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Estimation Bayésienne de l’abondance par "removal sampling" en présence de variabilité du taux d’échantillonnage : application aux tiques Ixodes ricinus en quête d’hôtes / Bayesian estimation of abundance based on removal sampling with variability of the sampling rate : case study of questing Ixodes ricinus ticks

Bord, Séverine 17 June 2014 (has links)
L'estimation des abondances de population est essentielle pour comprendre les dynamiques de population, les interactions entre espèces et estimer les risques de transmission d'agents pathogènes dans les populations. Plusieurs méthodes d'échantillonnages, basées sur des hypothèses spécifiques permettent d'estimer ces abondances : les méthodes par comptages uniques, par « distance sampling », par échantillonnages successifs ou par capture marquage recapture. Nous nous sommes intéressés à l'abondance des tiques Ixodes ricinus, vecteurs de nombreux agents pathogènes. Cette abondance est classiquement estimée par le nombre de tiques capturées lors d'échantillonnages uniques réalisés sur différentes unités d'observation. Cependant, de nombreuses études remettent en cause cette hypothèse forte et suggèrent que le taux d'échantillonnage est variable selon les conditions d'échantillonnage (type de végétation,…) mais ne prennent pas en compte ce taux d'échantillonnage pour autant. A partir d'une méthode d'échantillonnage par « removal sampling » (RS), (i) nous avons montré que les conditions environnementales influençaient le taux d'échantillonnage et l'indicateur d'abondance usuel i.e. le nombre de tiques capturées lors d'un seul échantillonnage (ii) nous avons proposé une méthode pour détecter l'indicateur d'abondance, basés sur le nombre cumulé de capture, le moins soumis aux variations du taux ; (iii) par une approche Bayésienne hiérarchique, nous avons estimé simultanément l'abondance de tiques des unités d'observation et la valeur du taux d'échantillonnage en fonction du type de végétation et de l'heure d'échantillonnage. Nous avons montré que le taux d'échantillonnage sur des arbustes (entre 33,9 % et 47,4%) était significativement inférieur au taux d'échantillonnage sur des feuilles mortes (entre 53,6 % et 66,7%). De plus, nous avons montré que le modèle RS tend vers un modèle de Poisson iid lorsque la taille de la population N0 tend vers l'infini ce qui pose des problèmes d'indétermination pour estimer les paramètres N0 et τ, le taux d'échantillonnage. Nous avons également montré que (i) les estimateurs Bayésiens divergent lorsque les lois a priori sont des lois vagues ; (ii) les lois a priori β(a, b) avec a > 2 sur τ conduisaient à des estimateurs Bayésien convergents. Enfin, nous avons proposé des recommandations quant au choix des lois a priori pour τ afin d'obtenir de bonnes estimations pour N0 ou pour τ. Nous discutons de la pertinence des méthodes RS pour les tiques et des perspectives envisageables pour (i) estimer le risque acarologique représenté par la population de tiques potentiellement actives sur une unité d'observation, (ii) estimer un risque à l'échelle d'une parcelle, à savoir comment répartir l'effort d'échantillonnage entre le nombre d'unités d'observation et le nombre d'échantillonnages successifs par unités d'observation. / The estimation of animal abundance is essential to understand population dynamics, species interactions and disease patterns in populations and to estimate the risk of pathogens transmission. Several sampling methods such as single counts, distance sampling, removal sampling or capture mark recapture could be used to estimate abundance. In this study, we are investigated the abundance of Ixodes ricinus ticks, which are involved in the transmission of many pathogens. Tick abundance is commonly estimated by the number of nymphs captured during a single observation (a cloth dragged on a given surface). In this case, analyses of abundance patterns assumes that the probability of detecting a tick, hence the sampling rate, remains constant across the observations. In practice, however, this assumption is often not satisfied as the sampling rate may fluctuate between observation plots. The variation of sampling rate is never taken into account in estimations of tick abundance. Using a removal sampling design (RS), (i) we showed that the sampling rate and the usual abundance indicator (based on a single drag observation per spot) were both influenced by environmental conditions ; (ii) we proposed a method to determine the abundance indicator the least influenced by sampling rate variations ; (iii) using a hierarchical Bayesian model, we estimated simultaneously the abundance and the sampling rate according the type of vegetation, and the time of sampling. The sampling rate varied between 33,9 % and 47,4 % for shrubs and 53,6 % and 66,7 % for dead leaves. In addition, we show that the RS model tends to Poisson iid model when the population size N0 tends to infinite. This result conduct to infinite estimations for N0. We show that (i) Bayesian estimators were divergent for vague prior ; (ii) β(a, b) prior for a > 2 on τ conduct to convergent estimators. Then, we proposed recommendations for prior choice for τ parameter to give good estimations of N0 or τ. We discuss the relevance of RS for ticks and the possible perspectives to (i) estimate the acarologic risk associated to all potential active ticks for given spot, (ii) estimate the risk at the larger scale, i.e. how to distribute the sampling effort between number of spot and number of consecutive sampling by spot.
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Etude de l'atmosphère profonde de Jupiter / Study of the deep atmosphere of Jupiter

Blain, Doriann 10 September 2018 (has links)
L'objet de cette thèse est l'étude des répartitions spatiales des abondances chimiques de la troposphère de Jupiter. Le cas du NH3 est particulièrement étudié. Deux types de données ont été utilisées : des observations au sol via l'instrument TEXES monté sur le télescope IRTF, et des observations spatiales via l'instrument JIRAM embarqué sur la sonde JUNO. Les données sont analysées par un code parallélisé développé au cours de la thèse, combinant un transfert radiatif raie-par-raie et une méthode d'inversion non-linéaire optimale. Les données TEXES ont permis d'établir une carte du NH3 troposphérique (entre 1 et 4 bar) à une précision de l'ordre de 20% sur environ trois quarts de la surface de Jupiter à une résolution spatiale d'environ 1200 km (1,4"). Cette carte met en évidence d'importantes variations latitudinales de l'abondance de NH3 troposphérique, qui peut varier de 60 ppmv dans la NEB à proximité des "hotspots", à plus de 500 ppmv dans les zones. Les résultats dans les zones souffrent toutefois d'un faible rapport signal-sur-bruit, ce qui augmente leur incertitude. La carte met également en évidence des variations longitudinale, en particulier dans la SEB. Ces résultats sont en bon accord avec ceux de JIRAM et de MWR (un autre instrument de JUNO), avec toutefois pour ce dernier une différence importante au niveau la NEZ. / The goal of this thesis is the study of the Jupiter's troposphic chemical species spatial repartition, with an emphasis on NH3. Two types of data were used: ground-based observations with the TEXES instrument mounted on the IRTF, and space-based observations with the JIRAM instrument mounted on the JUNO spacecraft. The data were analysed by a parallelised code developped during this thesis, combining a line-by-line radiative transfer and an optimal non-linear retrieval method.The TEXES data were used to draw a map of the tropospheric NH3 (between 1 and 4 bar) with an uncertainty of 20% on three quarters of Jupiter's surface with a spatial reslution of approximately 1200 km (1.4"). This map highlight important latitudinal variations of the tropospheric NH3, which can vary from 60 ppmv near the hotspots of the NEB, to more than 500 ppmv into the zones. However, the results in the zone have a low signal-to-noise ratio, increasing their uncertainties. The map also highlight longitudinal variations, particularly in the SEB. These results are in good agreement with those of JIRAM and MWR (another instrument of JUNO), albeit an important discrepancy with MWR's results in the NEZ.
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L'effet de microlentille gravitationnelle dans la recherche de planètes extra-solaires et dans le sondage d'atmosphères d'étoiles géantes du Bulbe

Cassan, Arnaud 08 December 2005 (has links) (PDF)
Un effet de microlentille gravitationnelle galactique a lieu lorsqu'une étoile d'avant-plan du disque de la Voie Lactée (la "microlentille") croise la ligne de visée d'une étoile d'arrière-plan située dans le Bulbe (la source). Le phénomène s'accompagne d'une amplification caractéristique du flux lumineux. Cette propriété est utilisée comme outil original aussi bien pour la recherche de planètes extra-solaires et la détermination de limites à leur abondance, que pour réaliser la tomographie d'étoiles géantes du Bulbe.<br /> <br /> Grâce à un réseau de télescopes régulièrement espacés en longitude dans l'hémisphère sud, la collaboration internationale PLANET (Probing Lensing Anomalies NETwork) procède à un suivi précis et continu d'événements de microlentille soigneusement choisis. Des méthodes mathématiques et numériques adaptées à leur modélisation sont utilisées, afin de répondre aux problèmes posés par la non-linéarité des équations et la configuration particulière de l'espace des paramètres, qui est à la fois vaste et constitué de nombreux minima locaux.<br /> <br /> Une planète extra-solaire peut être détectée par cette technique si sa présence produit une déviation dans la courbe de lumière produite par son étoile-hôte. L'un des points forts de cette méthode réside dans sa capacité à mettre au jour des exoplanètes en orbite à quelques unités astronomiques et de masse aussi petite que celle de la Terre, grâce aux caustiques gravitationnelles produites par la planète. Ces dernières peuvent engendrer un pic d'amplification secondaire significatif, si la source vient à les traverser. La découverte de l'exoplanète OGLE 2005-BLG-390Lb porte à trois le nombre de détections par effet de microlentille ; elle est présentée ici. Outre le fait d'être à ce jour la planète la moins massive détectée - environ cinq fois la Terre - elle se situe à une distance appréciable de son étoile-hôte, soit trois unités astronomiques. <br /> <br /> Les observations réalisées sont également mises à profit afin de poser des limites à l'abondance de planètes extra-solaires autour d'étoiles naines rouges. Pour une sélection de microlentilles observées entre 1995 et 2004 et qui ne présentent pas de signature planétaire évidente, des diagrammes d'efficacité de détection sont calculés selon une méthode décrite ici. Les résultats obtenus forment alors la base de l'étude statistique.<br /> <br /> Enfin, un effet d'amplification différentielle du disque de l'étoile-source, lorsque cette dernière traverse une caustique, est exploité afin de sonder l'atmosphère d'étoiles géantes du Bulbe. Les mesures de coefficients d'assombrissement centre-bord de plusieurs étoiles sont rapportées et comparées aux prédictions des modèles. En outre, grâce à un suivi spectroscopique à haute résolution spectrale, il a été possible de confronter aux modèles les mesures de largeur équivalente de raies spectrales en plusieurs points du disque d'une géante G5III du Bulbe, à 9 kpc, et d'en détecter directement la chromosphère.
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Reconstruction de la distribution et de l'abondance historiques des mammifères marins : établir un niveau de référence pour comprendre le passé, renseigner le présent et planifier l'avenir / Reconstruction of marine mammals’ historical distribution and abundance : setting a baseline to understand the past, inform the present and plan the future

Monsarrat, Sophie 07 May 2015 (has links)
La mise en place d'objectifs de conservation adéquats repose sur la définition d'états de référence appropriés pour la distribution et l'abondance des espèces. Cependant, l'étendue des impacts cumulés de l'homme sur les écosystèmes est aujourd'hui largement sous-estimée. Dans ce projet, je m'intéresse aux opportunités qu'offre l'utilisation de données historiques combinées à différentes méthodes analytiques pour définir ces états de référence ainsi qu'aux défis posés par ce type d'approche. Des données de présence ont été recueillies pour sept espèces de cétacés et trois espèces de pinnipèdes à partir de sources archéologiques, historiques et industrielles, révélant des réductions dans la distribution et l'abondance des espèces depuis la préhistoire à nos jours. Des modèles de distribution d'espèces ont été développés pour cinq espèces de cétacés, combinant des données de chasse baleinière du 19ème siècle à des variables environnementales afin d'estimer la distribution historique des espèces avant qu'elles n'aient été chassées. J'ai obtenu pour la baleine franche de l'Atlantique Nord (Eubalena glacialis) une estimation détaillée de sa distribution et de son abondance avant qu'elle ne soit exploitée, en extrapolant des connaissances sur la distribution et l'abondance d'une espèce congénérique, la baleine franche du Pacifique Nord (E. japonica). Ces résultats suggèrent que la baleine franche de l'Atlantique Nord occupe une portion réduite de sa distribution historique, et que son abondance actuelle ne représente qu'une infime portion (<5%) de son abondance passée. Plus généralement, ces résultats soulignent l'importance de considérer des données historiques pour comprendre le niveau d'impact par l'homme sur les espèces, évaluer leur niveau de déplétion et renseigner leur potentiel de rétablissement dans l'avenir. / Relevant baselines on the historical distribution and abundance of species are needed to support appropriate conservation targets for depleted species, but the full scale of cumulative human impacts on ecosystems is highly underestimated. In this project, I investigated the challenges and opportunities of combining historical data with analytical methods to improve these historical baselines. Occurrence data from archaeological, historical and industrial sources were reviewed for seven cetacean and three pinniped species, revealing range contractions and population depletions from prehistorical times to today. For five whale species, I used species distribution modelling to combine 19th Century whaling records with environmental data, to estimate pre-whaling distributions. For the highly depleted North Atlantic right whale, (Eubalaena glacialis), I obtained a detailed estimate of pre-whaling distribution and abundance by inferring from the historical distribution and abundance of its congeneric North Pacific right whale (E. japonica). These results suggest that the North Atlantic right whale occupies a small fraction of its historical range and that its current population represents <5% of its historical abundance, with implications for the management, monitoring and conservation targets of this species. More generally, these results emphasize the utility of considering historical data to understand the extent to which species have been impacted by humans, assess their current level of depletion, and inform the options available for their future recovery.
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Méthodes d’étude et modélisation de la dynamique de population du triton marbré dans le cadre du projet de construction d’une infrastructure de grande ampleur en zone bocagère dans l’ouest de la France / Methods of study and modeling of the marbled newts' population dynamics within the framework of a large-scale infrastructure project in a wooded area in western France

Guerin, Sandra 15 December 2017 (has links)
La perte d’habitat et la fragmentation sont les principales causes de déclin des amphibiens en Europe de l’ouest. Malgré les réglementations mises en place concernant la construction de nouvelles infrastructures, le manque de connaissances fondamentales concernant les espèces et leurs habitats rendent difficiles l’évaluation des impacts ainsi que la mise en place de solutions efficaces pour conserver la biodiversité. En se basant sur l’exemple du triton marbré (Triturus marmoratus), espèce protégée présente dans l’ouest de la France, ce travail vise à évaluer la pertinence des méthodes de terrain et de modélisation disponibles pour la récolte des données nécessaires à la caractérisation de la dynamique des populations chez cette espèce. Pour ce faire, deux populations de tritons marbrés (Loire Atlantique et Vendée) ont été étudiées grâce à des techniques de comptages à la lampe, piégeage, utilisation d’épuisettes avec un suivi intensif par capture-marquage-recapture (CMR), complété par la méthode de l’ADN environnemental (ADNe). Dans une première partie ce travail a permis de montrer que dans le cadre de la caractérisation quantitative de la dynamique d’une population, les informations apportées par la CMR sont les plus fiables. Ceci est notamment dû au taux de détection faible et hétérogène dans l’espace et dans le temps du triton marbré, qui ne permet pas aux autres méthodes s’en affranchissant de produire des résultats reproductibles et transposables. L’ADNe est la méthode permettant d’estimer l’occurrence le plus efficacement mais la possibilité d’une utilisation pour estimer des abondances absolues voire des abondances relatives reste du domaine des perspectives prometteuses mais non abouties à ce jour. Dans un second chapitre, nous avons montré comment les récentes avancées méthodologiques dans les approches de modélisation permettent de déterminer le temps passé par une espèce sur un site grâce aux données de CMR. Ces méthodes ont été appliquées au triton marbré pour mettre en évidence une phénologie particulière avec des individus arrivant et repartant du site de reproduction de manière non simultanée et n’occupant chacun la mare qu’une partie de la période de reproduction. L’ensemble de ces résultats permettent de définir un cadre méthodologique adapté pour développer un suivi dans le temps des mesures de compensation envisagées dans le cadre du projet de construction, mais aussi pour le suivi des populations d’urodèles en général. / Habitat loss and fragmentation are the main causes of amphibian decline in Western Europe. In spite of regulations concerning the construction of new infrastructures, the lack of knowledge concerning species and their habitat make difficult to evaluate the impact as well as the implementation of effective solutions to preserve biodiversity. Using the example of marbled newt (Triturus marmoratus), a protected species presents in Western France, this works aims at estimating the relevance of the fieldwork and modeling methods available to obtain data necessary for characterizing the dynamic of population for this species. To do so, two populations of marbled newts (situated in Loire Atlantique and Vendée) were studied using torch counts, traps, dip nets, with an intensive capture recapture (CR) protocol, and environmental DNA (eDNA) method. In the first part, this work allowed us to show that within the framework of quantitative characterization of the dynamics of a population, the information gathered by CR is the most reliable. This is especially due to the low and heterogeneous detection rate in space and time for marbled newt, which does not allow traditional methods to get reproducible and transposable results. eDNA is the most accurate method when it comes to estimating occurence but the possibility to use it to estimate absolute or even relative abundances stays a promising perspective that did not succeed yet. In a second chapter, we showed how recent methodological advances in modeling approaches allow estimating time spent by a species in a site thanks to CR data. These methods were applied to marbled newts to highlight a particular phenology, with arriving and leaving individuals being not simultaneous but progressive and each individual occupying the pond only for a part of the breeding season. These results allows to define a methodological frame adapted to develop long term studies of compensation measures within the framework of the construction project, but also more generally for future studies of urodele species.
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Excitation Collisionnelle du formaldéhyde interstellaire : Théorie et Observations

Troscompt, Nicolas 16 October 2009 (has links) (PDF)
L'hydrogène moléculaire est la molécule la plus simple et la plus répandue dans l'Univers. Elle se présente sous deux formes, ortho- et para- H$_2$, correspondant aux différents alignements des spins de ses deux noyaux. Le rapport ortho/para de H$_2$ est un paramètre essentiel pour comprendre les processus collisionnels inélastiques et réactifs dans les milieux astrophysiques moléculaires. Dans cette thèse, nous nous sommes intéressés à la détermination de ce rapport dans les nuages sombres, régions où H$_2$ ne peut pas être observée directement. Dans ce but, nous avons utilisé la molécule de formaldéhyde (H$_2$CO) dont l'excitation rotationnelle dans ces sources est dominée par les collisions avec H$_2$. Une transition particulière a été choisie pour cette étude : la raie à 6 cm (4,8 GHz) de ortho-H$_2$CO observée en absorption devant le fond diffus cosmologique. Si des études précédentes ont montré que cette absorption (antimaser) peut être expliquée par des effets collisionnels, aucune n'a étudié jusqu'à présent l'impact des formes ortho- et para-H$_2$ sur l'absorption. Nous présentons, dans un premier temps, nos calculs haute-précision des taux d'excitation rotationnelle entre (ortho-,para-)H$_2$CO et (ortho-,para-)H$_2$. Nous montrons qu'il existe des différences significatives sur les taux de collisions selon le type de projectiles, et en particulier qu'il existe des différences entre ortho- et para-H$_2$. Nous présentons ensuite l'utilisation de ces taux dans un modèle de transfert radiatif afin de reproduire les observations que nous avons menées au Green Bank Telescope sur la transition a 6 cm de ortho-H$_2$CO en direction de 3 nuages sombres (B68, L134N et TMC-1). Nous montrons que les différences dans les taux de collisions calculés avec ortho- et para-H$_2$ ont un impact significatif sur les simulations, nous permettant ainsi d'apporter des contraintes sur la valeur du rapport ortho/para de H$_2$ dans ces milieux. Nous traitons en particulier l'exemple de B68, prototype de c\oe ur pre-stellaire.
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Distribution, abondance et état de santé du noyer cendré (Juglans cinerea) en relation avec les gradients écologiques dans les Cantons-de-l'Est

Tanguay, Caroline 07 1900 (has links) (PDF)
Le noyer cendré (Juglans cinerea) a un statut d'espèce en voie de disparition au Canada depuis 2003 dû à la forte mortalité causée par un champignon pathogène, le chancre du noyer cendré (Sirococcus clavigignenti-juglandacearum). Cette étude vise à localiser les peuplements forestiers renfermant des noyers cendrés en forêt privée dans les Cantons-de-l'Est, afin de déterminer si l'espèce se retrouve dans plusieurs types de milieux et de communautés végétales. En deuxième lieu, il s'agit d'évaluer si l'état de santé du noyer diffère dans les types de milieux où il se trouve. La composition végétale (arbres et herbacées) et les facteurs écologiques (édaphiques et caractéristiques de sites) ont été évalués dans 35 parcelles (400 m2) comprenant des noyers, ainsi que dans 55 parcelles sans noyer localisées dans des milieux différents ou similaires aux parcelles comprenant des noyers. Une analyse canonique des correspondances a permis de séparer les peuplements échantillonnés en 4 types de milieux, soit les plaines de débordement, les milieux mésiques riches ayant beaucoup de calcium dans le sol (+Ca), les milieux mésiques riches ayant moins de calcium dans le sol (-Ca) et les milieux mésiques pauvres. L'état de santé des noyers a été évalué (circonférence du tronc affectée et pourcentage de mort en cime). Les noyers sont plus sévèrement affectés par le chancre dans les plaines de débordement (30%) que dans les forêts mésiques (11 %). La mort en cime montre le même patron; dans les plaines de débordement, 24% des noyers présentent une mort en cime élevée (plus de 50% de branches mortes) comparativement à seulement 5% des noyers des forêts feuillues mésiques. D'après ces résultats, d'éventuelles plantations d'enrichissement ou de réintroduction auraient avantage à être réalisées dans les milieux mésiques riches (+Ca), là où la croissance du noyer est comparable à la croissance en plaine de débordement, mais où la maladie y est moins importante. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Juglans cinerea, espèce en voie de disparition, pathogène exotique, plaines de débordement, forêts mésiques riches, forêts privées.
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Etude des effets de mélanges d'herbicides employés sur le maïs, sur les communautés microbiennes édaphiques : approche en microcosmes

Joly, Pierre 25 February 2014 (has links) (PDF)
Ces travaux s'inscrivent dans une problématique actuelle de compréhension des effets, encore peu connus, des mélanges de pesticides dans le sol. Les formulations d'herbicides S-métolachlore (Dual Gold Safeneur®), mésotrione (Callisto®) et nicosulfuron (Milagro®) ont été appliquées en mélanges et à la dose agronomique recommandée. Les molécules formulées sont plus toxiques que les molécules actives seules (Microtox®) et aucun effet synergique ou antagoniste des mélanges n'a été observé. Cependant, ces mélanges impactent transitoirement et à court terme les communautés microbiennes du sol de Limagne, sans modifier les paramètres généraux de structure et d'abondance. Toutefois, des effets ont été mis en évidence sur des communautés sensibles telles que les phototrophes ou celles impliquées dans les processus de nitrification et de dénitrification. De plus, une comparaison des effets des mélanges sur les communautés phototrophes de deux sols souligne l'importante toxicité du Dual Gold Safeneur® et remet en cause son utilisation d'un point de vue écotoxicologique.
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Exploration des communautés virales thermophiles dans les écosystèmes chauds des terres australes et antarctiques françaises / Exploration of the thermophilic viral communities of the hot ecosystems of the French Southern and Antartic lands

Parikka, Kaarle Joonas 28 March 2013 (has links)
Les virus peuvent être retrouvés dans tous les écosystèmes où de la vie est présente. Ils constituent l’entité biologique la plus abondante de la biosphère. Si de nombreuses données sont disponibles sur l’abondance et la dynamique virale dans les écosystèmes aquatiques tempérés, peu d’études ont été menées sur ces aspects dans les milieux extrêmes, dont les sources hydrothermales. Dans l’étude présentée dans ce manuscrit, les communautés procaryotiques et virales des sources hydrothermales des Terres australes et antarctiques françaises (TAAF) ont été explorées. Dans un premier temps, les cellules procaryotiques et les particules de type viral (VLP) ont été dénombrées dans plusieurs sources chaudes terrestres et marines côtières. L’abondance microbienne et virale est de l’ordre de 105 - 106 particules/ml dans les deux types de sources avec des rapports VLP/procaryotes (VPR) qui sont généralement faibles, concordant ainsi avec rares les données disponibles actuellement dans la littérature. Dans un second temps, la diversité morphologique des VLP a été analysée par observation au microscope électronique à transmission. La présence de VLP de morphologies différentes a pu être constatée dans quelques échantillons bruts, mais également dans des cultures d’enrichissement, où elles étaient associées à des Thermococcales et des Thermotogales. Finalement, quelques souches isolées de ces échantillons ont été criblées pour la présence de virus aboutissant à la description d’un nouveau bactériovirus tempéré associé à une bactérie thermophile Geobacillus. L’effet d’un choc osmotique en présence de NaCl et l’effet d’un stress anoxique sur la production virale ont également été étudiés. La caractérisation du virus GTV1 a ensuite été entamée. Il appartient à la famille des Myoviridae et a un génome composé d’ADN double brin de 38841 pb, composé de 71 ORF prédits. Enfin, l’étude de la diversité microbienne a permis de décrire une nouvelle espèce bactérienne hautement thermophile, Calditerricola clavaformis sp.nov. / Viruses thrive in all types of ecosystems where life is found. They represent the most abundant biological entity of our biosphere. Though several studies have been conducted on viral abundance and dynamics in mesophilic aquatic ecosystems, these aspects remain largely unexplored in extremophilic environments, such as hot springs. In this study, prokaryotic and associated viral communities of the French Southern and Antarctic Lands hot springs were explored. First, prokaryotic cells and Virus-like particles (VLP) were enumerated in several terrestrial and inshore hot springs. The results reveal an abundance of 105 - 106 particles/ml in both types of hot springs studied. The virus-to-prokaryote ratios (VPR) were generally low, confirming thus actual knowledge in these types of ecosystems. The morphological diversity of VLP was then studied in raw samples as well as in enrichment cultures containing Thermococcales and Thermotogales. Several isolates obtained from these samples were then screened for viral particles which led to the discovery and description of a temperate phage (GTV1) of a thermophilic bacterium belonging to the genus Geobacillus. The effect of NaCl and anoxic stress on the viral production was studied. The genomic characterization of the GTV1 was started and revealed a 38441 bp genome with 71 predicted ORF. Finally, microbial diversity studies led also to the discovery of a new extremely thermophilic bacterium, Calditerricola clavaformis sp.nov.
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Étude des phénomènes explosifs en astrophysique dans les sursauts gamma et les supernovæ / Studying explosive phenomena in astrophysics by the example of gamma-ray bursts and supernovae

Filina, Anastasia 01 July 2015 (has links)
La formation des premières étoiles, quelques centaines de millions d'années après le Big Bang, marque la fin de l’âge sombre. Actuellement, nous n’avons aucune observation de la formation de ces étoiles, appelée popIII, mais d’après des simulations numériques de différents groupes, il semblerait que ces étoiles primordiales étaient très massives: plusieurs centaines de masses solaires. Ces premières étoiles, ont produits aussi des sursauts gamma (GRBs). Ainsi, l’étude des GRBs produits à partir des popIII, pourraient permette d’étudier directement le stade final des étoiles primordiales. Les télescopes d'aujourd'hui ne peuvent pas regarder assez loin dans le passé cosmique pour observer la formation des premières étoiles, mais la nouvelle génération de télescopes permettra de tester des idées théoriques sur la formation des premières étoiles.Les GRBs sont liés à la mort d’étoiles massives et qu'ils sont connectés avec des supernovae. En ce sens, les GRBs sont l'une des classes de processus explosifs en physique stellaire et devraient suivre les mêmes lois physiques que l'explosion des supernovae. Ce travail tente d'aborder le problème des GRBs comme un problème d'explosion stellaire et utilise les données d’observation sur les spectres et les courbes de lumières notamment.Dans le cadre de cette thèse, des outils spécifiques ont été développés pour étudier les explosions stellaires: un code numérique pour résoudre les réactions nucléaires a été incorporé dans le code hydrodynamique existant. Ces outils ont été utilisés dans les simulations de supernovae afin d’étudier les connections avec les sursauts gamma: analyse spectrale et étude statistique en fonction du redshift. / The formation of the first stars hundreds of millions of years after the Big-Bang marks the end of the Dark Ages. Currently, we have no direct observations on how the primordial stars formed, but according to modern theory of stellar evolution these stars should be very massive (about 100 Msun) Population III stars have a potential to produce probably most energetic flashes in the Universe - gamma-ray bursts. GRBs may provide one of the most promising methods to probe directly final stage of life of primordial stars. Today's telescopes cannot look far enough into the cosmic past to observe the formation of the first stars, but the new generation of telescopes will test theoretical ideas about the formation of the first stars.Thanks to many years of observations we have good GRB's data -statistics of occurrence, spectrum, lightcurves. But there are still a lot of questions in the theory of GRBs. We know that GRBs are related to the death of stars and that they are connected with supernovae. So gamma-ray bursts are one of the classes of explosive processes in stellar physics that should have a lot of common with supernovae explosions. In that case GRBs should follow the same physical laws of explosion as supernovae. This work tries to approach the problem of GRBs as a problem of stellar explosion.Necessary instruments of studying stellar explosion were developed as a part of doctoral research: code for solving systems of nuclear reaction equations was incorporated into hydrodynamical code. These tools were applied for supernovae simulations in order to find possible connection with GRBs. Basing on analysis of supernovae simulations spectral analysis of GRBs was performed.

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