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Validação de genes normalizadores em Echinococcus granulosus S.S (G1) e Echinococcus ortleppi para estudos de expressão gênica através de PCR em tempo real

Espínola, Sérgio Martin January 2014 (has links)
Recentemente, uma quantidade significativa de dados de sequência (tanto genômicas como transcritômicas) para Echinococcus spp. foi publicado, facilitando a análise de genes expressos durante um estágio especifico ou envolvidos no desenvolvimento do parasito. Para realizar uma análise adequada de quantificação da expressão gênica, o uso de genes de referência validados é fortemente recomendado. Portanto, o objetivo deste trabalho foi identificar e validar genes de referência para permitir a normalização confiável da expressão gênica de determinados genes de interesse em Echinococcus granulosus sensu stricto (s.s.) (G1) e Echinococcus ortleppi durante o desenvolvimento inicial da forma pré-adulta do parasito. Protoescólices não tratados (PS) e protoescólices tratados com pepsina (PSP) do metacestódeo de E. granulosus s.s. (G1) e E. ortleppi foram usados para extração de RNA total e análise da expressão gênica. A estabilidade na expressão gênica de onze genes candidatos (TUB, NDUFV2, RPL13, TBP, CYP, RNApol sub2, EF-1α, βACT, GAPDH, ETIF4 e ERK) foi avaliada usando os programas geNorm, NormFinder e RefFinder. Nossos dados de RT-qPCR mostraram uma alta correlação com dados recentemente publicados de RNA-seq. Em relação à estabilidade na expressão, EF-1α e TBP foram os genes mais estáveis para ambas as espécies. Entretanto, βACT (gene comumente utilizado como normalizador), GAPDH e ETIF4 (previamente identificados como genes housekeeping) não tiveram um comportamento estável em nossas condições de ensaio. Desta maneira, propomos o uso de EF-1α como gene de referência para estúdios que envolvam análises de expressão gênica no inicio do desenvolvimento da forma pré-adulta de E. granulosus s.s. (G1) e E. ortleppi. Para demonstrar sua aplicabilidade, EF-1α foi usado como gene normalizador na quantificação relativa de transcritos para genes que codificam as proteínas ribossômicas L10, L14, e S15, e para as subunidades do antígeno B de E. granulosus. O mesmo gene de referência EF-1α poderia ser usado em estudos com outras espécies de Echinococcus sensu lato. Este é o primeiro relato que valida genes de referência adequados para a classe Cestoda, phyllum Platyhelminthes, portanto fornecendo uma base para futuras validações em espécies de cestódeos epidemiologicamente importantes, como aquelas do gênero Taenia.
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Validação de genes normalizadores em Echinococcus granulosus S.S (G1) e Echinococcus ortleppi para estudos de expressão gênica através de PCR em tempo real

Espínola, Sérgio Martin January 2014 (has links)
Recentemente, uma quantidade significativa de dados de sequência (tanto genômicas como transcritômicas) para Echinococcus spp. foi publicado, facilitando a análise de genes expressos durante um estágio especifico ou envolvidos no desenvolvimento do parasito. Para realizar uma análise adequada de quantificação da expressão gênica, o uso de genes de referência validados é fortemente recomendado. Portanto, o objetivo deste trabalho foi identificar e validar genes de referência para permitir a normalização confiável da expressão gênica de determinados genes de interesse em Echinococcus granulosus sensu stricto (s.s.) (G1) e Echinococcus ortleppi durante o desenvolvimento inicial da forma pré-adulta do parasito. Protoescólices não tratados (PS) e protoescólices tratados com pepsina (PSP) do metacestódeo de E. granulosus s.s. (G1) e E. ortleppi foram usados para extração de RNA total e análise da expressão gênica. A estabilidade na expressão gênica de onze genes candidatos (TUB, NDUFV2, RPL13, TBP, CYP, RNApol sub2, EF-1α, βACT, GAPDH, ETIF4 e ERK) foi avaliada usando os programas geNorm, NormFinder e RefFinder. Nossos dados de RT-qPCR mostraram uma alta correlação com dados recentemente publicados de RNA-seq. Em relação à estabilidade na expressão, EF-1α e TBP foram os genes mais estáveis para ambas as espécies. Entretanto, βACT (gene comumente utilizado como normalizador), GAPDH e ETIF4 (previamente identificados como genes housekeeping) não tiveram um comportamento estável em nossas condições de ensaio. Desta maneira, propomos o uso de EF-1α como gene de referência para estúdios que envolvam análises de expressão gênica no inicio do desenvolvimento da forma pré-adulta de E. granulosus s.s. (G1) e E. ortleppi. Para demonstrar sua aplicabilidade, EF-1α foi usado como gene normalizador na quantificação relativa de transcritos para genes que codificam as proteínas ribossômicas L10, L14, e S15, e para as subunidades do antígeno B de E. granulosus. O mesmo gene de referência EF-1α poderia ser usado em estudos com outras espécies de Echinococcus sensu lato. Este é o primeiro relato que valida genes de referência adequados para a classe Cestoda, phyllum Platyhelminthes, portanto fornecendo uma base para futuras validações em espécies de cestódeos epidemiologicamente importantes, como aquelas do gênero Taenia.
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Validação de genes normalizadores em Echinococcus granulosus S.S (G1) e Echinococcus ortleppi para estudos de expressão gênica através de PCR em tempo real

Espínola, Sérgio Martin January 2014 (has links)
Recentemente, uma quantidade significativa de dados de sequência (tanto genômicas como transcritômicas) para Echinococcus spp. foi publicado, facilitando a análise de genes expressos durante um estágio especifico ou envolvidos no desenvolvimento do parasito. Para realizar uma análise adequada de quantificação da expressão gênica, o uso de genes de referência validados é fortemente recomendado. Portanto, o objetivo deste trabalho foi identificar e validar genes de referência para permitir a normalização confiável da expressão gênica de determinados genes de interesse em Echinococcus granulosus sensu stricto (s.s.) (G1) e Echinococcus ortleppi durante o desenvolvimento inicial da forma pré-adulta do parasito. Protoescólices não tratados (PS) e protoescólices tratados com pepsina (PSP) do metacestódeo de E. granulosus s.s. (G1) e E. ortleppi foram usados para extração de RNA total e análise da expressão gênica. A estabilidade na expressão gênica de onze genes candidatos (TUB, NDUFV2, RPL13, TBP, CYP, RNApol sub2, EF-1α, βACT, GAPDH, ETIF4 e ERK) foi avaliada usando os programas geNorm, NormFinder e RefFinder. Nossos dados de RT-qPCR mostraram uma alta correlação com dados recentemente publicados de RNA-seq. Em relação à estabilidade na expressão, EF-1α e TBP foram os genes mais estáveis para ambas as espécies. Entretanto, βACT (gene comumente utilizado como normalizador), GAPDH e ETIF4 (previamente identificados como genes housekeeping) não tiveram um comportamento estável em nossas condições de ensaio. Desta maneira, propomos o uso de EF-1α como gene de referência para estúdios que envolvam análises de expressão gênica no inicio do desenvolvimento da forma pré-adulta de E. granulosus s.s. (G1) e E. ortleppi. Para demonstrar sua aplicabilidade, EF-1α foi usado como gene normalizador na quantificação relativa de transcritos para genes que codificam as proteínas ribossômicas L10, L14, e S15, e para as subunidades do antígeno B de E. granulosus. O mesmo gene de referência EF-1α poderia ser usado em estudos com outras espécies de Echinococcus sensu lato. Este é o primeiro relato que valida genes de referência adequados para a classe Cestoda, phyllum Platyhelminthes, portanto fornecendo uma base para futuras validações em espécies de cestódeos epidemiologicamente importantes, como aquelas do gênero Taenia.
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Caracterização molecular de Echinococcus spp. em bovinos no Rio Grande do Sul e avaliação in vitro e ex vivo do óleo de Melaleuca alternifolia frente aos protoescóleces de Echinococcus ortleppi / Molecular characterization of Echinococcus spp. in cattle in Rio Grande do Sul and evaluation in vitro and ex vivo of Melaleuca alternifolia oil against to protoscoleces of Echinococcus ortleppi

Monteiro, Danieli Urach 04 March 2016 (has links)
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Cystic echinococcosis (CE) is a zoonotic disease caused by Echinococcus genus. The larval stage (hydatid cyst) of the parasite causes serious public health problems, and affects various species of animals, causing economic losses to the meat industry. This study aimed to identify samples of fertile hydatid cysts in cattle and characterize them molecularly, analyzing in vitro and ex vivo Melaleuca alternifolia oil activity (tea tree oil - TTO) and its formulation in nanoemulsion (NE-TTO) and saris an (terpinen 4-ol) front to protoscolices of Echinococcus spp. Two thousand three hundred and ninety-six samples with cysts derived from an abattoir in the central region of the RS were analyzed, where 295 samples were classified as hydatid cysts by the presence of protoscolices. In PCR reactions for the 12S gene, 251 positive samples were identified for the group of genotypes G5/G6/G7 (E. ortleppi/ E. canadensis) and 40 samples for the G1 genotype (E. granulosus sensu stricto). In PCR subsequently, 250 samples were positive for G5 (E. ortleppi) and one sample for G7 (E. canadensis). A sample (n=12) of PCR products using the region of cox I gene, which was sequenced and compared with samples deposited in Genbank. Phylogenetic analysis identified three distinct groups E1, E2 and E3, which were grouped in sequences with greater similarity. The organ most affected by echinococcosis in cattle was the lung. After confirming the fertility of the cyst, protoscolices were removed and evaluated for viability using eosin 0.1%. For in vitro testing, concentrations of 2.5, 5 and 10 mg/mL of TTO, 10mg/mL of NE-TTO and 1, 1.5 and 2 mg/mL of terpinen-4-ol were analyzed front to protoscolices of E. ortleppi previously identified, in times of 5, 10, 15 and 30 minutes. For ex vivo test, TTO 10mg/mL and 20mg/mL was injected directly into hydatid cysts of E. ortleppi (n = 20) at times of 5, 15 and 30 minutes, and for each time one aliquot of protoscolices was removed for feasibility detection and implementation of PCR to confirm the species involved in the parasitism. Results of this in vitro study showed the protoscolicidal effect of M. alternifolia in all tested formulations and concentrations. Terpinen-4-ol (2mg/mL) had a better action when compared with the highest concentration of pure oil (TTO 10mg/mL). Nanoemulsion formulations (10mg/mL) showed a good activity front to the protoscolices. In ex vivo analysis, TTO (20mg/mL) showed 100% protoscolicidal action in hydatid cyst in 15 minutes. This study is pioneer in Brazil in identifying the potent effect of protoscolicidal M. alternifolia front protoscolices of E. ortleppi, being this kind of Echinococcus genus responsible for most fertile hydatid cysts analyzed in cattle in RS. / A equinococose cística (EC) é uma infecção zoonótica causada por parasito do gênero Echinococcus. O estágio larvário (cisto hidático) do parasito causa sérios problemas de saúde pública, além de acometer várias espécies de animais, ocasionando prejuízos econômicos à indústria de carnes. Neste contexto, o objetivo desse estudo foi identificar amostras de cistos hidáticos férteis em bovinos e caracterizá-las molecularmente, além de analisar in vitro e ex vivo a atividade anti-helmíntica do óleo de Melaleuca alternifolia (TTO), bem como sua formulação em nanoemulsão (NE-TTO) e seu componente majoritário (terpinen 4-ol) frente aos protoescóleces de Echinococcus spp. Foram analisadas 2396 amostras de cistos oriundos de bovinos abatidos em frigorífico da região central do RS, onde 295 amostras foram classificadas como cistos hidáticos pela presença de protoescóleces. Nas reações de PCR para o gene 12S, pode-se identificar 251 amostras positivas para o grupamento de genótipos G5/G6/G7 (E. ortleppi/ E. canadensis) e 40 amostras para o genótipo G1 (E. granulosus sensu stricto). Em subsequente PCR foram identificadas 250 amostras positivas para G5 (E. ortleppi) e uma amostra positiva para G7 (E. canadensis). Uma amostragem (n=12) dos produtos de PCR utilizando o gene da região cox I, foi sequenciada e comparada com amostras depositadas no Genbank. A análise filogenética identificou três grupos distintos E1, E2 e E3, onde agruparam-se sequências com maior similaridade. O órgão mais acometido pela parasitose em bovinos foi o pulmão. Após a confirmação da fertilidade do cisto, os protoescóleces foram retirados e avaliados quanto à viabilidade utilizando eosina 0.1%. Para o teste in vitro, concentrações de 2.5, 5 e 10mg/ml de TTO, 10mg/ml de NE-TTO e 1, 1.5 e 2mg/ml de Terpinen 4-ol foram analisadas frente aos protoescóleces de E. ortleppi previamente identificados, nos tempos de 5, 10, 15 e 30 minutos. Para o teste ex vivo, TTO 10mg/ml e 20mg/ml foi injetado diretamente em cistos hidáticos de E. ortleppi (n=20) nos tempos de 5, 15 e 30 minutos, para cada tempo foi retirada uma alíquota de protoescóleces para detecção da viabilidade e realização do PCR para confirmação da espécie envolvida na parasitose. Os resultados deste estudo in vitro indicaram efeito protoescolicida de M. alternifolia em todas as formulações e concentrações testadas. O Terpinen 4-ol (2mg/ml) obteve uma melhor ação quando comparado com a maior concentração testada do óleo puro (TTO 10mg/ml). As formulações em nanoemulsão (10mg/ml) demonstraram atividade frente aos protoescóleces. Na análise ex vivo, TTO (20mg/ml) apresentou 100% de ação protoescolicida no cisto hidático em 15 minutos. O presente estudo torna-se pioneiro no Brasil a identificar o potente efeito protoescolicida de M. alternifolia frente aos protoescóleces de E. ortleppi, sendo essa espécie do gênero Echinococcus a responsável pela maior parte dos cistos hidáticos férteis analisados em bovinos no RS.

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