Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:02Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-05-31Bitstream added on 2014-06-13T19:53:54Z : No. of bitstreams: 1 zimbardi_d_me_botib.pdf: 1403669 bytes, checksum: 19185c803cd5bc8168341c616f75325f (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A endometriose constitui uma doença de etiologia incerta, caracterizada pela presença de tecido endometriótico fora da cavidade uterina. E uma causa comum de morbidade, atingindo 5 a 10% das mulheres em idade reprodutiva. A metilção anormal na região promotora de genes especificos e os niveis de expressão alterados das DNA metiltransferases (DNMTs) compoem 0 conjunto de evidencias recentes indicando a endometriose como uma doença epigenetica. 0 presente estudo propos a investigaçao do perfil diferencial de metilaçao do DNA na endometriose, utilizando uma abordagem genomica de alta resoluçao baseada na metodologia de microarrays. Para isso, foram coletadas amostras pareadas de endometrio eutópico e de endometriose intestinal profunda de 18 pacientes. Foram selecionadas dez amostras pareadas para a hibridação do DNA: cinco casos foram submetidos ao enriquecimento das sequencias não metiladas (digerido com a enzima de restrição dependente de metilação McrBC ) e nove ao enriquecimento das sequencias metiladas (digerido com 0 coquetel de enzimas sensiveis a metilação do DNA Acil, HinP11, HpyCH41Ve Hpall). Os ensaios foram realizados em duplicatas totalizando 28 hibridações independentes na plataforma disponivel comercialmente Human CpG Island ChIP-on-Chip Set 244K (Agilent Technologies). Este protocolo foi previamente padronizada utilizando-se 0 DNA das linhagens derivadas de carcinomas de c610n HCT116 e DKO (celulas HCT116 duplo knockout para as DNMT1 e DNMT3b) usando marcação reversa (dye swap). Os dados foram avaliados nos software Agilent Technologies Genomic Workbench (DNA Analytics 5.0) e GeneSpring 7.3 (Agilent Technologies). Estre os 925 genes que apresentaram metila9ao diferencial, 55 foram recorrentes em dois ou mais casos. Varios destes genes mostram-se interessantes por exercerem funções relacionadas a fatores de transcrição (MSX1, EMX2, HOXB13, HOXD8 e HOXD9)... / Endometriosis is a disease of unknown etiology characterized by the presence of endometrial tissue outside the uterine cavity. It is a common cause of morbidity, affecting 5-10% of women in reproductive ages. The aberrant methylation in the promoter region of specific genes and the higher expression levels of DNA methyltransferases (DNMTs) in comparison with normal endometrium have been reported as evidences indicating that endometriosis is an epigenetic disease. The present study investigated the differential profile of DNA methylation in endometriosis using a high-resolution microarray-based assay. There were collected paired samples of eutopic endometrium and deep intestinal endometriosis from 18 patients and, subsequently, it was selected ten pairs to the DNA hybridization: five matched samples were submitted to the enrichment of unmethylated sequences (digested with the methylation-dependent restriction enzyme McrBG) and ten to the enrichment of methylated sequences (digested with the cocktail of enzymes sensitive to DNA methylation AGII, HinP1/, HpyGH4/V and Hpa/I). The assays were performed in duplicates totalizing 28 independent hybridizations in the commercially available platform Human CpG Island ChIP-on-Chip Set 244K (Agilent Technologies). The protocol was previously standardized using the DNA from the colon carcinomas cell lines HCT116 and DKO (HCT116 cells double-knockout for DNMT1 and DNMT3b) using reverse labeling (dye swap). The data were evaluated using the software Genomic Workbench (DNA Analytics 5.0) and GeneSpring 7.3. Among the 925 genes showing differential methylation, 55 genes were detected in at least two cases. Several of these gene could be considered good candidates to molecular biomarkers of endometriosis since that they act as transcription factors (MSX1, EMX2, HOXB13, HOXDB e HOXD9) , chromatin remodeling (MAD1L 1, WDR5 e BGOR)... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:14Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-05-30Bitstream added on 2014-06-13T20:23:15Z : No. of bitstreams: 1 silveira_cgt_dr_botib.pdf: 2492157 bytes, checksum: 96e0023d4fecc0d746ebf4a3705ecbc8 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A endometriose (EDT) é uma doença ginecológica crônica e heterogênea considerada um importante problema de saúde pública. As metodologias de Hibridação Genômica Comparativa de Alta resolução (HR-CGH) e CGH array (aCGH) são ferramentas importantes para a triagem de alterações genômicas em diferentes lesões endometrióides. No presente estudo, as análises de HR-CGH foram realizadas em 20 amostras de EDT fixadas em formalina e em blocos de parafina, de diferentes sítios e tipos histológicos, obtidas de oito pacientes submetidas à laparoscopia (Grupo I). Os componentes estromais e epiteliais foram isolados por microdissecção a laser. As amostras de endométrio tópico de três pacientes apresentaram perfis genômicos normais. Nos tecidos ectópicos, foi observada uma média de 68 regiões alteradas por caso. Análises comparativas entre os componentes estromais e epiteliais demonstraram alta freqüência de alterações genômicas comuns. As perdas foram mais prevalentes e envolveram principalmente os cromossomos 3p, 5q, 7p, 9p, 11q, 16q, 18q e 19q. A comparação entre os perfis de alteração de lesões de diferentes localizações derivadas da mesma paciente revelou a predominância de regiões comuns envolvidas em perdas e ganhos. Baseado nestes resultados foi realizada a análise de expressão protéica de sete marcadores de células-tronco pela metodologia de imunohistoquímica. A maioria das amostras apresentou expressão positiva dos marcadores CD9, CD34, c-Kit e Oct-4 em células isoladas do epitélio glandular e/ou células estromais. A presença de alterações genômicas comuns nos componentes estromal e epitelial de diferentes lesões sugere que a EDT apresenta uma origem monoclonal e a expressão positiva de marcadores de células-tronco sugere fortemente o envolvimento... / Endometriosis (EDT) is a chronic and heterogeneous gynecological disease increasingly recognized as an important women’s health issue. High Resolution Comparative Genomic Hybridization (HR-CGH) and array-CGH (aCGH) methods are potential tools for screening of genomic imbalances in distinct EDT lesions. In this study, HR-CGH was performed on 20 formalin-fixed paraffin-embedded EDT samples from different anatomical sites and histological types obtained from eight patients undergoing laparoscopy (Group 1). Stromal and epithelial components from each sample were laser microdissected. Eutopic endometrium from three patients was also analyzed and presented normal genomic pattern. In ectopic tissues, an average of 68 genomic imbalances was detected per sample. The comparison between stroma and epithelia showed the prevalence of common genomic alterations. DNA losses were more frequently detected and involved mainly 3p, 5q, 7p, 9p, 11q, 16q, 18q and 19q. Interestingly, the comparison among genomic profiles of distinct endometriotic lesions from particular patients also showed a high frequency of common losses and gains. Based on these findings, we also evaluated the expression of seven stemness-related markers by immunohistochemistry. Positive immunostaining for CD9, CD34, c-kit and Oct-4 markers was detected in isolated epithelial and/or stromal cells in majority of analyzed samples. The presence of common genomic alterations in stromal and epithelial cells from different sites and the expression of stemness-related markers suggested that EDT presents a clonal proliferation like in tumors and it may have a stem cell origin. Additionally, we investigated copy number variation (CNV) by high resolution array-CGH (aCGH) in 18 fresh microdissected infiltrating EDT lesions (Group II) using 4x44K oligonucleotide... (Complete abstract click electronic access below)

Orientador: Silvia Regina Rogatto / Banca: Mauricio Simões Abrão / Banca: Georgi Sabio Porto Mundin / Banca: José Ricardo Paciência Rodrigues / Banca: Claudia Aparecida Rainho / Resumo: A endometriose (EDT) é uma doença ginecológica crônica e heterogênea considerada um importante problema de saúde pública. As metodologias de Hibridação Genômica Comparativa de Alta resolução (HR-CGH) e CGH array (aCGH) são ferramentas importantes para a triagem de alterações genômicas em diferentes lesões endometrióides. No presente estudo, as análises de HR-CGH foram realizadas em 20 amostras de EDT fixadas em formalina e em blocos de parafina, de diferentes sítios e tipos histológicos, obtidas de oito pacientes submetidas à laparoscopia (Grupo I). Os componentes estromais e epiteliais foram isolados por microdissecção a laser. As amostras de endométrio tópico de três pacientes apresentaram perfis genômicos normais. Nos tecidos ectópicos, foi observada uma média de 68 regiões alteradas por caso. Análises comparativas entre os componentes estromais e epiteliais demonstraram alta freqüência de alterações genômicas comuns. As perdas foram mais prevalentes e envolveram principalmente os cromossomos 3p, 5q, 7p, 9p, 11q, 16q, 18q e 19q. A comparação entre os perfis de alteração de lesões de diferentes localizações derivadas da mesma paciente revelou a predominância de regiões comuns envolvidas em perdas e ganhos. Baseado nestes resultados foi realizada a análise de expressão protéica de sete marcadores de células-tronco pela metodologia de imunohistoquímica. A maioria das amostras apresentou expressão positiva dos marcadores CD9, CD34, c-Kit e Oct-4 em células isoladas do epitélio glandular e/ou células estromais. A presença de alterações genômicas comuns nos componentes estromal e epitelial de diferentes lesões sugere que a EDT apresenta uma origem monoclonal e a expressão positiva de marcadores de células-tronco sugere fortemente o envolvimento ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Endometriosis (EDT) is a chronic and heterogeneous gynecological disease increasingly recognized as an important women's health issue. High Resolution Comparative Genomic Hybridization (HR-CGH) and array-CGH (aCGH) methods are potential tools for screening of genomic imbalances in distinct EDT lesions. In this study, HR-CGH was performed on 20 formalin-fixed paraffin-embedded EDT samples from different anatomical sites and histological types obtained from eight patients undergoing laparoscopy (Group 1). Stromal and epithelial components from each sample were laser microdissected. Eutopic endometrium from three patients was also analyzed and presented normal genomic pattern. In ectopic tissues, an average of 68 genomic imbalances was detected per sample. The comparison between stroma and epithelia showed the prevalence of common genomic alterations. DNA losses were more frequently detected and involved mainly 3p, 5q, 7p, 9p, 11q, 16q, 18q and 19q. Interestingly, the comparison among genomic profiles of distinct endometriotic lesions from particular patients also showed a high frequency of common losses and gains. Based on these findings, we also evaluated the expression of seven stemness-related markers by immunohistochemistry. Positive immunostaining for CD9, CD34, c-kit and Oct-4 markers was detected in isolated epithelial and/or stromal cells in majority of analyzed samples. The presence of common genomic alterations in stromal and epithelial cells from different sites and the expression of stemness-related markers suggested that EDT presents a clonal proliferation like in tumors and it may have a stem cell origin. Additionally, we investigated copy number variation (CNV) by high resolution array-CGH (aCGH) in 18 fresh microdissected infiltrating EDT lesions (Group II) using 4x44K oligonucleotide... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Cláudia Aparecida Rainho / Banca: Maria Claudia Moura Campos / Banca: Ester Silveira Ramos / Resumo: A endometriose constitui uma doença de etiologia incerta, caracterizada pela presença de tecido endometriótico fora da cavidade uterina. E uma causa comum de morbidade, atingindo 5 a 10% das mulheres em idade reprodutiva. A metilção anormal na região promotora de genes especificos e os niveis de expressão alterados das DNA metiltransferases (DNMTs) compoem 0 conjunto de evidencias recentes indicando a endometriose como uma doença epigenetica. 0 presente estudo propos a investigaçao do perfil diferencial de metilaçao do DNA na endometriose, utilizando uma abordagem genomica de alta resoluçao baseada na metodologia de microarrays. Para isso, foram coletadas amostras pareadas de endometrio eutópico e de endometriose intestinal profunda de 18 pacientes. Foram selecionadas dez amostras pareadas para a hibridação do DNA: cinco casos foram submetidos ao enriquecimento das sequencias não metiladas (digerido com a enzima de restrição dependente de metilação McrBC ) e nove ao enriquecimento das sequencias metiladas (digerido com 0 coquetel de enzimas sensiveis a metilação do DNA Acil, HinP11, HpyCH41Ve Hpall). Os ensaios foram realizados em duplicatas totalizando 28 hibridações independentes na plataforma disponivel comercialmente Human CpG Island ChIP-on-Chip Set 244K (Agilent Technologies). Este protocolo foi previamente padronizada utilizando-se 0 DNA das linhagens derivadas de carcinomas de c610n HCT116 e DKO (celulas HCT116 duplo knockout para as DNMT1 e DNMT3b) usando marcação reversa (dye swap). Os dados foram avaliados nos software Agilent Technologies Genomic Workbench (DNA Analytics 5.0) e GeneSpring 7.3 (Agilent Technologies). Estre os 925 genes que apresentaram metila9ao diferencial, 55 foram recorrentes em dois ou mais casos. Varios destes genes mostram-se interessantes por exercerem funções relacionadas a fatores de transcrição (MSX1, EMX2, HOXB13, HOXD8 e HOXD9)... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Endometriosis is a disease of unknown etiology characterized by the presence of endometrial tissue outside the uterine cavity. It is a common cause of morbidity, affecting 5-10% of women in reproductive ages. The aberrant methylation in the promoter region of specific genes and the higher expression levels of DNA methyltransferases (DNMTs) in comparison with normal endometrium have been reported as evidences indicating that endometriosis is an epigenetic disease. The present study investigated the differential profile of DNA methylation in endometriosis using a high-resolution microarray-based assay. There were collected paired samples of eutopic endometrium and deep intestinal endometriosis from 18 patients and, subsequently, it was selected ten pairs to the DNA hybridization: five matched samples were submitted to the enrichment of unmethylated sequences (digested with the methylation-dependent restriction enzyme McrBG) and ten to the enrichment of methylated sequences (digested with the cocktail of enzymes sensitive to DNA methylation AGII, HinP1/, HpyGH4/V and Hpa/I). The assays were performed in duplicates totalizing 28 independent hybridizations in the commercially available platform Human CpG Island ChIP-on-Chip Set 244K (Agilent Technologies). The protocol was previously standardized using the DNA from the colon carcinomas cell lines HCT116 and DKO (HCT116 cells double-knockout for DNMT1 and DNMT3b) using reverse labeling (dye swap). The data were evaluated using the software Genomic Workbench (DNA Analytics 5.0) and GeneSpring 7.3. Among the 925 genes showing differential methylation, 55 genes were detected in at least two cases. Several of these gene could be considered good candidates to molecular biomarkers of endometriosis since that they act as transcription factors (MSX1, EMX2, HOXB13, HOXDB e HOXD9) , chromatin remodeling (MAD1L 1, WDR5 e BGOR)... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

O timo é um órgão complexo estruturado por um estroma, o qual é formado principalmente por células epiteliais corticais (cTECs) e por células epiteliais medulares (mTECs) além de outros tipos celulares como células dendríticas (DC), macrófagos, linfócitos B e fibroblastos. Além disso, os precursores das células T originados da medula óssea chegam ao timo (timócitos) se maturando em linfócitos T, os quais migram para a periferia. O timo é, portanto, o local de eventos muito importantes durante a maturação do sistema imune, incluindo o controle de sua própria homeostase. No presente estudo, procuramos retratar as principais características do timo por meio da análise da expressão gênica em grande escala, isto é, descrevendo parte de seu transcriptoma. Fizemos uso da tecnologia dos cDNA microarrays em duas versões. Na primeira delas utilizamos cDNA microarrays construídos em lâminas de vidro e sondas fluorescentes marcadas com fluorocromos Cy3 ou Cy5 e, na segunda versão utilizamos cDNA microarrays em membranas de náilon e sondas radioativas marcadas com o isótopo 33P. Para a análise dos dados, utilizamos programas de bioinformática dedicados, tais como o SAM (Significance analysis of microarrays) e o Cluster e TreeView. Três conjuntos de resultados foram possíveis. No primeiro conjunto observamos a ocorrência da expressão gênica promíscua (PGE) de antígenos de tecidos/órgãos parenquimatosos (TSAs), demarcando sua emergência temporal durante a ontogenia do timo murino, a qual é influenciada pelo background genético das linhagens isogênicas estudadas. A ocorrência da PGE no timo é associada às bases genético-moleculares da indução de tolerância imunológica nas células T, contribuindo com a prevenção da auto-imunidade. O segundo conjunto de resultados consistiu na análise da expressão gênica do timo de camundongos nocautes (KO) envolvendo genes importantes para a maturação das células T, tais como TCR?, LAT, Rel-b, RAG-1 e CD3?, possibilitando a observação de seus efeitos na regulação da transcrição neste órgão. Finalmente, o terceiro conjunto consistiu na definição da dissecação molecular virtual do timo. Por meio de perfis de expressão gênica particulares exibidos por cada tipo principal que povoa o timo, foi possível dissecar este órgão usando a tecnologia dos cDNA microarrays. / The thymus is a complex organ structured by a stroma, which is formed mainly by cortical epithelial cells (cTECs) and medullary epithelial cells (mTECs) besides of other cell types such as dendritic cells (DC), macrophages, B lymphocytes and fibroblasts. Moreover, the T cell precursors arising from the bone marrow reach the thymus (thymocytes) maturing in T lymphocytes, which migrate to the periphery. Thus, the thymus is the place of very important events during the maturation of the immune system, including the control of their own homeostasis. In the present study, we search to picture the main characteristics of the thymus by means of the large scale gene expression analysis that is, describing part of their transcriptome. We made use of the cDNA microarray technology in two versions. In the first one we used cDNA microarrays constructed on glass slides and fluorescent probes labeled with the fluorochromes Cy3 or Cy5 and in the second version we used cDNA microarrays on nylon membranes and radioactive probes labeled with 33P isotope. To data analysis we used dedicated bioinformatics programs, such as SAM (significance analysis of microarrays) and Cluster-Tree View. Three sets of results were possible. In the first set we observed the occurrence of the promiscuous gene expression (PGE) of parenchymal tissue/organ specific antigens (TSAs), demarking their temporal emergence during the murine thymus ontogeny, which is influenced by the genetic background of the inbred strains studied. The occurrence of PGE in the thymus is associated to the molecular-genetics basis of the immune tolerance of T cells, contributing with the prevention of autoimmunity. The second set of results consisted in the analysis of gene expression of thymus from knockout mice (KO) involving genes important for T cell maturation, such as TCR?, LAT, Relb, RAG-1 and CD3?, allowing the observation of its effects on the transcription regulation in this organ. Finally, the third set consisted in the definition of the virtual molecular dissection of the thymus. By means of particular gene expression profiling featured by each main cell type populating the thymus, it was possible to dissect this organ using the cDNA microarray technology.

O timo é um órgão complexo estruturado por um estroma, o qual é formado principalmente por células epiteliais corticais (cTECs) e por células epiteliais medulares (mTECs) além de outros tipos celulares como células dendríticas (DC), macrófagos, linfócitos B e fibroblastos. Além disso, os precursores das células T originados da medula óssea chegam ao timo (timócitos) se maturando em linfócitos T, os quais migram para a periferia. O timo é, portanto, o local de eventos muito importantes durante a maturação do sistema imune, incluindo o controle de sua própria homeostase. No presente estudo, procuramos retratar as principais características do timo por meio da análise da expressão gênica em grande escala, isto é, descrevendo parte de seu transcriptoma. Fizemos uso da tecnologia dos cDNA microarrays em duas versões. Na primeira delas utilizamos cDNA microarrays construídos em lâminas de vidro e sondas fluorescentes marcadas com fluorocromos Cy3 ou Cy5 e, na segunda versão utilizamos cDNA microarrays em membranas de náilon e sondas radioativas marcadas com o isótopo 33P. Para a análise dos dados, utilizamos programas de bioinformática dedicados, tais como o SAM (Significance analysis of microarrays) e o Cluster e TreeView. Três conjuntos de resultados foram possíveis. No primeiro conjunto observamos a ocorrência da expressão gênica promíscua (PGE) de antígenos de tecidos/órgãos parenquimatosos (TSAs), demarcando sua emergência temporal durante a ontogenia do timo murino, a qual é influenciada pelo background genético das linhagens isogênicas estudadas. A ocorrência da PGE no timo é associada às bases genético-moleculares da indução de tolerância imunológica nas células T, contribuindo com a prevenção da auto-imunidade. O segundo conjunto de resultados consistiu na análise da expressão gênica do timo de camundongos nocautes (KO) envolvendo genes importantes para a maturação das células T, tais como TCR?, LAT, Rel-b, RAG-1 e CD3?, possibilitando a observação de seus efeitos na regulação da transcrição neste órgão. Finalmente, o terceiro conjunto consistiu na definição da dissecação molecular virtual do timo. Por meio de perfis de expressão gênica particulares exibidos por cada tipo principal que povoa o timo, foi possível dissecar este órgão usando a tecnologia dos cDNA microarrays. / The thymus is a complex organ structured by a stroma, which is formed mainly by cortical epithelial cells (cTECs) and medullary epithelial cells (mTECs) besides of other cell types such as dendritic cells (DC), macrophages, B lymphocytes and fibroblasts. Moreover, the T cell precursors arising from the bone marrow reach the thymus (thymocytes) maturing in T lymphocytes, which migrate to the periphery. Thus, the thymus is the place of very important events during the maturation of the immune system, including the control of their own homeostasis. In the present study, we search to picture the main characteristics of the thymus by means of the large scale gene expression analysis that is, describing part of their transcriptome. We made use of the cDNA microarray technology in two versions. In the first one we used cDNA microarrays constructed on glass slides and fluorescent probes labeled with the fluorochromes Cy3 or Cy5 and in the second version we used cDNA microarrays on nylon membranes and radioactive probes labeled with 33P isotope. To data analysis we used dedicated bioinformatics programs, such as SAM (significance analysis of microarrays) and Cluster-Tree View. Three sets of results were possible. In the first set we observed the occurrence of the promiscuous gene expression (PGE) of parenchymal tissue/organ specific antigens (TSAs), demarking their temporal emergence during the murine thymus ontogeny, which is influenced by the genetic background of the inbred strains studied. The occurrence of PGE in the thymus is associated to the molecular-genetics basis of the immune tolerance of T cells, contributing with the prevention of autoimmunity. The second set of results consisted in the analysis of gene expression of thymus from knockout mice (KO) involving genes important for T cell maturation, such as TCR?, LAT, Relb, RAG-1 and CD3?, allowing the observation of its effects on the transcription regulation in this organ. Finally, the third set consisted in the definition of the virtual molecular dissection of the thymus. By means of particular gene expression profiling featured by each main cell type populating the thymus, it was possible to dissect this organ using the cDNA microarray technology.

Toda medida, desde que feita por um instrumento real, tem uma imprecisão associada. Neste trabalho, abordamos a questão das imprecisões em experimentos de microarranjos de cDNA de dois canais, uma tecnologia que tem sido muito explorada nos últimos anos e que ainda é um importante auxiliar nos estudos de expressões gênicas. Dezenas de milhares de representantes de genes são impressos em uma lâmina de vidro e hibridizados simultaneamente com RNA mensageiro de duas amostras diferentes de células. Essas amostras são marcadas com corantes fluorescentes diferentes e a lâmina, após a hibridização, é digitalizada, obtendo-se duas imagens. As imagens são analisadas com programas especiais que segmentam os locais que estavam os genes e extraem estatísticas dos píxeis de cada local. Por exemplo, a média, a mediana e a variância das intensidades do conjunto de píxeis de cada local (o mesmo é feito normalmente para uma área em volta de cada local, chamada de fundo). Estimadores estatísticos como o da variância nos dão uma estimativa de quão precisa é uma certa medida. Uma vez de posse das estimativas das intensidades de cada local, para se obter a efetiva expressão de um gene, algumas transformações são feitas nos dados de forma a eliminar variabilidades sistemáticas. Neste trabalho, mostramos como podem ser feitas as análises a partir de uma medida de expressão gênica com um erro estimado. Mostramos como estimar essa imprecisão e estudamos, em termos de propagação da imprecisão, os efeitos de algumas transformações realizadas nos dados, por exemplo, a remoção do viés estimado pelo método de regressão local robusta, mais conhecido como \\textit{lowess}. Uma vez obtidas as estimativas das imprecisões propagadas, mostramos também como utilizá-las na determinação dos genes diferencialmente expressos entre as amostras estudadas. Por fim, comparamos os resultados com os obtidos por formas clássicas de análise, em que são desconsideradas as imprecisões das medidas. Concluímos que a modelagem das imprecisões das medidas pode favorecer as análises, já que os resultados obtidos em uma aplicação com dados reais de expressões gênicas foram condizentes com os que encontramos na literatura. / Any measurement, since it is made for a real instrument, has an uncertainty associated with it. In the present paper, we address this issue of uncertainty in two-channel cDNA Microarray experiments, a technology that has been widely used in recent years and is still an important tool for gene expression studies. Tens of thousands of gene representatives are printed onto a glass slide and hybridized simultaneously with mRNA from two different cell samples. Different fluorescent dyes are used for labeling both samples. After hybridization, the glass slide is scanned yielding two images. Image processing and analysis programs are used for spot segmentation and pixel statistics computation, for instance, the mean, median and variance of pixel intensities for each spot. The same statistics are computed for the pixel intensities in the background region. Statistical estimators such as the variance gives us an estimate of the accuracy of a measurement. Based on the intensity estimates for each spot, some data transformations are applied in order to eliminate systematic variability so we can obtain the effective gene expression. This paper shows how to analyze gene expression measurements with an estimated error. We presented an estimate of this uncertainty and we studied, in terms of error propagation, the effects of some data transformations. An example of data transformation is the correction of the bias estimated by a robust local regression method, also known as \\textit{lowess}. With the propagated errors obtained, we also showed how to use them for detecting differentially expressed genes between different conditions. Finally, we compared the results with those obtained by classical analysis methods, in which the measurement errors are disregarded. We conclude that modeling the measurements uncertainties can improve the analysis, since the results obtained in a real gene expressions data base were consistent with the literature.

Orientador: Fernanda da Cruz Landim / Coorientador: José Buratini Junior / Banca: Sony Dimas Bicudo / Banca: João Carlos Pinheiro Ferreira / Banca: José Antonio Visentini / Banca: Mario Binelli / Resumo: Objetivo deste experimento foi estudar os mecanismos envolvidos na sobrevivência à criopreservação de embriões Bos taurus indicus (Nelore) e Bos taurus taurus (Simental) produzidos in vitro (PIV) e in vivo (TE). Em um arranjo fatorial 2 x 2, duas subespécies (Bos taurus indicus vs Bos taurus taurus) e duas origens (PIV vs TE) foram utilizadas para testar a hipótese de que a capacidade de sobrevivência após a criopreservação é um evento multifatorial, e que a composição lipídica e o padrão de expressão gênica global afetam a criotolerância embrionária. Vacas Nelore (N=14) e Simental (N=14) foram submetidas a OPU e os oócitos recuperados (N=840 e 450, respectivamente) foram submetidos a MIV, FIV e CIV. Além disso, vacas Nelore (N=7) e Simental (N=8) foram submetidas a superestimulação ovariana, IATF e lavagem uterina. Os embriões PIV (N=349 e N=105) e TE (N=80 e N=74), respectivamente Nelore e Simental, foram submetidos as técnicas de vitrificação (N=70-94), coloração de Sudan Black (n=30), espectrometria de massas por ionização e dessorção a laser assistida por matriz (MALDI-MS; N=8 por grupo), microarray genômico (Nelore PIV N=4, Nelore TE N=4, Simental PIV N=3, Simental TE N=3) e validação no qPCR (N=8 por grupo). Modelos univariados (PROC LOGISTIC e PROC GLIMMIX- SAS 9.2) e multivariados (análise dos componentes principais-PCA- Piruete v.3.11 e MetaboAnalyst) foram utilizados na análise estatística. A análise do Microarray genômico procedeu-se no FlexArray 1.6.1.1. Genes com "fold change" de 1,5 e P≤0,05 foram considerados diferentemente expressos. Embriões Simental apresentaram maior sobrevivência após a vitrificação que os Nelore (34,6 vs 20,2%; P<0,05). Apesar disso, os embriões Simental apresentaram maior conteúdo lipídico do que os Nelore (3,4±0,3 vs 2,4±0,3 intensidade de cinza x 10-4 / μm3 ; P<0,05)... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The objective was to study mechanisms involved in the post-cryopreservation survival of Bos taurus indicus (Nellore) and Bos taurus taurus (Simmental) in vitro (IVP) and in vivo (ET) produced embryos. In a 2x2 factorial experimental design, two subspecies (Bos taurus indicus vs Bos taurus taurus) and two origins (PIV vs ET) were used to test the hypotheses that the postcryopreservation embryo survival capacity is a multifactorial event and that the lipid composition and the global gene expression pattern affect embryo cryotolerance. Nellore and Simmental cows (N=14) were submitted to OPU sessions and recovered oocytes (840 and 450, respectively) underwent IVM, IVF and IVC. Moreover, Nellore (N=7) and Simmental (N=8) cows were submitted to ovary superstimulation, FTAI, and uterine flushing. The IVP (N=349 and N=105) and ET (N=80 and N=74) embryos, Nellore and Simmental respectively, were used in the vitrification (N=70-94), Sudan Black B stain (N=30), matrix-assisted laser desorption ionization mass spectrometry (MALDIMS) (N=8 per group), genomic microarray (Nellore IVP N=4, Nellore ET N=4, Simmental IVP N=3, Simmental ET N=3) and qPCR (N=8 per group) techniques. Univariate (PROC LOGISTIC and PROC GLIMMIX, SAS 9.2) and multivariate (PCA - Piruete v.3.11 and MetaboAnalyst) models were used for the statistical analysis. Microarray data analysis was performed in FlexArray 1.6.1.1 software. Genes with a fold change of at least 1.5 and a probability of P<0.05 were considered differentially expressed. Simmental embryos had higher post-vitrification survival (34.6 vs 20.2%; P<0.05) compared with Nellore. Nevertheless, Simmental embryos had higher lipid content than Nellore (3.4±0.3 vs 2.4±0.3 gray intensity x 10-4 / μm3; P<0.05). When compared ET with PIV embryos, it was observed that the former had higher post-vitrification... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:35:10Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-03-11Bitstream added on 2014-06-13T19:45:09Z : No. of bitstreams: 1 sudano_mj_dr_botfmvz.pdf: 2445410 bytes, checksum: b31fdea0d1a6b4b576d49b7e856ede8a (MD5) / Objetivo deste experimento foi estudar os mecanismos envolvidos na sobrevivência à criopreservação de embriões Bos taurus indicus (Nelore) e Bos taurus taurus (Simental) produzidos in vitro (PIV) e in vivo (TE). Em um arranjo fatorial 2 x 2, duas subespécies (Bos taurus indicus vs Bos taurus taurus) e duas origens (PIV vs TE) foram utilizadas para testar a hipótese de que a capacidade de sobrevivência após a criopreservação é um evento multifatorial, e que a composição lipídica e o padrão de expressão gênica global afetam a criotolerância embrionária. Vacas Nelore (N=14) e Simental (N=14) foram submetidas a OPU e os oócitos recuperados (N=840 e 450, respectivamente) foram submetidos a MIV, FIV e CIV. Além disso, vacas Nelore (N=7) e Simental (N=8) foram submetidas a superestimulação ovariana, IATF e lavagem uterina. Os embriões PIV (N=349 e N=105) e TE (N=80 e N=74), respectivamente Nelore e Simental, foram submetidos as técnicas de vitrificação (N=70-94), coloração de Sudan Black (n=30), espectrometria de massas por ionização e dessorção a laser assistida por matriz (MALDI-MS; N=8 por grupo), microarray genômico (Nelore PIV N=4, Nelore TE N=4, Simental PIV N=3, Simental TE N=3) e validação no qPCR (N=8 por grupo). Modelos univariados (PROC LOGISTIC e PROC GLIMMIX- SAS 9.2) e multivariados (análise dos componentes principais-PCA- Piruete v.3.11 e MetaboAnalyst) foram utilizados na análise estatística. A análise do Microarray genômico procedeu-se no FlexArray 1.6.1.1. Genes com “fold change” de 1,5 e P≤0,05 foram considerados diferentemente expressos. Embriões Simental apresentaram maior sobrevivência após a vitrificação que os Nelore (34,6 vs 20,2%; P<0,05). Apesar disso, os embriões Simental apresentaram maior conteúdo lipídico do que os Nelore (3,4±0,3 vs 2,4±0,3 intensidade de cinza x 10-4 / μm3 ; P<0,05)... / The objective was to study mechanisms involved in the post-cryopreservation survival of Bos taurus indicus (Nellore) and Bos taurus taurus (Simmental) in vitro (IVP) and in vivo (ET) produced embryos. In a 2x2 factorial experimental design, two subspecies (Bos taurus indicus vs Bos taurus taurus) and two origins (PIV vs ET) were used to test the hypotheses that the postcryopreservation embryo survival capacity is a multifactorial event and that the lipid composition and the global gene expression pattern affect embryo cryotolerance. Nellore and Simmental cows (N=14) were submitted to OPU sessions and recovered oocytes (840 and 450, respectively) underwent IVM, IVF and IVC. Moreover, Nellore (N=7) and Simmental (N=8) cows were submitted to ovary superstimulation, FTAI, and uterine flushing. The IVP (N=349 and N=105) and ET (N=80 and N=74) embryos, Nellore and Simmental respectively, were used in the vitrification (N=70-94), Sudan Black B stain (N=30), matrix-assisted laser desorption ionization mass spectrometry (MALDIMS) (N=8 per group), genomic microarray (Nellore IVP N=4, Nellore ET N=4, Simmental IVP N=3, Simmental ET N=3) and qPCR (N=8 per group) techniques. Univariate (PROC LOGISTIC and PROC GLIMMIX, SAS 9.2) and multivariate (PCA - Piruete v.3.11 and MetaboAnalyst) models were used for the statistical analysis. Microarray data analysis was performed in FlexArray 1.6.1.1 software. Genes with a fold change of at least 1.5 and a probability of P<0.05 were considered differentially expressed. Simmental embryos had higher post-vitrification survival (34.6 vs 20.2%; P<0.05) compared with Nellore. Nevertheless, Simmental embryos had higher lipid content than Nellore (3.4±0.3 vs 2.4±0.3 gray intensity x 10-4 / μm3; P<0.05). When compared ET with PIV embryos, it was observed that the former had higher post-vitrification... (Complete abstract click electronic access below)

Orientador: Gonçalo Amarante Guimães Pereira / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-12T09:23:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Lepikson-Neto_Jorge_M.pdf: 1765356 bytes, checksum: c73289c953d58c6b221c2e0927805499 (MD5) Previous issue date: 2008 / Resumo: Com o intuito de obter informações relevantes para o melhoramento genético do eucalipto para a produção de biomassa, o presente trabalho buscou comparar a expressão dos genes relacionados com a formação e desenvolvimento da madeira em quatro diferentes espécies de eucalipto, tendo como objetivo identificar os padrões que as tornam mais aptas, bem como quais genes relacionados com determinadas características. Essa análise abre a possibilidade da identificação de genes chave que possam ser manipulados, através do melhoramento clássico ou da transgênia, para aumentar o conteúdo relativo de celulose das plantas, incrementando a sua eficiência para processos econômicos. 384 ESTs do banco de dados do Consórcio Genolyptus foram selecionadas para serem analisadas através da tecnologia de microarranjos de cDNA. Foram selecionadas ESTs de genes com funções conhecidas relacionadas com a formação da madeira, bem como de genes relacionados com o desenvolvimento do vegetal e de genes com função ainda desconhecida. Os dados obtidos foram cruzados com a biblioteca de ESTs do Consorcio Genolyptus (Northern Eletrônico), e foram feitos PCR em tempo real para os principais genes diferenciais nos microarranjos e para os genes da via de lignina e flavonóides. Os resultados mostraram que diferentes genes estão expressos nas espécies estudadas sendo um grande número deles ainda com função desconhecida no metabolismo do eucalipto. A maioria dos genes relacionados com a formação da parede celular não apresentou perfil de expressão diferencial nos microarranjos, sugerindo que as diferenças fenotípicas entre as madeiras das espécies estudadas podem estar sustentadas em vias alternativas, com fatores de elongação, cliclínas e outros genes desempenhando papel importante, bem como genes ainda não relacionados com o desenvolvimento da parede celular e ou ao desenvolvimento do vegetal. Os experimentos com PCR em tempo real mostraram que genes da via de flavonóides relacionados com a via de lignina e formação da madeira podem estar desempenhando papeis importantes no controle da formação da madeira da espécie. Esses resultados representam avanços significativos no entedimento da formação da madeira em eucalipto e servem como base para orientar futuras investigações no intuito de melhorar geneticamente esta espécie. / Abstract: In this work we intended to assemble relevant information for the genetic engineering of Eucalyptus for biomass production by comparing gene expression of genes related with the xylem and wood development of four different Eucalyptus species with distinct caractheristics, as a form to identify patterns and wich genes are possibly related to their differences. This analysis opens the possibilities to manipulate the specie and increase the overall celluloses content and its purpose for industrial production. 384 ESTs were selected from de Genolyptus database and analysed by microarryay cDNA experiments. Among the ESTs selected some were related to wood formation, cell wall assembly and some still had no general function known on the specie. The data from the microarray experiments were then crossed with the Genolyptus ESTs lybrary (Eletronic Northern) and Real-Time PCR were performed for the most relevant resultas as well as the genes from de lignin and flavonoid pathway. Results show that different genes are expressed among the xylem of the four species studied and most of them still have no related function to the metabolism of the plant. Most of the genes related to cell wall formation were not differentially expressed on the microarrays suggesting that the differences on the quality and structure of the wood among the four species might as well be resulted from the expression of alternative pathways and genes such as elongation factors, ciclins and others not yet related to the cell wall formation and wood development. Real-Time PCR experiments shown that genes from the flavonoid pathway related to lignin and wood formation might be playing a crucial role determining wicht pathway must be followed and therefore the type and quality of the wood on Eucalyptus. These results represent significant advances to our understanding on the formation of wood on Eucalyptus and will be valuable as a basis for future investigation aiming genetic engeneering of the specie. / Mestrado / Bioquimica / Mestre em Biologia Funcional e Molecular