Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-12-01T19:00:57Z No. of bitstreams: 1 Tese - José Maria Cabral.pdf: 2564703 bytes, checksum: 7c12bbf1d7242ebf4c86cdbdfcc713e1 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-12-01T19:01:29Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese - José Maria Cabral.pdf: 2564703 bytes, checksum: 7c12bbf1d7242ebf4c86cdbdfcc713e1 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-12-01T19:01:46Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese - José Maria Cabral.pdf: 2564703 bytes, checksum: 7c12bbf1d7242ebf4c86cdbdfcc713e1 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-12-01T19:01:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese - José Maria Cabral.pdf: 2564703 bytes, checksum: 7c12bbf1d7242ebf4c86cdbdfcc713e1 (MD5) Previous issue date: 2013-11-28 / Hunter syndrome, or mucopolysaccharidosis II is one of the seven types of MPSs, lysosomal storage diseases inserted in the inborn errors of metabolism universe. Mutations in iduronate-2-sulfatase gene (IDS) cause deficiency of the homonymous enzyme activity and define the accumulation of GAG heparan and dermatan sulfate in the lysosomes, leading to dysfunction of cells, tissues and organs and clinical manifestations of wide phenotypic variety. The measures of the IDS gene expression in leukocytes by PCR in real time relative values evaluated by cDNA, were low in all five patients amazonenses in repeated tests, including in subjects with symptoms suggestive and no biochemical evidence. The partial sequencing of genomic DNA by choice of exon 9, home region of most mutations in Brazilian patients, to verify the presence of point mutation in all patients allowed to question the standard status gold of biochemical measurement of IDS enzyme for diagnosis. The use of PCR real time, via high-resolution melting analysis (HRM), proved to be useful for the identification of women with the mutant allele. Sequencing and HRM should be inserted in the flowchart for the confirmation of the disease with the accuracy of the advantages of early diagnosis and genetic counseling in more scientific basis. Plasma levels of manganese (Mn++) and B vitamins (pyridoxine and cobalamin) proved the deficiency of these items in patients and families, denouncing nutritional deficiency. Discusses the hypothesis that hipomanganesemia is directly related to low activity of IDS enzyme. The hypovitaminosis B6 and B12, in turn, can be related to hiperhomocistinemia / hypomethylation and changes in the methylation pattern of the IDS gene, further modifying gene expression and phenotypic defining multiple frames. This study advances the understanding of epigenetic accustomed processes to Hunter syndrome and justifies the development of new research in which a broader approach to validate low-cost therapeutic measures that are established in early childhood, pre-symptomatic, may prove to be able to modify the natural history of the disease to ensure greater efficiency of enzyme therapy and more favorable clinical outcome. / A Síndrome de Hunter ou Mucopolissacaridose II representa um dos sete tipos de MPSs, doenças de depósito lisossômico inseridas no universo dos erros inatos do metabolismo. Mutações no gene iduronato-2-sulfatase (IDS) causam deficiência da atividade da enzima homônima e definem o acúmulo de GAGsheparan e dermatan sulfato nos lisossomos, levando à disfunção de células, tecidos e órgãos e manifestações clínicas de ampla variedade fenotípica. As medidas da expressão do gene IDS em leucócitos através da PCR em tempo real, avaliadas pelos valores relativos de cDNA, foram baixas em todos os cinco pacientes amazonenses, em testes repetidos,inclusive no indivíduo com clínica sugestiva e sem comprovação bioquímica.O sequenciamento parcial do DNA genômico por escolha do éxon 9, região sede da maioria das mutações em pacientes brasileiros,ao constatar a presença de mutação pontual em todos os pacientes estudados, permitiu questionar o status de padrão ouro das dosagens bioquímicas da enzima IDS para o diagnóstico. O emprego da PCR real time, via análise de fusão de alta resolução (HRM), mostrou-se útil para a identificação das mulheres portadoras do alelo mutante. Sequenciamento e HRM devem ser inseridos no fluxograma para a confirmação da doença com as vantagens da precisão do diagnóstico precoce e do aconselhamento genético em bases mais científicas. As dosagens plasmáticas de manganês (Mn++) e de vitaminas do complexo B (piridoxina e cobalamina) comprovaram a deficiência desses itens em pacientes e familiares, denunciando carência nutricional. Discute-se a hipótese de que a hipomanganesemia esteja diretamente relacionada à baixa atividade da enzima IDS. As hipovitaminoses B6 e B12, por sua vez, podem estar relacionadas à hiperhomocistinemia/hipometilação e alterações no padrão de metilação do gene IDS, modificando ainda mais a expressão do gene e definindo quadros fenotípicos múltiplos. Este estudo avança no entendimento dos processos epigenéticosafeitos à síndrome de Hunter e justifica o empreendimento de novas pesquisas, nas quais uma abordagem mais ampla possa validar medidas terapêuticas de baixo custo que se instituídas em idade mais tenra,pré-sintomática,podem revelar-se capazes de modificar a história natural da doença aogarantir maior eficiência da terapia enzimática e evolução clínica mais favorável.

Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2017-02-24T15:10:56Z No. of bitstreams: 1 brunozonovellidasilva.pdf: 11306730 bytes, checksum: d7a7b13a1620f32d885d6b1e8852ae2b (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2017-02-24T15:40:35Z (GMT) No. of bitstreams: 1 brunozonovellidasilva.pdf: 11306730 bytes, checksum: d7a7b13a1620f32d885d6b1e8852ae2b (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-24T15:40:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 brunozonovellidasilva.pdf: 11306730 bytes, checksum: d7a7b13a1620f32d885d6b1e8852ae2b (MD5) Previous issue date: 2013-06-25 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Com o crescente avanço das plataformas de sequenciamento genômico, surge a necessidade de modelos computacionais capazes de analisar, de forma eficaz, o grande volume de dados disponibilizados. Uma das muitas complexidades, variações e particularidades de um genoma são os polimorfismos de base única (single nucleotide polymorphisms - SNPs), que podem ser encontrados no genoma de indivíduos isoladamente ou em grupos de indivíduos de alguma população, sendo originados a partir de inserções, remoções ou substituições de bases. Alterações de um único nucleotídeo, como no caso de SNPs, podem modificar a produção de uma determinada proteína. O conjunto de tais alterações tende a provocar variações nas características dos indivíduos da espécie, que podem gerar alterações funcionais ou fenotípicas, que, por sua vez, implicam, geralmente, em consequências evolutivas nos indivíduos em que os SNPs se manifestam. Entre os vários desafios em bioinformática, encontram-se a descoberta e filtragem de SNPs em DNA genômico, etapas de relevância no pós-processamento da montagem de um genoma. Este trabalho propõe e desenvolve um método computacional capaz de filtrar SNPs em DNA genômico completo, utilizando genomas remontados a partir de sequências oriundas de plataformas de nova geração. O modelo computacional desenvolvido baseia-se em técnicas de aprendizado de máquina e inteligência computacional, com o objetivo de obter um filtro eficiente, capaz de classificar SNPs no genoma de um indivíduo, independente da plataforma de sequenciamento utilizada. / With the growing advances in genomic sequencing platforms, new developments on computational models are crucial to analyze, effectively, the large volume of data available. One of the main complexities, variations and peculiarities of a genome are single nucleotide polymorphisms (SNPs). The SNPs, which can be found in the genome of isolated individuals or groups of individuals of a specific population, are originated from inserts, removals or substitutions of bases. Single nucleotide variation, such as SNPs, can modify the production of a protein. Combination of all such modifications tend to determine variations on individuals characteristics of the specie. Thus, this phenomenon usually produces functional or phenotypic changes which, in turn, can result in evolutionary consequences for individuals with expressed SNPs. Among the numerous challenges in bioinformatics, the discovery and filtering of SNPs in genomic DNA is considered an important steps of the genome assembling post-processing. This dissertation has proposed and developed a computational method able to filtering SNPs in genome, using the genome assembled from sequences obtained by new generation platforms. The computational model presented is based on machine learning and computational intelligence techniques, aiming to obtain an efficient filter to sort SNPs in the genome of an individual, regardless of the sequencing platform adopted.