Submitted by Rosana Moreira (rosanapsm@outlook.com) on 2018-08-14T17:31:57Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_FilogeniaBiogeografiaHistoria.pdf: 4329209 bytes, checksum: f375f86b431b05bc3f98a5cc72e9e9c9 (MD5) / Approved for entry into archive by JACIARA CRISTINA ALMEIDA DO AMARAL (jaciaramaral@ufpa.br) on 2018-08-16T17:10:10Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_FilogeniaBiogeografiaHistoria.pdf: 4329209 bytes, checksum: f375f86b431b05bc3f98a5cc72e9e9c9 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-08-16T17:10:10Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_FilogeniaBiogeografiaHistoria.pdf: 4329209 bytes, checksum: f375f86b431b05bc3f98a5cc72e9e9c9 (MD5) Previous issue date: 2016-07-31 / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Em um estudo recente, utilizando dados moleculares, morfológicos e ecológicos, Cebus e Sapajus foram reconhecidos como gêneros distintos. Apesar de Sapajus ser um dos gêneros de primatas neotropicais com maior volume de informação acumulada na literatura, eles têm sido considerados como um dos primatas que possuem a taxonomia mais confusa entre os mamíferos neotropicais. Até pouco tempo atrás, havia poucas informações disponíveis na literatura acerca da origem e diversificação das espécies pertencentes ao gênero Sapajus. Apesar dos recentes trabalhos publicados ainda não há uma hipótese robusta sobre a origem e evolução desse grupo. No presente trabalho, nosso primeiro objetivo foi testar a diversificação dos macacos-prego usando o banco de dados moleculares e geográficos mais completo disponível até o momento. Nós reconstruímos uma filogenia molecular datada para esse grupo através de inferência Bayesiana de três genes mitocondriais (D-loop, Cytb e COI). Nossos resultados apoiam uma vicariância entre as populações ancestrais dos Andes e Amazônia versus da Mata Atlântica, e uma invasão na Amazônia durante o Pleistoceno pelos Sapajus para explicar a atual simpatria entre Cebus e Sapajus. Nosso segundo objetivo foi montar o primeiro banco de dados filogenômicos para o gênero Sapajus através de elementos ultraconservados do genoma (UCE) e reconstruir a primeira filogenia robusta para o gênero. Foram extraídos os SNPs do conjunto de dados UCE, e foram geradas filogenias por meio de inferência bayesiana e máxima verossimilhança. Nossas análises apoiam fortemente a monofilia recíproca entre Cebus e Sapajus. Dentro de Sapajus, nossas árvores de SNPs recuperam seis espécies: S. xanthosternos, S. robustus, S. nigritus, S. flavius, S. libidinosus, e S. apella (que inclui S. cay e S. macrocephalus). Como as subdivisões morfológicas e moleculares do grupo amazônico são discordantes, recomendamos colapsar todas as espécies de macaco-prego da Amazônia e savanas do sudeste da Amazônia como S. apella sem subespécies. / In a recent study, using ecological, morphological and molecular data, Cebus and Sapajus were recognized as two distinct genera. Although Sapajus is one of the most studied genera of Neotropical primates, it has one of the most confusing taxonomic histories among Neotropical mammals. Until recently, there was little information in the literature about the origin and diversification of the species assigned to the genus Sapajus. Despite recently published studies on the subject, there is still no robust hypothesis about the origin and evolution of this group. In this study, our first aim was to examine capuchin monkey diversification using the most taxonomically and geographically complete molecular dataset to date for the group. We reconstruct a time-calibrated molecular phylogeny for capuchins under Bayesian inference from three mitochondrial genes (D-loop, Cytb e COI). Our results support vicariance between ancestral populations in the Andes and Amazon (ancestral Cebus) versus the Atlantic Forest (ancestral Sapajus), and a Pleistocene “Amazon invasion” by Sapajus that explains the present day sympatry of Cebus and Sapajus. Our second aim was to assemble the first phylogenomic data set for robust capuchin monkeys using ultra-conserved elements (UCEs) and construct a complete phylogeny for the genus. We extracted SNPs from the UCE data set, and we created phylogenies using Bayesian and Maximum Likelihood methods. Our analyses provide strong support for Cebus and Sapajus as two reciprocally monophyletic clades. Within Sapajus, our SNPs trees recovered six species: S. xanthosternos, S. robustus, S. nigritus, S. flavius, S. libidinosus and S. apella (including S. cay and S. macrocephalus). As morphological and molecular subdivisions of the Amazonian group are discordant, we recommend lumping all Amazonian and southern grassland robust capuchin taxa as S. apella without subspecies.