Orientador: Celso Luís Marino / Banca: Fábio Tebaldi Silveira Nogueira / Banca: Mario Luiz Teixeira de Moraes / Resumo: Florestas de eucalipto no Brasil estão entre os ecossistemas mais produtivos do mundo. A madeira do eucalipto é principalmente utilizada pelas empresas de papel e celulose. Contudo, fatores abióticos e bióticos afetam a expansão dessas florestas. A disponibilidade de água é uma das maiores limitações para o desenvolvimento das espécies, afetando a produção de biomassa. O hormônio ácido abscísico (ABA) desencadeia respostas de resistência a estresses abióticos, em particular a seca. O objetivo deste trabalho foi identificar Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) no gene NCED (nove-cis-epoxicarotenóide dioxigenase), da rota biossintética do ácido abscísico (ABA), em Eucalyptus. Através da utilização da sequencia de aminoácido da enzima de Arabidopsis (AtNCED3) e do banco de dados de Expressed Sequence Tags (ESTs) de Eucalyptus foi possível o desenvolvimento de três oligonucleotídeos, os quais amplificaram a região desejada do gene. Então, primers específicos foram desenhados e os produtos de amplificação de diferentes indivíduos submetidos ao sequenciamento direto. O alinhamento e as análises das sequencias revelaram a ocorrência de sete SNPs no gene NCED, em uma região de 1230 pares de bases. A razão transição/transversão foi 1.33. Após a predição da proteína, no site Softberry e Expasy, foram verificados cinco SNPs presentes na região codificadora, os quais geraram mutações sinônimas. Através do software DnaSP, sete haplótipos foram encontrados na amostra de 65 indivíduos gerando 15 genótipos, distribuídos entre as espécies E. grandis, E. urophylla e no híbrido Urograndis. Para os sete sítios polimórficos foram desenhados conjuntos de primers específicos que permitirão a genotipagem em larga escala para estudos de genética de população e em programas de melhoramento assistido / Abstract: Eucalyptus plantations in Brazil are among the most productive ecosystems in the world. The eucalyptus wood has its principal use in the paper and cellulose industry. However, abiotic and biotic factors affect the expansion of forest plantation. Water availability is the major limitation to development of species affecting biomass production. The plant hormone abscisic acid (ABA) triggers resistance responses to abiotic stresses, in particular to drought. The objective of this study was to identify Single Nucleotide Polymorphism (SNPs) in nine-cis-epoxycarotenoid dioxygenase (NCED), enzyme of ABA biosynthetic pathway, in Eucalyptus. Through the utilization of amino acid sequence of this enzyme of Arabidopsis (AtNCED3) and using availability Expressed Sequence Tags (ESTs) database of Eucalyptus, as possible the development of three PCR primers that amplified the desirable regions of the gene. Thus, specifics primers were designed and amplification products of different individuals submitted to direct sequencing. The alignment and analysis of sequences revealed the occurence of seven SNPs in NCED gene, in a region of 1230 base pairs. The rate of transition/transversion was 1.33. After the prediction of protein, by the sites Softberry and Expasy, it was verified five SNPs, in coding region, that generated synonymous substitutions. Using the DnaSP program, seven haplotypes were found in a sample of 65 individuals, consisting of the species E. grandis, E. urophylla and the hybrid Urograndis. For these seven polymorphic sites were designed SNPs markers sets that will allow large-scale genotyping for population genetic studies and assisted breeding programs / Mestre

Orientador: José Luiz Rybarczyk Filho / Resumo: Na análise de dados metagenômicos temos duas perguntas básicas que podemos fazer: “Quem são?” e “O que estão fazendo?” os microorganismos de uma determinada amostra. Para responder a primeira pergunta utiliza-se a análise taxonômica de microorganismos. Existem diversos software que utilizam diferentes metodologias para atingir essa finalidade. Esses métodos são divididos em duas categorias principais: composicional e alinhamento por similaridade. O que diferencia os métodos são principalmente o tempo para ser realizada a análise, poder computacional e eficiência na identificação dos reads. Nesse trabalho propomos um novo método por composição que utiliza cinco assinaturas genômicas e suas combinações para identificação dos reads: concentração de GC (Guanina/Citocina), entropia de dipletes, entropia de tripletes, entropia de tetrapletes e abundância total de dinucleotı́deos. Utilizamos um conjunto de dados referente a 3055 genomas completos de bactérias provenientes do NCBI (National Center for Biotechnology Information)que foram fragmentados em dois grupos: teste e controle. Os grupos foram fragmentados em tamanhos de 50-1000pb com partições de tamanho 50pb, buscando se aproximar dos tamanhos de reads normalmente gerados pelos equipamentos de sequenciamento de nova geração. O desempenho da metologia foi avaliado por medidas de sensibilidade, especificidade, precisão e média harmônica em comparação aos resultados do grupo teste com o grupo controle. Dentre as combinações anal... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Mestre

Made available in DSpace on 2016-01-13T13:27:06Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-23. Added 1 bitstream(s) on 2016-01-13T13:31:24Z : No. of bitstreams: 1 000856253.pdf: 1905468 bytes, checksum: 0755320f6337b87f7cf9b15473ead258 (MD5) / Polistes versicolor é uma das espécies mais estudadas e conhecidas do gênero no Brasil. Ocorre em todo o território nacional, é bem adaptada ao ambiente antropizado, não possui diferenciação morfológica de castas e por isso seu sistema de hierarquia é baseado principalmente em aspectos comportamentais, distinguidos por atos de dominância e subordinação. Por alimentar suas larvas principalmente com proteína animal (maioria oriunda de lagartas de lepidópteros), as vespas do gênero, inclusive da presente espécie apresentam um grande potencial promissor como controladores biológicos, muitas vezes de pragas de cultivos agrícolas economicamente importantes para o homem. Dessa forma, o presente trabalho visou acompanhar características da biologia e dos processos associados à construção da hierarquia dos indivíduos da colônia com a finalidade de relacioná-las com seu comportamento forrageiro e as principais espécies de presas utilizadas na sua alimentação. Os resultados encontrados corroboram observações de estudos já realizados de que ninhos de P. versicolor exibem ambas estratégias de fundação - haplo e pleometrose -, bem como a assincronia dessas fundações, que ocorreram ao longo de grande período do ano (agosto - abril). Foi constatada também a presença dos chamados agregados de inverno ao longo da estação fria (maio - agosto). Observações pontuais realizadas acerca da formação da hierarquia e do comportamento forrageiro em alguns ninhos possibilitaram inferir que a vespa dominante é um dos indivíduos que mais exibem comportamentos agressivos contra outros, bem como é o que passa quase todo o tempo no ninho, sem realizar atividades de campo. A idade relativa das poedeiras variou entre ninhos, ora sendo uma das mais velhas, ora a mais nova, ou em níveis intermediários. A análise das viagens executadas pelas forrageiras permitiu associar que os diferentes recursos tendem a ser explorados em... / Polistes versicolor is one of the most studied and known species of its genus in Brazil. It occurs throughout the national territory, is well adapted to human environment, lacks morphological caste differences and thus its hierarchical system is mainly based on behavioral features, distinguished by dominance/subordination acts. For feeding their larvae mainly with animal protein (most of them Lepidoptera caterpillars), Polistes wasps show great potential in biological control programs, possibly preying on some pests that attack economically important crops to men. This way, this study aimed to assess some biological features and processes related to hierarchy formation on P. versicolor colonies as well, in order to see their relationship with foraging activities. This work's outcomes show what many other studies have seen; queens found their nests either alone or in groups, and nest foundations are asynchronic, which can occur from August to April. One winter aggregation was observed during the cold season (May - August). Data collection on hierarchy formation and foraging behavior in some nests ensured us to say that the dominant wasp is one of the most aggressive individuals, and also spends most of its time at the comb, without leaving it. Relative age of these queens varied between nests; in some cases they were the oldest, in some the youngest and in some they presented intermediate ages. The trips executed by foragers allowed us to affirm that each resource shows a trend to be collected in specific periods along the day, depending on the colony needs. In average, water trips lasted less than other materials, while returns with animal protein lasted longer. It was not found any kind of relation between the position on ranking of wasps and the type of resource explored by each one. Some prey samples were genetically identified, most of them belonging to order Lepidoptera (7 families). Moreover, other four orders were recognized, ...

Orientador: Maria José de Oliveira Campos / Coorientador: Sulene Noriko Shima / Banca: Edilberto Giannotti / Banca: Fabio Prezoto / Resumo: Polistes versicolor é uma das espécies mais estudadas e conhecidas do gênero no Brasil. Ocorre em todo o território nacional, é bem adaptada ao ambiente antropizado, não possui diferenciação morfológica de castas e por isso seu sistema de hierarquia é baseado principalmente em aspectos comportamentais, distinguidos por atos de dominância e subordinação. Por alimentar suas larvas principalmente com proteína animal (maioria oriunda de lagartas de lepidópteros), as vespas do gênero, inclusive da presente espécie apresentam um grande potencial promissor como controladores biológicos, muitas vezes de pragas de cultivos agrícolas economicamente importantes para o homem. Dessa forma, o presente trabalho visou acompanhar características da biologia e dos processos associados à construção da hierarquia dos indivíduos da colônia com a finalidade de relacioná-las com seu comportamento forrageiro e as principais espécies de presas utilizadas na sua alimentação. Os resultados encontrados corroboram observações de estudos já realizados de que ninhos de P. versicolor exibem ambas estratégias de fundação - haplo e pleometrose -, bem como a assincronia dessas fundações, que ocorreram ao longo de grande período do ano (agosto - abril). Foi constatada também a presença dos chamados agregados de inverno ao longo da estação fria (maio - agosto). Observações pontuais realizadas acerca da formação da hierarquia e do comportamento forrageiro em alguns ninhos possibilitaram inferir que a vespa dominante é um dos indivíduos que mais exibem comportamentos agressivos contra outros, bem como é o que passa quase todo o tempo no ninho, sem realizar atividades de campo. A idade relativa das poedeiras variou entre ninhos, ora sendo uma das mais velhas, ora a mais nova, ou em níveis intermediários. A análise das viagens executadas pelas forrageiras permitiu associar que os diferentes recursos tendem a ser explorados em... / Abstract: Polistes versicolor is one of the most studied and known species of its genus in Brazil. It occurs throughout the national territory, is well adapted to human environment, lacks morphological caste differences and thus its hierarchical system is mainly based on behavioral features, distinguished by dominance/subordination acts. For feeding their larvae mainly with animal protein (most of them Lepidoptera caterpillars), Polistes wasps show great potential in biological control programs, possibly preying on some pests that attack economically important crops to men. This way, this study aimed to assess some biological features and processes related to hierarchy formation on P. versicolor colonies as well, in order to see their relationship with foraging activities. This work's outcomes show what many other studies have seen; queens found their nests either alone or in groups, and nest foundations are asynchronic, which can occur from August to April. One winter aggregation was observed during the cold season (May - August). Data collection on hierarchy formation and foraging behavior in some nests ensured us to say that the dominant wasp is one of the most aggressive individuals, and also spends most of its time at the comb, without leaving it. Relative age of these queens varied between nests; in some cases they were the oldest, in some the youngest and in some they presented intermediate ages. The trips executed by foragers allowed us to affirm that each resource shows a trend to be collected in specific periods along the day, depending on the colony needs. In average, water trips lasted less than other materials, while returns with animal protein lasted longer. It was not found any kind of relation between the position on ranking of wasps and the type of resource explored by each one. Some prey samples were genetically identified, most of them belonging to order Lepidoptera (7 families). Moreover, other four orders were recognized, ... / Mestre

Orientador: Odair Correa Bueno / Coorientador: Vanderlei Geraldo Martins / Banca: Maria Santina de Castro Morini / Banca: Viviane Cristina Tofolo Chaud / Resumo: A formiga Camponotus textor é uma espécie tecelã, que constrói seu ninho a partir da seda produzida pelas suas próprias larvas. Existem poucos estudos sobre esta espécie e estes acabam abordando comportamento, genética, endossimbiontes e filogenia. De acordo com dados da literatura, o sequenciamento do gene citocromo oxidase I tem sido extensamente utilizado como um DNA barcoding na diferenciação e identificação de espécies, e o citocromo oxidase II é um dos mais utilizados para estudos em insetos. Relatos de ocorrências de endobactérias são comuns em artrópodes e vem sendo muito estudadas em formigas. Dentre elas, pode se destacar a Blochmannia e a Wolbachia. Sendo assim, o presente trabalho realizou o sequenciamento fragmento COI, tRNA, COII do DNA mitocondrial de colônias distintas de Camponotus textor para ser utilizado como marcador molecular, tornando-se uma ferramenta para determinação das relações filogenéticas entre estas colônias e espécies relacionadas. A análise de correlação de Pearson entre distância genética e a geográfica indicou que existe uma relação - maior distância geográfica- maior distância genética, caracterizando um padrão filogenético de colonização antiga. A análise filogenética das colônias (máxima parcimônia e baesiana) e a rede de haplótipos confirmaram a existência dessa correlação. Também ficou evidenciada uma grande diversidade de haplótipos mitocondriais, a qual podem ter ocorrido também pela alta incidência de infecção por Wolbachia. Na investigação da presença e da frequência das endobactérias Wolbachia e Blochmannia das colônias de C. textor, utilizaramse os pares de primers do MLST, mais o wsp como um marcador adicional (para Wolbachia), e os primers Bloch 16S-462F e Bloch 16S-1299R (para evidenciar a Blochmannia). Como ficaram evidentes... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The ant Camponotus textor is a weaver species, which builds its nest from the silk produced by their own larvae. There are few studies on this species addressing behavior, genetics, phylogeny and endosymbionts. According to literature data, the sequencing of the cytochrome oxidase I gene has been widely used as a DNA barcoding in the differentiation and identification of species, and cytochrome oxidase II is one of the most widely used for studies on insects. Reports endobactérias occurrences are common in arthropods and has been extensively studied in ants. Among them, we can highlight the Blochmannia, and Wolbachia. Thus, this paper carried out the sequencing fragment COI, tRNA, COII mitochondrial DNA from different colonies of Camponotus textor to be used as a molecular marker, becoming a tool for determining the phylogenetic relationships between these colonies and related species. The Pearson correlation analysis of genetic distance and geographical entity has indicated that there is a relation - greater geographic distance-largest genetic distance, featuring a standard phylogenetic old colonization. Phylogenetic analysis of the colonies (maximum parsimony and bayseana) network and haplotype confirmed the existence of this correlation. It was also shown a great diversity of mitochondrial haplotypes, which may have occurred due to the high incidence of Wolbachia infection. In investigating the presence and frequency of Wolbachia and endobactérias Blochmannia colonies of C. textor, we used the primer pairs of MLST, the more wsp as an additional marker (for Wolbachia), and primers 462F and Bloch 16S-16S Bloch-1299R (to show the Blochmannia). As became evident Blochmannia multiple infections, cloning was necessary for the isolation of the strains. All individuals analyzed presented Blochmannia infection, and beyond... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Celso Luís Marino / Banca: Rinaldo César de Paula / Banca: Ivan de Godoy Maia / Resumo: Estresses abióticos, como a seca, podem reduzir significativamente os rendimentos no cultivo de espécies comercialmente importantes, tais como o eucalipto na produção de celulose e papel. Quando submetidas às condições de déficit hídrico, as plantas desenvolvem alguns mecanismos de defesa. As betaínas participam destes mecanismos, sendo seu soluto mais comum a glicina betaína. Esta é uma amina quaternária distribuída extensamente em diversas espécies de plantas superiores, sintetizada em elevadas taxas, tendo como função, manter a turgescência celular. A identificação e estudo de genes relacionados à tolerância à seca são importantes para os programas de melhoramento florestal. Este estudo teve por objetivo identificar SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) no gene colina monooxigenase relacionado ao metabolismo da glicina betaína em Eucalyptus. A sequência do gene em estudo foi encontrada em genomas de plantas modelos através do banco de dados GenBank, sendo as mesmas, utilizadas para a procura de similaridades no banco de dados de ESTs de eucalipto FORESTs - FAPESP. Após a constatação de homologia no banco de dados de eucalipto, foram confeccionados oito pares de "primers" para flanquear essas regiões, sendo estes, avaliados, amplificando fragmentos únicos. Depois de realizado o seqüenciamento do gene colina monooxigenase, foi utilizado a ferramenta BLAST no GenBank, confirmando com sucesso a identidade da sequência. Em seguida, as sequências foram alinhadas e os SNPs encontrados. No total, foram identificados 49 SNPs, sendo 12 em regiões codificantes e 37 em regiões UTRs e íntrons. Somente os SNPs localizados nas regiões codificantes foram utilizados neste trabalho, sendo 83,3% deles possuindo mutações sinônimas e 16,7% não-sinônimas. Em seguida, foi utilizada uma população mais abrangente composta de E. grandis... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Abiotic stress, such as drought, can reduce significantly the yield in the important commercially species crop, such as the eucalyptus in the cellulose and paper. When submitted to the water stress conditions, the plants develop some defense mechanisms. The betaines are part of these mechanisms , being their solute more common to the glycine betaine. This is a quaternary amine extensively distributed in several species of higher plants synthesized in high taxes with the function of maintaining the cellular turgescence. Identifying and studying the genes related to the drought tolerance are important for the forest improvement programs. This work aimed at identifying SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) in choline monooxygenase related to the glycine betaine in Eucalyptus. The gene sequence was found in model plants genomes through the databank GenBank, being used for searching similarities in the databank ESTs of eucalyptus FORESTs - FAPESP. After noticing homology in the eucalyptus databank, eight pairs of primers were made to amplify these regions, being evaluated, amplifying unique fragments. After the choline monooxygenase sequencing was performed, it was used the BLAST in the GenBank, confirming successfully the sequence identity. Then, the sequences were aligned and the SNPs were found. In the total, 49 SNPs were identified, being 12 in coding regions and 37 in UTRs and intron regions. Only the SNPs located in coding regions were used in this work, being 83.3% of the SNPs with synonymous mutation and 16.7% non-synonymous. Following, it was used a wider population made up of de E. grandis, E. Urophylla and the hybrid "Urograndis" to perform the SNPs genotyping, establishing the formation of 18 haplotypes and 16 possible haplotypical combinations which revealed that some genotypes were exclusive for the species E. grandis and E. urophylla. With the objective of decreasing costs... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Cesar Martins / Coorientador: Guilherme Targino Valente / Banca: Marcelo Ricardo Vicari / Banca: Danilo Pinhal / Resumo: Cromossomos B, também conhecidos como supernumerários, são considerados elementos dispensáveis ao organismo. Porém, alguns estudos têm apresentado evidências de uma possível funcionalidade destes cromossomos extras. São encontrados em muitas espécies de eucariotos, entre elas, Astatotilapia latifasciata, ciclídeo africano que possui de 1 a 2 cromossomos B. Os ciclídeos têm sido muito utilizados como organismos modelo para estudos genéticos e genômicos. Análises genômicas em larga escala prévias envolveram sequenciamento por next generation (Illumina HiSeq sequencing) de genomas sem cromossomo B (B-) e com cromossomo B (B+) de A. latifasciata e uma forma variante do gene hnRNP Q-like (Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein Q-like) foi identificada. Esta sequência apresenta um alto número de cópias e características de retrogene no cromossomo B. Diante disso, foi objetivo do presente trabalho compreender a organização genômica, identificar os mecanismos de retro-inserção e fazer análises de expressão desta sequência, possibilitando um melhor entendimento da origem, evolução e possíveis efeitos deste cromossomo na espécie estudada. A partir de análises de bioinformática foram identificadas cópias variantes do gene hnRNP Q-like no genoma B+ e as regiões mais representativas foram selecionadas, de acordo com o grau de mutações, para demais estudos. Análises de fragmentos sequenciados e qPCR confirmaram que o gene possui maior número de cópias e ausência de íntrons no cromossomo B. Evidências de resquícios de domínios da transcriptase reversa de elementos transponíveis sugerem que o gene foi retroinserido no cromossomo B. Dados de qPCR em cDNA mostraram que, apesar de possuir mais cópias no genoma B+, o gene hnRNP Q-like não é diferencialmente expresso nos genomas B+ e B- / Abstract: B chromosomes, also known as supernumerary, are considered dispensable elements to organisms. However, some studies have presented evidences of a possible functionality of this extras chromosomes. They are observed in many eukaryote species, such as in the African cichlid, Astatotilapia latifasciata, which might have one or two B chromosomes. Cichlids have been used as model organisms to genetics and genomics studies. Previous genomic analyses based on next generation sequencing (Illumina HiSeq sequencing) were realized in the whole genome without B chromosome (B-) and with B chromosomes (B+) of A. latifasciata and a variant form of hnRNP Q-like (Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein Q-like) gene was identified. This sequence presented a high copy number and characteristics of a retrogene in B chromosomes. Thus, the aim of this study consists in comprehend genomic organization, identify retroinsertion mechanisms and perform expression analyses of the hnRNP Q-like gene, making it possible a better understanding of origin, evolution and possible effects of this chromosomes in the studied species. Bioinformatics analyses identified variant copies of hnRNP Q-like gene in B+ genome and the higher and lower variable regions of the gene were selected, based in mutation rates, for further analysis. Analyses from sequenced fragments and qPCR confirmed gene has a higher number of copies and do not present introns in B chromosome. Evidences of transposable element relics with reverse transcriptase domains suggest gene was retroinserted in B chromosome. The data of qPCR in cDNA showed that the hnRNP Q-like gene is not differentially expressed in both genomes (with and without B chromosome) / Mestre

Orientador: Maurício Bacci Júnior / Banca: André Rodrigues / Banca: Henrique Ferreira / Banca: Flávio Henrique da Silva / Banca: Claudio José Von Zuben / Resumo: As formigas Attini são destacadas pragas agrícolas e invertebrados modelos em estudos em genômica, metagenômica, sistemática e evolução molecular. Tais estudos têm gerado milhares de sequências nucleotídicas, cuja análise demanda o uso de diferentes programas de Bioinformática em processamentos automatizados. Pensando nisso, foram desenvolvidos protocolos para análises de ESTs e de bibliotecas de sequências ITS e 16S obtidas de formigas Attini. Foi desenvolvida uma arquitetura baseada no padrão MVC e J2EE responsável por todos os processos cliente-servidor. Os protocolos foram implementados na forma de pipelines em que cada componente é um serviço web em REST acoplado a arquitetura desenvolvida. bESTscan realiza a anotação de sequências EST transcriptômicas, 16Scan e ITScan realizam análises de ecologia microbiana, para bactérias (sequências 16S) e para fungos (sequências ITS) respectivamente, bem como identifica as sequências através de pesquisas em bancos de dados públicos. O sistema computacional desenvolvido automatiza a anotação de sequências para um pequeno volume de sequências como as obtidas por Sanger ou para grande volume de dados como as geradas por Sequenciadores de Nova Geração, reduzindo o tempo de processamento e facilitando a análise dos resultados. Todos os pipelines desenvolvidos foram validados com sequências de Attini, obtidas por Sanger e Illumina, geradas a partir de diferentes projetos do nosso laboratório e estão disponíveis na web nos endereços http://evol.rc.unesp.br/lem/?q=bioinformatics / Abstract: The Attini ants are agricultural pests and invertebrate models for studies on genomics, metagenomics, molecular systematics and evolution. These studies have generated thousands of nucleotide sequences whose analysis requires the use of different Bioinformatics tools and automated processing. We developed automated sequence annotation protocols for ESTs and ITS and 16S libraries analysis for Attini ants. We developed an architecture model based on J2EE and MVC patterns which is responsible for all client-server processes and each tool in the pipeline is a REST web service coupled in the architecture model developed. The bESTscan pipeline to perform the EST transcriptome annotation, 16Scan e ITScan realize microbial ecology studies for both, bacteria (16S sequences) and for fungi (ITS sequences), as well as identify sequences through public databases. The computer system developed automates the annotation for both a small volume of sequences obtained by Sanger and for a large number of data generated by the Next Generation Sequencers (NGS), reducing processing time and with high performance. Pipelines were developed and validated using sequences Sanger and Illumina generated with different projects from our laboratory and are available at http://evol.rc.unesp.br/lem/?q=bioinformatics / Doutor

Made available in DSpace on 2015-10-06T13:02:52Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-04-09. Added 1 bitstream(s) on 2015-10-06T13:19:24Z : No. of bitstreams: 1 000847289_20151210.pdf: 109983 bytes, checksum: 0805da618c3e8c3448f6b9e2d227a33b (MD5) Bitstreams deleted on 2015-12-11T11:22:37Z: 000847289_20151210.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2015-12-11T11:23:16Z : No. of bitstreams: 1 000847289.pdf: 738165 bytes, checksum: af1a367e9d0c1700d0efba7690754147 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Cromossomos B, também conhecidos como supernumerários, são considerados elementos dispensáveis ao organismo. Porém, alguns estudos têm apresentado evidências de uma possível funcionalidade destes cromossomos extras. São encontrados em muitas espécies de eucariotos, entre elas, Astatotilapia latifasciata, ciclídeo africano que possui de 1 a 2 cromossomos B. Os ciclídeos têm sido muito utilizados como organismos modelo para estudos genéticos e genômicos. Análises genômicas em larga escala prévias envolveram sequenciamento por next generation (Illumina HiSeq sequencing) de genomas sem cromossomo B (B-) e com cromossomo B (B+) de A. latifasciata e uma forma variante do gene hnRNP Q-like (Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein Q-like) foi identificada. Esta sequência apresenta um alto número de cópias e características de retrogene no cromossomo B. Diante disso, foi objetivo do presente trabalho compreender a organização genômica, identificar os mecanismos de retro-inserção e fazer análises de expressão desta sequência, possibilitando um melhor entendimento da origem, evolução e possíveis efeitos deste cromossomo na espécie estudada. A partir de análises de bioinformática foram identificadas cópias variantes do gene hnRNP Q-like no genoma B+ e as regiões mais representativas foram selecionadas, de acordo com o grau de mutações, para demais estudos. Análises de fragmentos sequenciados e qPCR confirmaram que o gene possui maior número de cópias e ausência de íntrons no cromossomo B. Evidências de resquícios de domínios da transcriptase reversa de elementos transponíveis sugerem que o gene foi retroinserido no cromossomo B. Dados de qPCR em cDNA mostraram que, apesar de possuir mais cópias no genoma B+, o gene hnRNP Q-like não é diferencialmente expresso nos genomas B+ e B- / B chromosomes, also known as supernumerary, are considered dispensable elements to organisms. However, some studies have presented evidences of a possible functionality of this extras chromosomes. They are observed in many eukaryote species, such as in the African cichlid, Astatotilapia latifasciata, which might have one or two B chromosomes. Cichlids have been used as model organisms to genetics and genomics studies. Previous genomic analyses based on next generation sequencing (Illumina HiSeq sequencing) were realized in the whole genome without B chromosome (B-) and with B chromosomes (B+) of A. latifasciata and a variant form of hnRNP Q-like (Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein Q-like) gene was identified. This sequence presented a high copy number and characteristics of a retrogene in B chromosomes. Thus, the aim of this study consists in comprehend genomic organization, identify retroinsertion mechanisms and perform expression analyses of the hnRNP Q-like gene, making it possible a better understanding of origin, evolution and possible effects of this chromosomes in the studied species. Bioinformatics analyses identified variant copies of hnRNP Q-like gene in B+ genome and the higher and lower variable regions of the gene were selected, based in mutation rates, for further analysis. Analyses from sequenced fragments and qPCR confirmed gene has a higher number of copies and do not present introns in B chromosome. Evidences of transposable element relics with reverse transcriptase domains suggest gene was retroinserted in B chromosome. The data of qPCR in cDNA showed that the hnRNP Q-like gene is not differentially expressed in both genomes (with and without B chromosome)

Made available in DSpace on 2014-11-10T11:09:42Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-04-29Bitstream added on 2014-11-10T11:58:43Z : No. of bitstreams: 1 000785259_20151215.pdf: 449253 bytes, checksum: f4a6d6fe60441eb1ed52e51fc3d8994b (MD5) Bitstreams deleted on 2015-12-15T10:52:35Z: 000785259_20151215.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2015-12-15T10:53:21Z : No. of bitstreams: 1 000785259.pdf: 441624 bytes, checksum: 15f9d5f63f3443d00a9a26ba9b0cd319 (MD5) / O desenvolvimento das plantas depende da atividade de um grupo de células em divisão chamado de meristema. Extensas análises genéticas identificaram os principais reguladores do meristema apical vegetativo (SAM), os quais controlam o desenvolvimento de todos os órgãos aéreos. Dentre eles, há um grupo de homeoproteínas denominadas TALE (three-amino-acid-loop- extension); esta família contém os membros KNOTTED-like homeodomain (KNOX) e BELL-like Homeodomain (BELL), que funcionam como homodímeros ou heterodímeros, para regular a expressão de seus genes alvos mediante sua ligação à sequências especificas no DNA. Em plantas com folhas compostas como o tomateiro (Solanum lycopersicum), genes KNOX da classe I (KNOX I) são expressos no meristema, assim como também em folhas, flores e frutos, sugerindo que eles podem exercer várias funções nestes órgãos. Esta hipótese é corroborada pelos fenótipos intrigantes encontrados em mutantes com ganho de função dos genes KNOX I, cuja expressão ectópica afeta a forma da folha, pétala e frutos. Um exemplo é o tomateiro mutante Mouse ear (Me), que superexpressa o gene TKN2 (KNOX I). Fenótipos semelhantes também foram observados em plantas transgênicas superexpressando o microRNA156 (miR156). Os MicroRNAs são uma nova classe de pequenas moléculas de RNA não codantes (20-25 nucleotídeos) que se encontram amplamente distribuídos no genoma de plantas e animais, regulando a expressão de seus genes alvos principalmente ao nível pós-transcricional. O miR156 regula pós-transcricionalmente membros da família gênica do tipo SQUAMOSA Promoter-Binding Protein-Like (SPL ou SBP-box), os quais codificam fatores de transcrição específicos de plantas. Tais genes desempenham papéis importantes em diferentes aspectos do desenvolvimento. Para analisar a possível interação molecular entre o fator de transcrição TKN2 e a via microRNA156/SQUAMOS Promoter-Binding ... / Plant development depends on the activity of a group of dividing cells called meristem. Extensive genetic analyses have identified the major regulators of the shoot apical meristem (SAM), which control the development of all aerial organs. Among them, the three-amino-acid- loop-extension (TALE) class of homeoproteins; this family contains the KNOTTED-like homeodomain (KNOX) and BELL-like Homeodomain (BELL) members, which function as heterodimers or homodimers, to regulate expression of their target genes by binding to specific sequences in DNA. In plants with compound leaves as tomato (Solanum lycopersicum), KNOX I are expressed in the meristem, as well as on leaves, flowers and fruits, suggesting that they may play various roles in these organs. This hypothesis is supported by the intriguing phenotypes found in mutants with gain-of function of KNOX I genes, whose ectopic expression affects leaf, petal and fruit shape. An example, is the tomato mutant Mouse ear (Me), which overexpress the gene TKN2 (KNOX I). Similar phenotypes were also observed in transgenic plants overexpressing microRNA156 (miR156). MicroRNAs are a class of small no-coding RNAs (20-25 nucleotides) that are widely distributed in the genome of plants and animals, regulating the expression of their target genes by acting mainly at the post-transcriptional level. miR156 regulated post-transcriptionally most SQUAMOSA Promoter-Binding Protein-Like (SPL or SBP-box) genes, which encode plant-specific transcription factors. These genes play important roles in different aspects of development. To examine a possible molecular interaction between TKN2 transcription factor and microRNA156/SQUAMOSA Promoter-Binding Protein-Like module (miR156 node), it was evaluated the expression of miR156, its targets (SBP-box) and several genes downstream of miR156 node in different stages of the development of homozygous Me plants. Moreover, to evaluate the genetic interaction ...