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Meta-análise do Projeto Toxicogenômico Japonês diferenças entre modelos in vivo e in vitro /

Biagi Júnior, Carlos Alberto Oliveira de. January 2017 (has links)
Orientador: José Luiz Rybarczyk Filho / Resumo: A toxicogenômica é um campo emergente que possibilita o estudo dos efeitos de uma determinada droga a nível molecular em sistemas modelos. Uma das principais questões é se podemos substituir os estudos in vivo pelos estudos in vitro. As ciências ômicas possibilitam a resposta para esse tipo de questionamento pois fornecem técnicas como, por exemplo, o microarray, que permite o conhecimento dos transcritos (RNAs) de um dado organismo. O Projeto Toxicogenômico Japonês fornece dados para Homo sapiens, com somente experimentos in vitro, e para Rattus norvegicus, com experimentos in vitro e in vivo, tratados com 131 drogas (aprovadas pelo FDA) em diferentes concentrações de dose e tempos de amostragem, totalizando, aproximadamente, 20000 chips de microarray. A partir desses dados foi possível responder a questão inicial e observar as diferenças existentes entre cada modelo. Por meio da linguagem de programação R normalizamos os dados, obtemos os genes diferencialmente expressos e o respectivo enriquecimento funcional, dessa forma observamos as diferenças entre cada modelo. Em seguida realizamos uma análise comparativa dos modelos in vivo e in vitro adaptando a metodologia do mapa modular proposta por Segal e colaboradores. Essa metodologia tem como objetivo principal obter módulos, que são sets de genes (dados do Gene Ontology, KEGG e Reactome) que agem em conjunto para realizar uma função específica. Além de extrair módulos caracterizaremos os valores de expressão em relação as c... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Mestre
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Desenvolvimento de Ferramenta Computacional para intergração de transcriptomas e redes biológicas medidas de desempenho global /

Biazotti, Alex Augusto January 2017 (has links)
Orientador: José Luiz Rybarczyk Filho / Resumo: A cada dia surgem novas tecnologias que possibilitam o estudo em larga escala dos RNAs transcritos por um organismo em condições especı́ficas, com isso fornecendo uma grande quantidade de informações. No entanto as metodologias tradicionais não são capazes de análisar de forma eficiente esses dados por utilizar cut-offs pré-definidos, eliminando assim uma grande quan- tidade de genes não considerados diferencialmente expresso, e por consequência reduzindo a precisão e a acurácia do estudo. Esse trabalho propõe o aperfeiçoamento da metodologia do transcriptograma (modelo cruz), desenvolvido por Rybarczyk-Filho et al., que realiza uma análise de forma global de um organismo, utilizando por sua vez redes proteı́cas e processos biológicos. Dentre as modificações realizadas estão: mudança no algoritmo de ordenamento para a redução do tempo de processamento da rede, adição de dois novos modelos “X” e “Anel”, a automação dos processos de análise de dados de expressão gênica, enriquecimento funcio- nal e da compilação de todas as informações em um gráfico. Para testar o aperfeiçoamento foram utilizadas duas séries de dados de expressão gênica, a GSE10072 e a GSE19804, re- ferentes a amostras de câncer de pulmão. O modelo “Anel” apresentou a melhor redução do custo energético de uma matriz, aproximadamente 93%. Para a modularidade, o modelo “Anel” também teve o melhor desempenho. A automação dos processos de enriquecimento funcional, da análise dos dados de expressão e da compilação d... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Every day, new technologies are emerging that make it possible the large-scale study of RNAs transcribed by an organism under specific conditions, providing a huge amount of information. However, the traditional methodologies are not able to efficiently analyze these data due the use of pre-defined cut-offs, thus eliminating a large number of genes not considered differentially expressed, and consequently reducing precision andaccuracy of the study. This work proposes the improvement of the methodology of the Transcriptogram (model “Cross”), developed by Rybarczyk-Filho et al., which performs an overall analysis of an organism, using protein networks and biological processes. Among the modifications made are: Modification in ordering algorithm to reduce the network processing time, addition of the two new “X” and “Ring” models, the automation of the processes of gene expression data analysis, functional enrichment and the compilation of all information in a graphic. To test the improvements, two sets of gene expression data were used, GSE10072 and GSE19804, corresponding to samples of lung cancer. The “Ring” model showed the best matrix energy cost reduction, approximately 93%. For modularity, the “Ring” model also had the best performance. The automation of functional enrichment processes, the analysis of expression data and the compilation of all data in a graphic form reduces the time spent for acquisition and generation, increasing the accuracy. The results indicate that ... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre
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Estudo genético-molecular de pacientes discordantes de Paraplegia Espástica Hereditária do tipo 4 / Molecular-genetic study of discordant patients with Hereditary Spastic Paraplegia type 4

Cavaçana, Natale 07 November 2014 (has links)
As doenças neuromusculares incluem um grupo muito heterogêneo de patologias que atingem 1 em cada 1.000 indivíduos nascidos vivos. Dentre as doenças neuromusculares destacam-se as paraplegias espásticas hereditárias que acometem, aproximadamente, cerca de 1 em cada 10.000. As paraplegias espásticas hereditárias (PEH) são caracterizadas pela espasticidade e fraqueza muscular dos membros inferiores. São muito heterogêneas tanto em clínica como geneticamente. Diversas formas já foram descritas e a mais comum delas, acometendo por volta de 40% dos casos autossômicos dominantes, causada por mutações no gene SPAST (PEH do tipo 4 ou SPG4). Estudos de correlação genótipo: fenótipo têm mostrado que indivíduos da mesma família carregando a mesma mutação patogênica, podem ter quadro clínico muito distinto. A explicação para esta questão pode estar na procura por genes modificadores, no padrão de expressão, na análise proteômica (seja por ligantes a proteínas ou no dobramento das mesmas), ou em mecanismos epigenéticos. Além disso, em algumas formas observa-se uma diferença na porcentagem de pessoas afetadas de acordo com o sexo. Essa desproporção foi observada numa grande família de com PEH na qual existe um predomínio de afetados do sexo masculino. O objetivo do presente trabalho foi a análise de pacientes discordantes, ou seja, que possuam a mesma mutação, porém com quadro clínico discordante de uma grande família brasileira com SGP4. Para isso foi feito um estudo da abundância de transcritos (mRNA) e de genótipo (polimorfismos de base única) em relação a um fenótipo (sintomático ou assintomático). Os resultados sugerem que o principal sistema envolvido, que poderia explicar as diferenças entre os pacientes discordantes, é o sistema imune, com a principal atuação dos genes C2, HLA-DRB1 e LY6G6C. Esses genes podem ter papel protetor ou tóxico no desenvolvimento do quadro clínico dos pacientes analisados / The hereditary spastic paraplegia (HSP) is characterized by muscle weakness and lower limb spasticity. They are very heterogeneous both clinically and genetically. Several forms have been described and the most common one, affecting around 40% of autosomal dominant cases, is caused by mutations in the SPAST gene (HSP type 4 or SPG4). Genotype: phenotype correlation studies have shown that affected individuals from the same family, who carry the same pathogenic mutation, can have very distinct phenotypes. The underlying explanation behind this clinical heterogeneity may be found in the search for modifier genes, in expression patterns observed proteomic analyses (either by protein binding or folding), or epigenetic mechanisms. As is observed in other motor neurodisease, there is a disproportion between the number of affected males and females, with males being the predominantly affected. The objective of this study was to analyze discordant patients, i.e., those that possess the same mutation, but show discordant phenotypes, from a large Brazilian family with SGP4. For this study, the abundance of transcripts (mRNA) and genotype (single nucleotide polymorphisms) relative to a phenotype (symptomatic or asymptomatic) were analyzed. The results suggest that the main system involved, which could explain the differences between discordant patients, is the immune system, with the main activity of C2, LY6G6C and HLA-DRB1 genes. These genes may have a protective or toxic role in the development of the analyzed patients\' clinical features
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Efeitos das dietas em Ômega-3 OU Ômega-6 na expressão gênica de neoplasias mamárias de ratas Sprague-Dawley sob o tratamento com tomoxifeno

Bidinotto, Lucas Tadeu [UNESP] 12 August 2011 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:33:24Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-08-12Bitstream added on 2014-06-13T18:45:05Z : No. of bitstreams: 1 bidinotto_lt_dr_botfm.pdf: 1761792 bytes, checksum: 806774ddebe4807459be347866970236 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Estudos prévios mostraram que uma dieta rica em óleo de peixe aumentou a eficácia quimioprotetora do tamoxifeno contra a carcinogênese mamária induzida pela N-metil-Nnitrosuréia (MNU) em ratas Sprague-Dawley. O presente trabalho evidenciou que o tratamento com tamoxifeno modifica a expressão gênica de tumores mamários dependendo to tipo de gordura administrado na dieta dos animais. Ratas Sprague-Dawley iniciadas com MNU e tratadas com tamoxifeno receberam uma dieta rica em óleo de milho ou óleo de peixe. Após oito semanas, tumores do mesmo tipo histológico (cribriformes) foram coletados, e análise do RNA mensageiro (mRNA) foi executada através de microarray de expressão gênica e seguinte validação dos resultados por PCR em tempo real. A maior expressão do mRNA dos genes SerpinB10, Wisp2 e Apod em tumores de animais tratados com óleo de peixe é indicativo de que esses tumores eram altamente diferenciados. A redução da expressão de mRNA dos genes H19 e Igf2 nos grupos tratados com tamoxifeno, e de Thrsp e Wnt5b no grupo tratado com óleo de peixe e tamoxifeno pode estar relacionado à redução do crescimento tumoral e baixa capacidade metastática. A expressão aumentada do nível de transcrito Irf7 nos animais tratados com óleo de peixe sugere melhora na resposta imune antitumoral (padrão Th1), enquanto o aumento nos transcritos dos genes Fcer1a, Hdc, Ms4a2, Slp1, Mcpt1 and Mcpt2 nos animais tratados com óleo de peixe e tamoxifeno podem indicar uma mudança no padrão de resposta imune para Th2. O padrão Th2 representa um potencial mecanismo de escape da resposta imune adquirido pelas células tumorais dos animais tratados com óleo de peixe e tamoxifeno. Esses resultados sugerem que, apesar do tamoxifeno modular a expressão gênica levando à redução do crescimento tumoral, modulações de genes adicionais são influenciadas pela dieta rica em óleo de peixe... / Studies have shown that a fish oil-rich diet increased the chemopreventive efficacy of tamoxifen (Tam) against N-methyl-N-nitrosourea (MNU)-induced rat mammary carcinogenesis. Herein, we evidence that tamoxifen treatment modifies gene expression of mammary tumors depending upon the type of dietary fat fed to the animals. Rats initiated with MNU and treated with Tam were fed a diet rich in corn oil (CO) or fish oil (FO). After 8 weeks, tumors of the same histological type (cribriform) were collected and comprehensive analysis of messenger RNA expression was performed. The mRNA expression of genes such as SerpinB10, Wisp2 and Apod in tumors from FO-treated rats is indicative of highly differentiated tumors. Decreased expression of H19 and Igf2 mRNA in Tam-treated groups, and Thrsp and Wnt5b mRNA in FO+Tam group may be related to tumor growth impairment and lower metastatic capacity. Increased Irf7 transcript levels in FO-treated animals suggests an improved immune response against tumors (Th1 pattern) whereas decreased mRNA of Fcer1a, Hdc, Ms4a2, Slp1, Mcpt1 and Mcpt2 may indicate a shift of the immune response towards Th2 pattern. The Th2 pattern of gene expression represents a potential mechanism of escape from the immune response caused by FO+Tam treatment. These data show that, although tamoxifen modulates the expression of genes leading to tumor growth impairment, further modulations of genes are influenced by FO altering Tam-modulated expression of genes in a manner that may, in part, account for its enhancing chemopreventive effect against MNU-induced mammary carcinogenesis
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Caracterização dos compostos derivados de furoxano como inibidores da atividade de bombas de efluxo em Mycobacterium tuberculosis e estudo da influência do efluxo e da halotolerância nos perfis de resistência do bacilo /

Marino, Leonardo Biancolino. January 2016 (has links)
Orientador: Clarice Queico Fujimura Leite / Coorientador: Luiz Pedro Sorio de Carvalho / Coorientador: Cleslei Fernando Zanelli / Banca: Pedro Eduardo Almeida da Silva / Banca: Cristiano Gallina Moreira / Banca: Patrícia Bento da Silva / Banca: Leonardo Neves de Andrade / Resumo: Tuberculose (TB), com principal agente etiológico o bacilo Mycobacterium tuberculosis, é uma doença infecciosa passível de cura. Entretanto, é detentora de uma estatística mundial preocupante, e em 2014 apresentou 9,5 milhões de novos casos e 1,5 milhão de mortes. Além dos altos índices estatísticos, a TB aparece ainda associada a dois fatores agravantes: a co-infecção com HIV ("Human Immunodeficiency Virus") e a crescente emergência de linhagens resistentes aos quimioterápicos como "multi-drug resistant" (MDR) e "extensively drug resistant" (XDR), que dificultam sobremaneira o tratamento, indicando premência na pesquisa de novos fármacos. A resistência do bacilo manifesta-se a partir de eventos adquiridos (como aquisição de mutações cromossomais em genes específicos relacionados ao metabolismo de fármacos) ou intrínsecos, como uma parede celular altamente hidrofóbica (devido à grande quantidade de ácidos micólicos). Estes mecanismos de resistência são discutidos amplamente na literatura. Por outro lado, pouco se sabe a respeito da resistência devido as alterações na expressão dos genes das bombas de efluxo, responsáveis pela exclusão de fármacos, bem como dos mecanismos de resistência relacionados a halotolerância bacteriana. Neste sentido, três assuntos de relevância no combate à tuberculose foram abordados nesta tese. Como primeira frente, avaliou-se inicialmente a expressão de 5 genes codificadores de bombas de efluxo pela técnica de RT-qPCR em 12 isolados clínicos frente ao tratamento com rifampicina, principal fármaco do regime terapêutico da TB. Resultados indicaram que essas proteínas auxiliam na emergência da resistência, sendo indicados pela superexpressão dos genes frente ao tratamento. Como segunda frente avaliou-se a atividade de 15 compostos inéditos de furoxânicos e benzofuroxânicos... / Abstract: Tuberculosis (TB) is an infectious disease caused mainly by Mycobacterium tuberculosis bacillus, presenting 9.5 million of new cases and 1.5 million of deaths in 2014. Two aggravating factors are associated with these high statistical indexes: a co-infection with HIV ("Human Immunodeficiency Virus") and the increasing emergence of resistant strains represented by MDR ("multi-drug resistant") and XDR ("extreme drug resistant") strains. The bacillus resistance manifests from acquired events (such as acquisition of chromosomal mutations in specific genes related to drug metabolism) or intrinsic, as a highly hydrophobic cell wall (due to the large amount of mycolic acids) and the action of efflux pumps (responsible for drug extrusion). Thus, the thesis project evaluated the expression of five genes encoding efflux pumps by RT-qPCR technique in 12 clinical isolates against rifampicin, the main anti-TB drug used in the standard treatment. Results indicated that these proteins contribute to the emergence of resistance, indicated by overexpression of these genes after treatment. The second part of the study evaluated the activity of 15 furoxan and benzofuroxan derivative compounds for inhibitory capacity against the M. tuberculosis, cytotoxicity in VERO cells, as well as ethidium bromide accumulation and efflux assays. Aiming evaluate their mechanism of action, microarray and assays of nitric oxide release were also done, as they are supposed nitric oxide donors and may present an action by oxidative stress and/or the activity efflux pumps inhibition. Results indicated that the class of compounds is promising for the treatment, with good inhibitory activity against bacillus and substantial degree of selectivity. Mechanism of action assays indicated activity independent of efflux inhibition, of isoniazid subunit' or nitric oxide release. Microarray pointed to changes ... / Doutor
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Estudo genético-molecular de pacientes discordantes de Paraplegia Espástica Hereditária do tipo 4 / Molecular-genetic study of discordant patients with Hereditary Spastic Paraplegia type 4

Natale Cavaçana 07 November 2014 (has links)
As doenças neuromusculares incluem um grupo muito heterogêneo de patologias que atingem 1 em cada 1.000 indivíduos nascidos vivos. Dentre as doenças neuromusculares destacam-se as paraplegias espásticas hereditárias que acometem, aproximadamente, cerca de 1 em cada 10.000. As paraplegias espásticas hereditárias (PEH) são caracterizadas pela espasticidade e fraqueza muscular dos membros inferiores. São muito heterogêneas tanto em clínica como geneticamente. Diversas formas já foram descritas e a mais comum delas, acometendo por volta de 40% dos casos autossômicos dominantes, causada por mutações no gene SPAST (PEH do tipo 4 ou SPG4). Estudos de correlação genótipo: fenótipo têm mostrado que indivíduos da mesma família carregando a mesma mutação patogênica, podem ter quadro clínico muito distinto. A explicação para esta questão pode estar na procura por genes modificadores, no padrão de expressão, na análise proteômica (seja por ligantes a proteínas ou no dobramento das mesmas), ou em mecanismos epigenéticos. Além disso, em algumas formas observa-se uma diferença na porcentagem de pessoas afetadas de acordo com o sexo. Essa desproporção foi observada numa grande família de com PEH na qual existe um predomínio de afetados do sexo masculino. O objetivo do presente trabalho foi a análise de pacientes discordantes, ou seja, que possuam a mesma mutação, porém com quadro clínico discordante de uma grande família brasileira com SGP4. Para isso foi feito um estudo da abundância de transcritos (mRNA) e de genótipo (polimorfismos de base única) em relação a um fenótipo (sintomático ou assintomático). Os resultados sugerem que o principal sistema envolvido, que poderia explicar as diferenças entre os pacientes discordantes, é o sistema imune, com a principal atuação dos genes C2, HLA-DRB1 e LY6G6C. Esses genes podem ter papel protetor ou tóxico no desenvolvimento do quadro clínico dos pacientes analisados / The hereditary spastic paraplegia (HSP) is characterized by muscle weakness and lower limb spasticity. They are very heterogeneous both clinically and genetically. Several forms have been described and the most common one, affecting around 40% of autosomal dominant cases, is caused by mutations in the SPAST gene (HSP type 4 or SPG4). Genotype: phenotype correlation studies have shown that affected individuals from the same family, who carry the same pathogenic mutation, can have very distinct phenotypes. The underlying explanation behind this clinical heterogeneity may be found in the search for modifier genes, in expression patterns observed proteomic analyses (either by protein binding or folding), or epigenetic mechanisms. As is observed in other motor neurodisease, there is a disproportion between the number of affected males and females, with males being the predominantly affected. The objective of this study was to analyze discordant patients, i.e., those that possess the same mutation, but show discordant phenotypes, from a large Brazilian family with SGP4. For this study, the abundance of transcripts (mRNA) and genotype (single nucleotide polymorphisms) relative to a phenotype (symptomatic or asymptomatic) were analyzed. The results suggest that the main system involved, which could explain the differences between discordant patients, is the immune system, with the main activity of C2, LY6G6C and HLA-DRB1 genes. These genes may have a protective or toxic role in the development of the analyzed patients\' clinical features
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Expressão gênica no baço associada ao mecanismo de resistência a coccidiose em Gallus gallus

ALMEIDA, Erik Amazonas de 31 January 2012 (has links)
Made available in DSpace on 2014-06-12T18:02:58Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo9512_1.pdf: 2655908 bytes, checksum: b137ac1305ca5bc02534e3f38e5c8db1 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2012 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A avicultura brasileira gera grandes divisas para o país e fornece alimento a baixo custo para a população. Entretanto, os problemas sanitários que acometem a indústria avícola afetam todo o sistema produtivo, podendo acarretar perdas no mercado mundial ou elevação dos preços do produto final. Dentre as enfermidades mais frequentes na avicultura mundial e brasileira está a coccidiose, causada por diferentes espécies de protozoários do gênero Eimeria spp., sendo E. maxima, E. acervulina e E. tenella os agentes causadores mais comuns. Este estudo avaliou a expressão gênica em resposta à infecção por E. tenella no baço de três linhagens de galinhas: uma selecionada para altas taxas de crescimento e desenvolvimento muscular (TT), outra selecionada para altas taxas de fertilidade e postura de ovos (CC), e uma terceira linhagem não selecionada geneticamente (CCc), um controle genético de CC. As duas linhagens selecionadas (TT e CC) apresentaram, em estudo anterior, diferenças na resistência/susceptibilidade à coccidiose. As aves foram inoculadas com E. tenella e seus tecidos foram colhidos aos dias 0 (pré-infecção), 2, 6 e 9 pós-infecção. O perfil de expressão gênica no baço das aves foi avaliado por meio de microarranjos de DNA contendo 13.000 pontos de genes impressos, oriundos de tecido linfóide de aves. RT-PCR quantitativo em tempo real foi realizado para avaliar o perfil de expressão de NK-lisina uma citocina produzida por linfócitos T e células natural killer, e responsável pelo recrutamento e ativação de outras citocinas e células de defesa. O estudo de microarranjos revelou importantes conjuntos de genes diferencialmente expressos entre as linhagens. Aves da linhagem mais resistente CC apresentaram um padrão de expressão de genes que codificam imunoglobulinas e citocinas maior do que os animais TT. Dentre esses genes, encontram-se galinacina, uma β-defensina de aves, e IRF-10. Ambas atuam no combate a patógenos intracelulares. Já a linhagem TT apresentou maior expressão de IL1-F5, uma citocina antagônica de IL-1, que atua inibindo NF-κB, um fator importante na diferenciação de linfócitos e estímulo de IRF10 e IFN-γ. Entre as linhagens que compartilham uma maior proximidade genética, CC e CCc, as diferenças foram quantitativa e qualitativamente mais sutis. Consistente com esse padrão, os níveis de expressão de NK-lisina foram maiores na linhagem CC durante o período pré-infecção. Já no segundo dia após a infecção, TT mostrou uma expressão muito superior a CC e CCc, possivelmente devido à sua inabilidade em prontamente combater a doença. Ao avançar da infecção, a expressão gênica foi homogênea entre as linhagens. É possível que a seleção genética para características de postura possa ter favorecido a expressão basal de genes envolvidos com defesa celular, promovendo maior condição de resistência a doenças aos animais
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Mecanismos moleculares envolvidos com a resistência química de células tumorais de mama

Nascimento, Augusto Santana January 2016 (has links)
Orientador: Willian Fernando Zambuzzi / Resumo: Embora algum progresso tenha sido alcançado nos últimos anos, ainda são necessários estudos capazes de desvendar os mecanismos moleculares envolvidos com o fenótipo de resistência a múltiplas drogas (MDR) em células tumorais. Com esta finalidade, estabelecemos o perfil quinômico (através do microarranjo de peptídeos, PepChip) das linhagens MCF7 e MCF7Res, fenótipo parental e resistente respectivamente, de células de câncer de mama. Os resultados obtidos pelo microarranjo de peptídeos e posteriormente, validados por western blotting, apontaram o envolvimento da via de sinalização Jak-Stat e isoformas de PKC no processo de resistência das células de câncer de mama. Além disso, mostramos envolvimento de p42/44-mapk, Ras e um aumento na expressão de MMP-9. Estes resultados mostram o potencial agressivo destas células resistentes, visto que estas vias estão envolvidas em mecanismos responsáveis pela proliferação e invasão celular. Como as proteínas Jak1 e Jak2 mostraram-se envolvidas, decidimos avaliar níveis de fosforilação de Stats 1, 2, 3, 5 e 6 e mostramos que todas estavam up-fosforiladas nas células resistentes. Baseado nestes resultados, decidimos avaliar através de um ensaio funcional, o papel de Jak2 no fenótipo resistente e, desta forma, avaliamos a viabilidade das células MCF7Res em pré-tratamento com 2 concentrações subtóxicas do inibidor de Jak2 (5µM e 10µM) e nossos resultados claramente mostraram que, inibindo Jak2, as células MCF7Res ficam mais sensíveis a daunorru... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Although some progress has been achieved in recent years, it is still necessary studies to unravel the molecular mechanisms involved in multidrug resistance (MDR) phenotype in tumor cells. For this purpose, we established kinomic profile (by peptides microarray, PepChip) of MCF7 and MCF7Res lineages, parental and resistant phenotype, respectively, of breast cancer cells. The results obtained by microarray of peptides and subsequently validated by western blotting indicated the involvement of the Jak-Stat pathway signaling and PKC isoforms in the process of resistance of breast cancer cells. Furthermore, we show involvement of p42/44-MAPK, Ras and an increase in MMP-9 expression. These results show the potential of these aggressive resistant cells, since these pathways are involved in the mechanisms responsible for cell proliferation and invasion. As Jak1 and Jak2 protein shown to be involved, we decided to assess phosphorylation levels of Stats 1, 2, 3, 5 and 6, and show that all were up-phosphorylated in resistant cells. Based on these results, we decided to evaluate by a functional assay, Jak2 role in the resistant phenotype, and thus, evaluate the viability of MCF7Res cells pre-treated with 2 subtoxic concentrations of Jak2 inhibitor (5μM and 10μM) and our results have clearly shown that inhibiting Jak2, the MCF7Res cells become more sensitive to daunorubicin, increasing the rate of cell death forward the response to chemotherapy. Based on the results obtained by fosfoproteoma we conclude that the MDR phenotype involves specific metabolism in breast tumor cells, where PKCs isoforms and Jak-Stat signaling exercise prominent role. Thus, these data indicate the potential use of Jak2 inhibitors as a strategy for treatment of patients unresponsive to conventional therapies. / Mestre
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Perfil imunoistoquímico dos linfomas difusos de grandes células B caninos utilizando-se o método de microarranjo de tecido (TMA) /

Silva, Maria Claudia Lopes da. January 2015 (has links)
Orientador: Júlio Lopes Sequeira / Banca: Renee Laufer Amorim / Banca: Sara Maria de Carvalho e Suzano / Resumo: Os linfomas não Hodgkin (LNHs) são as neoplasias hematopoiéticas mais comuns nos cães, sendo o Linfoma Difuso de Grandes Células B (DLBCL) o subtipo mais frequente. Os DLBCLs são neoplasias formadas por células linfoides B com padrão de crescimento difuso e podem apresentar pelo menos cinco variantes. O presente trabalho teve como objetivos traçar o perfil imunoistoquímico dos DLBCLs dos cães, classificá-los de acordo com os critérios estabelecidos pela WHO (2008), WHO veterinária (2002) e Classificação de Kiel e efetuar a avaliação dos anticorpos utilizados pelo método de microarranjo de tecido (TMA), comparando-o com o corte convencional. Foi avaliada a expressão imunoistoquímica de marcadores pan B (CD79a, CD20 e PAX-5); a determinação dos índices proliferativo (Ki-67) e apoptótico (caspase-3) e também da expressão de p53 mutante. Foram observados 24 linfomas centroblásticos monomórficos, 4 imunoblásticos B e 1 centroblástico polimórfico de acordo com a classificação de Kiel. Este perfil é de 25 Linfomas de Grandes Células B Difusos/ DLBCL, NOS variante centroblástica e 4 Imunoblásticos de Grandes Células /DLBCL, NOS variante imunoblástica, pela WHO de 2002 e 2008, respectivamente. Houve marcação em 100%, 75,8% e 58,6% dos casos para o CD79a, CD20 e PAX-5, respectivamente. A mediana de porcentagem de marcação para o Ki-67 e para a caspase-3 foi de 45,9% e 10%, respectivamente. Já a expressão da proteína p53 mutante foi verificada em 16 tumores (55,1%). A análise destes marcadores utilizando-se o TMA resultou em perfil imunofenotípico idêntico e medianas de caspase-3, Ki67 e p53 significativamente semelhantes quando comparadas com o corte convencional. Concluiu-se que em nossas amostras não houve diferença estatística entre os diferentes subtipos histológicos em relação aos índices proliferativo e apoptótico e expressão da p53. Ainda, o TMA é uma técnica adequada para avaliação do... / Abstract: Non Hodgkin lymphomas (LNHs) are the most common hematopoietic tumors of dogs, among which Diffuse Large B Cell Lymphoma (DLBCL) is the most frequent subtype. DLBCLs are tumors composed of lymphoid B cell with a diffuse growth pattern and may present at least five variants. The present work intended to delineate the immunohistochemical profile of canine DLBCL, classify them according to the criteria proposed by WHO (2008); veterinary WHO (2002) and Updated Kiel Classification and also perform the evaluation of the used antibodies on tissue microarray (TMA) method in comparison to conventional histological sections. The immunohistochemical expression of pan B markers (anti CD79a, anti CD20 and PAX-5) was assessed; as well as the determination of proliferation index (Ki-67) and apoptosis (caspase 3) and also the expression of the mutant p53. There were 24 monomorphic centroblastic lymphomas, 4 imunoblastic B and 1 polimorphic centroblastic according to Kiel. That profile is 25 Diffuse Large B Cell Lymphoma/ DLBCL, NOS centroblastic variant and 4 Large Cell Imunoblastic/ DLBCL, NOS imunoblastic variant according to WHO 2002 and 2008 respectively. Immunolabeling was seen in 100%, 75.8% and 58.6% of the cases for CD79a, CD20 and PAX-5 respectively. The immunolabeling median percentage of Ki67 was 45.9% and for caspase-3 it was 10%. The expression of mutant p53 was observed in 16 tumors (55.1%). The analysis of those markers using TMA resulted in identical imunophenotype and significantly similar medians of caspase-3, Ki67 e p53 when compared to conventional sections. In conclusion there was no statistical difference among the histological subtypes regarding proliferation and apoptotic indexes and p53 expression in our samples. Also, TMA is an adequate technique for evaluating imunophenotype, proliferation and apoptotic indexes as well as presence of mutant p53 / Mestre
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Efeitos imunotóxicos da Pteridium aquilinum em células natural killer de camundongos e a reversão destes efeitos com selênio / Immunotoxic effects of Pteridium aquilinum in natural killer cells from mice and the reversion of these effects by selenium

Latorre, Andréia Oliveira 04 October 2010 (has links)
Os resultados obtidos no mestrado mostraram que a samambaia do campo (Pteridium aquilinum) reduz a citotoxicidade das células natural killer (NK) esplênicas e a resposta imune celular do tipo tardia (DTH) de camundongos. Entretanto, até aquele momento não era sabido qual a célula afetada pela planta causava a diminuição da DTH. Assim, o objetivo inicial deste estudo foi verificar qual a célula envolvida na diminuição da DTH. Além disto, buscou-se descobrir o mecanismo de ação imunotóxico da P. aquilinum, o principio tóxico envolvido e se este efeito poderia ser revertido pelo selênio (Se). Para tal, camundongos C57BL/6 foram administrados com extrato de P. aquilinum, por gavage, durante 30 dias e suplementados com Se por mais 30 dias e a análise histológica revelou redução significativa na área de polpa branca esplênica que foi completamente revertida pelo tratamento com Se. Ainda, foi possível verificar que a diminuição da DTH foi causada pela redução da produção de IFNγ pelas células NK durante a indução da resposta imune celular. Além disto, camundongos administrados com ptaquilosídeo, por gavage, durante 14 dias mostraram a mesma redução na atividade das células NK causada pelo extrato de P. aquilinum, assim como a prevenção deste efeito pela co-administração de Se. Por fim, na análise da expressão gênica das células NK esplênicas dos camundongos tratados com ptaquilosídeo e/ou selênio pôde-se observar o aumento da expressão dos genes Mt1 e Mt2, possíveis responsáveis pelo mecanismo imunotóxico da planta, sendo posteriormente confirmado pelo aumento de metalotioneína e consequente redução de Zn2+ livre no espaço intracelular das células NK. Os resultados deste estudo claramente mostram que os efeitos imunossupressores da P. aquilinum são induzidos pelo ptaquilosídeo e são decorrentes do aumento da expressão dos genes da Mt1 e Mt2 e que a suplementação com Se pode prevenir e reverter estes efeitos tóxicos. / The results obtained in the master showed that the bracken fern (Pteridium aquilinum) reduces both the cytotoxicity of splenic natural killer cells (NK) and the delayed-type hypersensitivity (DTH) from mice. However, it was not known until that time, which cell affected by the plant that caused a decrease in DTH. Thus, the initial goal of this study was to determine which cell was involved in the reduction of DTH. Moreover, we sought to discover the mechanism of action of the P. aquilinum, the toxic principle involved and whether this effect could be reversed by selenium (Se). For that, C57BL/6 mice were treated with extract of P. aquilinum, by gavage, for 30 days and supplemented with Se for following 30 days. The histological analysis revealed a significant reduction in the splenic white pulp area that was completely reversed by treatment with Se. Still, it was verified that the decrease in DTH was caused by reduced production of IFNγ by NK cells during the induction of cellular immune response. In addition, the mice administered with ptaquiloside, by gavage, for 14 days showed the same reduction in the NK cell activity caused by the extract of P. aquilinum, as well as the prevention of this effect by co-administration of Se. Finally, we could observe an increase in the expression of Mt1 and Mt2 genes in the gene expression analysis of splenic NK cells from mice treated with ptaquiloside and/or selenium. These genes were probably responsible for immunotoxic mechanism of the plant, which was confirmed later by the augment of metallothionein and consequent reduction of free Zn2+ into the intracellular space of NK cells. The results of this study clearly show that the immunosuppressive effects of P. aquilinum are induced by ptaquiloside and they are a consequence of the augment in the gene expression of Mt1 and Mt2 and that the supplementation with Se can prevent and reverse these toxic effects.

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