A presente dissertação versou sobre o parvovírus suíno (PPV) onde, em um primeiro trabalho foi realizado o diagnóstico do PPV em leitões (saudáveis e refugos) e em fêmeas (de distintas ordens de parto) através de nested-PCR do soro. Os títulos de anticorpos das fêmeas foram determinados por Inibição da Hemaglutinação (HI) e comparados com os resultados da nested-PCR. A nested-PCR obteve resultados positivos em amostras de todas as categorias analisadas: leitões saudáveis (15,7% de animais positivos), leitões refugos (18,2%) e fêmeas (17,8%). Os índices de reprodutoras positivas para as distintas ordens de parto foram de 20,8%, 8,7%, 12,5%, 27,3%, 20,8% e 15,0% para as ordens de parto 1, 2, 3, 4, 5 e>= 6, respectivamente. Através da HI, 84,7% dos soros possuiam anticorpos para PPV. Os títulos nas distintas ordens de parto foram de 2142,7 (8,7), 2403,1 (9,8), 2250,0 (9,9), 2952,2 (10,6), 2600,3 (9,8) e 2154,7 (9,7) para as ordens de parto 1, 2, 3, 4, 5 e>= 6 respectivamente (log2X entre parênteses). Não houve correlação estatisticamente significativa entre os resultados da nested-PCR e os títulos de HI. Ao contrário do que era esperado, fêmeas com altos títulos de anticorpos possuiam DNA do vírus na circulação. No segundo trabalho, foram estudas seqüências da porção VP1/VP2 de PPV retiradas do GenBank, juntamente com cinco amostras seqüenciadas no presente estudo. A análise foi realizada quanto à presença de determinados aminoácidos e através de filogenia. Como resultados, o seqüenciamento revelou que duas das novas amostras (S30 e S31) apresentavam modificações em regiões consideradas importantes para a virulência do PPV. Entre estas, destaca-se a modificação no sitio 586, com a presença do aminoácido Thr. A análise filogenética demonstrou que as seqüências de PPV se dividem em dois grupamentos, porém com apenas um grupamento bem definido. Por último, o relógio molecular revelou que a separação dos dois grupos ocorreu há 2890 anos e a divisão dos sub-grupamentos mais recentes ocorreu nos últimos três séculos. / The present dissertation studied porcine parvovirus (PPV) and the first part describes the diagnosis of PPV in piglets sera (healthy and attrition) and females (with distinct parity orders. through nested-PCR. The antibody titers from females were analized by Hemoaglutination Inhibition and compared with the results from the nested-PCR. The nested-PCR results displayed positive animals in all sampled categories: healthy piglets (15.7% of positive animals), attrition piglets (18.2%) and females (17.8%). The results for the distinct parities orders were 20.8%, 8.7%, 12.5%, 27.3%, 20.8% and 15.0% for the pariy orders 1, 2, 3, 4, 5 and>= 6, respectively. The HI test detected 84.7% of the females positive to PPV. The titers in the distinct orders were 2142.7 (8.7), 2403.1 (9.8), 2250.0 (9.9), 2952.2 (10.6), 2600.3 (9.8) and 2154.7 (9.7) to the parity orders 1, 2, 3, 4, 5 and>= 6 respectively (log2X in parenthesis). No statically correlation was evidenced between the nested-PCR and the HI titers. Curiously, females with high antibody titers displayed the viral DNA in their circulation. In the second part, sequences of the PPV region VP1/VP2 were retrieved from GenBank, together with five samples sequenced in the present study. The analysis was performed by identifying the presence of specific aminoacids and by phylogeny. The sequenced samples displayed the presence of important aminoacids substitutions, including Thr in the 586 site in two samples (S30 and S31). The phylogenetic analysis revealed two clusters among the PPV sequences. However, only one cluster displayed a high definition. The molecular clock displayed that the separation between the two main clusters occurred 2890 years ago, and the separation between the most recent sub-clusters happened in the last 300 years.

A presente dissertação versou sobre o parvovírus suíno (PPV) onde, em um primeiro trabalho foi realizado o diagnóstico do PPV em leitões (saudáveis e refugos) e em fêmeas (de distintas ordens de parto) através de nested-PCR do soro. Os títulos de anticorpos das fêmeas foram determinados por Inibição da Hemaglutinação (HI) e comparados com os resultados da nested-PCR. A nested-PCR obteve resultados positivos em amostras de todas as categorias analisadas: leitões saudáveis (15,7% de animais positivos), leitões refugos (18,2%) e fêmeas (17,8%). Os índices de reprodutoras positivas para as distintas ordens de parto foram de 20,8%, 8,7%, 12,5%, 27,3%, 20,8% e 15,0% para as ordens de parto 1, 2, 3, 4, 5 e>= 6, respectivamente. Através da HI, 84,7% dos soros possuiam anticorpos para PPV. Os títulos nas distintas ordens de parto foram de 2142,7 (8,7), 2403,1 (9,8), 2250,0 (9,9), 2952,2 (10,6), 2600,3 (9,8) e 2154,7 (9,7) para as ordens de parto 1, 2, 3, 4, 5 e>= 6 respectivamente (log2X entre parênteses). Não houve correlação estatisticamente significativa entre os resultados da nested-PCR e os títulos de HI. Ao contrário do que era esperado, fêmeas com altos títulos de anticorpos possuiam DNA do vírus na circulação. No segundo trabalho, foram estudas seqüências da porção VP1/VP2 de PPV retiradas do GenBank, juntamente com cinco amostras seqüenciadas no presente estudo. A análise foi realizada quanto à presença de determinados aminoácidos e através de filogenia. Como resultados, o seqüenciamento revelou que duas das novas amostras (S30 e S31) apresentavam modificações em regiões consideradas importantes para a virulência do PPV. Entre estas, destaca-se a modificação no sitio 586, com a presença do aminoácido Thr. A análise filogenética demonstrou que as seqüências de PPV se dividem em dois grupamentos, porém com apenas um grupamento bem definido. Por último, o relógio molecular revelou que a separação dos dois grupos ocorreu há 2890 anos e a divisão dos sub-grupamentos mais recentes ocorreu nos últimos três séculos. / The present dissertation studied porcine parvovirus (PPV) and the first part describes the diagnosis of PPV in piglets sera (healthy and attrition) and females (with distinct parity orders. through nested-PCR. The antibody titers from females were analized by Hemoaglutination Inhibition and compared with the results from the nested-PCR. The nested-PCR results displayed positive animals in all sampled categories: healthy piglets (15.7% of positive animals), attrition piglets (18.2%) and females (17.8%). The results for the distinct parities orders were 20.8%, 8.7%, 12.5%, 27.3%, 20.8% and 15.0% for the pariy orders 1, 2, 3, 4, 5 and>= 6, respectively. The HI test detected 84.7% of the females positive to PPV. The titers in the distinct orders were 2142.7 (8.7), 2403.1 (9.8), 2250.0 (9.9), 2952.2 (10.6), 2600.3 (9.8) and 2154.7 (9.7) to the parity orders 1, 2, 3, 4, 5 and>= 6 respectively (log2X in parenthesis). No statically correlation was evidenced between the nested-PCR and the HI titers. Curiously, females with high antibody titers displayed the viral DNA in their circulation. In the second part, sequences of the PPV region VP1/VP2 were retrieved from GenBank, together with five samples sequenced in the present study. The analysis was performed by identifying the presence of specific aminoacids and by phylogeny. The sequenced samples displayed the presence of important aminoacids substitutions, including Thr in the 586 site in two samples (S30 and S31). The phylogenetic analysis revealed two clusters among the PPV sequences. However, only one cluster displayed a high definition. The molecular clock displayed that the separation between the two main clusters occurred 2890 years ago, and the separation between the most recent sub-clusters happened in the last 300 years.

A presente dissertação versou sobre o parvovírus suíno (PPV) onde, em um primeiro trabalho foi realizado o diagnóstico do PPV em leitões (saudáveis e refugos) e em fêmeas (de distintas ordens de parto) através de nested-PCR do soro. Os títulos de anticorpos das fêmeas foram determinados por Inibição da Hemaglutinação (HI) e comparados com os resultados da nested-PCR. A nested-PCR obteve resultados positivos em amostras de todas as categorias analisadas: leitões saudáveis (15,7% de animais positivos), leitões refugos (18,2%) e fêmeas (17,8%). Os índices de reprodutoras positivas para as distintas ordens de parto foram de 20,8%, 8,7%, 12,5%, 27,3%, 20,8% e 15,0% para as ordens de parto 1, 2, 3, 4, 5 e>= 6, respectivamente. Através da HI, 84,7% dos soros possuiam anticorpos para PPV. Os títulos nas distintas ordens de parto foram de 2142,7 (8,7), 2403,1 (9,8), 2250,0 (9,9), 2952,2 (10,6), 2600,3 (9,8) e 2154,7 (9,7) para as ordens de parto 1, 2, 3, 4, 5 e>= 6 respectivamente (log2X entre parênteses). Não houve correlação estatisticamente significativa entre os resultados da nested-PCR e os títulos de HI. Ao contrário do que era esperado, fêmeas com altos títulos de anticorpos possuiam DNA do vírus na circulação. No segundo trabalho, foram estudas seqüências da porção VP1/VP2 de PPV retiradas do GenBank, juntamente com cinco amostras seqüenciadas no presente estudo. A análise foi realizada quanto à presença de determinados aminoácidos e através de filogenia. Como resultados, o seqüenciamento revelou que duas das novas amostras (S30 e S31) apresentavam modificações em regiões consideradas importantes para a virulência do PPV. Entre estas, destaca-se a modificação no sitio 586, com a presença do aminoácido Thr. A análise filogenética demonstrou que as seqüências de PPV se dividem em dois grupamentos, porém com apenas um grupamento bem definido. Por último, o relógio molecular revelou que a separação dos dois grupos ocorreu há 2890 anos e a divisão dos sub-grupamentos mais recentes ocorreu nos últimos três séculos. / The present dissertation studied porcine parvovirus (PPV) and the first part describes the diagnosis of PPV in piglets sera (healthy and attrition) and females (with distinct parity orders. through nested-PCR. The antibody titers from females were analized by Hemoaglutination Inhibition and compared with the results from the nested-PCR. The nested-PCR results displayed positive animals in all sampled categories: healthy piglets (15.7% of positive animals), attrition piglets (18.2%) and females (17.8%). The results for the distinct parities orders were 20.8%, 8.7%, 12.5%, 27.3%, 20.8% and 15.0% for the pariy orders 1, 2, 3, 4, 5 and>= 6, respectively. The HI test detected 84.7% of the females positive to PPV. The titers in the distinct orders were 2142.7 (8.7), 2403.1 (9.8), 2250.0 (9.9), 2952.2 (10.6), 2600.3 (9.8) and 2154.7 (9.7) to the parity orders 1, 2, 3, 4, 5 and>= 6 respectively (log2X in parenthesis). No statically correlation was evidenced between the nested-PCR and the HI titers. Curiously, females with high antibody titers displayed the viral DNA in their circulation. In the second part, sequences of the PPV region VP1/VP2 were retrieved from GenBank, together with five samples sequenced in the present study. The analysis was performed by identifying the presence of specific aminoacids and by phylogeny. The sequenced samples displayed the presence of important aminoacids substitutions, including Thr in the 586 site in two samples (S30 and S31). The phylogenetic analysis revealed two clusters among the PPV sequences. However, only one cluster displayed a high definition. The molecular clock displayed that the separation between the two main clusters occurred 2890 years ago, and the separation between the most recent sub-clusters happened in the last 300 years.

Com os avanços recentes nos métodos de detecção de patógenos, a importância das doenças polimicrobianas tornou-se mais evidente e a identificação de interações de patógenos e seus mecanismos de potenciação de enfermidades se tornou um tema de grande interesse. O circovírus suíno tipo 2 (PCV2) está associado a várias síndromes, tais como a síndrome multissistêmica do definhamento dos suínos (SMDS), a síndrome da dermatite e nefropatia dos suínos (SDNS), o complexo das doenças respiratórias dos suínos (CDRS), falhas reprodutivas e tremores congênitos, coletivamente chamadas “doenças associadas ao circovírus suíno tipo 2” (PCVAD), e que, além do PCV2, podem apresentar diferentes graus de envolvimento de outros agentes. Dentre estas, a SMDS é a que apresenta maior impacto na cadeia produtiva de suínos. Sendo a SMDS uma doença multifatorial e polimicrobiana, estudos buscando identificar associações do PCV2 com outros patógenos são importantes. No presente trabalho foram desenvolvidos ensaios moleculares para a detecção de alguns agentes cuja potencial participação nas PCVAD não havia ainda sido estudada com maior profundidade. Dessa forma, o citomegalovírus suíno (PCMV) e os recém-identificados bocavírus suínos do tipo 1, 2, 3 e 4 (PBoV1-4) foram pesquisados em amostras de animais afetados ou não pela SMDS, em diferentes faixas etárias. O PCMV foi detectado em altas taxas em ambos os grupos de animais, afetados ou não pela SMDS, sendo que nenhum tipo de associação com a SMDS pode ser inferida quanto à detecção de genomas de PCMV e o desenvolvimento da síndrome. A detecção de genomas de PBoV2 e 3 foi associada com animais afetados pela SMDS, enquanto nenhum tipo de associação foi inferida com a detecção de genomas de PBoV1 e do PBoV4. Animais afetados pela síndrome apresentam frequência de detecção e carga viral de PBoV2 significantemente superior à frequência encontrada em animais saudáveis com idade equivalente, revelando uma associação positiva entre PBoV2 e a SMDS. Por outro lado, animais adultos possuem uma carga viral significativamente superior a dos animais jovens sem sinais clínicos de SMDS. Os resultados obtidos possibilitaram detectar, pela primeira vez, os quatro tipos PBoV em amostras de suínos no Brasil. Paralelamente, esse estudo mostrou, pela primeira vez, a presença de genomas circulantes de PBoV1, PBoV2 e PBoV4 em animais adultos clinicamente saudáveis. Além disso, permitiu sugerir uma possível associação entre SMDS e PBoV2 e PBoV3, mostrando que mais estudos devem ser realizados para elucidar tal associação. / With recent advances in pathogen detection methods, the importance of polymicrobial diseases has become more evident, and identification of pathogen interactions and their disease potentiation mechanisms has become a topic of great interest. The porcine circovirus type 2 (PCV2) is associated with several syndromes, such as Postweaning multisystemic wasting syndrome (PMWS), Porcine dermatitis and nephropathy syndrome (PDNS), Porcine respiratory disease complex (PRDC), reproductive failures and congenital tremors, collectively called "Porcine circovirus type 2 associated diseases" (PCVAD), that beyond PCV2, may have different degrees of involvement of other agents. Among these, PMWS have the main impact on pig production chain. As PMWS is a multifactorial and polymicrobial disease, studies attempting to identify associations of PCV2 with other pathogens are important. In the present work, we developed molecular assays for detection of some agents whose potential role in PCVAD had not yet been studied in greater depth. Thus, porcine cytomegalovirus (PCMV) and newly identified porcine bocavirus type 1, 2, 3 and 4 (PBoV1-4) were investigated in samples of animals with or without PMWS, in different age groups. PCMV was detected at high rates in both groups of animals, and any type of association with PMWS could be inferred regarding detection of PCMV genomes and syndrome development. The PBoV2 and PBoV3 genomes detection was associated with animals affected by PMWS, while no association could be inferred from detection of genomes PBoV1 and PBoV4. Animals affected by the syndrome had significantly higher PBoV2 frequency of detection and viral load than the healthy animals with equivalent age, showing a positive association between PBoV2 and PMWS. Moreover, adult animals had significantly higher viral load than young animals without clinical signs of PMWS. Obtained results showed, for the first time, the four types of PBoV in Brazilian pig samples and the presence of circulating genomes of PBoV1, PBoV2 and PBoV4 in clinically healthy adult animals. It also allowed suggesting a possible association between PBoV2 and PBoV3 with PMWS, showing that more studies are needed to elucidate this association.

Com os avanços recentes nos métodos de detecção de patógenos, a importância das doenças polimicrobianas tornou-se mais evidente e a identificação de interações de patógenos e seus mecanismos de potenciação de enfermidades se tornou um tema de grande interesse. O circovírus suíno tipo 2 (PCV2) está associado a várias síndromes, tais como a síndrome multissistêmica do definhamento dos suínos (SMDS), a síndrome da dermatite e nefropatia dos suínos (SDNS), o complexo das doenças respiratórias dos suínos (CDRS), falhas reprodutivas e tremores congênitos, coletivamente chamadas “doenças associadas ao circovírus suíno tipo 2” (PCVAD), e que, além do PCV2, podem apresentar diferentes graus de envolvimento de outros agentes. Dentre estas, a SMDS é a que apresenta maior impacto na cadeia produtiva de suínos. Sendo a SMDS uma doença multifatorial e polimicrobiana, estudos buscando identificar associações do PCV2 com outros patógenos são importantes. No presente trabalho foram desenvolvidos ensaios moleculares para a detecção de alguns agentes cuja potencial participação nas PCVAD não havia ainda sido estudada com maior profundidade. Dessa forma, o citomegalovírus suíno (PCMV) e os recém-identificados bocavírus suínos do tipo 1, 2, 3 e 4 (PBoV1-4) foram pesquisados em amostras de animais afetados ou não pela SMDS, em diferentes faixas etárias. O PCMV foi detectado em altas taxas em ambos os grupos de animais, afetados ou não pela SMDS, sendo que nenhum tipo de associação com a SMDS pode ser inferida quanto à detecção de genomas de PCMV e o desenvolvimento da síndrome. A detecção de genomas de PBoV2 e 3 foi associada com animais afetados pela SMDS, enquanto nenhum tipo de associação foi inferida com a detecção de genomas de PBoV1 e do PBoV4. Animais afetados pela síndrome apresentam frequência de detecção e carga viral de PBoV2 significantemente superior à frequência encontrada em animais saudáveis com idade equivalente, revelando uma associação positiva entre PBoV2 e a SMDS. Por outro lado, animais adultos possuem uma carga viral significativamente superior a dos animais jovens sem sinais clínicos de SMDS. Os resultados obtidos possibilitaram detectar, pela primeira vez, os quatro tipos PBoV em amostras de suínos no Brasil. Paralelamente, esse estudo mostrou, pela primeira vez, a presença de genomas circulantes de PBoV1, PBoV2 e PBoV4 em animais adultos clinicamente saudáveis. Além disso, permitiu sugerir uma possível associação entre SMDS e PBoV2 e PBoV3, mostrando que mais estudos devem ser realizados para elucidar tal associação. / With recent advances in pathogen detection methods, the importance of polymicrobial diseases has become more evident, and identification of pathogen interactions and their disease potentiation mechanisms has become a topic of great interest. The porcine circovirus type 2 (PCV2) is associated with several syndromes, such as Postweaning multisystemic wasting syndrome (PMWS), Porcine dermatitis and nephropathy syndrome (PDNS), Porcine respiratory disease complex (PRDC), reproductive failures and congenital tremors, collectively called "Porcine circovirus type 2 associated diseases" (PCVAD), that beyond PCV2, may have different degrees of involvement of other agents. Among these, PMWS have the main impact on pig production chain. As PMWS is a multifactorial and polymicrobial disease, studies attempting to identify associations of PCV2 with other pathogens are important. In the present work, we developed molecular assays for detection of some agents whose potential role in PCVAD had not yet been studied in greater depth. Thus, porcine cytomegalovirus (PCMV) and newly identified porcine bocavirus type 1, 2, 3 and 4 (PBoV1-4) were investigated in samples of animals with or without PMWS, in different age groups. PCMV was detected at high rates in both groups of animals, and any type of association with PMWS could be inferred regarding detection of PCMV genomes and syndrome development. The PBoV2 and PBoV3 genomes detection was associated with animals affected by PMWS, while no association could be inferred from detection of genomes PBoV1 and PBoV4. Animals affected by the syndrome had significantly higher PBoV2 frequency of detection and viral load than the healthy animals with equivalent age, showing a positive association between PBoV2 and PMWS. Moreover, adult animals had significantly higher viral load than young animals without clinical signs of PMWS. Obtained results showed, for the first time, the four types of PBoV in Brazilian pig samples and the presence of circulating genomes of PBoV1, PBoV2 and PBoV4 in clinically healthy adult animals. It also allowed suggesting a possible association between PBoV2 and PBoV3 with PMWS, showing that more studies are needed to elucidate this association.

Com os avanços recentes nos métodos de detecção de patógenos, a importância das doenças polimicrobianas tornou-se mais evidente e a identificação de interações de patógenos e seus mecanismos de potenciação de enfermidades se tornou um tema de grande interesse. O circovírus suíno tipo 2 (PCV2) está associado a várias síndromes, tais como a síndrome multissistêmica do definhamento dos suínos (SMDS), a síndrome da dermatite e nefropatia dos suínos (SDNS), o complexo das doenças respiratórias dos suínos (CDRS), falhas reprodutivas e tremores congênitos, coletivamente chamadas “doenças associadas ao circovírus suíno tipo 2” (PCVAD), e que, além do PCV2, podem apresentar diferentes graus de envolvimento de outros agentes. Dentre estas, a SMDS é a que apresenta maior impacto na cadeia produtiva de suínos. Sendo a SMDS uma doença multifatorial e polimicrobiana, estudos buscando identificar associações do PCV2 com outros patógenos são importantes. No presente trabalho foram desenvolvidos ensaios moleculares para a detecção de alguns agentes cuja potencial participação nas PCVAD não havia ainda sido estudada com maior profundidade. Dessa forma, o citomegalovírus suíno (PCMV) e os recém-identificados bocavírus suínos do tipo 1, 2, 3 e 4 (PBoV1-4) foram pesquisados em amostras de animais afetados ou não pela SMDS, em diferentes faixas etárias. O PCMV foi detectado em altas taxas em ambos os grupos de animais, afetados ou não pela SMDS, sendo que nenhum tipo de associação com a SMDS pode ser inferida quanto à detecção de genomas de PCMV e o desenvolvimento da síndrome. A detecção de genomas de PBoV2 e 3 foi associada com animais afetados pela SMDS, enquanto nenhum tipo de associação foi inferida com a detecção de genomas de PBoV1 e do PBoV4. Animais afetados pela síndrome apresentam frequência de detecção e carga viral de PBoV2 significantemente superior à frequência encontrada em animais saudáveis com idade equivalente, revelando uma associação positiva entre PBoV2 e a SMDS. Por outro lado, animais adultos possuem uma carga viral significativamente superior a dos animais jovens sem sinais clínicos de SMDS. Os resultados obtidos possibilitaram detectar, pela primeira vez, os quatro tipos PBoV em amostras de suínos no Brasil. Paralelamente, esse estudo mostrou, pela primeira vez, a presença de genomas circulantes de PBoV1, PBoV2 e PBoV4 em animais adultos clinicamente saudáveis. Além disso, permitiu sugerir uma possível associação entre SMDS e PBoV2 e PBoV3, mostrando que mais estudos devem ser realizados para elucidar tal associação. / With recent advances in pathogen detection methods, the importance of polymicrobial diseases has become more evident, and identification of pathogen interactions and their disease potentiation mechanisms has become a topic of great interest. The porcine circovirus type 2 (PCV2) is associated with several syndromes, such as Postweaning multisystemic wasting syndrome (PMWS), Porcine dermatitis and nephropathy syndrome (PDNS), Porcine respiratory disease complex (PRDC), reproductive failures and congenital tremors, collectively called "Porcine circovirus type 2 associated diseases" (PCVAD), that beyond PCV2, may have different degrees of involvement of other agents. Among these, PMWS have the main impact on pig production chain. As PMWS is a multifactorial and polymicrobial disease, studies attempting to identify associations of PCV2 with other pathogens are important. In the present work, we developed molecular assays for detection of some agents whose potential role in PCVAD had not yet been studied in greater depth. Thus, porcine cytomegalovirus (PCMV) and newly identified porcine bocavirus type 1, 2, 3 and 4 (PBoV1-4) were investigated in samples of animals with or without PMWS, in different age groups. PCMV was detected at high rates in both groups of animals, and any type of association with PMWS could be inferred regarding detection of PCMV genomes and syndrome development. The PBoV2 and PBoV3 genomes detection was associated with animals affected by PMWS, while no association could be inferred from detection of genomes PBoV1 and PBoV4. Animals affected by the syndrome had significantly higher PBoV2 frequency of detection and viral load than the healthy animals with equivalent age, showing a positive association between PBoV2 and PMWS. Moreover, adult animals had significantly higher viral load than young animals without clinical signs of PMWS. Obtained results showed, for the first time, the four types of PBoV in Brazilian pig samples and the presence of circulating genomes of PBoV1, PBoV2 and PBoV4 in clinically healthy adult animals. It also allowed suggesting a possible association between PBoV2 and PBoV3 with PMWS, showing that more studies are needed to elucidate this association.

Os vírus influenza A (VIA) e circovírus suíno tipo 2 (PCV2) são os agentes etiológicos da influenza suína (IS) e da circovirose suína (CS), respectivamente. Estas doenças têm um impacto econômico significativo na suinocultura mundial. Adicionalmente, o VIA pode ser transmitido entre animais e humanos, sendo por isso, importante para a saúde pública. O presente trabalho teve o objetivo de pesquisar a ocorrência desses vírus em suínos de abate no sul de Moçambique. As amostras foram coletadas em um abatedouro na cidade da Matola, nos períodos de dezembro de 2014 a fevereiro de 2015 e dezembro de 2015 a fevereiro de 2016. Os materiais e métodos aplicados e resultados obtidos estão apresentados em dois artigos científicos. O primeiro relata a infecção pelo VIA associada à caracterização anatomopatológica e imuno-histoquímica (IHQ) das lesões pulmonares. Foram avaliados 457 pulmões de suínos, e amostras de 38 (8.3%) pulmões, que apresentaram áreas de consolidação, foram coletadas e submetidas ao exame histopatológico e IHQ para a detecção de antígenos do VIA, PCV2 e Mycoplasma hyopneumoniae. Antígenos do VIA foram detectados em 32/38 (84.3%) dos pulmões com pneumonia através da IHQ, e os suínos positivos eram provenientes dos distritos de Matutuine (5/32), Moamba (2/32), Namaacha (21/32), Boane (3/32) e Cidade da Matola (1/32). Todos os pulmões com pneumonia foram negativos no exame de IHQ para PCV2 e M. hyopneumoniae. O segundo artigo teve o objetivo de detectar lesões histológicas, antígenos e DNA de PCV2 em linfonodos mesentéricos de suínos e realizar a caracterização filogenética de isolados de PCV2 circulantes no sul de Moçambique. Foram coletados aleatoriamente 111 linfonodos mesentéricos de suínos de abate provenientes de nove distritos do sul de Moçambique. As amostras foram submetidas ao exame histopatológico, IHQ e reação em cadeia da polimerase (PCR). Uma amostra positiva para PCV2 na PCR de cada distrito (n=9) foi selecionada aleatoriamente e submetida ao sequenciamento da região aberta de leitura ORF2. DNA de PCV2 foi detectado em 53.8% (62/111) das amostras e em 73.8% de granjas dos nove distritos. No exame de IHQ, linfonodos mesentéricos de seis suínos positivos para PCV2 na PCR apresentaram antígenos desse vírus associados à depleção linfoide e infiltrado de histiócitos e células gigantes multinucleadas. Na análise filogenética, sequências dos isolados dos distritos de Namaacha, Moamba e Maputo ficaram agrupadas no genótipo PCV2d-2; as sequências de isolados dos distritos de Manhiça e Matola, no genótipo PCV2d-1; enquanto os isolados dos distritos de Boane, Matutuine, Chibuto e Xai-Xai, no genótipo PCV2b-1A/B. Os resultados do trabalho permitem concluir que o VIA e PCV2 circulam na população suína em vários distritos da região sul de Moçambique. / Influenza A virus (IAV) and porcine circovirus type 2 (PCV2) are the etiological agents of swine influenza (SI) and porcine circovirus associated diseases (PCVAD) respectively. These diseases represent a significant economic impact on pig production worldwide. In addition, IAV can be transmitted between animals and humans with consequences for public health. The objective of this study was to investigate the occurrence of these viruses in slaughter pigs in Southern Mozambique. Samples were collected in a slaughterhouse in Matola city, from December 2014 to February 2015 and December 2015 to February 2016. The materials and methods applied and the results obtained are presented in two manuscripts. The first article reports IAV infection in pigs and characterize the anatomopathological and immunohistochemical features of the associated lung lesions. Lungs from 457 slaughtered pigs were evaluated grossly, and samples from 38 (8.3%) of these that presented pulmonary consolidation were collected and examined for histopathology and immunohistochemistry (IHC) for the presence of IAV, PCV2 and Mycoplasma hyopneumoniae antigens. IAV antigens were detected in 32/38 (84.3%) of pneumonic lungs, and positive pigs were from Matutuine district (5/32), Moamba district (2/32), Namaacha district (21/32), Boane district (3/32) and Matola City (1/32). All lung samples were immunohistochemically negative for PCV2 and M. hyopneumoniae. The second article aimed to detect histological lesions, PCV2 antigens and DNA and perform phylogenetic analysis of PCV2 strains circulating in Southern Mozambique. At slaughter, mesenteric lymph nodes were collected from 111 randomly selected pigs from nine districts of Southern Mozambique. Samples were submitted to histopathological examination, IHC and polymerase chain reaction (PCR). One PCV2 PCR positive sample from each district (n=9) was randomly selected in order to obtain sequences covering the ORF2 region. PCV2 DNA was detected in 53.8% (62/111) of the samples and 73.8% of the farms from all nine districts. PCV2 antigen was detected by IHC in six lymph nodes that were positive for PCV2 by PCR and antigens were associated with lymphoid depletion and infiltrate of histiocytes and multinucleated giant cells. Phylogenetic analysis demonstrated that three sequences from Maputo, Namaacha and Moamba were grouped with PCV2d-2, two sequences from Manhiça and Matola were grouped as PCV2d-1, and four sequences from Boane, Matutuine, Chibuto, and Xai-Xai were closely related to PCV2b-1A/B genotypes. The results of this study indicate that IAV and PCV2 circulate in the swine population in several districts of the southern region of Mozambique.

Os vírus influenza A (VIA) e circovírus suíno tipo 2 (PCV2) são os agentes etiológicos da influenza suína (IS) e da circovirose suína (CS), respectivamente. Estas doenças têm um impacto econômico significativo na suinocultura mundial. Adicionalmente, o VIA pode ser transmitido entre animais e humanos, sendo por isso, importante para a saúde pública. O presente trabalho teve o objetivo de pesquisar a ocorrência desses vírus em suínos de abate no sul de Moçambique. As amostras foram coletadas em um abatedouro na cidade da Matola, nos períodos de dezembro de 2014 a fevereiro de 2015 e dezembro de 2015 a fevereiro de 2016. Os materiais e métodos aplicados e resultados obtidos estão apresentados em dois artigos científicos. O primeiro relata a infecção pelo VIA associada à caracterização anatomopatológica e imuno-histoquímica (IHQ) das lesões pulmonares. Foram avaliados 457 pulmões de suínos, e amostras de 38 (8.3%) pulmões, que apresentaram áreas de consolidação, foram coletadas e submetidas ao exame histopatológico e IHQ para a detecção de antígenos do VIA, PCV2 e Mycoplasma hyopneumoniae. Antígenos do VIA foram detectados em 32/38 (84.3%) dos pulmões com pneumonia através da IHQ, e os suínos positivos eram provenientes dos distritos de Matutuine (5/32), Moamba (2/32), Namaacha (21/32), Boane (3/32) e Cidade da Matola (1/32). Todos os pulmões com pneumonia foram negativos no exame de IHQ para PCV2 e M. hyopneumoniae. O segundo artigo teve o objetivo de detectar lesões histológicas, antígenos e DNA de PCV2 em linfonodos mesentéricos de suínos e realizar a caracterização filogenética de isolados de PCV2 circulantes no sul de Moçambique. Foram coletados aleatoriamente 111 linfonodos mesentéricos de suínos de abate provenientes de nove distritos do sul de Moçambique. As amostras foram submetidas ao exame histopatológico, IHQ e reação em cadeia da polimerase (PCR). Uma amostra positiva para PCV2 na PCR de cada distrito (n=9) foi selecionada aleatoriamente e submetida ao sequenciamento da região aberta de leitura ORF2. DNA de PCV2 foi detectado em 53.8% (62/111) das amostras e em 73.8% de granjas dos nove distritos. No exame de IHQ, linfonodos mesentéricos de seis suínos positivos para PCV2 na PCR apresentaram antígenos desse vírus associados à depleção linfoide e infiltrado de histiócitos e células gigantes multinucleadas. Na análise filogenética, sequências dos isolados dos distritos de Namaacha, Moamba e Maputo ficaram agrupadas no genótipo PCV2d-2; as sequências de isolados dos distritos de Manhiça e Matola, no genótipo PCV2d-1; enquanto os isolados dos distritos de Boane, Matutuine, Chibuto e Xai-Xai, no genótipo PCV2b-1A/B. Os resultados do trabalho permitem concluir que o VIA e PCV2 circulam na população suína em vários distritos da região sul de Moçambique. / Influenza A virus (IAV) and porcine circovirus type 2 (PCV2) are the etiological agents of swine influenza (SI) and porcine circovirus associated diseases (PCVAD) respectively. These diseases represent a significant economic impact on pig production worldwide. In addition, IAV can be transmitted between animals and humans with consequences for public health. The objective of this study was to investigate the occurrence of these viruses in slaughter pigs in Southern Mozambique. Samples were collected in a slaughterhouse in Matola city, from December 2014 to February 2015 and December 2015 to February 2016. The materials and methods applied and the results obtained are presented in two manuscripts. The first article reports IAV infection in pigs and characterize the anatomopathological and immunohistochemical features of the associated lung lesions. Lungs from 457 slaughtered pigs were evaluated grossly, and samples from 38 (8.3%) of these that presented pulmonary consolidation were collected and examined for histopathology and immunohistochemistry (IHC) for the presence of IAV, PCV2 and Mycoplasma hyopneumoniae antigens. IAV antigens were detected in 32/38 (84.3%) of pneumonic lungs, and positive pigs were from Matutuine district (5/32), Moamba district (2/32), Namaacha district (21/32), Boane district (3/32) and Matola City (1/32). All lung samples were immunohistochemically negative for PCV2 and M. hyopneumoniae. The second article aimed to detect histological lesions, PCV2 antigens and DNA and perform phylogenetic analysis of PCV2 strains circulating in Southern Mozambique. At slaughter, mesenteric lymph nodes were collected from 111 randomly selected pigs from nine districts of Southern Mozambique. Samples were submitted to histopathological examination, IHC and polymerase chain reaction (PCR). One PCV2 PCR positive sample from each district (n=9) was randomly selected in order to obtain sequences covering the ORF2 region. PCV2 DNA was detected in 53.8% (62/111) of the samples and 73.8% of the farms from all nine districts. PCV2 antigen was detected by IHC in six lymph nodes that were positive for PCV2 by PCR and antigens were associated with lymphoid depletion and infiltrate of histiocytes and multinucleated giant cells. Phylogenetic analysis demonstrated that three sequences from Maputo, Namaacha and Moamba were grouped with PCV2d-2, two sequences from Manhiça and Matola were grouped as PCV2d-1, and four sequences from Boane, Matutuine, Chibuto, and Xai-Xai were closely related to PCV2b-1A/B genotypes. The results of this study indicate that IAV and PCV2 circulate in the swine population in several districts of the southern region of Mozambique.

Os vírus influenza A (VIA) e circovírus suíno tipo 2 (PCV2) são os agentes etiológicos da influenza suína (IS) e da circovirose suína (CS), respectivamente. Estas doenças têm um impacto econômico significativo na suinocultura mundial. Adicionalmente, o VIA pode ser transmitido entre animais e humanos, sendo por isso, importante para a saúde pública. O presente trabalho teve o objetivo de pesquisar a ocorrência desses vírus em suínos de abate no sul de Moçambique. As amostras foram coletadas em um abatedouro na cidade da Matola, nos períodos de dezembro de 2014 a fevereiro de 2015 e dezembro de 2015 a fevereiro de 2016. Os materiais e métodos aplicados e resultados obtidos estão apresentados em dois artigos científicos. O primeiro relata a infecção pelo VIA associada à caracterização anatomopatológica e imuno-histoquímica (IHQ) das lesões pulmonares. Foram avaliados 457 pulmões de suínos, e amostras de 38 (8.3%) pulmões, que apresentaram áreas de consolidação, foram coletadas e submetidas ao exame histopatológico e IHQ para a detecção de antígenos do VIA, PCV2 e Mycoplasma hyopneumoniae. Antígenos do VIA foram detectados em 32/38 (84.3%) dos pulmões com pneumonia através da IHQ, e os suínos positivos eram provenientes dos distritos de Matutuine (5/32), Moamba (2/32), Namaacha (21/32), Boane (3/32) e Cidade da Matola (1/32). Todos os pulmões com pneumonia foram negativos no exame de IHQ para PCV2 e M. hyopneumoniae. O segundo artigo teve o objetivo de detectar lesões histológicas, antígenos e DNA de PCV2 em linfonodos mesentéricos de suínos e realizar a caracterização filogenética de isolados de PCV2 circulantes no sul de Moçambique. Foram coletados aleatoriamente 111 linfonodos mesentéricos de suínos de abate provenientes de nove distritos do sul de Moçambique. As amostras foram submetidas ao exame histopatológico, IHQ e reação em cadeia da polimerase (PCR). Uma amostra positiva para PCV2 na PCR de cada distrito (n=9) foi selecionada aleatoriamente e submetida ao sequenciamento da região aberta de leitura ORF2. DNA de PCV2 foi detectado em 53.8% (62/111) das amostras e em 73.8% de granjas dos nove distritos. No exame de IHQ, linfonodos mesentéricos de seis suínos positivos para PCV2 na PCR apresentaram antígenos desse vírus associados à depleção linfoide e infiltrado de histiócitos e células gigantes multinucleadas. Na análise filogenética, sequências dos isolados dos distritos de Namaacha, Moamba e Maputo ficaram agrupadas no genótipo PCV2d-2; as sequências de isolados dos distritos de Manhiça e Matola, no genótipo PCV2d-1; enquanto os isolados dos distritos de Boane, Matutuine, Chibuto e Xai-Xai, no genótipo PCV2b-1A/B. Os resultados do trabalho permitem concluir que o VIA e PCV2 circulam na população suína em vários distritos da região sul de Moçambique. / Influenza A virus (IAV) and porcine circovirus type 2 (PCV2) are the etiological agents of swine influenza (SI) and porcine circovirus associated diseases (PCVAD) respectively. These diseases represent a significant economic impact on pig production worldwide. In addition, IAV can be transmitted between animals and humans with consequences for public health. The objective of this study was to investigate the occurrence of these viruses in slaughter pigs in Southern Mozambique. Samples were collected in a slaughterhouse in Matola city, from December 2014 to February 2015 and December 2015 to February 2016. The materials and methods applied and the results obtained are presented in two manuscripts. The first article reports IAV infection in pigs and characterize the anatomopathological and immunohistochemical features of the associated lung lesions. Lungs from 457 slaughtered pigs were evaluated grossly, and samples from 38 (8.3%) of these that presented pulmonary consolidation were collected and examined for histopathology and immunohistochemistry (IHC) for the presence of IAV, PCV2 and Mycoplasma hyopneumoniae antigens. IAV antigens were detected in 32/38 (84.3%) of pneumonic lungs, and positive pigs were from Matutuine district (5/32), Moamba district (2/32), Namaacha district (21/32), Boane district (3/32) and Matola City (1/32). All lung samples were immunohistochemically negative for PCV2 and M. hyopneumoniae. The second article aimed to detect histological lesions, PCV2 antigens and DNA and perform phylogenetic analysis of PCV2 strains circulating in Southern Mozambique. At slaughter, mesenteric lymph nodes were collected from 111 randomly selected pigs from nine districts of Southern Mozambique. Samples were submitted to histopathological examination, IHC and polymerase chain reaction (PCR). One PCV2 PCR positive sample from each district (n=9) was randomly selected in order to obtain sequences covering the ORF2 region. PCV2 DNA was detected in 53.8% (62/111) of the samples and 73.8% of the farms from all nine districts. PCV2 antigen was detected by IHC in six lymph nodes that were positive for PCV2 by PCR and antigens were associated with lymphoid depletion and infiltrate of histiocytes and multinucleated giant cells. Phylogenetic analysis demonstrated that three sequences from Maputo, Namaacha and Moamba were grouped with PCV2d-2, two sequences from Manhiça and Matola were grouped as PCV2d-1, and four sequences from Boane, Matutuine, Chibuto, and Xai-Xai were closely related to PCV2b-1A/B genotypes. The results of this study indicate that IAV and PCV2 circulate in the swine population in several districts of the southern region of Mozambique.

O vírus influenza A (IAV) é um agente zoonótico de grande relevância tanto para saúde humana como animal. A influenza suína teve seu primeiro reconhecimento clínico em 1918, em suínos do Meio Oeste dos EUA, coincidindo com a pandemia de influenza em humanos. Desde então, o IAV permanece como um importante patógeno para a indústria suinícola em todo o mundo. A grande variabilidade genética destes vírus é causada por dois principais mecanismos genéticos: mutações pontuais e recombinações genéticas. A influenza é endêmica em muitos países e a emergências de recombinantes tem desafiado o controle e o diagnóstico desta enfermidade. No Brasil, a infecção pelo IAV em suínos (swIAV) não está bem caracterizada; poucos relatos evidenciam a prevalência deste agente antes do ano de 2009, especialmente no Estado do Rio Grande do Sul, que alberga um dos maiores rebanhos de suínos do Brasil. Em vista disso, este trabalho teve como objetivo investigar ocorrência de swIAV em alguns rebanhos suínos comerciais do Estado do Rio Grande do Sul, Brasil, no período de 2013-2014, e determinar os tipos e subtipos de vírus circulantes naquelas propriedades. O primeiro capítulo deste estudo reporta os aspectos clínicos, patológicos e virológicos da ocorrência de influenza suína e co-infecções identificadas em seis propriedades suinícolas selecionadas na região do Vale do Taquari. Neste estudo foram analisados suabes nasais coletados de 66 animais e 6 amostras de tecido pulmonar de suínos com sinais de infecção respiratória. A detecção viral foi feita através de uma PCR de triagem e confirmada através do isolamento viral em células MDCK. A identificação dos subtipos virais foi feita através de uma PCR em Tempo Real (rRT-PCR) para o subtipo A(H1N1)pdm09 ou através de uma PCR multiplex (RT-PCR) para outros subtipos de swIAV. A detecção de agentes bacterianos foi realizada apenas nas amostras de tecido pulmonar, através da pesquisa de genomas bacterianos por PCR. O subtipo A(H1N1)pdm09 foi identificado em 4/6 granjas e o subtipo H1N2 em 2/6 granjas. Além disso, agentes envolvidos no complexo respiratório dos suínos foram identificados em todas as granjas; Pasteurella multocida foi identificada em 5/6 granjas e Mycoplasma hyopneumoniae em 3/6 granjas. Actinobacillus pleuropneumoniae (1/6), Haemophilus parasuis (1/6) e PCV2 (1/6) também foram detectados. O segundo capítulo deste estudo teve como objetivo o sequenciamento do genoma completo de um novo recombinante H1N2 de origem humana, detectado em suínos. O genoma completo foi gerado através de uma RT-PCR. Os produtos foram purificados e submetidos ao sequenciamento utilizando a plataforma MiSeq (illumina). A análise filogenética revelou que as sequencias dos genes HA e NA correspondem a genes de IAV de origem humana, enquanto que as sequencias dos genes que codificam as proteínas internas do vírus (PB1, PB2, PA, NP, M e NS) correspondem a genes de amostras do vírus A(H1N1)pdm09. O terceiro capítulo reporta o sequenciamento completo dos genomas de 8 amostras de vírus influenza identificados nas populações de suínos amostradas. Foram identificados dois subtipos virais de origem humana (H1N2 e H3N2), além do vírus A(H1N1)pdm09. Os subtipos de origem humana possuem os genes HA e NA similares a vírus sazonais de humanos e os genes internos são estreitamente relacionados com o vírus A(H1N1)pdm09. / Influenza A virus (IAV) is a zoonotic agent of great relevance to human and animal health. Swine influenza was first recognized clinically in pigs in the Midwestern U.S., in 1918, coinciding with the human influenza pandemic. Since that time swine influenza has remained of importance to the swine industry throughout the world. The great genetic variability of influenza viruses is caused by two main genetic mechanisms: point mutations (antigenic drift) and gene reassortment (antigenic shift). Influenza is endemic in pigs in many countries and the emergence of new viruses has been challenging its control and diagnostics. Influenza virus (swIAV) infection in Brazilian swine population is not well characterized, and little evidence existed of swIAV circulation before 2009, especially in Rio Grande do Sul State, which hosts one of the largest swine populations in Brazil. Thus, this study aimed to investigate the occurrence of IAV in commercial swine herds in the state of Rio Grande do Sul, Brazil, between 2013-2014 and to know the types and subtypes of swine influenza viruses that are circulating in these herd. The first chapter of this study reports the clinical, pathological and virological aspects of the occurrence of swine influenza and related co-infections in six pig properties of the Taquari Valley region. In this study were analyzed nasal swabs collected from 66 animals and six lung tissue samples from pigs showing clinical signs of respiratory disease. IAV detection was performed by PCR screening and confirmed by virus isolation in MDCK cells and hemagglutination (HA). Influenza A subtyping was performed by real-time reverse transcription PCR (rRT-PCR) to detect the 2009 H1N1pandemic A(H1N1)pdm09; other swIAV subtypes were identifieded by multiplex RT-PCR. Bacterial infections were identified through detection of bacterial genomes by PCR, only in lung samples. Influenza A was detected by screening PCR in 46/66 swab samples and from 5/6 lungs. Virus was recovered from pigs of the six herds. Subtype A(H1N1)pdm09 was detected in 4/6 herds and H1N2 in the other 2/6 herds. In lung tissues, further agents involved in porcine respiratory disease complex were detected in all cases; Pasteurella multocida was identified in 5/6 samples and Mycoplasma hyopneumoniae in 3/6. Actinobacillus pleuropneumoniae (1/6), Haemophilus parasuis (1/6) and PCV2 (1/6) were also detected. The aim of the second chapter was to sequence the whole-genome of a novel human-like H1N2 swine influenza virus. Wholegenome sequences were generated by RT-PCR. Amplicons were purified followed by sequencing in the MiSeq sequencing platform (Illumina). Phylogenetic analyses revealed that the HA and NA genes clustered with influenza viruses of human lineage, whereas the internal genes (PB1, PB2, PA, NP, M and NS) clustered with the A(H1N1)pdm09. The third chapter reports the genetic sequencing of the full genomes of eight swine influenza viruses circulating in the sampled pig population. Two swine human-like subtypes (H1N2 and H3N2) and the A(H1N1)pdm09 virus were identified. The human-like subtypes have the HA and NA genes similar to the human seasonal strains and the internal genes are closely related to the virus A(H1N1)pdm09.