Resumo: O Brasil é o país mais rico em termos de diversidade biológica tanto de fauna como de flora, sendo a floresta Atlântica e complexo Cerrado-Pantanal dois dos maiores hotspots do mundo. Nas últimas décadas, as conseqüências da ação antrópica no meio florestal nativo faz-se sentir cada vez mais, levando à fragmentação, à formação de florestas secundárias e comprometendo a diversidade biológica, qualidade do ar, da água e do solo. A necessidade de se desenvolver metodologias que permitissem uma análise do mosaico florestal de forma mais rápida e eficaz levou à utilização de mapeamentos aéreos, sendo a fotografia aérea a ferramenta utilizada de menor custo. A união dos processos de mapeamento aéreo e inventário florestal permitirão uma análise crítica, precisa e detalhada com conclusão ágil sobre uma floresta que se deseja estudar. Seria possível então saber se a área estudada se trata de um cerrado no seu sentido amplo? Esta pesquisa tem como objetivos avaliar a evolução temporal determinando indicadores da situação de dois fragmentos florestais nativos situados dentro de plantações florestais, utilizando fotografias aéreas; avaliar a ocorrência de espécies nativas lenhosas e não lenhosas utilizando levantamento florístico e fitossociológicos e, avaliar o aspecto geral da regeneração natural destes fragmentos. As duas áreas de estudo reunidas possuem aproximadamente 110 ha, parte de uma fazenda de produção de madeira localizada no município de Agudos, SP. Para elaborar a evolução temporal foram utilizadas fotografias aéreas dos anos de 1962, 1972, 1979, 2000 e 2006. E, para se conhecer a estrutura da floresta realizou-se um inventário florístico e fitossociológico. Foram demarcadas classes fitofisionômicas nos fragmentos através de uma análise aerofotogramétrica. Para a análise da estrutura...(resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Brazil is the richest country in terms of biological diversity in fauna and flora, and the Atlantic forest and Cerrado-Pantanal complex are two of the greatest hotspots of the world. In the last decades, the consequences of the anthropic action in the native forest have became stronger, leading to forest fragmentation, formation of secondary forests, and compromising the biological diversity as well as quality of air, water and soil. The necessity to develop methodologies that allow the analysis of the forest mosaic in a faster and more efficient way resulted in the use of aerial mappings, in which air photograph is the lowest cost used tool. The combination of the aerial mapping and forest inventory as processes will allow a critical, detailed and proper analysis, with agile conclusion of study object, i.e., the forest. It would be possible then whether the area studied is a Savannah? This research has as objectives: to evaluate the forest through time evolution, determining environmental indicators of the situation in two native forest fragments, located in forest plantations, using air photographs; and to evaluate the occurrence of wood and not wood native species using floristic and phytosociological survey and evaluating the general aspect of the natural regeneration of these fragments. The two study areas together are approximately 110 ha, part of a private forest located in the city of Agudos, SP. Air photographs of the years of 1962, 1972, 1979, 2000 and 2006 were used to prepare the time evolution. A floristic and phytosociological inventory was made to know the forest structure. Phytophysiognomic class Summary 4 was delimited in each fragment through an aerophotogrammetry analysis. For the analysis of the plants communities higher than 1.30 m, the following were calculated: structure, density, dominance and frequency (absolute and relative);...(Complete abstract, click electronic access below) / Orientador: Zacarias Xavier de Barros / Coorientador: Vera Lex Engel / Banca: Zacarias Xavier de Barros / Banca: Luiz Alberto Blanco Jorge / Banca: Leila Cunha de Moura / Banca: Osmar Cavassan / Banca: José Eduardo Petrilli Mendes / Doutor

Orientador: Alexandre Suman de Araujo / Banca: Pedro Geraldo Pascutti / Banca: Gabriel Gouvea Slade / Resumo: Diversos processos biológicos envolvendo proteínas são mediados por alterações de pH. Infecção de células por vírus, catálise enzimática, associação de ligantes e a solubilidade de compostos são exemplos de tais processos. Assim, investigar o comportamento das cargas dos grupos ionizáveis de proteínas em função de mudanças no pH é de grande interesse. Simulações de DinÂmica Molecular são amplamente utilizadas para estudo dos mais diversos sistemas biológicos devido à confiabilidade de seus resultados. No entanto, elas não se mostram eficientes para a descrição de sistemas sensíveis a variações de pH pois os graus de ionização precisariam variar ao longo da simulação. Esse estado é definido na modelagem do sistema com base no pKa desses grupos isolados e no pH da solução. Isso representa uma limitação severa, pois processos que são modulados pela mudança na protonação não podem ser observados, de modo que uma abordagem mais realista é executar simulações em que o estado de protonaçao dos componentes do sistema possam variar com o tempo. Neste trabalho é desenvolvido um sistema computacional que acopla Dinâmica Molecular comum, executada com o pacote GROMACS, a um algoritmo que modifica o estado de protonação dos resíduos ionizáveis do sistema em intervalos de tempo regulares utilizando o método Monte Carlo com o critério de Metrópolis. Objetivando-se testar o método desenvolvido, foram realizadas Simulações de Dinâmica Molecular a pH Constante de um pepídeo composto majoritariamente de alaninas e cujo único grupo ionizável é um ácido glutâmico em diferentes pHs, com a finalidade de obter a curva de titulação desse peptídeo e então compará-la com a curva de titulação do ácido glutâmico isolado / Abstract: Several biological processes involving proteins are mediated by pH changes. Virus infection of cells, enzymatic catalysis, association of ligands and compounds solubility are examples of such processes. Therefore, invetigation of the titration residues charges in proteins in function of pH changes is very concernment. Molecular Dynamics simulations are widely used to study the most diverse biological systems due to the reliability of its results. However, they are not efficient to describe systems that are sensitive to pH changes because the protonation state needs to vary throughout the simulation. This state is defined in the system modeling based on the pKa of these isolated groups and solution pH. This is a severe limitation as processes that are modulated by the change in the protonation can not be observed, so that a more realistic approach is to run simulations where the protonation state of the system components may vary with time. In this work a computer system that couples common Molecular Dynamics, performed with GROMACS, and an algorithm that changes the protonation state of titratable residues of the system at regular time intervals by using Monte Carlo - Metropolis is developed. In order to test the developed method, Molecular Dynamics Simulations by Constant pH of a peptide consisting of mostly alanines whose only titratable group is a glutamic acid was made in different pHs in order to obtain the titration curve of this peptide and then compare it with the titration curve of isolated glutamic acid / Mestre

Orientador: Vera Lex Engel / Coorientador: Giselda Durigan / Banca: José Marcelo Domingues Torezan / Banca: Fátima Conceição M. Piña Rodrigues / Resumo: O uso de espécies exóticas pioneiras em projetos de restauração tem sido justificado por um possível efeito facilitador na restauração e também por proverem benefícios econômicos, conciliando aspectos ecológicos, econômicos e sociais. Entretanto, espécies exóticas podem tornar-se um risco para os ecossistemas naturais se estas se configurarem como invasoras, desviando assim a trajetória sucessional esperada do ecossistema em restauração. As espécies exóticas podem, também, competir com a comunidade em regeneração, atrasando o processo sucessional. Práticas de manejo adaptativo são então necessárias, nestes casos, com a finalidade de redirecionar a trajetória natural da sucessão. O objetivo na execução deste estudo foi verificar quais os efeitos da eliminação de uma espécie arbórea exótica (M. caesalpiniifolia) sobre a comunidade nativa regenerante sob plantio de restauração florestal em região de floresta estacional semidecidual. Com a retirada dos indivíduos de sansão-do-campo, foram testadas as seguintes hipóteses: 1) Mimosa caesalpiniifolia exerce efeito supressor nas comunidades em restauração; 2) A resposta ao manejo será variável entre espécies, modelos de restauração e situações ambientais. O estudo foi realizado no município de Botucatu, estado de São Paulo, em duas áreas experimentais com características diferentes de solo e dois modelos de restauração (um sistema agroflorestal e um consórcio de espécies para madeira e lenha). Os tratamentos de eliminação de 100% das árvores (manejo) e testemunha foram comparados dentro de cada área e entre áreas. O delineamento experimental utilizado foi em blocos ao acaso com parcelas subdivididas. Após o manejo houve aumento da diversidade e redução da área basal da regeneração, contudo, a perda de área basal foi recuperada após um ano, equiparando-se com as parcelas testemunha. Os resultados ... / Abstract: The use of exotic species as facilitators in restoration plantings can be opportune as they can reconcile economic, social, and ecological benefits. Otherwise they may compete with native species during a later phase, delaying the successional process or even deviating the expected successional trajectory. In these cases, adaptive management practices (i.e. species removal) might be necessary to ensure the achievement of restoration goals. We looked at the effect of elimination of an exotic tree species (M. caesalpiniifolia) over the native species regeneration in forest restoration plantings. We tested the following hypotheses: 1) Mimosa caesalpiniifolia imposes a suppressive effect over the community in restoration, 2) The response to the management intervention will vary among species, models of restoration, and environmental situations. The study was undertaken in Botucatu, state of São Paulo, at two sites with contrasting soil fertility after 14 years of the establishment of two plantation models to restore the tropical semideciduous moist forest, namely: AS- Agroforestry System; and MIX- mixed commercial plantation with timber and firewood tree species. The natural regeneration of woody species (height ≥ 0.2 m) was compared between managed (M. caesalpiniifolia trees removed) and unmanaged (control) plots, soon after and one year after the thinning. . The experimental design was in randomized blocks with split plots. After the management the regeneration diversity increased and the basal area decreased; nevertheless, the basal area loss was recovered after one year, in comparison with the control plots. The results suggested that the management can have uneven effects depending on the tree species regenerating, however, there was no predictable pattern even regarding the pioneer species. A strong influence of site quality on the succession processes / ecosystem restoration is remarkable ... / Mestre

Orientador: Vitor Barbanti Pereira Leite / Banca: Leandro Cristante de Oliveira / Banca: Sidney Jurado de Carvalho / Resumo: No processo de enovelamento as proteínas seguem o principio de "mínima frustração", garantindo ao estado nativo o seu mínimo global de energia e a sua estabilidade termodinâmica. Apesar de, a proteína estar no seu estado nativo, esta condição não impede o surgimento de algumas interações energeticamente desfavoráveis, caracterizando a frustração no estado nativo. Há evidências indicando que um pequeno grau de frustração pode favorecer o processo de enovelamento. Neste estudo são investigadas as condições em que a presença de frustração, é ou não, favorável ao processo de enovelamento. São realizadas simulações computacionais de dinâmica molecular utilizando o modelo Cα (um modelo baseado em estrutura e sem frustração). É adicionado um termo ao potencial do modelo associado à presença de frustração. As simulações do modelo Cα são realizadas para um grupo de proteína com características distintas. É introduzido um critério determinando os casos em que a frustração auxilia o processo de enovelamento. São observados os efeitos da presença de frustração ao longo do processo de enovelamento e sua influência na alteração da temperatura e do tempo de enovelamento. De acordo com o critério introduzido é possível separar as proteínas estudadas em dois grupos distintos, um grupo em que a adição de frustração auxilia o processo de enovelamento e outro grupo em que a presença de frustração não é favorável. A separação das proteínas em dois grupos distintos está relacionada com a ordem de contato absoluta e com a barreira de energia livre de cada proteína / Abstract: In the folding process the proteins follow the "minimal frustration" principle, which guarantees to the native state the minimum global energy and the thermodynamic stability. However, not even the native state can prevent the occurrence of some unfavorable interactions, characterizing the frustration in the native state. There are evidences that a low degree of frustration can favorable to the folding process. In this work it was investigated the conditions under which some frustration helps the protein folding process. Through computer simulations of molecular dynamics, using a structure-based model (non-frustrated model) and adding a parameterized nonspecific energetic frustration to the potential, were studied the kinetics and the thermodynamics properties of a large group of proteins. It is introduced a criterion to determine when the presence of frustration assists the folding process. The effects of the frustration addition are observed and its influence produces changes in the folding temperature and in the folding time. In agree with the adopted criterion, it was observed two well separated groups: one in which some frustration helps the folding process, and another in which frustration hinders it, determining when the presence of frustration is favorable. These results are correlated with the proteins absolute contact order parameter and free energy barrier / Mestre

Orientador: Vitor Barbanti Pereira Leite / Banca: Elso Drigo Filho / Banca: Leandro Cristante de Oliveira / Resumo: Por meio de simulações computacionais, acompanhamos o processo de enovelamento de um conjunto de proteínas. Neste estudo utilizamos a abordagem conhecida como teoria de Superfície de Energia (Energy Landscape), que trata o enovelamento por uma descrição estatística. O modelo utilizado foi um modelo baseado em estrutura. Para investigarmos os efeitos das interações não nativas no enovelamento de um grupo de proteínas, acrescentamos um termo de frustração ao potencial de energia. Os resultados obtidos a partir dos estudos das propriedades termodinâmicas e cinéticas das proteínas, mostraram que para um grupo de proteínas a frustração ajudou o enovelamento e para outro grupo a frustração atrapalhou. Analizando propriedades como ordem de contato absoluta, tamanho da proteína e barreira de energia livre, foi possível obter um limiar em que a frustração auxilia no enovelamento. Para encontrarmos um limiar, foi necessário uma quantidade grande de proteínas de diferentes tamanhos e diferentes motifs / Abstract: Through computational simulations, the folding process of a set of proteins was monitored. The framework used to describe protein folding was the energy landscape theory, which is a statistical description of folding. The model used was the structural based model. A frustration term was added to the potential to investigate the non-native interactions effect. The results obtained from studies of thermodynamics and kinetics properties, showed for a one group of proteins the frustration helps the folding and for another group the frustrations hinders the folding. The properties as absolute contact order, size of protein and free energy barrier was analyzed and it was possible to obtain a threshold that the frustration helps the folding. It was necessary a large set of proteins of different sizes and motifs to find a threshold / Mestre

Orientador: . Alexandre Suman de Araújo / Banca: Rose Mary Zumstein Georgetto Naal / Banca: José Roberto Ruggiero / Resumo: As ciclodextrinas são um grupo de oligossacarídeos cíclicos, que apresentam um formato de cone truncado com cavidade hidrofóbica e exterior hidrofílico. Isto faz com que as ciclodextrinas possam encapsular fármacos, o que propicia melhoras na biodisponibilidade, estabilidade e proteção das moléculas encapsulada. Por esta característica, as ciclodextrinas constituem uma nova classe de excipientes farmacêuticos de grande utilidade, por formar complexos de inclusão reversíveis com moléculas apolares e atuarem como moléculas carregadoras de substancias de interesse biológico e baixa solubilidade. Dentre os compostos com ação farmacológica encontra-se os flavonoides, em destaque a molécula de quercetina, um fármaco natural com diversas propriedades biológicas, como anticâncer, antioxidante, antialérgica, porém devido sua baixa solubilidade torna-se necessária a formação de complexos de inclusão com moléculas carregadoras como a β-ciclodextrina. O presente trabalho busca investigar, por meio de simulações computacionais, as diferentes formas de interação dos flavonoides com a ciclodextrina e do complexo formado por bicamadas lipídicas, a fim de contribuir para um melhor entendimento do processo de formação com complexo de inclusão ciclodextrina/flavonoide e de entrega do fármaco à célula / Abstract: The cyclodextrins are cyclic oligosaccharides that present a structure in form of a truncated cone, with a hydrophobic inside surfaces and hydrophilic outside. This causes the cyclodextrin can encapsulate drugs provides improvements in bioavailability, stability and protection of encapsulated molecules. By this feature, the cyclodextrins are a new class of pharmaceutical excipients useful for forming inclusion complexes with reversible nonpolar molecules and act as carrier of molecules with high biological interest and low solubility. Among the compounds with pharmacological action it is the flavonoid, featured the quercetin molecule; a drug with natural biological proprieties such as anticancer, antioxidant, antialergic, however, due to its low solubility, it becomes necessary the formation of inclusion complexes with carrier molecules. This study aims to investigate, through computer simulation, different forms of interaction of flavonoids with cyclodextrin and the complex formed by lipid bilayers, in order to contribute to a better understanding of the formation process with inclusion complex cyclodextrin/flavonoids and the drug delivery to cell / Mestre

Orientador: Fátima Pereira de Souza / Banca: Alessandra Vidotto / Banca: Rogério de Moraes / Banca: Natália Bueno Leite Slade / Banca: Marcio José Tiera / Resumo: O Vírus Sincicial Respiratório Humano (hRSV) é o principal agente causador de doenças respiratórias agudas severas, como pneumonia e bronquiolite. Trata-se de um vírus da família Paramyxoviridae, com simetria helicoidal e envelope lipídico. Possui um genoma de RNA fita simples, não segmentado, com 10 genes codificantes. Um dos fatores que contribuem para o sucesso na replicação viral é a interação da proteína M2-1 com as proteínas P, M e com o RNA. Tal proteína age através da interação com RNA, e assim, participa efetivamente no processo de replicação viral, apresentando atividade anti-parada da replicação sendo ativa quando na forma tetramérica. Deste modo, o ligante que realizar interação com a M2-1 é um potencial candidato a prevenir as interações M2-1 com RNA e demais proteínas, impedindo deste modo o sucesso da replicação viral. Flovonoides são compostos naturais com várias atividades como antioxidante, anticancerígena, cardio protetora, antibacteriana e antiviral. Quercetina é um flavonoide que apresenta atividade antiviral, inibindo o complexo de replicação. Com a finalidade de investigar a interação de um potencial candidato a inibição da atividade da M2-1, clonamos, expressamos e purificamos a proteína M2-1 do hRSV e, determinamos sua característica físico-química de interação com quercetina em diferentes condições de temperatura. Para clonagem e expressão do gene M2-1 foram escolhidos o vetor pGEX-4T-1 e a bactéria Escherichia coli da linhagem BL21 Gold (DE3). A proteína expressa foi purificada em cromatografia de afinidade e cromatografia de exclusão molecular. As análises de composição de estrutura secundária e estabilidade térmica foram realizadas por espectroscopia de dicroísmo circular e, a interação com Quercetina com espectroscopia de fluorescência. Para o mapeamento da interação com a Quercetina foram realizadas docking molecular e dinâmica molecular. A proteína... / Abstract: Human Respiratory Syncytial Virus (hRSV) is the major causative agent of acute respiratory infections such as pneumonia and bronchiolitis. This is a virus of the Paramyxoviridae family with helical symmetry and lipid envelope. It has a single strand RNA genome, not segmented, with 10 coding genes. One of the factors that contribute to success in viral replication is the interaction of M2-1 protein with P, M protein and RNA viral. Such protein acts through the interaction with RNA, hence, participating in the viral replication process, having anti-stop activity in the replication process and, the protein is active only as a tetramer. Thus, a ligand that interacts with M2-1 is a potential candidate to prevent interaction of M2-1 with other proteins, thereby preventing the success of viral replication. The aim of the research is to clone, express and purify the M2-1 protein of hRSV and then determine its physicochemical characteristics of the interaction with Quercetin in different temperatures to investigate the interaction of a potential candidate to inhibit the activity of the M2-1. The M2-1 gene was cloned in vector pGEX-4T-1 and expressed in Escherichia coli strain BL21 Gold (DE3). The expressed protein was purified on affinity chromatography molecular exclusion chromatography, thermal stability and secondary structure were analyzed by circular dicroism and the interaction with Quercetin was analyzed by fluorescence spectroscopy. To understand the interaction mechanism was performed molecular dynamics and molecular docking. The purified protein has 40% α-helix, 10% β-sheet, 19% turns and 31% random coils, being the melting temperature of 55,6°C. The titration of M2- 1 with Quercetin showed that it interacts in two points, on site 1 (the binding affinity is ~1,5x106 M -1 ) and stablishes an ionic interaction and, on site 2 (1,1x105 M -1 ) stablishes a hydrophobic interaction. One Quercetin molecule interacts on site 1 (formed by the ... / Doutor

Orientador: Martha Herr / Banca: Abel Luís Bernardo da Rocha / Banca: Angelo José Fernandes / Banca: Marta Assumpção de Andrada e Silva / Banca: Zuleica Antônia de Camargo / Resumo: A presente pesquisa analisou a terminologia para o ensino de técnica vocal de um grupo de seis professores de canto reconhecidos e atuantes no eixo Rio-São Paulo, nas abordagens vocais erudita, popular brasileira e comercial contemporânea em ciclos de quatro aulas com cada professor, observação direta de sua prática cotidiana no estúdio e entrevistas semi-estruturadas. O objetivo principal foi investigar a eventual recorrência de determinados termos e procedimentos técnicos, buscando sua relação com afinidades e disparidades estilísticas e metodológicas entre os sujeitos. Foram objetivos específicos: 1. estabelecer relações entre os dados colhidos e a literatura pedagógica vocal tradicional e moderna, apontado possíveis relações de linguagem entre os termos e procedimentos técnicos utilizados na prática dos docentes observados e a literatura disponível sobre pedagogia vocal e voz cantada. 2. estabelecer relações entre a terminologia vocal pedagógica e aquela utilizada no âmbito das ciências da voz, apontando as principais mudanças conceituais ocasionadas pelas pesquisas científicas em voz cantada. A análise dos dados mostrou que, embora haja identidade estética entre professores de um mesmo estilo e procedimental entre professores de uma mesma tendência teórico-metodológica, tais afinidades não se mantiveram em relação à escolha terminológica. Foram encontrados muitos termos idiossincráticos e uma recorrência transversal de termos sinestésicos e proprioceptivos conhecidos no jargão tradicional do ensino de canto. Por outro lado, foi possível correlacionar grande parte dos termos encontrados com a literatura pedagógica e científica sobre a voz. Este trabalho aproximou do campo teórico a prática do professor de canto, dando voz às suas inquietações e questionamentos, e problematizando a questão da escolha de termos utilizados no ensino de canto no Brasil frente aos avanços dos estudos [...] / Abstract: This thesis analyzed samples of the terminology used by a group of six well-known singing teachers working in the Rio-São Paulo (Brazil) are with classical, Brazilian popular and North-American contemporary commercial singing. The samples were gathered during field research, trought interviews the subjects and participant and non-participant observation of their everyday practice in their teaching environments. The aim was to show stylistic and pedagogical affinities and discrepancies through the comparison of the terminologies and technical procedures used by the teachers. The specific objectivies were: 1. To find connections between the expressions and procedures found in the field and both the modern and the traditional literature on vocal pedagogy, suggesting a possible lineage of terms. 2. to find connections between the terminology used in the vocal pedagogy field and the one used in voice science, taking into consideration the main conceptual changes estalished by the systematic scientific research of the singing voice. Data showed that there was esthaetic affinity between teachers of the same style and technical similarities between those of the same pedagogical tendency, but such similitude did not translate into an affinity in the choice of terms. Instead, many idyosyncratic terms were found, and there was a pervasive presence of traditional or well-known proprioceptive and sinesthetic terms. Furthermore, it was possible to correlated almost all terms to the pedagogical and scientific literature. This work is a theoretical reflexion of the everyday practice and concerns of singing teachers. It shows the main conflicts involved in the choice of pedagogical terms in the teaching of singing in Brazil in the face of the constant development of voice science, the various requirements of the music market and the problem of integrating vocal technique and musical expression. / Doutor

Orientador: José Roberto Ruggiero / Banca: Mário Sérgio Palma / Banca: Luiz Carlos Gomide Freitas / Resumo: Moléculas de Dodecil Sulfato de Sódio (SDS) em solução aquosa podem formar aglomerados micelares em condições adequadas de concentrações, pH, temperatura e força iônica, devido às características polar/apolar de suas cabeças/caudas. Essas micelas, aniônicas, mimetizam o ambiente da membrana de células procariontes e são usados como modelo no estudo da interação de peptídeos antimicrobianos com membranas das bactérias. Neste trabalho usamos simulações por dinâmica molecular de equilíbrio para estudar a interação do peptídeo Polybia MP-I com micela de SDS em solução aquosa, considerando tanto a situação em que a micela está pré-formada como a de automontagem da micela na presença do peptídeo. Mostramos que em ambos os casos o peptídeo se insere na micela de forma aproximadamente paralela à membrana, com a cadeia principal enterrada na região de interface entre as caudas e as cabeças polares das moléculas de SDS e os grupos carregados localizados na interface das cabeças polares com a solução. Estes dados confirmam modelos de inserção de peptídeos antimicrobianos em membranas existentes na literatura. Discutimos também a estabilidade da estrutura helicoidal anfipática do peptídeo em função da solvatação de sua cadeia principal, que proporciona a manutenção de uma rede de ligações de hidrogênio do tipo NH --- O entre resíduos do tipo n-(n+4) da cadeia principal, típicos de estruturas em α - hélice. Além disso, os resultados indicam que pontes salinas formadas entre os grupos negativos dos resíduos do ácido aspártico (Asp) 2 e 8 com resíduos de lisinas 5 e 11 são importantes para a manutenção da estrutura do peptídeo. Os resultados indicam também que a estrutura micelar mantém-se aproximadamente esférica com ou sem o peptídeo independente... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The Sodium Dodecyl Sulphate (SDS) molecules can form micellar agregates in aqueous solution under appropriate concentration, pH, temperature and ionic strength conditions due to the polar/apolar features of its head and tail. The anionic micelles formed mimic the environment of the prokaryotic cells membrane of bacteria. In this work we use equilibrium molecular dynamics simulation to study the interaction of the peptide Polybia MP-I with SDS micelles in aqueous solution considering both a preformed micelle and a micelle obtained by self-assembling the SDS molecules in the presence of the peptide. We show that in both cases the peptide inserts in an almost parallel way relative to the micelle surface, with the main chain buried in the interface region between the tails and polar heads of SDS molecules and the charged groups of the peptide located at the interface with the polar heads the solution. These data support models of insertion of antimicrobial peptides in membranes in the literature. We also discuss the stability of the amphipathic helical structure of the peptide as a function of salvation of the main chain, which contributes to the maintenance of the network of hydrogen bonds in the main chain of type NH --- O between residues n and n+4 that are typical of structures in α-helix. Furthermore, the results indicate that salt bridges formed between the negative groups of aspartic acid residues (Asp) 2 and 8 with lysine residues 5 and 11 are importance in maintaining the structure of the peptide. The results also indicate that the micellar structure remains approximately spherical with and without the peptide, independent of the process as it is obtained, whether preformed or self-assembled. The micellar radius increases to accommodate the peptide and in the case of self-assembled micelle... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:21Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-08-28Bitstream added on 2014-06-13T19:00:18Z : No. of bitstreams: 1 000758049.pdf: 2071053 bytes, checksum: 0cb6bb359f2e91f6da7a3a5ffd86c7c0 (MD5) / O uso de espécies exóticas pioneiras em projetos de restauração tem sido justificado por um possível efeito facilitador na restauração e também por proverem benefícios econômicos, conciliando aspectos ecológicos, econômicos e sociais. Entretanto, espécies exóticas podem tornar-se um risco para os ecossistemas naturais se estas se configurarem como invasoras, desviando assim a trajetória sucessional esperada do ecossistema em restauração. As espécies exóticas podem, também, competir com a comunidade em regeneração, atrasando o processo sucessional. Práticas de manejo adaptativo são então necessárias, nestes casos, com a finalidade de redirecionar a trajetória natural da sucessão. O objetivo na execução deste estudo foi verificar quais os efeitos da eliminação de uma espécie arbórea exótica (M. caesalpiniifolia) sobre a comunidade nativa regenerante sob plantio de restauração florestal em região de floresta estacional semidecidual. Com a retirada dos indivíduos de sansão-do-campo, foram testadas as seguintes hipóteses: 1) Mimosa caesalpiniifolia exerce efeito supressor nas comunidades em restauração; 2) A resposta ao manejo será variável entre espécies, modelos de restauração e situações ambientais. O estudo foi realizado no município de Botucatu, estado de São Paulo, em duas áreas experimentais com características diferentes de solo e dois modelos de restauração (um sistema agroflorestal e um consórcio de espécies para madeira e lenha). Os tratamentos de eliminação de 100% das árvores (manejo) e testemunha foram comparados dentro de cada área e entre áreas. O delineamento experimental utilizado foi em blocos ao acaso com parcelas subdivididas. Após o manejo houve aumento da diversidade e redução da área basal da regeneração, contudo, a perda de área basal foi recuperada após um ano, equiparando-se com as parcelas testemunha. Os resultados... / The use of exotic species as facilitators in restoration plantings can be opportune as they can reconcile economic, social, and ecological benefits. Otherwise they may compete with native species during a later phase, delaying the successional process or even deviating the expected successional trajectory. In these cases, adaptive management practices (i.e. species removal) might be necessary to ensure the achievement of restoration goals. We looked at the effect of elimination of an exotic tree species (M. caesalpiniifolia) over the native species regeneration in forest restoration plantings. We tested the following hypotheses: 1) Mimosa caesalpiniifolia imposes a suppressive effect over the community in restoration, 2) The response to the management intervention will vary among species, models of restoration, and environmental situations. The study was undertaken in Botucatu, state of São Paulo, at two sites with contrasting soil fertility after 14 years of the establishment of two plantation models to restore the tropical semideciduous moist forest, namely: AS- Agroforestry System; and MIX- mixed commercial plantation with timber and firewood tree species. The natural regeneration of woody species (height ≥ 0.2 m) was compared between managed (M. caesalpiniifolia trees removed) and unmanaged (control) plots, soon after and one year after the thinning. . The experimental design was in randomized blocks with split plots. After the management the regeneration diversity increased and the basal area decreased; nevertheless, the basal area loss was recovered after one year, in comparison with the control plots. The results suggested that the management can have uneven effects depending on the tree species regenerating, however, there was no predictable pattern even regarding the pioneer species. A strong influence of site quality on the succession processes / ecosystem restoration is remarkable ...