Submitted by Gabriela Lopes (gmachadolopesufpel@gmail.com) on 2016-09-28T14:00:15Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) dissertação.pdf: 1451490 bytes, checksum: 8db111be8fc2a2a277ed6aa88f84a6e6 (MD5) / Approved for entry into archive by Aline Batista (alinehb.ufpel@gmail.com) on 2016-09-28T19:03:52Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) dissertação.pdf: 1451490 bytes, checksum: 8db111be8fc2a2a277ed6aa88f84a6e6 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-28T19:03:52Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) dissertação.pdf: 1451490 bytes, checksum: 8db111be8fc2a2a277ed6aa88f84a6e6 (MD5) Previous issue date: 2013-06-28 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / As raízes possuem uma grande variedade de funções nas plantas, incluindo absorção de água, nutrientes e suporte estrutural. A combinação de métodos clássicos de genética e melhoramento com tecnologias moleculares de análise genômica abre uma nova perspectiva para a ampliação do conhecimento das bases genéticas e aceleração de programas de melhoramento. A maioria dos conhecimentos sobre as redes gênicas envolvidas no desenvolvimento radicular vem sendo acumuladas na espécie Arabidopsis thaliana, modelo de planta dicotiledônea. O entendimento dos mecanismos envolvidos na regulação da expressão dos genes é essencial para compreender a forma e a função dos sistemas. Os elementos cis-acting são regiões do DNA que atuam como interruptores moleculares envolvidos na regulação da transcrição de uma rede gênica dinâmica. Embora freqüentemente tenham somente cinco a 20 pb de tamanho, os elementos cis-acting são críticos para o entendimento da regulação gênica. O conhecimento destes elementos presentes na região promotora de famílias gênicas, poderá contribuir para a compreensão dos sistemas reguladores da expressão da rede gênica envolvida na formação do sistema radicular. O objetivo desse trabalho é identificar os elementos cis-acting presentes na região promotora de genes de arroz (Oryza sativa subsp japonica cv. Nipponbare) similares aos genes das famílias Argonauta, Cullin e Ara de Arabidopsis thaliana. A região promotora dos genes destas famílias no arroz foi investigada quanto à abundância destes elementos. As seqüências foram analisadas utilizando o programa “Signal Scan Search” do portal “Plant Cis-acting Regulatory DNA Elements” (PLACE) para a identificação dos diferentes elementos cis-acting. Foram detectados 96 diferentes elementos, sendo cinco destes (GAREAT (TAACAAR), TGACGTVMAMY (TGACGT), CCAATBOX1 (CCAAT), LECPLEACS2 (TAAAATAT) e SV40COREENHAN (GTGGWWHG), comuns as famílias gênicas Argonauta, Cullin e Ara. / The roots have a large range of functions in plants, including acquisition of water and nutrients, as well as structural support. The combination of classical methods of genetics and breeding with molecular technologies for genomic analysis opens a new perspective to expand the knowledge of the genetic basis and to accelerate breeding programs. The most advanced knowledge regarding gene networks involved in root development has been obtained in the model dicotyledon plant species Arabidopsis thaliana. Understanding the mechanisms involved in regulation of gene expression is essential to predict the form and function of systems. Cis-acting elements are DNA regions that act as molecular switches involved in the regulation of transcription of dynamic gene network. Although often having only five to 20 bp in size, cis-acting elements are critical to the understanding of gene regulation. Knowledge of the cis-acting elements present in the promoter region of gene families, can contribute to the understanding of the expression regulatory systems of these genes and others, involved with the root system. The objective of this study is to identify the cisacting elements present in the upstream region of rice (Oryza sativa subsp japonica cv. Nipponbare) genes, similar to gene families Argonauta, Cullin and Ara in Arabidopsis thaliana. The promoter region of these rice gene families were investigated for the abundance of cis-acting elements. The sequences were analyzed using the software “Signal Scan Search” of the website “Plant Cis-acting Regulatory DNA Elements” (PLACE) to the identification of different cis-acting elements. It were detected 96 different cis-acting elements, and five of these, (GAREAT (TAACAAR), TGACGTVMAMY (TGACGT), CCAATBOX1 (CCAAT), LECPLEACS2 (TAAAATAT) e SV40COREENHAN (GTGGWWHG) were common to the gene families Argonauta, Cullin and Ara.

Submitted by Gabriela Lopes (gmachadolopesufpel@gmail.com) on 2017-02-08T14:22:01Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) dissertação.pdf: 1451490 bytes, checksum: 8db111be8fc2a2a277ed6aa88f84a6e6 (MD5) / Approved for entry into archive by Aline Batista (alinehb.ufpel@gmail.com) on 2017-02-15T16:51:40Z (GMT) No. of bitstreams: 2 dissertação.pdf: 1451490 bytes, checksum: 8db111be8fc2a2a277ed6aa88f84a6e6 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-15T16:51:40Z (GMT). No. of bitstreams: 2 dissertação.pdf: 1451490 bytes, checksum: 8db111be8fc2a2a277ed6aa88f84a6e6 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2013-06-28 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / As raízes possuem uma grande variedade de funções nas plantas, incluindo absorção de água, nutrientes e suporte estrutural. A combinação de métodos clássicos de genética e melhoramento com tecnologias moleculares de análise genômica abre uma nova perspectiva para a ampliação do conhecimento das bases genéticas e aceleração de programas de melhoramento. A maioria dos conhecimentos sobre as redes gênicas envolvidas no desenvolvimento radicular vem sendo acumuladas na espécie Arabidopsis thaliana, modelo de planta dicotiledônea. O entendimento dos mecanismos envolvidos na regulação da expressão dos genes é essencial para compreender a forma e a função dos sistemas. Os elementos cis-acting são regiões do DNA que atuam como interruptores moleculares envolvidos na regulação da transcrição de uma rede gênica dinâmica. Embora freqüentemente tenham somente cinco a 20 pb de tamanho, os elementos cis-acting são críticos para o entendimento da regulação gênica. O conhecimento destes elementos presentes na região promotora de famílias gênicas, poderá contribuir para a compreensão dos sistemas reguladores da expressão da rede gênica envolvida na formação do sistema radicular. O objetivo desse trabalho é identificar os elementos cis-acting presentes na região promotora de genes de arroz (Oryza sativa subsp japonica cv. Nipponbare) similares aos genes das famílias Argonauta, Cullin e Arade Arabidopsis thaliana. A região promotora dos genes destas famílias no arroz foi investigada quanto à abundância destes elementos. As seqüências foram analisadas utilizando o programa “Signal Scan Search” do portal “Plant Cis-acting Regulatory DNA Elements” (PLACE) para a identificação dos diferentes elementos cis-acting. Foram detectados 96 diferentes elementos, sendo cinco destes (GAREAT (TAACAAR), TGACGTVMAMY (TGACGT), CCAATBOX1 (CCAAT), LECPLEACS2 (TAAAATAT) e SV40COREENHAN (GTGGWWHG), comuns as famílias gênicas Argonauta, Cullin e Ara. / The roots have a large range of functions in plants, including acquisition of water and nutrients, as well as structural support. The combination of classical methods of genetics and breeding with molecular technologies for genomic analysis opens a new perspective to expand the knowledge of the genetic basis and to accelerate breeding programs. The most advanced knowledge regarding gene networks involved in root development has been obtained in the model dicotyledon plant species Arabidopsis thaliana. Understanding the mechanisms involved in regulation of gene expression is essential to predict the form and function of systems. Cis-actingelements are DNA regions that act as molecular switches involved in the regulation of transcription of dynamic gene network. Although often having only five to 20 bp in size, cis-actingelements are critical to the understanding of gene regulation. Knowledge of the cis-acting elements present in the promoter region of gene families, can contribute to the understanding of the expression regulatory systems of these genes and others, involved with the root system. The objective of this study is to identify the cisacting elements present in the upstream region of rice (Oryza sativa subsp japonica cv. Nipponbare) genes, similar to gene families Argonauta, Cullin and Arain Arabidopsis thaliana. The promoter region of these rice gene families were investigated for the abundance of cis-acting elements. The sequences were analyzed using the software “Signal Scan Search” ofthe website “Plant Cis-acting Regulatory DNA Elements” (PLACE) to the identification of different cis-acting elements. It were detected 96 different cis-acting elements, and five of these, (GAREAT (TAACAAR), TGACGTVMAMY (TGACGT), CCAATBOX1 (CCAAT), LECPLEACS2 (TAAAATAT) e SV40COREENHAN (GTGGWWHG) were common to the gene families Argonauta, Cullin andAra.

Made available in DSpace on 2014-08-20T13:25:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese_Clauber_Mateus_Priebe_Bervald.pdf: 1713348 bytes, checksum: c9ae92634bc72e4a44156ded5d351214 (MD5) Previous issue date: 2009-08-09 / The use of sequences of DNA has been the base of comparative genomics for evolutionary studies. The transfer of information from model species to agricultural species has been revolutionizing the molecular genetics and strategies of crop improvement. The combination of classic methods of genetics and breeding with molecular technologies of genomic analysis opens a new perspective for the increase of the understanding of the genetic basis and the acceleration of breeding programs. Bioinformatics is becoming a tool that will be an essential part of the plant scientific research contributing to this challenge, and allowing inferences of function, structure and evolution of genes and genomes, search of markers, primers design, among other possibilities. In this sense, three studies of comparative genomics in grasses were accomplished, using bioinformatics tools. In the first work, the objective was to analyze the microsatellite abundance in genome fractions of 13 species of the genus Oryza, describing the rates, frequencies and pattern of distribution of the different microsatellites. The microsatellite frequency varies inversely proportional to the size of the genome of the specie of the genus Oryza. The A genome species presented the highest occurrences and frequencies for all types and total microsatellites. The trimers composed by cytosines and guanines presented the percentile largest of occurrence among the species, without direct relationship with the GC content of the species. In the second work, the promoter region of 1,000 bases pairs of the genes OsNramp of Oryza sativa subsp japonica cv. Nipponbare was investigated as for the abundance of cis-acting elements. The sequences were analyzed using the software Signal Scan Search of the website Plant Cis-acting Regulatory DNA Elements (PLACE) to the identification of different cis-acting elements present in each one of the promoter regions. Were detected 170 different cis-acting elements in the upstream region of the genes members of the family OsNramp subsp japonica cv. Nipponbare. A total of 14 elements were common to the eight members of the family OsNramp subsp japonica cv. Nipponbare. The element CACTFTPPCA1 was the most frequent motif in the promoter region of the genes of the family OsNramp of Oryza sativa subsp japonica cv. Nipponbare. The objective of the last work was to compare the sequences of oats with the species Arabidopsis, barley, rice, sugarcane, Sorghum, wheat and corn, looking for to infer evolutionary relationships of those species with the oats. Sequences of eight species of plants evaluable at the present moment, in the Unigene data bank in the National Center for Biotechnology Information - NCBI were downloaded and comparisons with oat made using the BLASTn and tBLASTx tools. It was observed that the bank of ESTs of oats UNIGENE-NCBI consists from many sequences a little similar to other species compared to nucleotides (46,72%) and aminoacids (74,97%). Only 4,56% of the sequences present in the UNIGENE-NCBI oat EST bank presents high similarity with sequences of mono and dicotyledonous species. / O uso de seqüências de DNA tem sido à base da genômica comparativa para estudos evolucionários e a transferência de informações de espécies modelo para espécies agrícolas tem revolucionado a genética molecular e estratégias de melhoramento das culturas. A combinação de métodos clássicos de genética e melhoramento com tecnologias moleculares de análise genômica abre uma nova perspectiva para a ampliação do conhecimento das bases genéticas e aceleração de programas de melhoramento. A bioinformática está se tornando em uma ferramenta que será parte essencial na pesquisa científica de plantas e que poderá contribuir muito para este desafio, permitindo fazer inferências de função, estrutura e evolução de genes e genomas, busca de marcadores, desenho de primers, entre outras possibilidades. Neste sentido, três estudos de genômica comparativa em gramíneas foram realizados, utilizando a bioinformática como ferramenta. No primeiro trabalho, o objetivo do trabalho foi analisar a abundância de microssatélites no genoma de 13 espécies do gênero Oryza obtidas do GeneBank do National Center for Biotechnology Information NCBI, com programa SSRLocator, descrevendo as taxas, freqüências e padrão de distribuição dos diferentes microssatélites. A freqüência de microssatélites varia inversamente proporcional ao tamanho do genoma da espécie no gênero Oryza. As espécies de genoma A apresentam as maiores freqüências para todos os tipos de microssatélites e totais no gênero Oryza. Os trímeros compostos por citosinas e guaninas apresentam o maior percentual de ocorrência entre as espécies de gênero Oryza, sem relação direta com o conteúdo GC da espécie. No segundo trabalho, a região promotora de 1000 pares de bases dos genes OsNramp de Oryza sativa subsp japonica cv. Nipponbare foi investigada quanto à abundância de elementos cis-acting. As seqüências foram analisadas utilizando o programa Signal Scan Search do portal Plant Cis-acting Regulatory DNA Elements (PLACE) para a identificação dos diferentes elementos cis-acting presentes em cada uma das regiões promotoras. Foram detectados 170 diferentes elementos cis-acting na região promotora dos genes membros da família OsNramp, sendo um total de 14 elementos comuns a região promotora dos oito membros da família gênica OsNramp de Oryza sativa subsp. japonica. O elemento CACTFTPPCA1 foi o motivo mais freqüente na região promotora dos genes membros da família OsNramp de Oryza sativa subsp. japonica. O objetivo do último trabalho foi comparar as seqüências de ESTs de aveia com as espécies Arabidopsis, cevada, arroz, cana-de-açúcar, sorgo, trigo e milho, buscando inferir relações evolutivas dessas espécies com a aveia. Seqüências de oito espécies de plantas disponíveis atualmente, no banco de dados Unigene no National Center for Biotechnology Information - NCBI foram baixadas e as comparações com a aveia foram feitas utilizando as ferramentas de BLASTn e tBLASTx. Observou-se que o banco de ESTs de aveia UNIGENE-NCBI consiste de muitas seqüências pouco similares a outras espécies comparados a nucleotídeos (46,72%) e aminoácidos (74,97%). Uma minoria de 4,56% das seqüências presentes no banco de ESTs de aveia UNIGENE-NCBI apresentam alta similaridade com seqüências de espécies de mono e dicotiledôneas.