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21	Investigation of Polymer Systems in Solutions with Electron Microscopy and Scattering Methods Schellkopf, Leonard 13 May 2015 (has links) This work is focused on the visualization and thus in the aid in finding explanations for the behavior of polymer structures as they exist in solution. For this aim, preparation and imaging techniques based on cryo-TEM protocols were developed for a large variety of polymeric specimens using new commercially available devices and the results were compared with the findings of other means of structural investigations. The systems used in this work were chosen, as their investigations can be adapted to other polymer systems by slight adaptation of the preparation procedures. info:eu-repo/classification/ddc/540 ddc:540
22	Structural Characterization of Human Norovirus Strain VA387 Virus-like Particles Frank S Vago (14278625) 20 December 2022 (has links) <p>Human noroviruses (HuNoVs) are the leading cause of an acute form of non-bacterial gastroenteritis, where strains belonging to genogroup (G) II are dominant. Upon expression with the baculovirus culture system, virus-like particles (VLPs) of HuNoVs are expected to assemble into T = 3 icosahedral capsid particles resembling the structure of the infectious virion particles. However, some strains were found to assemble into either T = 1 or T = 4 capsids, or a combination of two different capsid forms. In this study, we showed that VLPs of the Virginia 1997 387 (VA387) GII.4 outbreak strain assembled into T = 1, T = 3, and T = 4 capsids upon expression in insect cell culture, the first case for a naturally occurring HuNoV strain to assemble into all three capsid states. TEM analysis revealed that T = 1 icosahedral particles were the most abundant in purified samples, which contrasts previous findings where either T = 3 or T = 4 were the most abundant. We resolved the cryo-EM structures of the T = 1 shell (S) domain, T = 3, and T = 4 particles to 2.24, 2.44, and 3.43 Å, respectively, making them the most resolved norovirus (NoV) structures to date. Single particle cryo-EM 3D analysis showed that the protruding (P) domain of T = 1 and T = 4 VLPs are highly dynamic. Additionally, we showed that T = 3 VLPs are resistant while T = 1 and T = 4 VLPs are sensitive to digestion in the presence of trypsin. This suggested that T = 1 and T = 4 capsids are less stable among the VLPs, which is consistent with the highly dynamic P domain inferred from our cryo-EM 3D analysis. During infection, HuNoVs travel through the gastrointestinal (GI) tract where they encounter a broad range of variable conditions that include pH, ionic strength, and host defenses (e.g., proteases). Our analyses suggest that virions are T = 3 particles as they can survive the GI tract upon exiting the host. We determined the first cryo-EM structure of T = 3 VLPs in complex with the known HuNoV host cell receptor, histo-blood group antigen (HBGA), to a resolution of 2.51 Å, demonstrating that NoV VLPs can serve as a platform in the structural characterization of small ligand molecules. Lastly, we identified a histidine residue retained in the S domain of all identified caliciviruses critical in the assembly of capsids. Our structures and their characterization will contribute to the development of therapeutic agents to combat noroviruses. </p> Calicivirus Human Noroviruses norovirus genogroup II Virus-like particles cryo-TEM imaging Negative stain electron microscopy single-particle analysis Structural Analysis OptiPrep (TM) hbga structural virology
23	Etude expérimentale de polyélectrolytes hydrophobes modèles Baigl, Damien 11 September 2003 (has links) (PDF) Un polyélectrolyte hydrophobe est un polymère portant des charges électriques lorsqu'il est en solution aqueuse et dont l'eau est un mauvais solvant pour le squelette. Cette thèse a pour objectif d'établir l'influence de la nature hydrophobe du squelette sur les propriétés physiques des polyélectrolytes. Pour cela, nous avons tout d'abord synthétisé une série de poly(styrène-\emph(co)-styrènesulfonate de sodium), appelés PSS, possédant des taux de charge $f$ variant entre 30\% et 100\% et comportant entre $N=120$ et $N=2520$ monomères par chaîne. Ces PSS sont caractérisés précisément et peuvent être considérés comme des polyélectrolytes hydrophobes modèles. Nous avons alors étudié leurs propriétés volumiques puis interfaciales.\\ \emph(1. Propriétés en volume.) Le taux de charge effectif de la chaîne unique est anormalement réduit par rapport au cas du polyélectrolyte hydrophile. D'autre part, les propriétés structurales ont été caractérisées par la diffusion des rayons X et la technique de la sonde colloïdale en microscopie à force atomique (AFM). La conformation des chaînes se fait ressentir puisque la longueur de corrélation varie comme $N^0C_p^(-\alpha)$ où $C_p$ est la concentration en polymère et $\alpha$ un exposant dépendant de $f$, décroissant de 1/2 ($f=100\%$) à 1/3 au voisinage de la limite de solubilité. Ces observations sont interprétées dans le cadre d'un modèle théorique prédisant la conformation de la chaîne isolée comme un collier de perles, constitué de globules denses (les perles) reliés deux à deux par un segment de chaîne étirée. La dynamique collective des chaînes, quant à elle, est très proche de celle des polyélectrolytes hydrophiles.\\ \emph(2. Propriétés aux interfaces.) Nous avons conçu une expérience permettant, par adsorption électrostatique ou hydrophobe, de fixer les chaînes de PSS sur une surface solide plane modifiée chimiquement. La couche de PSS adsorbée, immergée dans l'eau, est caractérisée $in~situ$ par ellipsométrie, réflectivité des rayons X haute énergie et microscopie à force atomique. Nous avons ainsi trouvé que la taille de perles varie entre 1 et 5 nm en fonction de $f$. Cette variation est en parfait accord avec les prédictions du modèle dit du collier de perles. Enfin, les polyélectrolytes hydrophobes s'adsorbent également aux interfaces hydrophobes, les perles, dans certains cas, s'étalant sur la surface. polyélectrolytes polyelectrolytes polyélectrolytes hydrophobes hydrophobic polyelectrolytes polystyrènesulfonate polystyrenesulfonate PSS AMAMPS SAXS SLS DLS diffusion des rayons X réflectivité des rayons X reflectivity X-ray scattering light scattering ellipsométrie ellipsometry adsorption structure structural properties interfaces surfaces traitement de surface silanisation sulfonation pression osmotique osmotic pressure charge effective effective charge fraction AFM sonde colloidale colloidal probe technique protéines proteins polypeptides polysaccharides Rayleigh instability instabilité de Rayleigh collier de perles pearl-necklace vésicules vesicles mouillage wetting FRAP microscopie fluorescence TEM cryo-TEM transmission electron microscopy RMN NMR

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