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Utilizando folding no projeto de portas lógicas robustas à variabilidade de processo / Using folding to design logic gates robust to process variabilityGuex, Jerson Paulo January 2013 (has links)
Este trabalho visa explorar técnicas de projeto de células que possibilitem a minimização dos efeitos da variabilidade de processo sobre o comportamento elétrico dos circuitos integrados. Para este trabalho foram abordados aspectos de regularidade, principalmente na camada de polisilício. A técnica de folding foi explorada em conjunto com a regularidade como possível metodologia de projeto voltada para a minimização dos efeitos da variabilidade de processo. Leiautes de portas lógicas complexas e básicas foram criadas utilizando tecnologia em 65nm. Os netlists dos leiautes extraídos foram simulados utilizando modelos que refletiam os efeitos da variabilidade sobre os parâmetros tecnológicos mais afetados pela variabilidade de processo. Os parâmetros selecionados para este experimento foram a largura (W) e comprimento (L) do canal do transistor, espessura do óxido de porta (Tox) e a mobilidade (μ0) das cargas. Os dados referentes ao pior caso envolvendo atraso e potência consumida de cada porta foram utilizados como métricas de comparação. Os resultados encontrados demonstram que a utilização da técnica de folding juntamente com aspectos de regularidade tornaram os experimentos menos sensíveis às variações do processos de manufatura de circuitos integrados. Essas reduções de sensibilidade chegaram em algumas situações à 33.22% para as portas básicas e de 28.96% para as portas complexas. A adição de folding e regularidade da camada de polisilício, trazem desvantagens significativas em área e potência consumida de cada porta. Pelos experimentos realizados é possível verificar aumento superior a 100% em área de algumas portas e de até 20.54% de aumento em potência. A união destas duas técnicas pode ser utilizada para tornar, por exemplo, o caminho crítico de um circuito integrado mais robusto quanto as variações de temporização e de potência. / This paper aims to explore for design techniques that allow the minimization of the effects of process variability on the electrical behavior of integrated circuits. To this work were discussed aspects of regularity, especially in poly-silicon layer. The technique of it folding was explored in conjunction with the regularity as possible design methodology aimed to minimizing the effects of process variability. Complex and basic layouts logic gates were built using 65nm technology. The it netlists extracted from layouts of the gates were simulated using models that reflected the effects of variability on the main technological parameters such as W, L, Tx, mu0 of the charges. The worst delay of each port and power consumption parameters were used for comparison in this work. The results show that using the it folding with regularity aspects of the experiments turns the layout gates less sensitive to process variations. These sensitivity reductions reached in some situations to 33.22 % for the basic gates and 28.96 % for the complex gates created. This techniques brings significant disadvantages in size and power consumption. For the experiments you can check increase of over 100% in area and up than 20,54% increase in power. These techniques should be used with discretion, especially on projects where there are area or consumption restrictions.
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Protein Folding & Dynamics Using Multi-scale Computational MethodsJanuary 2014 (has links)
abstract: This thesis explores a wide array of topics related to the protein folding problem, ranging from the folding mechanism, ab initio structure prediction and protein design, to the mechanism of protein functional evolution, using multi-scale approaches. To investigate the role of native topology on folding mechanism, the native topology is dissected into non-local and local contacts. The number of non-local contacts and non-local contact orders are both negatively correlated with folding rates, suggesting that the non-local contacts dominate the barrier-crossing process. However, local contact orders show positive correlation with folding rates, indicating the role of a diffusive search in the denatured basin. Additionally, the folding rate distribution of E. coli and Yeast proteomes are predicted from native topology. The distribution is fitted well by a diffusion-drift population model and also directly compared with experimentally measured half life. The results indicate that proteome folding kinetics is limited by protein half life. The crucial role of local contacts in protein folding is further explored by the simulations of WW domains using Zipping and Assembly Method. The correct formation of N-terminal β-turn turns out important for the folding of WW domains. A classification model based on contact probabilities of five critical local contacts is constructed to predict the foldability of WW domains with 81% accuracy. By introducing mutations to stabilize those critical local contacts, a new protein design approach is developed to re-design the unfoldable WW domains and make them foldable. After folding, proteins exhibit inherent conformational dynamics to be functional. Using molecular dynamics simulations in conjunction with Perturbation Response Scanning, it is demonstrated that the divergence of functions can occur through the modification of conformational dynamics within existing fold for β-lactmases and GFP-like proteins: i) the modern TEM-1 lactamase shows a comparatively rigid active-site region, likely reflecting adaptation for efficient degradation of a specific substrate, while the resurrected ancient lactamases indicate enhanced active-site flexibility, which likely allows for the binding and subsequent degradation of different antibiotic molecules; ii) the chromophore and attached peptides of photocoversion-competent GFP-like protein exhibits higher flexibility than the photocoversion-incompetent one, consistent with the evolution of photocoversion capacity. / Dissertation/Thesis / Ph.D. Physics 2014
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Desnaturação e reenovelamento da frutalina, uma lectina ligante de D galactose / Folding and unfolding of frutalin lectinPatricia Targon Campana 01 April 1998 (has links)
Os estudos sobre o mecanismo de enovelamento das proteínas é o resultado de um estudo intenso utilizando métodos bioquímicos, biofísicos e teóricos. \"In vitro\", o estado inicial deste estudo é a proteína desnaturada. Neste trabalho, temos estudado o reenovelamento, após desnaturação térmica, de uma glicoproteína denominada frutalina; da família das lectinas. A característica principal desta classe de proteínas é sua habilidade para interagir com carboidratos e, portanto, combinar-se com glicocomponentes da superfície da célula, induzindo suas propriedades biológicas. A frutalina é uma lectina tetramérica extraída das sementes de Artocarpus incisa. Ela é ligante de D-galactose e o espectro de CD (dicroísmo circular) de sua estrutura nativa foi identificado como sendo dominado por folhas ?. A desnaturação térmica e as etapas do reenovelamento foram monitoradas por espectroscopia de CD, fluorescência e também pela perda da atividade hemaglutinante. As condições de desnaturação utilizadas foram aquecimento à 60°C por 30 a 60 minutos, dependendo do tempo de estocagem (a -18°C) da proteína na forma nativa. Os resultados indicaram que o reenovelamento é promovido por um processo de congelamento na presença de PBS contendo 0,l M de D-galactose seguida por centrífugoconcentração em Centriprep 3. A hemaglutinação positiva ocorreu tanto para a fração nativa quanto para a fração reenovelada. O reenovelamento da frutalina desnaturada também ocorreu com PBS contendo 0,1 M de solução de D-glicose. Quando a forma desnaturada foi concentrada antes do congelamento em PBS sem D-galactose ou em PBS contendo xilose, o reenovelamento não ocorreu. Estes resultados mostraram que o reenovelamento da frutalina foi dependente da ligação com a D-galactose ou D-glicose, bem como a importância do congelamento para obter a forma biologicamente ativa. A análise da estrutura secundária utilizando o programa CCA forneceu um resultado importante: para a forma nativa da frutalina obtivemos 85% de folhas ? paralelas e antiparalelas, incluindo voltas ?, enquanto que para a forma reenovelada obtivemos 73%, mostrando que a estrutura reenovelada, a nível secundário, se aproximou satisfatoriamente da nativa, concordando com os resultados obtidos nos testes de hemaglutinação. / Our current understanding of the protein folding mechanism is the result of intense study employing biophysical, biochemical and theoretical methods. \"In vitro\", the initial state of the protein in this puzzle is its unfolded form. In the present work we have studied the refolding, after thermal denaturation, of the glycoprotein frutalin, a member of the lectin class. The main characteristic of these proteins is their ability to interact with carbohydrates and thus combine with glycocomponents of the cell surface, leading to their biological properties. Frutalin is a tetrameric lectin extracted from the seeds of Artocarpus incisa. It is D-galactose specific and its native CD spectrum was identified as being dominated by ? -sheet. The thermal unfolding and refolding steps were measured by CD and fluorescence spectroscopies together with the loss of hemagglutinating activity. The unfolding conditions used were 60°C for 30 to 60 minutes, depending on the protein storage time. The results indicate that refolding is promoted by the freezing process in the presence of 0,1 M D-galactose-PBS followed by three-fold concentration in a Centriprep 3. Positive hemagglutination occurred for both the native and refolded forms. Refolding of denatured frutalin also occurred with PBS containing 0,1 M D-glucose. When the unfolded form was concentrated before freezing in PBS without D-galactose or in PBS containing xylose, refolding did not occur. These results show that the refolding of frutalin is dependent on the binding of D-galactose or D-glucose, and demonstrate the importance of freezing in order to obtain the biologically activity form. An analysis of secondary structure using the CCA program showed an important result: the native form, presented 85% ? -sheet/ ?-turns, while in the refolded form, this content fell to 73%. These results show that the refolded form is very similar to the native protein, which is in agreement with the hemagglutination results.
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Desnaturação e renovelamento de lectinas oligoméricas ligantes de D-galactose: estudos no equilíbrio termodinâmico / Folding and Unfolding of frutalin lectinPatricia Targon Campana 30 April 2002 (has links)
O estudo de enovelamento de proteínas tem sido um problema de fundamental importância em biofísica e biologia molecular. Neste trabalho, estudamos os processos de desnaturação e renovelamento das lectinas jacalina e frutalina. Estas lectinas são tetraméricas, apresentam alta homologia estrutural, porém diferem em atividade biológica, sendo a frutalina mais potente. Apesar desta homologia, estas lectinas diferem também nos processos de desnaturação e renovelamento como função da temperatura e o comportamento frente ao desnaturante químico hidrocloreto de guanidina (GndHCl). Ambas proteídas foram desnaturadas pela ação de GndHCl e suas curvas de desnaturação medidas por espectroscopia de fluorescência e CD. As medidas de fluorescência da frutalina deram valores de estabilidade conformacional de 17,12 kJ/mol e 12,34 kJ/mol, na presença e na ausência de D-Galactose, enquanto a jacalina forneceu valores de 8,12 kJ/mol para a transição NI e 5,61 kJ/mol para a transição IU em PBS. Os valores na presença de açúcar foram similares. NOs estudos da frutalina foram separadas as formas nativa, desnaturada, renovelada e uma forma molecularmente distinta chamada mal-enovelada, por cromatografia de exclusão molecular. Estas formas foram analisadas por atividades hemaglutinante e espectroscopias de CD e fluorescência. Todos os resultados obtidos confirmaram a ocorrência do renovelamento de ambas lectinas e que os monômeros renovelados, depois de alcançarem sua estrutura tridimensional, se associam espontaneamente para a formação dos tetrâmeros. / Protein refolding is currently a fundamental problem in biophysics and molecular biology. We have studied the refolding process of jacalin and frutalin. They are tetrameric lectins that present structural homology, buti jacalin shows a more marked biological activity than the latter. These proteins, despite their homology, have different unfolding/refolding behaviors as function of temperature and chemical agents. Both proteins were unfolded induced by guanidine hydrochlroide and their dnaturation curves mesuared by fluorescence emission and CD. Fluorescence measurments of frutalin gave values of conformational stability of 17.12 kJ/mol and 12.32 kJ/mol, in the presence and absence of D-Galactose, while jacaline gave values of 8.12 kJ/mol for NI transition and 5.61 kJ/mol for IU transition in PBS. In sugar presence the values are similar. In the frutalin studies were separeted the native, unfolded, refolded and a distinct molecular form denoted misfolded, by Size Exclusion Chromatography. These forms were analyzed for hemagglutination activity, CD and fluorescence spectroscopy. All the results obtained confirmed the successful refolding of the both lectins and the refolded monomers, after adopting their native three-dimensional structures, spontaneously assembled to form tetramers.
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O papel do código estereoquímico e das flutuações térmicas locais no processo de folding de proteínas / The role of stereochemical code and local thermal fluctuation in the protein folding processJoão Paulo Dal Molin 25 February 2011 (has links)
O problema do folding de proteínas tem sido investigado intensamente há mais de sessenta anos. Entretanto ainda não é encontrado na literatura um modelo que seja capaz de explicar plenamente qual é o mecanismo responsável pelo processo de folding. Neste contexto, a presente tese de doutorado é uma proposta minimalista para investigar o papel de um código estereoquímico, que é centrado no efeito hidrofóbico e nos vínculos estéricos dos aminoácidos (o modelo estereoquímico), no processo em pauta. Esse modelo quando combinado com um método para incluir a flutuação térmica local no sistema cadeia protéica-solvente, possibilita a investigação de um dos aspectos mais extraordinários do problema, a saber, a rapidez do processo de folding, considerado aqui por meio da correlação entre a complexidade da estrutura nativa (alvo) e a taxa de folding. Esse método é motivado por argumentos físico-químicos e biológicos, e é fundamentado na Mecânica Estatística Não Extensiva, via o uso do peso de Tsallis em simulações Monte Carlo (MC). O tempo característico de folding (obtido daquelas simulações e utilizado aqui como um parâmetro analítico do problema), cobre várias ordens de grandeza para cadeias com o mesmo tamanho. Dois conjuntos principais de simulações foram considerados com a finalidade de análise: (i) alguns alvos foram especialmente selecionados e submetidos a simulações MC a várias temperaturas T do reservatório térmico (o meio solvente); e (ii) um total de duzentos alvos com topologias diversas foram submetidos a simulações à mesma temperatura T = 1 (unidades arbitrárias). Com essas simulações foi possível verificar comparativamente o efeito dos dois pesos estatísticos, o de Boltzmann e o de Tsallis, sobre a cinética do processo de folding, e assim revelar comportamentos intrigantes, porém consistentes com o fenômeno focado, como a robustez do processo de folding e , este último emergindo como uma grandeza que depende da complexidade da estrutura nativa. Para estruturas distintas, cobre quatro ordens de grandeza. Os resultados da investigação da correlação entre e parâmetros globais destinados a avaliar a complexidade da topologia da estrutura nativa, como a ordem de contato e a cooperatividade estrutural, corroboram com a noção de que a rapidez do processo de folding é determinada fundamentalmente pela complexidade da topologia da estrutura nativa. / The protein folding problem has been investigated for more than sixty years. However is not yet found in literature a model that is able to fully explain the mechanism behind the folding process. In this context, the present doctoral thesis is a speculative and minimalist proposal to investigate the role of a stereochemical code -grounded in the hydrophobic effect and steric constraints of amino acids (the stereochemical model), in the discussed process. This model, when combined with a method to include local thermal fluctuations in the protein chain-solvent system, enables the investigation of one of the most extraordinary aspects of the problem, namely, the fastness of the folding process, which is studied here by means of the correlation between the complexity of the native structure (target) and the folding process rate. This method is motivated by physical chemistry and biological arguments, and is based on the Nonextensive Statistical Mechanics, by the use of the Tsallis weight in Monte Carlo simulations (MC), where the entropic index q is adjusted at each new conformation of the protein chain. For chains with the same length, the characteristic folding time (estimated from those simulations and used here as an analytical parameter of the problem) span several order of magnitude. Two main sets of simulations were performed for analysis purposes. First, some targets were specially selected and submitted to MC simulations with several temperatures of the thermal reservoir (the solvent), and then a total of two hundred targets with diverse topologies were submitted to simulations with the same reservoir temperature T = 1 (arbitrary units). With such set of simulations, we could compare the effect of two statistical weights, namely the Boltzmann and the Tsallis weight, on the kinetics of the folding process. Intriguing but consistent behavior with respect to the folding phenomenon was reveled, such as the robustness of the process, and about the characteristic folding time , which emerges as an amount that depends on the complexity of the native structure. For distinct structures, covers four orders of magnitude. Our results about the correlation between and global parameters to assess the complexity of the topology of the native structure, such as contact order and structural cooperativity, support the notion that the fastness of the folding process is essentially determined by the complexity of the topology of native structure.
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Uso da técnica VLIW para aumento de performance e redução do consumo de potência em sistemas embarcados baseados em Java / Using the VLIW technique to increase performance and to reduce power comsumption in embedded systems based on JavaBeck Filho, Antonio Carlos Schneider January 2004 (has links)
A contribuição deste trabalho foi orientada principalmente ao desenvolvimento de alternativas de hardware para a execução nativa de bytecodes Java em sistemas embarcados que naturalmente possuem restrições quanto à potência consumida, ao desempenho e à área ocupada. Primeiramente, o desenvolvimento do Femtojava Low- Power demonstra que a utilização de um pipeline e de um banco de registradores interno em arquiteturas de pilha resultam em uma redução significativa no consumo de potência. Após, a técnica de folding, que basicamente transforma várias operações de pilha em uma operação tipo RISC, é avaliada. A análise de uma segunda solução arquitetural, baseada em VLIW (Very Long Instruction Word), também traz resultados satisfatórios na redução do consumo de potência, sendo que a paralelização do código, feita por um analisador desenvolvido, é facilitada devido à utilização de uma arquitetura de pilha. O desempenho e a potência consumida de todas as arquiteturas propostas neste trabalho foram validadas utilizando-se o simulador CACO-PS, também desenvolvido no contexto desta dissertação. Os estudos de caso adotados para a validação das alternativas arquiteturais compreenderam algoritmos matemáticos, de ordenação, busca e processamento de sinais, bastante utilizados no domínio de sistemas embarcados. Resultados promissores principalmente em termos de energia consumida são alcançados, assim como na disponibilização de diferentes arquiteturas para a execução nativa de Java, principal proposta deste trabalho. / The main contribution of this work was the development of hardware alternatives for native execution of Java bytecodes for embedded systems that have power, performance and area constraints. Firstly, the development of the Femtojava Low- Power shows that the use of a pipeline and an internal register bank in stack architectures brings a significant reduction in the power consumption. After that, the folding technique, that basically changes a set of stack operations into a simple RISC one, is evaluated. Then, the analysis of a second architectural solution, based on VLIW (Very Long Instruction Word), demonstrates also good results concerning power consumption. Moreover, it is shown that the parallelization of the code is facilitated due to the specific stack architecture. The power consumption and performance of all architectures here proposed were evaluated using the CACO-PS simulator, which was also developed in this work. The case studies adopted for the validation of the architectures were mathematic, sort, search and DSP algorithms, widely used in the embedded system domain. Promising results mainly in energy consumption were achieved, as well as the disponibilization of different architectures for native execution of Java, the main objective of this work.
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Utilizando folding no projeto de portas lógicas robustas à variabilidade de processo / Using folding to design logic gates robust to process variabilityGuex, Jerson Paulo January 2013 (has links)
Este trabalho visa explorar técnicas de projeto de células que possibilitem a minimização dos efeitos da variabilidade de processo sobre o comportamento elétrico dos circuitos integrados. Para este trabalho foram abordados aspectos de regularidade, principalmente na camada de polisilício. A técnica de folding foi explorada em conjunto com a regularidade como possível metodologia de projeto voltada para a minimização dos efeitos da variabilidade de processo. Leiautes de portas lógicas complexas e básicas foram criadas utilizando tecnologia em 65nm. Os netlists dos leiautes extraídos foram simulados utilizando modelos que refletiam os efeitos da variabilidade sobre os parâmetros tecnológicos mais afetados pela variabilidade de processo. Os parâmetros selecionados para este experimento foram a largura (W) e comprimento (L) do canal do transistor, espessura do óxido de porta (Tox) e a mobilidade (μ0) das cargas. Os dados referentes ao pior caso envolvendo atraso e potência consumida de cada porta foram utilizados como métricas de comparação. Os resultados encontrados demonstram que a utilização da técnica de folding juntamente com aspectos de regularidade tornaram os experimentos menos sensíveis às variações do processos de manufatura de circuitos integrados. Essas reduções de sensibilidade chegaram em algumas situações à 33.22% para as portas básicas e de 28.96% para as portas complexas. A adição de folding e regularidade da camada de polisilício, trazem desvantagens significativas em área e potência consumida de cada porta. Pelos experimentos realizados é possível verificar aumento superior a 100% em área de algumas portas e de até 20.54% de aumento em potência. A união destas duas técnicas pode ser utilizada para tornar, por exemplo, o caminho crítico de um circuito integrado mais robusto quanto as variações de temporização e de potência. / This paper aims to explore for design techniques that allow the minimization of the effects of process variability on the electrical behavior of integrated circuits. To this work were discussed aspects of regularity, especially in poly-silicon layer. The technique of it folding was explored in conjunction with the regularity as possible design methodology aimed to minimizing the effects of process variability. Complex and basic layouts logic gates were built using 65nm technology. The it netlists extracted from layouts of the gates were simulated using models that reflected the effects of variability on the main technological parameters such as W, L, Tx, mu0 of the charges. The worst delay of each port and power consumption parameters were used for comparison in this work. The results show that using the it folding with regularity aspects of the experiments turns the layout gates less sensitive to process variations. These sensitivity reductions reached in some situations to 33.22 % for the basic gates and 28.96 % for the complex gates created. This techniques brings significant disadvantages in size and power consumption. For the experiments you can check increase of over 100% in area and up than 20,54% increase in power. These techniques should be used with discretion, especially on projects where there are area or consumption restrictions.
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Formação ecosófica: a cartografia de um professor de matemática.Albernaz, Roselaine Machado January 2011 (has links)
Tese (doutorado)-Universidade Federal do Rio Grande, Programa de Pós-Graduação em Educação Ambiental, Instituto de Educação, 2011. / Submitted by eloisa silva (eloisa1_silva@yahoo.com.br) on 2012-11-30T17:07:01Z
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roselainealbernaz.pdf: 3476229 bytes, checksum: 9ffcd1dc6417faed9fddb2c6554d8632 (MD5)
Previous issue date: 2011 / Através de um exercício cartográfico, a presente tese propõe ensaiar formas, entre modos mais e menos acadêmicos, de pensar a formação de um professor de matemática. Neste sentido, faz uso de algumas experiências estéticas, para a criação de contos, misturando ficção e realidade, articulados a diferentes campos de saberes, como a arte, a filosofia e a ciência. Tal prática me permite propor um novo conceito a partir e para a formação de professores de matemática: Formação Ecosófica. A escolha pelas chamadas filosofias da diferença faz com que o texto articule autores vindos dos campos da filosofia e das ciências, Deleuze, Guattari, Foucault, Larrosa, Leibniz, com autores do campo da arte e da literatura, tais como, Lygia Clark, Clarice Lispector, Manuel de Barros, Lewis Carroll, Michel Houellebecq, Italo Calvino, Jorge Luiz Borges, Herman Melville, Fernando Pessoa, Kafka. Entende-se a Educação Ambiental e a formação de professores através dos conceitos de ecosofia, cuidado de si, dobra, acontecimento e experiência. Este texto também faz uma crítica do saber na Modernidade com sua estrutura lógica e sólida, bem como, ao saber e modos de vida na contemporaneidade e sua sociedade de controle, com suas formas fluidas, embasadas no consumo e descarte. Cria-se, assim, um novo conceito que parte da formação de alguns professores de matemática e se dirige a ela, dirige-se aos que se sentirem tocados por essa forma de pensar e atuar denominada “Formação Ecosófica”. / Through a cartographic exercise, the present thesis has the aim of trying out ways, between modes, more or less academic, of thinking the formation of a math teacher. This way, it uses some esthetics experiences, for the creation of tales, mixing fiction and reality, articulated in different fields of knowledge, such as art, philosophy and science. Such practice allows me to propose a new concept from and for the formation of math teachers: Ecosophic Formation. The choice for the so-called philosophies of difference makes it possible for the text to articulate authors from philosophy and science fields, Deleuze, Guattari, Foucault, Larrosa, Leibniz, with authors from art and literature fields, such as, Lygia Clark, Clarice Lispector, Manuel de Barros, Lewis Carroll, Michel Houellebecq, Italo Calvino, Jorge Luiz Borges, Herman Melville, Fernando Pessoa, Kafka. The environmental education and the teachers formation can be understood through the ecosophy concepts, care of itself, folding, happening and experience. This text also makes a critic of the knowledge in the modernity with its logical and solid structure, as well as, to knowledge and ways of living in contemporaneity and its society of control, with its fluid forms, based on consumption and discarding. Thus, it is created a new concept that initiates from the formation of some math teachers and aims to it. It aims to those who feel themselves touch by this way of thinking and acting so-called “Ecosophic Formation”
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Geometria das dobraduras e aplicações no Ensino Médio / The geometry of paper foldings and applications to the High School levelAna Cecilia Del Moro 18 May 2017 (has links)
Este trabalho tem como foco a dobradura em sala de aula, auxiliando o professor em sua prática docente. Com dobras simples de serem realizadas a dobradura pode auxiliar o aluno a desenvolver a concentração, estimular a criatividade, concretizar uma ideia ou pensamento no momento em que surge a foma no papel e, consequentemente, o aluno interioriza o aprendizado desejado. Os tópicos estudados versam sobre a construção dos principais polígonos regulares e de um sólido espacial, o tetraedro. São também estudadas algumas aplicações aritméticas, como divisão de segmentos e raízes quadradas e cúbicas. / This work aims to study the activity of paper folding in the classroom as an auxiliary resource for the teacher. The folders are quite simple and will improve the students skills on concentration, creativity, and the ability to realize on paper his/her thoughts and ideas. The covered topics range from the construction of the main regular poligons, a spatial solid (tetrahedron), through some arithmetic applications, like division of a segment and square and cubic roots.
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Enovelamento de proteínas e ligações de hidrogênio - estudo de modelos mínimos / Protein folding and hydrogen bonds - study of minimal modelsFernando Takeshi Tanouye 22 September 2017 (has links)
Este estudo tem como finalidade principal a análise termodinâmica e estatística de proteínas através de modelos mínimos. Uma proteína é um polímero de aminoácidos, cuja função está essencialmente relacionada às conformações espaciais que ela adota em solução aquosa. Na forma funcional (dita nativa), essas conformações flutuam levemente em torno de um mínimo de energia-livre. O processo pelo qual uma cadeia protéica transita de estados não-nativos para a estrutura nativa é chamado de enovelamento, ou dobramento. Uma questão em aberto no campo de estudo de proteínas consiste justamente em entender a fundo o processo de enovelamento, cujo avanço tem um vasto potencial de aplicação, desde a predição de estruturas a partir de sequências de aminoácidos até o planejamento de fármacos e moléculas bioativas. Nossa investigação teórica procura abordar aspectos do enovelamento expressos através de grandezas termodinâmicas (energia média, calor específico, número de ligações de hidrogênio, entre outras) derivadas de modelos estatísticos na rede. Assim, num primeiro momento, analisamos o chamado modelo HP, ora por meio de enumeração exata, para cadeias curtas, ora por simulações de Monte Carlo, para cadeias maiores. No primeiro caso, propusemos a existência de uma relação entre a ocorrência de um segundo pico no calor específico associado na literatura à transição de congelamento com uma drástica redução no número de configurações entre os primeiros estados excitados e aqueles de menor energia. Observamos, também, que esse pico pode aparecer tanto para homopolímeros quanto para heteropolímeros, em ambas as redes quadrada e triangular. Num segundo momento, nosso enfoque se voltou para a inclusão de um solvente aquoso (dado pelo modelo de Bell-Lavis) ao sistema inicial. Isso nos possibilitou verificar, usando exclusivamente simulações de Monte Carlo e o algoritmo de Metropolis, o comportamento e a competição das ligações de hidrogênio água-água, água-proteína, proteína-proteína e na primeira camada de solvatação. O modelo acoplado exibiu algumas características do enovelamento, como o colapso hidrofóbico e a separação de monômeros (apolares no núcleo e polares na superfície), embora não capture a desnaturação fria. No apêndice, adicionamos algumas propostas para realização do cálculo numérico da pressão no ensemble canônico, desenvolvidas em paralelo ao projeto principal desta dissertação, mas que, numa primeira análise, verificamos serem consistentes e passíveis de futuros desdobramentos. / The finality of this study is to analyse proteins thermodynamics and statistics through minimal models. A protein is a polymer of amino acids, whose spatial conformations in aqueous solution determine its function. In the functional form (said native), those conformations fluctuates slightly around a free-energy minimum. The process by which a protein chain passes from non-native states to a stable native structure is called protein folding. An open question in the field of protein studies is to understand more deeply the folding process, whose advance can find a wide range of potential applications, since ab initio structure prediction from the amino acids sequence to biomolecules design. The theoretical approaches used here focus on aspects of protein folding given by some thermodynamic quantities (as mean energy, specific heat, number of hydrogen bonds and so on) obtained from statistical lattice models. Initially, we analyse the so-called HP model, at first using exact enumeration for short chains, then by Monte Carlo simulations for longer chains. In the first case, we propose a correlation between the occurrence of a second peak in the specific heat associated in the literature with a freezing transition and a sharp reduction on the number of configurations from the first excited states to the lowest energy states. In addition, we observe that this peak may appear to both homopolymers and heteropolymers on square and triangular lattices. At a second moment, our focus turned to the introduction of a water-like solvent (Bell-Lavis model) to the initial system. This allowed us to verify, exclusively by means of Monte Carlo simulations with Metropolis algorithm, the behavior and competition of hydrogen bonds between water-water molecules, water-protein, and protein-protein monomers and at the first hydration layer. The combined model showed some classical folding properties, as hydrophobic collapse and monomers segregation (apolar residues at the core and polar residues at the surface), although it did not capture cold denaturation. We have included in the appendix some proposals to perform numerical calculations of the canonical pressure, which were developed alongside the main subject of this thesis and a first analysis has proved to be consistent and susceptible to further developments.
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