Korean calligraphy went through tremendous changes during the twentieth century, and Jung Hyun-bok (1909-1973), a gifted calligrapher, played an important role in bringing about these changes. This thesis focuses on one of Jung's most mature and refined works, "Using the Peak of the Five Elders as a Brush," owned by the Jordan Schnitzer Museum of Art. In addition to translating and explicating the poems on the screen, through a close examination of both the form and content of the work I explore how it reflects Jung's values, intentions, and background. This thesis also addresses the question of why some critics have classified Jung as a professional artist and considers some of the ways in which he actually cultivated and projected an image of himself as a traditional literatus.

Este trabalho visa explorar técnicas de projeto de células que possibilitem a minimização dos efeitos da variabilidade de processo sobre o comportamento elétrico dos circuitos integrados. Para este trabalho foram abordados aspectos de regularidade, principalmente na camada de polisilício. A técnica de folding foi explorada em conjunto com a regularidade como possível metodologia de projeto voltada para a minimização dos efeitos da variabilidade de processo. Leiautes de portas lógicas complexas e básicas foram criadas utilizando tecnologia em 65nm. Os netlists dos leiautes extraídos foram simulados utilizando modelos que refletiam os efeitos da variabilidade sobre os parâmetros tecnológicos mais afetados pela variabilidade de processo. Os parâmetros selecionados para este experimento foram a largura (W) e comprimento (L) do canal do transistor, espessura do óxido de porta (Tox) e a mobilidade (μ0) das cargas. Os dados referentes ao pior caso envolvendo atraso e potência consumida de cada porta foram utilizados como métricas de comparação. Os resultados encontrados demonstram que a utilização da técnica de folding juntamente com aspectos de regularidade tornaram os experimentos menos sensíveis às variações do processos de manufatura de circuitos integrados. Essas reduções de sensibilidade chegaram em algumas situações à 33.22% para as portas básicas e de 28.96% para as portas complexas. A adição de folding e regularidade da camada de polisilício, trazem desvantagens significativas em área e potência consumida de cada porta. Pelos experimentos realizados é possível verificar aumento superior a 100% em área de algumas portas e de até 20.54% de aumento em potência. A união destas duas técnicas pode ser utilizada para tornar, por exemplo, o caminho crítico de um circuito integrado mais robusto quanto as variações de temporização e de potência. / This paper aims to explore for design techniques that allow the minimization of the effects of process variability on the electrical behavior of integrated circuits. To this work were discussed aspects of regularity, especially in poly-silicon layer. The technique of it folding was explored in conjunction with the regularity as possible design methodology aimed to minimizing the effects of process variability. Complex and basic layouts logic gates were built using 65nm technology. The it netlists extracted from layouts of the gates were simulated using models that reflected the effects of variability on the main technological parameters such as W, L, Tx, mu0 of the charges. The worst delay of each port and power consumption parameters were used for comparison in this work. The results show that using the it folding with regularity aspects of the experiments turns the layout gates less sensitive to process variations. These sensitivity reductions reached in some situations to 33.22 % for the basic gates and 28.96 % for the complex gates created. This techniques brings significant disadvantages in size and power consumption. For the experiments you can check increase of over 100% in area and up than 20,54% increase in power. These techniques should be used with discretion, especially on projects where there are area or consumption restrictions.

Made available in DSpace on 2014-08-27T14:36:47Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-07-25Bitstream added on 2014-08-27T15:57:14Z : No. of bitstreams: 1 000723022.pdf: 4573012 bytes, checksum: 3b0b87ba2cdde44c7203a2dc8e7fb5db (MD5) / O enovelamento de proteínas é um problema fundamental em Biofísica Molecular. A teoria aceita, conhecida como “energy landscape”, utiliza o funil de energia potencial como conceito fundamental para o entendimento do enovelamento de proteínas. Este funil ocorre em uma superfície multidimensional de difícil visualização. A investigação de métodos para analisar quantitativamente a estrutura desse funil é importante para o completo entendimento do problema. Neste trabalho são apresentados meios de fazer a visualização desses funis de enovelamento de proteínas para o modelo de rede cúbica 3×3×3. A partir de simulaões do enovelamento de proteínas são calculados as distâncias entre mínimos locais por meio de uma métrica efetiva, onde considera-se os contatos não covalentes feitos em cada conformação. Esta análise é restrita para conformações próximas ao estado nativo. Técnicas de visualização e minimização são usadas para mapear o processo do enovelamento em um espaço de fase de menor dimensionalidade. Por meio desta visualização é possível analisar o enovelamento com detalhes, como a conectividade entre conformações, os diferentes caminhos para se atingir o estado nativo e regiões onde a proteína pode ?car armadilhada. Para este trabalho, utilizou-se cinco proteínas distintas, sendo duas altamente estáveis, duas que possuem baixa estabilidade e uma quinta que tem o estado nativo degenerado. A visualização dos funis se mostraram bastantes distintas, sendo possível notar um padrão para cada proteí?na mesmo quando variado alguns parâmetros. Tais resultados são consistentes com as ideias associadas à teoria do funil de enovelamento de proteínas / The protein folding is a fundamental problem in molecular biophysics. The accepted theory, known as energy landscape, uses the funnel potential energy as a fundamental concept to understand the protein folding problem. The energy funnel occurs in a multidimensional surface, which is difficult to be visualized. The investigation of methods for a quantitative analysis of the funnel structure is important for complete understanding of the problem. In this work, ways for visualize the protein folding funnels in a 3×3×3 lattice models are presented. Protein folding simulations are carried out. Distances between conformations are determined by the non-covalent contact sand de?ned by effective metric of the structural con?guration. The analysis is restricted to conformations close to the native state, i.e., beyond the transition state. Computer minimization and visualization techniques were used to map the dynamics of the folding process into a lower dimensionality phase space, and then represent the folding funnel in two and three-dimensional surface. These techniques are applied to ?ve distinct sequences, which two are highly stable, two marginally stable and the last has a native degenerated state. Their folding funnels are very distinct, where each sequence has a signature even when some parameters varied. These results are consistent with the ideas of the theory of protein folding funnel

This research presents various intelligent optimisation methods which are: genetic algorithm (GA), particle swarm optimisation (PSO), artificial bee colony algorithm (ABCA), firefly algorithm (FA) and bacterial foraging optimisation (BFO). It attempts to minimise analogue electronic filter and amplifier circuits, taking a cascode amplifier design as a case study, and utilising the above-mentioned intelligent optimisation algorithms with the aim of determining the best among them to be used. Small signal analysis (SSA) conversion of the cascode circuit is performed while mesh analysis is applied to transform the circuit to matrices form. Computer programmes are developed in Matlab using the above mentioned intelligent optimisation algorithms to minimise the cascode amplifier circuit. The objective function is based on input resistance, output resistance, power consumption, gain, upperfrequency band and lower frequency band. The cascode circuit result presented, applied the above-mentioned existing intelligent optimisation algorithms to optimise the same circuit and compared the techniques with the one using Nelder-Mead and the original circuit simulated in PSpice. Four circuit element types (resistors, capacitors, transistors and operational amplifier (op-amp)) are targeted using the optimisation techniques and subsequently compared to the initial circuit. The PSO based optimised result has proven to be best followed by that of GA optimised technique regarding power consumption reduction and frequency response. This work modifies symbolic circuit analysis in Matlab (MSCAM) tool which utilises Netlist from PSpice or from simulation to generate matrices. These matrices are used for optimisation or to compute circuit parameters. The tool is modified to handle both active and passive elements such as inductors, resistors, capacitors, transistors and op-amps. The transistors are transformed into SSA and op-amp use the SSA that is easy to implement in programming. Results are presented to illustrate the potential of the algorithm. Results are compared to PSpice simulation and the approach handled larger matrices dimensions compared to that of existing symbolic circuit analysis in Matlab tool (SCAM). The SCAM formed matrices by adding additional rows and columns due to how the algorithm was developed which takes more computer resources and limit its performance. Next to this, this work attempts to reduce component count in high-pass, low-pass, and all- pass active filters. Also, it uses a lower order filter to realise same results as higher order filter regarding frequency response curve. The optimisers applied are GA, PSO (the best two methods among them) and Nelder-Mead (the worst method) are used subsequently for the filters optimisation. The filters are converted into their SSA while nodal analysis is applied to transform the circuit to matrices form. High-pass, low-pass, and all- pass active filters results are presented to demonstrate the effectiveness of the technique. Results presented have shown that with a computer code, a lower order op-amp filter can be applied to realise the same results as that of a higher order one. Furthermore, PSO can realise the best results regarding frequency response for the three results, followed by GA whereas Nelder- Mead has the worst results. Furthermore, this research introduced genetic folding (GF), MSCAM, and automatically simulated Netlist into existing genetic programming (GP), which is a new contribution in this work, which enhances the development of independent Matlab toolbox for the evolution of passive and active filter circuits. The active filter circuit evolution especially when operational amplifier is involved as a component is of it first kind in circuit evolution. In the work, only one software package is used instead of combining PSpice and Matlab in electronic circuit simulation. This saves the elapsed time for moving the simulation between the two platforms and reduces the cost of subscription. The evolving circuit from GP using Matlab simulation is automatically transformed into a symbolic Netlist also by Matlab simulation. The Netlist is fed into MSCAM; where MSCAM uses it to generate matrices for the simulation. The matrices enhance frequency response analysis of low-pass, high-pass, band-pass, band-stop of active and passive filter circuits. After the circuit evolution using the developed GP, PSO is then applied to optimise some of the circuits. The algorithm is tested with twelve different circuits (five examples of the active filter, four examples of passive filter circuits and three examples of transistor amplifier circuits) and the results presented have shown that the algorithm is efficient regarding design.

A contribuição deste trabalho foi orientada principalmente ao desenvolvimento de alternativas de hardware para a execução nativa de bytecodes Java em sistemas embarcados que naturalmente possuem restrições quanto à potência consumida, ao desempenho e à área ocupada. Primeiramente, o desenvolvimento do Femtojava Low- Power demonstra que a utilização de um pipeline e de um banco de registradores interno em arquiteturas de pilha resultam em uma redução significativa no consumo de potência. Após, a técnica de folding, que basicamente transforma várias operações de pilha em uma operação tipo RISC, é avaliada. A análise de uma segunda solução arquitetural, baseada em VLIW (Very Long Instruction Word), também traz resultados satisfatórios na redução do consumo de potência, sendo que a paralelização do código, feita por um analisador desenvolvido, é facilitada devido à utilização de uma arquitetura de pilha. O desempenho e a potência consumida de todas as arquiteturas propostas neste trabalho foram validadas utilizando-se o simulador CACO-PS, também desenvolvido no contexto desta dissertação. Os estudos de caso adotados para a validação das alternativas arquiteturais compreenderam algoritmos matemáticos, de ordenação, busca e processamento de sinais, bastante utilizados no domínio de sistemas embarcados. Resultados promissores principalmente em termos de energia consumida são alcançados, assim como na disponibilização de diferentes arquiteturas para a execução nativa de Java, principal proposta deste trabalho. / The main contribution of this work was the development of hardware alternatives for native execution of Java bytecodes for embedded systems that have power, performance and area constraints. Firstly, the development of the Femtojava Low- Power shows that the use of a pipeline and an internal register bank in stack architectures brings a significant reduction in the power consumption. After that, the folding technique, that basically changes a set of stack operations into a simple RISC one, is evaluated. Then, the analysis of a second architectural solution, based on VLIW (Very Long Instruction Word), demonstrates also good results concerning power consumption. Moreover, it is shown that the parallelization of the code is facilitated due to the specific stack architecture. The power consumption and performance of all architectures here proposed were evaluated using the CACO-PS simulator, which was also developed in this work. The case studies adopted for the validation of the architectures were mathematic, sort, search and DSP algorithms, widely used in the embedded system domain. Promising results mainly in energy consumption were achieved, as well as the disponibilization of different architectures for native execution of Java, the main objective of this work.

Orientador: Vitor B. Pereira Leite / Banca: Laurent Emmanuel Dardenne / Banca: Sidney Jurado de Carvalho / Resumo: O enovelamento de proteínas é um problema fundamental em Biofísica Molecular. A teoria aceita, conhecida como "energy landscape", utiliza o funil de energia potencial como conceito fundamental para o entendimento do enovelamento de proteínas. Este funil ocorre em uma superfície multidimensional de difícil visualização. A investigação de métodos para analisar quantitativamente a estrutura desse funil é importante para o completo entendimento do problema. Neste trabalho são apresentados meios de fazer a visualização desses funis de enovelamento de proteínas para o modelo de rede cúbica 3×3×3. A partir de simulaões do enovelamento de proteínas são calculados as distâncias entre mínimos locais por meio de uma métrica efetiva, onde considera-se os contatos não covalentes feitos em cada conformação. Esta análise é restrita para conformações próximas ao estado nativo. Técnicas de visualização e minimização são usadas para mapear o processo do enovelamento em um espaço de fase de menor dimensionalidade. Por meio desta visualização é possível analisar o enovelamento com detalhes, como a conectividade entre conformações, os diferentes caminhos para se atingir o estado nativo e regiões onde a proteína pode ficar armadilhada. Para este trabalho, utilizou-se cinco proteínas distintas, sendo duas altamente estáveis, duas que possuem baixa estabilidade e uma quinta que tem o estado nativo degenerado. A visualização dos funis se mostraram bastantes distintas, sendo possível notar um padrão para cada proteíına mesmo quando variado alguns parâmetros. Tais resultados são consistentes com as ideias associadas à teoria do funil de enovelamento de proteínas / Abstract: The protein folding is a fundamental problem in molecular biophysics. The accepted theory, known as energy landscape, uses the funnel potential energy as a fundamental concept to understand the protein folding problem. The energy funnel occurs in a multidimensional surface, which is difficult to be visualized. The investigation of methods for a quantitative analysis of the funnel structure is important for complete understanding of the problem. In this work, ways for visualize the protein folding funnels in a 3×3×3 lattice models are presented. Protein folding simulations are carried out. Distances between conformations are determined by the non-covalent contact sand defined by effective metric of the structural configuration. The analysis is restricted to conformations close to the native state, i.e., beyond the transition state. Computer minimization and visualization techniques were used to map the dynamics of the folding process into a lower dimensionality phase space, and then represent the folding funnel in two and three-dimensional surface. These techniques are applied to five distinct sequences, which two are highly stable, two marginally stable and the last has a native degenerated state. Their folding funnels are very distinct, where each sequence has a signature even when some parameters varied. These results are consistent with the ideas of the theory of protein folding funnel / Mestre

Orientador: Aguinaldo Robinson de Souza / Banca: Julio Ricardo Sambrano / Banca: Antonio Caliri / O Programa de Pós-Graduação em Ciência e Tecnologia de Materiais, PosMat, tem caráter institucional e integra as atividades de pesquisa em materiais de diversos campi da Unesp / Resumo: Compreender como a sequencia de aminoácidos de uma proteína determina a sua funcionalidade biológica é de grande importância conceitual e prática como, por exemplo, no projeto de novas drogas. As proteínas consistem em polipeptídios composta por 20 L- aminoácidos diferentes, (formados pelos átomos de hidrogênio, carbono, nitrogênio e oxigênio) ligados por ligações peptídicas. O que torna as proteínas diferentes não é o número de aminoácidos, mas a sequencia deles na cadeia polipeptídica. No presente trabalho, apresentamos uma simulação computacional, com modelo simples, para a enumeração exata de todas as conformações possíveis em uma rede de todas as conformações possíveis em uma rede quadrada para n = 1 a 17 monômeros. Resultados mostram que 2.155.667 conformações diferentes são possíveis. Neste trabalho, confirmamos estes resultados e atribuímos aos sítios da rede quadrada os monômetros no modelo que foram usados para computar o número de contatos entre os monômeros, distribuição da energia configuracional, distância em relação a frequencia relativa de todas as conformações, contato topológico de longo alcance, aplicamos e comparamos os resultados das simulações do modelo com sequencia de Epitopos. / Abstract: The understanding of how the amino acids sequence determine the protein biological funtionality is one of the most practical and conceptual challenge as, for example, in the development of new drugs. The protein molecule consist of a long chain of polupeptides composed of 20 different amino acids (essentially formed by carbon, oxygen, nitrogen, and hydrogen atoms) linked together by peptide chemical bonds. What makes proteins different is not the number of amino acids in the chain but the amino acid sequence along the chain. In the present a computer simulation of a simple protein model, using the techinique of exact enumeration over all the possible conformations in the square lallice to a sequence of n = 1 to 17 monomers. The results indicate that we can found 2.155.1667 different possible conformations. We present the results for the Cartesian coordinates of all the monomers along the chain and computed the monomer-monomer contacts, the configurational energy, the long-range topological contact and a possible application of the HP model for a variety of epitopes sequences. / Mestre

Orientador: Vitor Barbanti Pereira Leite / Banca: Leandro Cristante de Oliveira / Banca: Sidney Jurado de Carvalho / Resumo: No processo de enovelamento as proteínas seguem o principio de "mínima frustração", garantindo ao estado nativo o seu mínimo global de energia e a sua estabilidade termodinâmica. Apesar de, a proteína estar no seu estado nativo, esta condição não impede o surgimento de algumas interações energeticamente desfavoráveis, caracterizando a frustração no estado nativo. Há evidências indicando que um pequeno grau de frustração pode favorecer o processo de enovelamento. Neste estudo são investigadas as condições em que a presença de frustração, é ou não, favorável ao processo de enovelamento. São realizadas simulações computacionais de dinâmica molecular utilizando o modelo Cα (um modelo baseado em estrutura e sem frustração). É adicionado um termo ao potencial do modelo associado à presença de frustração. As simulações do modelo Cα são realizadas para um grupo de proteína com características distintas. É introduzido um critério determinando os casos em que a frustração auxilia o processo de enovelamento. São observados os efeitos da presença de frustração ao longo do processo de enovelamento e sua influência na alteração da temperatura e do tempo de enovelamento. De acordo com o critério introduzido é possível separar as proteínas estudadas em dois grupos distintos, um grupo em que a adição de frustração auxilia o processo de enovelamento e outro grupo em que a presença de frustração não é favorável. A separação das proteínas em dois grupos distintos está relacionada com a ordem de contato absoluta e com a barreira de energia livre de cada proteína / Abstract: In the folding process the proteins follow the "minimal frustration" principle, which guarantees to the native state the minimum global energy and the thermodynamic stability. However, not even the native state can prevent the occurrence of some unfavorable interactions, characterizing the frustration in the native state. There are evidences that a low degree of frustration can favorable to the folding process. In this work it was investigated the conditions under which some frustration helps the protein folding process. Through computer simulations of molecular dynamics, using a structure-based model (non-frustrated model) and adding a parameterized nonspecific energetic frustration to the potential, were studied the kinetics and the thermodynamics properties of a large group of proteins. It is introduced a criterion to determine when the presence of frustration assists the folding process. The effects of the frustration addition are observed and its influence produces changes in the folding temperature and in the folding time. In agree with the adopted criterion, it was observed two well separated groups: one in which some frustration helps the folding process, and another in which frustration hinders it, determining when the presence of frustration is favorable. These results are correlated with the proteins absolute contact order parameter and free energy barrier / Mestre

Orientador: Vitor Barbanti Pereira Leite / Banca: Elso Drigo Filho / Banca: Leandro Cristante de Oliveira / Resumo: Por meio de simulações computacionais, acompanhamos o processo de enovelamento de um conjunto de proteínas. Neste estudo utilizamos a abordagem conhecida como teoria de Superfície de Energia (Energy Landscape), que trata o enovelamento por uma descrição estatística. O modelo utilizado foi um modelo baseado em estrutura. Para investigarmos os efeitos das interações não nativas no enovelamento de um grupo de proteínas, acrescentamos um termo de frustração ao potencial de energia. Os resultados obtidos a partir dos estudos das propriedades termodinâmicas e cinéticas das proteínas, mostraram que para um grupo de proteínas a frustração ajudou o enovelamento e para outro grupo a frustração atrapalhou. Analizando propriedades como ordem de contato absoluta, tamanho da proteína e barreira de energia livre, foi possível obter um limiar em que a frustração auxilia no enovelamento. Para encontrarmos um limiar, foi necessário uma quantidade grande de proteínas de diferentes tamanhos e diferentes motifs / Abstract: Through computational simulations, the folding process of a set of proteins was monitored. The framework used to describe protein folding was the energy landscape theory, which is a statistical description of folding. The model used was the structural based model. A frustration term was added to the potential to investigate the non-native interactions effect. The results obtained from studies of thermodynamics and kinetics properties, showed for a one group of proteins the frustration helps the folding and for another group the frustrations hinders the folding. The properties as absolute contact order, size of protein and free energy barrier was analyzed and it was possible to obtain a threshold that the frustration helps the folding. It was necessary a large set of proteins of different sizes and motifs to find a threshold / Mestre

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:19Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-08-03Bitstream added on 2014-06-13T18:40:21Z : No. of bitstreams: 1 silva_pm_me_bauru.pdf: 730929 bytes, checksum: 5e701d75d10b9d8e43b1b946295d7e3f (MD5) / Compreender como a sequencia de aminoácidos de uma proteína determina a sua funcionalidade biológica é de grande importância conceitual e prática como, por exemplo, no projeto de novas drogas. As proteínas consistem em polipeptídios composta por 20 L- aminoácidos diferentes, (formados pelos átomos de hidrogênio, carbono, nitrogênio e oxigênio) ligados por ligações peptídicas. O que torna as proteínas diferentes não é o número de aminoácidos, mas a sequencia deles na cadeia polipeptídica. No presente trabalho, apresentamos uma simulação computacional, com modelo simples, para a enumeração exata de todas as conformações possíveis em uma rede de todas as conformações possíveis em uma rede quadrada para n = 1 a 17 monômeros. Resultados mostram que 2.155.667 conformações diferentes são possíveis. Neste trabalho, confirmamos estes resultados e atribuímos aos sítios da rede quadrada os monômetros no modelo que foram usados para computar o número de contatos entre os monômeros, distribuição da energia configuracional, distância em relação a frequencia relativa de todas as conformações, contato topológico de longo alcance, aplicamos e comparamos os resultados das simulações do modelo com sequencia de Epitopos. / The understanding of how the amino acids sequence determine the protein biological funtionality is one of the most practical and conceptual challenge as, for example, in the development of new drugs. The protein molecule consist of a long chain of polupeptides composed of 20 different amino acids (essentially formed by carbon, oxygen, nitrogen, and hydrogen atoms) linked together by peptide chemical bonds. What makes proteins different is not the number of amino acids in the chain but the amino acid sequence along the chain. In the present a computer simulation of a simple protein model, using the techinique of exact enumeration over all the possible conformations in the square lallice to a sequence of n = 1 to 17 monomers. The results indicate that we can found 2.155.1667 different possible conformations. We present the results for the Cartesian coordinates of all the monomers along the chain and computed the monomer-monomer contacts, the configurational energy, the long-range topological contact and a possible application of the HP model for a variety of epitopes sequences.