Ornithobacterium rhinotracheale é uma bactéria associada com doença respiratória, decréscimo no crescimento, condenação de carcaças e mortalidade em galinhas e perus. Esta bactéria tem sido isolada em vários países e, recentemente, foi isolada no Brasil pelo nosso grupo que também estabeleceu um protocolo de reação em cadeia da polimerase (PCR) para a sua detecção e identificação e determinou a prevalência de anticorpos contra esta bactéria em plantéis comerciais de frangos e de matrizes da Região Sul do Brasil. O presente trabalho teve o objetivo de caracterizar isolados de O. rhinotracheale através de sorotipificação, resistência a antimicrobianos e single-enzyme amplified fragment length polymorphism (SAFLP). Vinte e sete isolados foram compatíveis com esta espécie através de isolamento em ágar sangue com gentamicina, coloração de Gram, teste de aglutinação em lâmina e reação em cadeia da polimerase. Dezenove isolados foram classificados como sorotipo A, seis não puderam ser sorotipificados com o painel de soros existentes e dois pertenceram ao sorotipo C. Vinte e cinco isolados foram sensíveis à norfloxacina, amoxicilina, doxiciclina, lincomicina e cefalotina, dois isolados foram resistentes à neomicina e 18 foram resistentes à sulfametoxazol/trimetoprima. Na análise de SAFLP, 22 isolados apresentaram padrão idêntico e os cinco isolados restantes foram classificados em cinco padrões distintos. Os resultados da sorotipificação indicaram que o sorotipo A de O. rhinotracheale é predominante em criações comerciais no Brasil. Os isolados brasileiros foram sensíveis à maioria dos antimicrobianos testados. O poder discriminatório do teste de suscetibilidade a antimicrobianos foi maior do que a sorotipificação e SAFLP, porém o método de SAFLP gerou um maior número de padrões, sugerindo que possa ser utilizado como ferramenta em estudos epidemiológicos.

Ornithobacterium rhinotracheale é uma bactéria associada com doença respiratória, decréscimo no crescimento, condenação de carcaças e mortalidade em galinhas e perus. Esta bactéria tem sido isolada em vários países e, recentemente, foi isolada no Brasil pelo nosso grupo que também estabeleceu um protocolo de reação em cadeia da polimerase (PCR) para a sua detecção e identificação e determinou a prevalência de anticorpos contra esta bactéria em plantéis comerciais de frangos e de matrizes da Região Sul do Brasil. O presente trabalho teve o objetivo de caracterizar isolados de O. rhinotracheale através de sorotipificação, resistência a antimicrobianos e single-enzyme amplified fragment length polymorphism (SAFLP). Vinte e sete isolados foram compatíveis com esta espécie através de isolamento em ágar sangue com gentamicina, coloração de Gram, teste de aglutinação em lâmina e reação em cadeia da polimerase. Dezenove isolados foram classificados como sorotipo A, seis não puderam ser sorotipificados com o painel de soros existentes e dois pertenceram ao sorotipo C. Vinte e cinco isolados foram sensíveis à norfloxacina, amoxicilina, doxiciclina, lincomicina e cefalotina, dois isolados foram resistentes à neomicina e 18 foram resistentes à sulfametoxazol/trimetoprima. Na análise de SAFLP, 22 isolados apresentaram padrão idêntico e os cinco isolados restantes foram classificados em cinco padrões distintos. Os resultados da sorotipificação indicaram que o sorotipo A de O. rhinotracheale é predominante em criações comerciais no Brasil. Os isolados brasileiros foram sensíveis à maioria dos antimicrobianos testados. O poder discriminatório do teste de suscetibilidade a antimicrobianos foi maior do que a sorotipificação e SAFLP, porém o método de SAFLP gerou um maior número de padrões, sugerindo que possa ser utilizado como ferramenta em estudos epidemiológicos.

Ornithobacterium rhinotracheale é uma bactéria associada com doença respiratória, decréscimo no crescimento, condenação de carcaças e mortalidade em galinhas e perus. Esta bactéria tem sido isolada em vários países e, recentemente, foi isolada no Brasil pelo nosso grupo que também estabeleceu um protocolo de reação em cadeia da polimerase (PCR) para a sua detecção e identificação e determinou a prevalência de anticorpos contra esta bactéria em plantéis comerciais de frangos e de matrizes da Região Sul do Brasil. O presente trabalho teve o objetivo de caracterizar isolados de O. rhinotracheale através de sorotipificação, resistência a antimicrobianos e single-enzyme amplified fragment length polymorphism (SAFLP). Vinte e sete isolados foram compatíveis com esta espécie através de isolamento em ágar sangue com gentamicina, coloração de Gram, teste de aglutinação em lâmina e reação em cadeia da polimerase. Dezenove isolados foram classificados como sorotipo A, seis não puderam ser sorotipificados com o painel de soros existentes e dois pertenceram ao sorotipo C. Vinte e cinco isolados foram sensíveis à norfloxacina, amoxicilina, doxiciclina, lincomicina e cefalotina, dois isolados foram resistentes à neomicina e 18 foram resistentes à sulfametoxazol/trimetoprima. Na análise de SAFLP, 22 isolados apresentaram padrão idêntico e os cinco isolados restantes foram classificados em cinco padrões distintos. Os resultados da sorotipificação indicaram que o sorotipo A de O. rhinotracheale é predominante em criações comerciais no Brasil. Os isolados brasileiros foram sensíveis à maioria dos antimicrobianos testados. O poder discriminatório do teste de suscetibilidade a antimicrobianos foi maior do que a sorotipificação e SAFLP, porém o método de SAFLP gerou um maior número de padrões, sugerindo que possa ser utilizado como ferramenta em estudos epidemiológicos.

Vacinas inativadas de vírus inteiro (WIV) são amplamente utilizadas para o controle de influenza A em suínos (SIV) nos Estados Unidos e Europa e conferem proteção contra cepas homólogas à vacina reduzindo a doença clínica. Porém, a proteção da WIV pode ser limitada contra um desafio heterólogo. O aumento da doença respiratória associado à vacina (VAERD) foi descrito em suínos vacinados com uma WIV contendo uma cepa δ1-cluster-H1N2 e desafiado com uma cepa heteróloga contendo a mesma hemaglutinina, H1N1pdm09. Nesse contexto, os suínos apresentaram pneumonia severa com aumento das lesões pulmonares associado ao uso da WIV. No primeiro manuscrito foi avaliado se a formulação da WIV, o tempo entre o reforço vacinal e o desafio, e a idade de vacinação tinham impacto em VAERD. Suínos foram vacinados com duas vacinas bivalentes, WIV-δ1H1N2/H3N2 (MN08-TX98) ou WIV-δ1H1N2/H1N1pdm09 (MN08-CA09), administradas em duas doses com intervalo de três semanas, e desfiados com H1N1pdm09, três semanas após o reforço. Além disso, dois grupos foram vacinados com uma WIV-δ1H1N2 (MN08) e desafiados três ou seis semanas após o reforço. Em um estudo subsequente, dois grupos vacinados com uma WIV-δ1H1N2 com duas doses da vacina em diferentes idades: a primeira dose com 4 ou 9 semanas de idade e o reforço com 7 ou 12 semanas de idade. E um grupo vacinado com uma vacina viva atenuada de influenza (LAIV). Os animais foram desafiados com H1N1pdm09 às 15 semanas de idade. Com exceção dos grupos MN08-CA09, LAIV e controles, todos os grupos WIV apresentaram lesões pulmonares consistentes com VAERD. Nenhum grupo induziu anticorpos neutralizantes para o H1N1pdm09, exceto MN08-CA09. No entanto, grupos vacinados com a WIV-MN08 em diferentes idades induziram anticorpos IgG não-neutralizantes com reatividade cruzada com o H1N1pdm09 no soro e no pulmão, comparado com LAIV e controles. Esses dados sugerem que a idade da primeira dose da vacina, a formulação com a vacina bivalente MN08-TX98 e o desafio seis semanas após o reforço vacinal, não preveniram o desenvolvimento de VAERD. Em contraste, a vacinação com a LAIV demonstrou proteção até oito semanas após reforço. No segundo manuscrito foi avaliado o impacto dos adjuvantes na formulação da WIV no modelo de VAERD. Cinco grupos foram vacinados com WIV-δ1H1N2 formuladas com diferentes adjuvantes comerciais: óleo em água 1 (OW1), OW2, nano-emulsão (NE), gel polímero (GP) e partículas imuno-estimulantes aquosa (IMP). O protocolo vacinal/desafio foi utilizado com três semanas de intervalo entre as doses. Os grupos vacinados com WIV-OW apresentaram lesões macroscópicas nos pulmões consistentes com VAERD comparado com WIV-NE, WIV-GP e controles. Nenhum dos grupos induziu anticorpos neutralizantes contra o vírus do desafio (H1N1pdm09). Similarmente, os grupos WIV-OW, WIV-NE e WIV-GP induziram anticorpos não neutralizantes IgG de reatividade cruzada contra o H1N1pdm09 no soro e pulmão. Apesar dos anticorpos não neutralizantes com reatividade cruzada nos grupos WIV-NE e WIV-GP, não apresentaram lesões pulmonares tão severas como os grupos OW. Além disso, os adjuvantes tiveram um papel significativo na imunogenicidade da WIV e no desenvolvimento de VAERD. / Whole inactivated virus (WIV) vaccines reduce clinical disease against homologous influenza A virus (IAV) infection and are widely used in swine; however, WIV has been associated with vaccine-associated enhanced respiratory disease (VAERD) when challenged with heterologous IAV of the same hemagglutinin subtype. Here, we evaluated the impact of age at vaccination and timing between vaccination and challenge on development of VAERD using a model with a human-like 1δ cluster swine MN08 H1N2 as the vaccine component and pandemic H1N1 (H1N1pdm09) virus as the challenge strain. Pigs were vaccinated with bivalent WIV vaccine containing H1N2-MN08/H3N2-TX98 or H1N2-MN08/H1N1pdm09-CA09. All groups were challenged with H1N1pdm09 at 3 weeks post-boost (wpb). In addition, a monovalent WIV MN08 H1N2 group was challenged at 6 wpb to determine if time post-vaccination played a role on VAERD. In a follow up study, we compared the time of first WIV vaccination (4 or 9 weeks of age) and the boost three weeks later (7 or 12 weeks of age) to determine if age at first vaccination or if 8 weeks duration between vaccination and challenge impacted VAERD. A live-attenuated influenza virus (LAIV) vaccine administered at 4 and 7 weeks of age was also included. Pigs from study 2 were challenged with H1N1pdm09 at 15 weeks of age. All mismatched WIV groups had significantly higher macroscopic and microscopic lung lesions compared with LAIV, bivalent MN08-CA09 and non-vaccinated challenge controls. These data suggest that the age of first vaccination or length of time between booster dose and subsequent challenge do not alter the development VAERD in WIV vaccinated pigs. In the second paper, we evaluated the impact of adjuvant in WIV vaccine on VAERD-affected pigs. Pigs were vaccinated with WIV containing swine MN08/H1N2 that were formulated with five different commercially available adjuvants: OW1, OW2, nano-emulsion (NE), gel polymer (GP), and aqueous immunostimulating particulate (IMP). Pigs were vaccinated with 2 doses, 3 weeks apart, by the intramuscular (WIV-OW1, -OW2, -NE, and -GP) or intranasal (WIV-IMP) routes. Non-vaccinated and challenged pigs (NV/C) and non-vaccinated, non-challenged pigs (NV/NC) were included as controls. Following challenge with H1N1pdm09, WIV-OW1 and WIV-OW2 groups had significantly higher percentages of macroscopic lung lesions consistent with VAERD compared to the NV/C controls, and in contrast to WIV-NE, WIV-GP and WIV-IMP. Prior to challenge, WIV-OW, NE and GP groups had the hemagglutination inhibition antibody (HI) titers to the vaccine strain compared with controls. The WIV-IMP group had HI mean titers below the positive cut-off, with no response to any immune parameter measured, so it could not be implicated or excluded in the VAERD model. None of the groups had cross-reactive HI antibodies against the H1N1pdm09. WIV-OW groups had significantly higher levels of IgG antibody in serum against homologous and heterologous virus; however, the WIV-NE and WIV-GP groups also had serum IgG antibody against both viruses, so presence of total virus IgG alone did not explain the different VAERD outcomes. Adjuvant played a significant role in WIV immunogenicity and in VAERD; however the mechanism requires further investigation.

Vacinas inativadas de vírus inteiro (WIV) são amplamente utilizadas para o controle de influenza A em suínos (SIV) nos Estados Unidos e Europa e conferem proteção contra cepas homólogas à vacina reduzindo a doença clínica. Porém, a proteção da WIV pode ser limitada contra um desafio heterólogo. O aumento da doença respiratória associado à vacina (VAERD) foi descrito em suínos vacinados com uma WIV contendo uma cepa δ1-cluster-H1N2 e desafiado com uma cepa heteróloga contendo a mesma hemaglutinina, H1N1pdm09. Nesse contexto, os suínos apresentaram pneumonia severa com aumento das lesões pulmonares associado ao uso da WIV. No primeiro manuscrito foi avaliado se a formulação da WIV, o tempo entre o reforço vacinal e o desafio, e a idade de vacinação tinham impacto em VAERD. Suínos foram vacinados com duas vacinas bivalentes, WIV-δ1H1N2/H3N2 (MN08-TX98) ou WIV-δ1H1N2/H1N1pdm09 (MN08-CA09), administradas em duas doses com intervalo de três semanas, e desfiados com H1N1pdm09, três semanas após o reforço. Além disso, dois grupos foram vacinados com uma WIV-δ1H1N2 (MN08) e desafiados três ou seis semanas após o reforço. Em um estudo subsequente, dois grupos vacinados com uma WIV-δ1H1N2 com duas doses da vacina em diferentes idades: a primeira dose com 4 ou 9 semanas de idade e o reforço com 7 ou 12 semanas de idade. E um grupo vacinado com uma vacina viva atenuada de influenza (LAIV). Os animais foram desafiados com H1N1pdm09 às 15 semanas de idade. Com exceção dos grupos MN08-CA09, LAIV e controles, todos os grupos WIV apresentaram lesões pulmonares consistentes com VAERD. Nenhum grupo induziu anticorpos neutralizantes para o H1N1pdm09, exceto MN08-CA09. No entanto, grupos vacinados com a WIV-MN08 em diferentes idades induziram anticorpos IgG não-neutralizantes com reatividade cruzada com o H1N1pdm09 no soro e no pulmão, comparado com LAIV e controles. Esses dados sugerem que a idade da primeira dose da vacina, a formulação com a vacina bivalente MN08-TX98 e o desafio seis semanas após o reforço vacinal, não preveniram o desenvolvimento de VAERD. Em contraste, a vacinação com a LAIV demonstrou proteção até oito semanas após reforço. No segundo manuscrito foi avaliado o impacto dos adjuvantes na formulação da WIV no modelo de VAERD. Cinco grupos foram vacinados com WIV-δ1H1N2 formuladas com diferentes adjuvantes comerciais: óleo em água 1 (OW1), OW2, nano-emulsão (NE), gel polímero (GP) e partículas imuno-estimulantes aquosa (IMP). O protocolo vacinal/desafio foi utilizado com três semanas de intervalo entre as doses. Os grupos vacinados com WIV-OW apresentaram lesões macroscópicas nos pulmões consistentes com VAERD comparado com WIV-NE, WIV-GP e controles. Nenhum dos grupos induziu anticorpos neutralizantes contra o vírus do desafio (H1N1pdm09). Similarmente, os grupos WIV-OW, WIV-NE e WIV-GP induziram anticorpos não neutralizantes IgG de reatividade cruzada contra o H1N1pdm09 no soro e pulmão. Apesar dos anticorpos não neutralizantes com reatividade cruzada nos grupos WIV-NE e WIV-GP, não apresentaram lesões pulmonares tão severas como os grupos OW. Além disso, os adjuvantes tiveram um papel significativo na imunogenicidade da WIV e no desenvolvimento de VAERD. / Whole inactivated virus (WIV) vaccines reduce clinical disease against homologous influenza A virus (IAV) infection and are widely used in swine; however, WIV has been associated with vaccine-associated enhanced respiratory disease (VAERD) when challenged with heterologous IAV of the same hemagglutinin subtype. Here, we evaluated the impact of age at vaccination and timing between vaccination and challenge on development of VAERD using a model with a human-like 1δ cluster swine MN08 H1N2 as the vaccine component and pandemic H1N1 (H1N1pdm09) virus as the challenge strain. Pigs were vaccinated with bivalent WIV vaccine containing H1N2-MN08/H3N2-TX98 or H1N2-MN08/H1N1pdm09-CA09. All groups were challenged with H1N1pdm09 at 3 weeks post-boost (wpb). In addition, a monovalent WIV MN08 H1N2 group was challenged at 6 wpb to determine if time post-vaccination played a role on VAERD. In a follow up study, we compared the time of first WIV vaccination (4 or 9 weeks of age) and the boost three weeks later (7 or 12 weeks of age) to determine if age at first vaccination or if 8 weeks duration between vaccination and challenge impacted VAERD. A live-attenuated influenza virus (LAIV) vaccine administered at 4 and 7 weeks of age was also included. Pigs from study 2 were challenged with H1N1pdm09 at 15 weeks of age. All mismatched WIV groups had significantly higher macroscopic and microscopic lung lesions compared with LAIV, bivalent MN08-CA09 and non-vaccinated challenge controls. These data suggest that the age of first vaccination or length of time between booster dose and subsequent challenge do not alter the development VAERD in WIV vaccinated pigs. In the second paper, we evaluated the impact of adjuvant in WIV vaccine on VAERD-affected pigs. Pigs were vaccinated with WIV containing swine MN08/H1N2 that were formulated with five different commercially available adjuvants: OW1, OW2, nano-emulsion (NE), gel polymer (GP), and aqueous immunostimulating particulate (IMP). Pigs were vaccinated with 2 doses, 3 weeks apart, by the intramuscular (WIV-OW1, -OW2, -NE, and -GP) or intranasal (WIV-IMP) routes. Non-vaccinated and challenged pigs (NV/C) and non-vaccinated, non-challenged pigs (NV/NC) were included as controls. Following challenge with H1N1pdm09, WIV-OW1 and WIV-OW2 groups had significantly higher percentages of macroscopic lung lesions consistent with VAERD compared to the NV/C controls, and in contrast to WIV-NE, WIV-GP and WIV-IMP. Prior to challenge, WIV-OW, NE and GP groups had the hemagglutination inhibition antibody (HI) titers to the vaccine strain compared with controls. The WIV-IMP group had HI mean titers below the positive cut-off, with no response to any immune parameter measured, so it could not be implicated or excluded in the VAERD model. None of the groups had cross-reactive HI antibodies against the H1N1pdm09. WIV-OW groups had significantly higher levels of IgG antibody in serum against homologous and heterologous virus; however, the WIV-NE and WIV-GP groups also had serum IgG antibody against both viruses, so presence of total virus IgG alone did not explain the different VAERD outcomes. Adjuvant played a significant role in WIV immunogenicity and in VAERD; however the mechanism requires further investigation.

O vírus influenza A (IAV) é um agente zoonótico de grande relevância tanto para saúde humana como animal. A influenza suína teve seu primeiro reconhecimento clínico em 1918, em suínos do Meio Oeste dos EUA, coincidindo com a pandemia de influenza em humanos. Desde então, o IAV permanece como um importante patógeno para a indústria suinícola em todo o mundo. A grande variabilidade genética destes vírus é causada por dois principais mecanismos genéticos: mutações pontuais e recombinações genéticas. A influenza é endêmica em muitos países e a emergências de recombinantes tem desafiado o controle e o diagnóstico desta enfermidade. No Brasil, a infecção pelo IAV em suínos (swIAV) não está bem caracterizada; poucos relatos evidenciam a prevalência deste agente antes do ano de 2009, especialmente no Estado do Rio Grande do Sul, que alberga um dos maiores rebanhos de suínos do Brasil. Em vista disso, este trabalho teve como objetivo investigar ocorrência de swIAV em alguns rebanhos suínos comerciais do Estado do Rio Grande do Sul, Brasil, no período de 2013-2014, e determinar os tipos e subtipos de vírus circulantes naquelas propriedades. O primeiro capítulo deste estudo reporta os aspectos clínicos, patológicos e virológicos da ocorrência de influenza suína e co-infecções identificadas em seis propriedades suinícolas selecionadas na região do Vale do Taquari. Neste estudo foram analisados suabes nasais coletados de 66 animais e 6 amostras de tecido pulmonar de suínos com sinais de infecção respiratória. A detecção viral foi feita através de uma PCR de triagem e confirmada através do isolamento viral em células MDCK. A identificação dos subtipos virais foi feita através de uma PCR em Tempo Real (rRT-PCR) para o subtipo A(H1N1)pdm09 ou através de uma PCR multiplex (RT-PCR) para outros subtipos de swIAV. A detecção de agentes bacterianos foi realizada apenas nas amostras de tecido pulmonar, através da pesquisa de genomas bacterianos por PCR. O subtipo A(H1N1)pdm09 foi identificado em 4/6 granjas e o subtipo H1N2 em 2/6 granjas. Além disso, agentes envolvidos no complexo respiratório dos suínos foram identificados em todas as granjas; Pasteurella multocida foi identificada em 5/6 granjas e Mycoplasma hyopneumoniae em 3/6 granjas. Actinobacillus pleuropneumoniae (1/6), Haemophilus parasuis (1/6) e PCV2 (1/6) também foram detectados. O segundo capítulo deste estudo teve como objetivo o sequenciamento do genoma completo de um novo recombinante H1N2 de origem humana, detectado em suínos. O genoma completo foi gerado através de uma RT-PCR. Os produtos foram purificados e submetidos ao sequenciamento utilizando a plataforma MiSeq (illumina). A análise filogenética revelou que as sequencias dos genes HA e NA correspondem a genes de IAV de origem humana, enquanto que as sequencias dos genes que codificam as proteínas internas do vírus (PB1, PB2, PA, NP, M e NS) correspondem a genes de amostras do vírus A(H1N1)pdm09. O terceiro capítulo reporta o sequenciamento completo dos genomas de 8 amostras de vírus influenza identificados nas populações de suínos amostradas. Foram identificados dois subtipos virais de origem humana (H1N2 e H3N2), além do vírus A(H1N1)pdm09. Os subtipos de origem humana possuem os genes HA e NA similares a vírus sazonais de humanos e os genes internos são estreitamente relacionados com o vírus A(H1N1)pdm09. / Influenza A virus (IAV) is a zoonotic agent of great relevance to human and animal health. Swine influenza was first recognized clinically in pigs in the Midwestern U.S., in 1918, coinciding with the human influenza pandemic. Since that time swine influenza has remained of importance to the swine industry throughout the world. The great genetic variability of influenza viruses is caused by two main genetic mechanisms: point mutations (antigenic drift) and gene reassortment (antigenic shift). Influenza is endemic in pigs in many countries and the emergence of new viruses has been challenging its control and diagnostics. Influenza virus (swIAV) infection in Brazilian swine population is not well characterized, and little evidence existed of swIAV circulation before 2009, especially in Rio Grande do Sul State, which hosts one of the largest swine populations in Brazil. Thus, this study aimed to investigate the occurrence of IAV in commercial swine herds in the state of Rio Grande do Sul, Brazil, between 2013-2014 and to know the types and subtypes of swine influenza viruses that are circulating in these herd. The first chapter of this study reports the clinical, pathological and virological aspects of the occurrence of swine influenza and related co-infections in six pig properties of the Taquari Valley region. In this study were analyzed nasal swabs collected from 66 animals and six lung tissue samples from pigs showing clinical signs of respiratory disease. IAV detection was performed by PCR screening and confirmed by virus isolation in MDCK cells and hemagglutination (HA). Influenza A subtyping was performed by real-time reverse transcription PCR (rRT-PCR) to detect the 2009 H1N1pandemic A(H1N1)pdm09; other swIAV subtypes were identifieded by multiplex RT-PCR. Bacterial infections were identified through detection of bacterial genomes by PCR, only in lung samples. Influenza A was detected by screening PCR in 46/66 swab samples and from 5/6 lungs. Virus was recovered from pigs of the six herds. Subtype A(H1N1)pdm09 was detected in 4/6 herds and H1N2 in the other 2/6 herds. In lung tissues, further agents involved in porcine respiratory disease complex were detected in all cases; Pasteurella multocida was identified in 5/6 samples and Mycoplasma hyopneumoniae in 3/6. Actinobacillus pleuropneumoniae (1/6), Haemophilus parasuis (1/6) and PCV2 (1/6) were also detected. The aim of the second chapter was to sequence the whole-genome of a novel human-like H1N2 swine influenza virus. Wholegenome sequences were generated by RT-PCR. Amplicons were purified followed by sequencing in the MiSeq sequencing platform (Illumina). Phylogenetic analyses revealed that the HA and NA genes clustered with influenza viruses of human lineage, whereas the internal genes (PB1, PB2, PA, NP, M and NS) clustered with the A(H1N1)pdm09. The third chapter reports the genetic sequencing of the full genomes of eight swine influenza viruses circulating in the sampled pig population. Two swine human-like subtypes (H1N2 and H3N2) and the A(H1N1)pdm09 virus were identified. The human-like subtypes have the HA and NA genes similar to the human seasonal strains and the internal genes are closely related to the virus A(H1N1)pdm09.

O vírus influenza A (IAV) é um agente zoonótico de grande relevância tanto para saúde humana como animal. A influenza suína teve seu primeiro reconhecimento clínico em 1918, em suínos do Meio Oeste dos EUA, coincidindo com a pandemia de influenza em humanos. Desde então, o IAV permanece como um importante patógeno para a indústria suinícola em todo o mundo. A grande variabilidade genética destes vírus é causada por dois principais mecanismos genéticos: mutações pontuais e recombinações genéticas. A influenza é endêmica em muitos países e a emergências de recombinantes tem desafiado o controle e o diagnóstico desta enfermidade. No Brasil, a infecção pelo IAV em suínos (swIAV) não está bem caracterizada; poucos relatos evidenciam a prevalência deste agente antes do ano de 2009, especialmente no Estado do Rio Grande do Sul, que alberga um dos maiores rebanhos de suínos do Brasil. Em vista disso, este trabalho teve como objetivo investigar ocorrência de swIAV em alguns rebanhos suínos comerciais do Estado do Rio Grande do Sul, Brasil, no período de 2013-2014, e determinar os tipos e subtipos de vírus circulantes naquelas propriedades. O primeiro capítulo deste estudo reporta os aspectos clínicos, patológicos e virológicos da ocorrência de influenza suína e co-infecções identificadas em seis propriedades suinícolas selecionadas na região do Vale do Taquari. Neste estudo foram analisados suabes nasais coletados de 66 animais e 6 amostras de tecido pulmonar de suínos com sinais de infecção respiratória. A detecção viral foi feita através de uma PCR de triagem e confirmada através do isolamento viral em células MDCK. A identificação dos subtipos virais foi feita através de uma PCR em Tempo Real (rRT-PCR) para o subtipo A(H1N1)pdm09 ou através de uma PCR multiplex (RT-PCR) para outros subtipos de swIAV. A detecção de agentes bacterianos foi realizada apenas nas amostras de tecido pulmonar, através da pesquisa de genomas bacterianos por PCR. O subtipo A(H1N1)pdm09 foi identificado em 4/6 granjas e o subtipo H1N2 em 2/6 granjas. Além disso, agentes envolvidos no complexo respiratório dos suínos foram identificados em todas as granjas; Pasteurella multocida foi identificada em 5/6 granjas e Mycoplasma hyopneumoniae em 3/6 granjas. Actinobacillus pleuropneumoniae (1/6), Haemophilus parasuis (1/6) e PCV2 (1/6) também foram detectados. O segundo capítulo deste estudo teve como objetivo o sequenciamento do genoma completo de um novo recombinante H1N2 de origem humana, detectado em suínos. O genoma completo foi gerado através de uma RT-PCR. Os produtos foram purificados e submetidos ao sequenciamento utilizando a plataforma MiSeq (illumina). A análise filogenética revelou que as sequencias dos genes HA e NA correspondem a genes de IAV de origem humana, enquanto que as sequencias dos genes que codificam as proteínas internas do vírus (PB1, PB2, PA, NP, M e NS) correspondem a genes de amostras do vírus A(H1N1)pdm09. O terceiro capítulo reporta o sequenciamento completo dos genomas de 8 amostras de vírus influenza identificados nas populações de suínos amostradas. Foram identificados dois subtipos virais de origem humana (H1N2 e H3N2), além do vírus A(H1N1)pdm09. Os subtipos de origem humana possuem os genes HA e NA similares a vírus sazonais de humanos e os genes internos são estreitamente relacionados com o vírus A(H1N1)pdm09. / Influenza A virus (IAV) is a zoonotic agent of great relevance to human and animal health. Swine influenza was first recognized clinically in pigs in the Midwestern U.S., in 1918, coinciding with the human influenza pandemic. Since that time swine influenza has remained of importance to the swine industry throughout the world. The great genetic variability of influenza viruses is caused by two main genetic mechanisms: point mutations (antigenic drift) and gene reassortment (antigenic shift). Influenza is endemic in pigs in many countries and the emergence of new viruses has been challenging its control and diagnostics. Influenza virus (swIAV) infection in Brazilian swine population is not well characterized, and little evidence existed of swIAV circulation before 2009, especially in Rio Grande do Sul State, which hosts one of the largest swine populations in Brazil. Thus, this study aimed to investigate the occurrence of IAV in commercial swine herds in the state of Rio Grande do Sul, Brazil, between 2013-2014 and to know the types and subtypes of swine influenza viruses that are circulating in these herd. The first chapter of this study reports the clinical, pathological and virological aspects of the occurrence of swine influenza and related co-infections in six pig properties of the Taquari Valley region. In this study were analyzed nasal swabs collected from 66 animals and six lung tissue samples from pigs showing clinical signs of respiratory disease. IAV detection was performed by PCR screening and confirmed by virus isolation in MDCK cells and hemagglutination (HA). Influenza A subtyping was performed by real-time reverse transcription PCR (rRT-PCR) to detect the 2009 H1N1pandemic A(H1N1)pdm09; other swIAV subtypes were identifieded by multiplex RT-PCR. Bacterial infections were identified through detection of bacterial genomes by PCR, only in lung samples. Influenza A was detected by screening PCR in 46/66 swab samples and from 5/6 lungs. Virus was recovered from pigs of the six herds. Subtype A(H1N1)pdm09 was detected in 4/6 herds and H1N2 in the other 2/6 herds. In lung tissues, further agents involved in porcine respiratory disease complex were detected in all cases; Pasteurella multocida was identified in 5/6 samples and Mycoplasma hyopneumoniae in 3/6. Actinobacillus pleuropneumoniae (1/6), Haemophilus parasuis (1/6) and PCV2 (1/6) were also detected. The aim of the second chapter was to sequence the whole-genome of a novel human-like H1N2 swine influenza virus. Wholegenome sequences were generated by RT-PCR. Amplicons were purified followed by sequencing in the MiSeq sequencing platform (Illumina). Phylogenetic analyses revealed that the HA and NA genes clustered with influenza viruses of human lineage, whereas the internal genes (PB1, PB2, PA, NP, M and NS) clustered with the A(H1N1)pdm09. The third chapter reports the genetic sequencing of the full genomes of eight swine influenza viruses circulating in the sampled pig population. Two swine human-like subtypes (H1N2 and H3N2) and the A(H1N1)pdm09 virus were identified. The human-like subtypes have the HA and NA genes similar to the human seasonal strains and the internal genes are closely related to the virus A(H1N1)pdm09.

O vírus influenza A (IAV) é um agente zoonótico de grande relevância tanto para saúde humana como animal. A influenza suína teve seu primeiro reconhecimento clínico em 1918, em suínos do Meio Oeste dos EUA, coincidindo com a pandemia de influenza em humanos. Desde então, o IAV permanece como um importante patógeno para a indústria suinícola em todo o mundo. A grande variabilidade genética destes vírus é causada por dois principais mecanismos genéticos: mutações pontuais e recombinações genéticas. A influenza é endêmica em muitos países e a emergências de recombinantes tem desafiado o controle e o diagnóstico desta enfermidade. No Brasil, a infecção pelo IAV em suínos (swIAV) não está bem caracterizada; poucos relatos evidenciam a prevalência deste agente antes do ano de 2009, especialmente no Estado do Rio Grande do Sul, que alberga um dos maiores rebanhos de suínos do Brasil. Em vista disso, este trabalho teve como objetivo investigar ocorrência de swIAV em alguns rebanhos suínos comerciais do Estado do Rio Grande do Sul, Brasil, no período de 2013-2014, e determinar os tipos e subtipos de vírus circulantes naquelas propriedades. O primeiro capítulo deste estudo reporta os aspectos clínicos, patológicos e virológicos da ocorrência de influenza suína e co-infecções identificadas em seis propriedades suinícolas selecionadas na região do Vale do Taquari. Neste estudo foram analisados suabes nasais coletados de 66 animais e 6 amostras de tecido pulmonar de suínos com sinais de infecção respiratória. A detecção viral foi feita através de uma PCR de triagem e confirmada através do isolamento viral em células MDCK. A identificação dos subtipos virais foi feita através de uma PCR em Tempo Real (rRT-PCR) para o subtipo A(H1N1)pdm09 ou através de uma PCR multiplex (RT-PCR) para outros subtipos de swIAV. A detecção de agentes bacterianos foi realizada apenas nas amostras de tecido pulmonar, através da pesquisa de genomas bacterianos por PCR. O subtipo A(H1N1)pdm09 foi identificado em 4/6 granjas e o subtipo H1N2 em 2/6 granjas. Além disso, agentes envolvidos no complexo respiratório dos suínos foram identificados em todas as granjas; Pasteurella multocida foi identificada em 5/6 granjas e Mycoplasma hyopneumoniae em 3/6 granjas. Actinobacillus pleuropneumoniae (1/6), Haemophilus parasuis (1/6) e PCV2 (1/6) também foram detectados. O segundo capítulo deste estudo teve como objetivo o sequenciamento do genoma completo de um novo recombinante H1N2 de origem humana, detectado em suínos. O genoma completo foi gerado através de uma RT-PCR. Os produtos foram purificados e submetidos ao sequenciamento utilizando a plataforma MiSeq (illumina). A análise filogenética revelou que as sequencias dos genes HA e NA correspondem a genes de IAV de origem humana, enquanto que as sequencias dos genes que codificam as proteínas internas do vírus (PB1, PB2, PA, NP, M e NS) correspondem a genes de amostras do vírus A(H1N1)pdm09. O terceiro capítulo reporta o sequenciamento completo dos genomas de 8 amostras de vírus influenza identificados nas populações de suínos amostradas. Foram identificados dois subtipos virais de origem humana (H1N2 e H3N2), além do vírus A(H1N1)pdm09. Os subtipos de origem humana possuem os genes HA e NA similares a vírus sazonais de humanos e os genes internos são estreitamente relacionados com o vírus A(H1N1)pdm09. / Influenza A virus (IAV) is a zoonotic agent of great relevance to human and animal health. Swine influenza was first recognized clinically in pigs in the Midwestern U.S., in 1918, coinciding with the human influenza pandemic. Since that time swine influenza has remained of importance to the swine industry throughout the world. The great genetic variability of influenza viruses is caused by two main genetic mechanisms: point mutations (antigenic drift) and gene reassortment (antigenic shift). Influenza is endemic in pigs in many countries and the emergence of new viruses has been challenging its control and diagnostics. Influenza virus (swIAV) infection in Brazilian swine population is not well characterized, and little evidence existed of swIAV circulation before 2009, especially in Rio Grande do Sul State, which hosts one of the largest swine populations in Brazil. Thus, this study aimed to investigate the occurrence of IAV in commercial swine herds in the state of Rio Grande do Sul, Brazil, between 2013-2014 and to know the types and subtypes of swine influenza viruses that are circulating in these herd. The first chapter of this study reports the clinical, pathological and virological aspects of the occurrence of swine influenza and related co-infections in six pig properties of the Taquari Valley region. In this study were analyzed nasal swabs collected from 66 animals and six lung tissue samples from pigs showing clinical signs of respiratory disease. IAV detection was performed by PCR screening and confirmed by virus isolation in MDCK cells and hemagglutination (HA). Influenza A subtyping was performed by real-time reverse transcription PCR (rRT-PCR) to detect the 2009 H1N1pandemic A(H1N1)pdm09; other swIAV subtypes were identifieded by multiplex RT-PCR. Bacterial infections were identified through detection of bacterial genomes by PCR, only in lung samples. Influenza A was detected by screening PCR in 46/66 swab samples and from 5/6 lungs. Virus was recovered from pigs of the six herds. Subtype A(H1N1)pdm09 was detected in 4/6 herds and H1N2 in the other 2/6 herds. In lung tissues, further agents involved in porcine respiratory disease complex were detected in all cases; Pasteurella multocida was identified in 5/6 samples and Mycoplasma hyopneumoniae in 3/6. Actinobacillus pleuropneumoniae (1/6), Haemophilus parasuis (1/6) and PCV2 (1/6) were also detected. The aim of the second chapter was to sequence the whole-genome of a novel human-like H1N2 swine influenza virus. Wholegenome sequences were generated by RT-PCR. Amplicons were purified followed by sequencing in the MiSeq sequencing platform (Illumina). Phylogenetic analyses revealed that the HA and NA genes clustered with influenza viruses of human lineage, whereas the internal genes (PB1, PB2, PA, NP, M and NS) clustered with the A(H1N1)pdm09. The third chapter reports the genetic sequencing of the full genomes of eight swine influenza viruses circulating in the sampled pig population. Two swine human-like subtypes (H1N2 and H3N2) and the A(H1N1)pdm09 virus were identified. The human-like subtypes have the HA and NA genes similar to the human seasonal strains and the internal genes are closely related to the virus A(H1N1)pdm09.