Les stratégies alimentaires peuvent être définies comme la mise en place d'ensembles cohérents de réponses morphologiques, physiologiques, écologiques ou comportementales permettant d'optimiser le succès alimentaire d'une espèce. Le présent travail s'est proposé d'aller au-delà de la simple analyse taxonomique des régimes alimentaires en utilisant les caractéristiques des proies pour explorer certains aspects des stratégies alimentaires et de l'énergétique de la prédation chez les mammifères marins de l'atlantique nord-est. L'objectif majeur était de contribuer à une meilleure compréhension du "pourquoi une proie est une proie ?" La valeur énergétique des proies est apparue comme un élément central des stratégies de prédation. Il en résulte que des coûts d'existence importants chez les mammifères marins doivent être soutenus par une alimentation de qualité élevée et ne peuvent pas être satisfaits simplement par une plus grande quantité de proies de qualité moyenne ou faible. Les résultats obtenus lors de cette thèse ont ainsi permis de progresser de la description des régimes alimentaires vers la compréhension de certaines relations fonctionnelles entre proies et prédateurs. Ainsi, les traits descriptifs de la qualité des proies, comme la teneur en lipides et la valeur énergétique, et les traits descriptifs des coûts d'existence des mammifères marins, comme l'indice mitochondrial et la teneur en lipides des muscles, sont significativement corrélés. Enfin, ce travail souligne que pour comprendre l'écologie alimentaire d'un prédateur, il faut surtout bien connaitre les caractéristiques de ses proies.

La transmission du parasite Echinococcus multilocularis à l'origine d'une zoonose fatale chez l'homme, l'échinococcose alvéolaire, peut être modulée par des perturbations anthropiques de l'écologie des populations de ses hôtes intermédiaires (micro-mammifères) et définitifs (canidés). Nous avons étudié des paramètres écologiques des populations de ces hôtes dans la province du Sichuan, en Chine, où sont observées de fortes prévalences humaines. Sur la base de données de piégeage, la définition d'assemblages d'espèces de micro-mammifères a permis de résumer la grande diversité des habitats échantillonnés et des espèces piégées. Nous avons trouvé que les régressions multiples non-linéaires étaient la méthode la plus performante pour modéliser les distributions des assemblages le long de gradients environnementaux extraits d'images satellites telles que l'altitude, la pente et des indices de végétation. Alors que les modèles locaux n'étaient pas transférables sur des sites distants d'une centaine de km, une classification régionale des groupes de transmission a pu être établie. D'autre part, les analyses des distributions spatiales des fèces de canidés, de leurs contaminations et des trajectoires nocturnes de chiens équipés de colliers GPS ont permis de confirmer et de quantifier le rôle prédominant du chien sur le renard dans la contamination environnementale et de localiser des zones à haut risque de transmission près des habitations. Enfin, des interactions spatiales entre les chiens et les micro-mammifères ont été mises en évidence dans les villages et constituent une estimation préliminaire du taux de contact entre les hôtes requis pour modéliser la transmission.

Les savanes sont des écosystèmes complexes pilotées par plusieurs mécanismes ascendant (ex: les nutriments du sol ou pluviométrie) ou descendant (ex: feu ou herbivorie), mais l'importance relative de ces mécanismes reste largement débattue. En particulier, le rôle des herbivores brouteurs (browsers) reste mal compris en tant que source de perturbation, et donc de force de pression descendante influant sur la dynamique des savanes. Dans cette étude, deux approches ont été développées pour aborder le rôle des perturbations dans la dynamique des savanes. Dans un première partie, j'ai utilisé une approche comparative inter-site pour explorer les réponses des communautés de plantes, et des principaux traits de ces plantes associés aux feuilles, branches, architecture et défense, aux variations de quatre facteurs : les nutriments dans le sol, la pluviométrie, la pression d'herbivorie et l'intensité du feu. Seize sites de savane, en Afrique du Sud et au Zimbabwe, ont été sélectionnés sur des gradients de chacun de ces facteurs. Les espèces ligneuses dominantes (>80 % de la biomasse) sur chaque site ont été identifiées et échantillonnées, afin de mesurer les traits des feuilles et des branches associés à l'appétence, architecture, ainsi qu'aux défenses physiques et chimiques de ces plantes. Des mesures ont également été faites pour estimer les effets des meso-brouteurs et mega-brouteurs. Des transects ont permis d'estimer la fréquence et l'intensité du feu sur chaque site, et l'effet sur les plantes. En préambule à l'analyse, et devant le manque de protocole standard pour estimer la fertilité des sols dans la littérature écologique, je propose une méthode et un échantillonnage afin de définir de manière robuste la fertilité des sols sur chaque site. Dans cette partie inter-site, huit traits principaux ont été comparés sur le gradient de qualité de sol et de pluviométrie, et bien que quelques relations statistiques existent entre les traits des feuilles, le sol et la pluviométrie, ces relations sont très faibles comparées à celle trouvées dans les méta analyses inter-biomes publiées dans la littérature. Cependant, ces approches interbiome sont dominées par des sites tempérés qui ont des niveaux de perturbations bien inférieurs à ceux des savanes africaines. L'évaluation des effets des meso-brouteurs et mega-brouteurs le long des gradients de sol et de pluviométrie sur vingt traits associés aux défenses structurelles et chimiques des plantes montre que les défenses structurelles sont plus corrélées aux caractéristiques du sol que les défenses chimiques, mais que seules les défenses structurelles sont fortement corrélées à l'impact par les brouteurs. Le niveau d'utilisation des plantes par les mesobrouteurs apparaît plus prévisible en fonction des traits des plantes que celui par les mégabrouteurs. Dans une deuxième partie présentent des résultats de deux études basées sur des expériences d'exclos. Dans le parc national de Kruger, la composition de la communauté, l'abondance et la démographie des ligneux dominants ont été estimées à l'intérieur et à l'extérieur de trois exclos de 40 ans, et les brouteurs apparaissent comme ayant un impact significatif sur la distribution, la densité et la structure des populations des espèces arbustives et arborées ayant des traits préférés : forte concentration en azote foliaire et faible teneur en défenses chimiques. L'interaction entre les effets des brouteurs et du feu semble aussi affecter le recrutement des juvéniles ligneux dans les grandes classes de taille. Dans le parc de Hluhluwe-iMfolozi, cinq exclos ont été utilisé pour tester l'effet des brouteurs sur l'architecture, la croissance, les défenses chimiques et structurelles des jeunes individus de sept espèces d'acacia. Des différences nettes apparaissent entre les espèces d'acacia de savane semi-aride et plus humide dans les traits associés à l'appétence, l'architecture et les défenses … [etc] / Savannas are complex ecosystems affected by several bottom-up (e.g. soil nutrient availability and rainfall) and top-down (e.g. fire and herbivory) drivers. However, the relative importance of bottom-up vs. top-down drivers in influencing savanna dynamics is still widely debated. Within the top-down (disturbance) category of drivers, the role of mammal browsers in particular in driving savanna functioning is still not well understood. Two approaches were adopted to determine the role of disturbance in savannas. Firstly, by using a comparative approach, I attempted to address the so-called ‘savanna problem’ by investigating how savanna woody plant community compositions and key plant traits relating to the leaves, stems, architecture, and defence are influenced by soil nutrient status, rainfall, fire and browsing. Sixteen sites were selected along gradients of these four drivers from savanna parks throughout South Africa and Zimbabwe. The dominant woody species (species that accounted for >80% of standing biomass) at each site were identified and sampled for the key leaf and stem traits relating to plant functioning, palatability, architecture, physical and chemical defences. Measurements were undertaken for each species in order to determine both meso-browser and mega browser impact. Transects were undertaken in order to determine the relative abundance and the effects of fire on each species at each site. Due to the current lack of standardized soil sampling protocols in the ecological literature, and uncertainty around the definition of what denotes a fertile or infertile soil, I propose a number of standardized protocols and sampled according to these established protocols in order to accurately determine the soil nutrient status at each site. Following this, the relationships between climatic variables and soil nutrients with both species means and community weighted means for eight key leaf traits were explored. Although some significant relationships were found between savanna leaf traits of woody plants, climate, soil nutrients and their interactions, these tended to be weaker than those found in meta-analyses. These broad-scale studies usually include sites from many biome types, many of which are from temperate regions where inherent levels of disturbance are typically much lower than in African savannas. The high levels of disturbance typically found in African savannas are thought to partially account for the high within site variability found in leaf traits and the weak relationships found between leaf traits, soil nutrients and rainfall. To assess the importance of resources vs. disturbance in savannas functioning, the effects of soil nutrients, rainfall, fire and both meso-browser and mega-browser impact on twenty savanna woody plant traits relating to plant palatability, chemical and structural defences were explored. Structural defences were found to be more strongly correlated with soil characteristics than chemical defences, while browser impact was found to be strongly correlated with structural defences but not with chemical defences. Actual browser utilisation tended to be more predictable for meso-browsers than mega-browsers. Secondly using an experimental approach, two sets of herbivore exclosures were utilized to directly test how mammal browsers influenced woody species distributions, abundance, population structure and plant traits relating to palatability and defence. The effects of three longterm herbivore exclosures in the Kruger National Park on savanna woody plant community compositions, population demographics and densities were determined. Browsers were found to have significant impacts on species distributions, densities and population structures by actively selecting for species with favourable traits, particularly higher leaf N. An interaction between browsers and fire which limited the recruitment of seedlings and saplings into larger size classes was also demonstrated… [etc]

Au cours de 325 relevés, 518 observations visuelles et 202 acoustiques ont permis de recenser 4 familles, 14 genres et 17 espèces, représentant un effectif total cumulé de près de 6000 cétacés contactés dans les limites de 15 mille nautiques des côtes en Guadeloupe. Les dauphins (Delphinidëe), constituent 33% des 36 espèces actuellement connues dans le monde. Six espèces plus rares ont été décrites. Parmi les cétacés à fanons, la baleine à bosse (Megaptera novaeangliae) migre dans les eaux côtières de décembre à fin mai et reste l'espèce la plus rencontrée. Grâce à un suivi individuel par télémétrie, il a pu être prouvé qu'au moins un individu de cette espèce pouvait séjourner dans l'archipel plus de huit jours. En 2010, une baleine à bosse de la baie du Moule à été suivie sur plus de 6300 kilomètres jusqu'au sud de l'Islande, vers les Iles Féroé. Une première estimation de stock sur la période de 2008 à 2011 propose que 442 baleines à bosse %CV 19,29 IC95% [302-645] évolueraient dans l'archipel côtier. Les carnïvores sont les plus abondants, avec parmi ceux-ci, le dauphin tacheté pantroplcal (Stenella attenuata) dont l'estimation indique que 270 à 300 individus évolueraient sur 1361 km2 avec une densité relative élevée (0,052 tndtvtdus/km>, %CV 90,16), principalement en-côte-sous-le-vent. L'analyse de la répartition spatiale et des facteurs du milieu indique une sectorisation géographique marquée des populations en zone côtière, avec des distributions influencées spécifiquement par la bathymétrie, la latitude, les distances à la côte et à l'isobathe 200, pour les informations principales et selon les espèces. / In 325 surveys, 518 visuai observations and acoustic 202 have identified four families, 14 genera and 17 species, representing a cumulative total ofnearly 6000 cetaceans assessed within 15 miles of coastal water ofGuadeloupe. Dolphins (Delphinidae), constitute 33% ofthe 36 species currently known in the world. Six rare species have been described. Among the baleen whales, the humpback whale (Megaptera novaeangliae) migrate into coastal waters from December to late May and is the species most encountered. With individual monitoring by telemetry, it has been proved that at least one individual ofthis species could stay in the archipelago over eight days. In 2010, a humpback whale in the Bay ofmold were followed for more than 6300 km to the south ofIceland to the Faroe Islands. A first estimate ofstock over the period 2008 to 20 Il suggests that 442 humpback whales CV% 19.2995% [302-645] would evolve in the coastal archipelago. <..';:-.'") Carnivores are the most abundant, with among them, the spotted dolphin (Stenella attenuata) whose estimate indicates that 270 to 300 individuals are present over 1361 km 2 with a high specifie density (0.052 individuals / km 2,% CV 90, 16), mainly in the Leeward coast. The analysis ofthe spatial distribution and environmental factors indicates a marked geographical sectorisation ofpopulations in coastal areas, with distributions specifically influenced by bathymetry, latitude, distance to the coast and the isobath 200, depending on the species

La sélection de l'habitat par les espèces animales est rarement abordée par des études à long terme. Basé sur 11 années de pistage sur la neige, j’ai examiné 1) s’il est possible d’élaborer un indice de population fiable avec des dénombrements de pistes comparés à des ventes de peaux de mustélidés, l'écureuil roux et la marte, 2) si la sélection de l'habitat du lièvre est influencée par la densité de l’espèce, 3) si la profondeur de la neige exerce une influence sur l'utilisation de l’habitat du lièvre, 4) et si l’association spatiale entre la martre et le lièvre est réduite lorsque l’abondance de prédateurs concurrents, le lynx du Canada et le renard roux, augmente. Chaque année, 91,3 km ± 28,9 km (moyenne ± SD) de transects ont été parcourus. Pour le premier objectif, des modèles linéaires généralisés du nombre de pistes de chaque espèce ont été développés, en fonction de l'effet de l'année (variable catégorique) et des descripteurs de la végétation. Les estimations des effets de l'année étaient étroitement associées avec les ventes des peaux d'écureuil roux et de belettes. Le nombre moyen de pistes par effort d’échantillonnage étaient associés avec les ventes de peaux de martre. La fréquentation de jeunes peuplements (20-40 ans) était influencée par l’indice de population de lièvres durant l'année précédente. À l’intérieur d’un hiver, le lièvre était davantage associé à feuillage au-dessus de 2 m (données LiDAR) à mesure que la neige devenait plus profonde. Finalement, la relation de causalité entre le lièvre, la martre, l'écureuil roux, le renard roux et le lynx a été déterminée par l'analyse de piste (path analysis). L’association spatiale entre les lièvres et la martre diminuait lorsque l’abondance de lynx dans l'année précédente était élevée. Cette étude démontre l’importance de la prise en compte de la dynamique écosystémique à long terme tel que le climat et la dynamique de la population, et de l’espèce focale, lors de l’étude de la sélection de l’habitat. Elle incite à la prudence dans les projections à long terme basées sur des approches simples telles que les indices de qualité des habitats. Dans un contexte d’aménagement forestier, il est probable que les changements à court terme et à long terme dans la végétation et l’enneigement, suite aux pratiques forestières et aux changements climatiques, auront des effets complexes sur la répartition spatiale des mammifères hivernants. / Habitat selection by animals has rarely been the focus of long term studies. Based on 11 years study of snow tracking, I investigated whether 1) population indices derived from snow tracking agreed with pelt sales in marten, red squirrel and weasels, 2) habitat selection by snowshoe hare is influenced by conspecific density, 3) snow depth influenced habitat use pattern of snowshoe hare, 4) spatial association between marten and hare is reduced when other hare predators, lynx and fox, are more abundant. Each year, 91.3km ± 28.9 km (mean ± SD) of transects were surveyed. For the first objective, generalized linear models were used for track count of each species as function of year effect (categorical variable) and vegetation variables. Estimates of year effects agreed strongly with pelt sales of red squirrel and weasels. Mean track counts by sampling effort agreed with marten pelt sales. Hare track counts in young (20-40y) forest stands declined with an increase of conspecific density with one year lag. Hare track counts were increasingly associated to stands with high foliage density above 2m (measured with LiDAR), as snow became deeper in the course of winter. Finally, path analyses of the causal relationship between spatial distributions of hare, marten, red squirrel, red fox and Canada lynx suggested that the hare-marten spatial association declined when lynx abundance in the previous year was high. This thesis underlines the importance of accounting for long term ecosystem dynamics such as population and climate, including those of the focal species, in the study of habitat selection. It raises questions about the validity of long-term projections based on simple approaches such as habitat suitability indices. In a forest management context, short- and long-term changes in the vegetation and snow cover, following forest management and climate change, will have complex effect on wintering mammal spatial distribution.

Un premier pan de ma thèse concerne deux différents mécanismes de sauvetage du Y par le X. Premièrement, j'ai participé à une controverse sur la compensation de dosage chez les mammifères. Une hypothèse avait été proposée dans les années 60 par Susumo Ohno, proposant un mécanisme de compensation en deux temps. Chez les mâles, la perte de nombreux gènes sur le Y entraîne un déséquilibre de dosage car ces gènes qui étaient précédemment présents en deux copies sont devenus unicopie, soit une division d'expression par deux. Selon l'hypothèse d'Ohno, chez les mammifères en réponse à cela le X aurait doublé son expression, mais dans les deux sexes menant ainsi à une expression trop élevée chez les femelles. Ce deuxième problème de dosage aurait alors été résolu par la mise en place d'une inactivation aléatoire de l'un des deux X chez les femelles. Tandis que la deuxième partie de l'hypothèse d'Ohno, l'inactivation du X, a été très étudiée, la première partie est restée spéculative jusqu'aux années 2000. En étudiant des données d'expression du X humain j'ai pu montrer, de manière concomitante avec d'autres auteurs, que la première partie de l'hypothèse d'Ohno n'est pas totalement vraie car seule une partie des gènes sont sur-exprimés. J'ai ensuite participé à l'écriture d'une revue visant à donner une explication alternative à la compensation de dosage pour l'évolution de l'inactivation du X chez les femelles mammifères. Deuxièmement, j'ai étudié la présence de conversion génique X-Y dans plusieurs gènes, au sein de nombreuses espèces de primates. Mes travaux me mènent à discuter le fait que ce type d'évènement soit effectivement favorisé par la sélection. Je pose l'hypothèse que ces conversions géniques ont été maintenues de manière neutre. Ces deux travaux ne vont pas dans le sens d'un chromosome X sauvant le Y avec beaucoup de zèle. Dans un dernier temps, m'éloignant des espèces modèles, j'ai étudié les chromosomes sexuels particuliers d'une algue brune : Ectocarpus siliculosus. Cela m'a permis de vérifier si le scénario évolutif actuel des chromosomes sexuels est toujours valide dans un groupe d'eucaryotes séparé des animaux depuis plus d'un milliard d'années

En partenariat avec l’entreprise Sercel, la thèse concerne la mise en œuvre d’algorithmes de reconnaissance des sons émis par les mysticètes (baleines à fanons). Cessons peuvent être étudiés grâce aux systèmes de surveillance par acoustique passive. L’entreprise Sercel, par ses activités sismiques liées à la prospection pétrolière, a son propre logiciel pour détecter et localiser les sources d’énergie sonores sous-marines. Le travail de la thèse consiste dès lors à ajouter un module de reconnaissance pour identifier si l'énergie détectée et localisée correspond bien à un éventuel mysticète. Les campagnes de tirs sismiques étant onéreuses, la méthode utilisée doit pouvoir réduire la probabilité de fausse alarme, la reconnaissance pouvant infirmer la détection. La méthode proposée est basée sur l’apprentissage de dictionnaire. Elle est dynamique, modulaire, ne dépend que de peu de paramètres et est robuste aux fausses alarmes. Une expérimentation sur cinq types de vocalises est présentée. Nous obtenons un rappel moyen de 92.1 % tout en rejetant 97.3 % des bruits (persistants et transitoires). De plus, un coefficient de confiance est associé à chaque reconnaissance et permet de réaliser de l’apprentissage incrémental semi-supervisé. Enfin, nous proposons une méthode capable de gérer la détection et la reconnaissance conjointement. Ce « détecteur multiclasses » respecte au mieux les contraintes de gestion des fausses alarmes et permet d’identifier plusieurs types de vocalises au même instant. Cette méthode est bien adaptée au contexte industriel pour lequel elle est dédiée. Elle ouvre également des perspectives très prometteuses dans le contexte bioacoustique. / In partnership with Sercel, the thesis concerns the implementation of algorithms for recognizing the sounds emitted by mysticetes (baleen whales). These sounds can be studiedusing passive acoustic monitoring systems. Sercel, through its seismic activities related to oïl exploration, has its own software to detect and locate underwater sound energy sources. The thesis work therefore consists in adding a recognition module to identify if the detected andlocalized energy corresponds to a possible mysticete. Since seismic shooting campaigns areexpensive, the method used must be able to reduce the probability of false alarms, as recognitioncan invalidate detection. The proposed method is based on dictionary learning. It is dynamic, modular, depends on few parameters and is robust to false alarms. An experiment on five types of vocalizations is presented. We obtain an average recall of 92.1% while rejecting 97.3% of the noises (persistent and transient). In addition, a confidence coefficient is associated with each recognition and allows semi-supervised incremental learning to be achieved. Finally, we propose a method capable of managing detection and recognition together. This "multiclassdetector" best respects the constraints of false alarm management and allows several types of vocalizations to be identified at the same time. This method is well adapted to the industrial context for which it is dedicated. It also opens up very promising prospects in the bioacoustic context.

Toxoplasma gondii est un protozoaire zoonotique ubiquiste capable d’infecter tous les homéothermes dont l’homme. Un contraste géographique marqué a été relevé à l’échelle globale concernant la diversité génétique et la pathogénicité chez l’homme des souches de ce parasite. Un nombre croissant d’études montre l’importance de considérer l’influence du facteur souche parasitaire dans l’étude de l’épidémiologie de la toxoplasmose humaine. Cependant, les données de diversité génétique demeurent très limitées pour de larges régions du monde dont l’Asie et l’Afrique. Egalement, les déterminants de la structure spatiale des populations de T. gondii dans le monde demeurent mal compris. Au cours de ce travail, nous nous sommes intéressés à l’influence des échanges humains sur l’évolution des populations du parasite en Afrique, et plus particulièrement au Sénégal. Nos résultats soutiennent un rôle important des rongeurs invasifs qui accompagnent les échanges humains dans l’introduction de souches au niveau des zones portuaires du pays par voie maritime.Nos résultats suggèrent également un rôle de la souris invasive Mus musculus domesticus dans la contre-sélection de la lignée clonale Africa 1, la lignée prédominante de T. gondii en Afrique de l’Ouest. Ces nouveaux éléments éclairent sur une partie des mécanismes qui régissent le fonctionnement des populations de T. gondii. D’autres études réalisées dans différents contextes épidémiologiques, alliées à des études expérimentales, seront nécessaires pour donner une juste mesure de l’influence de ces interactions hôtes-parasites sur l’épidémiologie de la toxoplasmose. / Toxoplasma gondii is a ubiquitous zoonotic protozoan capable of infecting all homeotherms including humans. A marked geographical contrast has been noted at the global scale concerning the genetic diversity and pathogenicity in humans of strains of this parasite. A growing number of studies show the importance of considering the influence of strain factor in the study of the epidemiology of human toxoplasmosis. However, genetic diversity data remain very limited for large regions of the world including Asia and Africa. Also, the determinants of the spatial structure of T. gondii populations worldwide remain poorly understood. During this work, we were interested in the influence of human exchanges on the evolution of parasite populations in Africa, and more particularly in Senegal. Our results support an important role of invasive rodents that accompany human exchanges in the introduction of strains at the port areas of the country through maritime trade. Our results also suggest a role of the invasive mouse Mus musculus domesticus in the counterselection of the clonal lineage Africa 1, the predominant lineage of T. gondii in West Africa. These new elements shed light on some of the mechanisms that shape T. gondii populations. Further studies in different epidemiological situations, combined with experimental studies, will be needed to accurately measure the influence of these host parasite interactions on the epidemiology of toxoplasmosis.

composition des paysages agricoles, sous l'effet de changements dans les politiques et les méthodes de production de l'agriculture (mécanisation accrue, expansion des zones cultivées au détriment des habitats semi-naturels, augmentation de l'utilisation des intrants chimiques...). Face à tous ces changements liés à l'agriculture moderne, la question se pose de l'impact de l'intensification agricole sur la biodiversité.<br />Dans cette optique, nous nous sommes intéressés à une communauté de petits mammifères (rongeurs et insectivores < 40g) des haies dans trois paysages agricoles bretons contrastés du point de vue de l'intensité de l'usage des terres et de la densité des réseaux de haies, le long d'un gradient d'intensification de l'agriculture. Quatre axes principaux sont identifiés : (1) caractériser la structure et la composition de la communauté dans les trois paysages, (2) déterminer (dans une approche multi-échelle quelles sont les variables environnementales qui peuvent expliquer les<br />différences dans les assemblages d'espèces entre les haies, (3) caractériser les variations saisonnières de la communauté et des populations qui la composent en réponse à la dynamique des paysages. (4) Nous nous sommes aussi intéressés à un niveau trophique supérieur en comparant les abondances de deux espèces de prédateurs des petits mammifères, la buse variable (Buteo buteo) et la faucon crécerelle (Falco tinnunculus) en réponse à la composition des paysages et à la<br />disponibilité en proies.<br />Les résultats soulignent l'importance de développer des approches qui intègrent plusieurs niveaux d'organisation et plusieurs échelles d'analyse. La diversité, l'abondance, la composition, la biomasse et les amplitudes saisonnières de fluctuation de la communauté, ainsi que l'abondance des deux espèces de rapaces sont différentes entre les trois sites, montrant un effet de<br />l'intensification de l'agriculture sur les différents taxons étudiés. Le paysage, mais également les caractéristiques de l'habitat sont impliqués dans la structuration des assemblages d'espèces.<br />Ces résultats permettent d'envisager des modes de gestion et d'aménagement pour la conservation de la biodiversité dans les paysages agricoles.

L'Afrique de l'Ouest abrite de nombreuses aires protégées au sein desquelles évolue une faune très variée. Peu d'études ont été réalisées sur la faune sauvage, et notamment sur les grands mammifères, contrairement à ce que l'on constate en Afrique orientale et australe, où plusieurs programmes ont été menés depuis une trentaine d'années. Le Niger, davantage réputé pour ses paysages désertiques dans le Ténéré, possède une des plus anciennes réserve de faune africaine : le Parc National du W.Nous avons développé une méthode d'analyse de la distribution et d'estimation des grands mammifères, permettant aux gestionnaires la mise en place d'une politique de gestion et d'aménagement dans le but de préserver voire d'augmenter la biodiversité. Cette méthode, intitulée SAGEDOC (Analyse Spatiale GEoréférencée des Données de Recensements), tient compte des moyens financiers et logistiques, souvent restreints, mis à la disposition des gestionnaires. La méthode SAGEDOC, utilisant les potentialités des SIG (en tant qu'outil de gestion de l'espace) associées aux apports de la télédétection et des statistiques multivariées, s'appuie sur les informations spatialisées qui permettent de comprendre la répartition des espèces de grands mammifères en saison sèche.La faune sauvage a été considérée comme l'élément central d'un géosystème dont les facteurs écologiques et anthropiques ont des influences variables dans l'espace et dans le temps. En tenant compte de cette variabilité spatio-temporelle, nous avons pu caractériser la distribution d'un grand nombre d'espèces de mammifères, dont les caractéristiques socioécologiques sont souvent très différentes.