Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-03-17T15:31:44Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Deborah S. Braz.pdf: 1934016 bytes, checksum: 84ae355b6926d3a3d56ca66a631c8834 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-03-17T15:32:11Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Deborah S. Braz.pdf: 1934016 bytes, checksum: 84ae355b6926d3a3d56ca66a631c8834 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-03-17T15:32:32Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Deborah S. Braz.pdf: 1934016 bytes, checksum: 84ae355b6926d3a3d56ca66a631c8834 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-17T15:32:32Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Deborah S. Braz.pdf: 1934016 bytes, checksum: 84ae355b6926d3a3d56ca66a631c8834 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2016-08-31 / FAPEAM - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas / The infections related with health assistance are responsible in resume for the hospitalized patients‘ immunological, physical and mental commitment. In all the ways of nosocomial infections acquisition, the inanimate surfaces are indicated as responsible by the microorganism intersected contaminations presents at these surfaces to these patients. The majority of these agents produce mechanisms responsible by the resistance with a large quantity of antibiotics. The enterobacterias are the most common in hospital infections, with the production of ESβL against the β-lactaminics and carbapenamasis against carbapenemics. With the goal of evaluate the presence of enterobacterias in hostpital surfaces, as well the profile of resistance to antibiotics and possible production of resistance enzyme, this project were realized in hospital inanimate surfaces of two local hospitals: HUGV and ICAM. The evaluated surfaces were infirmary‘s sinks and bed and mattress‘ lateral structure, with isolation and identification of the recovered samples from these surfaces, antibiotics sensibility profile evaluation, phenotypic tests to detect the production of the enzyme and molecular characterization to evaluate the enzymes produced. As results, were recovered 23 isolated of enterobacteria at HUGV and 33 at ICAM, with the prevalence of species of Enterobacter and Klebsiella. The samples showed resistance against first generation penicillin and cephalosporin, over well other classes, and sensibility to carbapenemics. Fourteen samples were classified as producers of ESβL and one sample presented a resistance profile to carbapenemics, confirmed by molecular methods. The most founded enzymes were TEM, SHV and CTX-M-1/2. One isolated of k. pneumoniae were identified as KPC producer. Three samples from HUGV and two samples from ICAM showed 100% of similarity. The results of this project contribute with the local epidemiology, emphasizing the importance of the implementation of better hygiene and sanitization conditions. The premature identification of the β-lactamases/carbapenemases producers not only in clinical infections, but also in colonization state are vital to prevent difficulty and impossibility to treat infections, in consequence of the reduction of antibiotics release in the market. / As infecções relacionadas à assistência à saúde são responsáveis em suma pelo comprometimento imunológico, físico e mental de pacientes hospitalizados. Entre tantas formas de aquisição de infecções nosocomiais, as superfícies inanimadas hospitalares são apontadas como responsáveis por transmissão cruzada de micro-organismos presentes nessas superfícies a pacientes hospitalizados. Muitos desses agentes produzem mecanismos responsáveis pela resistência a uma infinidade de antibióticos. As Enterobactérias são as bactérias mais comuns em infecções hospitalares, com produção de ESβL contra beta-lactâmicos e carbapenemases contra carbapenêmicos. Com o intuito de avaliar a presença de Enterobactérias em superfícies inanimadas hospitalares, bem como seus perfis de sensibilidade aos antimicrobianos, possível produção de enzimas de resistência, este estudo foi realizado em superfícies inanimadas de dois hospitais da cidade de Manaus-AM: HUGV e ICAM. As superfícies avaliadas foram torneiras de enfermarias e estruturas laterais de leitos e colchões, com isolamento e identificação das amostras recuperada dessas superfícies, avaliação do perfil de sensibilidade a antimicrobianos, testes fenotípicos para detecção de produção de enzima, e caracterização molecular para avaliação das enzimas produzidas. Como resultados, foram recuperados 23 isolados de Enterobactérias do HUGV e 33 do ICAM, com prevalência de espécies de Enterobacter e Klebsiella. As amostras apresentaram resistência a penicilinas e cefalosporinas de primeira geração, além de ouras classes, e sensibilidade aos carbapenêmicos. Quatorze amostras foram triadas como produtoras de ESβL e uma amostra apresentou perfil de resistência a carbapenêmicos, confirmado por métodos moleculares. As enzimas mais encontradas foram TEM, SHV e CTX-M-1/2. Um isolado de K. pneumoniae foi identificado como produtor de KPC. Três amostras do HUGV e 2 amostras do ICAM apresentaram similaridade genética de 100% no RAPD. Os achados deste estudo contribuem para a epidemiologia local, ressaltando a importância de implantação de sistemas de controle de micro-organismos no ambiente inanimado e a implementação de melhores condições de higiene e sanitização. A identificação precoce de cepas produtoras de β-lactamases/carbapenemases tanto em infecções clínicas e/ou no estado de colonização é imprescindível para prevenir dificuldades ou impossibilidade de tratar infecções, dado a redução do aparecimento de novos antimicrobianos no mercado.

Bactérias endofíticas são aquelas que habitam o interior de tecidos vegetais, sem causar dano aparente aos mesmos, além de desempenhar funções importantes no processo de adaptação das plantas. Especial interesse tem sido dado a tais bactérias devido ao seu potencial no controle biológico. Por isso, é muito importante estudar a diversidade genética de endófitos, além de avaliar o impacto da introdução de endófitos geneticamente modificados no ambiente. Estudos vêm sendo feitos nesse sentido, mas não com bactérias endofíticas da família Enterobacteriaceae. Desta forma, o presente trabalho teve como objetivos estudar a diversidade genética de bactérias endofíticas da família Enterobacteriaceae isoladas de plantas de cacau, cana-de-açúcar, citros, eucalipto e soja, utilizando diferentes técnicas moleculares. Análises por ARDRA e seqüenciamento do rDNA 16S identificaram 20 haplótipos e revelaram que os isolados pertenceram aos gêneros Enterobacter, Erwinia e Pantoea, sendo este último o mais freqüente. Tais estudos revelaram ainda que a diversidade dos isolados variou de acordo com a planta hospedeira. A técnica de BOX-PCR foi também utilizada para avaliar a diversidade dos isolados. Um total de 23 diferentes OTUs (operational taxonimic units) obtidas indicaram que o total de isolados avaliados compreenderam pelo menos 23 espécies diferentes. Dois isolados foram transformados com pPAgfp, um plasmídio contendo os genes de resistência ao antibiótico ampicilina e o gene gfp, que codifica a proteína verde fluorescente. Tais isolados foram inoculados em plântulas de Catharantus roseus (vinca) e foi feito reisolamento de bactérias endofíticas em dois períodos diferentes após a inoculação. O impacto desta inoculação na diversidade da comunidade microbiana natural de vinca foi avaliado utilizando-se a técnica de ARDRA, a qual mostrou que os endófitos expressando gfp colonizaram as raízes e caules das plantas inoculadas, sem causar qualquer sintoma de doença. Além disso, os colonizadores endofíticos não levaram à diminuição da diversidade da população microbiana natural de vinca. Os resultados obtidos poderão contribuir para a compreensão sobre a interação entre Enterobacteriaceae endofítica e planta hospedeira, além de ajudar a responder questões sobre o papel ecológico dos endofíticos e seu potencial biotecnológico. / Endophytic bacteria have been defined as those that reside within living plant tissues, or extracted from inner plant parts without causing apparent damage to them. They also are able to play an important role in the process of plant adaptation. There is an increasing interest to endophytic bacteria and its potential in the biological control and many studies has been done in order to evaluate the diversity and the impact of endophytes and genetically modified endophytes (GME) released into environment. In this way, information about the diversity of endophytic bacteria has been obtained, except for bacteria exclusively from Enterobacteriaceae family belonged to different host plants. Thus, the aim of the present work was study the diversity of Enterobacteriaceae bacteria isolated from citrus, cocoa, eucalypti, soybean and sugar cane by different molecular approaches. The 16S rDNA of each isolate was amplified by PCR and the isolates were grouped into 20 clusters by analysis of restriction patterns of the PCR-amplified 16S rDNA (ARDRA). These analysis showed a variety of organisms, with 5 different genera encountered: Pantoea was most frequently encountered followed by Enterobacter and Erwinia, which isolates presented the great bacterial diversity according to host plants. Through cluster analysis of the BOX-PCR technique profiles, 23 different OTUs (Operational Taxonomic Units) were distinguished, the presence of 23 OTUs could indicate that isolates comprised at least 23 different species. Two isolates were transformed with pPAgfp, a plasmid harboring the ampicillim resistance gene and the gfp gene, which encodes for the green fluorescent protein. These two isolates were inoculated in seedlings of Catharantus roseus (vinca) and re-isolation of endophytic was performed in two times after inoculation. The impact of endophytes inoculation was evaluated by using the ARDRA technique. It showed that endophytes expressing gfp colonized roots and shoots of inoculated plants without causing any symptom of disease. Besides, the endophytes colonizers do not decreased the diversity of the vinca’s natural microbiota. The results obtained here provided important insights into the endophytic Enterobacteriaceae-host relationship that will be useful for further answer basic questions about the ecological role of the endophytes and its biotechnological potential.

Bactérias endofíticas são aquelas que habitam o interior de tecidos vegetais, sem causar dano aparente aos mesmos, além de desempenhar funções importantes no processo de adaptação das plantas. Especial interesse tem sido dado a tais bactérias devido ao seu potencial no controle biológico. Por isso, é muito importante estudar a diversidade genética de endófitos, além de avaliar o impacto da introdução de endófitos geneticamente modificados no ambiente. Estudos vêm sendo feitos nesse sentido, mas não com bactérias endofíticas da família Enterobacteriaceae. Desta forma, o presente trabalho teve como objetivos estudar a diversidade genética de bactérias endofíticas da família Enterobacteriaceae isoladas de plantas de cacau, cana-de-açúcar, citros, eucalipto e soja, utilizando diferentes técnicas moleculares. Análises por ARDRA e seqüenciamento do rDNA 16S identificaram 20 haplótipos e revelaram que os isolados pertenceram aos gêneros Enterobacter, Erwinia e Pantoea, sendo este último o mais freqüente. Tais estudos revelaram ainda que a diversidade dos isolados variou de acordo com a planta hospedeira. A técnica de BOX-PCR foi também utilizada para avaliar a diversidade dos isolados. Um total de 23 diferentes OTUs (operational taxonimic units) obtidas indicaram que o total de isolados avaliados compreenderam pelo menos 23 espécies diferentes. Dois isolados foram transformados com pPAgfp, um plasmídio contendo os genes de resistência ao antibiótico ampicilina e o gene gfp, que codifica a proteína verde fluorescente. Tais isolados foram inoculados em plântulas de Catharantus roseus (vinca) e foi feito reisolamento de bactérias endofíticas em dois períodos diferentes após a inoculação. O impacto desta inoculação na diversidade da comunidade microbiana natural de vinca foi avaliado utilizando-se a técnica de ARDRA, a qual mostrou que os endófitos expressando gfp colonizaram as raízes e caules das plantas inoculadas, sem causar qualquer sintoma de doença. Além disso, os colonizadores endofíticos não levaram à diminuição da diversidade da população microbiana natural de vinca. Os resultados obtidos poderão contribuir para a compreensão sobre a interação entre Enterobacteriaceae endofítica e planta hospedeira, além de ajudar a responder questões sobre o papel ecológico dos endofíticos e seu potencial biotecnológico. / Endophytic bacteria have been defined as those that reside within living plant tissues, or extracted from inner plant parts without causing apparent damage to them. They also are able to play an important role in the process of plant adaptation. There is an increasing interest to endophytic bacteria and its potential in the biological control and many studies has been done in order to evaluate the diversity and the impact of endophytes and genetically modified endophytes (GME) released into environment. In this way, information about the diversity of endophytic bacteria has been obtained, except for bacteria exclusively from Enterobacteriaceae family belonged to different host plants. Thus, the aim of the present work was study the diversity of Enterobacteriaceae bacteria isolated from citrus, cocoa, eucalypti, soybean and sugar cane by different molecular approaches. The 16S rDNA of each isolate was amplified by PCR and the isolates were grouped into 20 clusters by analysis of restriction patterns of the PCR-amplified 16S rDNA (ARDRA). These analysis showed a variety of organisms, with 5 different genera encountered: Pantoea was most frequently encountered followed by Enterobacter and Erwinia, which isolates presented the great bacterial diversity according to host plants. Through cluster analysis of the BOX-PCR technique profiles, 23 different OTUs (Operational Taxonomic Units) were distinguished, the presence of 23 OTUs could indicate that isolates comprised at least 23 different species. Two isolates were transformed with pPAgfp, a plasmid harboring the ampicillim resistance gene and the gfp gene, which encodes for the green fluorescent protein. These two isolates were inoculated in seedlings of Catharantus roseus (vinca) and re-isolation of endophytic was performed in two times after inoculation. The impact of endophytes inoculation was evaluated by using the ARDRA technique. It showed that endophytes expressing gfp colonized roots and shoots of inoculated plants without causing any symptom of disease. Besides, the endophytes colonizers do not decreased the diversity of the vinca’s natural microbiota. The results obtained here provided important insights into the endophytic Enterobacteriaceae-host relationship that will be useful for further answer basic questions about the ecological role of the endophytes and its biotechnological potential.