Thesis (doctoral)--Université de Clermont-Ferrand II, 1983. / Errata slip inserted. Includes bibliographical references (p. 241-263).

Thesis (doctoral)--Université de Clermont-Ferrand II, 1983. / Errata slip inserted. Includes bibliographical references (p. 241-263).

The yam (Dioscorea cayennensis Lam.) is an important staple crop in the Northeast region of Brazil, mainly in the states of Alagoas, Pernambuco, and Paraíba, the highest producing areas in the region. The crop is affected by pathogens that reduce yield and leaf blight, caused by the fungus Curvularia eragrostidis, can cause considerable crop losses. In the socio-economic context in which this crop is placed, the use of resistant varieties is the most effective control strategy. However, for this strategy to be successful, knowledge of the genetic variability of the pathogen is required. Samples of infected yam leaves were collected in 2005 and 2008, from fields in Chã Preta, Paulo Jacinto, and Viçosa and 73 isolates were obtained. Based on morphological characteristics all isolates were identified as C. eragrostidis. All isolates were pathogenic to yam and there were differences in the values of area under the disease progress curve (P= 0.02). When different isolates were paired in culture, mycelia compatibility in the majority of pairings. Similarity and phylogenetic analyses supported the identification of the species associated to yam leaf blight. The AFLP markers were used to investigate the genetic structure of the population of C. eragrostidis. Gene diversity was high (Ht = 0.31) and there was low differentiation between populations (Gst = 0.06). The population was not structured according to geographical origin. The genetic variability within populations of C. eragrostidis was high. / Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de Alagoas / O inhame (Dioscorea cayennensis Lam.) é cultura importante no Nordeste do Brasil, principalmente nos estados de Alagoas, Pernambuco e Paraíba, que se destacam como os maiores produtores. A cultura é afetada por patógenos que reduzem a produtividade. A queima das folhas, causada pelo fungo Curvularia eragrostidis, pode causar perdas significativa de produção. Considerando o contexto sócio-econômico no qual se insere a cultura do inhame, o plantio de variedades resistentes é a estratégia mais adequada de controle da queima foliar. Contudo, o sucesso desta estratégia depende, entre outros fatores, do conhecimento da variabilidade genética do patógeno. Nos anos de 2005 e 2008, coletaram-se amostras de folhas afetadas nos municípios de Chã Preta, Paulo Jacinto e Viçosa e 73 isolados foram obtidos e baseado em características morfológicas, foram identificados como C. eragrostidis. Todos os isolados utilizados no teste de patogenicidade foram patogênicos e houve variação quanto aos valores de AACPD ( P=0,02). Quando diferentes isolados foram pareados em meio de cultura, a maioria mostrou reação de compatibilidade micelial. Análises de similaridade e filogenéticas confirmaram a identificação da espécie associada à queima foliar do inhame. O marcador molecular AFLP foi utilizado com o objetivo de determinar a estrutura genética da população de C. eragrostidis. A diversidade gênica total foi alta (Ht =0,31) com baixa diferenciação entre as populações (Gst = 0,06). Não foi detectada estruturação da população conforme os municípios. A variabilidade genética dentro das populações de C. eragrostidis estudada foi alta.

Submitted by (lucia.rodrigues@ufrpe.br) on 2017-03-17T13:55:35Z No. of bitstreams: 1 Isadora Fernandes de Franca.pdf: 1420687 bytes, checksum: 6cec52a0fb3778ca5533af6c71262265 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-17T13:55:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Isadora Fernandes de Franca.pdf: 1420687 bytes, checksum: 6cec52a0fb3778ca5533af6c71262265 (MD5) Previous issue date: 2011-02-28 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The yam (Dioscorea spp.) has great social importance for the Northeast region of Brazil, due to the excellent nutritional quality and energy of their tubers and very useful for human alimentation. Leaf-spots on white yam, caused by the fungus Curvularia eragrostidis, is responsible for damage to yam in northeast Brazil, mainly in the states of Paraíba and Pernambuco. The aim of this study was to analyze the population structure of isolates of C. eragrostidis pathogenic to yam, D. cayennensis, in the states of Alagoas, Pernambuco and Paraiba, and to study the phylogenetic relationships of these with other species in the genus Cochliobolus. In the first study, 151 isolates were obtained from leaves of yam, which were analyzed the sequences of part of the ITS region and -tubulin gene and gpd and the profiles of DNA with ISSR. It was observed that the DNA sequences had no variation, and ISSR data showed the presence of six haplotypes. The pathogen population is characterized by low genotypic diversity, predominance of one or two genotypes evenly distributed, the predominance of asexual reproduction, and the presence of genotypic flow between the regions of cultivation. In the second study, it was conducted phylogenetic analysis sequences of 81 isolates of species of the family Pleosporaceae using the methods of maximum likelihood and Bayesian inference. The 16 isolates of C. eragrostidis from yam analyzed are related to the genus Cochliobolus species which has smaller conidia and they are phylogenetically closer to the species C. clavata, C. brachyspora, C. oryzae and C. intermedia. / A cultura do inhame (Dioscorea spp.) apresenta grande importância socioeconômica para a região Nordeste do Brasil, devido à excelente qualidade nutritiva e energética de suas túberas e a utilidade para a alimentação humana. A queima das folhas, conhecida também como pinta preta, causada pelo fungo Curvularia eragrostidis, é responsável por grandes prejuízos à cultura do inhame no Nordeste brasileiro, principalmente nos Estados da Paraíba e Pernambuco, que são os maiores produtores. Este trabalho teve como objetivos analisar a estrutura populacional de isolados de C. eragrostidis patogênicos ao inhame, D. cayennensis, nos estados de Alagoas, Pernambuco e Paraíba, bem como estudar as relações filogenéticas destes com as demais espécies do gênero Cochliobolus. No primeiro estudo, foram obtidos 151 isolados, dos quais foram analisados as sequências de parte da região ITS, e dos genes -tubulina e gpd e os perfis de DNA com marcadores ISSR. Observou-se que as sequências de DNA não apresentaram variabilidade, e os dados de ISSR mostraram a presença de seis haplótipos. A população do patógeno é caracterizada por baixa diversidade genotípica, predominância de um ou dois genótipos uniformemente distribuídos, predominância de reprodução assexual, presença de fluxo genotípico entre as regiões de cultivo. No segundo estudo, foram realizadas analises filogenéticas de sequências de 81 isolados de espécies da família Pleosporaceae, através dos métodos de máxima verossimilhança e inferência bayesiana. Os 16 isolados de C. eragrostidis de inhame analisados estão relacionados com espécies do gênero Cochliobolus que apresentam conídios menores e mais próximos filogeneticamente de C. clavata, C. brachyspora, C. oryzae e C. intermedia.

Les Dioscorea cultivées, dont la reproduction sexuée est aléatoire, sont multipliées essentiellement par voie végétative, ce qui entraîne la dissémination dagents pathogènes dans les plantations, provoquant une baisse de rendement et de qualité des récoltes. Dans ces conditions, les besoins en semences sont rarement comblés et les possibilités dextension de la culture restent limitées. En effet, devant une demande quantitative toujours croissante et qualitative de plus en plus restrictive, les techniques classiques encore employées aussi bien pour la multiplication que pour lamélioration de la production des végétaux sont relativement lentes. En revanche, les opportunités offertes par les cultures de tissus peuvent remédier efficacement aux insuffisances et offrir des améliorations irréalisables par les autres méthodes. La multiplication en alternance par bourgeonnement axillaire à partir de nuds pendant 28 semaines et par mise en germination des microtubercules découpés pendant 16 semaines peut remédier à cette situation. Plusieurs facteurs peuvent avoir un impact sur lefficacité de cette approche: la présence ou labsence de régulateurs de croissance, la teneur en saccharose ou en éléments minéraux du milieu de culture. Dans le cadre de cette étude, les tests réalisés ont montré une formation plus précoce du tubercule en présence de polyamines et dacide jasmonique. Si les teneurs en polyamines endogènes et leur métabolisme sont significativement affectés par les polyamines exogènes, les modifications des teneurs en polyamines endogènes, quant à elles, ne peuvent être directement corrélées avec la formation du tubercule. Un retard dans la formation des tubercules lors dune réduction de la teneur en sucre du milieu de culture a aussi été constaté. Ce retard dans nest pas lié à une réduction de losmolarité du milieu de culture, comme nous avons pu le montrer en remplaçant partiellement le saccharose par du sorbitol. La putrescine et ses précurseurs larginine et lornithine favorisent aussi le développement des tubercules, ceux- ci sont plus longs et plus lourds lorsque ces composés sont ajoutés au milieu de culture à faible concentration. Une augmentation de la teneur endogène en putrescine et en auxine a été observée dans ces conditions. Laddition dacide jasmonique a un effet similaire. Une réduction du développement des tubercules est, par contre, observée en présence dune teneur en saccharose réduite. La réduction de la teneur en sucre dans le milieu de tubérisation a aussi un effet négatif sur la germination ultérieure des microtubercules. Pour pouvoir utiliser les microtubercules comme semences, il faut être assuré dun taux de germination élevé et dun stockage possible. Les microtubercules récoltés après 9 mois de culture et transférés sur un nouveau milieu sans régulateur de croissance germent très rapidement. Aucune dormance nest observée. Les microtubercules peuvent aussi être stockés pendant au moins 18 semaines. Les meilleures conditions pour une germination élevée sont une conservation à lobscurité, sous ± 50% dhumidité relative et à 25°C. Une période de dormance secondaire sinstalle une fois le stockage en cours qui varie entre 20 et 28 semaines respectivement pour les microtubercules les plus rapides et les plus lents. Seuls les tubercules de taille supérieure à 350 mm devront être utilisés pour la germination in vitro ou ex vitro.