La encefalopatía hepática es una complicación mayor de la cirrosis que se asocia a un peor pronóstico y a una peor calidad de vida relacionada con la salud (CVRS). Los trabajos previos que han investigado la CVRS en la cirrosis adolecen de una serie de limitaciones metodológicas. Faltan estudios que evalúen la influencia de la encefalopatía hepática sobre la CVRS, y que combinen cuestionarios genéricos y específicos de enfermedad hepática. En la primera parte de esta tesis, el objetivo es describir cuáles son los factores potencialmente tratables que disminuyen la CVRS y valorar si la encefalopatía hepática es uno de estos factores. Además, se analiza el efecto de estos factores sobre diversos aspectos de la CVRS mediante la combinación de cuestionarios genéricos y específicos. En la segunda parte, se plantea un estudio de intervención, multicéntrico, controlado, randomizado y doble ciego en el que se compara el efecto de un suplemento de aminoácidos ramificados (AAR) con un suplemento isocalórico de maltodextrina en pacientes con antecedente reciente de encefalopatía hepática episódica. Este estudio transmite dos mensajes claros de gran interés práctico: 1) Los AAR no disminuyen la recurrencia de los episodios de encefalopatía hepática; 2) No existen diferencias entre una dieta normoproteica y una dieta hipoproteica en la evolución de pacientes con antecedente de encefalopatía hepática episódica. Por otro lado, se concluye que los aminoácidos ramificados pueden ser beneficiosos en pacientes con encefalopatía hepática mínima y en aquellos con un estado nutricional deficiente. Además, esta tesis sirve para analizar una gran cohorte de pacientes con cirrosis y antecedente de encefalopatía hepática. Esto nos permite extraer importantes hipótesis de trabajo para futuros proyectos. En primer lugar, se muestra que la recurrencia de la encefalopatía hepática puede depender de factores como la albúmina, la creatinina y el sodio, lo cual está de acuerdo con los resultados de otros grupos. Estos hallazgos sugieren la posibilidad de tratamientos dirigidos a nuevas dianas terapéuticas en la encefalopatía. En segundo lugar, los pacientes que desarrollan un episodio de encefalopatía hepática muestran un deterioro persistente de su función cognitiva. Esto plantea la importancia de la prevención primaria en pacientes con cirrosis y riesgo de desarrollar encefalopatía hepática. / Hepatic encephalopathy is a main complication of liver cirrhosis that is associated with a poorer prognosis and a poorer health-related quality of life (HRQOL). Previous studies about HRQOL in cirrhosis have significant methodological limitations such as lack of combination of generic and specific questionnaires of HRQOL. The aim of the first part of this thesis is to assess the involvement in HRQOL of potentially treatable factors including hepatic encephalopathy. In addition, we analyze the effect of these factors on multiple domains of HRQOL combining generic and specific questionnaires. In the second part of the thesis, we conduct a double-blind, randomized, multicentric, placebo-controlled study that compares the effect of a supplement of branched-chain amino acids (BCAA) with an isocolaric supplement of maltodextin in patients with a recent episode of hepatic encephalopathy. This study shows two practical conclusions: 1) BCAA does not decrease recurrence of episodic hepatic encephalopathy; 2) There are not differences between a normal-protein diet and a low-protein diet in the outcome of patients with prior hepatic encephalopathy. Nevertheless, BCAA may have a beneficial effect in patients with minimal hepatic encephalopathy and in those with a worse nutritional status. In addition, this thesis allows analyzing a representative cohort of patients with cirrhosis and previous hepatic encephalopathy. According to other studies, we observe that recurrence of episodic hepatic encephalopathy may be associated with some factors such as albumin, creatinine and plasmatic sodium. This association supports the role of treatments aimed at new targets in hepatic encephalopathy. Moreover, we show that patients who develop recurrence of episodic hepatic encephalopathy during follow-up have a persistent cognitive dysfunction. This result suggests the importance of primary prevention in patients with cirrhosis and high risk of development of hepatic encephalopathy.

La encefalopatía hepática (EH) es una complicación frecuente de la cirrosis y es un marcador de mal pronóstico además de conllevar un deterioro importante de la calidad de vida de los pacientes. La manifestación clínica puede variar desde formas muy leves (subclínicas) hasta estadios confusionales y finalmente coma. En la fisiopatología de la EH, el amonio juega un papel muy importante aunque no único. Los diversos estudios realizados a nivel experimental hasta la fecha se han basado la mayoría de ellos en modelos experimentales de fallo hepático agudo (origen tóxico o quirúrgico) o por derivación portosistémica con o sin administración de amonio en la dieta. No existe un modelo de EH en ratas con cirrosis descompensada (presencia de ascitis). En la presente Tesis se propone el desarrollo y validación de un nuevo modelo para estudiar la encefalopatía hepática (estudio 1). Así como comparar los efectos de la rifaximina frente a IGF-1 (Insuline-Like Growth Factor-1) en el tratamiento de esta patología (estudio 2). En el estudio 1, se propone la combinación de un modelo de cirrosis descompensada inducida por tetracloruro de carbono y uno de hipertensión portal extrahepática mediante la oclusión total de la vena porta comparándolo con los modelos por separado. En los resultados se evidencia que sólo el modelo combinado muestra características clínico-analíticas e histopatológicas comparables a las observadas en la EH humana: aumento del amonio plasmático y cerebral, edema cerebral de bajo grado y presencia de astrocitos tipo-II de Alzheimer además de una respuesta alterada a la sobrecarga de glutamina. En el estudio 2, primeramente se valida el modelo demostrando la reproducibilidad del mismo y se compara el efecto de un antibiótico no absorbible y utilizado en la práctica clínica habitual como la rifaximina frente a IGF-1 como posible nuevo tratamiento de esta enfermedad. Tal y como se ha evidenciado en otros estudios, el IGF-1 ha demostrado tener un efecto anabólico pleotrópico así como un efecto anti-fibrogénico con disminución de la hipertensión portal y mejoría de la permeabilidad de la barrera intestinal. Los resultados muestran que rifaximina es capaz de disminuir los niveles de amonio plasmático y cerebral, el edema de bajo grado cerebral, sobrecrecimiento bacteriano y discreta mejoría de la función hepática. Por el contrario, IGF-1 ha sido incapaz de presentar mejoría de la mayoría de estos parámetros en la posología utilizada. / Hepatic encephalopathy (HE) is a frequent complication from cirrhosis. Besides being a prognosis factor, it usually deteriorates the patient's life quality. Clinic manifestations are variable from subclinic forms to confusional stage and finally coma. To date, experimental studies have been based either on liver failure (toxic administration or surgical procedure) o by portosystemic shunting followed in some cases of hyperammoniemic diet supplementation. Ammonia has been shown to play a major role in HE physiopathology even it isn't the only one. The lack of an experimental model of HE in cirrhotic decompensated rats (presence of ascites) limits study of EH's physiopathology and possible new treatments. In the present doctoral Thesis is proposed the development and validation of new experimental model to study the HE in ascitic rats (study 1) and compare the effectiveness of the administration of rifaximin in front IGF-1 (Insuline-Like Growth Factor-1) as a treatment of HE (study 2). The first part, we proposed a new model based on the combination of two models; carbon tetrachloride-induced cirrhosis and extrahepatic portal hypertension induced by total portal vein occlusion, comparing to these two models separately. Results showed that only the combined model reproduced the clinic-analytic and histological changes comparable to human HE: plasmatic and cerebral ammonia increase after an oral challenge of glutamine, low grade cerebral oedema and the presence of Alzheimer type-II astrocytosis. In the second part, first of all we validated and reproduced, the rifaximin, a nonabsorbable antibiotic used as a HE treatment in human was administered and compared to IGF-1 administration as new possible HE treatment due to its anabolic effect, improving hepatic fibrosis and decreasing portal hypertension and improve intestinal barrier permeability reported in previous studies. Results showed that rifaximin is able to normalize plasmatic and cerebral ammonia levels, low grade cerebral oedema, bacterial overgrowth and slightly functional hepatic improvement. In contrast, IGF-1, at used doses, wasn't able to improve most of the parameters evaluated.

La encefalopatía hepática ha sido históricamente considerada como un síndrome neuropsiquiátrico reversible y el astrocito la célula diana afectada. El trasplante hepático ha demostrado su capacidad de mejorar las alteraciones cognitivas y neurorradiológicas asociadas con el fallo hepático y por otra parte, ha evidenciado la persistencia de déficits neuropsicológicos en algunos casos. Además, estudios de neuroimagen llevados a cabo en las últimas décadas han revelado la existencia de atrofia cerebral en pacientes con encefalopatía hepática crónica. Así pues, en los últimos años se ha sugerido que la encefalopatía hepática puede causar daño cerebral estructural y secuelas. Esta tesis investiga la evolución de la función neuropsicológica y de la estructura cerebral después del trasplante hepático. Específicamente analiza el efecto de la encefalopatía hepática en la evolución neurológica postrasplante. Otras variables con posible influencia en la función cognitiva fueron también evaluadas. Los objetivos de esta investigación se llevaron a cabo utilizando tests neuropsicológicos y resonancia magnética cerebral en estudios clínicos longitudinales. Se documentó una evolución cognitiva heterogénea un año después del trasplante hepático. Varias condiciones clínicas pre-trasplante pueden afectar la función neurológica pos-trasplante. La encefalopatía hepática previa al trasplante se asoció a una alteración neurológica persistente (predominantemente en la función psicomotora) junto con el abuso de alcohol y la diabetes mellitus. Además, la encefalopatía hepática se asoció a un menor volumen cerebral, lo que sugiere una destrucción de tejido cerebral. El análisis de espectroscopia sugiere pérdida neuronal en relación a un menor volumen cerebral. A largo plazo, la función cognitiva permanece estable a menos que se desarrollen enfermedades neurológicas de novo que causen deterioro cognitivo. De hecho, la enfermedad cerebrovascular de pequeño vaso se asoció con pérdida de memoria en aquellos pacientes que presentaban un mayor riesgo cardiovascular como la asociación de diabetes, hipertensión arterial e insuficiencia renal. Algunos factores posiblemente implicados en el daño neurológico pos-trasplante podrían no haber sido adecuadamente investigados, debido principalmente a cuestiones metodológicas tales como el efecto de los fármacos inmunosupresores o la isquemia perioperatoria. Además, el hecho de que varios factores (alcohol, diabetes) afecten la función cognitiva hace difícil delimitar el daño causado estrictamente por la encefalopatía hepática. A pesar de estas limitaciones, esta investigación fuertemente sugiere que la encefalopatía hepática está asociada con daño cerebral estructural permanente y pérdida neuronal. Este concepto está refrendado por otras evidencias como la activación de mecanismos de muerte celular (estrés oxidativo, fracaso energético, inflamación) en la encefalopatía hepática. Además, la pérdida neuronal ha sido previamente demostrada en otras complicaciones neurológicas asociadas a la insuficiencia hepática como la degeneración cerebelosa y la degeneración hepatocerebral adquirida (no Wilsoniana). Es importante destacar que el daño persistente es leve y que la función cognitiva después del trasplante hepático está globalmente, dentro de los límites de la normalidad. Establecer una relación de causalidad entre encefalopatía hepática y pérdida de neuronas requiere mayor investigación. Sin embargo, los resultados de estos estudios pueden tener importantes implicaciones. Desde un punto de vista patogénico, el concepto clásico de la encefalopatía hepática como una enfermedad exclusivamente astrocitaria debe ser reconsiderada. Desde un punto de vista pronóstico, deben tenerse en cuenta algunas consideraciones. Así, estrategias dirigidas a evitar o minimizar la ocurrencia de la encefalopatía hepática pueden prevenir el deterioro cognitivo. Esto puede ser especialmente importante en aquellos pacientes con otras comorbilidades neurológicas o en riesgo de desarrollar deterioro cognitivo como los pacientes candidatos a trasplante hepático. / Summary Historically, hepatic encephalopathy has been considered a reversible neuropsychiatric syndrome with the astrocyte as the pathological target. Implementation of liver transplantation showed the ability to improve cognitive and neuroradiological abnormalities related to liver failure and on the other hand revealed persistence of neuropsychological deficits in some cases. In addition, neuroimaging studies performed in recent decades unfolded brain atrophy in patients with chronic hepatic encephalopathy. Thus, last years pointed that hepatic encephalopathy may cause structural brain injure and sequels. This research investigates the outcome of neuropsychological function and brain structure following successful liver transplant. Specifically, the effect of hepatic encephalopathy and its outcome have been analyzed. Other variables with suspected influence in the cognitive function were also evaluated. These objectives were assessed by a dual approach of neuropsychological tests and magnetic resonance in longitudinal studies. A heterogeneous cognitive outcome was found after one year of successful liver transplantation. Several pre-transplant conditions can impair the pos-transplant neurological function. Hepatic encephalopathy has been linked to a persistent damage (predominantly in psychomotor function) in addition to alcohol abuse and diabetes mellitus. Besides, hepatic encephalopathy was associated to a decreased brain volume evoking loss of brain tissue. Spectroscopic analyses suggested neuronal loss with the smaller brain volume. At long-term, cognitive function remained stable unless de novo neurological diseases cause cognitive decline. In fact, small vessel cerebrovascular disease was associated with loss of memory in those patients with accumulation of cardiovascular risk factors such as diabetes mellitus and arterial hypertension. Some factors implicated in neurological injury may not be appropriately investigated due to methodological issues as immunosuppressive drug effects or perioperative ischemia. Additionally, the fact that other factors (e.g. alcohol, diabetes) affect cognitive function make difficult to define the damage due to hepatic encephalopathy. Despite these limitations, the present research strongly suggests that hepatic encephalopathy is associated with permanent structural injury and loss of neurons. This concept is supported by other lines of evidence such as activation of mechanism of cell death (oxidative/nitrosative stress, energy impairment and inflammation) in hepatic encephalopathy. Besides, neuronal loss has been previously demonstrated in other neurological diseases associated with liver failure as cerebellar degeneration and acquired hepatocerebral degeneration (non-Wilsonian). It is important to note that persistent damage is mild and on average, cognitive function after liver transplant remains within normal range. In order to establish a causal relationship further investigation is required. However, the results of this research can have important implications. From a pathogenic perspective, the classical consideration of hepatic encephalopathy as exclusively an astrocytic disease needs re-evaluation. From a clinical and prognostic point of view some considerations must be taken into consideration. Strategies focussed on avoiding or minimizing the occurrence of hepatic encephalopathy may prevent cognitive decline, especially in those patients with other neurological comorbidities and in those at risk of cognitive damage as liver transplant candidates.

[ES] El objetivo principal de este trabajo fue conocer las alteraciones inmunológicas asociadas a la inflamación periférica que desencadenan deterioro cognitivo en los pacientes cirróticos encefalopatía hepática mínima (EHM). Estos cambios pueden ser monitorizados como cascadas de señalización a lo largo de los tipos celulares del sistema inmune. Como estudio preliminar, se analizaron los cambios en la expresión génica (transcriptómica), los metabolitos de plasma (metabolómica) y un panel de citoquinas extracelulares en muestras de sangre de pacientes cirróticos con y sin EHM. Los resultados del análisis transcriptómico apoyaron la hipótesis de alternancias en las poblaciones celulares de linfocitos Th1/Th2 y Th17 como principales impulsores de la EHM. El análisis clúster de las moléculas del suero dio como resultado 6 grupos de compuestos químicamente similares. También se ha realizado un análisis de integración multiómica para detectar las relaciones entre los componentes intra y extracelulares que podrían contribuir a la inducción del deterioro cognitivo. Los resultados de este análisis integrativo sugirieron una relación entre las citocinas CCL20, CX3CL1, CXCL13, IL-15, IL-22 e IL-6 con la alteración de la quimiotaxis, así como un vínculo entre los fosfolípidos insaturados de cadena larga y el aumento del transporte de ácidos grasos y la producción de prostaglandinas. Estudios previos sugieren que un cambio en la inflamación periférica, orquestado principalmente por las células T CD4+, es un factor crítico que desencadena el deterioro cognitivo en EHM. La segunda parte de la tesis se centró en la comprensión de las rutas genéticas y los mecanismos por los que las alteraciones en los linfocitos CD4+ pueden contribuir a la inflamación periférica en EHM. Se analizaron los niveles de expresión de genes, factores de transcripción y miARNs en este subtipo de linfocitos mediante secuenciación de alto rendimiento (RNA-seq y miRNA-seq). El análisis individual de cada grupo de datos mostró diferencias de expresión de ARNm y miARN, así como las vías biológicas alteradas en los linfocitos CD4+ comparando pacientes cirróticos con y sin EHM. Encontramos alteraciones en 167 ARNm y 20 rutas biológicas en los pacientes con EHM, incluyendo los receptores tipo Toll, la señalización de la IL-17 y las vías del metabolismo de histidina y triptófano. Trece miRNAs y 7 factores de transcripción presentaron alteraciones en los pacientes con EHM. Utilizando bases de datos para determinar sus genes diana, encontramos una modulación por el aumento de miR-494-39, miR-656-3p y miR-130b-3p de la expresión de TNFAIP3 (proteína A20) y ZFP36 (proteína TTP) aumentaría los niveles de citoquinas proinflamatorias como IL-17 y TNF¿. Finalmente, estudiamos el repertorio de receptores de células T (TCR) de pacientes control, y de pacientes cirróticos con y sin EHM, a partir del conjunto de datos de RNA-seq procedentes de células T CD4+ aisladas previamente. Dado que los experimentos de RNA-seq contienen genes del TCR en una fracción de los datos, se puede analizar el repertorio sin necesidad de generar datos adicionales. Tras el alineamiento de las lecturas con la base de datos de los genes VDJ realizada por la herramienta MiXCR, recuperamos entre 498-1114 cadenas TCR beta distintas por paciente. Los resultados mostraron un bajo número de clones públicos (convergencia clonal), una alta diversidad (expansión clonal) y una elevada similitud en la arquitectura de la secuencia dentro de los repertorios, independientemente del estado inmunitario de los 3 grupos de pacientes. Además, detectamos una sobrerrepresentación significativa de los TCRs relacionados con la enfermedad celíaca y la enfermedad inflamatoria intestinal en los repertorios de los pacientes con EHM. / [CA] L'objectiu principal d'aquest treball va ser conèixer les alteracions immunològiques associades a la inflamació perifèrica que desencadenen deteriorament cognitiu en els pacients cirròtics amb encefalopatia hepàtica mínima (EHM). Aquests canvis poden ser monitoritzats com cascades de senyalització al llarg dels tipus cel·lulars del sistema immune. Com a estudi preliminar, es van analitzar els canvis en l'expressió gènica (transcriptòmica), els metabòlits de plasma (metabolòmica) i un conjunt de citocines extracel·lulars en mostres de sang de pacients cirròtics amb i sense EHM. Els resultats de l'anàlisi transcriptòmica van recolzar la hipòtesi d'alternances en les poblacions cel·lulars de limfòcits Th1/Th2 i Th17 com a principals impulsors de la EHM. L'anàlisi clúster de les molècules del sèrum va donar com a resultat 6 grups de compostos químicament similars. També s'ha realitzat una anàlisi d'integració multiòmica per detectar les relacions entre els components intra i extracel·lulars que podrien contribuir a la inducció del deteriorament cognitiu. Els resultats d'aquesta anàlisi d'integració van suggerir una relació entre les citocines CCL20, CX3CL1, CXCL13, IL-15, IL-22 i IL-6 amb l'alteració de la quimiotaxis, així com un vincle entre els fosfolípids insaturats de cadena llarga i l'augment del transport d'àcids grassos i la producció de prostaglandines. Estudis previs suggereixen que un canvi en la inflamació perifèrica, orquestrat principalment per les cèl·lules T CD4+, és un factor crític que desencadena el deteriorament cognitiu en EHM. La segona part de la tesi es va centrar en la comprensió de les rutes genètiques i els mecanismes pels quals les alteracions en els limfòcits CD4+ poden contribuir a la inflamació perifèrica en EHM. Es van analitzar els nivells d'expressió de gens, factors de transcripció i miARNs en aquest subtipus de limfòcits mitjançant seqüenciació d'alt rendiment (RNA-seq i miRNA-seq). L'anàlisi individual de cada grup de dades va mostrar les diferències d'expressió d'ARNm i miARN, així com les vies biològiques alterades en els limfòcits CD4+ comparant pacients cirròtics amb i sense EHM. Trobàrem alteracions en 167 ARNm i 20 rutes biològiques en els pacients amb EHM, incloent els receptors tipus Toll, la senyalització de la IL-17 i les vies del metabolisme de la histidina i el triptòfan. Tretze miRNAs i 7 factors de transcripció van presentar alteracions en els pacients amb EHM. Després utilitzàrem bases de dades per determinar els seus gens diana, els quals van resultar ser codificants per proteïnes clau implicades en el canvi immunològic que desencadena la EHM. Per exemple, la modulació per l'augment de miR-494-39, miR-656-3p i miR-130b-3p de l'expressió de TNFAIP3 (proteïna A20) i ZFP36 (proteïna TTP) augmentaria els nivells de citocines proinflamatòries com IL-17 i TNF¿. L'última part de la tesi comprèn un cas pràctic en el qual s'estudia el repertori de receptors de cèl·lules T (TCR) de pacients control, i de pacients cirròtics amb i sense EHM, a partir del conjunt de dades de RNA-seq procedents de cèl·lules T CD4+ aïllades prèviament. Atès que els experiments de RNA-seq contenen gens del TCR en una fracció de les dades, es crea una oportunitat per a l'anàlisi del repertori sense necessitat de generar dades addicionals, el qual redueix la quantitat i els costos de les mostres. Després de l'alineament de les lectures amb la base de dades dels gens VDJ realitzada per l'eina MiXCR, recuperàrem entre 498-1114 cadenes TCR beta diferents per pacient. Els resultats van mostrar un baix nombre de clons públics (convergència clonal), una alta diversitat (expansió clonal) i una elevada similitud en l'arquitectura de la seqüència dins dels repertoris, independentment de l'estat immunitari dels 3 grups de pacients. A més, detectàrem una sobrerepresentació significativa dels TCRs relacionats amb la malaltia celíaca i la malaltia inflamatòria intestinal en els repertoris dels pacients amb EHM. / [EN] The main objective of this work was to understand the immunological alterations associated with the peripheral inflammation that trigger minimal hepatic encephalopathy (MHE) in patients with cirrhosis. These changes can be monitored through the signaling cascades of different immune system cell types. In this work, in a preliminary study, changes in gene expression (transcriptomics), plasma metabolites (metabolomics), and a panel of extracellular cytokines were analyzed in blood samples from patients with cirrhosis with and without MHE. Transcriptomics analysis supported the hypothesis that alternations in the Th1/Th2 and Th17 lymphocyte cell populations are the major drivers of MHE. Cluster analysis of serum molecules highlighted 6 groups of chemically similar compounds. We also developed a multi-omic integration analysis pipeline to detect covariation between intra- and extracellular components that could contribute to the induction of cognitive impairment. Results of this integrative analysis suggested a relationship between cytokines CCL20, CX3CL1, CXCL13, IL-15, IL-22, and IL-6 and altered chemotaxis, as well as a link between long-chain unsaturated phospholipids and increased fatty acid transport and prostaglandin production. A shift in peripheral inflammation in patients with MHE, mainly orchestrated by CD4+ T cells, had been proposed in previous studies as a critical factor that triggers cognitive impairment. The second part of this thesis focused on understanding the pathways and mechanisms by which alterations in CD4+ lymphocytes may contribute to peripheral inflammation in MHE. Thus, the expression levels of genes, transcription factors, and miRNAs were analyzed in this lymphocyte subtype by high throughput sequencing (RNA-seq and miRNA-seq). Separate analysis of each dataset showed mRNA and miRNA expression differences and altered biological pathways in CD4+ lymphocytes when compared to patients with cirrhosis with and without MHE. We found alterations in 167 mRNAs and 20 pathways in patients with MHE, including toll-like receptors, IL-17 signaling, histidine, and tryptophan metabolism pathways. In addition, 13 miRNAs and 7 transcription factors presented alterations in patients with MHE. We used public databases to determine the target genes of these regulatory molecules and found that increased miR-494-39, miR-656-3p, and miR-130b-3p expression may modulate TNFAIP3 (A20) and ZFP36 (TTP) to increase levels of pro-inflammatory cytokines such as IL-17 and TNF¿. Finally, we present a case study of the T-cell receptor (TCR) repertoire profiles of control patients and patients with cirrhosis with and without MHE obtained from the bulk RNA-seq dataset previously generated from isolated CD4+ T cells. Given that RNA-seq experiments contain the TCR genes in a fraction of the data, the receptor repertoire analysis without the need to generate additional data is possible. After read alignment to the VDJ genes was performed with the MiXCR tool, we successfully recovered 498-1,114 distinct TCR beta chains per patient. Results showed fewer public clones (clonal convergence), higher diversity (clonal expansion), and elevated sequence architecture similarity within repertoires, independently of the immune status of the 3 groups of patients. Additionally, we detected significant overrepresentation of celiac disease and inflammatory bowel disease related TCRs in MHE patient repertoires. To the best of our knowledge, this is one of the few studies to have shown a step-by-step pipeline for the analysis of immune repertoires using whole transcriptome RNA-seq reads as source data. In conclusion, our work identified potentially relevant molecular mechanisms of the changes in the immune system associated with the onset of MHE in patients with cirrhosis. Future work with a large sample cohort will be required to validate these results in terms of biomarker determination and the development of new, more effective treatments for MHE. / Rubio Martínez-Abarca, MT. (2022). Multi-omic data integration study of immune system alterations in the development of minimal hepatic encephalopathy in patients with liver cirrhosis [Tesis doctoral]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/185116