspases, increasing the levels of BCL-XS protein and then leading the cells to apoptosis. In a mouse xenograft model, five intra-tumor injections of INXS along 15 days caused a marked regression in tumor volume. INXS is an lncRNA that induces apoptosis, suggesting that INXS is a possible target to be explored in cancer therapies.

Cada vez mais, RNAs longos não codificadores (lncRNAs) surgem como importantes reguladores da biologia celular, principalmente em processos de diferenciação durante o desenvolvimento. O interesse no estudo das funções e mecanismos de atuação dessa classe de transcritos durante esses processos é crescente, e mostra-se bastante relevante no processo de diferenciação neural, pelo qual são gerados neurônios e células da glia. A linhagem celular P19, uma célula pluripotente advinda de um tipo de carcinoma embrionário murino, é bem consolidada como modelo in vitro de diferenciação neural. Após tratamento com ácido retinóico, ela é capaz de se diferenciar em neurônios e células da glia (astrócitos e oligodendrócitos). Em busca de evidências que indiquem a atuação de lncRNAs durante o processo de diferenciação neural, nosso grupo realizou experimentos utilizando microarranjos para averiguar os níveis de expressão gênica de lncRNAs e genes codificadores de proteínas (mRNAs) durante a diferenciação de células P19 em neurônios (predominância após 10 dias de diferenciação) e glia (predominância em 14 dias de diferenciação). Em um primeiro momento foi realizada a reanotação das sondas referentes a esses lncRNAs da plataforma de microarranjo, visto que as informações presentes nos arquivos de anotação da mesma eram muito escassas e desatualizadas. Registros de lncRNAs e mRNAs foram obtidos a partir de bancos de dados públicos para esse fim, e ao final dessa etapa aproximadamente 25,0% das sondas que não tinham uma anotação foram reanotadas com identificadores advindos desses bancos de dados. A partir dos dados de expressão, foram identificados todos os lncRNAs e mRNAs que apresentaram expressão diferencial entre as diferentes condições estudadas. As informações dos mRNAs diferencialmente expressos foram então utilizadas para a realização de análises de enriquecimento de categorias gênicas do Gene Ontology, nas ontologias de processo biológico e função molecular. A partir das sondas reanotadas, foram realizadas análises de coexpressão entre lncRNAs e mRNAs. A partir do cruzamento das informações obtidas, foram selecionados lncRNAs que através dos princípios de guilt by association se mostraram propensos a desempenharem um papel regulatório na diferenciação neural. Assim, as informações geradas nesse trabalho servirão como base para estudos futuros de validação funcional desses lncRNAs. / Increasingly, long noncoding RNAs (lncRNAs) emerge as important regulators of cell biology, especially in differentiation processes during development. The interest in the study of functions and mechanisms of action of this class of transcripts during these processes is growing, and shows quite relevant in the neural differentiation process by which neurons and glia are generated. The P19 cell line, pluripotent cells arising from a type of murine embryonal carcinoma, is well established as an in vitro model of neural differentiation. After treatment with retinoic acid, it is capable of differentiating into neurons and glial cells (astrocytes and oligodendrocytes). In search of evidence that indicate the action of lncRNAs during the neural differentiation process, our group conducted experiments using microarrays to assess gene expression levels of lncRNAs and protein coding genes (mRNAs) during differentiation of P19 cells into neurons (mainly after 10 days of differentiation) and glial cells (mainly after 14 days of differentiation). At first was performed the reannotation of the probes relating to these microarrays lncRNAs, as the information provided in the annotation files were very scarce or outdated. LncRNAs and mRNAs records were obtained from public databases for this purpose, and at the end of this stage approximately 25.0% of the probes without annotation were reannotated with identifiers arising from these databases. From the expression data, we identified all lncRNAs and mRNAs that showed differential expression between the different studied conditions. The information of differentially expressed mRNAs were then used to perform Gene Ontology enrichment, in the ontologies biological process and molecular function. From the reannotated probes, coexpression analyses were performed for lncRNAs and mRNAs. From the crosscheck of information obtained, we selected those lncRNAs that by the principles of guilt by association proved likely to play a regulatory role in neural differentiation. Thus, the information generated in this study will serve as a basis for future studies of functional validation of these lncRNAs.