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Impact de l'invalidation du gène codant pour l'indoleamine 2,3-dioxygénase dans la physiologie de l'épididyme chez les mammifères / Impact of the invalidation of the gene encoding indoleamine 2,3-dioxygenase on the physiology of the epididymis in mammals

Jrad Lamine, Aïcha 18 September 2012 (has links)
Chez les mammifères, IDO1, une enzyme induite dans les situations inflammatoires, joue des rôles multiples et complexes dans le cadre des réponses immunes innées et acquises. De façon intéressante, IDO1 est constitutivement exprimée par l’épithélium épididymaire où il est envisagé qu’elle participe à l’installation d’une situation d’immunotoloréance vis à vis des spermatozoïdes lesquels constituent un « challenge »immunologique pour le mâle qui les fabrique. Afin d’aborder le(les) rôle(s) joué(s) parIDO1 et ses produits d’activité (ie. les kynurénines) dans la physiologie de l’épididyme et, plus largement, dans la fonction de reproduction, le travail présenté dans ce manuscrit décrit les résultats acquis sur le modèle murin Ido1-/-en termes de phénotypes épididymaires, spermatiques ainsi qu’en terme d’impact sur la fertilité des animaux KO. Les données présentées suggèrent qu’IDO1 est effectivement un acteur immunosuppresseur dans l’épithélium épididymaire contribuant au privilège immunaccordé par ce territoire aux gamètes mâles. L’absence d’IDO1 génère au sein de l’épididyme des perturbations d’ordre inflammatoire néanmoins corrigées par diverses réponses qui préservent l’équilibre immun et fonctionnel du tissu. Ce travail met en outre en évidence que certaines kynurénines sont particulièrement représentées dans l’épididyme et au niveau des gamètes mâles où elles pourraient jouer des rôles variés. / In mammals, IDO1 is induced in inflammatory situations and plays multiple and complicated roles in the modulation of both innate and adaptative immune responses. Interestingly, IDO1 is constitutively expressed by the epididymal epithelium where it is envisaged that it participates in the set up of an immunotolerant environment in order to down-regulate auto immune-responses against spermatozoa. To decipher the roles played by IDO1 in the physiology of the epididymis and consequently in the male reproductive function, we show in this thesis report data obtained on the IDO1 knock-out mouse model. Data collected suggest that indeed IDO1 is an immunomodulatory player in the epididymis epithelium where it contributes to the immunotolerogenic context towards spermatozoa. When absent (ie. in the Ido1-/- genetic background) it specifically increases epididymal inflammation and triggers various tissue responses that aim at restoring the immune equlibrium. In addition, the work presented here shows that some kynurenines are particularly well represented in the epididymal epithelium as well as on spermatozoa where they could play important roles.
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Développement et application d'un outil bio-informatique pour cartographier la machinerie de l'ARN polymérase I chez les mammifères

Sabourin-Félix, Marianne January 2018 (has links)
L’immunoprécipitation de la chromatine suivie du séquençage haut débit (ChIP-seq) est une technique permettant de visualiser les interactions entre l’ADN et les protéines. Toutefois, en pratique, la résolution de cette technique laisse à désirer. En étudiant les gènes de l’ARN ribosomique (ADNr), nous avons observé que le facteur majeur limitant la résolution découle du recouvrement inégal des séquences de chaque locus. Cette inégalité est superposée à la distribution réelle de la séquence d’ADN immunoprécipitée entrainant un profil de liaison protéique aberrant. Un logiciel de déconvolution a été développé afin de corriger la couverture inégale des données ChIP-seq en les normalisant par rapport aux données de l’input (Whole Cell Extract). Lorsqu’appliqué sur les données de l’ADNr, cet outil s’est avéré très utile en fournissant un profil de liaison détaillé de la chromatine et des facteurs de transcription le long de ce gène. D’autre part, des études de localisation des sites d’interactions protéiques d’UBF, un facteur de transcription associé à l’ADNr, à la grandeur du génome couplé à des expériences de DNase-seq et de microarray ont permis de mettre en lumière les rôles potentiels d’UBF dans les régions non ribosomiques. En conclusion, nous avons développé un outil permettant la normalisation par déconvolution de données de séquençage haut-débit qui permet d’augmenter la résolution du profil de liaison protéique sur l’ADNr en plus d’identifier les rôles potentiels d’UBF à l’échelle du génome. / Chromatin immunoprecipitation followed by massively parallel sequencing (ChIP-seq) is a technique that allows to visualize interactions between DNA and proteins. However in practice, the resolution of this technique leaves much to be desired. During our studies of the ribosomal RNA genes (rDNA), we observed that one major factor limiting resolution results from the unequal recovery of sequence data across any given locus. This inequality is superimposed on the actual distribution of immunoprecipitated DNA sequences resulting in aberrant protein binding profiles. A software was developed to correct the unequal coverage of ChIP-seq data by normalizing to the input (Whole Cell Extract) with a deconvolution protocol. When applied on the rDNA, this approach has been especially useful in providing a detailed map of chromatin and transcription factor distribution across the gene. On the other hand, genome-wide localization of protein interaction sites for UBF, a transcription factor associated to rDNA, coupled with DNase-seq and microarray experiments shed light on the potential roles of UBF in non-ribosomal regions. In conclusion, we developed a tool allowing the normalization by deconvolution of high-throughput sequencing data that allows to increase the resolution of protein binding profiles on the rDNA. In addition we identified the potential roles of UBF at genome scale.
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Effet de la taille squelettique sur le succès reproducteur des femelles chez le kangourou gris de l'est (Macropus giganteus)

Quesnel, Louise January 2017 (has links)
L’étude des déterminants de l’aptitude phénotypique renseigne sur l’écologie évolutive des organismes, et sur les pressions de sélection pouvant agir sur leurs traits phénotypiques. Chez les femelles mammifères, la taille corporelle est associée à un meilleur succès reproducteur, à travers une fécondité accrue, des soins maternels plus performants et une survie améliorée de leurs juvéniles. Atteindre une grande taille, néanmoins, implique des coûts et des compromis, car la croissance est un processus coûteux qui limite l’énergie restante pour d’autres fonctions. Ainsi, la croissance occasionne des compromis à court terme entre différents traits pouvant tous favoriser une meilleure aptitude phénotypique. Il est intéressant d’étudier les décisions d’allocation entre la croissance et la reproduction pour mieux comprendre l’évolution des stratégies d’histoire de vie, plus particulièrement chez un grand mammifère itéropare. Mon projet de maîtrise visait à quantifier l’effet de la taille squelettique sur le succès reproducteur des femelles chez le kangourou gris de l’Est (Macropus giganteus). Ce modèle d’étude est particulièrement pertinent puisque les kangourous continuent de grandir pendant une grande partie de leur vie, prolongeant les compromis entre la croissance et la reproduction. Pour répondre à mes questions de recherche, j’ai utilisé les données de captures de femelles d’âge connu au fil des huit années de suivi, de 2008 à 2016, d’une population naturelle de kangourous au Wilsons Promontory National Park, dans l’état de Victoria en Australie. J’ai également étudié la composition du lait chez un sous-échantillon de femelles en 2014 et 2015, pour évaluer la variabilité des soins maternels chez cette espèce. J’ai d’abord identifié les facteurs les plus importants expliquant la croissance des femelles adultes. Les femelles plus jeunes et plus petites avaient les taux de croissance les plus élevés, mais les femelles de petite taille plus âgées grandissaient moins que les plus jeunes, indiquant potentiellement une accumulation de coûts pour la croissance avec l'âge. J’ai également trouvé que la condition corporelle des individus était positivement corrélée à leur croissance squelettique annuelle, alors que les précipitations hivernales semblaient réduire celle-ci. Parallèlement, la fécondité d’une femelle était positivement expliquée par sa taille corporelle et son âge, mais l’effet de la taille corporelle s’estompait chez les femelles plus âgées. De plus, la condition corporelle d’une femelle augmentait la probabilité de donner naissance et la survie du juvénile jusqu’à 10 mois. Ces résultats suggèrent que la fécondité et le succès reproducteur entrent en compromis avec la croissance squelettique, spécialement chez les jeunes femelles de petite taille. Alors que la croissance somatique semble priorisée en début de vie, l’allocation à la reproduction semble augmenter avec l’âge, et ce, indépendamment de la taille. L’étude de la composition du lait a révélé que les soins maternels des kangourous semblent fortement affectés par la qualité de leur environnement. En effet, les femelles allaitant pendant une année à faible productivité végétale produisaient un lait beaucoup plus faible en énergie que les femelles allaitant pendant une année plus productive, et ce, au même stade de lactation. De plus, les femelles atteignant le milieu de la lactation avant l’émergence printanière de la végétation produisaient un lait plus riche en lipides que celles allaitant vers la fin du printemps, suggérant que les femelles se reproduisant tôt ont dû puiser dans leurs réserves d’énergie au lieu de tirer l’énergie nécessaire à lactation de leur environnement. J’ai également trouvé que les femelles de plus grande taille squelettique produisaient un lait plus riche en protéines, suggérant que l’allocation des ressources à la reproduction augmente lorsque le compromis avec la croissance est plus faible. Finalement, les mères en bonne condition corporelle ayant un fils produisaient un lait plus riche en protéines que les mères de filles, suggérant un mécanisme adaptatif d’allocation de ressources en faveur de la croissance des mâles. En conclusion, les femelles atteignant une grande taille squelettique tôt dans leur vie ont une meilleure fécondité spécifique à leur âge. Comme les conditions environnementales expliquent en partie la variabilité en croissance annuelle chez les femelles adultes, les conditions précoces de vie auront potentiellement des répercussions à long terme sur le succès reproducteur à vie, en affectant les taux de croissance avant l’atteinte de la maturité. Finalement, la stratégie de lactation des kangourous semble être fortement influencée par la disponibilité de ressources, renforçant l’hypothèse que ces mammifères possèdent une stratégie de reproduction conservatrice et dépendante du statut nutritionnel de la femelle. Mes résultats offrent aussi une explication de la modulation de la composition du lait selon le sexe du jeune, montrant que les femelles de meilleure qualité phénotypique ont avantage à allouer davantage de ressources à leur progéniture mâle, pour augmenter leur succès reproducteur. Les prochains travaux pourront bénéficier des années additionnelles de suivi de cette population pour investiguer le succès reproducteur à vie et quantifier l’importance des effets cohorte.
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Mise au point d'une approche de sélection génétique de peptides inhibiteurs d'interactions protéiques fonctionnelles en cellules de mammifères

Ostiguy, Alexandre January 2003 (has links)
Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.
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Etude de la diversification des oiseaux et des mammifères par une approche phylogénétique. / Study of the diversification of birds and mammals using a phylogenetic approach.

Rolland, Jonathan 09 October 2014 (has links)
Comprendre l'émergence des patrons de richesse biologique sur Terre intéresse les écologues et les biologistes de l'évolution depuis des décennies. La diversité en un lieu résulte d'une combinaison de processus liés à la diversification, à la dispersion et au temps. Afin d’évaluer le rôle relatif de ces différents facteurs pour mieux comprendre comment les patrons de diversité se sont mis en place, nous utilisons ici les méthodes les plus récentes basées sur des phylogénies moléculaires. Dans une première partie, nous nous sommes intéressés au gradient latitudinal de diversité des mammifères: le fait qu'il y ait plus d'espèces dans les régions tropicales que dans les régions tempérées. Pour les mammifères, nous montrons que dans les tropiques, la spéciation est plus forte, et l'extinction plus faible que dans les zones tempérées. Chez les carnivores, cependant, nous montrons que le gradient latitudinal de diversité pourrait être indépendant des taux de diversification, mais plutôt expliqué par une dispersion forte des zones tempérées vers les zones tropicales. Dans une deuxième partie, nous nous sommes intéressés à l'identification de facteurs intrinsèques et extrinsèques pouvant jouer un rôle dans la diversification des lignées. Nous avons choisi d'étudier l'impact de la migration sur la diversification des oiseaux et l'impact de la température sur la diversification des mammifères. Dans une dernière partie, et dans le contexte du réchauffement climatique actuel, nous nous sommes interrogés sur la façon d'utiliser les outils phylogénétiques pour conserver la biodiversité. / Understanding how specific richness is distributed on Earth has been a priority for ecologists and evolutionary biologists for decades. Species richness in a given place results from a combination of processes linked to diversification rates, dispersal rates, and time. In order to evaluate the relative role of these different factors and gain a better understanding of how biodiversity patterns have been shaped, we use up-to-date methodologies, based on molecular phylogenies. The first part concerns the latitudinal diversity gradient, that is how species richness decreases from the tropics to the temperate regions. For mammals, we show that speciation is higher and extinction lower in the tropics than in temperate regions. For Carnivora, however, we show that the latitudinal diversity gradient could be independent from diversification rates, and rather explained by high rates of dispersal from temperate to tropical regions. The second part is focused on the identification of intrinsic and extrinsic factors that might play a role in the diversification of lineages. We study the impact of migration on bird diversification and the impact of temperature on mammal diversification. Finally, we investigate if and how phylogenetic inference tools can be useful for the conservation of biodiversity in a changing world.
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Estimations des bénéfices économiques du rétablissement des mammifères marins de l'estuaire du Saint-Laurent

Olar, Maria 16 April 2018 (has links)
Cette étude présente des estimations de la valeur économique du rétablissement des mammifères marins de l'estuaire du Saint-Laurent. Ces valeurs, appelées valeurs passives, sont estimées en utilisant la méthode d'évaluation économique des préférences déclarées via un sondage Internet réalisé en 2006 à l'échelle du Canada. La méthode des préférences déclarées identifie les compromis que les Canadiens sont prêts à faire entre les composantes de différents programmes de conservation, incluant le coût. Les choix des Canadiens révèlent implicitement une estimation de la valeur économique qu'ils accordent au rétablissement des mammifères marins de l'estuaire du Saint-Laurent, ce qui se traduit par une mesure des bénéfices économiques des plans de rétablissement des espèces en péril. Afin de développer les différents scénarios d'options, des groupes de discussions ont été formés pour identifier comment les gens caractérisent les problèmes inhérents aux programmes de conservation des espèces en péril. Le questionnaire a été prétesté afin de déterminer une gamme appropriée de valeurs monétaires, de corriger les problèmes d'ambiguïté et de réduire le temps nécessaire pour remplir le questionnaire. Recueillie en avril 2006, la base de données contient les réponses de 2006 Canadiens. Afin d'examiner les différences régionales, la province de Québec a été suréchantillonnée en ayant 400 répondants. Le sondage a aussi été élaboré de manière à y inclure une variété de contrôles de la validité. Deux types de résultats sont présentés dans ce mémoire : (1) des statistiques sur les attitudes, les connaissances et les opinions sur la protection de l'environnement et les mammifères marins de l'estuaire du Saint-Laurent et (2) l'estimation de la valeur accordée par les Canadiens aux différentes options de rétablissement des mammifères marins de l'estuaire du Saint-Laurent (valeur d'usage passif). Les analyses qui utilisent les résultats de cette étude devraient tenir compte du fait que ces estimations n'incluent ni les cobénéfices associés au rétablissement des mammifères marins tels les impacts positifs sur d'autres espèces, ni les valeurs d'usage actif. En réponse aux questions concernant les attitudes sur la protection de l'environnement, nous avons trouvé que, parmi un ensemble d'objectifs nationaux, les Canadiens désirent plus d'action pour la protection de l'environnement mais encore plus pour l'amélioration du système de santé qui est leur première priorité parmi une liste de huit enjeux. La protection des espèces en péril se positionne sixième en importance tandis que la réduction de la pollution de l'air et de l'eau arrive deuxième. Les gens qui pratiquent des activités de plein air sont plus disposés à payer pour une protection accrue des espèces en péril que ceux qui n'en pratiquent pas. Enfin, les Canadiens ne semblent pas accorder d'importance à la localisation des espèces en péril à l'intérieur du Canada; ils sont tout aussi soucieux pour les mammifères marins en péril de leur région que pour ceux vivant ailleurs au Canada. Les valeurs économiques ont été estimées pour plusieurs programmes de rétablissement des mammifères marins présentant différents impacts sur quelques espèces. Cette variété de programmes a été choisie afin d'identifier la valeur des différents niveaux d'efforts de conservation. Les estimés des consentements à payer (CAP) pour l'ensemble des niveaux de rétablissement des mammifères marins vont de 82 $ à 242 $ annuellement par ménage. Les CAP offrent de l'information sur la valeur des programmes de conservation et la valeur marginale des différentes tailles des programmes de conservation. Une série de tests a révélé que les gens sont prêts à payer plus pour les programmes qui contribuent à de plus grandes augmentations des populations de mammifères marins. Les résultats indiquent cependant que les répondants accordent une valeur relativement faible aux programmes qui amélioreraient le statut des mammifères marins au-delà du statut " préoccupant ". Autrement dit, les Canadiens sont clairement prêts à débourser pour un rétablissement des espèces ayant le statut " menacées " ou " en voie de disparition " vers un statut " préoccupant ", mais ils sont moins disposés à payer pour un rétablissement au-delà de ce niveau. Il semble que les Canadiens comptent beaucoup sur l'évaluation scientifique des niveaux de risque associés aux différentes populations de mammifères marins. À l'opposé des autres études qui ont montré que la valeur d'usage passif baisse avec la distance entre les répondants de l'emplacement où se situe l'enjeu environnemental, cette étude révèle que la valeur d'usage passif des mammifères marins ne varie pas avec la distance. Les Québécois qui habitent près de l'estuaire du Saint-Laurent ont le même consentement à payer pour le rétablissement des mammifères marins que ceux qui habitent loin. D'autre part, le consentement à payer des Québécois est moindre que celui des autres Canadiens. Cette différence provient probablement des différences économiques, démographiques et culturelles entre les Québécois et les citoyens du reste du Canada, plutôt que des différences géographiques liées à la distance de l'estuaire du Saint-Laurent. Parce que cette recherche fournit des estimations du consentement à payer des Canadiens pour les bénéfices perçus des différents scénarios de rétablissement des mammifères marins protégés selon la Loi sur les espèces en péril, les résultats peuvent être utilisés par Pêches et Océans Canada dans le processus de choix de politiques. Par exemple, les bénéfices mesurés dans cette étude peuvent être comparés aux coûts des différents programmes de rétablissement pour évaluer les bénéfices nets de ces programmes. Ces estimés sont supposés représenter les montants que le public est prêt à payer pour des programmes de rétablissement s'il se voit offrir le choix entre les programmes et les coûts. Comme pour toutes les évaluations basées sur des préférences déclarées, des préoccupations existent quant à l'adéquation entre les valeurs obtenues et celles d'un vrai référendum ou d'une décision d'allocation. Afin d'atténuer ce problème, un effort significatif a été fait pour vérifier la validité des résultats, réduire le biais hypothétique et fournir des estimés conservateurs. Bien entendu, il y a d'autres considérations au-delà des coûts et des bénéfices des programmes de rétablissement qui ont de l'importance dans le processus de choix de politiques de protection des espèces en péril.
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Etude paléoécologique, taphonomique et archéozoologique des faunes de grands mammifères des la grotte du vallonnet, Roquebrune-Cap-Martin, Alpes-Maritimes

Echassoux, Anna 27 March 2001 (has links) (PDF)
La grotte du Vallonnet (Alpes-Maritimes, France) a livré une industrie lithique archaïque associée à une faune, riche en matériel et en nombre d'espèces, caractéristique de la transition Villafranchien/Galérien, dans des niveaux datés d'environ un million d'années. Au carrefour de niches écologiques diversifiées dans le temps et dans l'espace, la grotte a accumulé progressivement trois niveaux archéostratigraphiques principaux subdivisés chacun en plusieurs unités. Les ossements, peu minéralisés, n'ont pas enregistré de marques de charriage, mais une fragmentation importante due en partie au piétinement et à la pression du sédiment. La présence de ces ossements dans la grotte semble liée directement à la cause de mortalité des individus, d'âges distincts selon les espèces. L'observation exhaustive et systématique des ossements a établi que les ours ont dû mourir naturellement dans la grotte, que la caverne a servi de repaire à quelques carnivores, notamment la hyène, et que les hommes y ont exploité des parties de carcasses, de grand cervidé principalement, mais aussi de bison et de cervidé de taille moyenne. La grotte a connu une alternance d'occupations humaine et animale et après chaque passage, un enfouissement progressif des ossements a permis d'une part à des carnivores de ronger des os déjà dépourvus de chair, d'autre part à des porcs-épics de ronger des os encore frais. De nombreux ossements portant la trace de plusieurs intervenants différents témoignent de cette succession d'actions sur le matériel osseux.
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Faune et saisonnalité : L'organisation temporelle des activités de subsistance dans l'Epipaléolithique et le Néolithique précéramique du Levant nord (Syrie)

Gourichon, Lionel 21 December 2004 (has links) (PDF)
Cette recherche est consacrée aux rythmes et aux modalités de l'exploitation des animaux au cours de la Néolithisation en Syrie du Nord, entre le 11e et le 7e millénaire. Son objectif est d'appréhender, à travers l'étude de la saisonnalité, l'organisation annuelle des activités de subsistance, d'une part, des premiers agriculteurs de la vallée de l'Euphrate et, d'autre part, des premiers pasteurs ayant occupé le désert syrien. Tout d'abord, des outils méthodologiques ont été élaborés à partir des restes osseux de faune pour identifier les indicateurs saisonniers. Ces méthodes se basent, pour les mammifères, sur le développement et l'usure des dents et sur la cémentochronologie ; pour les oiseaux, sur leur statut phénologique. Ensuite, l'application de ces méthodes sur les assemblages archéologiques, en plus de l'approche archéozoologique, a permis d'établir un " calendrier économique " pour les phases culturelles de chaque site. Entre le Natoufien final et le PPNB ancien, les résultats ont montré une alternance des chasses communautaires au grand gibier à la fin du printemps et en automne-hiver, parfaitement articulée avec le calendrier agricole. Cette planification des activités de subsistance garantissait, avec la pratique du stockage des céréales, un mode de vie sédentaire dans la vallée de l'Euphrate. Dans le désert syrien, deux stratégies différentes d'adaptation aux contraintes climatiques ont coexisté au PPNB final. L'économie des fermiers sédentaires d'El Kowm reposait sur un calendrier stable et bien défini. En revanche, les pasteurs nomades séjournaient à Qdeir au printemps et en automne selon la disponibilité des pâturages.
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Comment le X vient-il à la rescousse du Y ? : évolution de la compensation de dosage des XY humains et autres questions sur l'évolution des chromosomes sexuels eucaryotes / The Y rescued by the X ? : evolution of dosage compensation in humans and other questions on sex chromosome evolution in eukaryotes

Pessia, Eugénie 12 December 2013 (has links)
Un premier pan de ma thèse concerne deux différents mécanismes de sauvetage du Y par le X. Premièrement, j'ai participé à une controverse sur la compensation de dosage chez les mammifères. Une hypothèse avait été proposée dans les années 60 par Susumo Ohno, proposant un mécanisme de compensation en deux temps. Chez les mâles, la perte de nombreux gènes sur le Y entraîne un déséquilibre de dosage car ces gènes qui étaient précédemment présents en deux copies sont devenus unicopie, soit une division d'expression par deux. Selon l'hypothèse d'Ohno, chez les mammifères en réponse à cela le X aurait doublé son expression, mais dans les deux sexes menant ainsi à une expression trop élevée chez les femelles. Ce deuxième problème de dosage aurait alors été résolu par la mise en place d'une inactivation aléatoire de l'un des deux X chez les femelles. Tandis que la deuxième partie de l'hypothèse d'Ohno, l'inactivation du X, a été très étudiée, la première partie est restée spéculative jusqu'aux années 2000. En étudiant des données d'expression du X humain j'ai pu montrer, de manière concomitante avec d'autres auteurs, que la première partie de l'hypothèse d'Ohno n'est pas totalement vraie car seule une partie des gènes sont sur-exprimés. J'ai ensuite participé à l'écriture d'une revue visant à donner une explication alternative à la compensation de dosage pour l'évolution de l'inactivation du X chez les femelles mammifères. Deuxièmement, j'ai étudié la présence de conversion génique X-Y dans plusieurs gènes, au sein de nombreuses espèces de primates. Mes travaux me mènent à discuter le fait que ce type d'évènement soit effectivement favorisé par la sélection. Je pose l'hypothèse que ces conversions géniques ont été maintenues de manière neutre. Ces deux travaux ne vont pas dans le sens d'un chromosome X sauvant le Y avec beaucoup de zèle. Dans un dernier temps, m'éloignant des espèces modèles, j'ai étudié les chromosomes sexuels particuliers d'une algue brune : Ectocarpus siliculosus. Cela m'a permis de vérifier si le scénario évolutif actuel des chromosomes sexuels est toujours valide dans un groupe d'eucaryotes séparé des animaux depuis plus d'un milliard d'années / The first part of my thesis concerns two different mechanisms of the Y being rescued by the X. Firstly, I contributed to a controversy on mammalian dosage compensation. During the 60s Susumo Ohno hypothesized a two-step dosage compensation mechanism. In males, the high loss of Y-linked genes led to a dosage imbalance: these genes were previously present in two allelic copies and became unicopy, meaning that their expression has been halved. According to Ohno’s hypothesis, in response to this imbalance the mammalian X would have doubled its expression in the two sexes, resulting in a to high expression in females. This second dosage imbalance would have been resolved by the random inactivation of one of the two Xs in females. Whereas the second part of Ohno’s hypothesis, the X-chromosome inactivation, has been well studied, the first part remained speculative until the 2000s. I studied human X-linked expression data and was able to show, concomitantly with other authors, that the first part of Ohno’s hypothesis is not totally true as only some of the X-linked genes are hyperexpressed. I later participated in the writing of a review aiming to give an alternative hypothesis for the evolution of X-chromosome inactivation in mammalian females than dosage compensation. Secondly, I studied signatures of X-Y gene conversion in several genes within numerous primate species. Myresults led me to discuss if these events were indeed selected for. I hypothesize that these gene conversion events occurred in a neutral manner. These two different studies suggest that the X chromosome may not be as much a help for the Y as has been suggested. Lastly, moving away from model species, I studied the peculiar sex chromosomes of a brown alga: Ectocarpus siliculosus. This work allowed me to test if the current hypotheses on sex chromosome evolution still hold in a eukaryotic group that diverged from animals more than one billion years ago
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Identification of a tissue-specific cofactor of polycomb repressive complex 2 / Identification d'un nouveau cofacteur du complexe polycomb repressive complex 2 spécifique aux gonades

Ragazzini, Roberta 25 September 2017 (has links)
Répression des genes par le dépôt de la marque H3K27me3. Divers cofacteurs contrôlent sa fonction dans des cellules de différentes origines, comme les gametes. Au cours de ma thèse, j'ai utilisé des modèles murins ou un tag a été introduit dans les gènes Ezh2 et Ezh1, j'ai isolé des extraits nucléaires de testicules adultes entiers et identifié un nouveau polypeptide interagissant avec PRC2. Ce dernier est spécifiquement exprimé dans les gonades et sa fonction est inconnue. J'ai confirmé son interaction avec PRC2 et montré qu'il pourrait recruter PRC2 à la chromatine. Grâce à un modèle de souris knock-out, j'ai démontré que la protéine est nécessaire pour la fertilité féminine, alors que son ablation apporte une augmentation globale de la marque associée à PRC2, dans les cellules germinales masculines avec peu de conséquences sur la fertilité. J'ai également contribué à la caractérisation de l'interaction entre le long ARN non-codant HOTAIR et PRC2. Nombreux ARNnc ont été proposés pour moduler l'action des complexes modifiant la chromatine. Avec l'aide d'un nouveau système de recrutement artificiel d'ARN, l'expression induite par HOTAIR provoque une répression transgénique indépendamment de PRC2. La surexpression forcée de HOTAIR a également peu d'impact sur le transcriptome dans des cellules cancéreuses. En conclusion, la liaison PRC2 à l'ARN n'est pas requise pour le ciblage de la chromatine. / The Polycomb Repressive Complex 2 (PRC2) plays an essential role in development by maintaining gene repression through the deposition of H3K27me3. A variety of cofactors have been shown to control its function in cells of various origins however little is known about PRC2 regulation during gametogenesis. During my PhD, I took advantage of murine models where Ezh2 and Ezh1 were knocked-in, I isolated nuclear extracts from whole adult testis and, identified a new polypeptide interacting with PRC2. This protein is specifically expressed in gonads, is of unknown function and does not contain any conserved domain. I have confirmed its interaction with PRC2, identified the domain of interaction with PRC2 and shown that it could tether PRC2 to chromatin. Thanks to a knockout mouse model, I demonstrated that the protein is required for female fertility, whereas its ablation brings to a global increase of H3K27me3 PRC2-associated mark in male germ cells with little consequences on male fertility. I also contributed to the characterization of the interplay between the long non-coding RNA (lncRNA) HOTAIR and PRC2 complex. Many lncRNAs have been proposed to modulate chromatin-modifying complexes action on chromatin. With the help of novel RNA-tethering system, HOTAIR inducible expression causes transgene repression independently from PRC2. Forced overexpression of HOTAIR also has little impact on transcriptome in breast cancer cells. Generally, PRC2 binding to RNA is not required for chromatin targeting. Taken together these results shed light to the mechanism of a new-identified cofactor regulating PRC2 in the gonads and contribute to dissect PRC2-RNA relationship at molecular level.

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