La chasse aux trophées, type de chasse récréative dont l'objectif premier est de prélever un trophée d'intérêt, est un sujet très controversé. Cette activité est potentiellement génératrice d'un effet Allee anthropogénique (EAA). Ce processus démographique stipule que la valorisation de la rareté d'une espèce peut stimuler son exploitation et mener à son extinction. L'objectif de ce travail a été de tester le risque d'EAA dans la chasse aux trophées. Nous avons mis en évidence que les espèces rares ont une forte valeur économique dans la chasse aux trophées, quelque soit la taille du trophée, ce qui témoigne d'une demande forte pour ces espèces. Nous avons également montré que le nombre d'importations/exportations de trophées et le nombre de trophées de chasse enregistrés par le Safari Club International s'accroît pour les espèces les plus rares lorsque l'indice de rareté de l'espèce augmente. La chasse aux trophées sur les espèces rares a été proposée comme outil pour financer leur conservation. Cependant, nos résultats valident le risque d'EAA pour ces espèces. De plus, les chasseurs ne semblent pas motivés en priorité par la participation à la conservation de la vie sauvage et le peu de données disponibles sur les populations, la chasse illégale, la corruption et le manque de contrôle rendent possible l'exploitation non durable de ces ressources à forte valeur économique. Néanmoins, la vie sauvage doit apporter des bénéfices économiques pour motiver sa préservation. Ainsi, la chasse aux trophées des espèces rares peut être utilisée pour financer leur conservation mais certaines mesures sont à prendre au préalable pour prévenir leur surexploitation / Trophy hunting, which is a form of recreational hunting with the main objective of collecting a trophy of interest, is a controversial subject. This activity could potentially generate an anthropogenic Allee effect (AAE). This demographic process states that the valuation of rarity could drive rare species exploitation and even lead to their extinction. Our project aims at testing the potential for an AEE in trophy hunting. We demonstrate that rare species have a high financial value, regardless of the trophy size, indicating that there is a high demand for those species. We also show that the number of trophies traded internationally and the number of recorded trophies by the Safari Club International (one of the largest clubs for international trophy hunters in the USA) rises as the degree of rarity (as measured by a rarity index) increases. Trophy hunting of rare species has been proposed as a tool to fund their conservation. However, our results indicate that there is a risk of an AAE for rare species. Furthermore, the combined effects of trophy hunting, illegal hunting, corruption as well as the lack of population knowledge and of management controls have potential to result in the unsustainable exploitation of rare species of high financial value. Nonetheless, trophy hunting has potential to generate strong financial incentives that are necessary for wildlife preservation. Such incentives are only likely to be effective if strict measures are required and enforced to prevent overexploitation of rare trophy species

Le recours à des épandages d'amendements calco-magnésiens dans les forêts acidifiées peut représenter une alternative intéressante pour corriger l'acidification des sols et la perte d'éléments nutritifs engendrés par des décennies de dépôts atmosphériques acides. Dans ce contexte, les objectifs de cette thèse sont d'évaluer les effets d'amendements calco-magnésiens sur (i) la diversité taxonomique et la structure des communautés des macroinvertébrés de sol forestier et sur (ii) deux processus fonctionnels associés notamment à l'activité des vers de terre, tels que la structuration du sol et l'évolution des humus. Au cours de nos travaux, trois sites localisés dans les Vosges (nord-est, France) ont été étudiés : deux massifs forestiers (sur grès et granite) en moyenne montagne, ayant fait l'objet d'amendements aériens en 2003 et la forêt domaniale de Humont située dans les collines sous-vosgiennes, où des amendements en 1991 et 2008 ont été réalisés. Les résultats montrent que 4 ans après amendement sur les bassins versants en moyenne montagne, l'abondance totale de la communauté de macrofaune a diminué, alors que les richesses spécifiques sont similaires. Cependant, la composition des communautés diffère avec moins de 50 % d'espèces communes aux sites amendés et témoins. Une diminution de l'abondance des prédateurs a également été observée alors que la plupart des détritivores ont été favorisés par l'amendement. Les études in vitro montrent également son effet positif sur les activités de structuration du sol par les vers de terre (production de turricules et construction de galeries). En forêt de Humont, les amendements ont eu un effet majeur à moyen terme (4 ans) et à long terme (20 ans) sur la population d'Aporrectodea velox, espèce endémique des Vosges. De part sa biomasse importante, cette augmentation de densité favorise l'amélioration des caractéristiques physico-chimiques du sol forestier tels que la structuration des sols et la morphologie des humus. / The use of liming (Ca-Mg) on acidified forest can be interesting to counteract soil acidification and loss of nutrients caused by decades of acid atmospheric deposition. In this context, the aims of this work were to assess liming effect on (i) taxonomical diversity and community structure of soil macro-invertebrates and on (ii) two associated functional processes related to earthworms: soil structuration and humus evolution. The PhD project was realised in three sites from the Vosges mountains (North-eastern, France): two forest mountain catchments (one lying on sandstone and the other on granite) limed in 2003 and the public hill forest of Humont at a lower altitude limed in 1991 and 2008. Results showed that 4 years after liming in mountain forest, the total abundance of macro-invertebrates decreased, while the species richness were similar. However, the community structure strongly differed, and less than 50% of the species were common to limed and control sites. Moreover, 43 species appeared to be indicators of liming. Predator taxa abundance decreased whereas the detritivorous were favoured by lime addition. The in vitro experiments showed a positive effect of liming on soil structuration by earthworm activities (cast production and burrowing activities). In the Humont forest, liming at medium-term (4 years) and long term (20 years) have an important effect on the Aporrectodea velox population, an endemic vosgian species. Related to its high biomass, this increase strongly improved soil physicochemical parameters such as soil structure and humus morphology.

Les cétacés grands plongeurs, cachalots Physeteridae et Kogiidae, et baleines à bec Zipiidae, sont des espèces marines rares. Leur faible densité, aire de distribution étendue et faible disponibilité en surface génèrent de faibles taux d’observations. Cette particularité constitue un défi pour la modélisation d’habitat de ces espèces, préalable à leur conservation. Les modèles doivent gérer l’abondance de zéros qui limitent leur capacité à inférer des résultats écologiquement cohérents. Cette thèse vise donc à trouver une méthodologie adaptée aux jeux de données abondants en zéros, à déterminer comment les variables environnementales influencent la distribution des grands plongeurs et à prédire les zones potentielles qu’ils utilisent. Tester la capacité de prédiction de différents modèles d'habitat confrontés à un nombre décroissant d’observations a permis de souligner la pertinence d’un modèle, même si un minimum de 50 observations est nécessaire pour fournir des prédictions fiables. Des données issues de différentes campagnes visuelles ont été assemblées afin de produire les premières cartes de densités de grands plongeurs à l’échelle de l’océan Atlantique Nord et la mer Méditerranée. Les densités les plus élevées sont prédites dans les eaux entre 1500 et 4000 m de profondeur et près des fronts thermiques, particulièrement le long des pentes continentales et à l'ouest de l'océan Atlantique Nord. Par ailleurs, l’analyse de la transférabilité des modèles a montré une variation des habitats préférentiels en fonction des écosystèmes. Finalement, cette thèse permet de discuter les défis de la modélisation statistique appliquée aux espèces rares et les applications de gestion associées. / Deep-diving cetaceans, sperm- and beaked whales Physeteridae, Kogiidae and Ziphiidae, are rare marine species. Due to their low densities, wide distribution ranges and limited presence at the water surface, visual surveys usually result in low sighting rates. This paucity of data challenges the modelling of their habitat, prerequisite for their conservation. Models have to cope with a great number of zeros that weakens the ability to make sound ecological inferences. Consequently, this thesis aimed at finding a methodology suitable for datasets with a large number of zeros, determining how environmental variables influence deep-diver distributions and predicting areas preferentially used by these species. By testing the predictive performance of various habitat models fitted to decreasing numbers of sightings, I selected the most suitable model and determined that at least 50 sightings were needed to provide reliable predictions. However, individual surveys can rarely provide sufficient deep-diver sightings thus I merged many visual survey datasets to produce the first basin-wide deep-diver density maps in the North Atlantic Ocean and the Mediterranean Sea. Highest densities were predicted in waters from 1500-4000 m deep and close to thermal fronts ; hotspots were predicted along the continental slopes, particularly in the western North Atlantic Ocean. In addition, a model transferability analysis highlighted that habitat drivers selected by the models varied between contrasted large ecosystems. Finally, I discussed challenges related to statistical modelling applied to rare species and the management applications of this thesis.