Orientador: Marcos Nogueira Eberlin / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Quimica / Made available in DSpace on 2018-07-21T22:37:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Gozzo_FabioCesar_M.pdf: 2210136 bytes, checksum: da6c24da314306814984ee539b50636d (MD5) Previous issue date: 1996 / Mestrado

Orientador: Concetta Kascheres / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Quimica / Made available in DSpace on 2018-07-20T02:03:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Atala_MerciaDelia_M.pdf: 3495079 bytes, checksum: 1a136e0b826a920cb0694583c891e44c (MD5) Previous issue date: 1985 / Mestrado

Orientador: Marcos Nogueira Eberlin / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Quimica / Made available in DSpace on 2018-07-22T08:30:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Sorrilha_AnaElisaPintoMoreira_D.pdf: 4964997 bytes, checksum: e6e5d82a2a945a5188490186d62f07cb (MD5) Previous issue date: 1996 / Doutorado

Orientadores: Anita Jocelyne Marsaioli / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Quimica / Made available in DSpace on 2018-07-22T18:41:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Alves_PericlesBarreto_D.pdf: 8158372 bytes, checksum: 402660b32655d5b44d4e2146d3d78d07 (MD5) Previous issue date: 1997 / Doutorado

Orientador : Marcos Nogueira Eberlin / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Quimica / Made available in DSpace on 2018-07-28T17:32:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Moraes_LuizAlbertoBeraldode_D.pdf: 6211691 bytes, checksum: 5e9788b7a69105913278bfdf2322919f (MD5) Previous issue date: 1999 / Doutorado

Orientador : Jose Camillo Novello / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-02T23:24:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Smolka_MarcusBustamante_D.pdf: 13169476 bytes, checksum: 534084d55f017b34ca272ac8bba62a9e (MD5) Previous issue date: 2002 / Resumo: A bactéria Xy/ella fastidiosa é responsável por várias doenças de plantas economicamente importantes, incluindo a clorose variegada do citros (CVC). Apesar de seu genoma já estar completamente sequenciado, os estudos das proteínas expressas pela bactéria são quase inexistentes. Na presente tese, foi utilizada a eletroforese de duas dimensões em combinação com a espectrometria de massas para identificar os produtos de 142 diferentes genes da X. fastidiosa, incluindo proteínas secretadas e as relacionadas com adesão, que apresentam particular interesse para o estudo da patogenicidade. Análise comparativa do perfil protéico da bactéria crescida como colônias isoladas em meio sólido de cultura com o da bactéria formando biofilme em meio líquido de cultura indicou a expressão específica de uma cisteíno protease, uma lipase e uma isoforma da subunidade da fímbria do tipo IV na condição de formação de biofilme. Análise do índice de uso de códons específicos ("codon bias") das proteínas mais expressas no extrato celular total revelou uma distribuição de valores inesperadamente baixa, o que é proposto como sendo possível causa da natureza fastidiosa da X. fastidiosa. Um banco de dados disponibilizando as informações geradas foi construído e pode ser acessado pela intemet: URL: www.proteome.ibLunicamp.br. Os resultados representam um esforço inicial para a caracterização da expressão de proteínas na X. fastidiosa e devem ajudar a promover um maior entendimento dos mecanismos de sobrevivência, adesão e secreção, bem como viabilizar subsequentes estudos de análise diferencial do proteoma da X. fastidiosa em diversos modelos experimentais. Na segunda parte da tese é mostrado um novo método para análise quantitativa de proteomas por espectrometria de massas. A estratégia proposta se baseia em marcar duas amostras a serem comparadas com diferentes formas isotópicas do reagente ICA T ("Isotope Coded Afinity Tags"), comigrá-Ias num único gel 2DE e identificar e quantificar as proteínas por espectrometria de massas. Os resultados mostram que proteínas rotuladas com as formas isotopicamente pesada e normal do reagente ICA T comigram na mesma posição em géis 2DE. Quando as proteínas são subsequentemente digeridas e analisadas por espectrometria de massas, a razão da abundância relativa das proteínas em cada amostra pode ser determinada precisamente, baseando-se nas intensidades relativas do sinal espectro métrico dos peptídios contendo as diferenças isotópicas. Utilizando esta estratégia, foi possível realizar quantificações com precisão melhor que 20 % / Abstract: The bacteria Xy/ella fastidiosa is the causative agent of a number of economically important crop diseases, including citrus variegated chlorosis (CVC). Although its complete genome is already sequenced, X. fastidiosa is poorly characterized by biochemical approaches at the protein level. In the present work it was used two dimensional electrophoresis in combination with mass spectrometry to identify the products of 142 different X. fastidiosa genes, including secreted and adhesion related proteins that show particular interest for the study of pathogenesis. Comparative proteome analysis of the bacteria grown as isolated colonies on a solid culture medium and the bacteria forming biofilm on a liquid culture medium indicated the specific expression of a cysteine protease, a lipase and an isoform of the type IV fimbriae subunit in the biofilm forming condition. A codon usage analysis of the most expressed proteins from the whole cell extract revealed a low biased distribution, which we propose to be related with the slow growing nature of X. fastidiosa. A database of the X. fastidiosa proteome was developed and can be accessed via the intemet (URL: www.proteome.ibLunicamp.br). The results represent an initial effort to characterize protein expression in X. fastidiosa and should contribute for a better understanding of the survival, adhesion and secretion mechanisms. It also provides the basis for subsequent differential proteome analysis on various experimental models. The second part of the thesis presents a new method for quantitative proteome analysis using mass spectrometry. The proposed strategy is based on labelling two different samples to be compared with the different istopic forms of the ICA T (Isotope Coded Afinity Tags) reagent, combine and comigrate them in a single 2DE gel and identify and quantify the proteins by mass spectrometry. It is shown that proteins labeled with the isotopically heavy and normal forms of the reagent co-migrate in 2DE gels and that the ratio of protein abundance can be accurately determined from the rein active mass spectrometric signal intensities of the heavy and normal forms of labeled, cysteine containing peptides. 80th identification and accurate quantification (better than 20 %) are therefore achieved in a simple single-step analysis / Doutorado / Bioquimica / Doutor em Biologia Funcional e Molecular

Orientadores: Nelci Fenalti Hoehr, Marcos Nogueira Eberlin / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-07-31T20:26:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Haddad_Renato_M.pdf: 2878928 bytes, checksum: 3c7927df5757d0ad9406fa7ab2d70cfa (MD5) Previous issue date: 2001 / Resumo: Neste projeto de pesquisa foi desenvolvido um novo método para determinação e quantificação da homocisteína em plasma, intermediária da síntese de cisteína, que é produzida no organismo a partir da metionina. Este novo método emprega a Espectrometria de Massa por Introdução via Membrana (MIMS). Utilizou-se uma sonda de membrana DIMP (Sonda de membrana com inserção direta) operando no método T&R¿MIMS (aprisionamento e liberação - Espectrometria de Massa por Introdução via Membrana) que amostra os compostos por um determinado período de tempo por adsorção em uma membrana de silicone, seguida de rápida dessorção através do aquecimento da membrana. A análise de homocisteína foi realizada com derivatização por esterificação, adicionando-se cloroformiato de etila, em solvente contendo piridina, etanol e água. Os experimentos foram realizados em um espectrometro de massas monoquadrupolar, operando em modo SIM (monitoramento de íons selecionados). Foi monitorado o íon de m/z 234 que corresponde ao fragmento [M-H]+ da homocisteína. Testes de linearidade mostraram um coeficiente de correlação de 0,998. O sistema se mostrou bastante reprodutível e um experimento no qual foram realizadas cinco repetições apresentou desvio de 2,5%. A recuperação foi de 97,4%, e limitre de detecção de 2?M o que demonstra que o método é viável para a análise de homocisteína / Abstract: This research work describes a new method for the identification and quantitative determination of homocysteine in plasm, an intermediate of the cystein synthesis, which is generated from methionine in the organism. This new method uses the Mass Spectrometry by Introduction via Membrane (MIMS). A membrane probe DIMP (Direct Introduction Membrane Probe) and the T&R-MIMS method (Trap and Release-Membrane Introduction Mass Spectrometry) were employed, which operates by sampling the target compounds through a given period of time by adsorption in a silicone membrane, followed by a fast desorption produced on heating the membrane. Homocysteine analysis was performed by its derivatization through an esterification reaction with ethyl chloroformiate in a mixture of pyridine, ethanol and water as the solvent. The experiments were performed in a Monoquadrupolar Mass Spectrometer, under a SIM (Selected Ions Monitoring) mode of operation. The m/z 234 ion, which corresponds to the homocysteine [M-H]+ fragment, was monitored. Linearity tests led to a correlation coefficient of 0.998. Five runs of a single experiment showed a deviation of 2.5%, indicating the employed method leads to very reproducible results. It was observed a 97.4% of recovering for the homocysteine, which demonstrates that the proposed method can be applied for its quantitative analysis / Mestrado / Patologia Clinica / Mestre em Ciências Médicas

Orientador : Ruiess V. F. Bravo / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Quimica / Made available in DSpace on 2018-07-16T22:26:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Kascheres_Concetta_M.pdf: 4124417 bytes, checksum: 391be45264c6a94cbb1caaa6ff2750b4 (MD5) Previous issue date: 1975 / Mestrado

Orientadora : Ruiess Van Fossen Bravo / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Quimica / Made available in DSpace on 2018-07-16T23:18:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Rubega_CristinaCimarelliCaballero_M.pdf: 8043692 bytes, checksum: 70de9ffa931a37123705462978fc959c (MD5) Previous issue date: 1981 / Mestrado

Orientador: Y. E. Nagai / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Fisica Gleb Wataghin / Made available in DSpace on 2018-07-17T00:42:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Haga_MarioSusumo_M.pdf: 1111434 bytes, checksum: 46e00ebbd92bbf6e0f8cd6e30f1b0f64 (MD5) Previous issue date: 1984 / Resumo: Não informado / Abstract: Not informed. / Mestrado / Física / Mestre em Física