La détermination des conditions physiques dans des milieux énergétiques tels que les nuages moléculaires interstellaires et les plasmas froids (température, densité du gaz, abondance moléculaire) requiert la connaissance des taux de collisions des molécules par collisions avec les espèces dominantes que sont e−, H, He et H2. Dans ce cadre, des calculs de chimie quantique et de dynamique collisionnelle ont été réalisés pour HCl en collision avec He et H2 et pour les collisions ions-électrons les systèmes BeH+ (et ses isotopes) et H2+ ont été étudiés. Les conséquences découlant de ces calculs sur les milieux énergiques sont présentées. / The determination of the physical conditions in energetic media such as interstellar molecular clouds and cold plasmas (temperature, gas density, molecular abundance) requires the knowlegde of collisional rate coefficients of molecules in collisions with the dominant species which are e, H, He and H2. In this context, quantum chemistry calculations and collisional dynamics were performed for HCl in collision with He and H2 and the electron-ion collisions for BeH+ (and its isotopes) and H2+ were studied. The consequences of these calculations on the energetic media are presented.

L'objectif de cette thèse a été de déterminer la pertinence des lâchers comme mode de gestion des pêcheries récréatives de brochet (Esox lucius). Une synthèse bibliographique a d'abord permis d'identifier les potentialités et les risques liés aux lâchers de brochets. La construction d'une vaste base de données sur les lâchers et sa mise en relation avec des données de pêche électrique a permis de démontrer que les lâchers ont un effet positive sur l'occurrence du brochet mais pas d'effet sur son abondance malgré que l'efficacité des lâchers augmente avec la taille des poissons lâchés. Deux études génétiques ont permis de mettre en évidence un fort taux d'hybrides permis les juvéniles et un taux relativement modéré parmi les adultes. D'une manière générale, les lâchers un bon potentiel d'amélioration des pêcheries mais présentent des risques pour la conservation de l'espèce. Ce travail se termine par des recommandations sur l'usage des lâchers et une réflexion sur les stratégies alternatives de gestion. / The objective of this PhD was to determine the relevance of stocking for pike (Esox lucius) recreational fisheries management. First, we identified benefits (for recreation) and risks (for conservation) of stocking of pike through a bibliographic review. Second, we used a large dataset (96 sites, 6 years) to evaluate the actual and potential effects of stocking on pike populations. We found that pike stocking programs actually positively affect pike occurrences but not pike abundance despite we found that the effect of stocking on pike abundance increases with the size of the stocked pike. Third, we measured the genetic impact of stocking. We found a high rate of hybridization among juveniles but a moderate rate of hybridization among adult pike. Overall, stocking has good potential to enhance fisheries yet it carries conservation risks. We conclude with recommendations for the use of stocking and discussion about alternative management strategies.

Diss.--Literaturwissenschaft--Zürich, 1978. / Bibliogr. p. 167-172.

Un des défis les plus pressants offerts aux écologistes des communautés actuellement consiste à prédire la réponse des assemblages d'espèces au changement environnemental global. Les études départageant la contribution de la variation observée à l'intérieur des espèces et entre les espèces à la variation fonctionnelle observée entre les communautés le long de gradients environnementaux spatiaux sont particulièrement utiles à cette fin. Elles permettent en effet d'évaluer la part que l'adaptation locale et la plasticité phénotypique (variation intraspécifique), en plus du renouvellement en espèces (variation interspécifique), pourraient jouer dans la médiation des changements environnementaux par les communautés végétales. Ce mémoire vise à évaluer la contribution de la variation intraspécifique au renouvellement en traits entre des communautés végétales le long d'un flanc de montagne, ainsi que les contextes environnementaux et écologiques dans lesquels une plus grande ou plus faible contribution de cette variation intraspécifique pourrait être attendue. Pour ce faire, j’ai quantifié la variation dans trois traits fonctionnels distincts (phénologie florale, surface foliaire spécifique et hauteur) entre, et à l'intérieur de 51 espèces végétales herbacées de sous-bois distribuées entre des communautés couvrant une transition de la forêt de feuillus à la forêt boréale (Parc national du Mont-Mégantic, Qc). Je présente également un nouveau cadre conceptuel établissant des hypothèses et prédictions sur les contextes environnementaux et écologiques pouvant déterminer la magnitude de la contribution de la variation intraspécifique à l'association trait-environnement entre les communautés végétales, que je teste à l'aide de ce jeu de données. Je rapporte que l'importance relative de la variation intraspécifique au renouvellement fonctionnel entre les communautés est dépendante de l'axe environnemental considéré, étant la plus forte le long d'axes non-climatiques, soit l'ouverture de la canopée et l'acidité du sol. Cette contribution est également déterminée de façon importante par la structure des réponses des espèces au gradient, en particulier par la direction et la magnitude de la variation intraspécifique dans l'espèce la plus abondante, la cohérence dans la direction de la réponse fonctionnelle des espèces à la variation environnementale et les patrons d'association trait-abondance à l'intérieur des espèces. Mon étude souligne l'importance de considérer les patrons sous-jacents à la contribution de la variation intraspécifique dans l'évaluation des sources de l'association trait-environnement entre les communautés végétales et propose des bases empiriques fortes pour améliorer les prédictions des réponses phénologique et végétative des communautés au changement environnemental global.

Les éléments transposables (ETs), qui sont présents chez tous les organismes vivants et sont impliqués dans un grand nombre de mutations et de réarrangements chromosomiques, apparaissent comme des composants incontournables des génomes. Ils doivent alors être soumis aux mêmes contraintes que les gènes d'hôte. Afin de tester cette hypothèse, nous avons dans un premier temps analysé l'usage des codons des gènes d'ETs et des gènes d'hôte chez cinq espèces : A. thaliana, C. elegans, D. melanogaster, H. sapiens et S. cerevisiae. Les résultats montrent que les ETs sont riches en AT quelle que soit l'espèce hôte : il s'agit donc d'une propriété intrinsèque aux ETs. L'analyse de la composition en bases aux différentes positions des codons montre que la richesse en AT à la 3ème position est inférieure aux valeurs des régions non contraintes des génomes. Ainsi, les ETs ne subissent pas uniquement des biais mutationnels mais sont aussi soumis à de la sélection. L'usage des codons des ETs n'est cependant pas lié à un taux d'expression fort ou faible, ce qui suggère un pattern d'expression particulier pour ces éléments. Dans un deuxième temps, l'analyse de l'abondance relative en di- et en trinucléotides des ETs et des génomes hôtes montre que les ETs possèdent un pattern d'abondance similaire à celui de leur hôte, indépendamment du biais de composition en bases. Cette analyse montre cependant que les gènes de rétrovirus humains et de rétrotransposons à LTR avec un gène env de drosophile ont un pattern différent des gènes d'hôte. L'abondance en dinucléotides semble être un moyen de détecter les rétroéléments potentiellement infectieux. Ce travail suggère un comportement spécifique des ETs qui semblent soumis à des contraintes de sélection particulières permettant le maintien de leur richesse en AT. Cependant, ils subissent aussi une empreinte du génome hôte, probablement de nature structurale.

Traditionnellement, les décisions en écologie sont prises en présumant que la structure spatiale de peuplements forestiers est homogène. Or, dans la sapinière à bouleau jaune, la mortalité individuelle des arbres et les perturbations qui génèrent des trouées, telles les épidémies de la tordeuse des bourgeons de l'épinette ou les coupes partielles, changent continuellement la structure spatiale interne des peuplements. Nous posons comme hypothèse que l'hétérogénéité spatiale joue un rôle important sur la dynamique des peuplements en modifiant la distribution spatio-temporelle de la lumière, ce qui a pour effet d'accentuer ou non l'abondance et la croissance d'arbustes qui peuvent intervenir sur la succession des arbres. Nous avons utilisé un indice d'hétérogénéité spatiale pour identifier 12 paysages de 1 km2 présentant différents niveaux d'hétérogénéité (hétérogène, modéré et homogène). Dans ces paysages, des données d'abondance et de croissance d'espèces d'arbustes et de la régénération d'espèces d'arbres ont été prises dans des trouées de différentes tailles et sous couvert forestier. Nos résultats indiquent que le noisetier à long bec est deux fois plus abondant dans les paysages hétérogènes et que le bouleau jaune est trois fois plus abondant dans les paysages d'hétérogénéité modérée que dans les paysages fortement hétérogènes. Notre recherche indique que les forêts hétérogènes contiennent significativement moins d'arbres et plus d'arbustes en régénération que les paysages moins hétérogènes. Cependant, ni la compétition par les arbustes et ni la croissance de la régénération des arbres ne diffèrent entre les paysages avec différents niveaux d'hétérogénéité, suggérant que les mécanismes de dispersion et d'établissement seraient successibles d'être à la base des patrons observés. ______________________________________________________________________________

Au cours de 325 relevés, 518 observations visuelles et 202 acoustiques ont permis de recenser 4 familles, 14 genres et 17 espèces, représentant un effectif total cumulé de près de 6000 cétacés contactés dans les limites de 15 mille nautiques des côtes en Guadeloupe. Les dauphins (Delphinidëe), constituent 33% des 36 espèces actuellement connues dans le monde. Six espèces plus rares ont été décrites. Parmi les cétacés à fanons, la baleine à bosse (Megaptera novaeangliae) migre dans les eaux côtières de décembre à fin mai et reste l'espèce la plus rencontrée. Grâce à un suivi individuel par télémétrie, il a pu être prouvé qu'au moins un individu de cette espèce pouvait séjourner dans l'archipel plus de huit jours. En 2010, une baleine à bosse de la baie du Moule à été suivie sur plus de 6300 kilomètres jusqu'au sud de l'Islande, vers les Iles Féroé. Une première estimation de stock sur la période de 2008 à 2011 propose que 442 baleines à bosse %CV 19,29 IC95% [302-645] évolueraient dans l'archipel côtier. Les carnïvores sont les plus abondants, avec parmi ceux-ci, le dauphin tacheté pantroplcal (Stenella attenuata) dont l'estimation indique que 270 à 300 individus évolueraient sur 1361 km2 avec une densité relative élevée (0,052 tndtvtdus/km>, %CV 90,16), principalement en-côte-sous-le-vent. L'analyse de la répartition spatiale et des facteurs du milieu indique une sectorisation géographique marquée des populations en zone côtière, avec des distributions influencées spécifiquement par la bathymétrie, la latitude, les distances à la côte et à l'isobathe 200, pour les informations principales et selon les espèces. / In 325 surveys, 518 visuai observations and acoustic 202 have identified four families, 14 genera and 17 species, representing a cumulative total ofnearly 6000 cetaceans assessed within 15 miles of coastal water ofGuadeloupe. Dolphins (Delphinidae), constitute 33% ofthe 36 species currently known in the world. Six rare species have been described. Among the baleen whales, the humpback whale (Megaptera novaeangliae) migrate into coastal waters from December to late May and is the species most encountered. With individual monitoring by telemetry, it has been proved that at least one individual ofthis species could stay in the archipelago over eight days. In 2010, a humpback whale in the Bay ofmold were followed for more than 6300 km to the south ofIceland to the Faroe Islands. A first estimate ofstock over the period 2008 to 20 Il suggests that 442 humpback whales CV% 19.2995% [302-645] would evolve in the coastal archipelago. <..';:-.'") Carnivores are the most abundant, with among them, the spotted dolphin (Stenella attenuata) whose estimate indicates that 270 to 300 individuals are present over 1361 km 2 with a high specifie density (0.052 individuals / km 2,% CV 90, 16), mainly in the Leeward coast. The analysis ofthe spatial distribution and environmental factors indicates a marked geographical sectorisation ofpopulations in coastal areas, with distributions specifically influenced by bathymetry, latitude, distance to the coast and the isobath 200, depending on the species

L’étude que nous avons menée sur la représentation des xenia dans la Tunisie romaine, s’inscrit dans le cadre général du rapport de l’architecture domestique avec l’affirmation du statut social de l’élite africaine. La construction de la domus était, sans doute, un projet stratégique qui exigeait des notables une réflexion sérieuse sur la meilleure façon d’exalter les signes extérieurs de leur richesse, de leur bon goût et, en définitive, de leur appartenance à l’idéal de vie romain dans lequel l’hospitalité, exprimée par le décor de xenia, occupe une place de choix. Les mosaïques à xenia dans la Tunisie romaine sont les plus nombreuses à l’échelle de l’Empire. elles représentent trois particularités, la première concerne la composition des pavements : les motifs de xenia sont représentés isolés et, dans la plupart des cas, associés à d’autres thèmes décoratifs ; la deuxième se rapporte à la répartition de ces mosaïques dans l’espace domestique, couvrant toutes les composantes de la domus et non pas seulement les pièces réservées aux hôtes ; la troisième, enfin, touche à la sémantique des xenia qui traduit certains aspects de l’histoire mentale de l’élite Afro-romaine. / The mosaics of xenia in the Roman area of Tunisia are the most numerous at the scale of the Empire. They present three particularities, the first one concerns the compositions of the ornamental tiling: the xenia motifs are represented isolated and, in most cases, associated with other decorative themes; the second one relates to the distribution of those mosaics in the household space covering all components of the domus and not just the rooms reserved for the hosts; finally the third one touches the semantic of the xenia which does not refer itself only about hospitality.

Cette thèse, motivée par les recherches récentes sur la « rhétorique musicale », étudie le nombre éloquent, notion aux nombreuses ramifications dans les domaines oratoire et poétique, encore peu examinée dans le champ musical. L’approche est philologique, comparatiste et historique, et vise à déterminer dans quelle mesure, entre 1600 et 1750, les modes d’approche et de perception du nombre en poésie et dans l’art oratoire ont eu leur équivalent en musique, en Italie (jésuite essentiellement) et en Allemagne. Après une mise en perspective de la culture des spécialistes de musique, partagée entre rhétorique scolaire et éloquence adulte, l’examen du découpage conceptuel opéré par les Anciens entre oratio vincta et soluta permet d’identifier des modes de composition, d’écoute et de prononciation du discours musical vocal et instrumental. La perception de la stricte récurrence propre à la musique métrique (vincta) contraste avec celle de la bigarrure variée de la musique « en prose » (soluta), et les approches érudites et néophytes diffèrent. Au plan micro-structurel, les périodes musicales sont abordées à l’instar des périodes oratoires. Selon qu’elles sont « arrondies » ou « articulées », elles mettent en œuvre le nombre grâce aux rythmes, à la conduite harmonieuse et à un travail de structuration par amplification. L’écriture périodique apparaît comme un principe fondamental de composition. La réflexion sur l’éloquence du nombre en musique s’inscrit finalement dans le débat touchant le meilleur style. Tenants de la brièveté musicale et partisans de l’abondance s’opposent, appliquant au domaine musical les réflexions sur le laconisme, l’atticisme et l’enflure. / This dissertation was undertaken in the wake of the recent research about musical rhetoric and focuses on the rhetorical number, a concept of acknowledged significance in the field of oratory and poetry that as yet has seldom been examined in the field of music. Following a philological, comparative and historical approach, the present study aims at determining to what extent the modes of perception and approach of the numerus in poetry and rhetoric had counterparts in music in Italy (mainly among the Jesuits) and Germany between 1600 and 1750. The study first deals with the culture of music specialists, which relates partly to scholastic rhetoric and partly to mature eloquence, and then investigates the conceptual division set by the Ancients between oratio vincta and soluta, so as to show that such division makes it possible to delineate the composition and listening and pronunciation processes of musical discourse, both vocal and instrumental. Perception of the strict recurrence that is specific to metrical music (vincta) contrasts with the heterogeneous variety of « prose »music (soluta) and it differs among scholars and novices. As for the microstructures of discourse, musical periods are tackled similarly to oratorical periods. Whether they are « rounded » or « articulated », they become rhythmical thanks to metrical feet or harmonious structure as well as processes of amplification. Periodical style appears fundamental to composition. The present dissertation eventually shows that the discussion of musical oratio numerosa is related to the impassioned debate over the best musical style (brevity, abundance, laconism, atticism and bombast).

Plus de 130 espèces de Vibrio, bactéries ubiquitaires des milieux marins et estuariens sont décrites, dont certaines sont des pathogènes d’organismes marins (poissons, coraux, coquillages, …). Douze espèces sont pathogènes pour l’homme, parmi lesquelles V. cholerae, V. parahaemolyticus et V. vulnificus. Les cas d’infections humaines sont essentiellement liés à la consommation de produits de la mer crus ou à l’exposition de plaies cutanées à l’eau de mer. En France, ce risque est faible mais pourrait s’accentuer en raison de la consommation croissante de produits de la mer, de l'augmentation de la part des individus immunodéprimés dans la population, de l'impact des activités anthropiques et du réchauffement climatique sur le milieu marin. Une meilleure compréhension de l'écologie de ces bactéries (distribution, abondance et diversité) est un pré-requis à la mise en place d’une surveillance environnementale de ce risque. L’étude menée au cours de ma thèse en zone Manche-Mer du Nord, dans le cadre du programme Vibrio Manche (2009-2012, partenariat EDFR&D/Ifremer/Institut Pasteur de Lille), avait pour objectif d'évaluer la diversité et la distribution spatio-temporelle côtière des vibrions, dont des espèces potentiellement pathogènes pour l’homme et les animaux, et leur relation avec les paramètres environnementaux biologiques (phytoplancton et zooplancton) et physico-chimiques. La stratégie de suivi a reposé sur le dénombrement et l’isolement de souches de Vibrio, à 22°C et 37°C sur milieu sélectif, à partir d’eau de mer et de sédiments superficiels collectés au cours de neuf campagnes d’échantillonnage et associés à la mesure de paramètres environnementaux. Le développement et la validation d’outils d’identification des souches environnementales par PCR en temps réel et le séquençage de marqueurs génétiques discriminants ont conduit à mettre en évidence une grande diversité d’espèces parmi les isolats à 22°C, celle-ci étant composée principalement de pathogènes d’organismes marins dont l’espèce V. splendidus. Les isolats à 37°C, marqués par la prédominance de deux espèces, V. alginolyticus et V. harveyi, et la rareté des pathogènes humains détectés dans les conditions d’analyses retenues pour cette étude. Au terme de l’étude, nous avons mis en évidence la présence de 20 et 17 espèces de vibrions respectivement à 22°C (deux campagnes) et 37°C (neuf campagnes) sur la zone étudiée, et l’influence probable de conditions environnementales contrastées sur la structure de ces populations. En termes d’abondance, les vibrions cultivables à 37°C ont montré une forte saisonnalité, et une relation significative à la température de l’eau et à l’abondance totale du zooplancton. La saisonnalité des vibrions cultivables à 22°C a été moindre, et leur abondance a pu être reliée de façon significative à la concentration en chlorophylle a totale et également à l’abondance totale en zooplancton. Ces éléments de connaissance et la stratégie d’identification développée pourront, à terme, contribuer au développement d’outils de surveillance microbiologique environnementale et ouvrent des perspectives pour mieux comprendre l’écologie des vibrions et les facteurs structurant non seulement leur abondance, mais aussi leur diversité. / One hundred and thirty species of vibrios, ubiquitous bacteria of marine and estuarine environments have been described, some of them being pathogenic for marine organisms. Twelve species are classified as human pathogens, Vibrio cholerae, V. parahaemolyticus and V. vulnificus being the most frequently reported in cases of infection. Human infections are linked mostly to raw seafood consumption or to the exposure of skin wounds to contaminated seawater. In France, the risk is low but it is expected to increase in the future due to the increase of raw seafood consumption, the part of immuno-compromised people, but also the impact of anthropic activities and global warming on the marine environment. A better understanding of the ecology of these bacteria (distribution pattern, abundance and diversity) is a prerequisite for the monitoring of the Vibrio-risk in the environment. The 2-year study carried out in the Eastern English Channel during my PhD was part of the Vibrio Manche program (2009-2012, funding EDF R&D/Ifremer/Institut Pasteur de Lille), which main objective was to characterize the spatio-temporal distribution of the vibrios, among which the potentially pathogenic species for human and animal, and their relations with the biotic(phytoplankton and zooplankton) and abiotic environmental parameters. The strategy consisted in the enumeration and isolation of Vibrio strains, at 22°C and37°C on a selective medium, from seawater and superficial sediments collected during nine sampling campaigns and associated with the recording of environmental parameters. The protocol developed in this study provides an appropriate and rapid screening tool to identify a large number of bacterial strains routinely isolated from the environment. This was based on real-time PCR assays and the sequencing of discriminant genetic markers. We highlighted the important diversity of species among the 22°C isolates, represented mainly by species pathogenic for marine organisms such as V. splendidus. Contrastingly, the 37°C isolates were mainly represented by two species, V. alginolyticus and V. harveyi, and the potentially pathogenic species for humans were rarely detected using this experimental approach. We detected 20 and 17 species of vibrios among the 22°C (two sampling campaigns) and 37°C(nine sampling campaigns) isolates, respectively, and highlighted the probable influence of contrasted environmental conditions on these populations structure. These two populations presented different seasonal dynamics, as the seawater temperature and the zooplankton abundance showed to be the main drivers for the 37°C population. The 22°C population seemed to be linked to the chlorophyll a concentration and zooplankton abundance. These data and the approach developed in this study could contribute to the development of tools for the monitoring of coastal environment and they give perspectives to better understand the ecology of the vibrios and the environmental factors driving their abundance and diversity.