Les bactéries du genre Mycobacterium possèdent une enveloppe très caractéristique composée d'une membrane plasmique, une paroi et une capsule. Le compartiment pariétal est le plus remarquable, notamment grâce à la présence de lipides non liés de façon covalente à la structure : les lipides extractibles. Ubiquitaires ou spécifiques à une espèce, ces derniers sont retrouvés en surface, où ils peuvent jouer un rôle clé dans les interactions hôte-pathogène. La synthèse et le transport de ces lipides nécessite l'intervention d'une enzyme modulaire appelée polykétide synthase (Pks), d'une enzyme activant le substrat de la Pks, d'une autre transférant le produit de la Pks sur une molécule acceptrice et enfin d'un transporteur de la famille RND (résistance, nodulation, division cellulaire). Un locus regroupant les gènes codant pour des protéines de biosynthèse et de transport de lipides extractibles a été retrouvé sur le chromosome de M. smegmatis entre les gènes MSMEG_0406 et MSMEG_0413. Nous avons alors entrepris de caractériser le rôle de chacun de ces gènes. Notre stratégie a consisté à inactiver ces gènes par recombinaison homologue puis à étudier la nature et la localisation des dérivés lipidiques de l'enveloppe des mutants. Suite à la caractérisation structurale des dérivés lipidiques affectés par ces mutations, nous avons montré que ce locus est lié aux polyphléates de tréhalose (PPT), auparavant décrits chez M. phlei. Le composé mature consiste en un tréhalose estérifié par sept acides gras polyinsaturés appelés acides phléiques. L'étude des génomes mycobactériens a montré que ces gènes sont conservés par un large panel de mycobactéries non tuberculeuses, en particulier M. avium et M. abscessus, deux pathogènes opportunistes. L'analyse du contenu lipidique de ces deux espèces a mis en évidence un composé possédant des propriétés similaires aux PPT. Par ailleurs, l'inactivation chez M. abscessus de l'orthologue du gène codant la Pks abolit la production de ces composés, confirmant ainsi le rôle de la Pks. Par analogie avec les voies de biosynthèse des glycolipides produits par M. tuberculosis, agent de la tuberculose, nous avons pu établir un modèle de la voie de biosynthèse des PPT chez les mycobactéries. / The unique mycobacterial envelope can be divided into three entities: a plasma membrane, a cell wall and a capsule. The parietal compartment is remarkable for its lipid content notably the extractible lipids, not covalently bound to the structure. Either ubiquitous or species-specific, these surface lipids can play key roles in host-pathogen interactions. The synthesis and transport of many extractible lipids require at least a modular enzyme called polyketide synthase (Pks), a protein allowing the activation of the Pks substrate, another transferring the Pks product onto an acceptor molecule and a RND transporter (resistance-nodulation-division). A locus containing synthesis and transport coding genes was found on the M. smegmatis chromosome between MSMEG_0406 and MSMEG_0413. We then undertook to characterize the role of each gene composing this locus. Our strategy was to disrupt these genes by homologous recombination and then to analyze the lipid content and localization of the mutant strain envelope. Structural characterization of the impacted lipids showed a link between this locus and trehalose polyphleates (PPT) synthesis. The mature compound is a trehalose acylated by seven polyunsaturated fatty acids called phleic acid and previously described in M. phlei. Analysis of mycobacterial genomes showed that these genes are conserved in several non tuberculous mycobacteria, including the opportunistic pathogens M. avium and M. abscessus. Analysis of the lipid content of both species showed a compound with the same properties than PPT. Moreover, inactivation of the M. abscessus pks orthologue abolished its production, thus confirming the Pks implication in the PPT synthesis. By analogy with M. tuberculosis glycolipid biosynthesis, we could propose a model of the PPT biosynthetic pathway in mycobacteria.

Le bois est un matériau renouvelable utilisé par l’Homme pour la construction, l’ameublement, la fabrication du papier, l’énergie, etc. Le bois contient des extractibles d’un grand intérêt économique appartenant à diverses familles chimiques telles que les terpènes, les flavonoïdes, les tanins, etc. Les nœuds (base de la branche englobée dans le tronc) de certaines essences sont extrêmement riches en extractibles.Ce travail a pour objectif l’analyse des variabilités interspécifiques, intraspécifiques et intra-arbre des extractibles nodaux, afin de cibler les essences, les stations et les parties de l’arbre les plus riches. Pour cela, les nœuds de vingt-trois essences, puis ceux de quinze sapins ayant poussé dans des conditions différentes ont été extraits par différents solvants et analysés. Les résultats confirment la richesse des nœuds par rapport au duramen et à l’aubier pour toutes les essences. Globalement, les nœuds des résineux contiennent plus d’extractibles que les feuillus. Les principaux composés identifiés chez les résineux sont des lignanes, des stilbènes, des flavonoïdes et des terpènes. L’acide gallique et des flavonoïdes sont présents chez les feuillus. L’étude du profil vertical montre que les concentrations diminuent de la base du houppier vers la cime de l’arbre. De plus, les résultats mettent en évidence l’influence des conditions de croissance puisque les arbres dominants, et/ou ayant poussé selon des sylvicultures dynamiques sont particulièrement riches en extractibles nodaux. Ces résultats permettent d’envisager la valorisation des coproduits des industries du bois en tant que ressource de molécules bioactives pour diverses applications. / Wood is a renewable material used by man for construction, furniture, paper making, energy, etc. Wood contains extractives of great economic value which belong to various chemical families such as terpenes, flavonoids, tannins, etc. The knots (base of the branch embedded in the trunk) of some tree species are extremely rich in extractives.This study aims at analysing the inter-specific, intra-specific and within-tree variabilities of knotwood extractives to target the richest species, stations and tree parts. For that purpose, the knots of twenty-three species and those of fifteen firs grown under different conditions were extracted using several solvents and analysed. The results confirm the richness of knots compared to heartwood and sapwood for all species. Overall softwood knots contain mainly more extractives than hardwoods. The main compounds identified in softwoods are lignans, stilbenes, flavonoids and terpenes Gallic acid and flavonoids are present in hardwoods. The study of the vertical profile shows that concentrations decrease from the base of the crown to the tree tip. In addition, the results highlight the influence of growth conditions since dominant trees and/or those grown according to dynamic silvicultures are particularly rich in knot extractives. These results allow considering the valorization of wood industries by-products as bioactive molecules resource for various applications.

Les matières organiques dissoutes (MOD) constituent un paramètre essentiel de la qualité des milieux aquatiques et du fonctionnement des écosystèmes. La production de MOD dans les sols et leur devenir lors de leur transfert dans les bassins versants ont été étudiés au cours d'expérimentation réalisées à différentes échelles, du microcosme de sol au bassin versant, à l'aide du traçage isotopique des formes stables du carbone (13C). À l'échelle du bassin versant, nous avons mis en évidence le rôle des zones humides dans la formation du carbone organique dissous (COD). Lors d'évènement de crues nous avons néanmoins observé la mobilisation de plusieurs sources de COD pour alimenter les rivières. Au cours d'expérimentations de laboratoire, nous avons démontré que le type d'essence forestière influence le devenir du carbone extractible à l'eau contenu dans les sols. La substitution de forêts natives par des plantations de Douglas diminue les apports de carbone dans le sol et les vitesses de minéralisation du carbone organique du sol lesquelles dépendent aussi de la température. Pourtant, l'évolution du carbone extractible à l'eau des sols de forêt, conditionnée par le type d'essences, ne dépend ni des vitesses de minéralisation du carbone ni de la température. Nous avons donc conclu que dans les horizons de surface des sols forestiers, le COD ne provient pas principalement de la décomposition de la matière organique du sol mais de la végétation par l'intermédiaire des lessivats de litière.

Face à la forte croissance démographique et spatiale de la ville d'Abomey-Calavi, l'augmentation qualitative et quantitative des déchets solides ménagers, la pratique de plus en plus généralisée du remblai des bas fonds par les déchets solides ménagers, l'inexistence des décharges intermédiaires et finales autorisées et, la fragilité de la nappe phréatique de par sa faible profondeur, il est impérieux que les actions idoines soient entreprises en vue d'une gestion efficace et pérenne des DSM de cette ville. L'objectif de cette étude a été, donc, de proposer une filière efficace et pérenne de gestion des déchets solides ménagers de la ville d'Abomey-Calavi afin de contribuer à la réduction des flux de ses déchets.La connaissance du gisement des déchets solides ménagers, dans son approche sociologique et qualitative en termes de composition étant la première étape dans la mise en oeuvre efficace d'une filière de gestion des déchets. Une enquête sociologique a été faite auprès de 200 personnes, actrices à différents niveaux de la gestion des DSM de la ville d'Abomey-Calavi. De même, le présent travail a, d'une part procédé à une caractérisation des déchets solides ménagers en fonction du standing et de la saison, d'autre part étudié l'impact des déchets solides ménagers sur les eaux des puits situés sur les bas fonds et, enfin s'en est suivi des essais de fabrication de compost en fonction des différents constituants. Nos résultats ont révélé qu'indépendamment du standing de vie, les quantités de déchets solides ménagers produits sont plus élevées les week-ends et particulièrement, le dimanche où elles sont le double des quantités produites les autres jours de la semaine. / Considering the, (i) high population and spatial growth of the Abomey-Calavi city (Benin), (ii) qualitative and quantitative increase of the household solid waste in the town of Abomey - Calavi, (iii) a more and more generalized practice of embankment of wet zones by household solid waste (HSW), (iv) non-existence of municipal landfills and, (v) fragility of the groundwater due to its weak depth, it's necessary that appropriate actions are achieved with the aim of an effective and long-term management of the household solid waste. The aim of this study was to propose an effective and long-term plan of management of Abomey-Calavi HSW. Knowledge of household-solid-waste quality and sociological point of view are the first step in an effective implementation of waste management spinneret. A sociological investigation was made with 200 persons, dealing on various levels with solid wastes in the Abomey-Calavi city. Also, the present study has, on one hand, characterized HSW according to standing of life and season, on the other hand, has investigated the impact of the HSW on waters of wells located in waste-impacted zones and, finally carried out tests of composting taking in account various compositions. Our results revealed that whatever the standing of life, the production of household solid wastes is more important during weekends and specially, on Sundays: twice more larger than those produced the other days of the week. About 0.89 kg of HSW per capita is produced on average every day. The management of HSW in Abomey - Calavi city, which can be termed pre-collection-based, is felt as bad by 80 % of HSW-careers and 50 % of the town council investigated employees.

Dans la dernière décennie, plusieurs hectares de terre agricole ont été convertis à la culture intensive sur courtes rotations (CICR) de saules dans le sud du Québec (Canada). Peu d’études ont été réalisées afin de déterminer comment se comporte la dynamique du carbone organique (Corg) dans le sol suivant cette conversion. Nous avons donc comparé la quantité du Corg et de deux pools labiles de carbone (carbone extractible à l’eau chaude et les sucres aminés) entre des CICR en phase initiale d’établissement (1-2 ans) et des parcelles appariées représentant le système de culture qui prévalait avant la transformation en culture de saules (culture fourragère) et d’autres cultures d’intérêt. La même chose a été faite pour une CICR en exploitation (depuis 9 ans) à un autre site. La quantité de Corg du sol n’était pas différente entre les CICR et les parcelles sous culture fourragère. Une plus haute concentration de sucres aminés dans le Corg total des CICR en établissement, par rapport aux autres parcelles sur le même site, permet de soupçonner que les perturbations liées à l’établissement ne mènent pas à une minéralisation accrue du Corg à court terme. La proportion de sucres aminés fongiques, qui diminue théoriquement lors de perturbations, était aussi plus élevée sous la plus jeune culture. Sous la CICR de neuf ans, le Corg était redistribué dans le profil vertical et les pools labiles étaient de plus petite taille (à une profondeur de 20-40 cm) comparativement à une parcelle témoin. La conversion d’une culture fourragère en plantation de saules en CICR n’a pas mené à la formation d’un puits de carbone. L’étude laisse entrevoir qu’un tel puits pourrait être créé si la conversion se faisait à partir d’un aménagement impliquant la culture en rotation de plantes annuelles et des labours. / Over the last ten years, many hectares of short-rotation willow coppice (SRWC) have been established on abandoned agricultural lands in southern Quebec (Canada). However, few studies were conducted to determine if these changes from a conventional crop to SRWC of willows would affect the soil carbon dynamic. A preliminary paired-site study was conducted to assess the impact of this land-use conversion on soil carbon stocks and dynamics shortly after they were established (1-year and 2-year) at one site and after multiple rotations (9-year) at another site. Apart from the total soil organic carbon pool, two labile carbon pools were investigated: the hot-water extractable carbon (HWC) pool and the amino sugars (AS) pool. Willow establishment and exploitation for nine years did not bring any changes in total organic carbon compared to an abandoned hay culture. The mature SRWC displayed a redistribution of TSOC in the vertical soil profile. We also measured a higher proportion of AS, compared to other plots on the same site, in total organic carbon under the 1-year-old SRWC; especially the proportion in AS of fungi origin that theorically decrease with perturbation intensity. Proportion of AS was also elevated under 2-year-old SRWC. A possible interpretation is that establishment-linked perturbations did not shift carbon dynamic toward an increased mineralization. The mature willow plantation exhibited depletion of HWC and the more labile amino sugar (muramic acid) in the deeper soil layer (20-40cm). This case study shows that conversion from an abandoned hay culture to a SRWC did not create a carbon sink. It was also found that the 9- year old willow plantation contained higher TSOC and had better soil quality than an adjacent short-term no-till crop rotation culture.

Dans la dernière décennie, plusieurs hectares de terre agricole ont été convertis à la culture intensive sur courtes rotations (CICR) de saules dans le sud du Québec (Canada). Peu d’études ont été réalisées afin de déterminer comment se comporte la dynamique du carbone organique (Corg) dans le sol suivant cette conversion. Nous avons donc comparé la quantité du Corg et de deux pools labiles de carbone (carbone extractible à l’eau chaude et les sucres aminés) entre des CICR en phase initiale d’établissement (1-2 ans) et des parcelles appariées représentant le système de culture qui prévalait avant la transformation en culture de saules (culture fourragère) et d’autres cultures d’intérêt. La même chose a été faite pour une CICR en exploitation (depuis 9 ans) à un autre site. La quantité de Corg du sol n’était pas différente entre les CICR et les parcelles sous culture fourragère. Une plus haute concentration de sucres aminés dans le Corg total des CICR en établissement, par rapport aux autres parcelles sur le même site, permet de soupçonner que les perturbations liées à l’établissement ne mènent pas à une minéralisation accrue du Corg à court terme. La proportion de sucres aminés fongiques, qui diminue théoriquement lors de perturbations, était aussi plus élevée sous la plus jeune culture. Sous la CICR de neuf ans, le Corg était redistribué dans le profil vertical et les pools labiles étaient de plus petite taille (à une profondeur de 20-40 cm) comparativement à une parcelle témoin. La conversion d’une culture fourragère en plantation de saules en CICR n’a pas mené à la formation d’un puits de carbone. L’étude laisse entrevoir qu’un tel puits pourrait être créé si la conversion se faisait à partir d’un aménagement impliquant la culture en rotation de plantes annuelles et des labours. / Over the last ten years, many hectares of short-rotation willow coppice (SRWC) have been established on abandoned agricultural lands in southern Quebec (Canada). However, few studies were conducted to determine if these changes from a conventional crop to SRWC of willows would affect the soil carbon dynamic. A preliminary paired-site study was conducted to assess the impact of this land-use conversion on soil carbon stocks and dynamics shortly after they were established (1-year and 2-year) at one site and after multiple rotations (9-year) at another site. Apart from the total soil organic carbon pool, two labile carbon pools were investigated: the hot-water extractable carbon (HWC) pool and the amino sugars (AS) pool. Willow establishment and exploitation for nine years did not bring any changes in total organic carbon compared to an abandoned hay culture. The mature SRWC displayed a redistribution of TSOC in the vertical soil profile. We also measured a higher proportion of AS, compared to other plots on the same site, in total organic carbon under the 1-year-old SRWC; especially the proportion in AS of fungi origin that theorically decrease with perturbation intensity. Proportion of AS was also elevated under 2-year-old SRWC. A possible interpretation is that establishment-linked perturbations did not shift carbon dynamic toward an increased mineralization. The mature willow plantation exhibited depletion of HWC and the more labile amino sugar (muramic acid) in the deeper soil layer (20-40cm). This case study shows that conversion from an abandoned hay culture to a SRWC did not create a carbon sink. It was also found that the 9- year old willow plantation contained higher TSOC and had better soil quality than an adjacent short-term no-till crop rotation culture.

Made available in DSpace on 2015-04-17T14:49:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 1623130 bytes, checksum: ccf5d30dde8e071e571fd76cece6358d (MD5) Previous issue date: 2009-09-04 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The objective of this study was to evaluate the presence of bioactive compounds and the antioxidant capacity of cut roses, aiming to evaluate the potential for being used as food. For this purpose, it was used thirteen genotypes of fresh roses petals subjected to analysis of coloration, pH, titratable acidity, soluble solids, soluble solids/ titratable acidity, total soluble sugars, reducing sugars, ascorbic acid, total pectin soluble pectin, bioactive compounds (flavonoids yellow, anthocyanins, carotenoids, total extractable polyphenols), total antioxidant activity (ABTS method) , chlorophyll, minerals (phosphorus, potassium, sodium, calcium, magnesium, copper, iron, manganese, zinc and sulfur), chemical composition (lipids, proteins, carbohydrates, fiber, ash, moisture). The results showed that the roses are low-acid vegetables, with a moderate level of soluble sugars (2,89g.100g-1) and reducing sugars (2,75g.100g-1), low levels of total and soluble pectin (0,07mg.100g-1 and 0,04mg.100g-1), good amount of ascorbic acid (70,47mg.100g-1), flavonoids yellow and anthocyanins reached values of 140,60mg.100g-1 and 356,77mg.100g-1, respectively. They have low levels of carotenoids, obtaining average 1.25mg.100g-1, high content of total extractable polyphenols (2550,03mg.100g-1), high antioxidant capacity (222,27μM trolox-1). The evaluation of the mineral contents reported that roses presents low contents of phosphorus (1,31mg.100g-1), potassium (18,77mg.100g-1), sodium (0,29mg.100g-1), calcium (2,07mg.100g-1), magnesium (2,12mg.100g-1) and sulfur (2,67mg.100g-1) and values that have considered copper (9,27mg.100g-1), iron (85,76mg.100g-1), manganese (22,06mg.100g-1) and zinc (35,20mg.100g-1). The descriptive statistics of the results was obtained by the use of software M-statc and Genes. Values quantified in this study were within the variations found in other plant foods commonly consumed. Thus, the roses have potential to be used for human feeding. / O objetivo deste trabalho foi avaliar a presença de compostos bioativos e a capacidade antioxidante de variedades de rosas de corte visando verificar suas potenciais utilizações para fim alimentício. Para tanto, foram estudadas treze genótipos de rosas in natura asnas quis foram realizadas análises de coloração, pH, acidez titulável, sólidos solúveis, relação sólidos solúveis/acidez titulável, açúcares solúveis totais, açúcares redutores, ácido ascórbico, pectina total, pectina solúvel, compostos bioativos (flavonóides amarelos, antocianinas totais, carotenóides totais, polifenóis extraíveis totais, atividade antioxidante total (método ABTS) e clorofila), minerais (fósforo, potássio, sódio, cálcio, magnésio, cobre, ferro, manganês, zinco e enxofre), composição química (lipídeos, proteínas, carboidratos, fibras, cinzas, umidade). Os resultados mostraram que as rosas são vegetais pouco ácidos, com razoável teor de açúcares solúveis totais (2,89g.100g-1) e açúcares redutores (2,75g.100g-1), baixos teores de pectina total e solúvel (0,07mg.100g-1 e 0,04mg.100g-1), boa quantidade de ácido ascórbico (70,47mg.100g-1), os flavonóides amarelos e as antocianinas totais alcançaram valores de 140,60mg.100g-1 e 356,77mg.100g-1, respectivamente. Possuem baixos níveis de carotenóides totais, obtendo valor médio 1,25mg.100g-1, elevado conteúdo de polifenóis extraíveis totais (2550,03mg/100g), alta capacidade antioxidante (222,27μM Trolox.g-1). A avaliação do conteúdo de, minerais reportou que as rosas apresentam baixos teores de fósforo (1,31mg.100g-1), potássio (18,77mg.100g-1), sódio (0,29mg.100g-1), cálcio (2,07mg.100g-1), magnésio (2,12mg.100g-1) e enxofre (2,67mg.100g-1) e, que possuem valores consideráveis de cobre (9,27mg.100g-1), ferro (85,76mg.100g-1), manganês (22,06mg.100g-1) e zinco (35,20mg.100g-1). A estatística descritiva dos resultados foi obtida pela utilização dos softwares M-Statc e Genes. Os valores quantificados no presente estudo mostraram-se dentro das variações encontradas em outros alimentos de origem vegetal consumidos comumente. Desta forma, as rosas apresentam potencial para ser inseridas na alimentação humana.

Les sols sont le plus grand réservoir de carbone des écosystèmes terrestres, et la minéralisation des matières organiques par l’activité microbienne représente la majeure partie des flux de CO2 émis à la surface des continents.Dans ce travail, nous avons étudié les matières organiques extraites à l’eau (WEOM), qui correspondent à la fraction la plus réactive des matières organiques du sol (MOS). Nos objectifs étaient (i) d’identifier les liens de la dynamique du WEOM avec les communautés bactériennes, et avec les paramètres physico-chimiques du sol ; (ii) de réaliser une caractérisation chimique précise du WEOM.Il existe un lien fort entre la solubilité des MOS et les structures des communautés bactériennes, et une baisse de leur diversité impacte la dynamique des MOS et du WEOM, et provoque une baisse de la minéralisation des matières organiques. Une étude à l’échelle régionale a également permis d’identifier que les taux de MOS et d’argile contrôlent les quantités de WEOM et leur aromaticité. La caractérisation au niveau moléculaire a montré la présence d’un grand nombre de molécules ubiquistes dans le WEOM. À partir de ces analyses, nous avons également pu décrire les effets du couvert végétal et des propriétés physico-chimiques des sols sur la composition chimique du WEOM. / Soils are the greatest reservoir of C on the continents, and organic matter mineralisation bymicrobial activity represents the major part of the CO2 emitted by terrestrial ecosystems.In this work, we studied water-extractable organic matter (WEOM), which corresponds to themore reactive fraction of soil organic matter (SOM). Our objectives were (i) to identify therelationships of WEOM dynamics with bacterial communities, and with soil physico-chemicalparameters; (ii) to provide a precise chemical characterisation of WEOM.There is a strong link between SOM solubility and the structure of bacterial communities, andan erosion of their diversity has an impact on SOM and WEOM dynamics, and leads to adecrease in organic matter mineralisation. A study at the regional scale then allowed us to identifythat the SOM and clay contents control the quantities of WEOM and its aromaticity. TheWEOM characterisation at the molecular level revealed the presence of a large number ofubiquitous molecules in the WEOM. Based on these analyses, we were also able to describe theeffects of vegetation and soil physico-chemical properties on the chemical composition ofWEOM.