<p>Flera internationella studier har visat att elever i åldrar som motsvarar Sveriges gymnasienivå har svårt att förstå genetiska begrepp. Den främsta orsaken till detta är begreppens abstrakta karaktär. Syftet med den här studien är att skapa en webbaserad övning som konkretiserar de biomolekylära begreppen associerade med det centrala dogmat. I övningen studeras en människlig gen och dess transkript på nukleotidnivå och tillhörande proteiner på aminosyranivå. Genom att navigera i en publik gendatabas får eleverna följa det genetiska informationsflödet från gen till protein via omoget och moget mRNA. Övningen ger också ett exempel på kopplingen mellan genotyp och fenotyp. En första version av övningen testades på 29 elever varav 22 genomförde ett kunskapstest före och efter övningen och 28 deltog i en enkätundersökning om deras inställning till övningen. Dessutom intervjuades tre biologilärare på gymnasienivå. Övningen modifierades utifrån testresultaten, elevernas svar i enkätundersökningen och lärarnas kommentarer. Framförallt var det proteinets koppling till genen och sambandet mellan genens kodon och proteinets aminosyror som behövde förtydligas i övningen. Den slutliga versionen av övningen är inkluderad i denna uppsats.</p>

Flera internationella studier har visat att elever i åldrar som motsvarar Sveriges gymnasienivå har svårt att förstå genetiska begrepp. Den främsta orsaken till detta är begreppens abstrakta karaktär. Syftet med den här studien är att skapa en webbaserad övning som konkretiserar de biomolekylära begreppen associerade med det centrala dogmat. I övningen studeras en människlig gen och dess transkript på nukleotidnivå och tillhörande proteiner på aminosyranivå. Genom att navigera i en publik gendatabas får eleverna följa det genetiska informationsflödet från gen till protein via omoget och moget mRNA. Övningen ger också ett exempel på kopplingen mellan genotyp och fenotyp. En första version av övningen testades på 29 elever varav 22 genomförde ett kunskapstest före och efter övningen och 28 deltog i en enkätundersökning om deras inställning till övningen. Dessutom intervjuades tre biologilärare på gymnasienivå. Övningen modifierades utifrån testresultaten, elevernas svar i enkätundersökningen och lärarnas kommentarer. Framförallt var det proteinets koppling till genen och sambandet mellan genens kodon och proteinets aminosyror som behövde förtydligas i övningen. Den slutliga versionen av övningen är inkluderad i denna uppsats.

O adenocarcinoma pancreático (PDAC) é uma neoplasia de difícil diagnóstico precoce e cujo tratamento não tem apresentado avanços expressivos desde a última década. As tecnologias de sequenciamento de nova geração (next generation sequencing - NGS) podem trazer importantes avanços para a busca de novos marcadores para diagnóstico de PDACs, podendo também contribuir para o desenvolvimento de terapias individualizadas. Bancos de dados são ferramentas poderosas para integração, padronização e armazenamento de grandes volumes de informação. O objetivo do presente estudo foi modelar e implementar um banco de dados relacional (CaRDIGAn - Cancer Relational Database for Integration and Genomic Analysis) que integra dados disponíveis publicamente, provenientes de experimentos de NGS de amostras de diferentes tipos histopatológicos de PDAC, com dados gerados por nosso grupo no IQ-USP, facilitando a comparação entre os mesmos. A funcionalidade do CaRDIGAn foi demonstrada através da recuperação de dados clínicos e dados de expressão gênica de pacientes a partir de listas de genes candidatos, associados com mutação no oncogene KRAS ou diferencialmente expressos em tumores identificados em dados de RNAseq gerados em nosso grupo. Os dados recuperados foram utilizados para a análise de curvas de sobrevida que resultou na identificação de 11 genes com potencial prognóstico no câncer de pâncreas, ilustrando o potencial da ferramenta para facilitar a análise, organização e priorização de novos alvos biomarcadores para o diagnóstico molecular do PDAC. / Pancreatic Ductal Adenocarcinoma (PDAC) is a type of cancer difficult to diagnose early on and treatment has not improved over the last decade. Next Generation Sequencing (NGS) technology may contribute to discover new biomarkers, develop diagnose strategies and personalised therapy applications. Databases are powerfull tools for data integration, normalization and storage of large data volumes. The main objective of this study was the design and implementation of a relational database to integrate publicly available data of NGS experiments of PDAC pacients with data generated in by our group at IQ-USP, alowing comparisson between both data sources. The database was called CaRDIGAn (Cancer Relational Database for Integration and Genomic Analysis) and its funcionalities were tested by retrieving clinical and expression data of public data of genes differencially expressed genes in our samples or genes associated with KRAS mutation. The output of those queries were used to fit survival curves of patients, which led to the identification of 11 genes potencially usefull for PDAC prognosis. Thus, CaRDIGAn is a tool for data storage and analysis, with promissing applications to identification and priorization of new biomarkers for molecular diagnosis in PDAC.

In the frame of Practical knowledge at Södertörn University, Sweden, I have examined my own practical knowledge. The starting-point is what happened during my work as director, when I was rather new in the profession. The studie focuses on what it is that happens when the body communication is not functioning as it should. This essay focuses mainly on physical communication and investigates how the communication worked during this process in which I in the beginning of my carreer led as director at a Public Theatre. My story tells about how I remember the direction process with a Theatre ensemble, framed with communication problems. I call this Directing process 1. The directing work and the actors process work was suffering and an optimal result was not possible to reach. In spite of that, the play was performed and reached a large audience. In a comparative field study  I observed another theatre rehearsal process, interviewed the director and saw the performance. This process worked well. I call this Directing process 2. I have a theoretical discussion with a starting point in communication and theatre literature where I analyze my own understanding of communication and what the communication concept stands for. When traditional communication theory is completed with physical variables, it lightens in a concrete and distinct sense, some essential abilities in the directors work. I reject the assertion that all behavior is communication. I presuppose from the definition that communication builds on someone who sends and someone who confirms. I introduce communication theoretical conceptions and six key words as starting-point, for my analysis of physical communication during a process work. I compare the differences in the directors relation to their ensembles. The two theatre directing processes differed in terms of communication in  several crucial points. These differences became a question of vital  importance for a successful and a less successful process. The biggest weakness in process 1 appears to be my own lack of freedom in the way of movement related to the ensemble. It was characterized by a closed body language, difficulties with the listening, and avoiding eye contact. From that I identify the largest problem witch showed to be the lack of confidence between me and the crew. The great assets of the Process 2 was the physical freedom among the bodies that moved in the room, and in relation to each other, while the biggest problem I saw as the lack of clear intentions. The conclusion is that the positions of the bodies related to each other can be a determining factor for successful work together. Moreover that confidence showed up to be the most important communicative reason if these processes succeeded ore failed. / Inom ramen för praktisk kunskap vid Södertörns Högskola, Stockholm, har jag undersökt min egen praktiska kunskap. Utgångspunkten är vad som hänt under mitt arbete som regissör, när jag var ganska ny i yrket. Studien handlar särskilt om när kroppens kommunikation inte fungerar bra under ett processarbete mellan regissör och ensemble. Denna uppsats inriktar sig i första hand på kroppslig kommunikation och undersöker hur kommunikationen fungerade under en regiprocess som jag tidigt i min karriär som regissör ledde på en offentlig teater. Jag berättar om hur jag minns regiprocessen med en teaterensemble kantad av kommunikativa problem. Jag kallar denna för regiprocess 1. Regiarbetet och skådespelarnas processarbete blev lidande och ett optimalt resultat gick inte att uppnå. Trots det genomfördes produktionen och spelades för stor publik. I en jämförande fältstudie observerar jag även regiprocessen på en annan teater, intervjuar regissören och ser det slutliga resultatet. Den processen fungerade väl. Jag kallar den regiprocess 2. Jag utgår från utgår från kommunikations- och teaterlitteratur där jag analyserar min förståelse för kommunikation och vad kommunikationsbegreppet står för. Traditionell kommunikationsteori kompletteras med kroppslig praktik som hur vi rör oss på golvet i förhållande till varandra och vad det betyder för våra relationer, belyses regiarbetets kommunikation. Jag ifrågasätter påstående att allt beteende är kommunikation och utgår från definitionen att kommunikation bygger på att någon sänder och att någon bekräftar.  Jag introducerar kommunikationsteoretiska begrepp och sex nyckelord som utgångspunkt för min analys av kroppslig kommunikation under ett processarbete. I analysen jämförs skillnaderna i regissörernas förhållande till ensemblerna. De två regiprocesserna skiljde sig kommunikationsmässigt på flera avgörande punkter. Dessa skillnader blev avgörande för en lyckad respektive mindre lyckad process. Som den största svagheten under regiprocess 1 framstår ofriheten i mitt sätt att röra mig i förhållande till ensemblen. Den präglades av stängt kroppsspråk, svårigheter med lyssnande och undvikande av ögonkontakt. Ur detta härleder jag det största problemet som visade sig vara bristen på förtroende mellan mig och ensemblen. Under regiprocess 2 var den fysiska frihet med vilken kropparna rörde sig i rummet och i förhållande till varandra god, medan den största bristen var tydliga intentioner. Slutsatsen blir att kropparnas placering i förhållande till varandra kan ha en avgörande betydelse för ett lyckat samarbete. Dessutom att förtroende visade sig vara den viktigaste kommunikativa orsaken till om en dessa processer lyckades eller misslyckades.

O adenocarcinoma pancreático (PDAC) é uma neoplasia de difícil diagnóstico precoce e cujo tratamento não tem apresentado avanços expressivos desde a última década. As tecnologias de sequenciamento de nova geração (next generation sequencing - NGS) podem trazer importantes avanços para a busca de novos marcadores para diagnóstico de PDACs, podendo também contribuir para o desenvolvimento de terapias individualizadas. Bancos de dados são ferramentas poderosas para integração, padronização e armazenamento de grandes volumes de informação. O objetivo do presente estudo foi modelar e implementar um banco de dados relacional (CaRDIGAn - Cancer Relational Database for Integration and Genomic Analysis) que integra dados disponíveis publicamente, provenientes de experimentos de NGS de amostras de diferentes tipos histopatológicos de PDAC, com dados gerados por nosso grupo no IQ-USP, facilitando a comparação entre os mesmos. A funcionalidade do CaRDIGAn foi demonstrada através da recuperação de dados clínicos e dados de expressão gênica de pacientes a partir de listas de genes candidatos, associados com mutação no oncogene KRAS ou diferencialmente expressos em tumores identificados em dados de RNAseq gerados em nosso grupo. Os dados recuperados foram utilizados para a análise de curvas de sobrevida que resultou na identificação de 11 genes com potencial prognóstico no câncer de pâncreas, ilustrando o potencial da ferramenta para facilitar a análise, organização e priorização de novos alvos biomarcadores para o diagnóstico molecular do PDAC. / Pancreatic Ductal Adenocarcinoma (PDAC) is a type of cancer difficult to diagnose early on and treatment has not improved over the last decade. Next Generation Sequencing (NGS) technology may contribute to discover new biomarkers, develop diagnose strategies and personalised therapy applications. Databases are powerfull tools for data integration, normalization and storage of large data volumes. The main objective of this study was the design and implementation of a relational database to integrate publicly available data of NGS experiments of PDAC pacients with data generated in by our group at IQ-USP, alowing comparisson between both data sources. The database was called CaRDIGAn (Cancer Relational Database for Integration and Genomic Analysis) and its funcionalities were tested by retrieving clinical and expression data of public data of genes differencially expressed genes in our samples or genes associated with KRAS mutation. The output of those queries were used to fit survival curves of patients, which led to the identification of 11 genes potencially usefull for PDAC prognosis. Thus, CaRDIGAn is a tool for data storage and analysis, with promissing applications to identification and priorization of new biomarkers for molecular diagnosis in PDAC.

This work presents the building up of basic biological units DNA, RNA and proteins as well as their function. Provided data are kept in biological databases which are connected worldwide to supply preferable communication along with all kinds of available information to be used in the scientific research. The secret of alive is hidden in genes coded in sequences of nucleotides. Genes enable the creation of proteins which are made of sequences of amino-acids. The wide-spread methods of comparing these sequences are FASTA and BLAST algorithms. Their base is used for the PSProt program which is described in this work. PSProt program is the tool for comparing the sequences of proteins. First it is necessary to synthesise the protein from the DNA oligonucleotide because it codes the surveyed protein. The most similar proteins are searched out by heuristic of hitpoints, then their final score that is essential for aligning is modified by semiglobal alignment algorithm.