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Identifica??o de enterobact?rias atrav?s da t?cnica de MALDI-TOF MS e compreens?o da dissemina??o destes agentes em ambiente de produ??o leiteira / enterobacteria identification by MALDI-TOF MS technique and understanding the spread of these agents in dairy production environment

Rodrigues, Naiara de Miranda Bento 26 February 2016 (has links)
Submitted by Leticia Schettini (leticia@ufrrj.br) on 2016-09-20T14:14:37Z No. of bitstreams: 1 2016 - NAIARA DE MIRANDA BENTO RODRIGUES.pdf: 1508318 bytes, checksum: bbf2aebb5d43033339bf559d73461919 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-20T14:14:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016 - NAIARA DE MIRANDA BENTO RODRIGUES.pdf: 1508318 bytes, checksum: bbf2aebb5d43033339bf559d73461919 (MD5) Previous issue date: 2016-02-26 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico - CNPQ / Mastitis adversely affects milk production and in general cows do not regain their full production levels post recovery, leading to considerable economic losses. Moreover the percentage decrease in milk production depends on the specific pathogen that caused the infection and enterobacteria are responsible for this greater reduction. These microorganisms are preferentially found in the habitat of animals in places contaminated with feces, urine, clay and also organic beds. Phenotypic tests are among the currently available methods used worldwide to identify enterobacteria; however they tend to misdiagnose the species despite the multiple tests carried out and they can delay the antibiotic therapy by clinic veterinary. On the other hand the MALDI-TOF MS technique has been attracting attention for its precise identification of several microorganisms at species level. In the current study, 183 enterobacteria were detected in milk (n=47) and fecal samples (n=94) collected from cows; also water (n=23) and milk line samples (n=19) collected from a farm in Rio de Janeiro with the purpose to present the MALDI-TOF MS technique as efficient methodology and also as a ?gold standard? to better understand the possible current biochemical errors in enterobacteria identification considering isolates from bovine environments. This proteomic technique confirmed 92.9% (170/183) of the enterobacteria species identified by biochemical tests that showed high sensitivity (> 81%) and specificity (> 89%). The gyrB sequencing was made in eigth from thirteen misidentified enterobacteria and confirmed 100% the MALDI-TOF results, so the proteomic technique was used as a ?gold standard? for this study. The amino acid decarboxylation test made the most misidentifications and Enterobacter spp was the largest misidentified genus (76.9%, 10/13). E.coli was prevalent (83%, 152/183) in all samples and the bovine milk presented the most enterobacteria diversity. The Salmonella sp wasn?t detected in feces bovine samples and all water samples from different points in the farm presented unacceptable microbiological standards. Was identified enterobacteria in milkers hands and nasal cavity also in the milking machines used on the property. These results aim to contribute significantly to the characterization of the Enterobacteriaceae as well in understanding of its spread in dairy production environment , assisting in need diagnostic of possible agents involved in bovine mastitis as well as to implement properly targeted prophylactic measures. / A mastite bovina afeta negativamente a produ??o de leite dificultando a recupera??o dos n?veis de produ??o total das propriedades leiteiras, levando a perdas econ?micas consider?veis. Esta redu??o no percentual da produ??o de leite pode estar associada ao agente patog?nico espec?fico que causou a infec??o, sendo as enterobact?rias frequentemente respons?veis pela mastite ambiental. Estes microrganismos s?o preferencialmente encontrados no habitat normal dos animais como locais que apresentam esterco, urina, barro e camas org?nicas. Os testes fenot?picos est?o entre os m?todos dispon?veis atualmente utilizados para identificar as enterobact?rias; no entanto, eles podem ocasionalmente identitificar erroneamente algumas esp?cies apesar dos m?ltiplos ensaios realizados. Al?m disso, a demora na sua execu??o pode tardar a antibioticoterapia realizada em campo. Por outro lado, a t?cnica de MALDI-TOF MS tem atra?do a aten??o pela sua identifica??o precisa dos v?rios microorganismos em n?vel de esp?cie. No presente estudo, um total de 183 enterobact?rias foram isoladas a partir de amostras de leite (n=47) e fezes colhidas de vacas em lacta??o (n=94); amostras de ?gua (n=23) e na linha de ordenha (n=19) em uma propriedade situada no Rio de Janeiro. A proposta foi utilizar a t?cnica de MALDI-TOF MS como um m?todo eficaz de identifica??o bacteriana de enterobact?rias e descrever a permanencia destes microrganismos no ambiente de produ??o leiteira. A t?cnica prote?mica confirmou 92,9% (170/183) das esp?cies de enterobact?rias identificadas pelos testes bioqu?micos convencionais. O sequenciamento do gene gyrB, realizado em oito das 13 enterobact?rias que apresentaram identifica??o discordante, confirmou em 100% o resultado da t?cnica prote?mica, que foi utilizada como metodologia de refer?ncia no presente estudo. O g?nero Enterobacter foi o mais discordante pelo m?todo bioqu?mico (76,9%, 9/13). A E.coli foi a esp?cie predominante (83%, 152/183) em todas as amostras avaliadas, sendo que o leite bovino apresentou maior diversidade de enterobact?rias. N?o foi detectada a presen?a de Salmonella spp. nas amostras de fezes bovinas e todas as amostras de ?gua dos diferentes pontos de coleta da propriedade apresentaram padr?es microbiol?gicos inaceit?veis. Foram isoladas enterobact?rias das m?os e cavidades nasal dos ordenhadores, bem como nas ordenhadeiras mec?nicas utilizadas na propriedade. Estes dados visam contribuir de forma significativa para a caracteriza??o das enterobacterias bem como para a compreens?o e sua descri??o no ambiente de produ??o leiteira, auxiliando no diagn?stico preciso dos poss?veis agentes envolvidos na mastite bovina bem como na implementa??o de medidas profil?ticas devidamente direcionadas.
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Aspectos da microbiologia de reservat?rios do semi?rido nordestino (Brasil): qualidade de ?gua e concep??es espont?neas de professores de escolas p?blicas

Dantas, Cirleide Marques 28 July 2010 (has links)
Submitted by Automa??o e Estat?stica (sst@bczm.ufrn.br) on 2016-01-26T21:15:50Z No. of bitstreams: 1 CirleideMarquesDantas_DISSERT.pdf: 2038614 bytes, checksum: e9187b5c1506b7b05372eae0c149b5a4 (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2016-02-01T23:13:57Z (GMT) No. of bitstreams: 1 CirleideMarquesDantas_DISSERT.pdf: 2038614 bytes, checksum: e9187b5c1506b7b05372eae0c149b5a4 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-02-01T23:13:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 CirleideMarquesDantas_DISSERT.pdf: 2038614 bytes, checksum: e9187b5c1506b7b05372eae0c149b5a4 (MD5) Previous issue date: 2010-07-28 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior - CAPES / Este estudo foi desenvolvido no reservat?rio Boqueir?o de Parelhas, situado em regi?o Semi-?rida do Rio Grande do Norte, e teve como objetivo geral quantificar e caracterizar diferentes grupos de microrganismos potencialmente patog?nicos, com ?nfase na fam?lia Enterobacteriaceae. Para identifica??o bacteriana as amostras foram coletadas em per?odos seco e chuvoso ?s margens do reservat?rio e semeadas no mesmo dia em meios de crescimento l?quido e s?lido por 18-24h. Para quantifica??o de bact?rias heterotr?ficas a amostragem foi realizada em dois pontos extremos do reservat?rio representados por P1 (pr?ximo ? entrada do rio afluente) e P3 (pr?ximo da barragem). As densidades foram determinadas a partir de subamostras de 5 mL coradas com laranja de acridina (AO) 0,01% (Hobbie et al., 1977) e filtradas em membrana preta de policarbonato (Millipore, GTBP), com 0,2 mm de poro. Foram obtidos 40 isolados bacterianos. As col?nias isoladas foram submetidas ? t?cnica de colora??o de Gram, seguida dos testes de fermenta??o de lactose em meio Agar Mac Conckey e da t?cnica da citocromo-oxidase (fita oxidase). O isolado com caracter?sticas de Enterobact?rias foram submetidos ao Painel de Enterobact?rias (Probac do Brasil). O resultado dos testes demonstrou predomin?ncia de isolados com caracter?sticas de enterobact?rias (37,5 %) e 5 esp?cies foram 100% identificadas pelo painel s?o elas: Cedecea esp?cie 5, Klebsiella planticola, Morganella morganii ss morganii, Serratia plymuthica e Enterobacter sakasakii. A densidade das bact?rias heterotr?ficas variou de 1,23 a 3,17 x 107 org.mL-1, corroborando com as elevadas densidades apresentadas em outros estudos feitos na regi?o. Com base nos resultados obtidos, aponta-se para a necessidade de um trabalho intensivo de monitoramento da qualidade da ?gua uma programa??o de a??es em educa??o ambiental e educa??o em sa?de para o esclarecimento dos problemas relacionados ? ?gua que a popula??o utiliza, com vistas a obter um uso adequado desse bem e a melhor qualidade de vida da popula??o. Resumo artigo EA O objetivo deste trabalho foi analisar a percep??o que os professores do ensino p?blico em munic?pios do Rio Grande do Norte sobre qualidade de ?gua e educa??o ambiental. Foram aplicados question?rios com profissionais do ensino de escolas p?blicas e o estudo mostrou que os professores reconhecem a exist?ncia de problemas relacionados ? qualidade da ?gua dos seus munic?pios e de que eles contribuem como agentes causadores desses problemas. Os resultados mostraram que h? a necessidade de implementa??o de atividades de educa??o ambiental e de educa??o em sa?de para uma maior sensibiliza??o dos professores e, consequentemente, de seus alunos para as quest?es que envolvem o tema qualidade da ?gua.
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Diversidade de enterobacteriaceae e doen?as de veicula??o h?drica: percep??o ambiental e a??es de divulga??o cient?fica em regi?o semi?rida do RN - Brasil

Pinheiro, Lidiane Gomes 17 February 2017 (has links)
Submitted by Automa??o e Estat?stica (sst@bczm.ufrn.br) on 2017-06-02T22:06:39Z No. of bitstreams: 1 LidianeGomesPinheiro_DISSERT.pdf: 3475003 bytes, checksum: 8eb2093f016e82892cc95edd38ae1ab7 (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2017-06-07T23:14:34Z (GMT) No. of bitstreams: 1 LidianeGomesPinheiro_DISSERT.pdf: 3475003 bytes, checksum: 8eb2093f016e82892cc95edd38ae1ab7 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-07T23:14:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 LidianeGomesPinheiro_DISSERT.pdf: 3475003 bytes, checksum: 8eb2093f016e82892cc95edd38ae1ab7 (MD5) Previous issue date: 2017-02-17 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico (CNPq) / O semi?rido brasileiro, situado em sua maior parte na regi?o Nordeste, representa um territ?rio vulner?vel e em decorr?ncia das caracter?sticas morfoclim?ticas, a popula??o enfrenta problemas relacionados ? qualidade e disponibilidade h?dricas por v?rios meses ao longo do ano. A constru??o de reservat?rios representa uma infraestrutura que surgiu como alternativa para suprir a car?ncia h?drica. Por?m, s?o relatados graves problemas de qualidade, os quais interferem diretamente na vida da popula??o. O presente estudo tem como objetivo identificar a diversidade de Enterobacteriaceae em reservat?rio utilizado para abastecimento p?blico no semi?rido do Rio Grande do Norte; identificar a percep??o de professores e agentes de sa?de sobre a qualidade da ?gua dos a?udes e doen?as de veicula??o h?drica; caracterizar a ocorr?ncia de doen?as diarreicas de veicula??o h?drica na regi?o; al?m de desenvolver a??es de educa??o em sa?de. A coleta de amostras de ?gua foi realizada no reservat?rio Armando Ribeiro Gon?alves. Em escolas e postos de sa?de da regi?o foram aplicados question?rios com professores e agentes de sa?de para investigar suas concep??es a respeito da qualidade da ?gua, doen?as de veicula??o h?drica e analisar tamb?m as atividades desenvolvidas pelos mesmos. O levantamento de dados a respeito das doen?as diarreicas de veicula??o h?drica na regi?o entre os anos de 2005 e 2015 foi feito por meio do banco de dados DATASUS. A??es educativas foram realizadas com agentes de sa?de e professores da regi?o. Foram identificados 14 g?neros e 27 esp?cies de Enterobacteriaceae, dentre os quais, importantes representantes patog?nicos respons?veis por provocar doen?as infecciosas. O estudo de percep??o revelou que os profissionais reconhecem a import?ncia dos reservat?rios, por?m muitos n?o t?m conhecimento sobre os organismos presentes em suas ?guas; parte dos profissionais n?o possui conhecimento a respeito das doen?as de veicula??o h?drica, enterobact?rias e patogenicidade das bact?rias; quanto ?s atividades desempenhadas, a maioria afirma desenvolver a??es para minimizar os problemas relacionados ? contamina??o das ?guas, bem como atividades de vigil?ncia das doen?as de veicula??o h?drica. N?meros consider?veis de casos de doen?as diarreicas foram verificados nos munic?pios estudados, o que representa um fator preocupante. As a??es de educa??o em sa?de desenvolvidas permitiram a discuss?o a respeito da problem?tica h?drica do semi?rido, promovendo a sensibiliza??o dos envolvidos. Destaca-se a import?ncia do monitoramento de microrganismos presentes nas ?guas de reservat?rios utilizados para abastecimento p?blico, bem como sua rela??o com a ocorr?ncia de enfermidades e a troca de experi?ncias entre a universidade e a comunidade, de forma sensibilizar a popula??o local.

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