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Création d'un jeu de données synthétiques pour des données de santé

Ouffy, Oumaima 21 November 2023 (has links)
Les données récoltées sur des individus sont souvent difficiles à partager avec les chercheurs et à publier à cause des informations confidentielles qu'elles contiennent. Une solution qu'on peut faire pour faciliter l'accès à ces données est de créer un jeu de données synthétiques à partager avec les chercheurs. Ce jeu de données aurait les mêmes caractéristiques du jeu de données originales mais ne permettrait pas de révéler les informations confidentielles sur les participants. Nous étudions dans ce mémoire les enjeux techniques liés à la création des jeux de données synthétiques dans le domaine de la santé. Il faut notamment s'assurer que les modèles statistiques utilisés pour générer des données synthétiques soient assez flexibles pour bien modéliser les corrélations entre les variables collectées, tout en s'assurant de ne pas sur-ajuster ces modèles, ce qui pourrait nuire à la protection de la confidentialité. Le travail s'articulera autour de la création d'un jeu synthétique pour un sous-ensemble des données collectées par le Consortium d'identification précoce de la maladie d'Alzheimer - Québec (CIMA-Q), pour qui le partage des données à la communauté de recherche sur la maladie d'Alzheimer canadienne et internationale est un objectif important. / Data collected on individuals is often difficult to share with researchers and publish because of the confidential information it contains. A possible solution to facilitate the access to this data is to create a synthetic data set to share with researchers. This dataset would have the same characteristics of the original dataset but would not reveal the confidential information about the participants. We study here the technical issues related to the creation of such synthetic datasets in the health field. In particular, it must be ensured that the statistical models used are flexible enough to properly model the correlations between the variables collected, while making sure not to over-adjust them, which could harm the protection of confidentiality. The work will focus on the creation of a synthetic data for a subset of the data collected by the Consortium of Early Identification of Alzheimer's disease - Quebec (CIMA-Q), for whom the sharing of data with the community of Canadian and international Alzheimer's disease research is an important goal.
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Mise en relation d'images et de modèles 3D avec des réseaux de neurones convolutifs / Relating images and 3D models with convolutional neural networks

Suzano Massa, Francisco Vitor 09 February 2017 (has links)
La récente mise à disposition de grandes bases de données de modèles 3D permet de nouvelles possibilités pour un raisonnement à un niveau 3D sur les photographies. Cette thèse étudie l'utilisation des réseaux de neurones convolutifs (CNN) pour mettre en relation les modèles 3D et les images.Nous présentons tout d'abord deux contributions qui sont utilisées tout au long de cette thèse : une bibliothèque pour la réduction automatique de la mémoire pour les CNN profonds, et une étude des représentations internes apprises par les CNN pour la mise en correspondance d'images appartenant à des domaines différents. Dans un premier temps, nous présentons une bibliothèque basée sur Torch7 qui réduit automatiquement jusqu'à 91% des besoins en mémoire pour déployer un CNN profond. Dans un second temps, nous étudions l'efficacité des représentations internes des CNN extraites d'un réseau pré-entraîné lorsqu'il est appliqué à des images de modalités différentes (réelles ou synthétiques). Nous montrons que malgré la grande différence entre les images synthétiques et les images naturelles, il est possible d'utiliser certaines des représentations des CNN pour l'identification du modèle de l'objet, avec des applications possibles pour le rendu basé sur l'image.Récemment, les CNNs ont été utilisés pour l'estimation de point de vue des objets dans les images, parfois avec des choix de modélisation très différents. Nous présentons ces approches dans un cadre unifié et nous analysons les facteur clés qui ont une influence sur la performance. Nous proposons une méthode d'apprentissage jointe qui combine à la fois la détection et l'estimation du point de vue, qui fonctionne mieux que de considérer l'estimation de point de vue de manière indépendante.Nous étudions également l'impact de la formulation de l'estimation du point de vue comme une tâche discrète ou continue, nous quantifions les avantages des architectures de CNN plus profondes et nous montrons que l'utilisation des données synthétiques est bénéfique. Avec tous ces éléments combinés, nous améliorons l'état de l'art d'environ 5% pour la précision de point de vue moyenne sur l'ensemble des données Pascal3D+.Dans l'étude de recherche de modèle d'objet 3D dans une base de données, l'image de l'objet est fournie et l'objectif est d'identifier parmi un certain nombre d'objets 3D lequel correspond à l'image. Nous étendons ce travail à la détection d'objet, où cette fois-ci un modèle 3D est donné, et l'objectif consiste à localiser et à aligner le modèle 3D dans image. Nous montrons que l'application directe des représentations obtenues par un CNN ne suffit pas, et nous proposons d'apprendre une transformation qui rapproche les répresentations internes des images réelles vers les représentations des images synthétiques. Nous évaluons notre approche à la fois qualitativement et quantitativement sur deux jeux de données standard: le jeu de données IKEAobject, et le sous-ensemble du jeu de données Pascal VOC 2012 contenant des instances de chaises, et nous montrons des améliorations sur chacun des deux / The recent availability of large catalogs of 3D models enables new possibilities for a 3D reasoning on photographs. This thesis investigates the use of convolutional neural networks (CNNs) for relating 3D objects to 2D images.We first introduce two contributions that are used throughout this thesis: an automatic memory reduction library for deep CNNs, and a study of CNN features for cross-domain matching. In the first one, we develop a library built on top of Torch7 which automatically reduces up to 91% of the memory requirements for deploying a deep CNN. As a second point, we study the effectiveness of various CNN features extracted from a pre-trained network in the case of images from different modalities (real or synthetic images). We show that despite the large cross-domain difference between rendered views and photographs, it is possible to use some of these features for instance retrieval, with possible applications to image-based rendering.There has been a recent use of CNNs for the task of object viewpoint estimation, sometimes with very different design choices. We present these approaches in an unified framework and we analyse the key factors that affect performance. We propose a joint training method that combines both detection and viewpoint estimation, which performs better than considering the viewpoint estimation separately. We also study the impact of the formulation of viewpoint estimation either as a discrete or a continuous task, we quantify the benefits of deeper architectures and we demonstrate that using synthetic data is beneficial. With all these elements combined, we improve over previous state-of-the-art results on the Pascal3D+ dataset by a approximately 5% of mean average viewpoint precision.In the instance retrieval study, the image of the object is given and the goal is to identify among a number of 3D models which object it is. We extend this work to object detection, where instead we are given a 3D model (or a set of 3D models) and we are asked to locate and align the model in the image. We show that simply using CNN features are not enough for this task, and we propose to learn a transformation that brings the features from the real images close to the features from the rendered views. We evaluate our approach both qualitatively and quantitatively on two standard datasets: the IKEAobject dataset, and a subset of the Pascal VOC 2012 dataset of the chair category, and we show state-of-the-art results on both of them
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Finer grained evaluation methods for better understanding of deep neural network representations

Bordes, Florian 08 1900 (has links)
Établir des méthodes d'évaluation pour les systèmes d'intelligence artificielle (IA) est une étape importante pour précisément connaître leurs limites et ainsi prévenir les dommages qu'ils pourraient causer et savoir quels aspects devraient être améliorés. Cela nécessite d'être en mesure de dresser des portraits précis des limitations associées à un système d'IA donné. Cela demande l'accès à des outils et des principes fiables, transparent, à jour et faciles à utiliser. Malheureusement, la plupart des méthodes d'évaluation utilisées à ce jour ont un retard significatif par rapport aux performances toujours croissantes des réseaux de neurones artificiels. Dans cette thèse par articles, je présente des méthodes et des principes d'évaluation plus rigoureux pour obtenir une meilleur compréhension des réseaux de neurones et de leurs limitations. Dans le premier article, je présente Representation Conditional Diffusion Model (RCDM), une méthode d'évaluation à l'état de l'art qui permet, à partir d'une représentation donnée -- par exemple les activations d'une couche donnée d'un réseau de neurones artificiels -- de générer une image. En utilisant les dernières avancées dans la génération d'images, RCDM permet aux chercheur·euse·s de visualiser l'information contenue à l'intérieur d'une représentation. Dans le deuxième article, j'introduis la régularisation par Guillotine qui est une technique bien connue dans la littérature sur l'apprentissage par transfert mais qui se présente différemment dans la littérature sur l'auto-apprentissage. Pour améliorer la généralisation à travers différentes tâches, on montre qu'il est important d'évaluer un modèle en coupant un certain nombre de couches. Dans le troisième article, j'introduis le score DéjaVu qui quantifie à quel point un réseau de neurones a mémorisé les données d'entraînement. Ce score utilise une petite partie d'une image d'entraînement puis évalue quelles informations il est possible d'inférer à propos du reste de l'image. Dans le dernier article, je présente les jeux de données photo-réalistes PUG (Photorealistic Unreal Graphics) que nous avons développés. Au contraire de données réelles, pour lesquelles générer des annotations est un processus coûteux, l'utilisation de données synthétiques offre un contrôle total sur la scène générée et sur les annotations. On utilise un moteur de jeux vidéo qui permet la synthèse d'images photo-réalistes de haute qualité, afin d'évaluer la robustesse d'un réseau de neurones pré-entraîné, ceci sans avoir besoin d'adapter ce réseau avec un entraînement additionnel. / Carefully designing benchmarks to evaluate the safety of Artificial Intelligent (AI) agents is a much-needed step to precisely know the limits of their capabilities and thus prevent potential damages they could cause if used beyond these limits. Researchers and engineers should be able to draw precise pictures of the failure modes of a given AI system and find ways to mitigate them. Drawing such portraits requires reliable tools and principles that are transparent, up-to-date, and easy to use by practitioners. Unfortunately, most of the benchmark tools used in research are often outdated and quickly fall behind the fast pace of improvement of the capabilities of deep neural networks. In this thesis by article, I focus on establishing more fine-grained evaluation methods and principles to gain a better understanding of deep neural networks and their limitations. In the first article, I present Representation Conditional Diffusion Model (RCDM), a state-of-the-art visualization method that can map any deep neural network representation to the image space. Using the latest advances in generative modeling, RCDM sheds light on what is learned by deep neural networks by allowing practitioners to visualize the richness of a given representation. In the second article, I (re)introduce Guillotine Regularization (GR) -- a trick that has been used for a long time in transfer learning -- from a novel understanding and viewpoint grounded in the self-supervised learning outlook. We show that evaluating a model by removing its last layers is important to ensure better generalization across different downstream tasks. In the third article, I introduce the DejaVu score which quantifies how much models are memorizing their training data. This score relies on leveraging partial information from a given image such as a crop, and evaluates how much information one can retrieve about the entire image based on only this partial content. In the last article, I introduce the Photorealistic Unreal Graphics (PUG) datasets and benchmarks. In contrast to real data for which getting annotations is often a costly and long process, synthetic data offers complete control of the elements in the scene and labeling. In this work, we leverage a powerful game engine that produces high-quality and photorealistic images to evaluate the robustness of pre-trained neural networks without additional finetuning.
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Estimation de pose 2D par réseau convolutif

Huppé, Samuel 04 1900 (has links)
Magic: The Gathering} est un jeu de cartes à collectionner stochastique à information imparfaite inventé par Richard Garfield en 1993. Le but de ce projet est de proposer un pipeline d'apprentissage machine permettant d'accomplir la détection et la localisation des cartes du jeu \textit{Magic} au sein d'une image typique des tournois de ce jeu. Il s'agit d'un problème de pose d'objets 2D à quatre degrés de liberté soit, la position sur deux axes, la rotation et l'échelle, dans un contexte où les cartes peuvent être superposées. À travers ce projet, nous avons développé une approche par données synthétiques à deux réseaux capable, collectivement d'identifier, et de régresser ces paramètres avec une précision significative. Dans le cadre de ce projet, nous avons développé un algorithme d'apprentissage profond par données synthétiques capable de positionner une carte avec une précision d'un demi pixel et d'une rotation de moins d'un degré. Finalement, nous avons montré que notre jeu de données synthétique est suffisamment réaliste pour permettre à nos réseaux de généraliser aux cas d'images réelles. / Magic: The Gathering} is an imperfect information, stochastic, collectible card game invented by Richard Garfield in 1993. The goal of this project is to propose a machine learning pipeline capable of detecting and localising \textit{Magic} cards within an image. This is a 2D pose problem with 4 degrees of freedom, namely translation in $x$ and $y$, rotation, and scale, in a context where cards can be superimposed on one another. We tackle this problem by relying on deep learning using a combination of two separate neural networks. Our final pipeline has the ability to tackle real-world images and gives, with a very good degree of precision, the poses of cards within an image. Through the course of this project, we have developped a method of realistic synthetic data generation to train both our models to tackle real world images. The results show that our pose subnetwork is able to predict position within half a pixel, rotation within one degree and scale within 2 percent.
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Sécurisation d'un système de transactions sur terminaux mobiles

Gaber, Chrystel 24 October 2013 (has links) (PDF)
Les transactions sur mobile suscitent depuis quelques années un intérêt grandissant. Cette thèse se place dans le contexte d'un tel service géré par un opérateur de téléphonie mobile. Les transactions sont réalisées entre souscrivants du service uniquement à l'aide de monnaie électronique privative émise par l'opérateur. Le problème de cette thèse réside dans la sécurisation de ces types de services. Nous proposons dans cette thèse une architecture permettant de garantir une sécurité de bout-en-bout entre l'application et la plateforme de paiement. Celle-ci est basée sur l'utilisation conjoint d'un élément de sécurité SE et d'un environnement d'exécution sécu risée TEE. Différentes transactions ont été considérées, paiement marchand et transferts entre particuliers, ainsi que différents modes, tout-connecté, déconnecté ou semi-connecté. Les protocoles proposés ont été vérifiés formellement et leurs performances ont été étudiées. Une étude comparative entre différents algorithmes de classification est également réalisée pour les adapter à la détection de la fraude. A cet effet, le système de paiement et le comportement de ses utilisateurs a été modélisé pour créer un générateur de données synthétiques. Une validation préliminaire de ce simulateur a été réalisée. L'originalité du simulateur est qu'il se base sur l'exploitati on de données provenant d'un service déployé sur le terrain.

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