Thesis (M.Sc.)--University of Adelaide, 1956. / Typewr. copy.

Thesis (Ph. D.)--University of Wisconsin--Madison, 1963. / Typescript. Vita. eContent provider-neutral record in process. Description based on print version record. Includes bibliographical references (leaves [141]-151).

Submitted by Fernanda Rodrigues de Lima (fernanda.rlima@ufpe.br) on 2018-07-26T22:28:30Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) DISSERTAÇÃO Elizabeth Maria Bispo Beltrão.pdf: 1979482 bytes, checksum: 4c352a671acf0ad5c11d2ee0a0879114 (MD5) / Approved for entry into archive by Alice Araujo (alice.caraujo@ufpe.br) on 2018-08-02T21:34:26Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) DISSERTAÇÃO Elizabeth Maria Bispo Beltrão.pdf: 1979482 bytes, checksum: 4c352a671acf0ad5c11d2ee0a0879114 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-08-02T21:34:26Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) DISSERTAÇÃO Elizabeth Maria Bispo Beltrão.pdf: 1979482 bytes, checksum: 4c352a671acf0ad5c11d2ee0a0879114 (MD5) Previous issue date: 2017-02-23 / CAPES / Enterobacter aerogenes é uma enterobactéria frequentemente envolvida em Infecções Relacionadas a Assistência à Saúde, que pode apresentar resistência às diferentes classes de antimicrobianos. Há evidências de que a aquisição de resistência nessa espécie, se deve à disseminação plasmidial, juntamente com transposons, entre bactérias gram-negativas. Portanto, o objetivo deste trabalho foi realizar a caracterização de grupos de incompatibilidade plasmidiais (Incs) e determinar o ambiente genético de blaKPC-2 e outros genes de resistência presentes em plasmídeos de isolados clínicos de E. aerogenes provenientes de um hospital público de Recife-PE. Foram selecionados 17 isolados clínicos de E. aerogenes, carreadores do gene blaKPC, e os mesmos foram submetidos a PCR para os grupos Incs A/C, L/M e HI-2. Foram selecionados dois isolados de E. aerogenes para o sequenciamento do DNA plasmidial, por serem provenientes de septicemia em pacientes de UTI e portadores do gene blaKPC. Todos os 17 isolados foram positivos na PCR para os Incs A/C e L/M, enquanto o Inc HI-2 não foi detectado. Na análise do sequenciamento plasmidial além da confirmação da presença do gene blaKPC-2, também foram encontrados os genes de resistência, blaSCO-1, sul2 e aph (3')-VIi. O gene blaKPC-2 foi encontrado inserido no transposon Tn4401 com uma deleção da sequência de inserção ISKpn7 e dos genes istA, istB e transposase (TnpA). Próximo ao gene blaKPC-2 também foi encontrado o gene aph (3')-VIi. Com relação ao gene blaSCO-1, este foi encontrado próximo a uma transposase tnpAtnpR, sendo este o primeiro relato do gene blaSCO-1 em isolados de E. aerogenes. A presença de diferentes genes de resistência, inseridos em plasmídeos Inc A/C₂ e L/M, confirmam a importância de se monitorar a circulação dos plasmídeos e analisar as sequências gênicas dessas estruturas. Deve-se destacar que embora o gene blaKPC-2 tenha sido codificado dentro do elemento Tn4401, foram encontradas diferentes características estruturais, notadamente a perda de tnpA e ISKpn7, indicando uma nova versão do Tn4401 (a ser denominada Tn4401i). Essas características podem fazer com que o transposon Tn4401 perca sua capacidade de transposição, pois as sequências de inserção são essenciais para a sua mobilidade. Estes achados enfatizam ainda a continuada recombinação e evolução de plasmídeos e do elemento Tn4401 que contém o gene blaKPC-2, e o potencial de disseminação plasmidial de diferentes genes de resistência por E. aerogenes no ambiente hospitalar. / Enterobacter aerogenes is a frequently enterobacterium involved in healthcare-associated infections, it may be resistant to different antimicrobials agents classes. There is evidence of resistance acquisition in this species, due to plasmid propagation, along with transposons between gram-negative bacteria. This study aimed to characterize Plasmid Incompatibility Groups (Incs) and to determine the genetic region of blaKPC-2 and other resistance genes present in plasmids from clinical isolates of E. aerogenes from a public hospital in Recife/PE. Seventeen clinical isolates of E. aerogenes carriers of the blaKPC gene were selected and subjected to PCR for the Incs A/C, L/M and HI-2 groups. Only two E. aerogenes isolates were selected for the sequencing of the plasmid DNA by carriers blaKPC-2 gene and from septicemia in ICU patients. All seventeen strains were PCR positive for Incs A/C and L/M, while Inc HI-2 was not detected. Plasmid sequencing confirmed the presence of the blaKPC-2 gene, and resistance genes, blaSCO-1, sul2 and aph (3')-Vi were also found. blaKPC-2 gene was found inserted in Tn4401 transposon with deletion of the ISKpn7 insertion sequence and the istA, istB gene and a transposase (TnpA). Next to the blaKPC-2 gene was also found the aph (3')-VIi gene. Related to the blaSCO-1 gene, it was found next to a tnpAtnpR transposase, which is the first report of the blaSCO-1 gene in E. aerogenes isolates. Presence of different resistance genes inserted in Inc A/C₂ and L/M plasmids confirm the importance of monitoring the circulation of plasmids and analyzing their gene sequences. It is important to note that although the blaKPC-2 gene was encoded within the Tn4401 element, different structural characteristics were found; noting that the loss of tnpA and ISKpn7 indicated a new version of Tn4401 (will be called Tn4401i). These characteristics may do the transposon Tn4401 to lose its transposing ability, since the insertion sequences are essential for its mobility. These findings emphasize the continuous recombination and evolution of plasmids and Tn4401 element that contains the blaKPC-2 gene, in addition to the potential for plasmidial dissemination of different resistance genes by E. aerogenes in the hospital environment.

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Submitted by Fabio Sobreira Campos da Costa (fabio.sobreira@ufpe.br) on 2016-08-26T13:01:30Z No. of bitstreams: 3 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) ElzaDissertação: 1942336 bytes, checksum: a9041b50df03d17a3c0538c97db03452 (MD5) ElzaDissertação: 1942336 bytes, checksum: a9041b50df03d17a3c0538c97db03452 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-26T13:01:30Z (GMT). No. of bitstreams: 3 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) ElzaDissertação: 1942336 bytes, checksum: a9041b50df03d17a3c0538c97db03452 (MD5) ElzaDissertação: 1942336 bytes, checksum: a9041b50df03d17a3c0538c97db03452 (MD5) Previous issue date: 2016-02-24 / CAPEs / Klebsiella pneumoniae e Enterobacter aerogenes têm se destacado como importantes agentes de infecções relacionadas à assistência à saúde (IRAS), causando principalmente infecções de feridas, dos tratos urinário e respiratório, além de sepse. Essas infecções são causadas por linhagens bacterianas geralmente multirresistentes. Genes que codificam as enzimas modificadoras de aminoglicosídeos (EMAs) e metiltransferases 16S RNAr podem estar presentes em isolados de enterobactérias também produtores de Klebsiella pneumoniae carbapapenemase (KPC). Portanto, o objetivo deste estudo foi investigar genes que codificam resistência aos aminoglicosídeos em 30 isolados de E. aerogenes e em 28 isolados de K. pneumoniae portadores do gene blaKPC resistentes a amicacina, tobramicina e/ou gentamicina, oriundos de colonização e infecção em pacientes de diferentes hospitais em Recife-PE, Brasil. A investigação dos genes armA, rmtB, rmtD, aac(3)Ia, aac(3)IIa, aac(6´)Ib, ant(2´)Ia e aph(3’)-VI foi realizada através de PCR, seguida de sequenciamento de DNA. Nos isolados de K. pneumoniae observou-se uma maior ocorrência dos genes ant(2´)Ia, seguidos de aac(3)IIa, aph(3’)-VI e aac(6´)Ib. O gene mais encontrado em E. aerogenes foi o aph(3’)-VI, seguidos de aac(3)-IIa e ant(2”)-Ia. Esse é o primeiro relato de aph(3’)-VI em E. aerogenes no Brasil. Os genes aac(3)-Ia, armA, rmtB e rmtD não foram encontrados. Esses achados ressaltam para a gravidade da alta ocorrência de isolados de K. pneumoniae e E. aerogenes portadores de genes para EMAs e gene blaKPC principalmente colonizando pacientes, visto que essas bactérias podem atuar na disseminação de mecanismos de resistência dentro da unidade hospitalar e limitar as opções de tratamento. / Klebsiella pneumoniae and Enterobacter aerogenes have been highlighted as important agents of healthcare-associated infections (HAIs), primarily causing wound, urinary and respiratory tracts infections, and sepsis. These infections are often caused by multiresistant bacterial strains. Genes encoding aminoglycoside modifying enzymes (AMEs) and 16S RNAr methyltransferases can also be present in Enterobacteriaceae isolates producing Klebsiella pneumoniae carbapapenemase (KPC). Therefore, the aim of this study was to investigate genes encoding resistance to aminoglycosides in 30 isolates of E. aerogenes and 28 K. pneumoniae isolates carrying the blaKPC gene and resistant to amikacin, tobramycin and / or gentamicin, from colonization and infection in patients from different hospitals in Recife-PE, Brazil. The investigation of the genes armA, rmtB, rmtD, aac(3)Ia, aac(3)IIa, aac(6´)Ib, ant(2´)Ia e aph(3’)-VI was performed by PCR followed DNA sequencing. In K. pneumoniae isolates there was a higher incidence of genes ant(2´)Ia, followed by aac(3)IIa, aph(3’)-VI e aac(6´)Ib. The gene most frequently found in E. aerogenes was aph(3’)-VI, followed by aac(3)-IIa e ant(2”)-Ia . This is the first report of aph (3 ') - VI in E. aerogenes in Brazil. The genes aac(3)-Ia, armA, rmtB e rmtD were not found. These findings points to the seriousness of the high incidence of isolates of K. pneumoniae and E. aerogenes carriers of AMEs and blaKPC gene, mainly colonizing patients, since these bacteria can act in the dissemination of resistance mechanisms within the hospital and to limit treatment options.

Thesis (Ph. D.)--University of Wisconsin--Madison, 1948. / Typescript. Vita. eContent provider-neutral record in process. Description based on print version record. Includes bibliography.

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Submitted by Fabio Sobreira Campos da Costa (fabio.sobreira@ufpe.br) on 2016-08-26T13:10:40Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) TESE_11_04_16_digital_Adriane Borges.pdf: 2262044 bytes, checksum: dbae9d1c06e8de343e9296fef77dafc2 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-26T13:10:40Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) TESE_11_04_16_digital_Adriane Borges.pdf: 2262044 bytes, checksum: dbae9d1c06e8de343e9296fef77dafc2 (MD5) Previous issue date: 2016-02-26 / FACEPE / Enterobacter aerogenes e Enterobacter cloacae são importantes patógenos causadores de Infecções relacionadas à Assistência à Saúde (IRAS), podendo apresentar diferentes genes de virulência e de resistência a antimicrobianos. O objetivo desse estudo foi caracterizar e comparar genomicamente isolados de E. aerogenes e E. cloacae multidrogas resistentes (MDR), provenientes de um Hospital público de Recife-PE entre 2011 e 2013, através da investigação de genes relacionados à resistência a antimicrobianos e à virulência, como também analisar o perfil plasmidial e relação clonal dos isolados. Portanto, este estudo foi dividido em três etapas: (1) caracterizar fenotipicamente e genotipicamente 51 isolados de E. aerogenes e E. cloacae provenientes de infecção ou colonização em pacientes de um hospital público de Recife-PE, Brasil, através de perfil de susceptibilidade a antimicrobianos, análises de genes de β-lactamase por PCR e sequenciamento de DNA, perfil plasmidial e ERIC-PCR; (2) realizar o primeiro sequenciamento genômico de 2 isolados de E. aerogenes, blaKPC-2 positivos, provenientes de colonização (Ea5A) e de infecção (Ea7A) em pacientes internados na Unidade de Terapia Intensiva (UTI) de um mesmo hospital, além de análise comparativa com 2 cepas de E. aerogenes sequenciadas anteriormente e (3) realizar sequenciamento genômico de 2 isolados de E. cloacae, blaCTX-M-15 positivos, provenientes de infecções: Ec2A (secreção ocular) e Ec7A (hemocultura) em pacientes internados na Unidade de Terapia Intensiva neonatal (UTI neo) de um mesmo hospital, além de análise comparativa com cepas de E. cloacae sequenciadas anteriormente. Em ambas as espécies houve detecção de altas taxas para ESBL (41%) e carbapenemases (18% para E. cloacae e 88% para E. aerogenes), com identificação das variantes: blaTEM-1, blaCTX-M-15 e blaKPC-2. Os isolados apresentaram disseminação clonal, com E. cloacae blaCTX-M positivo disseminado na UTI neonatal e E. aerogenes blaKPC positivo na UTI e em outros setores do hospital. Foi visto que apesar dos isolados apresentarem relação clonal pela ERIC-PCR apresentaram diferentes perfis plasmidiais e de resistências, além de, diferentes genes de resistência. O sequenciamento genômico permitiu a detecção de: (1) vasto arsenal de genes de resistência a beta-lactâmicos, assim como, genes de resistência a outras classes de antimicrobianos, (2) diversos genes de virulência relacionados a adesinas fimbriais, sideróforos, cápsula e biofilme e (3) cinco tipos de sistemas de efluxo e quatro tipos de sistemas de secreção, relacionados pricipalmente à resistência e virulência, respectivamente. Em relação à análise comparativa dos genomas, foi visto que apesar de serem clones pela ERIC-PCR e provenientes do mesmo setor hospitalar, ambas as espécies apresentaram diferenças sutis no quantitativo de genes totais, genes de resistência, genes de virulência, sistemas de efluxo e secreção, além de características exclusivas de cada isolado. Também foi possível detectar que dentre os isolados de E. aerogenes, foi visto que o isolado proveniente de colonização (Ea5A), apresentou genes de virulência potenciais para estabelecer a infecção, além de elementos genéticos móveis capazes de transmitir diversos genes para outras bactérias presentes na microbiota entérica do paciente, o que reforça a importância da colonização no contexto de IRAS. Considerando os isolados de E. cloacae sequenciados genomicamente, o isolado proveniente de hemocultura (Ec7A) mostrou maior número de determinantes de resistência (beta-lactamases e sistemas de efluxo) que o isolado proveniente de secreção ocular, o que pode dificultar o tratamento e consequentemente favorecer a evolução para estágios mais severos como sepse e choque séptico. Os resultados aqui apresentados evidenciam o vasto arsenal de genes de resistência e virulência albergados pelos isolados de E. aerogenes e E. cloacae o que pode facilitar o estabelecimento da infecção e dificultar o tratamento.

Population levels of a mixed culture that was ambiently exposed to bacteria in the atmosphere was studied at various constant dilution rates. Random fluctuations in the free swimmer population were noted. An aseptic continuous flow system proved of no great advantage over that which had ambient inoculation, however, slime production did not follow identical growth patterns in three identical growth vessels. Coulter counts were made on a pure culture of B. cereus grown in a continuous flow system at various dilution rates. These counts did not follow continuous flow theory for a pure culture in that there was no sharp drop in count at the critical dilution rate but gradual reductions over a range of several dilution rates. Total population counts by the Coulter Counter were made on a defined mixed culture of B. cereus and A. aerogenes. After a several days Petroff-Hausser counts showed that 70% of the population was A. aerogenes. Total population was reduced from that of a pure culture of B. cereus. Steady-state populations were noted at various dilution rates. These steady-states, however, did not follow continuous flow theory for a pure culture in that larger counts were noted at a higher dilution rate than some counts at a lower dilution rate. It seemed that slime on the growth vessels’ walls continually changed the environment had a greater effect and made it impossible to control all the environmental factors even in continuous flow processes. / Master of Science