Synthetic biology is an emerging interdisciplinary research field, which leverages the maturation of DNA synthesis technologies. By introducing engineering principles to synthetic biological systems design, synthetic biology shows great potential to shed new lights on biology and benefit human beings. Computer assisted design (CAD) tools will play an important role in the rational design of synthetic genetic systems. This dissertation presents the first CAD tool for synthetic biology — GenoCAD, a linguistic-based web application. By viewing DNA sequences as a language, we developed the first syntactic model to design and verify synthetic genetic constructs. Then we conducted a careful curation of the terminal set in the grammar - the first comprehensive analysis of the Registry of standard biological parts. The implementation and major features of GenoCAD are discussed, and in particular we showed how to develop a domain-specific grammar for BioBrick-based construct design and make GenoCAD a useful tool for the iGEM students. Finally, we went beyond the syntactic level to explore the semantics of synthetic DNA sequences: by associating attributes with biological parts and coupling semantic actions with grammar rules, we developed the first semantic models to relate the genotype to the phenotype of synthetic genetic constructs. The theories and techniques presented in this dissertation, along with the informative results presented, will serve as a foundation for the future developments of GenoCAD. / Ph. D.

Orientador: Sueli Irene Rodrigues Costa / Dissertação (mestrado profissional) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Matemática, Estatística e Computação Científica / Made available in DSpace on 2018-08-17T21:17:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Limberger_Roberto_M.pdf: 2247337 bytes, checksum: b1a97b81860de8b0d8d254e3a4f702d0 (MD5) Previous issue date: 2011 / Resumo: Neste trabalho são apresentadas abordagens do problema isoperimétrico que podem ser utilizadas no ensino médio ou ensino universitário. Estas incluem: i) aspectos históricos, ii) deduções formais do problema (dentre as curvas de perímetro fixo, a circunferência é a que engloba a maior área) utilizando apenas geometria euclidiana ou via cálculo diferencial, iii) contextualização em problemas de otimização a serem abordados também utilizando recursos computacionais e iv) descrição detalhada de material audiovisual produzido para o ensino médio, com a participação do autor, para um projeto com suporte MEC - UNICAMP / Abstract: This dissertation presents approaches to the isoperimetric problem that can be used in high school or university education. These include: i)historical aspects, ii) formal deductions of the problem (among the curves of fixed perimeter, the circle encompasses most area) using only Euclidean geometry or calculus iii) contextualization in optimization problems to be also addressed using computational resources iv) detailed description of audiovisual material produced for the high school, with the participation of the author / Mestrado / Matematica / Mestre em Matemática

Orientador: Hugo Enrique Hernandez Figueroa / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Eletrica e de Computação / Made available in DSpace on 2018-08-14T12:30:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Paixao_OswaldoPedreira_D.pdf: 3002384 bytes, checksum: f5a0e8e8022dabd36cfce9ffdb839f9b (MD5) Previous issue date: 2009 / Resumo: Este trabalho, tem como objetivo o desenvolvimento de novas técnicas, para análise de regime permanente não-autonoma de circuitos de alta-velocidade não-lineares em grande-escala. Para tal, é proposto um novo método do balanço harmônico (BH) fundamentado em uma eficiente metodologia de decomposição multi-níveis, que subdivide um circuito não-linear em grande escala em uma estrutura hierarquica de super-redes (SuRs) esparsamente interconectadas. Mais precisamente, em cada nível de hierarquia, o circuito é composto por SuRs intermediárias, SuRs de fundo, e redes de conexão (RCs). As SuRs de fundo são decompostas em um aglomerado de subredes não-lineares (SRNs) correspondendo a dispositivos semicondutores, que por sua vez, estão envolvidos por uma sub-rede linear (SRL). A equação de estado e de sonda das SuRs de fundo foram obtidas utilizando uma nova metodologia que combina a formulação de espaço de estado (FEE) para as SRNs com a formulação nodal modificada (FNM) para a SRL. Esta metodologia FEE/FNM produz um sistema quadrado de equações com menor tamanho possível. Para realização das conversões do sinal entre os domínios do tempo e da frequência, foram discutidas e implementadas diferentes transformadas de Fourier discreta (TFDs), para operação em regime multi-tons, incluindo sinais com modulação digital. A equação determinante do BH multi-níveis do circuito assume uma estrutura hierarquica do tipo bloco diagonal com borda , que pode ser eficientemente resolvida utilizando técnicas de processamento paralelo. A matriz jacobiana de cada SuR de fundo é processada utilizando eficientes técnicas de matrizes esparsas, junto com o conceito de espectro de derivada. Para a solução da equação determinante, foram utilizados os métodos de Newton e do tensor para problemas de pequena- e média-escala, e os métodos de Newton inexato e do tensor inexato para problemas em grande-escala. A globalização via pesquisa-em-linha com retrocedimento, foi adotada para nestes solucionadores não-lineares. Entretanto, para o método do tensor e do tensor inexato, também foi adotada a técnica de pesquisa-em-linha curvilinear. Nos métodos inexatos, técnicas de pré-condicionamento foram utilizadas, para aumentar a eficiência e a robustez do solucionador linear iterativo em subespaço de Krylov (GMRES, GMRES-Bt e TGMRES-Bt). Finalmente, a formulação proposta foi validada e a eficiência do método do tensor e do tensor inexato comparada com o método de Newton e de Newton inexato, para diferentes topologias de circuitos utilizando diodos, FETs e HBTs, e operando sob diferentes regimes de excitação multi-tons. / Abstract: This work deals with the development of new techniques for nonautonomous nonlinear steady-state analysis of high-speed large-scale integrated circuits. To this end, it is proposed a novel harmonic balance (HB) method fundamented on a efficient multi-level decomposition methodology, that divides a large-scale circuit into hierarchical structure of sparsely interconnected supernetworks (SuNs). More precisely, the circuit is composed by intermediary SuRs, bottom SuRs and connection networks (CNs). The bottom SuNs are decomposed into a cluster of nonlinear subnetworks (NSNs) corresponding to the opto-electronic semiconductor devices, which in turn, are embedded by a linear subnetwork (LSN). Multi-port elements can be included in the LSN, in order to use measured data or results from electromagnetic analysis of structures with complex geometries. The formulation of the bottom SuN state and probe equations uses an improved table-oriented statespace formulation (SSF), that produces a square system with the lowest possible size, which is equal to the number of nonlinear state-variables (branch voltages and currents) that act as argument of the fuctions representing the semiconductor devices nonlinearities. The SSF is compared with the classical modified nodal formulation (MNF). For dealing with signal timefrequency conversions, discrete Fourier transform (DFT) techniques for different multi-tone regimes are discussed, including complex digitally modulated signals. The multi-level HB determining equation of the circuit assumes a hierarchical block bordered structure that can be efficiently tackled by parallel processing techniques. The HB jacobian matrix is handled using efficient sparse matrix techniques with a proper definition of the derivatives spectra. For the solution of a large-size HB problem, we investigated the applications of inexact tensor method based on Krylov-subspace techniques. Preconditioning are used to improve the robustness of the iterative tensor solver. To determine the circuit DC regime, we employ the tensor method. We adopted the backtracking linesearch technique as a globalisation strategy. However, for the tensor method, in particular, a curvilinear linesearch was also implemented. Finally, the formulation was validated and, the tensor and inexact tensor method efficiency was compared with the Newton and inexact Newton method, respectively, for several different circuits using diodos, FETs and HBTs, and operating under different multi-tone regimes. / Doutorado / Engenharia de Telecomunicações / Doutor em Engenharia Elétrica